Gwenael Piganeau

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Le picophytoplancton comprend les plus petits eucaryotes photosynthétiques qui sont à la base de nombreux écosystèmes marins. Avec des cellules de diamètre inférieur à 2 μm, une organisation cellulaire simple et des génomes haploïdes compacts, ces picoalgues sont des organismes modèles idéaux pour étudier les signatures génomiques des adaptations et des interactions. La plupart des communautés naturelles de picophytoplancton sont les hôtes de virus, dont les prasinovirus, de très grands virus à ADN qui font partie de la famille des virus géants. Mon équipe contribue à la mise en place de ressources biologiques et génomiques de nombreuses picoalgues de la lignée verte (classe des Mamiellophyceae) ainsi que leurs virus, principalement de la Méditerranée, mais également dans le monde entier via nos collaborations. Mes projets de recherche reposent sur des approches de biologie intégrative en combinant des analyses expérimentales et bioinformatiques pour répondre à deux types de problématiques: (1) celle de l'origine et l'évolution de la diversité génétique de ces systèmes biologiques, et sa relation avec les facteurs biotiques et abiotiques. (2) celle des interactions phytoplancton – virus, à la fois sur de longues périodes évolutives par l’analyse des génomes de microalgue - prasinovirus phylogénétiquement divergents, et sur de courtes échelles évolutives en utilisant des approches d’évolution expérimentale.


Publications

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Publications

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Low Mutation Rate and Atypical Mutation Spectrum in Prasinoderma coloniale : Insights From an Early Diverging Green Lineage

Lisa Mettrop , Anna Lipzen , Celine Vandecasteele , Camille Eché , Anaïs Labécot et al.

Genome Biology and Evolution, 2025, 17 (3), pp.evaf026. ⟨10.1093/gbe/evaf026⟩

Article dans une revue hal-05050324v1
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Unveiling Prasinovirus diversity and host specificity through targeted enrichment in the South China Sea

Julie Thomy , Frederic Sanchez , Camille Prioux , Sheree Yau , Yangbing Xu et al.

ISME Communications, 2024, 4 (1), ⟨10.1093/ismeco/ycae109⟩

Article dans une revue hal-04745739v1
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Editorial: Algal symbiotic relationships in freshwater and marine environments

Leila Tirichine , Gwenael Piganeau

Frontiers in Plant Science, 2023, 14, ⟨10.3389/fpls.2023.1155759⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-04284580v1
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Validation of ‘Picochlorum costavermella Hemon & Grimsley’ nom. inval. (Trebouxiophyceae) isolated from the northwestern Mediterranean Sea.

Marc Krasovec , Emmelien Vancaester , Stephane Rombauts , François Bucchini , Sheree Yau et al.

Notulae algarum, 2023, 2023, pp.285

Article dans une revue hal-04295862v1
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A high frequency of chromosomal duplications in unicellular algae is compensated by translational regulation

Marc Krasovec , Rémy Merret , Frédéric Sanchez , Sophie Sanchez-Brosseau , Gwenaël Piganeau

Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (6), pp.evad086. ⟨10.1093/gbe/evad086⟩

Article dans une revue hal-04104946v1
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Long-Term Stability of Bacterial Associations in a Microcosm of Ostreococcus tauri (Chlorophyta, Mamiellophyceae)

Sophie Vacant , L. Felipe Benites , Christophe Salmeron , Laurent Intertaglia , Manon Norest et al.

Frontiers in Plant Science, 2022, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.814386⟩

Article dans une revue hal-03851575v1
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Diversity and Evolution of Mamiellophyceae: Early-Diverging Phytoplanktonic Green Algae Containing Many Cosmopolitan Species

Charmaine C M Yung , Elvira Rey Redondo , Frederic Sanchez , Sheree Yau , Gwenael Piganeau

Journal of Marine Science and Engineering, 2022, 10 (2), ⟨10.3390/jmse10020240⟩

Article dans une revue hal-03870281v1
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Priorities for ocean microbiome research

Andre Abreu , Etienne Bourgois , Adam Gristwood , Romain Troublé , Silvia Acinas et al.

Nature Microbiology, 2022, 7 (7), pp.937-947. ⟨10.1038/s41564-022-01145-5⟩

Article dans une revue hal-03781942v1
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Combining Nanopore and Illumina Sequencing Permits Detailed Analysis of Insertion Mutations and Structural Variations Produced by PEG-Mediated Transformation in Ostreococcus tauri

Julie Thomy , Frédéric Sanchez , Marta Gut , Fernando Cruz , Tyler Alioto et al.

Cells, 2021, 10 (3), pp.664. ⟨10.3390/cells10030664⟩

Article dans une revue hal-03190245v1
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Features of the Opportunistic Behaviour of the Marine Bacterium Marinobacter algicola in the Microalga Ostreococcus tauri Phycosphere

Jordan Pinto , Raphaël Lami , Marc Krasovec , Regis Grimaud , Laurent Urios et al.

Microorganisms, 2021, 9 (8), pp.1777. ⟨10.3390/microorganisms9081777⟩

Article dans une revue hal-03348932v1
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Evolutionary genomics of sex-related chromosomes at the base of the green lineage 2

L Felipe Benites , François Bucchini , Sophie Sanchez-Brosseau , Nigel Grimsley , Klaas Vandepoele et al.

Genome Biology and Evolution, 2021, ⟨10.1093/gbe/evab216/6380139⟩

Article dans une revue hal-03369980v1
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Virus-host coexistence in phytoplankton through the genomic lens

Sheree Yau , Marc Krasovec , L. Felipe Felipe Benites , Stéphane Rombauts , Mathieu Groussin et al.

Science Advances , 2020, 6 (14), pp.eaay2587. ⟨10.1126/sciadv.aay2587⟩

Article dans une revue hal-02557501v1
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Genome Resolved Biogeography of Mamiellales

Jade Leconte , L. Felipe Felipe Benites , Thomas Vannier , Patrick Wincker , Gwenael Piganeau et al.

Genes, 2020, 11 (1), pp.66. ⟨10.3390/genes11010066⟩

Article dans une revue hal-02505108v1
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Metabolomic Insights into Marine Phytoplankton Diversity

Rémy Marcellin-Gros , Gwenael Piganeau , Didier Stien

Marine drugs, 2020, 18 (2), pp.78. ⟨10.3390/md18020078⟩

Article dans une revue hal-02466066v1
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Single cell ecogenomics reveals mating types of individual cells and ssDNA viral infections in the smallest photosynthetic eukaryotes

L. Felipe Felipe Benites , Nicole Poulton , Karine Labadie , Michael E. Sieracki , Nigel Grimsley et al.

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1786), pp.20190089. ⟨10.1098/rstb.2019.0089⟩

Article dans une revue hal-02310726v1
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First Estimation of the Spontaneous Mutation Rate in Diatoms

Marc Krasovec , Sophie Sanchez-Brosseau , Gwenael Piganeau

Genome Biology and Evolution, 2019, ⟨10.1093/gbe/evz130⟩

Article dans une revue hal-02978190v2

A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure, and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum

Achal Rastogi , Fabio Rocha Jimenez Vieira , Anne-Flore Deton-Cabanillas , Alaguraj Veluchamy , Catherine Cantrel et al.

The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2019, 14 (2), pp.347-363. ⟨10.1038/s41396-019-0528-3⟩

Article dans une revue hal-02364824v1
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Genome Analyses of the Microalga Picochlorum Provide Insights into the Evolution of Thermotolerance in the Green Lineage

Marc Krasovec , Emmelien Vancaester , Stéphane Rombauts , François Bucchini , Sheree Yau et al.

Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (9), pp.2347-2365. ⟨10.1093/gbe/evy167⟩

Article dans une revue (data paper) hal-03924023v1
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Spontaneous mutation rate as a source of diversity for improving desirable traits in cultured microalgae

Marc Krasovec , Sophie Sanchez-Brosseau , Nigel Grimsley , Gwenael Piganeau

Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2018, 35, pp.85-90. ⟨10.1016/j.algal.2018.08.003⟩

Article dans une revue hal-01957301v1
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Population genomics of picophytoplankton unveils novel chromosome hypervariability

Romain Blanc-Mathieu , Marc Krasovec , Maxime Hebrard , Sheree Yau , Elodie Desgranges et al.

Science Advances , 2017, 3 (7), pp.e1700239. ⟨10.1126/sciadv.1700239⟩

Article dans une revue lirmm-01842137v1
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Fish larval recruitment to reefs is a thyroid hormone-mediated metamorphosis sensitive to the pesticide chlorpyrifos

Guillaume Holzer , Marc Besson , Anne Lambert , Loïc François , Paul Barth et al.

eLife, 2017, 6, pp.e27595. ⟨10.7554/eLife.27595⟩

Article dans une revue hal-01633712v1
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Spontaneous Mutation Rate in the Smallest Photosynthetic Eukaryotes

Marc Krasovec , Adam Eyre-Walker , Sophie Sanchez-Ferandin , Gwenael Piganeau

Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (7), pp.1770-1779. ⟨10.1093/molbev/msx119⟩

Article dans une revue hal-01546014v1
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Fitness Effects of Spontaneous Mutations in Picoeukaryotic Marine Green Algae

Marc Krasovec , Adam Eyre-Walker , Nigel Grimsley , Christophe Salmeron , David Pecqueur et al.

G3, 2016, 6, pp.2063 - 2071. ⟨10.1534/g3.116.029769⟩

Article dans une revue hal-03800071v1
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A Viral Immunity Chromosome in the Marine Picoeukaryote, Ostreococcus tauri

Sheree Yau , Claire Hemon , Evelyne Derelle , Hervé Moreau , Gwenaë L Piganeau et al.

PLoS Pathogens, 2016, 12 (10), pp.e1005965. ⟨10.1371/journal.ppat.1005965⟩

Article dans une revue hal-01391068v1
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Marinobacter Dominates the Bacterial Community of the Ostreococcus tauri Phycosphere in Culture

Josselin Lupette , Raphaël Lami , Marc Krasovec , Nigel Grimsley , Hervé Moreau et al.

Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1414. ⟨10.3389/fmicb.2016.01414⟩

Article dans une revue hal-01373902v1
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The rate of adaptive evolution in animal mitochondria

Jennifer E. James , Gwenael Piganeau , Adam Eyre-Walker

Molecular Ecology, 2015, 25 (1), pp.67-78 ⟨10.1111/mec.13475⟩

Article dans une revue hal-01246333v1
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Community The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): Illuminating the Functional Diversity of Eukaryotic Life in the Oceans through Transcriptome Sequencing

Patrick J Keeling , Fabien Burki , Heather M. Wilcox , Bassem Allam , Eric E Allen et al.

PLoS Biology, 2014, 12 (6), pp.e1001889. ⟨10.1371/journal.pbio.1001889⟩

Article dans une revue hal-01109521v1
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An improved genome of the model marine alga [i]Ostreococcus tauri[/i] unfolds by assessing Illumina [i]de novo[/i] assemblies

Romain Blanc Mathieu , Bram Verhelst , Evelyne Derelle , Stephane Rombauts , Francois-Yves Bouget et al.

BMC Genomics, 2014, 15, pp.1-11. ⟨10.1186/1471-2164-15-1103⟩

Article dans une revue hal-01130514v1
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Bacteria in Ostreococcus tauri cultures – friends, foes or hitchhikers?

Sophie S Abby , Marie Touchon , Aurelien de Jode , Nigel Grimsley , Gwenael Piganeau

Frontiers in Microbiology, 2014, 5, pp.505. ⟨10.3389/fmicb.2014.00505⟩

Article dans une revue hal-01321228v1
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Organellar Inheritance in the Green Lineage: Insights from Ostreococcus tauri

Romain Blanc-Mathieu , Sophie Sanchez-Ferandin , Adam Eyre-Walker , Gwenael Piganeau

Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (8), pp.1503-1511. ⟨10.1093/gbe/evt106⟩

Article dans une revue hal-01579089v1

Morphology, Genome Plasticity, and Phylogeny in the Genus Ostreococcus Reveal a Cryptic Species, O. mediterraneus sp nov (Mamiellales, Mamiellophyceae)

Lucie L. Subirana , Berangere B. Pequin , Stéphanie S. Michely , Marie-Line M.-L. Escande , Julie J. Meilland et al.

Protist, 2013, 164 (5), pp.643 - 659. ⟨10.1016/j.protis.2013.06.002⟩

Article dans une revue istex hal-01004323v1

Evolution of Codon Usage In The Smallest Photosynthetic Eukaryotes And Their Giant Viruses

S. Michely , E. Toulza , L. Subirana , J. Uwe , V. Cognat et al.

Genome Biology, 2013, 5 (5), pp.848-859. ⟨10.1093/gbe/evt053⟩

Article dans une revue hal-00823210v1

Gene functionalities and genome structure in Bathycoccus prasinos reflect cellular specializations at the base of the green lineage

Hervé Moreau , Bram Verhelst , Arnaud Couloux , Evelyne Derelle , Stephane Rombauts et al.

Genome Biology, 2012, 13 (8), pp.R74. ⟨10.1186/gb-2012-13-8-r74⟩

Article dans une revue hal-03160896v1
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Analysis of the Global Ocean Sampling (GOS) Project for Trends in Iron Uptake by Surface Ocean Microbes

Eve Toulza , Alessandro Tagliabue , Stéphane Blain , Gwenael Piganeau

PLoS ONE, 2012, 7 (2), pp.e30931. ⟨10.1371/journal.pone.0030931⟩

Article dans une revue hal-03207284v1
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Metagenomes of the picoalga Bathycoccus from the Chile coastal upwelling.

Daniel Vaulot , Cécile Lepère , Eve Toulza , Rodrigo de La Iglesia , Julie Poulain et al.

PLoS ONE, 2012, 7 (6), pp.e39648. ⟨10.1371/journal.pone.0039648⟩

Article dans une revue hal-00848707v1

Environmental and evolutionary genomics of microbial algae: power and challenges of metagenomics

Eve Toulza , R. Blanc-Mathieu , Sébastien Gourbière , G. Piganeau

Advances in Botanical Research, 2012, 64, pp.383-427. ⟨10.1016/b978-0-12-391499-6.00010-4⟩

Article dans une revue halsde-00823691v1

Marine prasinovirus genomes show low evolutionary divergence and acquisition of protein metabolism genes by horizontal gene transfer.

Hervé Moreau , Gwenael Piganeau , Yves Desdevises , Richard Cooke , Evelyne Derelle et al.

Journal of Virology, 2010, 84 (24), pp.12555-63. ⟨10.1128/JVI.01123-10⟩

Article dans une revue hal-00787391v1

Cryptic Sex in the Smallest Eukaryotic Marine Green Alga

N. Grimsley , B. Pequin , Charles Bachy , H. Moreau , G. Piganeau

Molecular Biology and Evolution, 2009, 27 (1), pp.47-54. ⟨10.1093/molbev/msp203⟩

Article dans une revue hal-04273357v1
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Life-Cycle and Genome of OtV5, a Large DNA Virus of the Pelagic Marine Unicellular Green Alga Ostreococcus tauri

Evelyne Derelle , Conchita Ferraz , Marie-Line Escande , Sophie Eychenié , Richard Cooke et al.

PLoS ONE, 2008, 3 (5), pp.e2250. ⟨10.1371/journal.pone.0002250⟩

Article dans une revue hal-02114367v1

Clues about the genetic basis of adaptation emerge from comparing the proteomes of two Ostreococcus ecotypes (Chlorophyta, Prasinophyceae).

Séverine Jancek , Sébastien Gourbière , Hervé Moreau , Gwenaël Piganeau

Molecular Biology and Evolution, 2008, 25 (11), pp.2293-300. ⟨10.1093/molbev/msn168⟩

Article dans une revue halsde-00459220v1

Picoeukaryotic sequences in the Sargasso Sea metagenome

Gwenael Piganeau , Yves Desdevises , Evelyne Derelle , Herve Moreau

Genome Biology, 2008, 9 (1), pp.R5. ⟨10.1186/gb-2008-9-1-r5⟩

Article dans une revue hal-03160852v1

The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation

Brian Palenik , Jane Grimwood , Andrea Aerts , Pierre Rouzé , Asaf Salamov et al.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007, 104 (18), pp.7705-7710. ⟨10.1073/pnas.0611046104⟩

Article dans une revue hal-03160904v1

Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features.

Evelyne Derelle , Conchita Ferraz , Stephane Rombauts , Pierre Rouzé , Alexandra Z Worden et al.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (31), pp.11647-52. ⟨10.1073/pnas.0604795103⟩

Article dans une revue hal-00164247v1

Hill-Robertson interference is a minor determinant of variations in codon bias across Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans genomes

Gabriel Marais , G. Piganeau

Molecular Biology and Evolution, 2002, 19, pp.1399-1406

Article dans une revue hal-00427287v1

Expected Relationship Between the Silent Substitution Rate and the GC Content: Implications for the Evolution of Isochores

G. Piganeau , Dominique Mouchiroud , L. Duret , Christian Gautier

Journal of Molecular Evolution, 2002, 54, pp.129-133

Article dans une revue hal-00427292v1

Vanishing GC-Rich Isochores in Mammalian Genomes

L. Duret , M. Sémon , G. Piganeau , Dominique Mouchiroud , N. Galtier

Genetics, 2002, 162, pp.1837-1848

Article dans une revue hal-00427269v1

Multiplicative versus additive selection in relation to genome evolution: a simulation study

G. Piganeau , R. Westrelin , B. Tourancheau , Christian Gautier

Genetical Research, 2001, 78, pp.171-175

Article dans une revue hal-00427144v1

GC-content evolution in mammalian genomes: the biased gene conversion hypothesis

N. Galtier , G. Piganeau , Dominique Mouchiroud , L. Duret

Genetics, 2001, 159, pp.907-911

Article dans une revue hal-00427173v1

High copy numbers of multiple transposable element families in an Australian population of Drosophila simulans

Cristina Vieira , G. Piganeau , C. Biemont

Genetical Research, 2000, 76, pp.117-119

Article dans une revue hal-00427118v1