Laurent Cauquil

Ingénieur d'étude en analyse de données
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  • Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE)
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Analyse de données omiques Langage R (analyses statistiques, visualisation, quarto, shiny, site web, blog)

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Publications

The Diversity of Oligosaccharide Composition in Rabbit Milk and Its Association with the Development of the Cecal Microbiota and the Survival of Young Rabbits

Sylvie Combes , Christelle Knudsen , Mathilde Rumeau , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil et al.

Journal of Nutrition, 2025, 155 (12), pp.4222-4238. ⟨10.1016/j.tjnut.2025.10.013⟩

Article dans une revue hal-05403529v1
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The bacterial faecal microbiota shifts during the transition period in dairy cows

Lisa Arnalot , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Elise Vanbergue , Gilles Foucras et al.

Animal Microbiome, 2025, 7 (1), pp.79. ⟨10.1186/s42523-025-00443-7⟩

Article dans une revue hal-05194921v1
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Spontaneous steatosis stimulation in geese induces liver fattening but impacts sexual maturation and muscle growth in a sex-dependent manner

Christelle Knudsen , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Manon Despeyroux , Marie-Dominique Bernadet et al.

Animal, 2025, 19 (6), pp.101533. ⟨10.1016/j.animal.2025.101533⟩

Article dans une revue hal-05075924v2
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CORE GUT MICROBIOTA IN RABBIT: OPPORTUNITIES TO STRENGTHEN THE INTESTINAL BARRIER

Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Mathilde Rumeau , Charlotte Paës , Géraldine Pascal et al.

World Rabbit Science, 2025, 33 (2), pp.103-125. ⟨10.4995/wrs.2025.23465⟩

Article dans une revue hal-04754818v2
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Short- and long-term sex-dependent effects of a nutritional supplement after hatching on growth, metabolism and gut microbiota in broiler chickens

Christine Leterrier , Anne Collin , Florent Kempf , Olivier Zemb , Laurent Cauquil et al.

British Poultry Science, 2025, 66 (5), pp.672-685. ⟨10.1080/00071668.2025.2465350⟩

Article dans une revue hal-04998526v1

Do Digestive Bacteria Suffer from Oxidative Stress: A Study on Ruminal Bacteria

Muhammad Kaleem , Yves Farizon , Géraldine Pascal , Tiphaine Blanchard , Laurent Cauquil et al.

Journal of Food Science and Nutrition Research, 2025, 8 (4), ⟨10.26502/jfsnr.2642-110000185⟩

Article dans une revue hal-05408391v1

Effect of dietary supplementation with algae extracts on growth performance and caecal microbiota of broiler chickens

E. Coudert , Elisabeth Baéza , Olivier Zemb , A. Bousleh , Laurent Cauquil et al.

British Poultry Science, 2024, 65 (4), pp.403-414. ⟨10.1080/00071668.2024.2328676⟩

Article dans une revue hal-04537307v1
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Milk replacer feeding once or twice a day did not change the ruminal metabolomic profile and the microbial diversity of dairy calves from birth to weaning

A. Zened , C. Julien , L. Cauquil , Géraldine Pascal , C. Canlet et al.

Journal of Dairy Science, 2024, 107 (8), pp.5574-5586. ⟨10.3168/jds.2023-24327⟩

Article dans une revue hal-04667561v1
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A multi-omics dataset of the response to early plant polysaccharide ingestion in rabbits

Charlotte Paës , Martin Beaumont , Thierry Gidenne , Karine Bébin , Joël Duperray et al.

Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.684. ⟨10.1038/s41597-024-03471-1⟩

Article dans une revue hal-04634098v1
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Butyrate reduces epithelial barrier dysfunction induced by the foodborne mycotoxin deoxynivalenol in cell monolayers derived from pig jejunum organoids

Julie Alberge , Eloïse Mussard , Carine Al-Ayoubi , Corinne Lencina , Christelle Marrauld et al.

Gut microbes, 2024, 16 (1), ⟨10.1080/19490976.2024.2430424⟩

Article dans une revue hal-04827655v1
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The potential of microbiota information to better predict efficiency traits in growing pigs fed a conventional and a high-fiber diet

Vanille Déru , Francesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil et al.

Genetics Selection Evolution, 2024, 56 (1), pp.8. ⟨10.1186/s12711-023-00865-4⟩

Article dans une revue hal-04406063v1
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Coprophagia in early life tunes expression of immune genes after weaning in rabbit ileum

Laurent Cauquil , Martin Beaumont , B. Schmaltz-Panneau , Laurence Liaubet , Yannick Lippi et al.

Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.8898. ⟨10.1038/s41598-024-59591-6⟩

Article dans une revue hal-04550565v1
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Integrating data from spontaneous and induced trans-10 shift of ruminal biohydrogenation reveals discriminant bacterial community changes at the OTU level

Francis Enjalbert , Asma Zened , Laurent Cauquil , Annabelle Meynadier

Frontiers in Microbiology, 2023, 13, pp.1012341. ⟨10.3389/fmicb.2022.1012341⟩

Article dans une revue hal-04029019v1
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The Early Life Microbiota Is Not a Major Factor Underlying the Susceptibility to Postweaning Diarrhea in Piglets

Martin Beaumont , Corinne Lencina , Allan Bertide , Lise Gallo , Céline Barilly et al.

Microbiology Spectrum, 2023, 11 (4), ⟨10.1128/spectrum.00694-23⟩

Article dans une revue hal-04400310v1
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Genetic relationships between efficiency traits and gut microbiota traits in growing pigs fed a conventional or a high fiber diet

Vanille Déru , Alban Bouquet , Olivier Zemb , Benoît Blanchet , Marie-Léa de Almeida et al.

Journal of Animal Science, 2022, 100 (6), pp.skac183. ⟨10.1093/jas/skac183⟩

Article dans une revue hal-03671011v1
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Microbiability and microbiome-wide association analyses of feed efficiency and performance traits in pigs

Amir Aliakbari , Olivier Zemb , Laurent Cauquil , Céline Barilly , Yvon Billon et al.

Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), 15 p. ⟨10.1186/s12711-022-00717-7⟩

Article dans une revue hal-03650709v1
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Gut microbiota and host genetics contribute to the phenotypic variation of digestive and feed efficiency traits in growing pigs fed a conventional and a high fiber diet

Vanille Déru , Francesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil et al.

Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), pp.55. ⟨10.1186/s12711-022-00742-6⟩

Article dans une revue hal-03749652v1
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Developmental Stage, Solid Food Introduction and Suckling Cessation Differentially Influence the Co-maturation of the Gut Microbiota and Intestinal Epithelium in Rabbits

Martin Beaumont , Eloïse Mussard , Céline Barilly , Corinne Lencina , Laure Gress et al.

Journal of Nutrition, 2022, 152 (3), pp.723-736. ⟨10.1093/jn/nxab411⟩

Article dans une revue hal-03480940v1
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The phenotype of the gut region is more stably retained than developmental stage in piglet intestinal organoids

Eloïse Mussard , Corinne Lencina , Lise Gallo , Céline Barilly , Maryse Poli et al.

Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2022, 10, 14 p. ⟨10.3389/fcell.2022.983031⟩

Article dans une revue hal-03788364v1
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Early Introduction of Plant Polysaccharides Drives the Establishment of Rabbit Gut Bacterial Ecosystems and the Acquisition of Microbial Functions

Charlotte Paës , Thierry Gidenne , Karine Bébin , Joël Duperray , Charly Gohier et al.

mSystems, 2022, 18 p. ⟨10.1128/msystems.00243-22⟩

Article dans une revue hal-03699002v1
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Bacterial Consumption of T4 Phages

Jean-Jacques Godon , Ariane Bize , Hoang Ngo , Laurent Cauquil , Mathieu Almeida et al.

Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩

Article dans une revue hal-03386267v1

Gut Microbiota-Derived Metabolite Signature in Suckling and Weaned Piglets

Martin Beaumont , Laurent Cauquil , Allan Bertide , Ingrid Ahn , Céline Barilly et al.

Journal of Proteome Research, 2021, 20 (1), pp.982-994. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00745⟩

Article dans une revue hal-03087209v1
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The intestinal microbial composition in Greylag geese differs with steatosis induction mode: spontaneous or induced by overfeeding

Christelle Knudsen , Julien Arroyo , Maxime Even , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal et al.

Animal Microbiome, 2021, 3 (1), ⟨10.1186/s42523-020-00067-z⟩

Article dans une revue hal-03109374v1
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Impact of feed restriction and fragmented feed distribution on performance, intake behaviour and digestion of the growing rabbit

Mélanie Martignon , Christine Burel , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Thierry Gidenne

Animal, 2021, 15 (7), ⟨10.1016/j.animal.2021.100270⟩

Article dans une revue hal-03289744v1
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Absolute quantitation of microbes using 16S rRNA gene metabarcoding: A rapid normalization of relative abundances by quantitative PCR targeting a 16S rRNA gene spike‐in standard

Olivier Zemb , Caroline Achard , Jérôme Hamelin , Marie‐léa de Almeida , Beatrice Gabinaud et al.

MicrobiologyOpen, 2020, 9 (3), Non paginé. ⟨10.1002/mbo3.977⟩

Article dans une revue hal-02625681v1
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Early inoculation of microbial suspension in suckling piglets affects the transmission of maternal microbiota and the associated antibiotic resistance genes

Caroline Achard , Véronique Dupouy-Guiraute , Laurent Cauquil , Nathalie Arpaillange , Alain Bousquet‐mélou et al.

Microorganisms, 2020, 8 (10), pp.1576. ⟨10.3390/microorganisms8101576⟩

Article dans une revue hal-03106275v1
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Dietary composition and yeast-microalgae combination supplementation modulate the microbial ecosystem in the caecum, colon and faeces of horses

Pauline Grimm , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Véronique Julliand

British Journal of Nutrition, 2020, 123 (4), pp.372-382. ⟨10.1017/S0007114519002824⟩

Article dans une revue hal-02381031v1

Evolution of gut microbial community through reproductive life in female rabbits and investigation of the link with offspring survival

Davi Savietto , C. Paës , L. Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe , Sylvie Combes

Animal, 2020, 14 (11), pp.2253-2261. ⟨10.1017/S1751731120001305⟩

Article dans une revue hal-03148098v1
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Gut microbiota derived metabolites contribute to intestinal barrier maturation at the suckling-to-weaning transition

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Christelle Knudsen , Laurent Cauquil et al.

Gut microbes, 2020, 11 (5), pp.1268-1286. ⟨10.1080/19490976.2020.1747335⟩

Article dans une revue hal-02564848v1
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Effect of Litter Treatment on Campylobacter jejuni in Broilers and on Cecal Microbiota

Amandine Thépault , Xavier Roulleau , Pauline Loiseau , Laurent Cauquil , Typhaine Poezevara et al.

Pathogens, 2020, 9 (5), ⟨10.3390/pathogens9050333⟩

Article dans une revue hal-02902714v1
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Variability of the Ability of Complex Microbial Communities to Exclude Microbes Carrying Antibiotic Resistance Genes in Rabbits

Caroline Achard , Véronique Dupouy-Guiraute , Suzanne Siviglia , Nathalie Arpaillange , Laurent Cauquil et al.

Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.01503⟩

Article dans une revue hal-02619189v1
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Diversity and Co-occurrence Pattern Analysis of Cecal Microbiota Establishment at the Onset of Solid Feeding in Young Rabbits

Tehya Read , Laurence Fortun-Lamothe , Géraldine Pascal , Malo Le Boulch , Laurent Cauquil et al.

Frontiers in Microbiology, 2019, 10, Non paginé. ⟨10.3389/fmicb.2019.00973⟩

Article dans une revue hal-02154596v1
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Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding

Hélène Falentin , Lucas Auer , Mahendra Mariadassou , Géraldine Pascal , Olivier Rué et al.

Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 97, pp.46-69

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02311421v1
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FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution

Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil et al.

Bioinformatics, 2018, 34 (8), pp.1287-1294. ⟨10.1093/bioinformatics/btx791⟩

Article dans une revue hal-02626808v1
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Fumonisin-Exposure Impairs Age-Related Ecological Succession of Bacterial Species in Weaned Pig Gut Microbiota

Ivan Mateos , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Céline Barilly et al.

Toxins, 2018, 10 (6), pp.230. ⟨10.3390/toxins10060230⟩

Article dans une revue hal-01829232v1
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Impact of feed restriction and housing hygiene conditions on specific and inflammatory immune response, the cecal bacterial community and the survival of young rabbits

Sylvie Combes , Katia Julian , Océane Martin , Hauteclaire Furbeyre , Laurent Cauquil et al.

Animal, 2017, 11 (5), pp.854-863. ⟨10.1017/S1751731116002007⟩

Article dans une revue hal-01605508v1
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Interaction between Live Yeast and Dietary Rumen Degradable Protein Level: Effects on Diet Utilization in Early-Lactating Dairy Cows

Christine Julien , Jean Philippe Marden , Eric Auclair , Raymond Moncoulon , Laurent Cauquil et al.

Agricultural Sciences, 2015, 06 (01), pp.1-13. ⟨10.4236/as.2015.61001⟩

Article dans une revue hal-02634862v1
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Lactobacillus sakei modulates mule duck microbiota in ileum and ceca during overfeeding

Florian Vasaï , Karine Brugirard Ricaud , Laurent Cauquil , Patrick Daniel , Céline Peillod et al.

Poultry Science, 2014, 93, pp.916 - 925. ⟨10.3382/ps.2013-03497⟩

Article dans une revue hal-04207073v1

Establishment of ruminal bacterial community in dairy calves from birth to weaning is sequential over three periods

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Olivier O. Bouchez et al.

Journal of Applied Microbiology, 2014, 116 (2), pp.245-257. ⟨10.1111/jam.12405⟩

Article dans une revue hal-02641546v1

Acaricidal activity of five essential oils of Ocimum species on Rhipicephalus (Boophilus) microplus larvae.

Thomas Hüe , Laurent Cauquil , Jean-Baptiste Hzounda Fokou , Pierre Michel Jazet Dongmo , Issakou Bakarnga-Via et al.

Parasitology Research, 2014, pp.1-9. ⟨10.1007/s00436-014-4164-6⟩

Article dans une revue hal-01092340v1

Overfeeding and genetics affect the composition of intestinal microbiota in Anas platyrhynchos (Pekin) and Cairina moschata (Muscovy) ducks

Florian Vasaï , Karine Ricaud , Marie-Dominique Bernadet , Laurent Cauquil , Olivier O. Bouchez et al.

FEMS Microbiology Ecology, 2014, 87 (1), pp.204-216. ⟨10.1111/1574-6941.12217⟩

Article dans une revue hal-02636624v1

OligoSpecificitySystem: global matching efficiency calculation of oligonucleotide sets taking into account degeneracy and mismatch possibilities

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent Cauquil

International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2014, 9 (4), pp.417-423. ⟨10.1504/IJDMB.2014.062148⟩

Article dans une revue hal-02633626v1

Coprophagous behavior of rabbit pups affects implantation of cecal microbiota and health status

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Olivier O. Bouchez , Laurence Fortun-Lamothe

Journal of Animal Science, 2014, 92 (2), pp.652-665. ⟨10.2527/jas.2013-6394⟩

Article dans une revue hal-02640171v1

Engineering the rabbit digestive ecosystem to improve digestive health and efficacy

Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne

Animal, 2013, 7 (9), pp.1429-1439. ⟨10.1017/S1751731113001079⟩

Article dans une revue hal-02646934v1
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Microbial ecology of the rumen evaluated by 454 GS FLX pyrosequencing is affected by starch and oil supplementation of diets

Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Jérôme J. Mariette , Christophe Klopp et al.

FEMS Microbiology Ecology, 2013, 83 (2), pp.504-514. ⟨10.1111/1574-6941.12011⟩

Article dans une revue hal-02648977v1
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Analyse comparée des écosystèmes digestifs du rumen de la vache et du caecum du lapin

Rory Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Corine Bayourthe , Laurent Cauquil et al.

INRA Productions Animales, 2012, 25 (5), pp.395-406

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02642370v1

Live yeast stability in rabbit digestive tract : Consequences on the caecal ecosystem, digestion, growth and digestive health

Moussa Kimse , Corine Bayourthe , Valérie Monteils , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent Cauquil et al.

Animal Feed Science and Technology, 2012, 173 (3-4), pp.235-243. ⟨10.1016/j.anifeedsci.2012.01.012⟩

Article dans une revue istex hal-02650603v1
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Modification of activities of the ruminal ecosystem and its bacterial and protozoan composition during repeated dietary changes in cows

Valérie Monteils , Mikael Rey , Mathieu Silberberg , Laurent Cauquil , Sylvie Combes

Journal of Animal Science, 2012, 90 (12), pp.4431-4440. ⟨10.2527/jas.2011-4321⟩

Article dans une revue hal-02642559v1

Random changes in the heifer rumen in bacterial community structure, physico-chemical and fermentation parameters, and in vitro fiber degradation

Valérie Monteils , Mikael Rey , Laurent Cauquil , Annabelle Troegeler-Meynadier , Mathieu Silberberg et al.

Livestock Science, 2011, 141 (2-3), pp.104-112. ⟨10.1016/J.LIVSCI.2011.05.008⟩

Article dans une revue hal-02645940v1

Changes over time in the bacterial communities associated with fluid and food particles and the ruminal parameters in the bovine rumen before and after a dietary change

Rory Michelland , Valérie Monteils , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne et al.

Canadian Journal of Microbiology, 2011, 57 (8), pp.629-637. ⟨10.1139/W11-053⟩

Article dans une revue hal-02647485v1

Starch and oil in the donor cow diet and starch in substrate differently affect the in vitro ruminal biohydrogenation of linoleic and linolenic acids

Asma Zened , Annabelle Troegeler-Meynadier , Marie-Claude Nicot , Sylvie Combes , Laurent Cauquil et al.

Journal of Dairy Science, 2011, 94 (11), pp.5634-5645. ⟨10.3168/jds.2011-4491⟩

Article dans une revue hal-02652174v1

Effects of stocking density on the growth performance and digestive microbiota of broiler chickens

Sarah S. Guardia , Barbara B. Konsak , Sylvie Combes , Florence F. Levenez , Laurent Cauquil et al.

Poultry Science, 2011, 90 (9), pp.1878-1889. ⟨10.3382/ps.2010-01311⟩

Article dans une revue hal-01000465v1
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Rapid adaptation of the bacterial community in the growing rabbit caecum after a change in dietary fibre supply

Rory Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne et al.

Animal, 2011, 5 (11), pp.1761-1768. ⟨10.1017/S1751731111001005⟩

Article dans une revue hal-02650069v1

Postnatal development of the rabbit caecal microbiota composition and activity

Sylvie Combes , Rory Michelland , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Vincent Soulié et al.

FEMS Microbiology Ecology, 2011, 77 (3), pp.680-689. ⟨10.1111/j.1574-6941.2011.01148.x⟩

Article dans une revue hal-02647613v1

Molecular analysis of the bacterial community in digestive tract of rabbit

R. J. Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne et al.

Anaerobe, 2010, 16 (2), pp.61-65. ⟨10.1016/j.anaerobe.2009.05.002⟩

Article dans une revue istex hal-02658284v1

Temperature and duration of heating of sunflower oil affect ruminal biohydrogenation of linoleic acid in vitro

Florence Privé , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Yves Farizon , Francis Enjalbert et al.

Journal of Dairy Science, 2010, 93 (2), pp.711-722. ⟨10.3168/jds.2009-2534⟩

Article dans une revue hal-02655429v1

Comparison of the archaeal community in the fermentative compartment and faeces of the cow and the rabbit

Rory Julien Michelland , Valérie Monteils , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne et al.

Anaerobe, 2010, 16 (4), pp.396-401. ⟨10.1016/j.anaerobe.2010.04.004⟩

Article dans une revue istex hal-02665214v1

Influence of cage or pen housing on carcass traits and meat quality of rabbit

Sylvie Combes , Gilbert Postollec , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne

Animal, 2010, 4, pp.295-302. ⟨10.1017/S1751731109991030⟩

Article dans une revue hal-02662629v1

STATFINGERPRINTS: a friendly graphical interface program for processing and analysis of microbial fingerprint profiles

R. J. Michelland , Sébastien Dejean , Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , L. Cauquil

Molecular Ecology Resources, 2009, 9 (5), pp.1359-1363. ⟨10.1111/j.1755-0998.2009.02609.x⟩

Article dans une revue istex hal-00658772v1

Spatial and temporal variations of the bacterial community in the bovine digestive tract

R. J. Michelland , Valérie Monteils , Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent Cauquil et al.

Journal of Applied Microbiology, 2009, 107, pp.1642-1650. ⟨10.1111/j.1365-2672.2009.04346.x⟩

Article dans une revue hal-02655667v1

Relationships between sensory and physicochemical measurements in meat of rabbit from three different breeding systems using canonical correlation analysis

Sylvie Combes , Ignacio González , Sébastien Dejean , Alain Baccini , Nathalie Jehl et al.

Meat Science, 2008, 80 (3), pp.835-841. ⟨10.1016/j.meatsci.2008.03.033⟩

Article dans une revue istex hal-00660479v1

Potential core species and satellite species in the bacterial community within the rabbit caecum

Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Jean-Jacques Godon , Thierry Gidenne

FEMS Microbiology Ecology, 2008, 66 (3), pp.620-629. ⟨10.1111/j.1574-6941.2008.00611.x⟩

Article dans une revue hal-02667528v1

Ability of physico-chemical measurements to discriminate rabbit meat from three different productive processes

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Nathalie Jehl , Laurent Cauquil , Beatrice Gabinaud et al.

Journal of the Science of Food and Agriculture, 2007, 87, pp.2302-2309. ⟨10.1002/jsfa.2988⟩

Article dans une revue istex hal-02661141v1

Viande de lapin et oméga 3: Une alimentation riche en luzerne permet d'enrichir la viande des lapins en oméga 3

Sylvie Combes , Laurent Cauquil

La revue française de la recherche en viandes et produits carnés, 2006, 25 (2), pp.31-35

Article dans une revue hal-02653356v1

La luzerne déshydratée: Une source d'acides gras oméga-3 pour le lapin

Sylvie Combes , Laurent Cauquil

Cuniculture Magazine, 2006, 33, pp.71-77

Article dans une revue hal-02657823v1
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Relation between in vitro microbial fermentations and in vivo performance in pigs selected for their residual feed intake

Olivier Zemb , Lauren Jouaron , Tiffany Page , Laurent Cauquil , Carole Bannelier et al.

journées de la recherche porcine, Feb 2025, Saint malo, France. ⟨10.15454/1.5572415481185847E12⟩

Communication dans un congrès hal-05322317v1

LE BUTYRATE REDUIT LA DYSFONCTION DE LA BARRIERE EPITHELIALE INDUITE PAR LA MYCOTOXINE DEOXYNIVALENOL DANS UN MODELE D’ORGANOÏDES D’INTESTIN DE PORCELETS

Julie Alberge , Eloïse Mussard , Carine Al-Ayoubi , Corinne Lencina , Caroline Achard et al.

CECED, Mar 2024, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-04827748v1
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Fecal microbiota shifts during transition in dairy cows

Lisa Arnalot , Salomé Ducluzeau , Marion Julhes , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal et al.

Séminaire HOLO-AE (Holobiontes des Animaux d’Elevage), INRAE métaprogramme HOLOFLUX, Dec 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04872729v1
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ETUDE DE LA RESILIENCE DE L'HOLOBIONTE SUITE A UNE RUPTURE DE TRANSMISSION SYMBIOTIQUE DANS 2 LIGNEES DE LAPINS SELECTIONNEES SUR L'EFFICACITE ALIMENTAIRE

Marie Renevey , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Patrick Aymard , Virginie Helies et al.

Journées de la Recherche Cunicole, ITAVI; INRAE, Mar 2023, Le Mans, France. pp.137-140, ⟨10.15454/1.5572370921303193E12)⟩

Communication dans un congrès hal-04646246v1
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Can microbial data improve prediction of breeding values of efficiency traits in pigs fed conventional or fiber diets?

Vanille Déru , Franscesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil et al.

12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands

Communication dans un congrès hal-03945907v1

Microbiome and genetic contribution to the phenotypic variation of digestive efficiency in pig

Vanille Déru , Francesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil et al.

72. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2021, Davos, Switzerland. pp.571

Communication dans un congrès hal-03360125v1
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Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit

Christelle Knudsen , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal , Christophe Briens et al.

12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-03649231v1

Gut microbiota of rabbit females according to the annual reproductive success and age

Davi Savietto , Charlotte Paes , Manon Despeyroux , Céline Barilly , Laurent Cauquil et al.

44. Symposium de Cunicultura de ASESCU, Jun 2019, Aranda del Duero, España. 108 p., ⟨10.4995/wrs.2019.11963⟩

Communication dans un congrès hal-02734802v1
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L’ingestion d’aliments solides au début de la vie induit la co maturation du microbiote et de la barrière intestinale

Martin Beaumont , Paës Charlotte , Laurent Cauquil , Aymard Patrick , Barilly Céline et al.

CECED 2019, Mar 2019, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-02914649v1
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Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinale

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Laurence Lamothe , Thierry Gidenne et al.

Séminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-02884240v1
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Early life solid food ingestion remodels the gut microbiota compostion and increases the production of protective bacterial metabolites

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Laurent Cauquil , Patrick Aymard et al.

digestive disease week 2019, May 2019, San diego, United States

Communication dans un congrès hal-02914647v1

Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results

Christelle Knudsen , Maxime Even , Julien Arroyo , Sylvie Combes , Laurent Cauquil et al.

69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia

Communication dans un congrès hal-01901325v1

Evaluation d’un système d’élevage alternatif à l’antibiothérapie sur la mise en place du système immunitaire chez le lapin.

Thierry Gidenne , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Laurence Liaubet , Yannick Lippi et al.

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Apr 2016, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02794276v1

Exploration de l’implication du système immunitaire dans le lien entre les pratiques d’élevage et la santé des lapereaux

Laurent Cauquil , Barbara Schmaltz Panneau , Thierry Gidenne , Laurence Liaubet , Yannick Lippi et al.

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Apr 2016, Tours, France. 115 p

Communication dans un congrès hal-02744215v1
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Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits

Tehya Read , Laurence Fortun-Lamothe , Thierry Gidenne , N. Destombes , Laurent Cauquil et al.

11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p

Communication dans un congrès hal-02739131v1

Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ

Mickael Rey , Karine Ricaud , Marie-Dominique M.-D. Bernadet , Géraldine Pascal , Sylvie Combes et al.

11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02739751v1
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Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement

Vincent Jacquier , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Beatrice Gabinaud et al.

16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p

Communication dans un congrès hal-02742208v1

Find Rapidly OTU with Galaxy Solution

Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal et al.

JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-01535378v1

Réponse du microbiote commensal de lapins EOPS à une reproduction expérimentale de l'EEL par l'inoculum TEC4 : résultats préliminaires de pyroséquençage 454

Sylvie Combes , Dominique Licois , Laurent Cauquil , Nadia Abed , Laurence Fortun-Lamothe et al.

15. Journées de la Recherche Cunicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). Paris, FRA., Nov 2013, Le Mans, France. 244 p

Communication dans un congrès hal-02748739v1
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Comportement d'ingestion de fèces dures maternelles par les lapereaux au nid. 2. Influence sur l'implantation du microbiote caecal et sur la survie des lapereaux

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Elodie Balmisse Balmisse , Patrick Aymard et al.

15. Journées de la Recherche Cunicole, 2013, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02750256v1

Conception d'un système d'élevage cunicole alternatif à l'antibiothérapie par orientation précoce du microbiote caecal

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe

5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Oct 2013, Paris, France. 19 diapositives

Communication dans un congrès hal-02808836v1

Conception d'un système d'élevage cunicole alternatif à l'antibiothérapie par orientation précoce du microbiote

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Laurence Lamothe

Journées d’Animation Scientifique du Département PHASE, Oct 2013, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01131080v1
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Sélection divergente pour les troubles digestifs dans deux lignées commerciales : Réponse de lapins "sensibles" ou "résistants" à une inoculation expérimentale de Escherichia Coli 0103

Hervé Garreau , Sophie Brard , Jacques Hurtaud , Edouard Guitton , Laurent Cauquil et al.

15. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2013, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02748551v1

Coprophagous behavior of rabbit pups affects dynamic implantation of microbiota and health status

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Olivier Bouchez , Laurence Lamothe

64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. 665 p., ⟨10.3920/978-90-8686-782-0⟩

Communication dans un congrès hal-01132764v1

Impact of dietary fiber deficiency on the caecal ecosystem of the young rabbit. Modulation by yeast probiotics

Moussa Kimse , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe , Corine Bayourthe et al.

10th World Rabbit Congress, 2012, Sharm El-Sheikh, Egypt

Communication dans un congrès hal-02747346v1

Establishment of archaea in the rumen of dairy calves from birth to weaning using 454 FLX pyrosequencing

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Laurent Cauquil , Olivier O. Bouchez , Sylvie Combes et al.

8. INRA-Rowett Symposium: Gut Microbiota: friend or foe?, Jun 2012, Clermont-Ferrand, France. pp.187

Communication dans un congrès hal-02747503v1
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Divergent selection for digestive disorders in two commercial rabbit lines : response of crossbred young rabbits to an experimental inoculation of Echerichia coli 0103.

Hervé Garreau , Sophie Brard , J. Hurtaud , Edouard Guitton , Laurent Cauquil et al.

10. World Rabbit Congress, Sep 2012, Sharm El-Sheikh, Egypt

Communication dans un congrès hal-02745187v1

Piloter l'écosystème digestif du lapin : pourquoi, quand et comment ?

Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne

14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02748786v1

Caractérisation physiopathologique et microbiologique d'entéropathie non spécifique chez le lapin en croissance - premiers résultats

Moussa Kimse , Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent Cauquil , Valérie Monteils et al.

14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02746099v1
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Evolution of bacterial diversity in the rumen in dairy calves from birth to weaning using a high throughput 454 GS FLX pyrosequencing

Mickael Rey , Francis Enjalbert , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Valérie Monteils

8th International Symposium on the Nutrition of Herbivores, Sep 2011, Aberystwyth, United Kingdom. pp.252

Communication dans un congrès hal-04041512v1

Réponse digestive du lapereau à une inoculation expérimentale colibacillaire (O128:C6) en fonction du niveau d'ingestion

Mélanie Martignon , Dominique Licois , Laurent Cauquil , M. Amelot , Sylvie Combes et al.

14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02746773v1
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Reducing conditions varied with diets and bacterial communities in the rumen on dairy cows

Christine Julien , Jean-Philippe Marden , E. Auclair , Laurent Cauquil , - Moncoulon et al.

Gut Microbiology, 7. Joint Symposium, Jun 2010, Aberdeen, United Kingdom. pp.1

Communication dans un congrès hal-02817627v1

Approche quantitative de l'étude du microbiote digestif : étude méthodologique comparée d'une quantification directe (DAPI) ou de la PCR en temps réel

Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Beatrice Gabinaud , Thierry Gidenne

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02823914v1

Conséquences de la présence d'une flore exogène sur l'écosystème digestif : approche comparée entre le cæcum et le rumen

Thierry Gidenne , Corine Bayourthe , Moussa Kimse , Valérie Monteils , Laurent Cauquil et al.

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02816076v1

Implantation du microbiote cæcal chez le lapin : structure et diversité de la communauté bactérienne.

Sylvie Combes , Rory Michelland , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Vincent Soulié et al.

Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France. 12 diapo

Communication dans un congrès hal-02822872v1

Réponse de l'écosystème digestif de lapins EOPS à une reproduction expérimentale de l'EEL par l'inoculum standard TEC4

Sylvie Combes , Flora Nice , Dominique Licois , Laurent Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe et al.

13. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2009, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02757785v1
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Mesure in vitro de l'activité de la communauté bactérienne ruminale

Annabelle Troegeler-Meynadier , Valérie Monteils , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Marie-Luce Chemit et al.

3èmes Journées d'Animation Scientifique INRA-PHASE, Oct 2009, Tours, France. pp.0

Communication dans un congrès hal-04044242v1

Incidence d'une déficience en fibres alimentaires sur l'écosystème cæcal du lapereau. Modulation par l'apport de levures probiotiques.

Moussa Kimse , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Corine Bayourthe , Valérie Monteils et al.

13. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2009, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02753400v1

Évolution spontanée de la communauté bactérienne ruminale selon la nature de la ration.

Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Sylvie Combes

3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02752068v1

Adaptation rapide de la communauté bactérienne cæcale du lapin à une réduction du taux de fibres alimentaires

Rory Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne et al.

3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02756861v1

Characterization of bacterial communities in caecum, hard and soft feces of rabbit using 16S rRNA genes capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism (CE-SSCP).

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne , Valérie Monteils et al.

9th World Rabbit Congress, Jun 2008, Vérone, Italy

Communication dans un congrès hal-02756236v1

Comparative study of archaeal community in the digestive ecosystem of the rabbit and cow gut reveals strong host species and compartment effects

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne , Valérie Monteils et al.

6. INRA-RRI Symposium Gut Microbiome Functionality, interaction with host and impact on the environment, Jun 2008, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-02750953v1

Analyse canonique régularisée pour l'étude de relations entre mesures sensorielles et instrumentales de la qualité de la viande de lapin

Sébastien Dejean , Sylvie Combes , Ignacio González , Catherine Larzul , Laurent Cauquil et al.

10. Journées Européennes Agro-Industrie et Méthodes Statistiques, Jan 2008, Louvain-La-Neuve, Belgique

Communication dans un congrès hal-01193502v1

Impact of an exclusive milk vs. milk and dry feed intake till weaning on intake, growth, and on the caecal biodiversity and fibrolytic activity of the young rabbit.

Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne

9th World Rabbit Congress, Jun 2008, Vérone, Italy

Communication dans un congrès hal-02754040v1

Caractérisation comparée des communautés bactériennes du contenu cæcal, des cæcotrophes et des fæces dures chez le lapin adulte par CE-SSCP des gènes codant pour l'ARN16S

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Thierry Gidenne , Valérie Monteils et al.

12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02750978v1

Caractérisation comparée des communautés bactériennes du contenu cæcal, des cæcotrophes et des fæces dures chez le lapin par PCR-SSCP

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Valérie Monteils , Thierry Gidenne et al.

2. Journées d'Animation Scientifique du Département Physiologie Animale et Système d'Elevage, Oct 2007, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02752481v1

Comparative molecular inventory of two microbial digestive ecosystems : the rabbit caecum and the dairy cow rumen

Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Jean-Jacques Godon , Thierry Gidenne

1. Reunion cientifica : Avances Moetodologicos en el Estudio de la Microbiologia Digestiva, May 2007, Zaragoza, Spain. 2 p

Communication dans un congrès hal-02812706v1

Inventaire des bactéries caecales du lapin par clonage aléatoire : résultats et perspectives

Laurent Cauquil , Valérie Monteils , Jean-Jacques Godon , Geraldine Mastin , Sylvie Combes et al.

12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02752881v1

II. Mise au point d'un système de discrimination simple et rapide de 3 lots commerciaux de lapins : standard CCP et Label

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Laurent Cauquil , M.C. Clochard , Beatrice Gabinaud et al.

12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02753783v1

Caractérisation des communautés bactériennes dans le rumen et les feces de bovins adultes par PCR-SSCP

Rory Michelland , Valérie Monteils , Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent Cauquil et al.

3. Colloque d'Ecologie Microbienne (AFEM), Oct 2007, La Grande Motte, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02817719v1
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Inventaire moleculaire de l'écosystème caecal du lapin : résultats préliminaires

Laurent Cauquil , Valérie Monteils , Jean-Jacques Godon , Geraldine Mastin , Sylvie Combes et al.

Journées de Restitution du Département PHASE, Sep 2006, Tours, France. n.p

Communication dans un congrès hal-02813148v1

I. Evaluation de la qualité des carcasses de trois lots de lapins commerciaux (standard, certifié et Label) en abattoir industriel par 41 mesures physico-chimiques simples, rapides et peu coûteuses

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Laurent Cauquil , M.C. Clochard , Beatrice Gabinaud et al.

12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France

Communication dans un congrès hal-02755855v1

Behaviour of live yeast Biosaf® Sc 47 during digestive transit in dairy cows

Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Etienne Auclair , Corine Bayourthe

5. Joint RRI-INRA Gastrointestinal Tract Microbiology Symposium, Jun 2006, Aberdeen, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-02757135v1

La Luzerne : un atout pour une viande enrichie en Oméga3

Sylvie Combes , Laurent Cauquil

Journée Nationale sur l'élevage du lapin de chair, Nov 2006, Pacé, France

Communication dans un congrès hal-02750904v1
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Aptitude des méthodes physico-chimiques à décrire les caractéristiques sensorielles perçues par un jury entraîné à la dégustation de la viande de lapin

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Nathalie Jehl , Herve H. Juin , M.C. Clochard et al.

11èmes Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2005, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02763342v1

Comparaison lapin "Bio"/lapin standard : Caractéristiques des carcasses et composition chimique de 6 muscles de la cuisse

Sylvie Combes , F. Lebas , Lionel Lebreton , T. Martin , N. Jehl et al.

10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02760716v1

Comparaison lapin "Bio"/lapin standard : Analyses sensorielles et tendreté mécanique de la viande

Sylvie Combes , F. Lebas , Herve Juin , Lionel Lebreton , T. Martin et al.

10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02759820v1

Influence de trois modes de logement des lapins sur la qualité de la viande

Sylvie Combes , G. Postollec , N. Jehl , Laurent Cauquil , B. Darche

10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02764004v1

Effect of selection on body size at fixed age on muscle characteristics in rabbit

Florence Gondret , Catherine Larzul , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , B. Darche et al.

7. World congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2002, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-02762061v1

Tendreté mécanique du muscle longissimus dorsi de lapin : étude méthodologique

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Florence Gondret , Laurent Cauquil , B. Darche et al.

9. Journées de la Recherche Cunicole en France, 2001, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02763294v1

Caractérisation physico-chimique et rhéologique de la viande de lapin. Application à la comparaison de lapins label et standard

Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Nathalie Jehl , Beatrice Darche , François Lebas

9. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2001, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02763566v1
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Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote.

Maria Bernard , Olivier Rué , Malo Le Boulch , Jean Mainguy , Laurent Cauquil et al.

DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France

Poster de conférence hal-03851900v1
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Individual sPLS on ruminal bacterial community of 2 lambs responding differently to a high starch diet to discriminate potential clusters producing trans10-18:1 and trans11-18:1 fatty acids

Annabelle Meynadier , Laurent Cauquil , Francis Enjalbert , Monica Costa , Susana P.Alves et al.

10. International Symposium of the Nutrition of Herbivores, Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge Universtiy Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), p.381, 2018, Proceedings of the 10 th International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH)

Poster de conférence hal-02872079v1
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FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution

Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal et al.

Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics

Poster de conférence hal-01886389v1

How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?

Lucas Auer , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou , Céline Delbès , Eric Dugat-Bony et al.

JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015

Poster de conférence hal-01195512v1

Implantation du microbiote et mise en place des fonctions du rumen chez le veau de race laitière.

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Sylvie Combes , Christine Julien , Laurent Cauquil et al.

5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Oct 2013, Paris, France. 2013

Poster de conférence hal-02809301v1

Study of the effect of Live Yeast <em>Saccharomyces cerevisiae </em>(CNCM I-4407) on ruminal bacterial community in lactating dairy cows using 454 GS FLX pyrosequencing

Christine Julien , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Olivier O. Bouchez , Jean-Philippe Marden et al.

8.INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology, Jun 2012, Clermont-Ferrand, France. , 187 p., 2012, 8th INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology. Gut Microbiota: friend or foe ?

Poster de conférence hal-02747665v1
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Impact de la densité d'élevage sur les performances de croissance et l’équilibre du microbiote digestif du poulet de chair

Sarah S. Guardia , Barbara B. Konsak , Sylvie Combes , Florence F. Levenez , Laurent Cauquil et al.

4. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2012), Jan 2012, Rennes, France. 2012

Poster de conférence hal-02810605v1
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From high throughput 454 GS FLX data analysis process of 16S RNA gene sequences using barcoding to bacterial community exploration

Laurent Cauquil , Jérôme Mariette , Christine Rousseau , Asma Zened , Francis Enjalbert et al.

4th Congress of European Microbiologists, Jun 2011, Genève, Switzerland. pp.0, 2011

Poster de conférence hal-04041509v1
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The ruminal level of trans-10 fatty acids of dairy cows is linked to the composition of bacterial community

Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Jérôme J. Mariette , Chloé Rousseau et al.

4. Congress of European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011

Poster de conférence hal-02806622v1
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Ruminal bacterial community change in response to diet-induced variation of ruminal trans-10 fatty acids

Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Francis Enjalbert , Annabelle Troegeler-Meynadier

4. Congress European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011

Poster de conférence hal-02809835v1
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Etude par pyroséquençage haut débit (454) de l'implantation des bactéries au niveau du rumen du veau laitier, de sa naissance au sevrage

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Valérie Monteils

Journée Scientifique SEVAB, Oct 2011, Toulouse, France. pp.1, 2011

Poster de conférence hal-02805484v1
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Effect of cow diet on the ruminal microflora and its in vitro fatty acid production

Annabelle Troegeler-Meynadier , Clara Palagiano , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Francis Enjalbert

6th INRA-RRI Symposium, Jun 2008, Clermont-Ferrand, France. pp.0, 2008

Poster de conférence hal-04044769v1
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Metabarcoding, FROGS training - Jan. 2020

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil

Master. France. 2020

Cours hal-04885843v1
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Formation FROGS juillet 2019

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil

Master. (Trainingon Galaxy : Metagenomics / ITS analysisin FROGS ? / Trainingon Galaxy: Statistics to explore metagenomics), 2019

Cours hal-02790029v1
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Introduction au logiciel R

Laurent Cauquil

Licence. (Introduction au logiciel R), 2019

Cours hal-02789980v1
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FROGS Training on Galaxy : Metagenomics November 2017

Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Sarah Maman et al.

Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 270 p

Cours hal-02791696v1
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FROGS Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics

Maria Bernard , Géraldine Pascal , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou

Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics - FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 116 p

Cours hal-02788316v1
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Février_2017_Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Maria Bernard

2017

Cours hal-02785427v1
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Le microbiote digestif : un acteur de la préservation de notre santé

Sylvie Combes , Laurent Cauquil

Master. Bio-Ingénierie : santé, aliments (BING) (microbiote digestif : un acteur de la préservation de notre santé), 2016, 107 p

Cours hal-02792977v1