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Federica Calevro

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Identifiants chercheurs

Présentation

**Federica Calevro-Eisenlohr** ORCID: 0000-0001-7856-9617 IdHAL: federica-calevro ### **Positions** Since Sept. 2020 INRAE Research Director (DR2), BF2i Unit (INRAE – INSA Lyon) Lyon, France 2004-2020 Associate Professor, Department of Biosciences (INSA Lyon) and BF2i Unit, Lyon, France 2001-2004 Temporary Lecturer and Research Assistant, Department of Biosciences (INSA Lyon) and BF2i Unit, Lyon, France **Other appointments or responsabilities** Since Jan. 2021 INSA Lyon Directors’ Board Since Jan. 2021 Head of the BF2i Unit, Lyon, France Since Jan. 2021 Member (elected) of the scientific advisory board of the INRAE Plant Health and Environment (SPE) Division 2018-present Member of the pedagogic and orientation advisory board of the E2M2 (Evolution, Ecosystems, Microbiology &amp; Modeling) Doctoral School, University of Lyon 2017-present Co-coordinator of the French Aphid research network (BAPOA, more than 230 members in France, Belgium and Switzerland) of the INRAE SPE Division 2015-present Leader of the Trophic Symbioses team (SymT), BF2i Unit, Lyon 2015-2020 Deputy Head of the BF2i Unit, Lyon 2012-2020 Director of the Biology teaching service and member of the Executive Committe of the Department of Biosciences, INSA Lyon ### **Education and Training** 2018 Accreditation to supervise research (French HDR), INSA Lyon and University of Lyon 2000-2001 Postdoctoral Fellow, Pasteur Institute of Lille, Lille, France 1999-2000 Postdoctoral Fellow WHO, International Agency of Research on Cancer (IARC), Lyon, France 1995-1998 PhD, Biology (Cell and Developmental Biology) and Research Assistant, Department of Physiology and Biochemistry, University of Pisa, Italy 1998 Visiting Scientist, Brain Research Institute, University of Bremen, Germany 1997 Visiting Scientist, Department of Biochemistry, University of Bremen, Germany 1996 Professional Qualification (Biologist), University of Pisa, Italy, summa cum laude (50/50 cum laude) 1995 Diploma of Laurea, Molecular and Developmental Biology, University of Pisa, Italy, summa cum laude (110/110 cum laude) ### **Awards** 2000-2001 Director’s Fellow from the Pasteur Institute of Lille (Post-doc position) 1999-2000 WHO Fellowship (Post-doc position at IARC) 1998 Brain Research Institute Fellowship (visit to Bremen University, G. Roth lab) 1997 EMBO Short term Fellowship (visit to Bremen University, D. Beyersmann lab) 1997 Doctoral Mobility Fellowship from the University of Pisa (visit to Bremen University) 1995-1998 Doctoral Fellowship from the Italian National Agency for new technologies, Energy and sustainable Economic development (ENEA) 1994-1995 Pre-Graduate Fellowship from University of Pisa (1-year laboratory training) ### **Supervision of graduate students and post-doc fellows** ### Since 1995: ### 7 Postdocs ### 7 PhD students (degrees obtained in 2004, 2008, 2010, 2011, 2016, 2020, 2021) 6 have been recruited as Scientists (5 permanent positions/1 post-doc). 2 PhD projects are ongoing. ### 20 Master Students (11 M2 level and 9 M1 level). ### 3 students from University Institutes (*e.g.* IUT). ### **Teaching** ### Since 2020: INSA-Lyon, 12 h/year: Molecular genetics. ### 2001-2020: INSA-Lyon. 200-220 h/year: Anatomy, Biotechnology, Cell biology, Molecular genetics. ### 1995-1998: University of Pisa. 50 h/year: Molecular biology, Molecular toxicology, Comparative anatomy. **Fundings** 43 funded research projects: 2 International, 4 European, 2 IDEX and 6 ANR Programs, 1 France-Génomique grant, 1 Agropolis Foundation grant, 1 SPE-INRAE grant, 4 regional grants, 4 INSA Bonus, 4 INSA Invited Professorships, 4 FR BioEEnViS grants, 4 Investment Programs, 6 projects with industry (including 1 ANR). ### **Scientific Impact and other scientific output** ***Publications:*** 50 original publications, 2 invited reviews, 6 invited contributions to book chapters, 2323 citations, H-index 24, i10-index 33. ***Metabolic databases for arthropod genomes (most recent):*** 1) **DakvicCyc**, <http://arthropodacyc.cycadsys.org/DAKVI/>, *Daktulosphaira vitifoliae*, doi: 10.1186/s12915-020-00820-5 ; 2) **OruabCyc** et **AthroCyc**, <http://arthropodacyc.cycadsys.org/ORUAB/> et <http://arthropodacyc.cycadsys.org/ATHRO/>, *Orussus abietinus* et *Athalia rosae*, doi: 10.1093/gbe/**,** 3) **SitorCyc**, <http://arthropodacyc.cycadsys.org/SITOR/>, *Sitophilus oryzae*, doi: 10.1186/s12915-021-01158-2; **ArtSymbioCyc** (<http://artsymbiocyc.cycadsys.org/>) project containing the reconstruction of the integrated symbiotic metabolism between arthropods and their symbiotic or mutualistic bacteria, private. ***Tools (most recent):*** GReNaDIne: Data-Driven Approaches to Infer Gene Regulatory Networks in Python. <https://grenadine.readthedocs.io/en/latest/> ***Organization of meetings (most important*):** Joint 10th International Symbiosis Society &amp; 3rd International Conference on Holobionts (Lyon, July 2022); Annual Entomophagous meeting (2017, Lyon); Annual meetings of the Aphid French Network: 2010 and 2012 (Lyon), 2018 (Rennes) and 2022 (Nice); Colloque de Biologie de l’Insecte (16th edition, 2010, Lyon); Lyon’s International Multidisciplinary Meeting on Post-Genomics (5 editions, from 2006 to 2010, Lyon). ***Organization of practical courses:*** « Insect cell cultures », Aphid French Network (Bordeaux, October 2019); « Isolation of aphid bacteriocytes as a platform for transcriptomic analyses », HMicMac ANR grant (May 2017, Lyon); « RNAi in aphids: feeding and injection techniques », Aphid French Network (March 2008, Lyon). ***Ad hoc reviewer for Grant Organizations.*** Western University (Canada); FWO (Belgium); HRZZ (Croatian Science Foundation); CNR (Italy); ANR (France); FranceAgriMer (France); INRAE SPE research grants (France); Research Federation BioEEnViS University of Lyon (France); BQR (Bonus Qualité Recherche) INSA Lyon (France). ***Ad hoc reviewer for journals.*** Apoptosis, Arch. Insect Biochem. Physiol., BMC Biol., BMC Genomics, Cell Death Differ., Cell Rep., Current Biol., Cytom. Part A, Entomol. Exp. Appl., Environ. Microbiome, Eur. J. Entomol., FEMS Microbiol. Ecol., Insect Biochem. Mol. Biol., Insect Mol. Biol., Insect Sci., Insects, Int. J. Mol. Sci., iScience, J. Pest Sci., Microbiome, Microbiol. Spectr., Mol. Ecol., PNAS, Peptides, PlosOne, Sci. Rep., ISME J. ***Member of University selection committees (France).* INSA Lyon**: « Physiology » in 2012, « Insect symbiosis » in 2013, President of the jury « Insect Genomics » in 2015, « Symbiotic network modeling » in 2018, Coordinator of the jury « Microbes and Adaptation » in 2021, « Developmental genetics » in 2021. **University Claude Bernard Lyon1**: « Environmental and molecular microbiology » in 2012, « Plant physiology » in 2017. **University of Dijon:** « Invertebrate physiology » in 2015, **University of Nice**: « Host-Microbes interactions » in 2010 and 2012.

Publications

"yvan-rahbe"
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The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest

Claude Rispe , Fabrice Legeai , Paul Nabity , Rosa Fernández , Arinder Arora
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
Article dans une revue hal-02917617v1
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Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Stefano Colella , Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Gabrielle Duport
Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
Article dans une revue hal-01905508v1
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New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.

Panagiotis Sapountzis , Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget , Stéphanie Jaubert-Possamai
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2014, 51, to be published. ⟨10.1016/j.ibmb.2014.05.005⟩
Article dans une revue hal-01002574v1
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Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩
Article dans une revue hal-00824527v1
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A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal
PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩
Article dans une revue hal-00659506v1
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Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

José Viñuelas , Gérard Febvay , Gabrielle Duport , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard
Molecular Microbiology, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩
Article dans une revue hal-00746846v1
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CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Augusto F Vellozo , Amélie S Véron , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩
Article dans une revue hal-00632965v1
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Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Iagc The International Aphid Genomics Consortium , Federica Calevro , Hubert Charles , Stefano Colella , Gérard Febvay
PLoS Biology, 2010, 8 (2), pp.e1000313. ⟨10.1371/journal.pbio.1000313⟩
Article dans une revue hal-00459970v1

Un vieux couple inséparable à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et Buchnera, sa bactérie symbiotique

Yvan Rahbé , Gérard Febvay , Stefano Colella , Hubert Charles , Federica Calevro
Comptes Rendus de l'Académie d'Agriculture de France, 2009, 95 (5), pp.78-78
Article dans une revue hal-02657684v1

Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

Lilia Brinza , José Viñuelas , Ludovic Cottret , Federica Calevro , Yvan Rahbé
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩
Article dans une revue hal-00445861v1
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Conservation of the links between gene transcription and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola.

José Viñuelas , Federica Calevro , Didier Remond , Jacques Bernillon , Yvan Rahbé
BMC Genomics, 2007, 8, pp.143. ⟨10.1186/1471-2164-8-143⟩
Article dans une revue hal-00373371v1

Unis pour survivre : les pucerons et leurs bactéries symbiotiques

Yvan Rahbé , H. Charles , Federica Calevro , Jean-Christophe Simon , C. Rispe
Biofutur, 2007, 279, pp.49-52
Article dans une revue hal-00391504v1
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Different levels of transcriptional regulation due to trophic constraints in the reduced genome of Buchnera aphidicola APS

N. Reymond , Federica Calevro , J. Vinuelas , N. Morin , Yvan Rahbé
Applied and Environmental Microbiology, 2006, 72 (12), pp.7760-7766. ⟨10.1128/AEM.01118-06⟩
Article dans une revue hal-00391509v1
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Codon usage bias and tRNA over-expression in Buchnera aphidicola after aromatic amino acid nutritional stress on its host Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas , J.M. Fayard , Yvan Rahbé
Nucleic Acids Research, 2006, 34 (16), pp.4583-4592. ⟨10.1093/nar/gkl597⟩
Article dans une revue hal-00391277v1

Bioinformatique des puces à ADN et application à l'analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola

H. Charles , Federica Calevro , N. Reymond , Yvan Rahbé , G. Febvay
L'Echo des Puys, INRA Clermont-Ferrand, 2005, 79, pp.6
Article dans une revue hal-00391275v1

Assessment of 35mer amino-modified oligonucleotide based microarray with bacterial samples.

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , Jean-Pierre Cloarec
Journal of Microbiological Methods, 2004, 57 (2), pp.207-18. ⟨10.1016/j.mimet.2004.01.009⟩
Article dans une revue hal-00402180v1

Rôle clé du bactériocyte dans la résilience du puceron aux stress nutritionnels

Federica Calevro , Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Stefano Colella , Karen Gaget
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03514026v1

Effecteurs et inhibiteurs de l’apoptose chez le puceron du pois : annotation et implication dans la mort cellulaire bactériocytaire

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand
10. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2017, Colmar, France
Communication dans un congrès hal-03506807v1

Life history traits and tissue-specific gene expression changes underlying the symbiotic pea aphid resilience to a tyrosine and phenylalanine depleted diet

Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
9. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2016, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506796v1
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From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways

Patrice Baa-Puyoulet , Mathieu Labernardiere , Nicolas Parisot , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208786v1

SymbAphidBase : une base de données nouvelle dédiée aux symbiotes de pucerons pour stocker et visualiser les génomes séquencés en standardisant leurs annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208785v1

Aphicibles - Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides

Yvan Rahbé , Denis Tagu , Guy Condemine , E Guiderdoni , Federica Calevro
ANR - Colloque Plant Genomics 2012, Apr 2012, Pont Royal en Provence, France
Communication dans un congrès hal-03506701v1

Transcriptome analysis of embryo development in a parthenogenetic and symbiotic insect model, the pea aphid

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé
IPG'10 Integrative Post-Genomics, Centre Jacques Cartier. Lyon, FRA., Nov 2011, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02814211v1

Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal
4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02808863v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Nadia Bendridi
Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-00748785v1

Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois (Acyrthosiphon pisum)

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. n. p
Communication dans un congrès hal-02818835v1

Individual and compartment specific response to RNAi in aphids: each individual matters

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Gérard Febvay
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02821530v1
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Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé
EMBO Workshop on Systems Biology of Development, EMBO. Heidelberg, DEU., Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p
Communication dans un congrès hal-01231279v1

Aphicibles : Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides

Yvan Rahbé , Denis Tagu , Guy Condemine , Emmanuel Guiderdoni , Federica Calevro
Genoplante 2010, Agence Nationale de la Recherche (ANR). Paris, FRA., Mar 2010, Avignon, France. 40 diapos
Communication dans un congrès hal-02824684v1

Caractérisation transcriptomique du développement embryonnaire et larvaire du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p
Communication dans un congrès hal-02755293v1

Exploration génomique et fonctionnelle des insectes et de leurs partenaires symbiotiques

Hubert Charles , Stefano Colella , Federica Calevro , Gérard Febvay , Yvan Rahbé
Journée Sciences Croisées "Modélisation et Sciences Numériques : nouveaux instruments et opportunités", Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon). Conseil Scientifique de l'INSA, Villeurbanne, FRA., Oct 2010, Villeurbanne, France. n. p
Communication dans un congrès hal-02804281v1

Genomic analysis of the transport function in the symbiotic system of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Yvan Rahbé , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel
5. Meeting GDRE-RA "Comparative genomics", Institut d'Estudis Catalans (IEC). Barcelona, ESP., Nov 2010, Barcelone, Spain. n. p
Communication dans un congrès hal-02823073v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France
Communication dans un congrès hal-02815123v1

Besoins en acides aminés des embryons de femelles parthénogénétiques du puceron du pois.

Andréane Rabatel , Nadia Bendridi , Gabrielle Duport , Marjolaine Rey , Stefano Colella
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Jun 2009, PARIS, France
Communication dans un congrès hal-00511624v1

The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism

Stefano Colella , A. Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
Communication dans un congrès hal-00498411v1

Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos

Andréane Rabatel , Nadia Bendridi , - Duport, G. , Marjolaine Rey , Stefano Colella
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-02820893v1

Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos

A. Rabatel , N. Bendridi , G. Duport , Stefano Colella , J. Bermingham
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391499v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States
Communication dans un congrès hal-02814342v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391280v1

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

A. Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , A. Veron , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
Communication dans un congrès hal-00496032v1

Xylem consumption response to osmotic stress in aphids

J. Pompon , Yvan Rahbé , Federica Calevro , D. Quiring , C. Goyer
Annual meeting, Entomological Society of Canada, Winnipeg - Canada, 2009, Canada
Communication dans un congrès hal-00496044v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-02814863v1

Un vieux couple à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et sa bactérie symbiotique

Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay , Hubert Charles , Yvan Rahbé
Séance commune Académie Agriculture et Académie des Sciences, Académie d'Agriculture de France (AAF). Paris, FRA., Dec 2009, Paris, France. 23 diapos
Communication dans un congrès hal-02824438v1

Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391279v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

A. Vellozo , Stefano Colella , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391519v1

Les réseaux métaboliques et génétiques

H. Charles , G. Beslon , Federica Calevro , Jean-François Boulicaut , J.M. Fayard
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391271v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard , Gérard Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02824972v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses

Augusto Vellozo , Stefano Colella , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02821711v1

Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay , Yvan Rahbé
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2008, Paris (France), janvier 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391259v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , J.M. Fayard , G. Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391273v1

Transcriptomique

Jean-François Boulicaut , Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391255v1

Conservation de la relation entre niveau d'expression des gènes et organisation du chromosome chez Buchnera aphidicola, symbiote primaire des pucerons : exemple d'un génome réduit mais non dégénéré

J. Vinuelas , Federica Calevro , D. Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé
XVème Colloque de Physiologie de l'Insecte, Jul 2007, Rennes, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00373311v1

Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?"

Yvan Rahbé , H. Charles , J. Vinuelas , N. Reymond , Federica Calevro
Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391505v1

Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

J. Vinuelas , Federica Calevro , Didier Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé
Theoretical Approaches for the Genome Workshop, Nov 2006, France
Communication dans un congrès hal-00506911v1

Relationship between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , D. Remond , Yvan Rahbé
5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391524v1

Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)

L. Cottret , L. Brinza , J. Vinuelas , G. Duport , Federica Calevro
Journée INRA-INRIA "Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l'organisme", 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391289v1

Metabolic interactions between the bacterium Buchnera aphidicola and its obligate symbiotic partner, the pea aphid: nutritional studies combined with transcriptome analyses

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , G. Febvay , Yvan Rahbé
5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391262v1

Buchnera aphidicola, endocytobiote du puceron : transcriptome d'un génome "dégénéré"

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas , G. Febvay , Yvan Rahbé
Rencontres 2006 des Microbiologistes de l'INRA, 2006, Dourdan (France), juin 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391278v1

Relationships between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , Didier Remond , Yvan Rahbé
5th International of Symbiosis Society Congress, Aug 2006, Autriche
Communication dans un congrès hal-00506826v1

Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , A. Groppi , A. Barre
Colloque INRA "Apports de la génomique à la physiologie et la pathologie de l'insecte", 2006, Montpellier (France), mars 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391267v1

Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

J. Vinuelas , Federica Calevro , D. Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé
Workshop "Theoretical Approaches for the Genome", 2006, Annecy-le-Vieux (France), novembre 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391525v1

Of lice and plants: metabolite flows in the trophic pathway of phloem feeding insects as analysed through genomic and EST data from the aphid symbiosis

Yvan Rahbé , Federica Calevro , H. Charles , G. Febvay , Denis Tagu
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S233
Communication dans un congrès hal-00391503v1

Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , A. Groppi , A. Barre
Integrative Post-Genomics - IPG'05, 2005, Lyon (France), novembre-décembre 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391266v1

Genomewide transcriptional changes associated with nutritional alterations affecting phenylalanine and tyrosine metabolism in Buchnera aphidicola

H. Charles , Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , Yvan Rahbé
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 2005, Lyon (France), juillet 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391274v1

Analyse transcriptomique de la réponse de Buchnera aphidicola à un stress métabolique subi par son hôte le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , A. Dumitru , Yvan Rahbé
Journées Reseau Ecologie et Interactions Durables (REID), 2005, Lyon (France), janvier 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391260v1

Global transcriptional responses of Buchnera aphidicola to aromatic amino acid limitation in the diet of its symbiotic partner, the phloem sap feeding insect Acyrthosiphon pisum

Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , Yvan Rahbé , J. Bernillon
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S226
Communication dans un congrès hal-00391261v1

Buchnera aphidicola, bactérie endosymbiotique des pucerons : génomes et physiologie symbiotique

Yvan Rahbé , Z Al Ayoubi , Federica Calevro , Hubert Charles , Jean-Michel Fayard
4. Colloque de Physiologie de l’Insecte, Apr 2003, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506623v1

Analyse du transcriptome de Buchnera, la bactérie symbiotique intracellulaire des pucerons : une approche méthodologique

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , J.P. P Cloarec
14. Colloque de Physiologie de l’Insecte, Apr 2003, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506495v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Poster de conférence hal-03513048v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
XIth European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy
Poster de conférence hal-03509885v1

Cathepsin-L proteinase is involved in cuticle remodeling during the molting process in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget
7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. , 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02797200v1
Image document

SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro
13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798649v1

Implication de la cathepsine-L dans le remodelage cuticulaire durant le processus de mue chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014
Poster de conférence hal-02795332v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nadia Bendridi
6. International Symposium on Molecular Insect Science, Oct 2011, Amsterdam, Netherlands. Elsevier, 2011,  
Poster de conférence hal-02747829v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nadia Bendridi
4. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2011, Paris, France. 1 p., 2011
Poster de conférence hal-02805925v1

Réponse tissu-spécifique au traitement par RNAi chez le puceron du pois : une étude cinétique à l’échelle de l’individu

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Stéphanie Jaubert-Possamai
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CB-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l'Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
Poster de conférence hal-02755004v1

Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CBI-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
Poster de conférence hal-02755294v1

Evolution of the regulatory network in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular symbiotic bacteria of aphids

Lilia Brinza , Federica Calevro , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé , Pedro da Silva
18. Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution, Apr 2010, Lyon, France. 1 p., 2010
Poster de conférence hal-02811608v1

Single insect and tissue compartment specific response to RNAi microinjection in aphids: each individual matters

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Thomas Horn , Michael Boutros
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 1 p., 2010
Poster de conférence hal-02820936v1

Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”

Augusto Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium
Poster de conférence hal-02753908v1

Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , L. Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown, juillet 2008, United States. 2008
Poster de conférence hal-02818508v1

Genomic DNA: an attractive candidate for microarray data normalization

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , Yvan Rahbé , G. Febvay
Integrative Post-Genomics - IPG'05, 2005, Lyon (France), novembre-décembre 2005, France. , pp.1-1, 2005
Poster de conférence hal-00391523v1

A preliminary methodological approach to study the transcriptome of Buchnera, the intracellular symbiotic bacteria of aphids

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , J.P. P Cloarec
Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'03, May 2003, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-03506498v1

Bioinformatique du transcriptome de Buchnera, symbiote intracellulaire des pucerons

Hubert Charles , Federica Calevro , Nancie Reymond , Frederique Laforest , Anne Tchounikine
Rencontres 2003 des Microbiologistes de l'INRA, May 2003, Dourdan, France
Poster de conférence hal-03506503v1

Analyse du transcriptome de Buchnera: développement d'une première puce à ADN

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , J.P. P Cloarec , Yvan Rahbé
Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-03506459v1