Jérôme Arnoux

Postdoctorant
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Présentation

Je m'intéresse en particulier à la pangénomique, la génomique comparée et le métabolisme. J'évolue dans l'équipe du LABGeM et de la plateforme d'annotation de génomes procaryote, MicroScope. Mes recherches porte sur le développement de méthodes d’analyse comparée des pangénomes procaryotes afin d'explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolisme. J'ai participer au développement de plusieurs outils d'analyse pangénomique. Récemment, je me suis intéressé aux systèmes de défense des bactéries contre les virus, plus particulièrement à comment les identifier dans les pangénomes.

Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Sciences du Vivant [q-bio] Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN] Bactériologie

Compétences

Python R SQL Neo4J Metagenomic Comparative genomic Genomic island Pangenomic Phage defense systems

Publications

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Publications

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Integrating complex pangenome graphs

Jérôme Arnoux , Angela Bonifati , A. Calteau , Stefania Dumbrava , Guillaume Gautreau

2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW), May 2024, Utrecht, New Zealand. pp.350-354, ⟨10.1109/ICDEW61823.2024.00052⟩

Communication dans un congrès hal-04660364v1

PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes

Jérôme Arnoux , Jean Mainguy , Laura Bry , Quentin Fernandez De Grado , David Vallenet et al.

The local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain

Communication dans un congrès hal-04371302v1

From Genomics to Pangenomics: the path to pangenome graphs

Guillaume Gautreau , Adelme Bazin , Jérôme Arnoux

The 20th MicroScope anniversary, Alexandra Calteau; David Vallenet, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France

Communication dans un congrès hal-04371889v1

PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes

Jérôme Arnoux , Laura Bry , Quentin Fernandez De Grado , David Vallenet , Alexandra Calteau

ISMB/ECCB 2023, ISCB ECCB, Jul 2023, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-04371284v1

PPanGGOLiN V2: technical enhancement and new features to analyze thousands of prokaryotic genomes

Jean Mainguy , Jérôme Arnoux , Guillaume Gautreau , Adelme Bazin , David Vallenet et al.

The local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain

Communication dans un congrès hal-04371316v1
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PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes

Jérôme Arnoux , Laura Bry , Quentin Fernandez De Grado , David Vallenet , Alexandra Calteau

ISMB/ECCB 2023, Jul 2023, Lyon, France

Poster de conférence hal-04358457v1
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PANORAMA : comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes

Jérôme Arnoux , Alexandra Calteau , David Vallenet

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, Jul 2022, Rennes, France

Poster de conférence hal-04371243v1

MicroScope: a web platform for microbial genome annotation through pangenomic and metabolic analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Jérôme Arnoux , Adelme Bazin , Mylène Beuvin et al.

The 2nd FEMS Conference on Microbiology, Jun 2022, Belgrade, Serbia

Poster de conférence hal-04371191v1

MicroScope: a web platform for microbial genome annotation through pangenomic and metabolic analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Jérôme Arnoux , Lucie Coffion , Stéphanie Fouteau et al.

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, Jul 2022, Rennes, France

Poster de conférence hal-04360324v1

PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes

Jérôme Arnoux , Alexandra Calteau , David Vallenet

The 2nd FEMS Conference on Microbiology, Jun 2022, Belgrade, Serbia

Poster de conférence hal-04371199v1

MicroScope: an integrated platform for the annotation and axploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Jérôme Arnoux , Adelme Bazin , Mylène Beuvin et al.

JOBIM 2021 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris (virtual), France

Poster de conférence hal-04360241v1

MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis

David Vallenet , Alexandra Calteau , Paul Amours , Jérôme Arnoux , Adelme Bazin et al.

JOBIM 2020 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier (virtual), France

Poster de conférence hal-04359963v1

PanFam: a pangenomic workflow for the iterative construction of gene families on thousands of genomes

Jérôme Arnoux , Mylène Beuvin , Adelme Bazin , Alexandra Calteau , David Vallenet

JOBIM 2020 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier (virtual), France

Poster de conférence hal-04360011v1