Magalie WEBER

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Affiliation actuelle
  • Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA)
Identifiants chercheurs

Présentation

Magalie Weber exerce des activités d’ingénierie de connaissances au sein de l’unité de recherche INRAE BIA (Biopolymères, Interactions, Assemblages) située à Nantes et elle supervise la construction de l’ontologie de domaine couvrant les recherches du département Transform (ontologie PO2/TransformON) sur l’ingénierie des aliments, bioproduits et résidus issus des systèmes agri-alimentaires. Elle est également chargée de mission à la Direction pour la Science Ouverte (DipSO) au sein du pôle Numérique pour la Science (Num4Sci) où elle contribue aux projets en lien avec la sémantique et le partage des données de la recherche. Son projet de recherche au sein de l'équipe Interfaces Systèmes Dispersés de BIA s’articule autour de la représentation des connaissances et le raisonnement lié à l’exploration des interactions entre constituants alimentaires et leurs assemblages dans les matrices alimentaires, en particulier les interactions protéines-lipides et protéines-polyphénols, dans l'optique de formuler des aliments sains, durables, nutritionnellement intéressants et sensoriellement satisfaisants. De formation d'ingénieur en agroalimentaire, Magalie a d'abord exercé des activités dans le secteur privé laitier en tant que responsable qualité & hygiène, avant de s'orienter vers des activités de veille et de développement de bases de données. Elle s'est ensuite intéressée aux technologies du web et du web sémantique, et aux ontologies. Elle a également été responsable éditoriale de la revue scientifique "Le Lait-Dairy Science & Technology" pendant une dizaine d'années après avoir rejoint l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) en 2005.


Compétences

ingénierie des connaissances ontologies web sémantique FAIRification science des aliments génie des procédés

Publications

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Publications

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Dataset for common wheat (Triticum aestivum L.) grain and flour characterization using classical and advanced analyses

Mélanie Munch , Laura Rezette , Patrice Buche , Baptiste Chambrey , Catherine Deborde et al.

Data in Brief, 2025, 59, pp.111375. ⟨10.1016/j.dib.2025.111375⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04937377v2
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Diversité des légumineuses dans les produits agroalimentaires sous marque : le positionnement africain par rapport à la situation mondiale (2010-2021)

Marie-Benoît Magrini , Tristan Salord , Guillaume Cabanac , Marie-Josephe Amiot , Cecile Barron et al.

Innovations Agronomiques, 2025, 99, pp.259-273. ⟨10.17180/ciag-2025-vol99-art21⟩

Article dans une revue hal-04929103v1
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Une ontologie pour considérer les multiples dimensions des systèmes agroalimentaires dans une approche circulaire et plus durable

Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux , Hervé Guillemin et al.

NOV'AE, 2025, régulier 04 NOV'AE, ⟨10.20870/Revue-NOVAE.2025.9752⟩

Article dans une revue hal-05362938v1
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Pulses in branded agri-food products: the African and global situation

Marie-Benoît Magrini , Tristan Salord , Guillaume Cabanac , Marie-Josephe Amiot , Cecile Barron et al.

Innovations Agronomiques, 2025, 99, pp.173-185. ⟨10.17180/ciag-2025-vol99-art16-GB⟩

Article dans une revue hal-05071357v1
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Crop diversity used in branded products with focus on legume species worldwide

Tristan Salord , Marie-Benoît Magrini , Valérie Lullien-Pellerin , Guillaume Cabanac , Marie-Joseph Amiot et al.

npj Science of Food, 2024, 8 (1), pp.68. ⟨10.1038/s41538-024-00305-7⟩

Article dans une revue hal-04732768v1
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OBO Foundry food ontology interconnectivity

Damion Dooley , Liliana Andrés-Hernández , Georgeta Bordea , Leigh Carmody , Duccio Cavalieri et al.

Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2024, pp.1-20. ⟨10.3233/sw-233458⟩

Article dans une revue hal-04540262v1
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Dynamic Retrieval Augmented Generation of Ontologies using Artificial Intelligence (DRAGON-AI)

Sabrina Toro , Anna Anagnostopoulos , Susan Bello , Kai Blumberg , Rhiannon Cameron et al.

Journal of Biomedical Semantics, 2024, 15 (1), pp.19. ⟨10.1186/s13326-024-00320-3⟩

Article dans une revue hal-04835968v1
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Emulsions stabilized by pea protein-rich ingredients as an alternative to dairy proteins for food sustainability: Unveiling the key role of pea endogenous lipids in the surface-induced crystallization of milk fat

Christelle Lopez , Magalie Weber , Hanitra Rabesona , Javier Perez , Franck Artzner et al.

Current Research in Food Science, 2024, 9, pp.100921. ⟨10.1016/j.crfs.2024.100921⟩

Article dans une revue hal-04835936v1
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Révéler et valoriser vos données avec le thésaurus INRAE

Sophie Aubin , Emilie Bernard , Sonia Bravo , Colette Cadiou , Agnès Girard et al. Article dans une revue hal-04843455v1
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Food Process Ontology Requirements

Damion Dooley , Magalie Weber , Liliana Ibanescu , Matthew Lange , Lauren Chan et al.

Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, In press, 15 (4), pp.1133-1164. ⟨10.3233/SW-223096⟩

Article dans une revue hal-03896435v1
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Datasets on the production routes and the properties of plant powders for manufacturing of green products

Claire Mayer-Laigle , Johnny Beaugrand , Alain Bourmaud , Lena Brionne , Thibault Colinart et al.

Data in Brief, 2024, 56, pp.110787. ⟨10.1016/j.dib.2024.110787⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04693525v1
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PO2/TransformON, an ontology for data integration on food, feed, bioproducts and biowaste engineering

Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux , Hervé Guillemin et al.

npj Science of Food, 2023, 7, pp.47. ⟨10.1038/s41538-023-00221-2⟩

Article dans une revue hal-04197618v1
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Walnut (Juglans regia L.) kernel oil bodies recovered by aqueous extraction for utilization as ingredient in food emulsions: Exploration of their microstructure, composition and the effects of homogenization, pH, and salt ions on their physical stability

Christelle Lopez , Hanitra Rabesona , Bruno Novales , Magalie Weber , Marc Anton

Food Research International, 2023, 173, pp.113197. ⟨10.1016/j.foodres.2023.113197⟩

Article dans une revue hal-04683196v1

First steps towards FAIRization of product-focused sensory data

Michel Visalli , Pascal Schlich , Benjamin Mahieu , Arnaud Thomas , Magalie Weber et al.

Food Quality and Preference, 2023, 104, pp.104765. ⟨10.1016/j.foodqual.2022.104765⟩

Article dans une revue hal-03887946v1
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Construction of a Generic and Evolutive Wheel and Lexicon of Food Textures

Caroline Bondu , Christian Salles , Magalie Weber , Elisabeth Guichard , Michel Visalli

Foods, 2022, 11 (19), pp.3097. ⟨10.3390/foods11193097⟩

Article dans une revue hal-03807852v1

Establishing a Common Nutritional Vocabulary - From Food Production to Diet

Liliana Andrés-Hernández , Kai Blumberg , Ramona Walls , Damion Dooley , Ramil Mauleon et al.

Frontiers in Nutrition, 2022, 9, pp.928837. ⟨10.3389/fnut.2022.928837⟩

Article dans une revue hal-03745105v1
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Deciphering the properties of hemp seed oil bodies for food applications: Lipid composition, microstructure, surface properties and physical stability

Christelle Lopez , Bruno Novales , Hanitra Rabesona , Magalie Weber , Thierry Chardot et al.

Food Research International, 2021, 150, pp.110759. ⟨10.1016/j.foodres.2021.110759⟩

Article dans une revue hal-03465007v1
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How to Manage Incompleteness of Nutritional Food Sources?: A solution using FoodOn as pivot ontology

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Juliette Dibie , Liliana Ibanescu et al.

International Journal of Agricultural and Environmental Information Systems, 2021, 12 (4), pp.1-26. ⟨10.4018/IJAEIS.20211001.oa4⟩

Article dans une revue hal-03372310v1
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ConsomON, une ontologie pour structurer les connaissances et modéliser les comportements alimentaires des consommateurs

Florian Duclos , Magalie Weber , Michel Visalli

8ème édition de l’Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement IN-OVIVE, adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, AFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle, Jul 2025, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-05082000v1
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ConsomON, an ontology for structuring knowledge and modeling consumer food behavior

Magalie Weber , Florian Duclos , Hervé Guillemin , Stéphane Dervaux , Julien Cufi et al.

Joint Ontology Workshops (JOWO) - Episode XI: The Sicilian Summer under the Etna, co-located with the 15th International Conference on Formal Ontology in Information Systems (FOIS 2025), IFOW- Integrated Food Ontology Workshop, Sep 2025, Catania, Italy

Communication dans un congrès hal-05146634v2
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Coupling ontology and probabilistic models to enable knowledge integration and reverse engineering for sustainable food and bioproduct production

Magalie Weber

PhenoHarmonis Workshop, L'Institut Agro Montpellier, May 2024, Montpelier, France

Communication dans un congrès hal-05091504v1
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Quelle diversité d'espèces légumineuses à graines est utilisée par l'industrie agroalimentaire dans le monde ?

Valérie Lullien-Pellerin , Tristan Salord , Marie-Benoît Magrini , Guillaume Cabanac , Cecile Barron et al.

4. Rencontres francophones sur les légumineuses - RFL#4, Jan 2024, Saly, Sénégal

Communication dans un congrès hal-04466806v1
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How the PO2/TransformON and FermentON domain ontologies can help us achieve interoperability and reuse of data on (bio)processes.

Magalie Weber , Liliana Ibanescu , Julien Cufi , Stéphane Dervaux

BioIndustry 4.0 - Summer Webinar 2024, Aug 2024, Online, France

Communication dans un congrès hal-04810088v1
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L’écosystème web sémantique PO2/TransformON : en route vers le FAIR by Design !

Magalie Weber

Assises nationales des données de la recherche, amU (SCD); MESR; CEDRE, Nov 2024, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-04808273v1
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Comment la Direction pour la Science Ouverte favorise l'adoption des approches sémantiques à INRAE

Sophie Aubin , Anne-Sophie Bage , Sonia Bravo , Magalie Weber

Atelier SOSEM- Science ouverte et sémantique, Jul 2023, Strasbourg, France. ⟨10.15454/J8GANU⟩

Communication dans un congrès hal-05091496v1
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PO2/TransformON: a New Domain Ontology for Integrating Food, Feed, Bio-products and Waste in a Circular and Sustainable Approach

Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

IFOW 2023 Integrated Food Ontology Workshop, 9th Joint Ontology Workshops (JOWO 2023), co-located with FOIS 2023, Jul 2023, Sherbrooke, Canada

Communication dans un congrès hal-04256248v1

Poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) production: Processes stored in data warehouse structured by an ontology

Thibault Magnac , Patrice Buche , Helene Angellier-Coussy , Estelle Grousseau , Magalie Weber

Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, Oct 2023, Cap d'Agde, France

Communication dans un congrès hal-04836308v1
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PO2/TransformON : A new domain ontology to integrate data on food and bioproducts engineering in a circular and sustainable approach

Magalie Weber

9th International Conference on Food Chemistry & Technology (FCT-2023), Nov 2023, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04809708v1
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PO2/TransformON : une nouvelle ontologie de domaine pour l'intégration des données sur les aliments, les bioproduits et les biodéchets dans une approche circulaire et durable des sytèmes agroalimentaires

Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

8. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement IN-OVIVE, adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, AFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle, Jul 2023, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-05091502v1
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Besoins ontologiques pour la transformation des aliments

Damion Dooley , Magalie Weber , Liliana Ibanescu , M. Lange , L. Chan et al.

IC2023 : 34es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2023, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-04167547v1
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Progress and prospects for the Compositional Dietary Nutrition Ontology (CDNO)

Liliana Andrés-Hernández , Kai Blumberg , Damion Dooley , Magalie Weber , Lauren Chan et al.

The Joint Ontology WOrkshops (JOWO), The International Association for Ontology and its Applications (IAOA), Aug 2022, Jönköping, Sweden

Communication dans un congrès hal-05091498v1
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Alignement et enrichissement d’ontologies utilisées par deux systèmes d’informations gérant des données expérimentales sur les procédés de transformation : OpenSILEX-EnviBIS et PO2 BaGaTel

Emilie Fernandez , Magalie Weber , Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux et al.

Atelier IN-OVIVE, organisé dans le cadre de la conférence Ingénierie des connaissances IC-2022, PFIA., Jun 2022, Saint Etienne, France

Communication dans un congrès hal-03768264v1
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Adapting MEANS-InOut LCA software to food engineering, in relation to the PO² food ontology and PO²-BaGaTel food engineering database

Julie Auberger , Geneviève Gésan-Guiziou , Caroline Malnoë , Guilhem Rostain , Magalie Weber et al.

13th International Conference on Life Cycle Assessment of Food 2022 (LCA Foods 2022), Oct 2022, Lima, Peru

Communication dans un congrès hal-03837121v1
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Obo foundry food ontology interconnectivity

Damion Dooley , Liliana Andres-Hernandez , Georgeta Bordea , Leigh Carmody , Duccio Cavalieri et al.

CEUR Workshop Proceedings, Sep 2021, Bolzano, Italy

Communication dans un congrès hal-03525773v1
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Managing Incompleteness and Validating the Content of Nutritional Food Sources using FoodOn as Pivot Ontology

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Liliana Ibanescu , Alrick Oudot et al.

12th International Conference on Biomedical Ontologies, Bolzano Summer of Knowledge 2021, Sep 2021, Bolzano, Italy. ⟨10.4018/ijaeis.20211001.oa4⟩

Communication dans un congrès hal-05091500v1

Hemp seed oil bodies for food applications

Thierry Chardot , Marc Anton , Bruno Novales , Hanitra Rabesona , Magalie Weber et al.

2nn International Conference on Lipid Droplets and Oleosomes, Dec 2021, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-04548379v1
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A new alignment method based on FoodOn as pivot ontology to integrate nutritional legacy data sources

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Juliette Dibie , Liliana Ibanescu et al.

IFOW 2020 - Integrated Food Ontology Workshop @ ICBO, Sep 2020, Online, Italy. pp.1-2

Communication dans un congrès hal-03013162v1
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Food transformation process description using PO2 and FoodOn

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Juliette Dibie , Liliana Ibanescu et al.

IFOW 2020 Integrated Food Ontology Workshop, Sep 2020, Online, Italy

Communication dans un congrès hal-03013147v1
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Découverte des outils du web sémantique

Magalie Weber

Journée des Techniques de l'Unité BIA, Mar 2018, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-02786661v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.

2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01607327v1
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Le processus de publication: les points de vigilance

Magalie Weber

Publier pour plus d'impact: les clefs de la réussite, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (1253)., Nov 2014, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-01209751v1
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Les revues scientifiques de l'Inra: des modalités de diffusion variées dans un contexte de compétition internationale

Marianne Peiffer , Magalie Weber

4. Journées du réseau des métiers de l'édition scientifique publique (MEDICI), Apr 2013, Oléron, France

Communication dans un congrès hal-01209440v1
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FORVM Plants

Guillaume Laisney , David Benaben , Thomas Bellembois , Kevin Billet , Alain Bouchereau et al.

RFMF 2025 - 17èmes journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2025, Paris, France. pp.1-1, 2025

Poster de conférence hal-05121234v1
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How the PO2/TransformON ontology enables knowledge integration for sustainable food production?

Magalie Weber , Stéphane Dervaux , Liliana Ibanescu , Hervé Guillemin , Julien Cufi et al.

GreenFoodTech 2025, Apr 2025, Saint-Malo, France

Poster de conférence hal-05040608v1
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Knowledge Engineering to enhance the data, knowledge and scientific expertise of agro-ressource transformation platforms: the PowderLib platform (F5.1)

P. Buche , Adrien Réau , Alrick Oudot , Caroline Sablayrolles , C Baudrit et al.

GreenFoodTech 2025, Apr 2025, Saint-Malo, France. 2025

Poster de conférence hal-05030951v1
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Projet ICAM (2024-26): Ingénierie des Connaissances et Analyse Multidimensionnelle de la Durabilité pour valoriser les données, les connaissances et l’expertise scientifique des plateformes de bioraffinerie

Patrice Buche , Adrien Reau , Alrick Oudot , Caroline Sablayrolles , C Baudrit et al.

Séminaire chercheurs Institut Carnod 3BCAR 2024, Jan 2024, Montpellier, France

Poster de conférence hal-04475584v1
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Le thésaurus INRAE : une ressource terminologique pour l’interopérabilité sémantique

Sophie Aubin , Emilie Bernard , Sonia Bravo , Colette Cadiou , Eric Cahuzac et al.

Journée du GdR Traitement automatique des langues (GDR TAL), Oct 2022, Rennes, France

Poster de conférence hal-03824794v1

Obo foundry food ontology interconnectivity

Damion Doodley , Liliana Andres-Hernandez , Georgeta Bordea , Leigh Carmody , Duccio Cavalieri et al.

IFOW 2021 Integrated Food Ontology Workshop, Sep 2021, Bolzano, Italy. 2969, 2021

Poster de conférence hal-03610418v1
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Un glossaire panification aux standards du web sémantique

Sophie Aubin , Hubert Chiron , Guy Della Valle , Christophe Fernandez , Kamal Kansou et al.

68. Journées Techniques des Industries Céréalières (JTIC), Nov 2017, Paris, France. , 2017

Poster de conférence hal-02791442v1
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.

4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017

Poster de conférence hal-01651302v1

Vocabulary Organization: Lexicons and Ontologies in Sensory and Consumer Science

Magalie Weber

Michel Visalli; Mara Virginia Galmarini. Collection and Analysis of Text Data in Sensory and Consumer Science, Collection and Analysis of Text Data in Sensory and Consumer Science, Springer Nature Switzerland, pp.69-91, 2026, ⟨10.1007/978-3-032-04851-6_4⟩

Chapitre d'ouvrage hal-05443305v1

Production of Flavor Compounds by Lactic Acid Bacteria in Fermented Foods

Anne Thierry , Tomislav Pogacic , Magalie Weber , Sylvie Lortal

Biotechnology of Lactic Acid Bacteria Novel Applications, John Wiley and Sons Ltd, 2015, 978-0-8138-1583-1

Chapitre d'ouvrage hal-01157293v1
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Séquence 5 : Interrogation des données avec SPO²Q

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO2 ecosystem, France. 2025, pp.23

Cours hal-05315911v3
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Séquence 1 : Bases de PO²Manager et SPO²Q

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO2 ecosystem, France. 2025, pp.73

Cours hal-05315873v3
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Séquence 3 : Import-Export de projet et utilisation du script Convert²PO²

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO²ecosystem, France. 2025, pp.45

Cours hal-05315887v3
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Séquence 0 : Séquence introductive - Présentation des outils et définitions

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO² ecosystem, France. 2025, pp.15

Cours hal-05315840v3
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Séquence 2 : Fonctions avancées de PO²Manager

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO2 ecosystem, France. 2025, pp.30

Cours hal-05315863v3
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Guide pour la structuration des données avec le modèle Process and Observation Ontology (PO²) et le vocabulaire TransformON

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO2 ecosystem, France. 2025, pp.25

Cours hal-05315925v3
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Séquence 4 : Mise en qualité des données

Emmanuele Piaud , Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux

Master. Data management with the PO2 ecosystem, France. 2025, pp.24

Cours hal-05315902v3
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Des ontologies pour la science

Sophie Aubin , Magalie Weber

2018

Cours hal-02789642v1