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Je m'intéresse en particulier à la pangénomique, la génomique comparée et le métabolisme. J'évolue dans l'équipe du LABGeM et de la plateforme d'annotation de génomes procaryote, MicroScope. Mes recherches porte sur le développement de méthodes d’analyse comparée des pangénomes procaryotes afin d'explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolisme. J'ai participer au développement de plusieurs outils d'analyse pangénomique. Récemment, je me suis intéressé aux systèmes de défense des bactéries contre les virus, plus particulièrement à comment les identifier dans les pangénomes.
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Metagenomic analysis reveals distinct patterns of gut lactobacillus prevalence, abundance, and geographical variation in health and diseaseGut microbes, 2020, 12 (1), pp.1822729. ⟨10.1080/19490976.2020.1822729⟩
Article dans une revue
hal-04903758
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Integrating complex pangenome graphs2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW), May 2024, Utrecht, New Zealand. pp.350-354, ⟨10.1109/ICDEW61823.2024.00052⟩
Communication dans un congrès
hal-04660364
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PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomesThe local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain
Communication dans un congrès
hal-04371302
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From Genomics to Pangenomics: the path to pangenome graphsThe 20th MicroScope anniversary, Alexandra Calteau; David Vallenet, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France
Communication dans un congrès
hal-04371889
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PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomesISMB/ECCB 2023, ISCB ECCB, Jul 2023, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-04371284
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PPanGGOLiN V2: technical enhancement and new features to analyze thousands of prokaryotic genomesThe local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain
Communication dans un congrès
hal-04371316
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Méthodes d'analyse comparée des pangénomes procaryotes : explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolismeBio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2025. Français. ⟨NNT : 2025UPASL020⟩
Thèse
tel-05140675
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