
Frédéric Choulet
- Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC)
Présentation
Frédéric Choulet est Ingénieur de Recherche du département Biologie et Amélioration des Plantes d’INRAE. Après une thèse à l’Université de Nancy en génomique bactérienne, il a rejoint l’unité GDEC (Génétique, Diversité, Ecophysiologie des Céréales) UMR INRAE-Université Clermont Auvergne en 2007 en postdoc puis en tant qu’IR en 2009. Sa spécialité est la bioinformatique des génomes. Il a été impliqué dans le séquençage du génome du blé tendre, une espèce hexaploïde au génome complexe, dans le cadre d’une initiative internationale qui a mobilisé la communauté scientifique fédérée au sein du consortium IWGSC. Au-delà des aspects méthodologiques, des développements bioinformatiques, Frédéric mène des recherches qui visent à caractériser la composition du génome et surtout sa variabilité aux échelles inter- et intra-spécifiques. Il s’intéresse notamment aux éléments transposables, à leur dynamique évolutive, leur contribution à la variabilité génomique et à l’adaptation chez cette espèce.
Compétences
Publications
Publications
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Sequencing complex genomes of TriticeaePacbio PRISM 2024, Pacbio, Apr 2024, Lisbonne, Portugal
Communication dans un congrès
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CONTROLLING HOMOLOGOUS AND HOMOEOLOGOUS RECOMBINATION IN BREAD WHEAT TO ENHANCE THE DEVELOPMENT OF ORIGINAL AND PRODUCTIVE WHEAT VARIETIESInternational Wheat Conference, Encanta Events, Sep 2024, Perth, Australia
Communication dans un congrès
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Wheat genome sequenceRegeneCrop Meeting, UMR GDEC, INRAE-UCA, Jun 2023, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Sequencing complex genomes of wheat wild relativesGentyane Revio Launch Day, Pacbio, Dec 2023, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Sequencing the genome of the French wheat variety RenanIWGSC Webinar, IWGSC - International Wheat Genome Sequencing Consortium, Sep 2022, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Genome Bioinformatics at GDECAuBi-NGS Annual Meeting, AuBi - Auvergne Bioinformatique, Dec 2022, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Annotation des gènes et des éléments transposables chez le bléRencontres Science et Partenariat, Plant2Pro Institut Carnot, Jun 2022, Paris, France
Communication dans un congrès
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Sequencing, annotation, and pangenomics in wheatWebinaire de l'AFBV, Association Française des Biotechnologies Végétales, May 2022, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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IWGSC RefSeq v2.1 AnnotationPlant and Animal Genome 2020, Sherago, Jan 2020, San diego (Californie), United States
Communication dans un congrès
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Structural Variations and Dynamics of Transposable Elements in the Wheat GenomeJournée Pangénomique Végétale, GIS Biologie Végétale, Jul 2019, Paris, France
Communication dans un congrès
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Dynamics of transposable elements in the 16 Gb hexaploid wheat genomeCongrès National des Eléments Transposables (CNET) 2018, Jul 2018, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Dynamics of transposable elements in the 16 Gb hexaploid wheat genomeJournée annotation structurale et fonctionnelle des génomes eukaryotes, Nov 2018, Paris, France
Communication dans un congrès
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The reference sequence for the bread wheat genomePAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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The IWGSC Data repository and wheat data resources hosted at URGI: Overview and perspectivesPAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.32 slides
Communication dans un congrès
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Challenges of gene and repeat annotation of the wheat genome sequencePlant and Animal Genome XXV Conference; IWGSC Standards and Protocoles Workshop, 2017, San Diego, CA, United States
Communication dans un congrès
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The IWGSC Reference genome browser, data mining and beyondPAG XXV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2017, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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Identifying sequence features impacting recombination in wheat: lessons from chromosome 3B13. Int. Wheat Genet. Symp, Apr 2017, Tulln, France
Communication dans un congrès
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Bread wheat whole genome sequence assemblyColloque EPGV 2016, Détection Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux, Oct 2016, Angers, France
Communication dans un congrès
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Positional cloning of a QTL, qDHY.3BL, on chromosome 3BL for drought and heat tolerance in bread wheatPlant and Animal Genomie Conference XXIV, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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Unlocking the cross-incompatibility between wheat and rye?24. International Congress on Sexual Plant Reproduction, International Association of Sexual Plant Reproduction Research (IASPRR). RUS., Mar 2016, Tucson, United States
Communication dans un congrès
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Assessing structural variations of the hexaploid wheat genomePlant and Animal Genome XXIV Conference; Trticeae Genetics and Genomics Workshop, Jan 2016, San Diego, CA, United States
Communication dans un congrès
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Structure and dynamics of the hexaploid wheat genomeTGAC Seminar, Genome Analysis Centre (TGAC). GBR., Jan 2016, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Sequencing and Analysis of Wheat Chromosome 1BPlant and Animal Genome XXIV Conference; IWGSC Standards and Protocoles Workshop, Jan 2016, San Diego, CA, United States
Communication dans un congrès
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IWGSC Sequence Repository: Moving towards tools to facilitate data integration for the reference sequence of wheatPAG XXIV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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Exploitation of the 5BS physical map to complete the SKr crossability locus24. Plant and Animal Genome Conference (PAG XXIV), Scherago International Inc. USA., Jan 2016, San Diego, United States. 1 p
Communication dans un congrès
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Overview of Actual and Ancestral Recombination in Relationship with the Sequence in Wheat: Focus on 3B ChromosomePlant and Animals Genomics Conference XXIV / Recombination Mechanism Workshop, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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A reference sequence of bread wheat chromosome 3BJOBIM Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Wheat genome sequencing: initiatives, resources, knowledgeSéminaire du Groupe Céréales, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (1095)., Apr 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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Structure and evolution of the wheat genomeSeminar GReD, Feb 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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IWGSC sequence repository : how to facilitate pseudomolecule assembly?PAG XXIII - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2015, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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A reference sequence of wheat chromosome 3B3. Plant Genomics Congress, May 2015, London, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Structural variations of the hexaploid wheat chromosome 3B9. International Wheat Conference, ICMS Australasia. AUS., Sep 2015, Sydney, Australia. 195 p
Communication dans un congrès
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Characterization of recombination hot spots in bread wheat: Example of chromosome 3BWorkshop Series DynaGeV (Dynamique des Génomes Végétaux), May 2015, Toulouse, France
Communication dans un congrès
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Structural variations along the bread wheat genome3. Plant Genomics Congress, May 2015, London, United Kingdom
Communication dans un congrès
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A reference sequence of wheat chromosome 3BSéminaire du Département de Biologie et Amélioration des Plantes, Apr 2014, Pont Royal en Provence, France
Communication dans un congrès
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The IWGSC: Strategies and activities to sequence the bread wheat genomePlant Genomes' Day, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). US Centre National de Ressources Génomiques Végétales (1258)., Jun 2014, Toulouse, France
Communication dans un congrès
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A reference sequence of wheat chromosome 3B22. Conference on Plant and Animal Genome, Jan 2014, San Diego, United States
Communication dans un congrès
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Assembling a pseudomolecule for a wheat chromosome: the 3B experience22. Conference on Plant and Animal Genome, Jan 2014, San Diego, Californie, United States
Communication dans un congrès
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Impact des caractéristiques de la séquence sur la localisation des points chauds de recombinaison et la répartition du déséquilibre de liaison le long du chromosome 3B du blé tendreSéminaire Selgen, Dec 2014, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02340473
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Sequencing and Assembling a Reference Sequence of the 1 Gb Wheat Chromosome 3BIWGSC Wheat Genome Sequencing Strategy and Funding Workshop, International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC). USA., Apr 2013, Evry, France
Communication dans un congrès
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Séquençage, assemblage et analyse du chromosome 3B du blé tendreSéminaire INRIA Symbiose, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). FRA., Feb 2013, Rennes, France
Communication dans un congrès
hal-02744514
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A strategy to assemble a reference sequence of the 1 Gb wheat chromosome 3BTGAC/ESF-LESC workshop, Strategies for de novo assemblies of complex crop genomes, Genome Analysis Centre (TGAC). Norwich, GBR., Oct 2012, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-02809032
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Towards a reference sequence of the 1 Gb wheat chromosome 3B16. Annual Advances in Genome Biology and Technology (AGBT), Feb 2012, Marco Island, Floride, United States
Communication dans un congrès
hal-02807639
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Report on sequencing the wheat chromosome 3B19. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2011, San Diego, Californie, United States. 1 p
Communication dans un congrès
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Sequencing and Analyses of the Hexaploid Wheat Chromosome 3B19. Conference on Plant and Animal Genome, Jan 2011, San Diego, CA, United States
Communication dans un congrès
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Sequencing and molecular analysis of a 12 cM locus carrying multiple durable disease resistance genes on chromosome 3BS in hexaploid wheatSéminaire Génoplante 2010, Mar 2010, Mallemort de Provence, France
Communication dans un congrès
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Sequencing and analyses of the hexaploid wheat chromosome 3B10. conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom
Communication dans un congrès
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Towards sequencing the 1 Gb wheat chromosome 3B1. Workshop of StatSeq COST Action TD0801, Oct 2009, Barcelona, Spain
Communication dans un congrès
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Sequencing, annotation and characterization of 17 Mb of chromosome 3B contigs provide novel insights into the wheat genome organization and evolution19. International Triticeae Mapping Initiative - 3rd COST Tritigen, 2009, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès
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The wheat genome: swimming in an ocean of transposable elementsICTE 2008: International Congress on Transposable Elements, Apr 2008, Saint Malo, France
Communication dans un congrès
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Sequencing and analysis of megabase-sized genomic regions from wheat16. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2008, San Diego, Californie, United States
Communication dans un congrès
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Sequence analyses of Megabase-sized contigs of the wheat genome2. Workshop on TritiGEN. COST Action FA604, Apr 2008, Albena, Bulgaria
Communication dans un congrès
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Analyse de diversité d'un panel de pré-breeding de blé tendre par une approche transcriptomique9 ème rencontres du FSOV -2024, Apr 2024, Paris, France
Poster de conférence
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IWGSC 2.0: Implementing the Wheat Diversity ProjectPAG 2024 Australia, Sep 2024, Perth, Australia
Poster de conférence
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Deciphering strucutral variation in wheat genome using resequencing dataPAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 2018
Poster de conférence
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Linking genomic and epigenomic features in the hexaploid wheat genome2. International Wheat Innovation Workshop, Mar 2018, Clermont-Ferrand, France. , 2018
Poster de conférence
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Impact of meiotic recombination on gene admixture for wheat improvement9. International Wheat Conference, Sep 2015, Sydney, Australia. 195 p., 2015, 9th International Wheat Conference 20-25 September 2015, Sydney, Australia : Program and Abstracts
Poster de conférence
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SKr, a major QTL involved in crossability of wheat with rye23. congress on Sexual Plant Reproduction, Jul 2014, Porto, Portugal. 2014
Poster de conférence
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The TriAnnot pipeline and its application to the wheat chromosome 3B annotationEuropean Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014, European Conference on Computational Biology
Poster de conférence
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SMART: Sequencing and molecular analysis of a 12 cM locus carrying multiple durable disease resistance genes on chromosome 3BS in hexaploid wheatSéminaire GENOPLANTE 2008, 2008, Arles, France. , 2008
Poster de conférence
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Evidence for a High Heterogeneity Between the Terminal Regions of the Chromosomes of Two Phylogenetically Close Species, Streptomyces ambofaciens and Streptomyces coelicolor by Genome ComparisonStreptomyces dissemination meeting, Jul 2003, Guilford, United Kingdom. 2003, Streptomyces dissemination meeting
Poster de conférence
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Structural and Functional Annotation of the Wheat GenomeRudi Appels, Kellye Eversole, Catherine Feuillet, Dusti Gallagher. The Wheat Genome, Springer International Publishing, pp.51-73, 2024, Compendium of Plant Genomes, ⟨10.1007/978-3-031-38294-9_4⟩
Chapitre d'ouvrage
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The Wheat Black Jack : advances towards sequencing the 21 chromosomes of the bread wheat genomeGenomics of Plant Genetic Resources, Editions Springer, 704 p., 2014, 978-94-007-7571-8. ⟨10.1007/978-94-007-7572-5_17⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-02797297
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DéBAT : Analyse de Diversité d'un panel de pré-breeding de Blé tendre par une approche Transcriptomique-projet FSOV 2018 MINRAE. 2024
Rapport
(rapport contrat/projet)
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Evolution du génome des Streptomyces : transfert horizontal et variabilité des extrémités chromosomiquesGénomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2006. Français. ⟨NNT : 2006NAN10122⟩
Thèse
tel-01754311
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