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     | 
        
        
            Allosteric coupling between a lipid bilayer and a membrane protein
        
                            
                                                                                                            Clarisse Fourel
                                                                ,
                                                                                                                                Yanna Gautier
                                                                ,
                                                                                                                                Alexandre Pozza
                                                                ,
                                                                                                                                François Giraud
                                                                ,
                                                                                                                                Elodie Point
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04954807
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                
     | 
        
        
            k-Nearest Neighbor Adaptive Sampling, a Simple Tool to Efficiently Explore Conformational Space
        
                            
                                                                                                            Evianne Rovers
                                                                ,
                                                                                                                                Anvith Thudi
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Chris Maddison
                                                                ,
                                                                                                                                Matthieu Schapira
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-05241482
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Lambda-ABF-OPES: Faster Convergence with High Accuracy in Alchemical Free Energy Calculations
        
                            
                                                                                                            Narjes Ansari
                                                                ,
                                                                                                                                Zhifeng Francis Jing
                                                                ,
                                                                                                                                Antoine Gagelin
                                                                ,
                                                                                                                                Florent Hédin
                                                                ,
                                                                                                                                Félix Aviat
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04964833
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            alchemlyb: the simple alchemistry library
        
                            
                                                                                                            Zhiyi Wu
                                                                ,
                                                                                                                                David Dotson
                                                                ,
                                                                                                                                Irfan Alibay
                                                                ,
                                                                                                                                Bryce Allen
                                                                ,
                                                                                                                                Mohammad Soroush Barhaghi
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04752550
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Lambda-ABF: Simplified, Accurate and Cost-effective Alchemical Free Energy Computations
        
                            
                                                                                                            Louis Lagardère
                                                                ,
                                                                                                                                Lise Maurin
                                                                ,
                                                                                                                                Olivier Adjoua
                                                                ,
                                                                                                                                Krystel El Hage
                                                                ,
                                                                                                                                Pierre Monmarché
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04162777
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Expanded functionality and portability for the Colvars library
        
                            
                                                                                                            Giacomo Fiorin
                                                                ,
                                                                                                                                Fabrizio Marinelli
                                                                ,
                                                                                                                                Lucy Forrest
                                                                ,
                                                                                                                                Haochuan Chen
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Chipot
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04782969
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Unwrapping NPT Simulations to Calculate Diffusion Coefficients
        
                            
                                                                                                            Jakob Tómas Bullerjahn
                                                                ,
                                                                                                                                Sören von Bülow
                                                                ,
                                                                                                                                Maziar Heidari
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Gerhard Hummer
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04228524
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Alchemical Free Energy Calculations on Membrane-Associated Proteins
        
                            
                                                                                                            Michail Papadourakis
                                                                ,
                                                                                                                                Hryhory Sinenka
                                                                ,
                                                                                                                                Pierre Matricon
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Grace Brannigan
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04265307
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Computing absolute binding affinities by Streamlined Alchemical Free Energy Perturbation [Article v1.0]
        
                            
                                                                                                            Ezry Santiago-Mcrae
                                                                ,
                                                                                                                                Mina Ebrahimi
                                                                ,
                                                                                                                                Jesse Sandberg
                                                                ,
                                                                                                                                Grace Brannigan
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04728951
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            A consistent picture of phosphate-divalent cation binding from models with implicit and explicit electronic polarization
        
                            
                                                                                                            Julie Puyo-Fourtine
                                                                ,
                                                                                                                                Marie Juillé
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Carine Clavaguéra
                                                                ,
                                                                                                                                Elise Duboué-Dijon
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03677547
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Molecular determinants of inhibition of UCP1-mediated respiratory uncoupling
        
                            
                                                                                                            Antoine Gagelin
                                                                ,
                                                                                                                                Corentin Largeau
                                                                ,
                                                                                                                                Sandrine Masscheleyn
                                                                ,
                                                                                                                                Mathilde Piel
                                                                ,
                                                                                                                                Daniel Calderón-Mora
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04018865
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Symmetry-Adapted Restraints for Binding Free Energy Calculations
        
                            
                                                                                                            Mina Ebrahimi
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03667626
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Multiscale Computational Study of the Conformation of the Full-Length Intrinsically Disordered Protein MeCP2
        
                            
                                                                                                            Cecilia Chávez-García
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Mikko Karttunen
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03689392
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Human Learning for Molecular Simulations: The Collective Variables Dashboard in VMD
        
                            
                                                                                                            Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Laura Lopes
                                                                ,
                                                                                                                                Giacomo Fiorin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03689385
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Open-channel structure of a pentameric ligand-gated ion channel reveals a mechanism of leaflet-specific phospholipid modulation
        
                            
                                                                                                            John Petroff
                                                                ,
                                                                                                                                Noah Dietzen
                                                                ,
                                                                                                                                Ezry Santiago-Mcrae
                                                                ,
                                                                                                                                Brett Deng
                                                                ,
                                                                                                                                Maya Washington
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03858898
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Enhanced sampling methods for molecular dynamics simulations
        
                            
                                                                                                            Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Tony Lelièvre
                                                                ,
                                                                                                                                Michael Shirts
                                                                ,
                                                                                                                                Omar Valsson
                                                                ,
                                                                                                                                Lucie Delemotte
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03595710
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Mechanistic Insights on Heme-to-Heme Transmembrane Electron Transfer Within NADPH Oxydases From Atomistic Simulations
        
                            
                                                                                                            Xiaojing Wu
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Laura Baciou
                                                                ,
                                                                                                                                Marc Baaden
                                                                ,
                                                                                                                                Fabien Cailliez
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03382660
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Building intuition for binding free energy calculations: Bound state definition, restraints, and symmetry
        
                            
                                                                                                            Elise Duboué-Dijon
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03234443
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Fast and Accurate Multidimensional Free Energy Integration
        
                            
                                                                                                            Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03402188
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD
        
                            
                                                                                                            James Phillips
                                                                ,
                                                                                                                                David J. Hardy
                                                                ,
                                                                                                                                Julio Maia
                                                                ,
                                                                                                                                John Stone
                                                                ,
                                                                                                                                João Ribeiro
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03032818
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Binding of Divalent Cations to Aqueous Acetate: Molecular Simulations Guided by Raman Spectroscopy
        
                            
                                                                                                            Denilson Mendes de Oliveira
                                                                ,
                                                                                                                                Samual R Zukowski
                                                                ,
                                                                                                                                Vladimir Palivec
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Hector Martinez-Seara
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-02964203
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            A Streamlined, General Approach for Computing Ligand Binding Free Energies and Its Application to GPCR-Bound Cholesterol
        
                            
                                                                                                            Reza Salari
                                                                ,
                                                                                                                                Thomas Joseph
                                                                ,
                                                                                                                                Ruchi Lohia
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Grace Brannigan
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-02540263
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            A membrane-inserted structural model of the yeast mitofusin Fzo1
        
                            
                                                                                                            Dario de Vecchis
                                                                ,
                                                                                                                                Laetitia Cavellini
                                                                ,
                                                                                                                                Marc Baaden
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Mickaël M. Cohen
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01581980
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Smoothed Biasing Forces Yield Unbiased Free Energies with the Extended-System Adaptive Biasing Force Method
        
                            
                                                                                                            Adrien Lesage
                                                                ,
                                                                                                                                Tony Lelièvre
                                                                ,
                                                                                                                                Gabriel Stoltz
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01423958
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                
     | 
        
        
            New Coarse Variables for the Accurate Determination of Standard Binding Free Energies
        
                            
                                                                                                            Haohao Fu
                                                                ,
                                                                                                                                Wensheng Cai
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Benoît Roux
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Chipot
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04054596
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            A Novel Bifunctional Alkylphenol Anesthetic Allows Characterization of gamma-Aminobutyric Acid, Type A (GABAA), Receptor Subunit Binding Selectivity in Synaptosomes.
        
                            
                                                                                                            Kellie A. Woll
                                                                ,
                                                                                                                                Sruthi Murlidaran
                                                                ,
                                                                                                                                Benika J. Pinch
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Xiaoshi Wang
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01497996
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Evolution of Pentameric Ligand-Gated Ion Channels: Pro-Loop Receptors.
        
                            
                                                                                                            Mariama Jaiteh
                                                                ,
                                                                                                                                Antoine Taly
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01497980
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Role of Internal Water on Protein Thermal Stability: The Case of Homologous G Domains.
        
                            
                                                                                                            Obaidur Rahaman
                                                                ,
                                                                                                                                Maria Kalimeri
                                                                ,
                                                                                                                                Simone Melchionna
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Fabio Sterpone
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498026
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            The Adaptive Biasing Force Method: Everything You Always Wanted To Know but Were Afraid To Ask
        
                            
                                                                                                            Jeffrey Comer
                                                                ,
                                                                                                                                James C. Gumbart
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Tony Lelièvre
                                                                ,
                                                                                                                                Andrew Pohorille
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01238593
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Membrane Protein Structure, Function, and Dynamics: a Perspective from Experiments and Theory.
        
                            
                                                                                                            Zoe Cournia
                                                                ,
                                                                                                                                Toby Allen
                                                                ,
                                                                                                                                Ioan Andricioaei
                                                                ,
                                                                                                                                Bruno Antonny
                                                                ,
                                                                                                                                Daniel Baum
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                             (article de synthèse)
                    
        
        
            
                
                    hal-01498031
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Type VI secretion and bacteriophage tail tubes share a common assembly pathway.
        
                            
                                                                                                            Yannick R Brunet
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Hervé H. Celia
                                                                ,
                                                                                                                                E. Cascales
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01458198
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Type VI secretion and bacteriophage tail tubes share a common assembly pathway
        
                            
                                                                                                            Yannick Brunet
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Hervé Celia
                                                                ,
                                                                                                                                E. Cascales
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03274782
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                
     | 
        
        
            CHARMM36 united atom chain model for lipids and surfactants.
        
                            
                                                                                                            Sarah Lee
                                                                ,
                                                                                                                                Alan Tran
                                                                ,
                                                                                                                                Matthew Allsopp
                                                                ,
                                                                                                                                Joseph B. Lim
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498054
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                                                 
                        
                     
                                    
     | 
        
        
            Lipid concentration and molar ratio boundaries for the use of isotropic bicelles.
        
                            
                                                                                                            Maïwenn Beaugrand
                                                                ,
                                                                                                                                Alexandre A. Arnold
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Dror E. Warschawski
                                                                ,
                                                                                                                                Philip T F. Williamson
                                                                                            et al.
                            
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498056
                                            v1
                                    
            
        
     | 
                                                                                
    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            Allosteric regulation of pentameric ligand-gated ion channels: An emerging mechanistic perspective
        
                            
                                                                                                            Antoine Taly
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Jean-Pierre Changeux
                                                                ,
                                                                                                                                Marco Cecchini
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498037
                                            v1
                                    
            
        
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    | 
        
                            
                    
     | 
        
        
            A predicted binding site for cholesterol on the GABAA receptor.
        
                            
                                                                                                            Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Reza Salari
                                                                ,
                                                                                                                                Sruthi Murlidaran
                                                                ,
                                                                                                                                Grace Brannigan
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498058
                                            v1
                                    
            
        
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     | 
        
        
            Using collective variables to drive molecular dynamics simulations
        
                            
                                                                                                            Giacomo Fiorin
                                                                ,
                                                                                                                                Michael L. Klein
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498073
                                            v1
                                    
            
        
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     | 
        
        
            General Anesthetics Predicted to Block the GLIC Pore with Micromolar Affinity
        
                            
                                                                                                            David N. Lebard
                                                                ,
                                                                                                                                Jérôme Hénin
                                                                ,
                                                                                                                                Roderic G. Eckenhoff
                                                                ,
                                                                                                                                Michael L. Klein
                                                                ,
                                                                                                                                Grace Brannigan
                                                                                    
                 
                            
                 Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01498104
                                            v1
                                    
            
        
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