
Julien Tap
- Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
- MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS)
- Université Paris-Saclay
Présentation
Après avoir effectué plusieurs stages en microbiologie à l'Institut Pasteur sous la direction de Patrick Grimont, Philippe Glaser et Sylvain Brisse, Julien Tap a poursuivi son doctorat au laboratoire de Joel Doré, supervisé par Marion Leclerc, de janvier 2007 à décembre 2009. Sa principale recherche pendant cette période portait sur l'impact des fibres alimentaires sur le microbiote intestinal humain, en utilisant des méthodologies métagénomiques et méta-transcriptomiques. Après son doctorat, l'intérêt de recherche de Julien s'est concentré sur l'interaction entre la nutrition, le microbiote intestinal et la santé humaine. Sa collaboration avec des cliniciens de l'AP-HP tels que la Pr Karine Clément, le Pr Iradj Sobhani et le Pr Maxime Breban a enrichi ses activités académiques. Durant son travail post-doctoral à l'EMBL dans le groupe de Peer Bork, à l'unité Metagenopolis de l'INRA (sous Joel Doré et Dusko Ehrlich), et en tant que scientifique du microbiome à la recherche Danone, Julien a utilisé l'écologie numérique et les techniques d'apprentissage automatique pour décortiquer de vastes ensembles de données omiques, les alignant avec des informations cliniques et diététiques. Julien Tap est maintenant chercheur à l'Institut Micalis de l'INRAE, situé sur le campus de Paris-Saclay. Ses recherches actuelles portent sur la science du microbiome, en particulier dans les domaines de la nutrition et de la santé humaine.
Expérience de recherche
- Depuis octobre 2022 Institut Micalis de l'INRAE - Jouy-en-Josas - France
- 2015 - 2022 Danone Nutricia Research - Palaiseau - France
- 2013 - 2014 INRA : Metagenopolis – (D. Ehrlich, J. Doré) - Jouy-en-Josas - France
- 2010 - 2012 EMBL : Groupe Bork Biologie Computationnelle – (P. Bork) Décrypter la fonction et l'évolution des systèmes biologiques - Heidelberg - Allemagne
- 2007 - 2009 Biodiversité Phylogénétique et Fonctionnelle du Microbiote Intestinal Humain - Écologie et Physiologie du Systeme Digestif (UEPSD) - INRA - Jouy-en-Josas – (M. Leclerc, J. Doré)
Éducation
- 2007-2009 Université Pierre & Marie Curie Paris VI Doctorat en Physiologie et Pathophysiologie
- 2005-2006 Pierre & Marie Curie Paris VI Master en Biologie Moléculaire et Cellulaire - Spécialité Génétique
- 2001-2005 Université Paris Val de Marne Paris XII
Publications
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Publications
Publications
Gut microbiome hysteresis is associated with durable mucosal alterationsKeystone Symposia - Microbiome: Therapeutic Implications, Oct 2019, Killarney, Ireland. 2019
Poster de conférence
hal-04029833
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The Human Gut Microbiota in all its States: From Disturbance to ResilienceComprehensive Gut Microbiota, Elsevier, pp.161-178, 2022, ⟨10.1016/B978-0-12-819265-8.00039-5⟩
Chapitre d'ouvrage
hal-03825745
v1
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Techniques d'identification et d'exploration du microbioteJohn Libbey EuroText. Le microbiote Un organe à part entière, 2017, 978-2-7420-1464-4
Chapitre d'ouvrage
hal-05306569
v1
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Method for determining a gut microbiome alterationFrance, Patent n° : WO2024121584A1. 2024, https://patents.google.com/patent/WO2024121584A1/
Brevet
hal-05306511
v1
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Method for diagnosing adenomas and/or colorectal cancer (CRC) based on analyzing the gut microbiomeFrance, Patent n° : EP2955232A1. 2014
Brevet
hal-03829216
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F3M_database_V1.1.02025
Autre publication scientifique
hal-05318537
v1
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High quality food bacterial genomic ressources from fermented vegetables2024, ⟨10.57745/O4OJA2⟩
Autre publication scientifique
hal-05306548
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Food Microbiome Metabolic Modules (F3M), a tool suite for functional profiling of food microbiomes2025
Pré-publication, Document de travail
hal-05306516
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Impact du régime alimentaire sur la dynamique structurale et fonctionnelle du microbiote intestinal humainMicrobiologie et Parasitologie. Université Pierre et Marie Curie - Paris 6, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
tel-02824828
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Structure génétique de Mycobacterium prototuberculosis et origine de M. tuberculosisBiodiversité et Ecologie. 2006
Mémoire d'étudiant
hal-03825743
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Caractérisation moléculaire des Escherichia coli O111 et diversité des souches isolées en FranceMicrobiologie et Parasitologie. 2004
Mémoire d'étudiant
hal-03825741
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