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Hubert Charles

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Presentation

Etat Civil ========== *Date et lieu de naissance* : 3 novembre 1969 à Paris XIème *Situation familiale* : marié, 2 enfants *Adresse personnelle* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Site personnel** : [La biodiversité derrière ma porte ](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) ou retrouvez-moi sur [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Adresse professionnelle* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Grades et Titres ================ > **2018 :** Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques (09/01/2018) > > **2012 :** Professeur des Universités. UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Biologie Cellulaire. > > **2007** : Qualification aux fonctions de Professeur des Universités en sections CNU 65-Biologie Cellulaire (07165178138), 67-Biologie des Populations et écologie (07167178138) et 68-Biologie des organismes (07168178138). > > **2006** : Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 avril 2006 à l’INSA de Lyon. Analyse du transcriptome de *Buchnera aphidicola*, la bactérie symbiotique du puceron *Acyrthosiphon pisum*. > > **Depuis le** **1er octobre 1998 :** Maître de Conférences. Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (Directeur, Y. Rahbé), Titularisation le 01/09/99. > > **1998** : Stage Post-Doctoral d’avril à septembre. UMR CNRS 5558, Université Claude Bernard Lyon 1 (équipe de M. Gouy). *Sujet* : Méthodologie de reconstruction phylogénétique dans les symbioses intracellulaires (à fort taux de A+T et forte vitesse évolutive). > > **1997** : Stage Post-Doctoral d’octobre 97 à mars 98. Zoological Institute, Université de Tokyo, (équipe du Pr. H. Ishikawa). *Sujet* : Carte physique du génome de *Buchnera aphidicola*. > > **1997** : Thèse de Doctorat (Laboratoire de Biologie Appliquée INSA 406). Félicitations du Jury – Prix Malotau de Guerne 1997. Moniteur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Biomathématiques). > > **1994** : DEA : «Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques». Mention Très Bien. > > **1993** : Professeur du Contingent en Biologie au Lycée militaire d’Autun. > > **1992** : INSA de Lyon, département de Biochimie. Diplôme d'ingénieur biochimiste. > > **1989** : Premier cycle INSA en section Sport-Etudes (Handball).
Civil status ============ *Date and place of birth* : November 3, 1969 in Paris XIth *Family status* : married, 2 children *Personal address* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Personnal website** : [La biodiversité derrière ma porte](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) or find me at [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Professional address* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Degrees and titles ================== **2018** : Knight in the order of the Academic Palms (09/01/2018) **2012** : Professor UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Cellular Biology. **2007** : Qualification as University Professor in CNU sections 65-Cellular Biology (07165178138), 67-Population Biology and Ecology (07167178138) and 68-Organism Biology (07168178138). **2006** : Habilitation to supervise research defended on April 12, 2006 at INSA Lyon. Analysis of the transcriptome of *Buchnera aphidicola*, the symbiotic bacterium of the aphid *Acyrthosiphon pisum*. **Since October 1, 1998**: Senior Lecturer. Laboratory of Functional Biology of Insects and Interactions (Director, Y. Rahbé), Tenure on 01/09/99. **1998** : Post-Doctoral internship from April to September. UMR CNRS 5558, University Claude Bernard Lyon 1 (M. Gouy's team). Subject : Methodology of phylogenetic reconstruction in intracellular symbioses (with high A+T rate and high evolutionary speed). **1997** : Post-Doctoral internship from October 97 to March 98. Zoological Institute, University of Tokyo, (team of Pr. H. Ishikawa). Subject : Physical map of the genome of *Buchnera aphidicola*. **1997** : PhD thesis (Laboratory of Applied Biology INSA 406). Congratulations of the Jury - Malotau de Guerne Prize 1997. Instructor at the University Claude Bernard Lyon 1 (Biomathematics). **1994** : DEA : "Analysis and Modeling of Biological Systems". Mention Very Good. **1993** : Professor of Biology at the Lycée militaire of Autun. **1992** : INSA of Lyon, department of Biochemistry. Diploma of biochemical engineer. **1989** : First cycle INSA in Sport-Etudes section (Handball).

Publications

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Cytotype Affects the Capability of the Whitefly Bemisia tabaci MED Species To Feed and Oviposit on an Unfavorable Host Plant

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva et al.
mBio, 2021, 12 (6), pp.1-16. ⟨10.1128/mBio.00730-21⟩
Journal articles hal-03432050v1
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The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae

Nicolas Parisot , Carlos Vargas-Chávez , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand et al.
BMC Biology, 2021, 19 (1), pp.1-29. ⟨10.1186/s12915-021-01158-2⟩
Journal articles hal-03432029v1
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Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera

Jan Philip Oeyen , Patrice Baa-Puyoulet , Joshua Benoit , Leo Beukeboom , Erich Bornberg-Bauer et al.
Genome Biology and Evolution, 2020, 12 (7), pp.1099-1118. ⟨10.1093/gbe/evaa106⟩
Journal articles hal-02618254v1
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Evolutionary novelty in the apoptotic pathway of aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Cissy Huygens , Sergio Peignier et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32545-32556. ⟨10.1073/pnas.2013847117⟩
Journal articles hal-03052353v1

Modèles de croissance des micro-organismes, in Micro-organismes & biodiversité

Sandrine Charles , Hubert Charles
Textes et documents pour la classe, 2020, Micro-organisme et Biodiversité, 1130, pp.60-63
Journal articles hal-03505980v1
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Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth

Jessika Consuegra , Théodore Grenier , Patrice Baa-Puyoulet , Isabelle Rahioui , Houssam Akherraz et al.
PLoS Biology, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩
Journal articles hal-02919023v1
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Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Stefano Colella , Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Gabrielle Duport et al.
Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
Journal articles hal-01905508v1
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Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system

Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 115 (8), pp.E1819 - E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩
Journal articles hal-01768487v1
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Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis

Pierre Simonet , Gabrielle Duport , Karen Gaget , Michèle Weiss-Gayet , Stefano Colella et al.
Scientific Reports, 2016, 6, pp.19967. ⟨10.1038/srep19967⟩
Journal articles hal-01352561v1
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ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Gérard Febvay , Jaime Huerta-Cepas , Augusto F Vellozo et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩
Journal articles hal-01352558v1
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Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids

Pierre Simonet , Karen Gaget , Nicolas Parisot , Gabrielle Duport , Marjolaine Rey et al.
Scientific Reports, 2016, 6, pp.1-12. ⟨10.1038/srep34321⟩
Journal articles hal-01388523v1
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New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.

Panagiotis Sapountzis , Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget , Stéphanie Jaubert-Possamai et al.
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2014, 51, to be published. ⟨10.1016/j.ibmb.2014.05.005⟩
Journal articles hal-01002574v1
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Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet et al.
BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩
Journal articles hal-00824527v1
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Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera

Lilia Brinza , Federica Calevro , Hubert Charles
BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.73. ⟨10.1186/1471-2164-14-73⟩
Journal articles hal-00788161v1
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Exploration of the core metabolism of symbiotic bacteria

Cecilia Coimbra Klein , Ludovic Cottret , Janice Kielbassa , Hubert Charles , Christian Gautier et al.
BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.438. ⟨10.1186/1471-2164-13-438⟩
Journal articles hal-00784396v1
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A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal et al.
PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩
Journal articles hal-00659506v1
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CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Augusto F Vellozo , Amélie S Véron , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩
Journal articles hal-00632965v1
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Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

José Viñuelas , Gérard Febvay , Gabrielle Duport , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard et al.
Molecular Microbiology, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩
Journal articles hal-00746846v1
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Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS.

Lilia Brinza , Federica Calevro , Gabrielle Duport , Karen Gaget , Christian Gautier et al.
BMC Genomics, 2010, 11 (666), pp.666. ⟨10.1186/1471-2164-11-666⟩
Journal articles hal-00632959v1
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Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Iagc The International Aphid Genomics Consortium , Federica Calevro , Hubert Charles , Stefano Colella , Gérard Febvay et al.
PLoS Biology, 2010, 8 (2), pp.e1000313. ⟨10.1371/journal.pbio.1000313⟩
Journal articles hal-00459970v1

Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola.

A. C. C. Wilson , P. D. Ashton , Federica Calevro , H. Charles , Stefano Colella et al.
Insect Molecular Biology, 2010, 19 Suppl 2 (S2), pp.249-58. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00942.x⟩
Journal articles hal-00539196v1
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Graph-based analysis of the metabolic exchanges between two co-resident intracellular symbionts, Baumannia cicadellinicola and Sulcia muelleri, with their insect host, Homalodisca coagulata.

Ludovic Cottret , Paulo Vieira Milreu , Vicente Acuña , Alberto Marchetti-Spaccamela , Leen Stougie et al.
PLoS Computational Biology, 2010, 6 (9), epub ahead of print. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000904⟩
Journal articles hal-00690650v1
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MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks.

Ludovic Cottret , David Wildridge , Florence Vinson , Michael P Barrett , Hubert Charles et al.
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩
Journal articles hal-00690651v1

Un vieux couple inséparable à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et Buchnera, sa bactérie symbiotique

Yvan Rahbé , Gérard Febvay , Stefano Colella , Hubert Charles , Federica Calevro et al.
Comptes Rendus de l'Académie d'Agriculture de France, 2009, 95 (5), pp.78-78
Journal articles hal-02657684v1

Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

Lilia Brinza , José Viñuelas , Ludovic Cottret , Federica Calevro , Yvan Rahbé et al.
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩
Journal articles hal-00445861v1

Des espèces en nombre

Sandrine Charles , Hubert Charles
Interstices, 2009
Journal articles hal-01350387v1
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Impact of host developmental age on the transcriptome of the symbiotic bacterium Buchnera aphidicola in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum).

John Bermingham , Andréane Rabatel , Federica Calevro , José Viñuelas , Gérard Febvay et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2009, 75 (22), pp.7294-7. ⟨10.1128/AEM.01472-09⟩
Journal articles hal-00445867v1

Broad screening of the legume family for variability in seed insecticidal activities and for the occurrence of the A1b-like knottin peptide entomotoxins.

Sandrine Louis , Bernard Delobel , Frédéric Gressent , Gabrielle Duport , Ousmane Diol et al.
Phytochemistry, 2007, 68 (4), pp.521-35. ⟨10.1016/j.phytochem.2006.11.032⟩
Journal articles hal-00373359v1

Unis pour survivre : les pucerons et leurs bactéries symbiotiques

Yvan Rahbé , H. Charles , Federica Calevro , Jean-Christophe Simon , C. Rispe et al.
Biofutur, 2007, 279, pp.49-52
Journal articles hal-00391504v1
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Conservation of the links between gene transcription and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola.

José Viñuelas , Federica Calevro , Didier Remond , Jacques Bernillon , Yvan Rahbé et al.
BMC Genomics, 2007, 8, pp.143. ⟨10.1186/1471-2164-8-143⟩
Journal articles hal-00373371v1
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Codon usage bias and tRNA over-expression in Buchnera aphidicola after aromatic amino acid nutritional stress on its host Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas , J.M. Fayard , Yvan Rahbé et al.
Nucleic Acids Research, 2006, 34 (16), pp.4583-4592. ⟨10.1093/nar/gkl597⟩
Journal articles hal-00391277v1
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Different levels of transcriptional regulation due to trophic constraints in the reduced genome of Buchnera aphidicola APS

N. Reymond , Federica Calevro , J. Vinuelas , N. Morin , Yvan Rahbé et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2006, 72 (12), pp.7760-7766. ⟨10.1128/AEM.01118-06⟩
Journal articles hal-00391509v1

Bioinformatique des puces à ADN et application à l'analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola

H. Charles , Federica Calevro , N. Reymond , Yvan Rahbé , G. Febvay et al.
L'Echo des Puys, INRA Clermont-Ferrand, 2005, 79, pp.6
Journal articles hal-00391275v1
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SITRANS: a web information system for microarray experiments

Frederique Laforest , A. Tchounikine , T. Chaari , H. Charles , Federica Calevro et al.
Studies in Health Technology and Informatics, 2005, 116, pp.33-38
Journal articles hal-00391451v1
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Endosymbiont Phylogenesis in the Dryophthoridae Weevils: Evidence for Bacterial Replacement

Cédric Lefèvre , Hubert Charles , Agnès Vallier , Bernard Delobel , Brian Farrell et al.
Molecular Biology and Evolution, 2004, 21 (6), pp.965 - 973. ⟨10.1093/molbev/msh063⟩
Journal articles hal-03504074v1
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Relationship between Wolbachia density and sex-ratio in a Trichogramma strain

C. Pascal , Bernard Pintureau , Hubert Charles , C. Katchadourian , Simon Grenier et al.
Agrociencia, 2004, 8 (2), pp.11-22
Journal articles hal-03504092v1

Effects of jackbean lectin (ConA) on the feeding behaviour and kinetics of intoxication of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum

Nicolas Sauvion , Hubert Charles , Gérard Febvay , Yvan Rahbé
Entomologia Experimentalis et Applicata, 2004, 110, pp.31-44
Journal articles hal-02670646v1

Assessment of 35mer amino-modified oligonucleotide based microarray with bacterial samples.

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , Jean-Pierre Cloarec et al.
Journal of Microbiological Methods, 2004, 57 (2), pp.207-18. ⟨10.1016/j.mimet.2004.01.009⟩
Journal articles hal-00402180v1

ROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays

N. Reymond , H. Charles , L. Duret , Federica Calevro , G. Beslon et al.
Bioinformatics, 2004, 20, pp.271-273
Journal articles hal-00427641v1

Symbiosis in the Dryophtoridae weevils (Coleoptera : Curculionoidea): morphological variability of symbiotic interacellular bacteria

Paul Nardon , Hubert Charles , Bernard Delobel , Lefèvre Cédric , Abdelaziz Heddi et al.
Symbiosis, 2003, 34 (3), pp.231-251
Journal articles hal-03504070v1

Occurence of endosymbiosis in Dryophtoridae weevils: cytological insights into bacterial symbiotic structures

Paul Nardon , Lefèvre Cédric , B. Delobel , Hubert Charles , Abdelaziz Heddi et al.
Symbiosis, 2002, 33, pp.227-241
Journal articles hal-03504053v1

Biodiversity of Wolbachia and of their effects in Trichograma (Hymenoptera : Trichogrammatidae)

Bernard Pintureau , Simon Grenier , Abdelaziz Heddi , Hubert Charles
Annales de la Société Entomologique de France, 2002, 38 (4), pp.333-338
Journal articles hal-03504068v1

Intracellular bacterial symbiosis in the genus Sitophilus: the 'biological individual' concept revisited

Abdelaziz Heddi , Hubert Charles , Chaqué Khatchadourian
Research in Microbiology, 2001, 152 (5), pp.431-437. ⟨10.1016/S0923-2508(01)01216-5⟩
Journal articles hal-03504033v1

A putative insect intracellular endosymbiont stem clade, within the Enterobacteriaceae, infered from phylogenetic analysis based on a heterogeneous model of DNA evolution.

H. Charles , A. Heddi , Yvan Rahbé
Comptes rendus de l’Académie des sciences. Série III, Sciences de la vie, 2001, 324 (5), pp.489-94. ⟨10.1016/S0764-4469(01)01328-2⟩
Journal articles hal-00402188v1

Addition of wsp Sequences to the Wolbachia Phylogenetic Tree and Stability of the Classification

Bernard Pintureau , Sophie Chaudier , François Lassablière , Hubert Charles , Simon Grenier et al.
Journal of Molecular Evolution, 2000, 51 (4), pp.374 - 377. ⟨10.1007/s002390010099⟩
Journal articles hal-03504043v1
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Variabilité de facteurs biologiques et comportementaux dans les populations des trois espèces de Sitophilus (Coleoptera : Curculionidae) inféodées aux céréales et produits dérivés et leur importance dans la caractérisation des espèces

Grenier A.M. , Eric Wajnberg , Hubert Charles , Paul Nardon
Annales de la Société Entomologique de France, 2000, 36 (3), pp.223-238
Journal articles hal-02691524v1

Four intracellular genomes direct weevil biology: Nuclear, mitochondrial, principal endosymbiont, and Wolbachia

Abdelaziz Heddi , Anne-Marie Grenier , Chaqué Khatchadourian , Hubert Charles , Paul Nardon et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1999, 96, pp.6814-6819. ⟨10.1073/pnas.96.12.6814⟩
Journal articles hal-03504040v1
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Gene size reduction in the bacterial aphid endosymbiont, Buchnera.

H. Charles , Dominique Mouchiroud , J.R. Lobry , I. Gonçalves , Yvan Rahbé et al.
Molecular Biology and Evolution, 1999, 16 (12), pp.1820-1822. ⟨10.1093/oxfordjournals.molbev.a026096⟩
Journal articles hal-00402189v1

Molecular characterization of the principal symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae: A peculiar G + C content of an endocytobiotic DNA

Abdelaziz Heddi , Hubert Charles , Chaqué Khatchadourian , Guy Bonnot , Paul Nardon et al.
Journal of Molecular Evolution, 1998, 47 (1), pp.52-61. ⟨10.1007/PL00006362⟩
Journal articles hal-02695518v1

Physical and Genetic Map of the Genome of Buchnera, the Primary Endosymbiont of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Hajime Ishikawa
Journal of Molecular Evolution, 1998, 48 (2), pp.142-150. ⟨10.1007/pl00006452⟩
Journal articles hal-03505975v1
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La protéine Hsp60 : Chaperon moléculaire de la symbiose intracellulaire

Hubert Charles , Paul Nardon
Regard sur la biochimie, 1997, 3, pp.17-23
Journal articles hal-02686732v1

Genome size characterization of the principal endocellular symbiotic bacteria of the weevil Sitophilus oryzae, using pulsed field gel electrophoresis

Hubert Charles , Guy Condemine , C. Nardon , Paul Nardon
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 1997, 27 (4), pp.345-350
Journal articles hal-02690399v1

A molecular aspect of symbiotic interactions between the weevil Sitophilus oryzae and its endosymbiotic bacteria: Over-expression of a chaperonin

Hubert Charles , A. Heddi , J. Guillaud , C. Nardon , Paul Nardon et al.
Biochemical and Biophysical Research Communications, 1997, 239 (3), pp.769-774. ⟨10.1006/bbrc.1997.7552⟩
Journal articles hal-02689055v1
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Presence of a protein specific of endocytobiosis (symbionin) in the weevil Sitophilus

Hubert Charles , H. Ishikawa , Paul Nardon
Comptes rendus de l’Académie des sciences. Série III, Sciences de la vie, 1995, 318, pp.35-41
Journal articles hal-02707072v1

Let's look up : enseigner les enjeux du vivant en école d'ingénieur

Hubert Charles
Enseignements Technologiques de niveau Licence Ouverts pour une industrie du futur compétitive et Soutenable (ET-LIOS), Jun 2022, Lyon, France
Conference papers hal-03689719v1

Plasticity of bacteriocytes facing nutritional stresses in the pea aphid development.

Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , François Renoz , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand et al.
12. Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
Conference papers hal-03741301v1
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LET'S LOOK UP ! Les enjeux du vivant pour l'ingénieur citoyen

Hubert Charles
Journée de l'évolution de la formation, Mar 2022, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Conference papers hal-03617081v1

Role of symbionts in insects' ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the sap-feeder Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae).

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva et al.
DECRYPthèse E2M2, May 2021, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03927225v1

Role of symbionts in insects’ ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the sap-feeder Bemisia tabaci

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva et al.
DECRYPthèse E2M2 Edition 20, May 2021, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03514227v1

Role of symbionts in insects’ ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the whitefly Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae)

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva et al.
G-RREMI 2021 - Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions, 2021, Villeurbanne (virtual), France
Conference papers hal-03514239v1

Intégration de données multi-omiques pour l’identification d’enzymes clés du métabolisme lipidique chez l’espèce sentinelle Gammarus fossarum

Natacha Koenig , Patrice Baa-Puyoulet , Maxime Leprêtre , Jean-Charles Gaillard , J. Armengaud et al.
GDR Ecotoxicologie, Nov 2021, Rennes, France
Conference papers hal-03810311v1

Analysis of the inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Jousselin Emmanuelle , Patrice Baa-Puyoulet , C. Huygens , Karen Gaget et al.
Incontri di diversità delle forme e degli animali, Università di Pisa, 2021, Pisa, Italy
Conference papers hal-03514196v1

Analysis of the Inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
Webinaires BAPOA 2021, 2021, Villeurbanne (virtual), France
Conference papers hal-03514209v1

les défis de l’agriculture de demain

Hubert Charles
Fête de la sciences 2020, Oct 2020, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03513103v1

Quelques questions de société vues par la science

Hubert Charles
Atelier scolaire de la Fête de la science 2020, Nov 2020, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03513111v1

The challenge of annotating and reconstructing metabolic networks for the comprehension of the physiology of aphids and other insects

Hubert Charles , Patrice Baa-Puyoulet
2. Annual meeting of Japan-France Plant-Insect-Symbiont Interaction network (PISI-net), Nov 2019, Le Rheu, France
Conference papers hal-03513078v1

IAP (Inhibitor-of-Apoptosis Protein) gene family expansion and functional diversification in aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Abdelaziz Heddi et al.
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Conference papers hal-03512999v1

Atelier Bases de données génomiques et métaboliques : présentation des bases BioCyc développées dans l’UMR BF2I

Hubert Charles , Patrice Baa-Puyoulet
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA),, Nov 2018, Rennes, France
Conference papers hal-03510598v1

AphidCyc, une collection de bases de données métaboliques dédiée à l'étude et la comparaison du métabolisme chez les pucerons

Patrice Baa-Puyoulet , Hubert Charles , Federica Calevro
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Conference papers hal-03510642v1

Rôle clé du bactériocyte dans la résilience du puceron aux stress nutritionnels

Federica Calevro , Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Stefano Colella , Karen Gaget et al.
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Conference papers hal-03514026v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Conference papers hal-03514034v1

Expansion of genes encoding Apoptosis Inhibitor Proteins (IAPs) and their role in a novel bacteriocyte cell death process in aphid symbiosis

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Pierre Simonet , Severine Balmand et al.
22. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2018, Marseille, France
Conference papers hal-03509938v1

A novel cell death process is involved in the elimination of bacteriocytes and their symbionts through aphid aging

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot et al.
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03514078v1

Another way to die for bacteriocytes in the aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Kurt Buhler et al.
Journée des doctorants du département SPE, Jun 2018, Nice, France
Conference papers hal-03510629v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet et al.
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03514051v1

Effecteurs et inhibiteurs de l’apoptose chez le puceron du pois : annotation et implication dans la mort cellulaire bactériocytaire

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand et al.
10. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2017, Colmar, France
Conference papers hal-03506807v1

Life history traits and tissue-specific gene expression changes underlying the symbiotic pea aphid resilience to a tyrosine and phenylalanine depleted diet

Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet et al.
9. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2016, Amiens, France
Conference papers hal-03506796v1

Systems biology of symbiosis: from partners’ genomics to physiology of interactions

Hubert Charles , Federica Calevro , Gérard Febvay , Patrice Baa-Puyoulet , Marie-Gabrielle Duport et al.
First Meeting of the PRC Israel-France, Sep 2016, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03506791v1

Biologie systémique de la symbiose : de la génomique des partenaires à la physiologie des interactions

Hubert Charles
Séminaire SPE sur la Biologie des Systèmes, Mar 2016, Toulouse, France
Conference papers hal-03506781v1

Une nouvelle forme de mort cellulaire impliquée dans la dégénérescence des cellules bactériocytaires chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Severine Balmand , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nicolas Parisot et al.
18. Colloque Biologie de l'Insecte, Jun 2016, Tours, France
Conference papers hal-03506790v1

Problèmes simples en bioinformatique pour les grands défis de la biologie à haut débit

Hubert Charles
Journée Nationales de l’APMEP « A la lumière des mathématiques »,, Oct 2016, Villeurbanne, France
Conference papers hal-03506792v1

The long-term relationship with Buchnera aphidicola imposes another way to die for Acyrthosiphon pisum bacteriocytes

Pierre Simonet , Severine Balmand , Karen Gaget , Karine Buhler , Nicolas Parisot et al.
9. Réunion annuelle du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2016, Amiens, France
Conference papers hal-03506794v1

Animateur de la table ronde « Training the next generation ».

Hubert Charles
1. Journée Visalys From data to models - a multi-scale view on living systems, Mar 2016, Lyon, France
Conference papers hal-03506797v1

Coordination des dynamiques cellulaires entre bactériocytes et endosymbiotes au cours du développement des insectes : Une nouvelle approche par cytométrie en flux.

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Michèle Weiss-Gayet , Stefano Colella et al.
Réunion annuelle du REID (Réseau National Ecologie des Interactions Durables), Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID). Montferrier/ Lez, FRA., Mar 2015, Villeurbanne, France
Conference papers hal-02801005v1
Image document

From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways

Patrice Baa-Puyoulet , Mathieu Labernardiere , Nicolas Parisot , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay et al.
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p
Conference papers hal-01208786v1

Direct flow cytometry measurements and cell imaging reveal a fine-tuning of endosymbiont and bacteriocyte cell dynamics during aphid development

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Stefano Colella et al.
UK – France joint meeting on Aphids (Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés – Aphids Special Interest Group of Royal Entomological Sociaty), Nov 2015, Paris, France
Conference papers hal-03506775v1

Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , M. Weiss-Gayet , Stefano Colella et al.
7èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), 2014, Avignon, France
Conference papers hal-03513906v1

CycADS, BioCyc et MetExplore, une suite d’outils pour la reconstruction, l’exploration et la comparaison de réseaux métaboliques

Hubert Charles
1. Atelier Reconstruction de réseaux métaboliques : du génome à la matrice de stoechiométrie, BioSyL. Villeurbanne, FRA. PRES Université de Lyon., Feb 2014, Villeurbanne, France
Conference papers hal-02792176v1

Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Michèle Weiss-Gayet , Stefano Colella et al.
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France
Conference papers hal-02795335v1

SymbAphidBase : une base de données nouvelle dédiée aux symbiotes de pucerons pour stocker et visualiser les génomes séquencés en standardisant leurs annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. 1 p
Conference papers hal-01208785v1

dsRNAi in aphids induces variable individual and tissue responses, and phenotypes specific to the administration methods

Panagiotis Sapountzis , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , G. Febvay , Hubert Charles et al.
Cycle de séminaires en Biophysique et Biologie Moléculaire de la Cellule et du Développement, Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Oct 2013, Pisa, Italy
Conference papers hal-03506764v1

Analyse métabolomique de la symbiose entre le puceron Acyrthosiphon pisum et la bactérie Buchnera aphidicola

Marjolaine Rey , Floriant Bellvert , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro et al.
7èmes Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France
Conference papers hal-03506751v1

Symbiose puceron – Buchnera : approche métabolomique chez Acyrthosiphon pisum

Marjolaine Rey , Floriant Bellvert , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro et al.
6èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Oct 2013, Montpellier, France
Conference papers hal-03506758v1

Organisation, gene expression regulation and DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera, the endosymbiont of aphids

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay
1. International Research Workshop Lyon- France / São Paulo - Brazil, Nov 2013, Lyon, France
Conference papers hal-03506769v1

L'inactivation par RNAi du gène codant la phénylalanine hydrolase dans les compartiments symbiotiques provoque une baisse de la fécondité et des défauts de développement chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Marjolaine Rey , Severine Balmand , Hubert Charles et al.
Réunion du GRREMI (Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions), Oct 2013, Lyon, France
Conference papers hal-03506724v1

Analyse génomique des éléments régulateurs et des propriétés structurales intrinsèques de l'ADN dans le génome réduit de Buchnera

Lilia Brinza , Federica Calevro , Hubert Charles
5. Réunion Réseau BAPOA, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2012, Villeurbanne, France. 22 diapos
Conference papers hal-02808160v1

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto F. Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon et al.
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jul 2012, Rennes, France. Pagination multiple
Conference papers hal-02747415v1

Phénotypes induits par l'inactivation fonctionnelle par RNAi du gène ACYPY007803 (phényalanine hydroxylase) chez le puceron du pois

Andréane Rabatel , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Hubert Charles , Gérard Febvay et al.
5. Journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2012, Lyon, France
Conference papers hal-03506379v1

Key genes for symbiosis and development in an emerging genomic model, the pea aphid

Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay , Hubert Charles
Séminaire invité au Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Universita degli studi di Pisa. Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Pisa, ITA., 2012, Pisa, Italy
Conference papers hal-02804850v1

Aphicibles - Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides

Yvan Rahbé , Denis Tagu , Guy Condemine , E Guiderdoni , Federica Calevro et al.
ANR - Colloque Plant Genomics 2012, Apr 2012, Pont Royal en Provence, France
Conference papers hal-03506701v1

Transcriptome analysis of embryo development in a parthenogenetic and symbiotic insect model, the pea aphid

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé et al.
IPG'10 Integrative Post-Genomics, Centre Jacques Cartier. Lyon, FRA., Nov 2011, Lyon, France
Conference papers hal-02814211v1

Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal et al.
4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France
Conference papers hal-02808863v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Nadia Bendridi et al.
Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands
Conference papers hal-00748785v1
Image document

Absence of a core metabolic network common to symbiotic bacteria

Cecilia Coimbra Klein , Ludovic Cottret , Hubert Charles , Christian Gautier , Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos et al.
6. Meeting GDRE-RA Comparative genomics, Nov 2011, Lyon, France. 33 diapositives
Conference papers hal-02806316v1

Metabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis

Cecilia C. Klein , Ludovic Cottret , Hubert Charles , Christian Gautier , Ana T Vasconcelos et al.
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics, 2011, Berlin, Germany
Conference papers hal-00748784v1

ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto F Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , T. Gabaldon et al.
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity", Jun 2011, Kansas City, United States
Conference papers hal-00748601v1
Image document

Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé et al.
EMBO Workshop on Systems Biology of Development, EMBO. Heidelberg, DEU., Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p
Conference papers hal-01231279v1

Aphicibles : Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides

Yvan Rahbé , Denis Tagu , Guy Condemine , Emmanuel Guiderdoni , Federica Calevro et al.
Genoplante 2010, Agence Nationale de la Recherche (ANR). Paris, FRA., Mar 2010, Avignon, France. 40 diapos
Conference papers hal-02824684v1

Caractérisation transcriptomique du développement embryonnaire et larvaire du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé et al.
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p
Conference papers hal-02755293v1

Genomic analysis of the transport function in the symbiotic system of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Yvan Rahbé , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel et al.
5. Meeting GDRE-RA "Comparative genomics", Institut d'Estudis Catalans (IEC). Barcelona, ESP., Nov 2010, Barcelone, Spain. n. p
Conference papers hal-02823073v1

Individual and compartment specific response to RNAi in aphids: each individual matters

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Gérard Febvay et al.
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France
Conference papers hal-02821530v1

Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois (Acyrthosiphon pisum)

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro et al.
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. n. p
Conference papers hal-02818835v1

Exploration génomique et fonctionnelle des insectes et de leurs partenaires symbiotiques

Hubert Charles , Stefano Colella , Federica Calevro , Gérard Febvay , Yvan Rahbé et al.
Journée Sciences Croisées "Modélisation et Sciences Numériques : nouveaux instruments et opportunités", Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon). Conseil Scientifique de l'INSA, Villeurbanne, FRA., Oct 2010, Villeurbanne, France. n. p
Conference papers hal-02804281v1

Genes regulated in early embryogenesis during the switch from parthenogenetic to sexual reproduction in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum)

Aurore Gallot , Grégory Guernec , Stefano Colella , Hubert Charles , Stéphanie Jaubert-Possamai et al.
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Kansas State University. Center for Genomic Studies on Arthropods Affecting Human, Animal & Plant Health, Manhattan, USA., Jun 2010, Kansas City, United States
Conference papers hal-02755037v1

Chromosome organization and gene expression regulation in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular bacteria of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Lilia Brinza , Federica Calevro
58. Annual Meeting of the Entomological Society of America, Entomological Society of America (ESA). Annapolis, MD, USA., Dec 2010, San Diego, CA, United States
Conference papers hal-02757719v1

Exploring the regulatory network of Buchnera aphidicola: a case-study of genome evolution in a symbiotic context

Hubert Charles , Lilia Brinza
Séminaire Rhône-Alpin de Modélisation du Vivant, Jun 2010, Villeurbanne, France. n. p
Conference papers hal-02814726v1

Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola

A.C.C. Wilson , P. Ashton , Federica Calevro , Hubert Charles , Stefano Colella et al.
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), Catania, juin 2009, Italy, 2009, Italy
Conference papers hal-00497625v1

The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism

Stefano Colella , A. Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
Conference papers hal-00498411v1

Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos

Andréane Rabatel , Nadia Bendridi , - Duport, G. , Marjolaine Rey , Stefano Colella et al.
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Conference papers hal-02820893v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro et al.
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391280v1

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

A. Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , A. Veron , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret et al.
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
Conference papers hal-00496032v1

Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos

A. Rabatel , N. Bendridi , G. Duport , Stefano Colella , J. Bermingham et al.
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391499v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States
Conference papers hal-02814342v1

Un vieux couple à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et sa bactérie symbiotique

Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay , Hubert Charles , Yvan Rahbé et al.
Séance commune Académie Agriculture et Académie des Sciences, Académie d'Agriculture de France (AAF). Paris, FRA., Dec 2009, Paris, France. 23 diapos
Conference papers hal-02824438v1

The power of combining genome annotation and systems level modeling.

S.J. Macdonald , J. Ramsey , G. Jander , Atsushi Nakabachi , G.H. Thomas et al.
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2", Barcelona, Espagne, Juin 2009, Jun 2009, Spain
Conference papers hal-00498405v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France
Conference papers hal-02815123v1

Besoins en acides aminés des embryons de femelles parthénogénétiques du puceron du pois.

Andréane Rabatel , Nadia Bendridi , Gabrielle Duport , Marjolaine Rey , Stefano Colella et al.
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Jun 2009, PARIS, France
Conference papers hal-00511624v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Conference papers hal-02814863v1

Fate of transcription units in the reductive evolution of the genome of Buchnera aphidicola

Lilia Brinza , Federica Calevro , Hubert Charles
6th International Symbiosis Society Congress (6 ISS 2009) Madison, Wisconsin USA, August 9-15 2009, Aug 2009, United States
Conference papers hal-00497818v1

Evolution des organismes bactériens

Guillaume Beslon , Federica Calevro , Hubert Charles , Jean-Michel Fayard , Carole Knibbe et al.
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Jul 2008, Villeurbanne, France. 12 diapos
Conference papers hal-02822501v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard , Gérard Febvay et al.
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France
Conference papers hal-02824972v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses

Augusto Vellozo , Stefano Colella , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France
Conference papers hal-02821711v1

Les réseaux métaboliques et génétiques

H. Charles , G. Beslon , Federica Calevro , Jean-François Boulicaut , J.M. Fayard et al.
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391271v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

A. Vellozo , Stefano Colella , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro et al.
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391519v1

Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro et al.
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391279v1

Transcriptomique

Jean-François Boulicaut , Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay et al.
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391255v1

Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay , Yvan Rahbé et al.
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2008, Paris (France), janvier 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391259v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , J.M. Fayard , G. Febvay et al.
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391273v1

Evolution des organismes bactériens

G. Beslon , Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , C. Knibbe et al.
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391156v1

Comparative analysis of gene expression in the aphid-Buchnera symbiosis: the role of Buchnera in the nutrition of aphid embryos

J. Bermingham , Federica Calevro , J. Vinuelas , H. Charles , T. Wilkinson et al.
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2007 (SEB 2007), 2007, Glasgow (UK), avril 2007, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391155v1

IGOIM, une méthode d'inférence de réseaux génétiques utilisant l'information mutuelle

L. Brinza , Federica Calevro , H. Charles
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) - Journée satellite "Analyse statistique du transcriptome", 2007, Marseille (France), juillet 2007, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391258v1

SymBioCyc: Metabolic data on endosymbiotic, parasitic and free bacteria

L. Cottret , H. Charles , M.F. Sagot
Integrative Post-Genomics - IPG'07, 2007, Lyon (France), novembre 2007, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391290v1

Le transcriptome de Buchnera aphidicola, la bactérie symbiotique intracellulaire des pucerons, est-il dégénéré ou hyperspécialisé ?

H. Charles
Séminaires de Biostatistique - Faculté de Médecine Lyon Sud, 2007, Lyon (France), mars 2007, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391270v1

Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?"

Yvan Rahbé , H. Charles , J. Vinuelas , N. Reymond , Federica Calevro et al.
Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391505v1

Conservation de la relation entre niveau d'expression des gènes et organisation du chromosome chez Buchnera aphidicola, symbiote primaire des pucerons : exemple d'un génome réduit mais non dégénéré

J. Vinuelas , Federica Calevro , D. Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé et al.
XVème Colloque de Physiologie de l'Insecte, Jul 2007, Rennes, France. pp.1-1
Conference papers hal-00373311v1

Recherche de précurseurs dans un réseau métabolique

L. Cottret , Vicente Acuna , H. Charles , M.F. Sagot
Réseaux d'interaction : analyse, modélisation et simulation (RIAMS), 2007, Villeurbanne (France), novembre 2007, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391288v1

Relationship between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , D. Remond , Yvan Rahbé et al.
5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391524v1

Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

J. Vinuelas , Federica Calevro , Didier Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé et al.
Theoretical Approaches for the Genome Workshop, Nov 2006, France
Conference papers hal-00506911v1

Metabolic interactions between the bacterium Buchnera aphidicola and its obligate symbiotic partner, the pea aphid: nutritional studies combined with transcriptome analyses

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , G. Febvay , Yvan Rahbé et al.
5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391262v1

Buchnera aphidicola, endocytobiote du puceron : transcriptome d'un génome "dégénéré"

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas , G. Febvay , Yvan Rahbé et al.
Rencontres 2006 des Microbiologistes de l'INRA, 2006, Dourdan (France), juin 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391278v1

Transcriptomic and metabolic analysis of Buchnera aphidicola

H. Charles
First meeting GDRE-RA "Comparative genomics", 2006, Lyon (France), novembre 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391269v1

Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)

L. Cottret , L. Brinza , J. Vinuelas , G. Duport , Federica Calevro et al.
Journée INRA-INRIA "Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l'organisme", 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391289v1

Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

J. Vinuelas , Federica Calevro , D. Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé et al.
Workshop "Theoretical Approaches for the Genome", 2006, Annecy-le-Vieux (France), novembre 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391525v1

Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , A. Groppi , A. Barre et al.
Colloque INRA "Apports de la génomique à la physiologie et la pathologie de l'insecte", 2006, Montpellier (France), mars 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391267v1

Bioinformatics analysis of the nucleoid associated protein FIS in Buchnera aphidicola, the intracellular symbiotic bacteria of aphids

L. Brinza , C. Armenise , E. Leproult , A. Paun , P. da Silva et al.
Integrative Post-Genomics - IPG'06, 2006, Lyon (France), novembre-décembre 2006, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391257v1

Relationships between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , Didier Remond , Yvan Rahbé et al.
5th International of Symbiosis Society Congress, Aug 2006, Autriche
Conference papers hal-00506826v1

Genomewide transcriptional changes associated with nutritional alterations affecting phenylalanine and tyrosine metabolism in Buchnera aphidicola

H. Charles , Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , Yvan Rahbé et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 2005, Lyon (France), juillet 2005, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391274v1

Analyse transcriptomique de la réponse de Buchnera aphidicola à un stress métabolique subi par son hôte le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , A. Dumitru , Yvan Rahbé et al.
Journées Reseau Ecologie et Interactions Durables (REID), 2005, Lyon (France), janvier 2005, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391260v1

SITRANS: a web information system for microarray experiments

Frederique Laforest , A. Tchounikine , T. Chaari , H. Charles , Federica Calevro et al.
XIX International Congress of the European Federation for Medical Informatics, 2005, Genève (Suisse), août-septembre 2005, France. pp.33-38
Conference papers hal-00391450v1

Transcriptional responses of Buchnera aphidicola to combined amino acid and osmotic stress in the diet of its symbiotic partner, Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas
COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology - Combined WG4 & WG5 meetings "Chip production and analysis, and environmental monitoring", 2005, Lyon (France), novembre 2005, France. pp.1-1
Conference papers hal-00391276v1

Global transcriptional responses of Buchnera aphidicola to aromatic amino acid limitation in the diet of its symbiotic partner, the phloem sap feeding insect Acyrthosiphon pisum

Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , Yvan Rahbé , J. Bernillon et al.
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S226
Conference papers hal-00391261v1