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Laurent Cauquil

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Can microbial data improve prediction of breeding values of efficiency traits in pigs fed conventional or fiber diets?

Vanille Déru , Franscesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil
12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03945907v1

Microbiome and genetic contribution to the phenotypic variation of digestive efficiency in pig

Vanille Déru , Francesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil
72. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2021, Davos, Switzerland. pp.571
Communication dans un congrès hal-03360125v1
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Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit

Christelle Knudsen , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal , Christophe Briens
12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-03649231v1
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L’ingestion d’aliments solides au début de la vie induit la co maturation du microbiote et de la barrière intestinale

Martin Beaumont , Paës Charlotte , Cauquil Laurent , Aymard Patrick , Barilly Céline
CECED 2019, Mar 2019, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02914649v1

Gut microbiota of rabbit females according to the annual reproductive success and age

Davi Savietto , Charlotte Paes , Manon Despeyroux , Céline Barilly , Laurent Cauquil
44. Symposium de Cunicultura de ASESCU, Jun 2019, Aranda del Duero, España. 108 p., ⟨10.4995/wrs.2019.11963⟩
Communication dans un congrès hal-02734802v1
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Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinale

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Laurence Lamothe , Thierry Gidenne
Séminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-02884240v1
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Early life solid food ingestion remodels the gut microbiota compostion and increases the production of protective bacterial metabolites

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Laurent Cauquil , Patrick Aymard
digestive disease week 2019, May 2019, San diego, United States
Communication dans un congrès hal-02914647v1

Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results

Christelle Knudsen , Maxime Even , Julien Arroyo , Sylvie Combes , Laurent Cauquil
69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès hal-01901325v1

Evaluation d’un système d’élevage alternatif à l’antibiothérapie sur la mise en place du système immunitaire chez le lapin.

Thierry Gidenne , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Laurence Liaubet , Yannick Lippi
Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Apr 2016, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02794276v1

Exploration de l’implication du système immunitaire dans le lien entre les pratiques d’élevage et la santé des lapereaux

Laurent L. Cauquil , Barbara Schmaltz Panneau , Thierry Gidenne , Laurence Liaubet , Yannick Lippi
Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase 2016), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Apr 2016, Tours, France. 115 p
Communication dans un congrès hal-02744215v1
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Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits

Tehya Read , Laurence Fortun-Lamothe , Thierry Gidenne , N. Destombes , Laurent Cauquil
11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p
Communication dans un congrès hal-02739131v1

Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ

Mickael Rey , Karine Ricaud , Marie-Dominique M.-D. Bernadet , Géraldine Pascal , Sylvie Combes
11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02739751v1
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Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement

Vincent Jacquier , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent L. Cauquil , Beatrice Gabinaud
16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p
Communication dans un congrès hal-02742208v1

Find Rapidly OTU with Galaxy Solution

Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-01535378v1
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Comportement d'ingestion de fèces dures maternelles par les lapereaux au nid. 2. Influence sur l'implantation du microbiote caecal et sur la survie des lapereaux

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent L. Cauquil , Elodie Balmisse Balmisse , Patrick Aymard
15. Journées de la Recherche Cunicole, 2013, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02750256v1
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Sélection divergente pour les troubles digestifs dans deux lignées commerciales : Réponse de lapins "sensibles" ou "résistants" à une inoculation expérimentale de Escherichia Coli 0103

Hervé Garreau , Sophie Brard , Jacques Hurtaud , Edouard Guitton , Laurent L. Cauquil
15. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2013, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02748551v1

Coprophagous behavior of rabbit pups affects dynamic implantation of microbiota and health status

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Olivier Bouchez , Laurence Lamothe
64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. 665 p., ⟨10.3920/978-90-8686-782-0⟩
Communication dans un congrès hal-01132764v1

Réponse du microbiote commensal de lapins EOPS à une reproduction expérimentale de l'EEL par l'inoculum TEC4 : résultats préliminaires de pyroséquençage 454

Sylvie Combes , Dominique Licois , Laurent L. Cauquil , Nadia Abed , Laurence Fortun-Lamothe
15. Journées de la Recherche Cunicole, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). Paris, FRA., Nov 2013, Le Mans, France. 244 p
Communication dans un congrès hal-02748739v1

Conception d'un système d'élevage cunicole alternatif à l'antibiothérapie par orientation précoce du microbiote

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent Cauquil , Laurence Lamothe
Journées d’Animation Scientifique du Département PHASE, Oct 2013, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01131080v1

Conception d'un système d'élevage cunicole alternatif à l'antibiothérapie par orientation précoce du microbiote caecal

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent L. Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe
5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Oct 2013, Paris, France. 19 diapositives
Communication dans un congrès hal-02808836v1

Impact of dietary fiber deficiency on the caecal ecosystem of the young rabbit. Modulation by yeast probiotics

Moussa Kimse , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe , Corine Bayourthe
10th World Rabbit Congress, 2012, Sharm El-Sheikh, Egypt
Communication dans un congrès hal-02747346v1

Establishment of archaea in the rumen of dairy calves from birth to weaning using 454 FLX pyrosequencing

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Laurent L. Cauquil , Olivier O. Bouchez , Sylvie Combes
8. INRA-Rowett Symposium: Gut Microbiota: friend or foe?, Jun 2012, Clermont-Ferrand, France. pp.187
Communication dans un congrès hal-02747503v1
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Divergent selection for digestive disorders in two commercial rabbit lines : response of crossbred young rabbits to an experimental inoculation of Echerichia coli 0103.

Hervé Garreau , Sophie Brard , J. Hurtaud , Edouard Guitton , Laurent L. Cauquil
10. World Rabbit Congress, Sep 2012, Sharm El-Sheikh, Egypt
Communication dans un congrès hal-02745187v1

Piloter l'écosystème digestif du lapin : pourquoi, quand et comment ?

Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02748786v1

Caractérisation physiopathologique et microbiologique d'entéropathie non spécifique chez le lapin en croissance - premiers résultats

Moussa Kimse , Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent L. Cauquil , Valérie Monteils
14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02746099v1
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Evolution of bacterial diversity in the rumen in dairy calves from birth to weaning using a high throughput 454 GS FLX pyrosequencing

Mickael Rey , Francis Enjalbert , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Valérie Monteils
8th International Symposium on the Nutrition of Herbivores, Sep 2011, Aberystwyth, United Kingdom. pp.252
Communication dans un congrès hal-04041512v1

Réponse digestive du lapereau à une inoculation expérimentale colibacillaire (O128:C6) en fonction du niveau d'ingestion

Mélanie Martignon , Dominique Licois , Laurent L. Cauquil , M. Amelot , Sylvie Combes
14. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2011, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02746773v1

Conséquences de la présence d'une flore exogène sur l'écosystème digestif : approche comparée entre le cæcum et le rumen

Thierry Gidenne , Corine Bayourthe , Moussa Kimse , Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil
Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02816076v1

Implantation du microbiote cæcal chez le lapin : structure et diversité de la communauté bactérienne.

Sylvie Combes , Rory Michelland , Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Vincent Soulié
Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France. 12 diapo
Communication dans un congrès hal-02822872v1
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Reducing conditions varied with diets and bacterial communities in the rumen on dairy cows

Christine Julien , Jean-Philippe Marden , E. Auclair , Laurent L. Cauquil , - Moncoulon
Gut Microbiology, 7. Joint Symposium, Jun 2010, Aberdeen, United Kingdom. pp.1
Communication dans un congrès hal-02817627v1

Approche quantitative de l'étude du microbiote digestif : étude méthodologique comparée d'une quantification directe (DAPI) ou de la PCR en temps réel

Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Beatrice Gabinaud , Thierry Gidenne
Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), Oct 2010, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02823914v1

Adaptation rapide de la communauté bactérienne cæcale du lapin à une réduction du taux de fibres alimentaires

Rory Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02756861v1
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Mesure in vitro de l'activité de la communauté bactérienne ruminale

Annabelle Troegeler-Meynadier , Valérie Monteils , Sylvie Combes , Laurent Cauquil , Marie-Luce Chemit
3èmes Journées d'Animation Scientifique INRA-PHASE, Oct 2009, Tours, France. pp.0
Communication dans un congrès hal-04044242v1

Incidence d'une déficience en fibres alimentaires sur l'écosystème cæcal du lapereau. Modulation par l'apport de levures probiotiques.

Moussa Kimse , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Corine Bayourthe , Valérie Monteils
13. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2009, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02753400v1

Réponse de l'écosystème digestif de lapins EOPS à une reproduction expérimentale de l'EEL par l'inoculum standard TEC4

Sylvie Combes , Flora Nice , Dominique Licois , Laurent L. Cauquil , Laurence Fortun-Lamothe
13. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2009, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02757785v1

Évolution spontanée de la communauté bactérienne ruminale selon la nature de la ration.

Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes
3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02752068v1

Comparative study of archaeal community in the digestive ecosystem of the rabbit and cow gut reveals strong host species and compartment effects

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne , Valérie Monteils
6. INRA-RRI Symposium Gut Microbiome Functionality, interaction with host and impact on the environment, Jun 2008, Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-02750953v1

Characterization of bacterial communities in caecum, hard and soft feces of rabbit using 16S rRNA genes capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism (CE-SSCP).

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne , Valérie Monteils
9th World Rabbit Congress, Jun 2008, Vérone, Italy
Communication dans un congrès hal-02756236v1

Analyse canonique régularisée pour l'étude de relations entre mesures sensorielles et instrumentales de la qualité de la viande de lapin

Sébastien Dejean , Sylvie Combes , Ignacio González , Catherine Larzul , Laurent Cauquil
10. Journées Européennes Agro-Industrie et Méthodes Statistiques, Jan 2008, Louvain-La-Neuve, Belgique
Communication dans un congrès hal-01193502v1

Impact of an exclusive milk vs. milk and dry feed intake till weaning on intake, growth, and on the caecal biodiversity and fibrolytic activity of the young rabbit.

Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
9th World Rabbit Congress, Jun 2008, Vérone, Italy
Communication dans un congrès hal-02754040v1

I. Evaluation de la qualité des carcasses de trois lots de lapins commerciaux (standard, certifié et Label) en abattoir industriel par 41 mesures physico-chimiques simples, rapides et peu coûteuses

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Laurent L. Cauquil , M.C. Clochard , Beatrice Gabinaud
12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02755855v1

Caractérisation comparée des communautés bactériennes du contenu cæcal, des cæcotrophes et des fæces dures chez le lapin adulte par CE-SSCP des gènes codant pour l'ARN16S

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne , Valérie Monteils
12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02750978v1

Caractérisation comparée des communautés bactériennes du contenu cæcal, des cæcotrophes et des fæces dures chez le lapin par PCR-SSCP

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Valérie Monteils , Thierry Gidenne
2. Journées d'Animation Scientifique du Département Physiologie Animale et Système d'Elevage, Oct 2007, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02752481v1

Comparative molecular inventory of two microbial digestive ecosystems : the rabbit caecum and the dairy cow rumen

Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Jean-Jacques Godon , Thierry Gidenne
1. Reunion cientifica : Avances Moetodologicos en el Estudio de la Microbiologia Digestiva, May 2007, Saragosse, Spain. 2 p
Communication dans un congrès hal-02812706v1

Inventaire des bactéries caecales du lapin par clonage aléatoire : résultats et perspectives

Laurent L. Cauquil , Valérie Monteils , Jean-Jacques Godon , Geraldine Mastin , Sylvie Combes
12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02752881v1

II. Mise au point d'un système de discrimination simple et rapide de 3 lots commerciaux de lapins : standard CCP et Label

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Laurent L. Cauquil , M.C. Clochard , Beatrice Gabinaud
12. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2007, Le Mans, France
Communication dans un congrès hal-02753783v1

Caractérisation des communautés bactériennes dans le rumen et les feces de bovins adultes par PCR-SSCP

Rory Michelland , Valérie Monteils , Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
3. Colloque d'Ecologie Microbienne (AFEM), Oct 2007, La Grande Motte, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02817719v1

La Luzerne : un atout pour une viande enrichie en Oméga3

Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
Journée Nationale sur l'élevage du lapin de chair, Nov 2006, Pacé, France
Communication dans un congrès hal-02750904v1

Behaviour of live yeast Biosaf® Sc 47 during digestive transit in dairy cows

Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Etienne Auclair , Corine Bayourthe
5. Joint RRI-INRA Gastrointestinal Tract Microbiology Symposium, Jun 2006, Aberdeen, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02757135v1
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Inventaire moleculaire de l'écosystème caecal du lapin : résultats préliminaires

Laurent L. Cauquil , Valérie Monteils , Jean-Jacques Godon , Geraldine Mastin , Sylvie Combes
Journées de Restitution du Département PHASE, Sep 2006, Tours, France. n.p
Communication dans un congrès hal-02813148v1
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Aptitude des méthodes physico-chimiques à décrire les caractéristiques sensorielles perçues par un jury entraîné à la dégustation de la viande de lapin

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Nathalie Jehl , Herve H. Juin , M.C. Clochard
11èmes Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2005, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02763342v1

Comparaison lapin "Bio"/lapin standard : Analyses sensorielles et tendreté mécanique de la viande

Sylvie Combes , F. Lebas , Herve Juin , Lionel Lebreton , T. Martin
10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02759820v1

Influence de trois modes de logement des lapins sur la qualité de la viande

Sylvie Combes , G. Postollec , N. Jehl , Laurent Cauquil , B. Darche
10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02764004v1

Comparaison lapin "Bio"/lapin standard : Caractéristiques des carcasses et composition chimique de 6 muscles de la cuisse

Sylvie Combes , F. Lebas , Lionel Lebreton , T. Martin , N. Jehl
10. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2003, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02760716v1

Effect of selection on body size at fixed age on muscle characteristics in rabbit

Florence Gondret , Catherine Larzul , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , B. Darche
7. World congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2002, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02762061v1

Tendreté mécanique du muscle longissimus dorsi de lapin : étude méthodologique

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Florence Gondret , Laurent L. Cauquil , B. Darche
9. Journées de la Recherche Cunicole en France, 2001, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02763294v1

Caractérisation physico-chimique et rhéologique de la viande de lapin. Application à la comparaison de lapins label et standard

Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes , Nathalie Jehl , Beatrice Darche , François Lebas
9. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2001, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02763566v1
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The potential of microbiota information to better predict efficiency traits in growing pigs fed a conventional and a high-fiber diet

Vanille Déru , Francesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil
Genetics Selection Evolution, 2024, 56 (1), pp.8. ⟨10.1186/s12711-023-00865-4⟩
Article dans une revue hal-04406063v1
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The Early Life Microbiota Is Not a Major Factor Underlying the Susceptibility to Postweaning Diarrhea in Piglets

Martin Beaumont , Corinne Lencina , Allan Bertide , Lise Gallo , Céline Barilly
Microbiology Spectrum, 2023, 11 (4), ⟨10.1128/spectrum.00694-23⟩
Article dans une revue hal-04400310v1
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Integrating data from spontaneous and induced trans-10 shift of ruminal biohydrogenation reveals discriminant bacterial community changes at the OTU level

Francis Enjalbert , Asma Zened , Laurent Cauquil , Annabelle Meynadier
Frontiers in Microbiology, 2023, 13, pp.1012341. ⟨10.3389/fmicb.2022.1012341⟩
Article dans une revue hal-04029019v1

Genetic relationships between efficiency traits and gut microbiota traits in growing pigs fed a conventional or a high fiber diet

Vanille Déru , Alban Bouquet , Olivier Zemb , Benoît Blanchet , Marie-Léa de Almeida
Journal of Animal Science, 2022, 100 (6), pp.skac183. ⟨10.1093/jas/skac183⟩
Article dans une revue hal-03671011v1
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Microbiability and microbiome-wide association analyses of feed efficiency and performance traits in pigs

Amir Aliakbari , Olivier Zemb , Laurent Cauquil , Céline Barilly , Yvon Billon
Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), 15 p. ⟨10.1186/s12711-022-00717-7⟩
Article dans une revue hal-03650709v1
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Developmental Stage, Solid Food Introduction and Suckling Cessation Differentially Influence the Co-maturation of the Gut Microbiota and Intestinal Epithelium in Rabbits

Martin Beaumont , Eloïse Mussard , Céline Barilly , Corinne Lencina , Laure Gress
Journal of Nutrition, 2022, 152 (3), pp.723-736. ⟨10.1093/jn/nxab411⟩
Article dans une revue hal-03480940v1
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Gut microbiota and host genetics contribute to the phenotypic variation of digestive and feed efficiency traits in growing pigs fed a conventional and a high fiber diet

Vanille Déru , Francesco Tiezzi , Céline Carillier-Jacquin , Benoit Blanchet , Laurent Cauquil
Genetics Selection Evolution, 2022, 54 (1), pp.55. ⟨10.1186/s12711-022-00742-6⟩
Article dans une revue hal-03749652v1
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Early Introduction of Plant Polysaccharides Drives the Establishment of Rabbit Gut Bacterial Ecosystems and the Acquisition of Microbial Functions

Charlotte Paës , Thierry Gidenne , Karine Bébin , Joël Duperray , Charly Gohier
mSystems, 2022, 18 p. ⟨10.1128/msystems.00243-22⟩
Article dans une revue hal-03699002v1
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The phenotype of the gut region is more stably retained than developmental stage in piglet intestinal organoids

Eloïse Mussard , Corinne Lencina , Lise Gallo , Céline Barilly , Maryse Poli
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2022, 10, 14 p. ⟨10.3389/fcell.2022.983031⟩
Article dans une revue hal-03788364v1
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Bacterial Consumption of T4 Phages

Jean-Jacques Godon , Ariane Bize , Hoang Ngo , Laurent Cauquil , Mathieu Almeida
Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩
Article dans une revue hal-03386267v1
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Impact of feed restriction and fragmented feed distribution on performance, intake behaviour and digestion of the growing rabbit

Mélanie Martignon , Christine Burel , Laurent Cauquil , Sylvie Combes , Thierry Gidenne
Article dans une revue hal-03289744v1
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The intestinal microbial composition in Greylag geese differs with steatosis induction mode: spontaneous or induced by overfeeding

Christelle Knudsen , Julien Arroyo , Maxime Even , Laurent Cauquil , Géraldine Pascal
Animal Microbiome, 2021, 3 (1), ⟨10.1186/s42523-020-00067-z⟩
Article dans une revue hal-03109374v1

Gut Microbiota-Derived Metabolite Signature in Suckling and Weaned Piglets

Martin Beaumont , Laurent Cauquil , Allan Bertide , Ingrid Ahn , Céline Barilly
Journal of Proteome Research, 2021, 20 (1), pp.982-994. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00745⟩
Article dans une revue hal-03087209v1
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Dietary composition and yeast-microalgae combination supplementation modulate the microbial ecosystem in the caecum, colon and faeces of horses

Pauline Grimm , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Véronique Julliand
British Journal of Nutrition, 2020, 123 (4), pp.372-382. ⟨10.1017/S0007114519002824⟩
Article dans une revue hal-02381031v1
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Early inoculation of microbial suspension in suckling piglets affects the transmission of maternal microbiota and the associated antibiotic resistance genes

Caroline Achard , Véronique Dupouy-Guiraute , Laurent Cauquil , Nathalie Arpaillange , Alain Bousquet‐mélou
Microorganisms, 2020, 8 (10), pp.1576. ⟨10.3390/microorganisms8101576⟩
Article dans une revue hal-03106275v1

Effect of Litter Treatment on Campylobacter jejuni in Broilers and on Cecal Microbiota

Amandine Thépault , Xavier Roulleau , Pauline Loiseau , Laurent Cauquil , Typhaine Poezevara
Pathogens, 2020, 9 (5), ⟨10.3390/pathogens9050333⟩
Article dans une revue hal-02902714v1
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Absolute quantitation of microbes using 16S rRNA gene metabarcoding: A rapid normalization of relative abundances by quantitative PCR targeting a 16S rRNA gene spike‐in standard

Olivier Zemb , Caroline Achard , Jérôme Hamelin , Marie‐léa de Almeida , Beatrice Gabinaud
MicrobiologyOpen, 2020, 9 (3), Non paginé. ⟨10.1002/mbo3.977⟩
Article dans une revue hal-02625681v1
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Gut microbiota derived metabolites contribute to intestinal barrier maturation at the suckling-to-weaning transition

Martin Beaumont , Charlotte Paes , Eloïse Mussard , Christelle Knudsen , Laurent Cauquil
Gut microbes, 2020, 11 (5), pp.1268-1286. ⟨10.1080/19490976.2020.1747335⟩
Article dans une revue hal-02564848v1
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Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding

Hélène Falentin , Lucas Auer , Mahendra Mariadassou , Géraldine Pascal , Olivier Rué
Le Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 2019 (97), pp.1-23
Article dans une revue hal-02311421v1
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Variability of the Ability of Complex Microbial Communities to Exclude Microbes Carrying Antibiotic Resistance Genes in Rabbits

Caroline Achard , Véronique Dupouy-Guiraute , Suzanne Siviglia , Nathalie Arpaillange , Laurent Cauquil
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.01503⟩
Article dans une revue hal-02619189v1
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Diversity and Co-occurrence Pattern Analysis of Cecal Microbiota Establishment at the Onset of Solid Feeding in Young Rabbits

Tehya Read , Laurence Fortun-Lamothe , Géraldine Pascal , Malo Le Boulch , Laurent Cauquil
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, Non paginé. ⟨10.3389/fmicb.2019.00973⟩
Article dans une revue hal-02154596v1
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FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution

Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil
Bioinformatics, 2018, 34 (8), pp.1287-1294. ⟨10.1093/bioinformatics/btx791⟩
Article dans une revue hal-02626808v1
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Fumonisin-Exposure Impairs Age-Related Ecological Succession of Bacterial Species in Weaned Pig Gut Microbiota

Ivan Mateos , Sylvie Combes , Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Céline Barilly
Toxins, 2018, 10 (6), pp.230. ⟨10.3390/toxins10060230⟩
Article dans une revue hal-01829232v1
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Impact of feed restriction and housing hygiene conditions on specific and inflammatory immune response, the cecal bacterial community and the survival of young rabbits

Sylvie Combes , Katia Julian , Océane Martin , Hauteclaire Furbeyre , Laurent Cauquil
Animal, 2017, 11 (5), pp.854-863. ⟨10.1017/S1751731116002007⟩
Article dans une revue hal-01605508v1
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Interaction between Live Yeast and Dietary Rumen Degradable Protein Level: Effects on Diet Utilization in Early-Lactating Dairy Cows

Christine Julien , Jean Philippe Marden , Eric Auclair , Raymond Moncoulon , Laurent Cauquil
Agricultural Sciences, 2015, 06 (01), pp.1-13. ⟨10.4236/as.2015.61001⟩
Article dans une revue hal-02634862v1

Establishment of ruminal bacterial community in dairy calves from birth to weaning is sequential over three periods

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Olivier O. Bouchez
Journal of Applied Microbiology, 2014, 116 (2), pp.245-257. ⟨10.1111/jam.12405⟩
Article dans une revue hal-02641546v1

Coprophagous behavior of rabbit pups affects implantation of cecal microbiota and health status

Sylvie Combes , Thierry Gidenne , Laurent L. Cauquil , Olivier O. Bouchez , Laurence Fortun-Lamothe
Journal of Animal Science, 2014, 92 (2), pp.652-665. ⟨10.2527/jas.2013-6394⟩
Article dans une revue hal-02640171v1

Acaricidal activity of five essential oils of Ocimum species on Rhipicephalus (Boophilus) microplus larvae.

Thomas Hüe , Laurent Cauquil , Jean-Baptiste Hzounda Fokou , Pierre Michel Jazet Dongmo , Issakou Bakarnga-Via
Parasitology Research, 2014, pp.1-9. ⟨10.1007/s00436-014-4164-6⟩
Article dans une revue hal-01092340v1
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Lactobacillus sakei modulates mule duck microbiota in ileum and ceca during overfeeding

Florian Vasaï , Karine Brugirard Ricaud , Laurent Cauquil , Patrick Daniel , Céline Peillod
Poultry Science, 2014, 93, pp.916 - 925. ⟨10.3382/ps.2013-03497⟩
Article dans une revue hal-04207073v1

OligoSpecificitySystem: global matching efficiency calculation of oligonucleotide sets taking into account degeneracy and mismatch possibilities

Rory Michelland , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 2014, 9 (4), pp.417-423. ⟨10.1504/IJDMB.2014.062148⟩
Article dans une revue hal-02633626v1

Overfeeding and genetics affect the composition of intestinal microbiota in Anas platyrhynchos (Pekin) and Cairina moschata (Muscovy) ducks

Florian Vasaï , Karine Ricaud , Marie-Dominique M.-D. Bernadet , Laurent L. Cauquil , Olivier O. Bouchez
FEMS Microbiology Ecology, 2014, 87 (1), pp.204-216. ⟨10.1111/1574-6941.12217⟩
Article dans une revue hal-02636624v1

Engineering the rabbit digestive ecosystem to improve digestive health and efficacy

Sylvie Combes , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
Animal, 2013, 7 (9), pp.1429-1439. ⟨10.1017/S1751731113001079⟩
Article dans une revue hal-02646934v1
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Microbial ecology of the rumen evaluated by 454 GS FLX pyrosequencing is affected by starch and oil supplementation of diets

Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Jérôme J. Mariette , Christophe C. Klopp
FEMS Microbiology Ecology, 2013, 83 (2), pp.504-514. ⟨10.1111/1574-6941.12011⟩
Article dans une revue hal-02648977v1
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Modification of activities of the ruminal ecosystem and its bacterial and protozoan composition during repeated dietary changes in cows

Valérie Monteils , Mikael Rey , Mathieu Silberberg , Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes
Journal of Animal Science, 2012, 90 (12), pp.4431-4440. ⟨10.2527/jas.2011-4321⟩
Article dans une revue hal-02642559v1

Live yeast stability in rabbit digestive tract : Consequences on the caecal ecosystem, digestion, growth and digestive health

Moussa Kimse , Corine Bayourthe , Valérie Monteils , Laurence Fortun-Lamothe , Laurent L. Cauquil
Animal Feed Science and Technology, 2012, 173 (3-4), pp.235-243. ⟨10.1016/j.anifeedsci.2012.01.012⟩
Article dans une revue hal-02650603v1
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Analyse comparée des écosystèmes digestifs du rumen de la vache et du caecum du lapin

Rory Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Corine Bayourthe , Laurent L. Cauquil
INRA Productions Animales, 2012, 25 (5), pp.395-406
Article dans une revue hal-02642370v1

Postnatal development of the rabbit caecal microbiota composition and activity

Sylvie Combes , Rory Michelland , Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Vincent Soulié
FEMS Microbiology Ecology, 2011, 77 (3), pp.680-689. ⟨10.1111/j.1574-6941.2011.01148.x⟩
Article dans une revue hal-02647613v1

Effects of stocking density on the growth performance and digestive microbiota of broiler chickens

Sarah S. Guardia , Barbara B. Konsak , Sylvie Combes , Florence F. Levenez , Laurent L. Cauquil
Poultry Science, 2011, 90 (9), pp.1878-1889. ⟨10.3382/ps.2010-01311⟩
Article dans une revue hal-01000465v1

Starch and oil in the donor cow diet and starch in substrate differently affect the in vitro ruminal biohydrogenation of linoleic and linolenic acids

Asma Zened , Annabelle Troegeler-Meynadier , Marie-Claude Nicot , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
Journal of Dairy Science, 2011, 94 (11), pp.5634-5645. ⟨10.3168/jds.2011-4491⟩
Article dans une revue hal-02652174v1

Changes over time in the bacterial communities associated with fluid and food particles and the ruminal parameters in the bovine rumen before and after a dietary change

Rory Michelland , Valérie Monteils , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
Canadian Journal of Microbiology, 2011, 57 (8), pp.629-637. ⟨10.1139/W11-053⟩
Article dans une revue hal-02647485v1
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Rapid adaptation of the bacterial community in the growing rabbit caecum after a change in dietary fibre supply

Rory Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
Animal, 2011, 5 (11), pp.1761-1768. ⟨10.1017/S1751731111001005⟩
Article dans une revue hal-02650069v1

Random changes in the heifer rumen in bacterial community structure, physico-chemical and fermentation parameters, and in vitro fiber degradation

Valérie Monteils , Mikael Rey , Laurent L. Cauquil , Annabelle Troegeler-Meynadier , Mathieu Silberberg
Livestock Science, 2011, 141 (2-3), pp.104-112. ⟨10.1016/J.LIVSCI.2011.05.008⟩
Article dans une revue hal-02645940v1

Temperature and duration of heating of sunflower oil affect ruminal biohydrogenation of linoleic acid in vitro

Florence Privé , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Yves Farizon , Francis Enjalbert
Journal of Dairy Science, 2010, 93 (2), pp.711-722. ⟨10.3168/jds.2009-2534⟩
Article dans une revue hal-02655429v1

Influence of cage or pen housing on carcass traits and meat quality of rabbit

Sylvie Combes , Gilbert Postollec , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
Animal, 2010, 4, pp.295-302. ⟨10.1017/S1751731109991030⟩
Article dans une revue hal-02662629v1

Comparison of the archaeal community in the fermentative compartment and faeces of the cow and the rabbit

Rory Julien Michelland , Valérie Monteils , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
Anaerobe, 2010, 16 (4), pp.396-401. ⟨10.1016/j.anaerobe.2010.04.004⟩
Article dans une revue hal-02665214v1

Molecular analysis of the bacterial community in digestive tract of rabbit

R. J. Michelland , Sylvie Combes , Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Thierry Gidenne
Anaerobe, 2010, 16 (2), pp.61-65. ⟨10.1016/j.anaerobe.2009.05.002⟩
Article dans une revue hal-02658284v1

Spatial and temporal variations of the bacterial community in the bovine digestive tract

R. J. Michelland , Valérie Monteils , Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
Journal of Applied Microbiology, 2009, 107, pp.1642-1650. ⟨10.1111/j.1365-2672.2009.04346.x⟩
Article dans une revue hal-02655667v1

Relationships between sensory and physicochemical measurements in meat of rabbit from three different breeding systems using canonical correlation analysis

Sylvie Combes , Ignacio González , Sébastien Dejean , Alain Baccini , Nathalie Jehl
Meat Science, 2008, 80 (3), pp.835-841. ⟨10.1016/j.meatsci.2008.03.033⟩
Article dans une revue hal-00660479v1

Potential core species and satellite species in the bacterial community within the rabbit caecum

Valérie Monteils , Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes , Jean-Jacques Godon , Thierry Gidenne
FEMS Microbiology Ecology, 2008, 66 (3), pp.620-629. ⟨10.1111/j.1574-6941.2008.00611.x⟩
Article dans une revue hal-02667528v1

Ability of physico-chemical measurements to discriminate rabbit meat from three different productive processes

Sylvie Combes , Catherine Larzul , Nathalie Jehl , Laurent L. Cauquil , Beatrice Gabinaud
Journal of the Science of Food and Agriculture, 2007, 87, pp.2302-2309. ⟨10.1002/jsfa.2988⟩
Article dans une revue hal-02661141v1

La luzerne déshydratée: Une source d'acides gras oméga-3 pour le lapin

Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
Cuniculture Magazine, 2006, 33, pp.71-77
Article dans une revue hal-02657823v1

Viande de lapin et oméga 3: Une alimentation riche en luzerne permet d'enrichir la viande des lapins en oméga 3

Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil
La revue française de la recherche en viandes et produits carnés, 2006, 25 (2), pp.31-35
Article dans une revue hal-02653356v1
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Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote.

Maria Bernard , Olivier Rué , Malo Le Boulch , Jean Mainguy , Laurent Cauquil
DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France
Poster de conférence hal-03851900v1
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Individual sPLS on ruminal bacterial community of 2 lambs responding differently to a high starch diet to discriminate potential clusters producing trans10-18:1 and trans11-18:1 fatty acids

Annabelle Meynadier , Laurent Cauquil , Francis Enjalbert , Monica Costa , Susana P.Alves
10. International Symposium of the Nutrition of Herbivores, Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge Universtiy Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), p.381, 2018, Proceedings of the 10 th International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH)
Poster de conférence hal-02872079v1
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FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution

Frédéric Escudie , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Katia Vidal
Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics
Poster de conférence hal-01886389v1

How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?

Lucas Auer , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou , Céline Delbes , Eric Dugat-Bony
JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
Poster de conférence hal-01195512v1

Implantation du microbiote et mise en place des fonctions du rumen chez le veau de race laitière.

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Sylvie Combes , Christine Julien , Laurent L. Cauquil
5. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2013), Oct 2013, Paris, France. 2013
Poster de conférence hal-02809301v1

Study of the effect of Live Yeast Saccharomyces cerevisiae (CNCM I-4407) on ruminal bacterial community in lactating dairy cows using 454 GS FLX pyrosequencing

Christine Julien , Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes , Olivier O. Bouchez , Jean-Philippe Marden
8.INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology, Jun 2012, Clermont-Ferrand, France. , 187 p., 2012, 8th INRA-Rowett Symposium on Gut Microbiology. Gut Microbiota: friend or foe ?
Poster de conférence hal-02747665v1
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Impact de la densité d'élevage sur les performances de croissance et l’équilibre du microbiote digestif du poulet de chair

Sarah S. Guardia , Barbara B. Konsak , Sylvie Combes , Florence F. Levenez , Laurent L. Cauquil
4. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2012), Jan 2012, Rennes, France. 2012
Poster de conférence hal-02810605v1
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The ruminal level of trans-10 fatty acids of dairy cows is linked to the composition of bacterial community

Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Jérôme J. Mariette , Chloé Rousseau
4. Congress of European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011
Poster de conférence hal-02806622v1
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Etude par pyroséquençage haut débit (454) de l'implantation des bactéries au niveau du rumen du veau laitier, de sa naissance au sevrage

Mikael Rey , Francis Enjalbert , Laurent L. Cauquil , Sylvie Combes , Valérie Monteils
Journée Scientifique SEVAB, Oct 2011, Toulouse, France. pp.1, 2011
Poster de conférence hal-02805484v1
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Ruminal bacterial community change in response to diet-induced variation of ruminal trans-10 fatty acids

Asma Zened , Sylvie Combes , Laurent L. Cauquil , Francis Enjalbert , Annabelle Troegeler-Meynadier
4. Congress European Microbiologists, FEMS, Jun 2011, Genève, Switzerland. 1p, 2011
Poster de conférence hal-02809835v1
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From high throughput 454 GS FLX data analysis process of 16S RNA gene sequences using barcoding to bacterial community exploration

Laurent Cauquil , Jérôme Mariette , Christine Rousseau , Asma Zened , Francis Enjalbert
4th Congress of European Microbiologists, Jun 2011, Genève, Switzerland. pp.0, 2011
Poster de conférence hal-04041509v1
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Effect of cow diet on the ruminal microflora and its in vitro fatty acid production

Annabelle Troegeler-Meynadier , Clara Palagiano , Valérie Monteils , Laurent Cauquil , Francis Enjalbert
6th INRA-RRI Symposium, Jun 2008, Clermont-Ferrand, France. pp.0, 2008
Poster de conférence hal-04044769v1
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Introduction au logiciel R

Laurent Cauquil
Licence. (Introduction au logiciel R), 2019
Cours hal-02789980v1
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Formation FROGS juillet 2019

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil
Master. (Trainingon Galaxy : Metagenomics / ITS analysisin FROGS ? / Trainingon Galaxy: Statistics to explore metagenomics), 2019
Cours hal-02790029v1
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Février_2017_Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS

Géraldine Pascal , Laurent Cauquil , Maria Bernard
2017
Cours hal-02785427v1
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FROGS Training on Galaxy : Metagenomics November 2017

Frédéric Escudié , Lucas Auer , Maria Bernard , Laurent Cauquil , Sarah Maman
Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 270 p
Cours hal-02791696v1
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FROGS Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics

Maria Bernard , Géraldine Pascal , Mahendra Mariadassou , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou
Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics - FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 116 p
Cours hal-02788316v1
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Le microbiote digestif : un acteur de la préservation de notre santé

Sylvie Combes , Laurent Cauquil
Master. Bio-Ingénierie : santé, aliments (BING) (microbiote digestif : un acteur de la préservation de notre santé), 2016, 107 p
Cours hal-02792977v1