Julien Tap
Research Scientist
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Current affiliations
- 577435
- 1002254
- 419361
Researcher identifiers
julien-tap
- ResearcherId : E-5760-2010
-
0000-0001-8998-5413
- Google Scholar : https://scholar.google.fr/citations?user=aYTQ-WkAAAAJ
- ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/E-5760-2010
Web site
- https://fme.micalis.fr/team/julien-tap/
- https://bsky.app/profile/julientap.bsky.social
Presentation
After completing several internships in microbiology at the Institut Pasteur under the guidance of Patrick Grimont, Philippe Glaser, and Sylvain Brisse, Julien Tap pursued his PhD at Joel Doré's Lab, supervised by Marion Leclerc, from January 2007 to December 2009. His primary research during this period centered on the impact of dietary fiber on human gut microbiota, employing metagenomic and metatranscriptomic methodologies. Subsequent to his PhD, Julien's research interests honed in on the interplay between nutrition, gut microbiota, and human health. His collaboration with AP-HP clinicians such as Pr Karine Clément, Pr Iradj Sobhani and Pr Maxime Breban enriched his academic activities. During his post-doctoral work at EMBL in Peer Bork’s group, at the INRA Metagenopolis unit (under Joel Doré and Dusko Ehrlich), and as microbiome scientist at Danone research, Julien harnessed numerical ecology and machine learning techniques to dissect vast omics data sets, aligning them with clinical and dietary information. Julien Tap is now a research scientist at the INRAE Micalis Institute, located on the Paris-Saclay campus. His ongoing research revolves around microbiome science, particularly in the fields of nutrition and human health.
### Research experience
- *Since October 2022* [INRAE Micalis Institute](https://www.micalis.fr/) - Jouy-en-Josas - France
- *2015 - 2022* Danone Nutricia Research - Palaiseau - France
- *2013 - 2014* INRA : [Metagenopolis](http://www.mgps.eu/) – (D. Ehrlich, J. Doré) - Jouy-en-Josas - France
- *2010 - 2012* EMBL : [Bork group](http://bork.embl.de/) Computational Biology – (P. Bork) Deciphering function and evolution of biological systems - Heidelberg - Germany
- *2007 - 2009* Phylogenetic and Functional Biodiversity of the Human Gut Microbiota - Ecology and Physiology of the Digestive Tract (UEPSD) - INRA - Jouy-en-Josas – (M.Leclerc, J. Doré)
### Education
- *2007-2009* University of Pierre & Marie Curie Paris VI **Ph.D.** in Physiology and Pathophysiology
- *2005-2006* Pierre & Marie Curie Paris VI **Master’s degree** in Molecular Biology and Cellular - Genetics specialty
- *2001-2005* Paris Val de Marne University Paris XII
### Publications
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- my [Google Scholar](http://scholar.google.com/citations?user=aYTQ-WkAAAAJ) profile
- my [PubMed publication list](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=Tap%20Julien[Full%20Author%20Name])
- my [ORCID profile](https://orcid.org/0000-0001-8998-5413)
Après avoir effectué plusieurs stages en microbiologie à l'Institut Pasteur sous la direction de Patrick Grimont, Philippe Glaser et Sylvain Brisse, Julien Tap a poursuivi son doctorat au laboratoire de Joel Doré, supervisé par Marion Leclerc, de janvier 2007 à décembre 2009. Sa principale recherche pendant cette période portait sur l'impact des fibres alimentaires sur le microbiote intestinal humain, en utilisant des méthodologies métagénomiques et méta-transcriptomiques. Après son doctorat, l'intérêt de recherche de Julien s'est concentré sur l'interaction entre la nutrition, le microbiote intestinal et la santé humaine. Sa collaboration avec des cliniciens de l'AP-HP tels que la Pr Karine Clément, le Pr Iradj Sobhani et le Pr Maxime Breban a enrichi ses activités académiques. Durant son travail post-doctoral à l'EMBL dans le groupe de Peer Bork, à l'unité Metagenopolis de l'INRA (sous Joel Doré et Dusko Ehrlich), et en tant que scientifique du microbiome à la recherche Danone, Julien a utilisé l'écologie numérique et les techniques d'apprentissage automatique pour décortiquer de vastes ensembles de données omiques, les alignant avec des informations cliniques et diététiques. Julien Tap est maintenant chercheur à l'Institut Micalis de l'INRAE, situé sur le campus de Paris-Saclay. Ses recherches actuelles portent sur la science du microbiome, en particulier dans les domaines de la nutrition et de la santé humaine.
### Expérience de recherche
- *Depuis octobre 2022* [Institut Micalis de l'INRAE](https://www.micalis.fr/) - Jouy-en-Josas - France
- *2015 - 2022* Danone Nutricia Research - Palaiseau - France
- *2013 - 2014* INRA : [Metagenopolis](http://www.mgps.eu/) – (D. Ehrlich, J. Doré) - Jouy-en-Josas - France
- *2010 - 2012* EMBL : [Groupe Bork](http://bork.embl.de/) Biologie Computationnelle – (P. Bork) Décrypter la fonction et l'évolution des systèmes biologiques - Heidelberg - Allemagne
- *2007 - 2009* Biodiversité Phylogénétique et Fonctionnelle du Microbiote Intestinal Humain - Écologie et Physiologie du Systeme Digestif (UEPSD) - INRA - Jouy-en-Josas – (M. Leclerc, J. Doré)
### Éducation
- *2007-2009* Université Pierre & Marie Curie Paris VI **Doctorat** en Physiologie et Pathophysiologie
- *2005-2006* Pierre & Marie Curie Paris VI **Master** en Biologie Moléculaire et Cellulaire - Spécialité Génétique
- *2001-2005* Université Paris Val de Marne Paris XII
### Publications
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- son profil [Google Scholar](http://scholar.google.com/citations?user=aYTQ-WkAAAAJ)
- sa [liste de publications PubMed](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=Tap%20Julien[Full%20Author%20Name])
- son profil [ORCID](https://orcid.org/0000-0001-8998-5413)
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Gut microbiome hysteresis is associated with durable mucosal alterationsKeystone Symposia - Microbiome: Therapeutic Implications, Oct 2019, Killarney, Ireland. 2019
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The Human Gut Microbiota in all its States: From Disturbance to ResilienceComprehensive Gut Microbiota, Elsevier, pp.161-178, 2022, ⟨10.1016/B978-0-12-819265-8.00039-5⟩
Book sections
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Method for diagnosing adenomas and/or colorectal cancer (CRC) based on analyzing the gut microbiomeFrance, Patent n° : EP2955232A1. 2014
Patents
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Impact du régime alimentaire sur la dynamique structurale et fonctionnelle du microbiote intestinal humainMicrobiologie et Parasitologie. Université Pierre et Marie Curie - Paris 6, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
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Structure génétique de Mycobacterium prototuberculosis et origine de M. tuberculosisBiodiversité et Ecologie. 2006
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Caractérisation moléculaire des Escherichia coli O111 et diversité des souches isolées en FranceMicrobiologie et Parasitologie. 2004
Master thesis
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