Jérôme Arnoux
- Intregated Science Lab (IceLab)
Présentation
Je m'intéresse en particulier à la pangénomique, la génomique comparée et le métabolisme. J'évolue dans l'équipe du LABGeM et de la plateforme d'annotation de génomes procaryote, MicroScope. Mes recherches porte sur le développement de méthodes d’analyse comparée des pangénomes procaryotes afin d'explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolisme. J'ai participer au développement de plusieurs outils d'analyse pangénomique. Récemment, je me suis intéressé aux systèmes de défense des bactéries contre les virus, plus particulièrement à comment les identifier dans les pangénomes.
Domaines de recherche
Compétences
Publications
Publications
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Metagenomic analysis reveals distinct patterns of gut lactobacillus prevalence, abundance, and geographical variation in health and diseaseGut microbes, 2020, 12 (1), pp.1822729. ⟨10.1080/19490976.2020.1822729⟩ |
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Integrating complex pangenome graphs2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW), May 2024, Utrecht, New Zealand. pp.350-354, ⟨10.1109/ICDEW61823.2024.00052⟩ |
PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomesThe local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain |
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From Genomics to Pangenomics: the path to pangenome graphsThe 20th MicroScope anniversary, Alexandra Calteau; David Vallenet, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France |
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PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomesISMB/ECCB 2023, ISCB ECCB, Jul 2023, Lyon, France |
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PPanGGOLiN V2: technical enhancement and new features to analyze thousands of prokaryotic genomesThe local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain |
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Méthodes d'analyse comparée des pangénomes procaryotes : explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolismeBio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2025. Français. ⟨NNT : 2025UPASL020⟩ |