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Lambda-ABF-OPES: Faster Convergence with High Accuracy in Alchemical Free Energy Calculations
Narjes Ansari
,
Zhifeng Francis Jing
,
Antoine Gagelin
,
Florent Hédin
,
Félix Aviat
et al.
Article dans une revue
hal-04964833
v1
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Expanded functionality and portability for the Colvars library
Giacomo Fiorin
,
Fabrizio Marinelli
,
Lucy Forrest
,
Haochuan Chen
,
Christophe Chipot
et al.
Article dans une revue
hal-04782969
v1
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Lambda-ABF: Simplified, Accurate and Cost-effective Alchemical Free Energy Computations
Louis Lagardère
,
Lise Maurin
,
Olivier Adjoua
,
Krystel El Hage
,
Pierre Monmarché
et al.
Article dans une revue
hal-04162777
v1
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alchemlyb: the simple alchemistry library
Zhiyi Wu
,
David Dotson
,
Irfan Alibay
,
Bryce Allen
,
Mohammad Soroush Barhaghi
et al.
Article dans une revue
hal-04752550
v1
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Unwrapping NPT Simulations to Calculate Diffusion Coefficients
Jakob Tómas Bullerjahn
,
Sören von Bülow
,
Maziar Heidari
,
Jérôme Hénin
,
Gerhard Hummer
Article dans une revue
hal-04228524
v1
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Computing absolute binding affinities by Streamlined Alchemical Free Energy Perturbation [Article v1.0]
Ezry Santiago-Mcrae
,
Mina Ebrahimi
,
Jesse Sandberg
,
Grace Brannigan
,
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-04728951
v1
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Alchemical Free Energy Calculations on Membrane-Associated Proteins
Michail Papadourakis
,
Hryhory Sinenka
,
Pierre Matricon
,
Jérôme Hénin
,
Grace Brannigan
et al.
Article dans une revue
hal-04265307
v1
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Enhanced sampling methods for molecular dynamics simulations
Jérôme Hénin
,
Tony Lelièvre
,
Michael Shirts
,
Omar Valsson
,
Lucie Delemotte
Article dans une revue
hal-03595710
v1
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Open-channel structure of a pentameric ligand-gated ion channel reveals a mechanism of leaflet-specific phospholipid modulation
John Petroff
,
Noah Dietzen
,
Ezry Santiago-Mcrae
,
Brett Deng
,
Maya Washington
et al.
Article dans une revue
hal-03858898
v1
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Molecular determinants of inhibition of UCP1-mediated respiratory uncoupling
Antoine Gagelin
,
Corentin Largeau
,
Sandrine Masscheleyn
,
Mathilde Piel
,
Daniel Calderón-Mora
et al.
Article dans une revue
hal-04018865
v1
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A consistent picture of phosphate-divalent cation binding from models with implicit and explicit electronic polarization
Julie Puyo-Fourtine
,
Marie Juillé
,
Jérôme Hénin
,
Carine Clavaguéra
,
Elise Duboué-Dijon
Article dans une revue
hal-03677547
v1
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Symmetry-Adapted Restraints for Binding Free Energy Calculations
Mina Ebrahimi
,
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-03667626
v1
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Multiscale Computational Study of the Conformation of the Full-Length Intrinsically Disordered Protein MeCP2
Cecilia Chávez-García
,
Jérôme Hénin
,
Mikko Karttunen
Article dans une revue
hal-03689392
v1
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Human Learning for Molecular Simulations: The Collective Variables Dashboard in VMD
Jérôme Hénin
,
Laura Lopes
,
Giacomo Fiorin
Article dans une revue
hal-03689385
v1
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Building intuition for binding free energy calculations: Bound state definition, restraints, and symmetry
Elise Duboué-Dijon
,
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-03234443
v1
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Mechanistic Insights on Heme-to-Heme Transmembrane Electron Transfer Within NADPH Oxydases From Atomistic Simulations
Xiaojing Wu
,
Jérôme Hénin
,
Laura Baciou
,
Marc Baaden
,
Fabien Cailliez
et al.
Article dans une revue
hal-03382660
v1
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Fast and Accurate Multidimensional Free Energy Integration
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-03402188
v1
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Binding of Divalent Cations to Aqueous Acetate: Molecular Simulations Guided by Raman Spectroscopy
Denilson Mendes de Oliveira
,
Samual R Zukowski
,
Vladimir Palivec
,
Jérôme Hénin
,
Hector Martinez-Seara
et al.
Article dans une revue
hal-02964203
v1
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Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD
James Phillips
,
David J. Hardy
,
Julio Maia
,
John Stone
,
João Ribeiro
et al.
Article dans une revue
hal-03032818
v1
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A Streamlined, General Approach for Computing Ligand Binding Free Energies and Its Application to GPCR-Bound Cholesterol
Reza Salari
,
Thomas Joseph
,
Ruchi Lohia
,
Jérôme Hénin
,
Grace Brannigan
Article dans une revue
hal-02540263
v1
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A membrane-inserted structural model of the yeast mitofusin Fzo1
Dario de Vecchis
,
Laetitia Cavellini
,
Marc Baaden
,
Jérôme Hénin
,
Mickaël M. Cohen
et al.
Article dans une revue
hal-01581980
v1
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Smoothed Biasing Forces Yield Unbiased Free Energies with the Extended-System Adaptive Biasing Force Method
Adrien Lesage
,
Tony Lelièvre
,
Gabriel Stoltz
,
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-01423958
v1
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New Coarse Variables for the Accurate Determination of Standard Binding Free Energies
Haohao Fu
,
Wensheng Cai
,
Jérôme Hénin
,
Benoît Roux
,
Christophe Chipot
Article dans une revue
hal-04054596
v1
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A Novel Bifunctional Alkylphenol Anesthetic Allows Characterization of gamma-Aminobutyric Acid, Type A (GABAA), Receptor Subunit Binding Selectivity in Synaptosomes.
Kellie A. Woll
,
Sruthi Murlidaran
,
Benika J. Pinch
,
Jérôme Hénin
,
Xiaoshi Wang
et al.
Article dans une revue
hal-01497996
v1
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Evolution of Pentameric Ligand-Gated Ion Channels: Pro-Loop Receptors.
Mariama Jaiteh
,
Antoine Taly
,
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-01497980
v1
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Membrane Protein Structure, Function, and Dynamics: a Perspective from Experiments and Theory.
Zoe Cournia
,
Toby Allen
,
Ioan Andricioaei
,
Bruno Antonny
,
Daniel Baum
et al.
Article dans une revue
(article de synthèse)
hal-01498031
v1
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Role of Internal Water on Protein Thermal Stability: The Case of Homologous G Domains.
Obaidur Rahaman
,
Maria Kalimeri
,
Simone Melchionna
,
Jérôme Hénin
,
Fabio Sterpone
Article dans une revue
hal-01498026
v1
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The Adaptive Biasing Force Method: Everything You Always Wanted To Know but Were Afraid To Ask
Jeffrey Comer
,
James C. Gumbart
,
Jérôme Hénin
,
Tony Lelièvre
,
Andrew Pohorille
et al.
Article dans une revue
hal-01238593
v1
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Type VI secretion and bacteriophage tail tubes share a common assembly pathway
Yannick Brunet
,
Jérôme Hénin
,
Hervé Celia
,
E. Cascales
Article dans une revue
hal-03274782
v1
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Type VI secretion and bacteriophage tail tubes share a common assembly pathway.
Yannick R Brunet
,
Jérôme Hénin
,
Hervé H. Celia
,
E. Cascales
Article dans une revue
hal-01458198
v1
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CHARMM36 united atom chain model for lipids and surfactants.
Sarah Lee
,
Alan Tran
,
Matthew Allsopp
,
Joseph B. Lim
,
Jérôme Hénin
et al.
Article dans une revue
hal-01498054
v1
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Lipid concentration and molar ratio boundaries for the use of isotropic bicelles.
Maïwenn Beaugrand
,
Alexandre A. Arnold
,
Jérôme Hénin
,
Dror E. Warschawski
,
Philip T F. Williamson
et al.
Article dans une revue
hal-01498056
v1
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A predicted binding site for cholesterol on the GABAA receptor.
Jérôme Hénin
,
Reza Salari
,
Sruthi Murlidaran
,
Grace Brannigan
Article dans une revue
hal-01498058
v1
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Allosteric regulation of pentameric ligand-gated ion channels: An emerging mechanistic perspective
Antoine Taly
,
Jérôme Hénin
,
Jean-Pierre Changeux
,
Marco Cecchini
Article dans une revue
hal-01498037
v1
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Using collective variables to drive molecular dynamics simulations
Giacomo Fiorin
,
Michael L. Klein
,
Jérôme Hénin
Article dans une revue
hal-01498073
v1
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General Anesthetics Predicted to Block the GLIC Pore with Micromolar Affinity
David N. Lebard
,
Jérôme Hénin
,
Roderic G. Eckenhoff
,
Michael L. Klein
,
Grace Brannigan
Article dans une revue
hal-01498104
v1
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