Julie Clement

Chargée de recherche CNRS IHPE UMR 5244 (Perpignan, France)
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Identifiants chercheurs

Présentation

Mon parcours scientifique s’est construit autour d’un intérêt marqué pour l’évolution des populations et leur adaptation à leur environnement. J’ai commencé par explorer ces questions dans le cadre passionnant des relations hôte-parasite. Durant ma thèse, j’ai développé des compétences en écologie évolutive et en épidémiologie, et utilisé des approches d’infections in vitro et de biologie moléculaire pour comprendre l’effet de la résistance de l’hôte et de la compétition sur les traits d’histoire de vie d’un parasite (Phytophthora infestans) de la pomme de terre. Lors de mon ATER, j’ai développé des compétences à l’échelle du génome en recherchant les traces de sélection dans différentes souches géographiques d’un même parasite (Schistosoma mansoni). J’ai à la fois réalisé les expériences au laboratoire (infections, biologie moléculaire) et je me suis formée à l’analyse bioinformatique pour analyser mes données issues du reséquençage de génomes (recherche de SNPs et CNVs, génomique des populations). Depuis 2013, je travaille sur la régulation de la localisation des sites de recombinaison méiotique en utilisant des approches de génomique (ex : ChIP-seq). J’ai alors pris en charge le développement de la bioinformatique dans l’équipe. Dans mes projets, j’ai exploré différents aspects du rôle de PRDM9, une protéine capable de diriger la machinerie de recombinaison à ses sites de fixation. Son rôle dans l’évolution des cartes de recombinaison et donc des génomes est intrigant, d’autant plus qu’elle aurait été perdue partiellement ou totalement plusieurs fois au cours de l’évolution chez les Métazoaires. Jusqu’à récemment, mes recherches étaient centrées sur le modèle souris mais depuis 1-2 ans, je participe à deux projets impliquant des espèces de poisson et j’aspire à explorer la recombinaison méiotique chez des espèces non modèles. Par ailleurs, j’ai initié un projet sur la recombinaison méiotique dans les éléments transposables afin de comprendre comment est contrôlé le risque de recombinaison ectopique et donc de réarrangement génomique. En dehors des activités de recherche, je veille à diffuser et à encourager les bonnes pratiques d’analyse et de stockage des données. Après avoir initié la démarche dans mon équipe, je coordonne une commission au sein de mon institut créée pour promouvoir une science plus ouverte et reproductible (FAIR). Je suis également la responsable scientifique du service commun de bioinformatique nouvellement mis en place (septembre 2021).

Domaines de recherche

Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM] Biologie de la reproduction Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN] Gamétogenèse Biochimie, Biologie Moléculaire

Publications

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Publications

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PRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids fish

Marie Raynaud , Paola Sanna , Julien Joseph , Julie A. J. Clément , Yukiko Imai et al.
PLoS Biology, 2025, 23 (1), pp.e3002950. ⟨10.1371/journal.pbio.3002950⟩
Article dans une revue hal-04880059 v1
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FIGNL1-FIRRM is essential for meiotic recombination and prevents DNA damage-independent RAD51 and DMC1 loading

Akbar Zainu , Pauline Dupaigne , Soumya Bouchouika , Julien Cau , Julie a J Clément et al.
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.7015. ⟨10.1038/s41467-024-51458-8⟩
Article dans une revue hal-04686765 v1
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TOPOVIBL-REC114 interaction regulates meiotic DNA double-strand breaks

Alexandre Nore , Ariadna B Juarez-Martinez , Julie Clément , Christine Brun , Boubou Diagouraga et al.
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.7048. ⟨10.1038/s41467-022-34799-0⟩
Article dans une revue hal-04126103 v1
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PRDM9 activity depends on HELLS and promotes local 5-hydroxymethylcytosine enrichment

Yukiko Imai , Mathilde Biot , Julie a J Clément , Mariko Teragaki , Serge Urbach et al.
eLife, 2020, 9, pp.e57117. ⟨10.7554/elife.57117⟩
Article dans une revue hal-03765889 v1
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Mouse ANKRD31 Regulates Spatiotemporal Patterning of Meiotic Recombination Initiation and Ensures Recombination between X and Y Sex Chromosomes

Frantzeskos Papanikos , Julie a J Clément , Erika Testa , Ramya Ravindranathan , Corinne Grey et al.
Molecular Cell, 2019, 74 (5), pp.1069-1085.e11. ⟨10.1016/j.molcel.2019.03.022⟩
Article dans une revue hal-02359134 v1
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Assessing the effects of quantitative host resistance on the life-history traits of sporulating parasites with growing lesions

Melen Leclerc , Julie a J Clément , Didier Andrivon , Frédéric Marie Hamelin
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 286 (1912), pp.20191244. ⟨10.1098/rspb.2019.1244⟩
Article dans une revue hal-02352206 v1

PRDM9 Methyltransferase Activity Is Essential for Meiotic DNA Double-Strand Break Formation at Its Binding Sites

Boubou Diagouraga , Julie Clément , L. Duret , Jan Kadlec , Bernard de Massy et al.
Molecular Cell, 2018, 69 (5), pp.853 - 865.e6. ⟨10.1016/j.molcel.2018.01.033⟩
Article dans une revue hal-01730632 v1
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Birth and death of a protein

Julie Clément , Bernard de Massy
Article dans une revue hal-01631384 v1
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In vivo binding of PRDM9 reveals interactions with noncanonical genomic sites

C Grey , Julie a J Clément , J Buard , B Leblanc , I Gut et al.
Genome Research, 2017, 27 (4), pp.580-590. ⟨10.1101/gr.217240.116⟩
Article dans une revue hal-01505240 v1

The hard life of Phytophthora infestans: when trade-offs shape evolution in a biotrophic plant pathogen

Didier Andrivon , Josselin Montarry , Roselyne Corbière , Claudine Pasco , Isabelle Glais et al.
Plant Pathology, 2013, 62, pp.28-35. ⟨10.1111/ppa.12164⟩
Article dans une revue hal-01208699 v1
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Specific detection and quantification of virulent/avirulent Phytophthora infestans isolates using a real-time PCR assay that targets polymorphisms of the Avr3a gene.

Julie a J Clément , T. K. Baldwin , Hélène Magalon , I. Glais , Cécile Gracianne et al.
Letters in Applied Microbiology, 2013, 56 (5), pp.322-32. ⟨10.1111/lam.12047⟩
Article dans une revue hal-00941608 v1
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Private Selective Sweeps Identified from Next-Generation Pool-Sequencing Reveal Convergent Pathways under Selection in Two Inbred Schistosoma mansoni Strains.

Julie a J Clément , Eve Toulza , Mathieu Gautier , Hugues Parrinello , David Roquis et al.
PLoS Neglected Tropical Diseases, 2013, 7 (12), pp.e2591. ⟨10.1371/journal.pntd.0002591⟩
Article dans une revue hal-00938922 v1
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To be or not to be solitary: Phytophthora infestans' dilemma for optimizing its reproductive fitness in multiple infections

Julie a J Clément , Hélène Magalon , Isabelle Glais , Emmanuel Jacquot , Didier Andrivon
PLoS ONE, 2012, 7 (6), pp.e37838. ⟨10.1371/journal.pone.0037838⟩
Article dans une revue halsde-00728938 v1

Résistances aux herbicides, autant en emporte le vent

Christophe C. Delye , J.A.J. Clément , Fanny Pernin , Bruno B. Chauvel , Valérie V. Le Corre
Phytoma la Défense des Végétaux, 2011, 644, pp.9-12
Article dans une revue hal-02642209 v1

Gene flow homogenises the evolution of arable weed populations at the landscape level

Christophe C. Delye , Julie Clément , Fanny Pernin , Bruno B. Chauvel , Valérie V. Le Corre
Basic and Applied Ecology, 2010, 11 (6), pp.504-512. ⟨10.1016/j.baae.2010.06.008⟩
Article dans une revue istex hal-02663049 v1
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Alteration of pathogenicity-linked life-history traits by resistance of its host Solanum tuberosum impacts sexual reproduction of the plant pathogenic oomycete Phytophthora infestans.

J. A. J. Clément , Julie a J Clément , Hélène Magalon , R. Pellé , B. Marquer et al.
Journal of Evolutionary Biology, 2010, 23 (12), pp.2668-76. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02150.x⟩
Article dans une revue hal-00941636 v1

Where recombination takes place

Julie A. J. Clément
Séminaires du Laboratoire de Biologie du Développement, Laboratoire de Biologie du Développement, Mar 2024, Villefranche-sur-mer, France
Communication dans un congrès hal-04893982 v1

Where recombination takes place: Role and evolution of Prdm9 in meiotic hotspot localisation

Julie A. J. Clément
12e International Summer School Labex TULIP, Labex TULIP, Jun 2024, Germ-Louron, France
Communication dans un congrès hal-04894012 v1

Biomphalaria glabrata, a new model to investigate the evolution of meiotic recombination (JULIE CLEMENT, ROUND TABLE SPEAKER)

Olivier REY , Christoph Grunau , Julie A. J. Clément
17th International Symposium on Schistosomiasis "Perspectives for the elimination of schistosomiasis", Nov 2024, Salvador (Bahia), Brazil
Communication dans un congrès hal-04883418 v1

Nanopore sequencing reveals the incredible haplotypic diversity of PRDM9 (AMELIE RUDLER, PRIX DE LA MEILLEURE PRESENTATION DES DOCTORANTS)

Amélie Rudler , Y.A. Tran Lu , Nicolas Bierne , Sophie Arnaud-Haond , Jean-François Allienne et al.
7ème Rencontres Bioinformatiques IFremer et Nanopore Marine Day, IFREMER, Sep 2024, La Tremblade, France
Communication dans un congrès hal-04883965 v1

Du sexe pour créer de la diversité : mécanismes moléculaires et évolution d’un système contrôlant le brassage génétique chez les animaux

Julie A. J. Clément
Journée DIPEE Occitanie/Semaine écologie environnement biodiversité, DIPEE Occitanie Dispositifs de Partenariat en Écologie et Environnement, Jun 2023, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04885613 v1

The hard life of Phytophthora infestans : when trade-offs shape evolution in a biotrophic plant pathogen.

Didier Andrivon , Josselin Montarry , Roselyne Corbière , Claudine Pasco , Isabelle Glais et al.
Conference European Fédération for Plant Pathology EFPP, Dec 2012, Norwick, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-03419848 v1

Exploring PRDM9 function in invertebrates

Amélie Rudler , Julie Clément , Jean-François Allienne , Anne Rognon
Conférences Jacques Monod - SEX UNFOLDED: SEX, ASEX, SEXES, Sep 2023, Roscoff (29680), France
Poster de conférence hal-04797782 v1

Mapping Meiotic DNA Breaks: Two Fully-Automated Pipelines to Analyze Single-Strand DNA Sequencing Data, hotSSDS and hotSSDS-extra

Pauline Auffret , Bernard de Massy , Julie Clément
Germ Cell Development, 2770, Springer US, pp.227-261, 2024, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-3698-5. ⟨10.1007/978-1-0716-3698-5_16⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04474446 v1

Mapping Meiotic DNA Breaks: Two Fully-Automated Pipelines to Analyze Single-Strand DNA Sequencing Data, hotSSDS and hotSSDS-extra

Pauline Auffret , Bernard de Massy , Julie a J Clément
Marco Barchi, Massimo De Felici. Germ Cell Development: Methods and Protocols, 2770, Springer; Springer US, pp.227-261, 2024, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-3698-5. ⟨10.1007/978-1-0716-3698-5_16⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04769155 v1