Jonathan Gaudin

Phytopathologiste généraliste

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Unité de Pathologie Végétale (PV)

Identifiants chercheurs

jonathan-gaudin (s'ouvre dans un nouvel onglet)

Présentation

Formation et diplômes

2006 : MASTER professionnel en biologie et chimie végétales, Université Claude Bernard, LYON 1

2004 : LICENCE en biologie des organismes, Université Claude Bernard, LYON 1

2003 : DEUG en sciences de la vie, Université Claude Bernard, LYON 1

2000 : Baccalauréat général S, Lycée de l’Edit à Roussillon (38)

Cursus professionnel

Depuis 2020 : UR PV (Pathologie Végétale), INRAE PACA – Ingénieur d’études en phytopathologie

2014 - 2020 : UMR SAVE (Santé et Agroécologie du vignoble), INRA de Bordeaux – Ingénieur d’études en phytopathologie

2014 : Syngenta, Aigues-Vives (30) - responsable du laboratoire de micro cultures : résistance aux herbicides et efficacité des traitements de semences

2012 - 2013 : UR PV (Pathologie Végétale), INRA d’Avignon - assistant ingénieur en virologie végétale : amélioration d’outils de diagnostic et études épidémiologiques de maladies virales sur courgette

2011 : UR GAFL (Génétique et d’Amélioration des Fruits et Légumes), INRA Avignon - assistant ingénieur : résistance à Bremia lactucae chez la laitue

2009 - 2011 : CIHEF, Manosque (04) - ingénieur d’études : dépérissement de la lavande et du lavandin en Provence

2008 - 2009 : BIOTEK Agriculture, Nîmes - technicien expérimentateur de produits phytosanitaire

2006 : UR PV (Pathologie Végétale), INRA d’Avignon - stagiaire de Master en virologie végétale

Principales thématiques et compétences développées

Diagnostic des maladies au champ et au laboratoire

Epidémiologie des maladies des plantes

Etiologie des maladies émergentes

Evaluation de méthodes de protection durables des cultures

Agrégation et transfert des connaissances en santé des plantes

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Publications

Outbreak of cucumber mosaic virus subgroup IB in pepper from the Espelette area (Basque Country, southwestern France) and first report of five taxa as natural hosts of CMV

Jonathan Gaudin , Sylvain Piry , Catherine Wipf-Scheibel , Marion Szadkowski , Cecile Desbiez et al.

Plant Disease, 2025, 109 (5), pp.983-987. ⟨10.1094/PDIS-07-24-1553-SC⟩

Article dans une revue hal-04830432v1

Screening of Stevia rebaudiana (Bertoni) susceptibility to Septoria steviae through leaf disk inoculation

Zoé Le Bihan , Jonathan Gaudin , Diako Rasouli , Solene Boutet , Marianne Laurencon et al.

Plant health progress, 2025, 26, pp.136-145. ⟨10.1094/PHP-04-24-0039-RS⟩

Article dans une revue hal-04988247v1

Un outil co-construit pour faciliter l’utilisation du biocontrôle

Thomas Pressecq , Pauline Duval , Jean-Marc Armand , Jean-François Bourgeay , Jonathan Gaudin et al.

Phytoma , 2024, 772, pp.31-32

Article dans une revue hal-04524822v1

Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence

S. Soubeyrand , Arnaud Estoup , Astrid Cruaud , Sylvie Malembic-Maher , Christine Meynard et al.

CABI Agriculture and Bioscience, 2024, 5, pp.72. ⟨10.1186/s43170-024-00273-8⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-04672656v1

Molecular and biological characterization of novel and known Sequiviridae members infecting lettuce

Laurence Svanella-Dumas , Iason Tsarmpopoulos , Armelle Marais , Chantal Faure , Sebastien Theil et al.

Phytopathology, 2023, 113 (8), ⟨10.1094/PHYTO-03-23-0095-R⟩

Article dans une revue hal-04083420v1

Un OAD pour faciliter l’utilisation du biocontrôle

Thomas Pressecq , Pauline Duval , Jean-Marc Armand , Jean-François Bourgeay , Jonathan Gaudin et al.

Phytoma , 2022, 755, pp.43-46

Article dans une revue hal-03713773v1

First report of lettuce necrotic leaf curl virus infecting cultivated lettuce in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Jonathan Gaudin et al.

Plant Disease, 2021, 105 (4), 1 p. ⟨10.1094/PDIS-11-20-2348-PDN⟩

Article dans une revue hal-03101398v1

Citizen science and niche modeling to track and forecast the expansion of the brown marmorated stinkbug Halyomorpha halys (Stål, 1855)

Jean-Claude Streito , Marguerite Chartois , Éric Pierre , François Dusoulier , Jean-Marc Armand et al.

Scientific Reports, 2021, 11, pp.11421. ⟨10.1038/s41598-021-90378-1⟩

Article dans une revue hal-03261593v1

A crowdsourcing approach to track the expansion of the brown marmorated stinkbug Halyomorpha halys (Stål, 1855) in France

Marguerite Chartois , Jean-Claude Streito , Éric Pierre , Jean-Marc Armand , Jonathan Gaudin et al.

Biodiversity Data Journal, 2021, 9, pp.e66335. ⟨10.3897/BDJ.9.e66335⟩

Article dans une revue (data paper) hal-03247520v1

First Report of Sclerotium stem rot caused by Sclerotium rolfsii on Stevia rebaudiana in southwestern France

Zoé Le Bihan , Jonathan Gaudin , Fanny Robledo-Garcia , Patrick Cosson , Cecile Hastoy et al.

Plant Disease, 2020, 104 (2), pp.584-584. ⟨10.1094/PDIS-04-19-0696-PDN⟩

Article dans une revue hal-02623266v1

First report of Septoria sp. infecting Stevia rebaudiana in France and screening of Stevia rebaudiana genotypes for host resistance

Cécile Hastoy , Zoé Le Bihan , Jonathan Gaudin , Patrick Cosson , Dominique Rolin et al.

Plant Disease, 2019, 103 (7), pp.1544-1550. ⟨10.1094/PDIS-10-18-1747-RE⟩

Article dans une revue hal-02618960v1

Complete genome sequence of lettuce chordovirus 1 isolated from cultivated lettuce in France.

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Sébastien Theil , Chantal Faure , Jonathan Gaudin et al.

Archives of Virology, 2018, 163 (9), pp.2543-2545. ⟨10.1007/s00705-018-3858-y⟩

Article dans une revue hal-02624335v1

Alerte au dépérissement hivernal de la mâche

Jonathan Gaudin , Véronique Cerceau , Marylou Lorne , Serge Mervel , Séverine Bosseur et al.

Phytoma , 2018, 714 (mai), pp.36-40

Article dans une revue hal-02622778v1

InvaProtect - Protection durable des végétaux contre les bioagresseurs invasifs dans les vergers et les vignes

Lionel Delbac , Delphine Binet , Adrien Rusch , Jonathan Gaudin , Gerard Hommay et al.

Union Girondine des Vins de Bordeaux, 2018, 1155, pp.43

Article dans une revue hal-02627319v1

Lavender decline in France is associated with chronic infection by lavender-specific strain of “Candidatus Phytoplasma solani”

Olivier Sémétey , Jonathan Gaudin , Jean-Luc Danet , Pascal Salar , Sébastien Theil et al.

Applied and Environmental Microbiology, 2018, 84 (24), pp.e01507-18. ⟨10.1128/AEM.01507-18⟩

Article dans une revue hal-02626071v1

Drosophila suzukii dans le vignoble bordelais, état de la situation depuis sa découverte

Lionel Delbac , Delphine Binet , Adrien Rusch , Jonathan Gaudin , Gerard Hommay et al.

Union Girondine des Vins de Bordeaux, 2018, 1155, pp.40-42

Article dans une revue hal-02618648v1

Les cochenilles dans le vignoble bordelais

Delphine Binet , Lionel Delbac , Jonathan Gaudin , Denis Thiery , Gerard Hommay et al.

Union Girondine des Vins de Bordeaux, 2018, 1156, pp.45-46

Article dans une revue hal-02618111v1

Amélioration des stratégies de lutte contre le dépérissement de la lavande et du lavandin

Eric Chaisse , Xavier Foissac , Eric Verdin , F. Nicolè , J.P. Bouverat-Bernier et al.

Innovations Agronomiques, 2012, 25, pp.179-192. ⟨10.17180/tjpt-e315⟩

Article dans une revue hal-02651108v1

The spicy dissemination of cucumber mosaic virus in Espelette

Loup Rimbaud , Karine Berthier , Lola Chateau , Alice Conilh , Cecile Desbiez et al.

20. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2025), Jan 2025, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-05140676v1

Gestion du CMV à Espelette : bilan de missions pimentées

Loup Rimbaud , Karine Berthier , Lola Chateau , Alice Conilh , Cecile Desbiez et al.

Journée annuelle du réseau E3GP3, Nov 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05140696v1

Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance

Thibaud Jayet , William Billaud , Lucie Tamisier , Marion Szadkowski , Catherine Wipf-Scheibel et al.

15. International symposium of plant virus epidemiology, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Madrid, spain, Jun 2022, Madrid, Spain

Communication dans un congrès hal-03689572v1

Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance

Thibaud Jayet , William Billaud , Lucie Tamisier , Marion Szadkowski , Catherine Wipf-Scheibel et al.

18. Rencontres de virologie végétale (RVV 2021), Cirad; Inrae, Sep 2021, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-03368394v1

Outside the wild: Risks and mechanisms of host jumps of endive necrotic mosaic potyvirus

Marion Szadkowski , Catherine Wipf-Scheibel , William Billaud , Cecile Desbiez , Jonathan Gaudin et al.

18. Rencontres de virologie végétale (RVV 2021), Cirad; INRAE, Sep 2021, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-03368388v1

Effet du paysage et du cépage sur Drosophila suzukii dans 2 cas d‘études : vignobles bordelais et alsacien

Delphine Binet , Lionel Delbac , Denis Thiery , Adrien Rusch , Jonathan Gaudin et al.

Colloque intermédiaire InvaProtect, Les bioagresseurs invasifs des vergers et vignes du Rhin supérieur : situation actuelle et possibilités de lutte, 2017, Sainte-Croix-en-Plaine, France

Communication dans un congrès hal-02947503v1

PROPHYLE, une plateforme expérimentale et analytique au service de l’étiologie des maladies

Jonathan Gaudin , Catherine Wipf-Scheibel , Isabelle Bornard , Christel Leyronas , Thierry Meylheuc et al.

20. Rencontres de virologie végétale (RVV 2025), Jan 2025, Aussois, France

Poster de conférence hal-05147700v1

Cross-adaptation of endive necrotic mosaic potyvirus to different species of the Asteraceae is due to VPg mutations with pleiotropic effects

Benoît Moury , Marion Szadkowski , Catherine Wipf-Scheibel , William Billaud , Jonathan Gaudin et al.

19. Rencontres de virologie végétale (RVV 2023), Jan 2023, Aussois, France

Poster de conférence hal-04195740v1

A decision support system based on literature review and farmers’ experience to promote an efficient use of microbial biocontrol agents against diseases

Thomas Pressecq , Pauline Duval , Jean-Marc Armand , Jean-François Bourgeay , Jonathan Gaudin et al.

12. International congress of plant pathology (ICPP), Aug 2023, Lyon, France. , pp.142, Book of abstracts ICPP 2023. One healh for all plants, crops and trees. Lyon, 20-25 August, France

Poster de conférence hal-05202387v1

DeciControl: a participative tool to gather & share data regarding biocontrol efficacy

Thomas Pressecq , Pauline Duval , Jean-Marc Armand , Jean-François Bourgeay , Jonathan Gaudin et al.

European Scientific Conference – Towards Pesticide Free Agriculture “What research to meet the pesticides reduction objectives embedded in the European Green Deal?”, Jun 2022, Dijon, France

Poster de conférence hal-03737437v1

Caractérisation d'un dépérissement inhabituel sur aubergine dans le Sud-Est de la France

Jonathan Gaudin , Fanny Robledo-Garcia , Thierry Ruet , Christel Leyronas

13. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France.

Poster de conférence hal-03784167v1

Identification by Next Generation Sequencing (NGS) of three novel viral agents infecting lettuce and belonging to the Betaflexiviridae and Secoviridae families

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais-Colombel , Iason Tsarmpopoulos , Chantal Faure , Sébastien Theil et al.

16. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2017), Jan 2017, Aussois, France. 2017

Poster de conférence hal-01605237v1

Écologie et dynamique de populations de Drosophila suzukii dans deux régions viticoles françaises et potentiel de vection de la pourriture acide en fonction de sa plante hôte d’origine

Delphine Binet , Gerard Hommay , Catherine Reinbold , Nicole Bochet , Etienne Herrbach et al.

Journées Drosophila suzukii, CTIFL, Dec 2016, Balandran, France. , 2016

Poster de conférence hal-02327589v1

A novel higher order viral taxon in the Kerguelen Islands viral metagenome ?

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Sébastien Theil , Brigitte B. Batailler , Jonathan Gaudin et al.

15. Rencontres de Virologie Végétale (RVV), Jan 2015, Aussois, France. 1 p., 2015

Poster de conférence hal-02794749v1

Phytoplasma titer in diseased lavender is not correlated to lavender tolerance to stolbur phytoplasma

Jonathan Gaudin , Olivier Sémétey , Xavier Foissac , Sandrine Eveillard

2. Meeting of the international phytoplasmologist working group, Sep 2011, Neustadt an der Weinstrasse, Germany. Universita di Bologna, 2011, Bulletin of Insectology 64 (Supplement) 2011 - Second IPWG Meeting

Poster de conférence hal-02749505v1

Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?

Jean‐Claude Streito , Julien Papaïx , Marguerite Chartrois , Christophe Botella , Eric Pierre et al.

Christian Lannou; Jean-Yves Rasplus; Samuel Soubeyrand; Mathieu Gautier; Jean-Pierre Rossi. Crises sanitaires en agriculture. Les espèces invasives sous surveillance, Editions Quae, pp.151-163, 2023, 978-2-7592-3482-0

Chapitre d'ouvrage hal-03962125v1

Les virus des cucurbitacées. Etude de la fréquence des principaux virus des cucurbitacées en France. Analyse de la résistance à deux d'entre eux

Jonathan Gaudin

[Stage] France. Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Villeurbanne, FRA. 2006, 68 p

Rapport hal-02818484v1

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Jonathan Gaudin

Présentation

Formation et diplômes

Cursus professionnel

Principales thématiques et compétences développées

Publications

Publications

Outbreak of cucumber mosaic virus subgroup IB in pepper from the Espelette area (Basque Country, southwestern France) and first report of five taxa as natural hosts of CMV

Screening of Stevia rebaudiana (Bertoni) susceptibility to Septoria steviae through leaf disk inoculation

Un outil co-construit pour faciliter l’utilisation du biocontrôle

Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence

Molecular and biological characterization of novel and known Sequiviridae members infecting lettuce

Un OAD pour faciliter l’utilisation du biocontrôle

First report of lettuce necrotic leaf curl virus infecting cultivated lettuce in France

Citizen science and niche modeling to track and forecast the expansion of the brown marmorated stinkbug Halyomorpha halys (Stål, 1855)

A crowdsourcing approach to track the expansion of the brown marmorated stinkbug Halyomorpha halys (Stål, 1855) in France

First Report of Sclerotium stem rot caused by Sclerotium rolfsii on Stevia rebaudiana in southwestern France

First report of <em>Septoria</em> sp. infecting <em>Stevia rebaudiana</em> in France and screening of <em>Stevia rebaudiana</em> genotypes for host resistance

Complete genome sequence of lettuce chordovirus 1 isolated from cultivated lettuce in France.

Alerte au dépérissement hivernal de la mâche

InvaProtect - Protection durable des végétaux contre les bioagresseurs invasifs dans les vergers et les vignes

Lavender decline in France is associated with chronic infection by lavender-specific strain of “Candidatus Phytoplasma solani”

Drosophila suzukii dans le vignoble bordelais, état de la situation depuis sa découverte

Les cochenilles dans le vignoble bordelais

Amélioration des stratégies de lutte contre le dépérissement de la lavande et du lavandin

The spicy dissemination of cucumber mosaic virus in Espelette

Gestion du CMV à Espelette : bilan de missions pimentées

Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance

Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance

Outside the wild: Risks and mechanisms of host jumps of endive necrotic mosaic potyvirus

Effet du paysage et du cépage sur Drosophila suzukii dans 2 cas d‘études : vignobles bordelais et alsacien

PROPHYLE, une plateforme expérimentale et analytique au service de l’étiologie des maladies

Cross-adaptation of endive necrotic mosaic potyvirus to different species of the Asteraceae is due to VPg mutations with pleiotropic effects

A decision support system based on literature review and farmers’ experience to promote an efficient use of microbial biocontrol agents against diseases

DeciControl: a participative tool to gather & share data regarding biocontrol efficacy

Caractérisation d'un dépérissement inhabituel sur aubergine dans le Sud-Est de la France

Identification by Next Generation Sequencing (NGS) of three novel viral agents infecting lettuce and belonging to the Betaflexiviridae and Secoviridae families

Écologie et dynamique de populations de Drosophila suzukii dans deux régions viticoles françaises et potentiel de vection de la pourriture acide en fonction de sa plante hôte d’origine

A novel higher order viral taxon in the Kerguelen Islands viral metagenome ?

Phytoplasma titer in diseased lavender is not correlated to lavender tolerance to stolbur phytoplasma

Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?

Les virus des cucurbitacées. Etude de la fréquence des principaux virus des cucurbitacées en France. Analyse de la résistance à deux d'entre eux