Julie Bourbeillon

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Affiliations actuelles
  • Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS)
  • IRHS - Équipe ImHorPhen (Imagerie pour l'Horticulture et le Phénotypage) (IRHS-IMHORPHEN)

Domaines de recherche

Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM] Intelligence artificielle [cs.AI] Vision par ordinateur et reconnaissance de formes [cs.CV] Modélisation et simulation Biologie végétale Horticulture

Compétences

Knowledge engineering (ontologies, knowledge bases, knowledge exploitation, semantic web) Information systems (information retrieval, user adaptation, information visualisation) Data mining in the context of large volumes of heterogeneous data Image analysis for plant phenotyping Biological applications (clinical, medical imaging, anatomopathology, molecular biology, horticulture)

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Publications

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QuaDS: A qualitative/quantitative descriptive statistics Python module

A. Bouanich , A. El Ghaziri , P. Santagostini , A. Pernet , C. Landès et al.

SoftwareX, 2025, 30, pp.102158. ⟨10.1016/j.softx.2025.102158⟩

Article dans une revue hal-05036354v1

Construction of a semantic distance for inferring structure of the variability between 19 th century Rosa cultivars

A. Pernet , Claudine Landès , R. Eid , E. Benoît , Pierre Santagostini et al.

Acta Horticulturae, 2023, 1384, pp.477-484. ⟨10.17660/ActaHortic.2023.1384.60⟩

Article dans une revue hal-04617360v1
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DIVIS: a semantic DIstance to improve the VISualisation of heterogeneous phenotypic datasets

Rayan Eid , Claudine Landès , Alix Pernet , Emmanuel Benoît , Pierre Santagostini et al.

BioData Mining, 2022, 15 (1), pp.10. ⟨10.1186/s13040-022-00293-y⟩

Article dans une revue hal-03636395v1
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A new in vitro monitoring system reveals a specific influence of Arabidopsis nitrogen nutrition on its susceptibility to Alternaria brassicicola at the seedling stage

Thibault Barrit , Claire Campion , Sophie Aligon , Julie Bourbeillon , David Rousseau et al.

Plant Methods, 2022, 18 (1), pp.131. ⟨10.1186/s13007-022-00962-3⟩

Article dans une revue hal-03930067v1
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Characterising the Landscape in the Analysis of Urbanisation Factors: Methodology and Illustration for the Urban Area of Angers

Julie Bourbeillon , Thomas Coisnon , Damien Rousselière , Julien Salanié

Economie et Statistique / Economics and Statistics, 2021, 528-529, pp.109 - 128. ⟨10.24187/ecostat.2021.528d.2062⟩

Article dans une revue hal-03504716v1
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Verger Cidricole de Demain : conception, évaluation et diffusion de systèmes de production à haute performance environnementale et économiquement viables

Anne Guerin , Pascale Guillermin , Dominique Biche , Julie Bourbeillon , Nicolas Broussaud et al.

Innovations Agronomiques, 2017, 55, pp.273 - 287. ⟨10.15454/1.513778793251173E12⟩

Article dans une revue hal-01445662v1
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Phenoplant: a web resource for the exploration of large chlorophyll fluorescence image datasets

Céline Rousseau , Gilles Hunault , Sylvain Gaillard , Julie Bourbeillon , Gregory Montiel et al.

Plant Methods, 2015, 11, ⟨10.1186/s13007-015-0068-4⟩

Article dans une revue hal-01218602v1
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Assessment of the visual quality of ornamental plants: comparison of three methodologies in the case of the rosebush

Pierre Santagostini , Sabine Demotes-Mainard , Lydie Huché-Thélier , Nathalie Leduc , Jessica Bertheloot et al.

Scientia Horticulturae, 2014, 168, pp.17-26. ⟨10.1016/j.scienta.2014.01.011⟩

Article dans une revue hal-00940893v1
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A community standard format for the representation of protein affinity reagents.

David E Gloriam , Sandra Orchard , Daniela Bertinetti , Erik Björling , Erik Bongcam-Rudloff et al.

Molecular and Cellular Proteomics, 2010, 9 (1), pp.1-10. ⟨10.1074/mcp.M900185-MCP200⟩

Article dans une revue inria-00544751v1

Minimum information about a protein affinity reagent (MIAPAR).

Julie Bourbeillon , Sandra Orchard , Itai Benhar , Carl Borrebaeck , Antoine de Daruvar et al.

Nature Biotechnology, 2010, 28 (7), pp.650-3. ⟨10.1038/nbt0710-650⟩

Article dans une revue inria-00544750v1
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Mass data exploration in oncology: An information synthesis approach

Julie Bourbeillon , Catherine Garbay , Françoise Giroud

Journal of Biomedical Informatics, 2009, 42 (4), pp.612-623. ⟨10.1016/j.jbi.2009.02.007⟩

Article dans une revue hal-00400712v1
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Une perspective analytique pour la Recherche d'Information: Application : conception et évaluation de Tissue Microarrays

Julie Bourbeillon , Catherine Garbay , Françoise Giroud

Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, 2006, Systèmes d'information spécialisés, sous la direction de BOSC Patrick, 11 (1), pp.109--135. ⟨10.3166/isi.11.1.109-135⟩

Article dans une revue inria-00353489v1
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Gestion de connaissances et de données dans l'aide à la conception de Tissue Microarrays.

Julie Bourbeillon , Catherine Garbay , Françoise Giroud

Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2005, RNTI E5 (Extraction des connaissances : Etat et perspectives. Rédacteurs invités : Florence Cloppet, J-Marc P)

Article dans une revue inria-00353476v1
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Towards a Digital Twin of Tomato - A modular, ontology-based tomato FSPM

Nattida Juewong , Julie Bourbeillon , Etienne Chantoiseau , Rémi Gardet , Gerhard Buck-Sorlin et al.

The 8th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization, and Applications (PMA2025), Youhong Song; Liping Feng; Yuntao Ma; Guomin Zhou; Veronique Letort, Nov 2025, Nanchang, China

Communication dans un congrès hal-05373566v1
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En quoi l'accompagnement des élèves facilite-t-il leur engagement dans le cadre d'un travail collaboratif en mode hybride ? L'exemple d'un Wiki collaboratif

Julie Bourbeillon , Martel Céline , Maurin Alice , Christine Vandenkoornhuyse

32ème Congrès de l’Association Internationale de Pédagogie Universitaire, May 2022, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-03822956v1

Construction of a semantic distance for inferring structure of the variability between 19th century Rosa varieties

Alix Pernet , Rayan Eid , Claudine Landès , Emmanuel Benoît , Pierre Santagostini et al.

IHC 2022 31st International Horticultural Congress, Aug 2022, Angers, France

Communication dans un congrès hal-03823016v1

Paysages et étalement urbain : Aspects physiques et culturels à travers l'exemple de l'aire urbaine d'Angers

Julie Bourbeillon , Thomas Coisnon , Anaïs Marshall , Hervé Nicolas , Walid Oueslati et al.

Conférence Paysages et Développement Durable 2, Jun 2015, Paris, France

Communication dans un congrès halshs-01211419v1
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Analyse sensorielle en horticulture ornementale

Pierre Santagostini , Morgan Garbez , Sabine Demotes-Mainard , Lydie Huché-Thélier , Vincent Guérin et al.

AgroStat 2014: 13èmes Journées Agro-Industrie et Méthodes Statistiques, Mar 2014, Rabat, Maroc

Communication dans un congrès hal-01233407v1

The wheat from the chaff: Physical and cultural dimensions of landscapes and their impact on urbanization

Julie Bourbeillon , Damien Rousselière , Julien Salanié

Journées de Recherches en Sciences Sociales, Dec 2014, Grenoble, France

Communication dans un congrès hal-01224430v1
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(Comment) peut on isoler la subjectivité de l'auteur dans une analyse des données textuelles? Etude de la variabilité du vocabulaire dans les altas français des paysages

Julie Bourbeillon , Jonathan Charles , Damien Rousselière , Julien Salanié , Djery Sow

Vème Congrès de l'Association Française de Sociologie - Réseau thématique Méthodes, Sep 2013, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-00920855v1
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Construction semi-automatique d'une ontologie de la perception des paysages

Julie Bourbeillon , Laëtitia Piel , Ramla El Ayeb , Damien Rousselière , Thomas Guyet

IC - 24èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Mar 2013, Lille, France

Communication dans un congrès hal-00920722v1

(Comment) peut-on isoler la subjectivité de l'auteur dans une analyse des données textuelles ? Etude de la variabilité du vocabulaire dans les atlas français des paysages

Julie Bourbeillon , Damien Rousselière , Julien Salanié

5ème Congrès de l'Association Française de Sociologie, RT20 " Méthodes ", Sep 2013, Nantes, France

Communication dans un congrès halshs-00949733v1
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Génération de documents multimédia adaptatifs dans une perspective analytique

Julie Bourbeillon , Catherine Garbay , Françoise Giroud

23ème Congrès INFORSID, May 2005, Grenoble, France. pp.79-94

Communication dans un congrès inria-00353463v1
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Multimedia Data Management To Assist Tissue MicroArrays Design

Julie Bourbeillon , Catherine Garbay , Françoise Giroud , Joëlle Simony-Lafontaine

AIME05, Jul 2005, Aberdeen, United Kingdom. pp.226--230, ⟨10.1007/11527770_32⟩

Communication dans un congrès inria-00353484v1

The TMAs-Explorer Platform: an integrated tool including a virtual TMA concept.

Françoise Giroud , Joëlle Simony-Lafontaine , Marie-Paule Montmasson , Redha Heus , Julie Bourbeillon et al.

7th European Congress on Virtual Microscopy and 1st International Congress on Virtual Microscopy, 2004, Poznan, Poland

Communication dans un congrès inria-00353497v1
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ELTerm: a terminology module for a plant data management system

Lysiane Hauguel , Tanguy Lallemand , Rayan Eid , Fabrice Dupuis , Sylvain Gaillard et al.

Journée Ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques, JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier (virtuel), France.

Poster de conférence hal-03205869v1
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Visualizing metadata change in networks and / or clusters

Tanguy Lallemand , Sylvain Gaillard , Sandra Pelletier , Claudine Landès , Sébastien Aubourg et al.

Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France

Poster de conférence hal-02395309v1
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Comparaison de méthodes d'analyses multivariées pour la description de données de germination de semences

Ophélie Thierry , Rachid Boumaza , Julia Buitink , Claudine Landès , Olivier Leprince et al.

Septième Rencontre R, Jul 2018, Rennes, France.

Poster de conférence hal-01858677v1
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Data Integration and VISualization (DIVIS) : from large heterogeneous datasets to interpretable visualisations in plant science

Ophélie Thierry , Rachid Boumaza , Julia Buitink , Claudine Landès , Olivier Leprince et al.

JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , pp.61, JOBIM 2018

Poster de conférence hal-01858693v1
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PREMS / ELVIS : A local plant biological resource management system ELVIS PREMS

Fabrice Dupuis , Aurélie Lelièvre , Sandra Pelletier , Tatiana Thouroude , Julie Bourbeillon et al.

JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France

Poster de conférence hal-01756817v1
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Construction et Analyse de Réseaux de Gènes Contextuels dans le Domaine Végétal

Marc Legeay , Béatrice Duval , Jean-Pierre Renou , Julie Bourbeillon

JOBIM2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France.

Poster de conférence hal-01226298v1

Paysages et étalement urbain : Aspects physiques et culturels à travers l'exemple de l'aire urbaine d'Angers

Élise Athané , Julie Bourbeillon , Thomas Coisnon , Thomas Guyet , Anaïs Marshall et al.

Biodiversité, paysage et cadre de vie - La démocratie en pratique, Victoires Editions, pp.91-110, 2015, 978-2-35113- 238-8

Chapitre d'ouvrage hal-01178942v1