Jérémy Tournayre

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Publications

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Rumen microbiota associated with feed efficiency in beef cattle are highly influenced by diet composition

Abimael Ortiz-Chura , Karla Fabiola Corral-Jara , Jeremy Tournayre , Gonzalo Cantalapiedra-Hijar , Milka Popova et al.

Animal Nutrition, 2025, 21, pp.378-389. ⟨10.1016/j.aninu.2024.11.027⟩

Article dans une revue hal-05153253v1
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Duration of dam contact had a long effect on calf rumen microbiota without affecting growth

Laurianne Voland , Abimael Ortiz-Chura , Jeremy Tournayre , Bruno Martin , Matthieu Bouchon et al.

Frontiers in Veterinary Science, 2025, 12, pp.1548892. ⟨10.3389/fvets.2025.1548892⟩

Article dans une revue hal-05162995v1
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Identification of a specific set of genes predicting obesity before phenotype appearance

Céline Jousse , Laurent Parry , Gwendal Cueff , Marion Brandolini-Bunlon , Jérémy Tournayre et al.

iScience, 2025, 28 (5), pp.112377. ⟨10.1016/j.isci.2025.112377⟩

Article dans une revue hal-05065107v2

How to overcome constraints imposed by microsporidian genome features to ensure gene prediction?

Eric Peyretaillade , Reginal Akossi , Jérémy Tournayre , Frédéric Delbac , Ivan Wawrzyniak

Journal of Eukaryotic Microbiology, 2024, 71 (5), ⟨10.1111/jeu.13038⟩

Article dans une revue hal-04708877v1
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MicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation

Jérémy Tournayre , Valérie Polonais , Ivan Wawrzyniak , Reginald Florian Akossi , Nicolas Parisot et al.

International Journal of Molecular Sciences, 2024, 25 (2), pp.880. ⟨10.3390/ijms25020880⟩

Article dans une revue hal-04427987v1
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Bovine extracellular matrix proteins and potential role in meat quality: First in silico Bos taurus compendium

Anne Listrat , Céline Boby , Jérémy Tournayre , Céline Jousse

Journal of Proteomics, 2023, 279, pp.104891. ⟨10.1016/j.jprot.2023.104891⟩

Article dans une revue hal-04092775v1
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Transcriptome profiling reveals stress-responsive gene networks in cattle muscles

Isabelle Cassar-Malek , Lise Pomiès , Anne de La Foye , Jérémy Tournayre , Céline Boby et al.

PeerJ, 2022, 10, pp.e13150. ⟨10.7717/peerj.13150⟩

Article dans une revue hal-03632213v1
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The Plasma Oxylipin Signature Provides a Deep Phenotyping of Metabolic Syndrome Complementary to the Clinical Criteria

Céline Dalle , Jérémy Tournayre , Malwina Mainka , Alicja Basiak-Rasała , Mélanie Pétéra et al.

International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (19), pp.11688. ⟨10.3390/ijms231911688⟩

Article dans une revue hal-03839966v1
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Dataset on transcriptome signature of skeletal muscle of young, adult and aged mice

Anne Listrat , Kheng Lim Goh , Céline Jousse , Jérémy Tounayre , Huijuan Wang et al.

Data in Brief, 2022, 43, pp.108321. ⟨10.1016/j.dib.2022.108321⟩

Article dans une revue (data paper) hal-03691461v1
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When idiopathic male infertility is rooted in maternal malnutrition during the perinatal period in mice

Yuki Muranishi , Laurent Parry , Mélanie Vachette-Dit-Martin , Fabrice Saez , Cécile Coudy-Gandilhon et al.

Biology of Reproduction, 2022, 106 (3), pp.463-476. ⟨10.1093/biolre/ioab222⟩

Article dans une revue hal-03474813v1
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Do my qPCR calculation", a web tool

Jérémy Tournayre , Matthieu Reichstadt , Laurent Parry , Pierre Fafournoux , Céline Jousse

Bioinformation, 2019, 15 (5), pp.369-372. ⟨10.6026/97320630015369⟩

Article dans une revue hal-02172518v1

Integrated data mining of transcriptomic and proteomic datasets to predict the secretome of adipose tissue and muscle in ruminants

Muriel Bonnet , Jérémy Tournayre , Isabelle Cassar-Malek

Molecular BioSystems, 2016, 12 (9), pp.2722-2734. ⟨10.1039/c6mb00224b⟩

Article dans une revue hal-02638660v1
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Protein function easily investigated by genomics data mining using the proteINSIDE online tool

Nicolas Kaspric , Matthieu Reichstadt , Brigitte B. Picard , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet

Genomics and Computational Biology, 2015, 1 (1), pp.e16. ⟨10.18547/gcb.2015.vol1.iss1.e16⟩

Article dans une revue hal-02631468v1
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ProteINSIDE to easily investigate proteomics data from ruminants: Application to mine proteome of adipose and muscle tissues in bovine foetuses

Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet

PLoS ONE, 2015, 10 (5), pp.e0128086. ⟨10.1371/journal.pone.0128086⟩

Article dans une revue hal-02635637v1

Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis.

Simon Roux , Jérémy Tournayre , Antoine Mahul , Didier Debroas , François Enault

BMC Bioinformatics, 2014, 15, pp.76. ⟨10.1186/1471-2105-15-76⟩

Article dans une revue hal-01017832v1

Multi-omic investigation to decipher host-microbiota relationships in dairy cattle in the context of methane inhibition

Simon Roques , Jérémy Tournayre , Paul Samir Dou , Hamid Boudra , Benedict Yanibada et al.

14th International Gut Microbiology Symposium, Jun 2025, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-05116318v1
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Dynamics of rumen bacterial guilds in lambs from birth to finish are affected by the absence of dams in the suckling period

Laurianne Voland , Paul Dou , Jérémy Tournayre , Aurélie Dehornoy , Dominique Graviou et al.

14th INTERNATIONAL GUT MICROBIOLOGY SYMPOSIUM, INRAE FRANCE & ROWETT INSTITUT UK, Jun 2025, CLERMONT FERRAND, France

Communication dans un congrès hal-05148650v1
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Phénotypage des ruminants d’élevage : vers des outils peu invasifs alliant la découverte de biomarqueurs avec de nouvelles méthodes d'accès aux fluides et d'analyses intégratives

Isabelle Cassar-Malek , Laurence Bernard , Céline Boby , Anne de La Torre , Carole Delavaud et al.

Journées d'animations scientifiques, Département PHASE INRAE, Nov 2024, Poitiers Chasseneuil, France

Communication dans un congrès hal-04769371v1
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Combiner analyses statistiques intégratives et prédiction bioinformatique du sécrétome et du surfacéome pour comprendre le dialogue inter-organes

Jérémy Tournayre , Alyssa Imbert , Emile Mardoc , James Broadbent , Keren Byrne et al.

Journées d'Animation Scientifique et 20 ans du département PHASE, Nov 2024, Poitiers, France

Communication dans un congrès hal-04873121v1

Potential of the plasma oxylipin signature to better understand and predict cardiometabolic dysregulations

Cécile Gladine , Céline Dalle , Jérémy Tournayre , Malwina Mainka , Alicja Basiak-Rasała et al.

Société Française pour l’Etude des Lipides (SFEL). Journées Chevreul, Jan 2023, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04817101v1

State of the art in understanding interorgan crosstalk and physiology in farm animals

Isabelle Cassar-Malek , Isabelle Louveau , Céline Boby , Jérémy Tournayre , Florence Gondret et al.

74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.484

Communication dans un congrès hal-04196318v1

The plasma oxylipin signature for a fine phenotyping of metabolic syndrome

Cécile Gladine , Céline Dalle , Jérémy Tournayre , Malwina Mainka , Alicja Basiak-Rasała et al.

Gordon Research Conference in Lipidomics, Aug 2022, Newry, Maine, United States

Communication dans un congrès hal-04816968v1

Lipidomic profiling identifies consistent and performant oxylipin signatures of cardiometabolic syndrome

Cécile Gladine , Céline Dalle , Jérémy Tournayre , Malwina Mainka , Alicja Basiak-Rasała et al.

9th International Singapore Lipid Symposium (iSLS9), Feb 2021, Singapore, Singapore

Communication dans un congrès hal-04817083v1

Investigating the effect of divergent residual feed intake phenotypes on the bovine rumen microbiota across contrasting diet in fattening bulls

Jérémy Tournayre , Pablo Guarnido , Dominique Graviou , Faure Pascal , Gonzalo Cantalapiedra-Hijar et al.

12. International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France

Communication dans un congrès hal-03395905v1
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Update of ProteINSIDE: an online tool for proteome data mining

Jérémy Tournayre , Céline Boby , Matthieu Reichstadt , Muriel Bonnet

JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France

Communication dans un congrès hal-03283757v1
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Talkmine, a workflow for the prediction of the interactions between secretome and surfaceome in the dialogue between cellular types

Manon Connault , Jérémy Tournayre , Céline Boby , Muriel Bonnet , Nadia Goué

JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France

Communication dans un congrès hal-03332116v1

Identification de marques épigénétiques marqueurs de prédisposition aux maladies métaboliques

Jérémy Tournayre

22. Journée de l’Ecole Doctorale Sciences de la vie, Santé, Agronomie & Environnement JED 2019, May 2019, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-02161575v1
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Identification de marques épigénétiques marqueurs de prédisposition aux maladies métaboliques

Jérémy Tournayre , Laurent Parry , Anne-Catherine Maurin , Julien Averous , Alain Bruhat et al.

JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-01930383v1

Intégration de données "omics" provenant du tissu adipeux ou musculaire

Jérémy Tournayre , Isabelle Cassar-Malek , Matthieu Reichstadt , Brigitte B. Picard , Nicolas Kaspric et al.

Journée AuDACES : Auvergne Développements et Calcul en Environnement Scientifique, May 2016, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-02801646v1
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Fat&MuscleDB: A database to understand tissue growth processes contributing to body or muscle composition

Jérémy Tournayre , Isabelle Cassar-Malek , Matthieu Reichstadt , Brigitte B. Picard , Nicolas Kaspric et al.

JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-02739407v1
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Proteome data mining using ProteINSIDE online tool

Nicolas Kaspric , Matthieu Reichstadt , Brigitte B. Picard , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet

JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02740479v1
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Fat and Muscle DB: integrating ‘omics’ data from adipose tissue and muscle

Jérémy Tournayre , Isabelle Cassar-Malek , Matthieu Reichstadt , Brigitte B. Picard , Nicolas Kaspric et al.

5. Management Committee Meeting and the 4. Meeting of Working Groups 1, 2, 3 of COST Action FA 1002, Nov 2014, Milan, Italy. pp.91-94

Communication dans un congrès hal-02739418v1
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Protein function easily investigated by genomics data mining using the ProteINSIDE web service

Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet

2. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Apr 2014, Grenade, Spain

Communication dans un congrès hal-02743910v1
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Exploiting the knowledge about model species and humans to revisit the biology of livestock animals

Isabelle Cassar-Malek , Brigitte B. Picard , Alain Boissy , Christine Leroux , Lenha Mobuchon et al.

Workshop of translational biology in Agriculture and Medecine ‘From Bench to Bed in Medecine and from Pot to Plot in Agriculture', Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (1095)., Oct 2014, Aubière, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02799064v1

L’étude des protéomes de ruminants facilitée par l’utilisation du web service ProteINSIDE

Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet

Journée AuDACES : Auvergne Développements et Calcul en Environnement Scientifique, Jun 2014, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-02800842v1
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Rumen microbiota and dietary effects on B vitamins in milk and blood

Benoit Graulet , Lucie Auzance , Milka Popova , Jérémy Tournayre , Evelyne Forano et al.

74ème conférence annuelle de la Société canadienne des microbiologistes, Jun 2025, Montréal (Québec), Canada

Poster de conférence hal-05132561v1

Relationships between diet, fatty acids and oxylipins in healthy individuals : new insights from two independent cohort studies

Cécile Gladine , Céline Dalle , Jérémy Tournayre , Malwina Mainka , Alicja Basiak-Rasała et al.

14th European Nutrition Conference FENS 2023, Nov 2023, Belgrade, Serbia

Poster de conférence hal-04820359v1

Relationships between diet, fatty acids and oxylipins in healthy individuals : new insights from two independent cohort studies

Cécile Gladine , Céline Dalle , Jérémy Tournayre , Malwina Mainka , Alicja Basiak-Rasała et al.

15th International ISSFAL Congress, Jul 2023, Nantes, France

Poster de conférence hal-04820311v1
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Talkmine, a workflow for the prediction of the interactions between secretome and surfaceome in the dialogue between cellular types

Manon Connault , Jérémy Tournayre , Céline Boby , Muriel Bonnet , Nadia Goue

JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France

Poster de conférence hal-03332138v2
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Update of ProteINSIDE: an online tool for proteome data mining

Jérémy Tournayre , Céline Boby , Matthieu Reichstadt , Muriel Bonnet

JOBIM, Jul 2021, Paris - (Congrès virtuel), France

Poster de conférence hal-03283142v1
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Proteomics data from ruminants easily investigated using ProteINSIDE

Nicolas Kaspric , Brigitte B. Picard , Matthieu Reichstadt , Jérémy Tournayre , Muriel Bonnet

5. Management Committee Meeting and the 4. Meeting of Working Groups 1, 2, 3 of COST Action FA 1002, Nov 2014, Milan, Italy. pp.283-287, 2014

Poster de conférence hal-02743404v1
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ProteINSIDE: a web service to computerize an in-depth analysis of functions, sequences, secretions and interactions for proteins

Nicolas Kaspric , Matthieu Reichstadt , Brigitte B. Picard , Muriel Bonnet , Jérémy Tournayre

11. Meeting on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Comparative Genomics, Oct 2013, Lyon, France. pp.32, 2013, Proceedings of Eleventh Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics, Lyon, France, 17-19 October 2013

Poster de conférence hal-02746269v1
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Proteotools

Jérémy Tournayre , Matthieu Reichstadt , Isabelle Cassar-Malek , Brigitte Picard , Muriel Bonnet

Lifegrid : journée - L’informatique au service des Sciences du Vivant et de la Santé, Dec 2013, Aubière, France. pp.2, 2013

Poster de conférence hal-01196476v1