
Julie Clement
Présentation
Mon parcours scientifique s’est construit autour d’un intérêt marqué pour l’évolution des populations et leur adaptation à leur environnement. J’ai commencé par explorer ces questions dans le cadre passionnant des relations hôte-parasite. Durant ma thèse, j’ai développé des compétences en écologie évolutive et en épidémiologie, et utilisé des approches d’infections in vitro et de biologie moléculaire pour comprendre l’effet de la résistance de l’hôte et de la compétition sur les traits d’histoire de vie d’un parasite (Phytophthora infestans) de la pomme de terre. Lors de mon ATER, j’ai développé des compétences à l’échelle du génome en recherchant les traces de sélection dans différentes souches géographiques d’un même parasite (Schistosoma mansoni). J’ai à la fois réalisé les expériences au laboratoire (infections, biologie moléculaire) et je me suis formée à l’analyse bioinformatique pour analyser mes données issues du reséquençage de génomes (recherche de SNPs et CNVs, génomique des populations). Depuis 2013, je travaille sur la régulation de la localisation des sites de recombinaison méiotique en utilisant des approches de génomique (ex : ChIP-seq). J’ai alors pris en charge le développement de la bioinformatique dans l’équipe. Dans mes projets, j’ai exploré différents aspects du rôle de PRDM9, une protéine capable de diriger la machinerie de recombinaison à ses sites de fixation. Son rôle dans l’évolution des cartes de recombinaison et donc des génomes est intrigant, d’autant plus qu’elle aurait été perdue partiellement ou totalement plusieurs fois au cours de l’évolution chez les Métazoaires. Jusqu’à récemment, mes recherches étaient centrées sur le modèle souris mais depuis 1-2 ans, je participe à deux projets impliquant des espèces de poisson et j’aspire à explorer la recombinaison méiotique chez des espèces non modèles. Par ailleurs, j’ai initié un projet sur la recombinaison méiotique dans les éléments transposables afin de comprendre comment est contrôlé le risque de recombinaison ectopique et donc de réarrangement génomique. En dehors des activités de recherche, je veille à diffuser et à encourager les bonnes pratiques d’analyse et de stockage des données. Après avoir initié la démarche dans mon équipe, je coordonne une commission au sein de mon institut créée pour promouvoir une science plus ouverte et reproductible (FAIR). Je suis également la responsable scientifique du service commun de bioinformatique nouvellement mis en place (septembre 2021).
Domaines de recherche
Publications
Publications
Where recombination takes placeSéminaires du Laboratoire de Biologie du Développement, Laboratoire de Biologie du Développement, Mar 2024, Villefranche-sur-mer, France
Communication dans un congrès
hal-04893982
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Where recombination takes place: Role and evolution of Prdm9 in meiotic hotspot localisation12e International Summer School Labex TULIP, Labex TULIP, Jun 2024, Germ-Louron, France
Communication dans un congrès
hal-04894012
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Biomphalaria glabrata, a new model to investigate the evolution of meiotic recombination (JULIE CLEMENT, ROUND TABLE SPEAKER)17th International Symposium on Schistosomiasis "Perspectives for the elimination of schistosomiasis", Nov 2024, Salvador (Bahia), Brazil
Communication dans un congrès
hal-04883418
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Nanopore sequencing reveals the incredible haplotypic diversity of PRDM9 (AMELIE RUDLER, PRIX DE LA MEILLEURE PRESENTATION DES DOCTORANTS)7ème Rencontres Bioinformatiques IFremer et Nanopore Marine Day, IFREMER, Sep 2024, La Tremblade, France
Communication dans un congrès
hal-04883965
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Du sexe pour créer de la diversité : mécanismes moléculaires et évolution d’un système contrôlant le brassage génétique chez les animauxJournée DIPEE Occitanie/Semaine écologie environnement biodiversité, DIPEE Occitanie Dispositifs de Partenariat en Écologie et Environnement, Jun 2023, Montpellier, France
Communication dans un congrès
hal-04885613
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The hard life of Phytophthora infestans : when trade-offs shape evolution in a biotrophic plant pathogen.Conference European Fédération for Plant Pathology EFPP, Dec 2012, Norwick, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-03419848
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Exploring PRDM9 function in invertebratesConférences Jacques Monod - SEX UNFOLDED: SEX, ASEX, SEXES, Sep 2023, Roscoff (29680), France
Poster de conférence
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Mapping Meiotic DNA Breaks: Two Fully-Automated Pipelines to Analyze Single-Strand DNA Sequencing Data, hotSSDS and hotSSDS-extraGerm Cell Development, 2770, Springer US, pp.227-261, 2024, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-3698-5. ⟨10.1007/978-1-0716-3698-5_16⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-04474446
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Mapping Meiotic DNA Breaks: Two Fully-Automated Pipelines to Analyze Single-Strand DNA Sequencing Data, hotSSDS and hotSSDS-extraMarco Barchi, Massimo De Felici. Germ Cell Development: Methods and Protocols, 2770, Springer; Springer US, pp.227-261, 2024, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-3698-5. ⟨10.1007/978-1-0716-3698-5_16⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-04769155
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Benchmarking of Chromatin Immunoprecipitation (ChIP-Seq) methods in the Pacific oyster Magallana gigas2024
Pré-publication, Document de travail
hal-04869413
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PRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids2024
Pré-publication, Document de travail
hal-04516336
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The FIGNL1-FIRRM complex is required to complete meiotic recombination in the mouse and prevents massive DNA damage-independent RAD51 and DMC1 loading2023
Pré-publication, Document de travail
(preprint/prepublication)
hal-04237021
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Stratégies de reproduction de l’oomycète hétérothallique Phytophthora infestans en réponse aux infections multiples et à la résistance partielle de son hôte Solanum tuberosumMycologie. Université Européenne de Bretagne; AgroCampus Ouest, 2011. Français. ⟨NNT : 2011NSARA069⟩
Thèse
tel-04012750
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