François EHRENMANN

François Ehrenmann, Ingénieur d'études - Administrateur systèmes d'information et bases de données
63 %
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Affiliations actuelles
  • Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo)
  • International ImMunoGeneTics Information System (IMGT)
Identifiants chercheurs
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Présentation

Administrateur de Systèmes d'informations - Bases de données - Développement Web - Gestion des données

Activités principales

  • Administrateur systèmes d'informations et bases de données
  • Gestion, développement et maintenance des applications web / bases de données de l'unité et dans le cadre du réseau EVOLTREE (Quercus Portal, Pinus Portal)
  • Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrants différents champs (génétique, génomique, écologie). Interopérabilité avec les bases de données et le système d'information GnpIS (URGI Versailles)
  • Plans de gestions de données (PGD) de projets et d'unité
  • Référent Données Opérationnel (RDO) département ECODIV
  • Administrateur de la collection d'unité BIOGECO dans Data INRAE
  • Co-pilote du processus Systèmes d'informations du CRB Artemis de l'infrastructure de recherche RARe
  • Pilote du projet Cahier de Laboratoire Electronique eLabFTW@INRAE
  • Designer et développeur de l'outil de catalogage des données de recherche MAGGOT

Participation aux infrastructures et projets de recherche

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An ecosystem for producing and sharing metadata within the web of FAIR Data

Daniel Jacob , François Ehrenmann , Romain David , Joseph Tran , Cathleen Mirande-Ney et al.

GigaScience, 2025, 14, pp.1-8. ⟨10.1093/gigascience/giae111⟩

Article dans une revue hal-04873759v1
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Effects of the cascading translocations of larch (Larix decidua Mill.) on canker disease due to Lachnellula willkommii (R. Hartig) Dennis

Cécile Robin , Stefanie Wagner , Olivier Baubet , François Ehrenmann , Bastien Castagneyrol et al.

Annals of Forest Science, 2023, 80 (1), pp.29. ⟨10.1186/s13595-023-01200-z⟩

Article dans une revue hal-04183932v1

Les bases d’un outil d’aide au déclenchement des éclaircies : SYLV’ÉCLAIR

Cécile Maris , Céline Meredieu , François Ehrenmann , Thierry Labbé , Roland de Lary et al.

Forêt & innovation., 2023, 1, pp.16-19

Article dans une revue hal-04105352v1
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Pineline : Une base de données couplée à une application web pour le suivi en continu de la dynamique temporelle de croissance radiale du Pin maritime en Aquitaine

Raphaël Ségura , Léa Antunez , Céline Meredieu , Thierry Labbé , Jean-Marc Gion et al.

NOV'AE, 2022, 10, pp.1-15. ⟨10.17180/novae-2022-NO-art10⟩

Article dans une revue hal-03972736v1
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Long-term and large-scale Quercus petraea population survey conducted in provenance tests installed in France

Alexis Ducousso , François Ehrenmann , Quentin Girard , Jean Baptiste Lamy , Jean Marc Louvet et al.

Annals of Forest Science, 2022, 79 (26), pp.1-10. ⟨10.1186/s13595-022-01141-z⟩

Article dans une revue (data paper) hal-03724786v1
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SNP4OrphanSpecies: A bioinformatics pipeline to isolate molecular markers for studying genetic diversity of orphan species

Benjamin Penaud , Benoit Laurent , Marine Milhes , Camille Noûs , François Ehrenmann et al.

Biodiversity Data Journal, 2022, 10, pp.1-18. ⟨10.3897/BDJ.10.e85587⟩

Article dans une revue hal-03799044v1
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An easy and robust method for isolation and validation of single-nucleotide polymorphic markers from a first Erysiphe alphitoides draft genome

Cyril Dutech , N. Feau , Isabelle Lesur , François Ehrenmann , Thomas Letellier et al.

Mycological Progress, 2020, 19 (6), pp.615-628. ⟨10.1007/s11557-020-01580-w⟩

Article dans une revue hal-02768215v1
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat et al.

Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩

Article dans une revue hal-01820559v1
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Adaptive and plastic responses of Quercus petraea populations to climate across Europe

Cuauhtémoc Saenz Romero , Jean-Baptiste Lamy , Alexis Ducousso , Brigitte Musch , François Ehrenmann et al.

Global Change Biology, 2017, 23 (7), pp.2831-2847. ⟨10.1111/gcb.13576⟩

Article dans une revue hal-01608713v1
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Fine-scale species distribution changes in a mixed oak stand over two successive generations

Laura Truffaut , Emilie Chancerel , Alexis Ducousso , Jean-Luc Dupouey , Vincent Badeau et al.

New Phytologist, 2017, 215 (1), pp.126-139. ⟨10.1111/nph.14561⟩

Article dans une revue hal-01604940v1
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High-density linkage mapping and distribution of segregation distortion regions in the oak genome

Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Emilie E. Chancerel , François Ehrenmann , Antoine Kremer , Christophe Plomion

DNA Research, 2016, 23 (2), pp.115-124. ⟨10.1093/dnares/dsw001⟩

Article dans une revue hal-02635371v1
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High-density SNP assay development for genetic analysis in maritime pine (Pinus pinaster)

Christophe Plomion , Jérôme Bartholomé , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Christophe C. Boury , Isabel Rodríguez-Quilón et al.

Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (2), pp.574-587. ⟨10.1111/1755-0998.12464⟩

Article dans une revue istex hal-02640393v2
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The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release

Isabelle Lesur , Grégoire G. Le Provost , Pascal Bento , Corinne da Silva , Jean-Charles Leplé et al.

BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.112. ⟨10.1186/s12864-015-1331-9⟩

Article dans une revue hal-02285504v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe et al.

Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩

Article dans une revue istex hal-01579667v1
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Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution

Marina de Miguel , Jérôme Bartholome , François Ehrenmann , Florent Murat , Yoshinari Moriguchi et al.

Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (10), pp.evv185. ⟨10.1093/gbe/evv185⟩

Article dans une revue hal-02285512v1

Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high-density SNP array for genetic analysis in European white oaks

Camille Lepoittevin , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Emilie E. Chancerel , Laure Villate , Tiange Lang et al.

Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (6), pp.1446-1459. ⟨10.1111/1755-0998.12407⟩

Article dans une revue istex hal-02635881v1

De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology

Javier Canales , Rocío Bautista , Philippe Label , Josefa Gómez-Maldonado , Isabelle Lesur Kupin Lesur et al.

Plant Biotechnology Journal, 2014, 12 (3), pp.286-299. ⟨10.1111/pbi.12136⟩

Article dans une revue hal-02640932v1
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Genome-wide distribution of genetic diversity and linkage disequilibrium in a mass-selected population of maritime pine

Christophe Plomion , Emilie E. Chancerel , Jeffrey Endelman , Jean-Baptiste J.-B. Lamy , Eric Mandrou et al.

BMC Genomics, 2014, 15, 17 p. ⟨10.1186/1471-2164-15-171⟩

Article dans une revue hal-02636858v1
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High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination

Emilie E. Chancerel , Jean-Baptiste J.-B. Lamy , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Celine C. Noirot , Christophe Klopp et al.

BMC Biology, 2013, 11, 19 p. ⟨10.1186/1741-7007-11-50⟩

Article dans une revue hal-00964786v1

IMGT/DomainGapAlign: the IMGT® tool for the analysis of IG, TR, MH, IgSF, and MhSF domain amino acid polymorphism

François Ehrenmann , Mp Lefranc

Methods in Molecular Biology, 2012, 882, pp.605-633. ⟨10.1007/978-1-61779-842-9_33⟩

Article dans une revue hal-00722914v1
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Mass spectrometry detection of G3m and IGHG3 alleles and follow-up of differential mother and neonate IgG3.

Célia Dechavanne , François Guillonneau , Giovanni Chiappetta , Laïla Sago , Prisca Lévy et al.

PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e46097. ⟨10.1371/journal.pone.0046097⟩

Article dans une revue hal-00858141v1

IMGT/3Dstructure-DB: Querying the IMGT Database for 3D Structures in Immunology and Immunoinformatics (IG or Antibodies, TR, MH, RPI, and FPIA)

François Ehrenmann , Mp Lefranc

Cold Spring Harbor protocols, 2011, 6, pii: pdb.prot5637. doi: 10.1101/pdb.prot5637. ⟨10.1101/pdb.prot5637⟩

Article dans une revue hal-00616465v1

IMGT/DomainGapAlign: IMGT Standardized Analysis of Amino Acid Sequences of Variable, Constant, and Groove Domains (IG, TR, MH, IgSF, MhSF).

François Ehrenmann , Mp Lefranc

Cold Spring Harbor protocols, 2011, 6, pii: pdb.prot5636. doi: 10.1101/pdb.prot5636. ⟨10.1101/pdb.prot5636⟩

Article dans une revue hal-00616462v1

IMGT/Collier de Perles: IMGT Standardized Representation f Domains (IG, TR, and IgSF Variable and Constant Domains, MH and MhSF Groove Domains)

François Ehrenmann , Véronique Giudicelli , Patrice Duroux , Marie-Paule Lefranc

Cold Spring Harbor protocols, 2011, 6, pp.726-736. ⟨10.1101/pdb.prot5635⟩

Article dans une revue hal-00616472v1
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IMGT/3D Structure-DB and IMGT/DomainGapAlign: a database and a tool for immunoglobulins or antibodies, T cell receptors, MHC, IgSF and MhcSF.

François Ehrenmann , Q. Kaas , Marie-Paule Lefranc

Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Suppl 1), pp.D301-D307. ⟨10.1093/nar/gkp946⟩

Article dans une revue hal-00450668v1
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IMGT(R), the international ImMunoGeneTics information system(R).

Marie-Paule Lefranc , Véronique Giudicelli , Chantal Ginestoux , Joumana Jabado-Michaloud , Géraldine Folch et al.

Nucleic Acids Research, 2008, 37 (suppl. 1), pp.D1006-D1012. ⟨10.1093/nar/gkn838⟩

Article dans une revue hal-00357158v1
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Maggot, outil de catalogage des données de recherche

Daniel Jacob , François Ehrenmann

Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, Jun 2024, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-04682198v1

Un site web pour les propriétaires forestiers pour faciliter la prise de décision des coupes

Céline Meredieu , Sylvain Descloux , François Ehrenmann , Thierry Labbé , Cécile Maris et al.

Journées Forem 2023, Apr 2023, Grenoble, France

Communication dans un congrès hal-04224292v1
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eLabFTW@INRAE

François Ehrenmann , Tovo Rabemanantsoa

Journées de la Mesure et de la Métrologie, INRAE, Oct 2023, Sète, France

Communication dans un congrès hal-04239684v1

In-Sylva-France a new research infrastructure for forest adaptation and silvicultural innovations

Christian Pichot , Laurent Saint‐andré , Alain Bouvet , Christine Deleuze , François Ehrenmann et al.

IUFRO World Congress 2019 "Forest Research and Cooperation for Sustainable Development", embrapa, Sep 2019, Curitiba, Brazil. 768 p., ⟨10.4336/2019.pfb.39e201902043⟩

Communication dans un congrès hal-04188784v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury et al.

PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides

Communication dans un congrès hal-01839185v1
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Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics

Célia Michotey , Christel Anger , François Ehrenmann , Odile Rogier , Véronique Jorge et al.

IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France

Communication dans un congrès hal-02740283v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie et al.

Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p

Communication dans un congrès hal-02741698v1

Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources

Joelle J. Amselem , Jean Marc Aury , Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Corinne da Silva et al.

IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p

Communication dans un congrès hal-02741128v1
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Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution

Marina de Miguel , Jérôme Bartholome , François Ehrenmann , Florent Murat , Yoshinari Moriguchi et al.

ProCoGen final open conference, Promoting Conifer Genomic Resources, Nov 2015, Orléans, France. 75 p

Communication dans un congrès hal-02741312v1

Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Grégoire G. Le Provost , Céline C. Lalanne , François Ehrenmann , Céline Noirot et al.

IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02806071v1

Development of high density linkage maps in European oak for multi-objective genetic applications

Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Emilie E. Chancerel , Camille Lepoittevin , François Ehrenmann , Isabelle Lesur Kupin Lesur et al.

IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02805716v1

Quercus portal: a web resource for genetics and genomics of oaks

François Ehrenmann , Antoine Kremer

IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02804818v1

Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome

Christophe Plomion , Joelle J. Amselem , Jean-Marc Aury , Catherine Bodenes , Emilie Chancerel et al.

IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-01019850v1
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Un cahier de laboratoire électronique à INRAE

François Ehrenmann , Tovo Rabemanantsoa

21. École Inter-Organismes Qualité et responsabilité sociétale en recherche et en enseignement supérieur, Sep 2023, MONTPELLIER, France

Poster de conférence hal-04211298v1
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Maggot : Designed to foster good data management, with « data sharing » in mind.

Daniel Jacob , François Ehrenmann , Philippe Chaumeil

Semantic Linked Data at INRAE, Oct 2023, Sète, France

Poster de conférence hal-04256711v1
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Genetic parameters of maritime pine radial growth during a specific drought event

Laurent Bouffier , Raphael Segura , François Ehrenmann , Jean-Marc Gion

Forest Genetics 2017 - Forest Health and Productivity in Changing Environments, Jun 2017, Edmonton, Canada

Poster de conférence hal-03341365v1

Detection of WUE positional candidate genes by combining QTL maps and BAC sequencing with the annotated oak genome sequence

Nicolas Francillonne , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , François Ehrenmann , Célia Michotey , Antoine Kremer et al.

Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts

Poster de conférence hal-02741266v1

High density genetic map in oak reveals segregation distortion in oak and allows comparative mapping between oak and chestnut

Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Emilie E. Chancerel , François Ehrenmann , Meg Staton , Thomas Lane et al.

Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts

Poster de conférence hal-02741322v1
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Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics

Célia Michotey , Christel Anger , François Ehrenmann , Odile Rogier , Véronique Jorge et al.

35. New Phytologist Symposium, Jun 2015, Boston, United States. 2015

Poster de conférence hal-02795537v1

Use of IMGT® Databases and Tools for Antibody Engineering and Humanization

Marie-Paule Lefranc , François Ehrenmann , Sofia Kossida , Véronique Giudicelli , Patrice Duroux

Antibody Engineering, 1827, Springer New York, pp.35-69, 2018, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-8647-7. ⟨10.1007/978-1-4939-8648-4_3⟩

Chapitre d'ouvrage hal-04237636v1
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EVOLTREE ELAB - An information system for forest genetics

François Ehrenmann , Stephan Gaubitzer , Dieter Kopecky , Schmidt Johanna , Silvia Fluch et al.

Evolution of trees and forest communities, PG Edition, 175 p., 2016, 978-2-9519296-3-9

Chapitre d'ouvrage hal-01603666v1

Use of IMGT(®) databases and tools for antibody engineering and humanization

Marie-Paule Lefranc , François Ehrenmann , Chantal Ginestoux , Véronique Giudicelli , Patrice Duroux

Antibody Engineering: Methods and Protocols, 907, Patrick Chames, pp.3-37, 2012, Methods in Molecular Biology, 978-1-61779-973-0. ⟨10.1007/978-1-61779-974-7_1⟩

Chapitre d'ouvrage hal-00742879v1

Standardized Sequence and Structure Analysis of Antibody Using IMGT®

François Ehrenmann , Patrice Duroux , Véronique Giudicelli , Marie-Paule Lefranc

Antibody Engineering, 2, Springer Berlin Heidelberg, pp.11-31, 2010, 978-3-642-01146-7. ⟨10.1007/978-3-642-01147-4_2⟩

Chapitre d'ouvrage hal-04232950v1