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Christophe PLOMION

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Directeur d'Unité Equipe E4E
Directeur de recherche - HDR Directeur d'Unité Equipe E4E

Publications

0000-0001-7126-5477
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Article dans une revue hal-01820559v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe
Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩
Article dans une revue hal-01579667v1

A unigene set for European beech (Fagus sylvatica L.) and its use to decipher the molecular mechanisms involved in dormancy regulation

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Alison Bechade , Céline C. Lalanne , Christophe C. Klopp , Céline Noirot
Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (5), pp.1192-1204. ⟨10.1111/1755-0998.12373⟩
Article dans une revue hal-02640346v1
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The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release

Isabelle Lesur , Grégoire G. Le Provost , Pascal Bento , Corinne da Silva , Jean-Charles Leplé
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.112. ⟨10.1186/s12864-015-1331-9⟩
Article dans une revue hal-02285504v1

High-resolution genetic maps of Eucalyptus improve Eucalyptus grandis genome assembly

Jérôme Bartholomé , Eric Mandrou , André Mabiala , Jerry Jenkins , Ibouniyamine Nabihoudine
New Phytologist, 2015, 206 (4), pp.1283-1296. ⟨10.1111/nph.13150⟩
Article dans une revue hal-02637865v1

De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology

Javier Canales , Rocío Bautista , Philippe Label , Josefa Gómez-Maldonado , Isabelle Lesur Kupin Lesur
Plant Biotechnology Journal, 2014, 12 (3), pp.286-299. ⟨10.1111/pbi.12136⟩
Article dans une revue hal-02640932v1
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Transcriptional profiling of bud dormancy induction and release in oak by next-generation sequencing

Saneyoshi Ueno , Christophe C. Klopp , Jean-Charles Leplé , Jérémy Derory , Céline Noirot
BMC Genomics, 2013, 14, 15 p. ⟨10.1186/1471-2164-14-236⟩
Article dans une revue hal-02650124v1
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High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination

Emilie E. Chancerel , Jean-Baptiste J.-B. Lamy , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Celine C. Noirot , Christophe C. Klopp
BMC Biology, 2013, 11, 19 p. ⟨10.1186/1741-7007-11-50⟩
Article dans une revue hal-00964786v1
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Deciphering cork formation in Quercus suber

Jorge A.P. Paiva , Pedro Fevereiro , Pedro Marques , José Carlos Rodrigues , Grégoire G. Le Provost
BMC Proceedings, 2011, 5 (Suppl 7), pp.172
Article dans une revue hal-02649545v1
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RNA-Seq reveals genotype-specific molecular responses to water deficit in eucalyptus

Emilie Villar , Christophe C. Klopp , Céline Noirot , Evandro Novaes , Matias Kirst
BMC Genomics, 2011, 12, pp.1-18. ⟨10.1186/1471-2164-12-538⟩
Article dans une revue hal-02645044v1
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Detection of genes involved in bud phenology in sessile oak (Quercus petraea Matt. Liebl) combining digital expression analysis and Q-PCR

Saneyoshi Ueno , Christophe C. Klopp , Céline Noirot , Valérie V. Léger , Elodie Prince
BMC Proceedings, 2011, 5 (Suppl. 7), pp.1-2. ⟨10.1186/1753-6561-5-S7-P20⟩
Article dans une revue hal-02641988v1
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Bioinformatic analysis of ESTs collected by Sanger and pyrosequencing methods for a keystone forest tree species: oak.

Saneyoshi Ueno , Grégoire Le Provost , Valérie Léger , Christophe C. Klopp , Céline Noirot
BMC Genomics, 2010, 11, pp.650. ⟨10.1186/1471-2164-11-650⟩
Article dans une revue hal-00645933v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury
PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides
Communication dans un congrès hal-01839185v1

Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources

Joelle J. Amselem , Jean Marc Aury , Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Corinne da Silva
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741128v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741698v1

Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Grégoire G. Le Provost , Céline C. Lalanne , François Ehrenmann , Céline Noirot
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02806071v1

Identification of genes involved in bud dormancy in sessile oak (Quercus petraea Matt. Liebl) using RNA-seq

Grégoire G. Le Provost , Ueno Saneyoshi , Christophe C. Klopp , Jean-Charles Leplé , Jérémy Derory
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02809075v1

SUBERGENE: Developing genomics resources for cork-oak (Q. suber L.)

Jorge Almiro Paiva , Pedro Fevereiro , Pedro Marques , José Carlos Rodrigues , Grégoire G. Le Provost
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-02809590v1

Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome

Christophe Plomion , Joelle J. Amselem , Jean-Marc Aury , Catherine Bodenes , Emilie Chancerel
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01019850v1
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Maritime pine (Pinus pinaster) de novo transcriptome assembly

Philippe Label , Céline Noirot , Grégoire G. Le Provost , María-Teresa Cervera , Christophe Plomion
3. workshop on "Statistical challenges on the 1000€ genome sequences in plants";StatSeq'2011, Apr 2011, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02750183v1

Transcriptome analysis of bud dormancy in sessile oak (Quercus petraea (Matt.) Libel.) by 454 pyrosequencing

Saneyoshi Ueno , Grégoire G. Le Provost , Céline Noirot , Christophe C. Klopp , Antoine Kremer
Conference on Forest Ecosystem Genomics and Adaptation, Jun 2010, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-02753292v1

Analysis of expressed sequence tags in maritime pine (Pinus pinaster Aiton)

Grégoire G. Le Provost , Jean-Marc Frigerio , Philippe Chaumeil , Saneyoshi Ueno , Camille Lepoittevin
Conference on Forest Ecosystem Genomics and Adaptation, Jun 2010, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-02758480v1

Bioinformatic analysis of Sanger and 454 ESTs in oak

Saneyoshi S. Ueno , Grégoire G. Le Provost , Valérie V. Léger , Christophe C. Klopp , Celine C. Noirot
Conference on Forest Ecosystem Genomics and Adaptation, Jun 2010, Madrid, Spain. pp.73
Communication dans un congrès hal-00964385v1