Lucie Tamisier

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  • Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL)
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Mes travaux de recherche visent à répondre à l’enjeu de la durabilité des résistances. En effet, l’utilisation de variétés de plantes génétiquement résistantes est un des principaux moyens d’action pour lutter contre les maladies des plantes. Néanmoins, la capacité des agents pathogènes à s’adapter à ces variétés après seulement quelques années de culture rend nécessaire la recherche de résistances à la fois efficaces et durables. Après avoir exploré cette thématique sur le modèle piment - Potato virus Y, j’étudie actuellement le modèle melon - Watermelon mosaic virus. Mes travaux allient la génétique quantitative appliquée à la plante et à l’agent pathogène (cartographie de QTL, GWAS et co-GWAS), la biologie évolutive (évolution expérimentale) ainsi que la bioinformatique.

Publications

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Publications

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Within-plant genetic drift to control virus adaptation to host-resistance genes

Lucie Tamisier , Frédéric Fabre , Marion Szadkowski , Lola Chateau , Ghislaine Nemouchi et al.
PLoS Pathogens, 2024, 20 (8), pp.e1012424. ⟨10.1371/journal.ppat.1012424⟩
Article dans une revue hal-04670293 v1
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Correction: Haegeman et al. Looking beyond Virus Detection in RNA Sequencing Data: Lessons Learned from a Community-Based Effort to Detect Cellular Plant Pathogens and Pests. Plants 2023, 12, 2139

Annelies Haegeman , Yoika Foucart , Kris de Jonghe , Thomas Goedefroit , Maher Al Rwahnih et al.
Plants, 2024, 13 (5), pp.623. ⟨10.3390/plants13050623⟩
Article dans une revue hal-04617460 v1
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Unveiling pepper immunity’s robustness to temperature shifts: insights for empowering future crops

William Billaud , Judith Hirsch , Valentin Ribaut , Lucie Tamisier , Anne Massire et al.
Horticulture research, 2024, 11 (11), pp.uhae239. ⟨10.1093/hr/uhae239⟩
Article dans une revue hal-04676704 v1
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Detection of single nucleotide polymorphisms in virus genomes assembled from high-throughput sequencing data: large-scale performance testing of sequence analysis strategies

Johan Rollin , Rachelle Bester , Yves Brostaux , Kadriye Caglayan , Kris de Jonghe et al.
PeerJ, 2023, 11, pp.e15816. ⟨10.7717/peerj.15816⟩
Article dans une revue hal-04185674 v1
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Going beyond consensus genome sequences: an innovative SNP-based methodology reconstructs different Uganda cassava brown streak virus haplotypes at a nationwide scale in Rwanda.

Chantal Nyirakanani , Lucie Tamisier , Jean Pierre Bizimana , Johan Rollin , Athanase Nduwumuremyi et al.
Virus Evolution, In press, ⟨10.1093/ve/vead053⟩
Article dans une revue hal-04193124 v1
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Looking beyond virus detection in RNA sequencing data: Lessons learned from a community-based effort to detect cellular plant pathogens and pests

Annelies Haegeman , Yoika Foucart , Kris de Jonghe , Thomas Goedefroit , Maher Al Rwahnih et al.
Plants, 2023, 12 (11), pp.2139. ⟨10.3390/plants12112139⟩
Article dans une revue hal-04117624 v1
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Long-Term Anthropogenic Management and Associated Loss of Plant Diversity Deeply Impact Virome Richness and Composition of <i>Poaceae</i> Communities

François Maclot , Virginie Debue , Carolyn M Malmstrom , Denis Filloux , Philippe Roumagnac et al.
Microbiology Spectrum, 2023, 11 (2), pp.e04850-22. ⟨10.1128/spectrum.04850-22⟩
Article dans une revue hal-04061715 v1
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Concurrent evolution of resistance and tolerance to potato virus Y in Capsicum annuum revealed by genome‐wide association

Lucie Tamisier , Marion Szadkowski , Gregory Girardot , Caroline Djian-Caporalino , Alain Palloix et al.
Molecular Plant Pathology, 2022, 23, pp.254-264. ⟨10.1111/mpp.13157⟩
Article dans une revue hal-03418676 v1

Facilitating the adoption of high‐throughput sequencing technologies as a plant pest diagnostic test in laboratories: A step‐by‐step description

Benedicte Lebas , Ian Adams , Maher Al Rwahnih , Steve Baeyen , Guillaume J. Bilodeau et al.
EPPO Bulletin, 2022, 52 (2), pp.394-418. ⟨10.1111/epp.12863⟩
Article dans une revue hal-03753454 v1
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Guidelines for the reliable use of high throughput sequencing technologies to detect plant pathogens and pests

Sebastien Massart , Ian Adams , Al Rwahnih , Steve Baeyen , Guillaume J Bilodeau et al.
Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e62. ⟨10.24072/pcjournal.181⟩
Article dans une revue hal-03915292 v1

Detection of Banana Mild Mosaic Virus in Musa In Vitro Plants: High-Throughput Sequencing Presents Higher Diagnostic Sensitivity Than (IC)-RT-PCR and Identifies a New Betaflexiviridae Species

Marwa Hanafi , Wei Rong , Lucie Tamisier , Chadi Berhal , Nicolas Roux et al.
Plants, 2022, 11 (2), pp.226. ⟨10.3390/plants11020226⟩
Article dans une revue hal-04107139 v1

Molecular and biological characterization of a new mulberry idaeovirus

Kahraman Gürcan , Sibel Turan , Saffet Teber , İlyas Kılınçer , İbrahim Uz et al.
Virus Research, 2021, 298, pp.198411. ⟨10.1016/j.virusres.2021.198411⟩
Article dans une revue hal-04107143 v1
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A Primer on the Analysis of High-Throughput Sequencing Data for Detection of Plant Viruses

Denis Kutnjak , Lucie Tamisier , Ian Adams , Neil Boonham , Thierry Candresse et al.
Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.841. ⟨10.3390/microorganisms9040841⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03200602 v1

A Survey Using High-Throughput Sequencing Suggests That the Diversity of Cereal and Barley Yellow Dwarf Viruses Is Underestimated

Merike Sõmera , Sébastien Massart , Lucie Tamisier , Pille Sooväli , Kanitha Sathees et al.
Frontiers in Microbiology, 2021, 12, ⟨10.3389/fmicb.2021.673218⟩
Article dans une revue hal-04107128 v1

Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection

Lucie Tamisier , Annelies Haegeman , Yoika Foucart , Nicolas Fouillien , Maher Al Rwahnih et al.
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.62⟩
Article dans une revue hal-04107125 v1

Identification, molecular and biological characterization of two novel secovirids in wild grass species in Belgium

François Maclot , Virginie Debue , Arnaud Blouin , Núria Fontdevila Pareta , Lucie Tamisier et al.
Virus Research, 2021, 298, pp.198397. ⟨10.1016/j.virusres.2021.198397⟩
Article dans une revue hal-03239259 v1

Complete Sequence, Genome Organization and Molecular Detection of Grapevine Line Pattern Virus, a New Putative Anulavirus Infecting Grapevine

Toufic Elbeaino , Levente Kontra , Emese Demian , Nikoletta Jaksa-Czotter , Amani Ben Slimen et al.
Viruses, 2020, 12 (6), pp.602. ⟨10.3390/v12060602⟩
Article dans une revue hal-04107148 v1

Identification of Divergent Isolates of Banana Mild Mosaic Virus and Development of a New Diagnostic Primer to Improve Detection

Marwa Hanafi , Rachid Tahzima , Sofiene Ben Kaab , Lucie Tamisier , Nicolas Roux et al.
Pathogens, 2020, 9 (12), pp.1045. ⟨10.3390/pathogens9121045⟩
Article dans une revue hal-04107146 v1

Sixty years after the first description: Genome sequence and biological characterization of European wheat striate mosaic virus infecting cereal crops

Merike Sõmera , Anders Kvarnheden , Cecile Desbiez , Dag-Ragnar Blystad , Pille Sooväli et al.
Phytopathology, 2020, 110, pp.68-79. ⟨10.1094/PHYTO-07-19-0258-FI⟩
Article dans une revue hal-02619429 v1
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Genome-wide association mapping of QTLs implied in potato virus Y population sizes in pepper: evidence for widespread resistance QTL pyramiding.

Lucie Tamisier , Marion Szadkowski , Ghislaine Nemouchi , Véronique Lefebvre , Emmanuel Szadkowski et al.
Molecular Plant Pathology, 2020, 21 (1), pp.03-16. ⟨10.1111/mpp.12874⟩
Article dans une revue hal-02315849 v2
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Impact of genetic drift, selection and accumulation level on virus adaptation to its host plants

Elsa Rousseau , Lucie Tamisier , Frédéric Fabre , Vincent Simon , Marion Szadkowski et al.
Molecular Plant Pathology, 2018, 19 (12), pp.2575-2589. ⟨10.1111/mpp.12730⟩
Article dans une revue hal-01953902 v1

No inbreeding depression in laboratory-reared individuals of the parasitoid wasp Allotropa burrelli

Bastien Quaglietti , Lucie Tamisier , Geraldine Groussier , Alexandre Fleisch , Isabelle Le Goff et al.
Ecology and Evolution, 2017, 7 (3), pp.964 - 973. ⟨10.1002/ece3.2643⟩
Article dans une revue hal-01508169 v1
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Ecological and sanitary impacts of bacterial communities associated to biological invasions in African commensal rodent communities

C. Lippens , Christophe Diagne , Maxime Galan , Lucie Tamisier , Jonathan D’ambrosio et al.
Scientific Reports, 2017, 7 (1), art. 14995 [11 p.]. ⟨10.1038/s41598-017-14880-1⟩
Article dans une revue hal-01792669 v1

Quantitative trait loci in pepper control the effective population size of two RNA viruses at inoculation

Lucie Tamisier , Elsa Rousseau , Sebastien Barraillé , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski et al.
Journal of General Virology, 2017, 98 (7), pp.1923 - 1931. ⟨10.1099/jgv.0.000835⟩
Article dans une revue hal-01571391 v1
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16S rRNA amplicon sequencing for épidémiologie surveys of bacteria in wildlife

Maxime Galan , Maria Razzauti , Emilie Bard , Maria Bernard , Carine Brouat et al.
mSystems, 2016, 1 (4), pp.1-22. ⟨10.1128/mSystems.00032-16⟩
Article dans une revue hal-01595274 v1

Virus evolution faced to multiple host targets: The potyvirus—pepper case study

Lucie Tamisier , Severine Lacombe , Carole Caranta , Jean-Luc Gallois , Benoît Moury
Esteban Domingo; Peter Schuster; Santiago F. Elena; Celia Perales. Viral fitness and evolution. Population dynamics and adaptive mechanisms, 439, Springer International Publishing, pp.121-138, 2023, Current Topics in Microbiology and Immunology, 978-3-031-15639-7. ⟨10.1007/978-3-031-15640-3_3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03929799 v1

Peut-on prédire la durabilité des résistances ? Le cas des virus

Benoît Moury , Lucie Tamisier , Frédéric Fabre , Loup Rimbaud
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.297-307, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03131044 v1

La robustesse de l’immunité végétale : une piste pour assurer la stabilité des productions agricoles face aux stress environnementaux ?

Judith Hirsch , William Billaud , Lucie Tamisier , Félicie Lauri , Benoît Moury et al.
Réunion plénière 2023 du réseau ENVIE, Nov 2023, Sète, France
Communication dans un congrès hal-04670200 v1
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Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance

Thibaud Jayet , William Billaud , Lucie Tamisier , Marion Szadkowski , Catherine Wipf-Scheibel et al.
15. International symposium of plant virus epidemiology, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Madrid, spain, Jun 2022, Madrid, Spain
Communication dans un congrès hal-03689572 v1
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Change of paradigm for breeding disease resistant cultivars robust to varying environments: estimators of the robustness of plant immunity and promising genes for the future

William Billaud , Thibaud Jayet , Valentin Ribaut , Lucie Tamisier , Anne Massire et al.
European Scientific Conference – Towards Pesticide Free Agriculture “What research to meet the pesticides reduction objectives embedded in the European Green Deal?”, French Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE), Jun 2022, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-03737211 v1
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Robustesse de l'immunité du piment à Phytophthora capsici face à une perturbation thermique

William Billaud , Thibaud Jayet , Valentin Ribaut , Lucie Tamisier , Anne Massire et al.
13. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois (France), France. 1p
Communication dans un congrès hal-04133317 v1
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Potato virus Y adaptation to various resistance QTL combinations in pepper and impact on host tolerance

Thibaud Jayet , William Billaud , Lucie Tamisier , Marion Szadkowski , Catherine Wipf-Scheibel et al.
18. Rencontres de virologie végétale (RVV2021), Cirad; Inrae, Sep 2021, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-03368394 v1
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Experimental evolution of a plant RNA virus: a warning about spurious correlations when studying fitness changes

Lucie Tamisier , Frédéric Fabre , Marion Szadkowski , Ghislaine Nemouchi , Gregory Girardot et al.
18. Rencontres de virologie végétale (RVV 2021), INRAE; CIRAD, Sep 2021, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-03553147 v1
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Within-plant genetic drift to control virus adaptation

Lucie Tamisier , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski , Gregory Girardot , Frédéric Fabre et al.
5. Conférence Jacques Monod, Évolution virale sur le continuum mutualiste – parasite, Oct 2019, Roscoff, France
Communication dans un congrès hal-03553334 v1
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Genome-wide association mapping of loci implied in Potato virus Y resistance and tolerance in the pepper germplasm

Lucie Tamisier , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski , Gregory Girardot , Renaud Duboscq et al.
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 127 p
Communication dans un congrès hal-02734804 v1
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Genome-wide association mapping of loci involved in Potato virus Y resistance and tolerance in pepper germplasm

Lucie Tamisier , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski , Véronique Lefebvre , Emmanuel Szadkowski et al.
17. Eucarpia Meeting on Genetics and Breeding of Capsicum and Eggplant (2019), Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes (CTIFL). FRA.; Terralia. FRA.; Groupe d'Etude et de Contrôle des Variétés et des Semences (GEVES). FRA., Sep 2019, Avignon, France. 263 p
Communication dans un congrès hal-02734819 v1

Experimental evolution of Barley yellow dwarf virus in cultivated and wild Poaceae species

Lucie Tamisier , Catherine Colson , François Maclot , Peipei Zhang , Frederic Francis et al.
17e Rencontres de virologie végétale, Jan 2019, Aussois (France), France
Communication dans un congrès hal-04315120 v1

Taking control of virus adaptation by choosing host plant genotype

Benoît Moury , Frédéric Fabre , Elsa Rousseau , Lucie Tamisier
2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), European Society of Evolutionnary Biology (ESEB). INT., Aug 2018, Montpellier, France. 39 p
Communication dans un congrès hal-02787082 v1
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Impact of selection, genetic drift and viral accumulation on the evolution of a plant RNA virus

Lucie Tamisier , Gregory Girardot , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski , Alain Palloix et al.
16. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2017), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., Jan 2017, Aussois, France. 137 p
Communication dans un congrès hal-01606407 v1
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Quantitative trait loci in pepper genome control the effective population size of two RNA viruses at inoculation

Lucie Tamisier , Elsa Rousseau , Sebastien Barraillé , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski et al.
16. Eucarpia Capsicum and Eggplant meeting, Szent István University. Gödöllo, HUN., Sep 2016, Kecskemét, Hungary. 591 p
Communication dans un congrès hal-02738767 v1
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Impact of selection, genetic drift and viral accumulation on the evolution of a plant RNA virus

Lucie Tamisier , Gregory Girardot , Ghislaine Nemouchi , Marion Szadkowski , Alain Palloix et al.
13. International plant virus epidemiology symposium, Jun 2016, Avignon, France. 165 p
Communication dans un congrès hal-02739150 v1

Rôle des parasites dans le succès d’invasion : approche corrélative sur deux communautés parasitaires dans le contexte de l’invasion de <em>Mus musculus domesticus</em> au Sénégal

Christophe Amidi Diagne , Lucie Tamisier , Khalilou Ba , Nathalie Charbonnel , Jean-Francois J.-F. Cosson et al.
12th African Small mammals Symposium, Apr 2015, Mantasoa, Madagascar
Communication dans un congrès hal-02800359 v1

Utilisation de la métagénomique 16S pour la surveillance de l’émergence de zoonoses bactériennes dans les populations animales

Maxime Galan , Maria Razzauti Sanfeliu , Khalilou Bâ , Emilie Bard , Maria Bernard et al.
Troisième Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-02800485 v1