Magalie WEBER

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Affiliation actuelle
  • Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA)
Identifiants chercheurs

Présentation

Magalie Weber exerce des activités d’ingénierie de connaissances au sein de l’unité de recherche INRAE BIA (Biopolymères, Interactions, Assemblages) située à Nantes et elle supervise la construction de l’ontologie de domaine couvrant les recherches du département Transform (ontologie PO2/TransformON) sur l’ingénierie des aliments, bioproduits et résidus issus des systèmes agri-alimentaires. Elle est également chargée de mission à la Direction pour la Science Ouverte (DipSO) au sein du pôle Numérique pour la Science (Num4Sci) où elle contribue aux projets en lien avec la sémantique et le partage des données de la recherche.


Compétences

ingénierie des connaissances ontologies web sémantique FAIRification science des aliments génie des procédés

Publications

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Publications

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Dataset for common wheat (Triticum aestivum L.) grain and flour characterization using classical and advanced analyses

Mélanie Munch , Laura Rezette , Patrice Buche , Baptiste Chambrey , Catherine Deborde et al.
Data in Brief, 2025, 59, pp.111375. ⟨10.1016/j.dib.2025.111375⟩
Article dans une revue hal-04937377 v2
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Diversité des légumineuses dans les produits agroalimentaires sous marque : le positionnement africain par rapport à la situation mondiale (2010-2021)

Marie-Benoît Magrini , Tristan Salord , Guillaume Cabanac , Marie-Josephe Amiot , Cecile Barron et al.
Innovations Agronomiques, 2025, 99, pp.259-273. ⟨10.17180/ciag-2025-vol99-art21⟩
Article dans une revue hal-04929103 v1
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Emulsions stabilized by pea protein-rich ingredients as an alternative to dairy proteins for food sustainability: Unveiling the key role of pea endogenous lipids in the surface-induced crystallization of milk fat

Christelle Lopez , Magalie Weber , Hanitra Rabesona , Javier Perez , Franck Artzner et al.
Current Research in Food Science, 2024, 9, pp.100921. ⟨10.1016/j.crfs.2024.100921⟩
Article dans une revue hal-04835936 v1
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OBO Foundry food ontology interconnectivity

Damion Dooley , Liliana Andrés-Hernández , Georgeta Bordea , Leigh Carmody , Duccio Cavalieri et al.
Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2024, pp.1-20. ⟨10.3233/sw-233458⟩
Article dans une revue hal-04540262 v1
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Dynamic Retrieval Augmented Generation of Ontologies using Artificial Intelligence (DRAGON-AI)

Sabrina Toro , Anna Anagnostopoulos , Susan Bello , Kai Blumberg , Rhiannon Cameron et al.
Journal of Biomedical Semantics, 2024, 15 (1), pp.19. ⟨10.1186/s13326-024-00320-3⟩
Article dans une revue hal-04835968 v1
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Food Process Ontology Requirements

Damion Dooley , Magalie Weber , Liliana Ibanescu , Matthew Lange , Lauren Chan et al.
Semantic Web journal, In press, 15 (4), pp.1133-1164. ⟨10.3233/SW-223096⟩
Article dans une revue hal-03896435 v1
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Révéler et valoriser vos données avec le thésaurus INRAE

Sophie Aubin , Emilie Bernard , Sonia Bravo , Colette Cadiou , Agnès Girard et al.
Article dans une revue hal-04843455 v1
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Datasets on the production routes and the properties of plant powders for manufacturing of green products

Claire Mayer-Laigle , Johnny Beaugrand , Alain Bourmaud , Lena Brionne , Thibault Colinart et al.
Data in Brief, 2024, 56, pp.110787. ⟨10.1016/j.dib.2024.110787⟩
Article dans une revue (data paper) hal-04693525 v1
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Crop diversity used in branded products with focus on legume species worldwide

Tristan Salord , Marie-Benoît Magrini , Valérie Lullien-Pellerin , Guillaume Cabanac , Marie-Joseph Amiot et al.
npj Science of Food, 2024, 8 (1), pp.68. ⟨10.1038/s41538-024-00305-7⟩
Article dans une revue hal-04732768 v1
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PO2/TransformON, an ontology for data integration on food, feed, bioproducts and biowaste engineering

Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux , Hervé Guillemin et al.
npj Science of Food, 2023, 7, pp.47. ⟨10.1038/s41538-023-00221-2⟩
Article dans une revue hal-04197618 v1

Walnut (Juglans regia L.) kernel oil bodies recovered by aqueous extraction for utilization as ingredient in food emulsions: Exploration of their microstructure, composition and the effects of homogenization, pH, and salt ions on their physical stability

Christelle Lopez , Hanitra Rabesona , Bruno Novales , Magalie Weber , Marc Anton
Food Research International, 2023, 173, pp.113197. ⟨10.1016/j.foodres.2023.113197⟩
Article dans une revue hal-04683196 v1

First steps towards FAIRization of product-focused sensory data

Michel Visalli , Pascal Schlich , Benjamin Mahieu , Arnaud Thomas , Magalie Weber et al.
Food Quality and Preference, 2023, 104, pp.104765. ⟨10.1016/j.foodqual.2022.104765⟩
Article dans une revue hal-03887946 v1

Establishing a Common Nutritional Vocabulary - From Food Production to Diet

Liliana Andrés-Hernández , Kai Blumberg , Ramona Walls , Damion Dooley , Ramil Mauleon et al.
Frontiers in Nutrition, 2022, 9, pp.928837. ⟨10.3389/fnut.2022.928837⟩
Article dans une revue hal-03745105 v1
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Construction of a Generic and Evolutive Wheel and Lexicon of Food Textures

Caroline Bondu , Christian Salles , Magalie Weber , Elisabeth Guichard , Michel Visalli
Foods, 2022, 11 (19), pp.3097. ⟨10.3390/foods11193097⟩
Article dans une revue hal-03807852 v1
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How to Manage Incompleteness of Nutritional Food Sources?: A solution using FoodOn as pivot ontology

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Juliette Dibie , Liliana Ibanescu et al.
International Journal of Agricultural and Environmental Information Systems, 2021, 12 (4), pp.1-26. ⟨10.4018/IJAEIS.20211001.oa4⟩
Article dans une revue hal-03372310 v1
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Deciphering the properties of hemp seed oil bodies for food applications: Lipid composition, microstructure, surface properties and physical stability

Christelle Lopez , Bruno Novales , Hanitra Rabesona , Magalie Weber , Thierry Chardot et al.
Food Research International, 2021, 150, pp.110759. ⟨10.1016/j.foodres.2021.110759⟩
Article dans une revue hal-03465007 v1
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How the PO2/TransformON and FermentON domain ontologies can help us achieve interoperability and reuse of data on (bio)processes.

Magalie Weber , Liliana Ibanescu , Julien Cufi , Stéphane Dervaux
BioIndustry 4.0 - Summer Webinar 2024, Aug 2024, online, France
Communication dans un congrès hal-04810088 v1
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Quelle diversité d'espèces légumineuses à graines est utilisée par l'industrie agroalimentaire dans le monde ?

Valérie Lullien-Pellerin , Tristan Salord , Marie-Benoît Magrini , Guillaume Cabanac , Cecile Barron et al.
RFL4, Jan 2024, Saly, Sénégal
Communication dans un congrès hal-04466806 v1
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L’écosystème web sémantique PO2/TransformON : en route vers le FAIR by Design !

Magalie Weber
Assises nationales des données de la recherche, amU (SCD); MESR; CEDRE, Nov 2024, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-04808273 v1

Poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) production: Processes stored in data warehouse structured by an ontology

Thibault Magnac , Patrice Buche , Helene Angellier-Coussy , Estelle Grousseau , Magalie Weber
Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, Oct 2023, Cap d'Agde, France
Communication dans un congrès hal-04836308 v1
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PO2/TransformON: a New Domain Ontology for Integrating Food, Feed, Bio-products and Waste in a Circular and Sustainable Approach

Magalie Weber , Patrice Buche , Liliana Ibanescu , Stéphane Dervaux
IFOW 2023 Integrated Food Ontology Workshop, 9th Joint Ontology Workshops (JOWO 2023), co-located with FOIS 2023, Jul 2023, Sherbrooke, Canada
Communication dans un congrès hal-04256248 v1
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PO2/TransformON : A new domain ontology to integrate data on food and bioproducts engineering in a circular and sustainable approach

Magalie Weber
9th International Conference on Food Chemistry & Technology (FCT-2023), Nov 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04809708 v1
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Besoins ontologiques pour la transformation des aliments

Damion Dooley , Magalie Weber , Liliana Ibanescu , M. Lange , L. Chan et al.
IC2023 : 34es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2023, Strasbourg, France
Communication dans un congrès hal-04167547 v1
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Adapting MEANS-InOut LCA software to food engineering, in relation to the PO² food ontology and PO²-BaGaTel food engineering database

Julie Auberger , Geneviève Gésan-Guiziou , Caroline Malnoë , Guilhem Rostain , Magalie Weber et al.
13th International Conference on Life Cycle Assessment of Food 2022 (LCA Foods 2022), Oct 2022, Lima, Peru
Communication dans un congrès hal-03837121 v1
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Alignement et enrichissement d’ontologies utilisées par deux systèmes d’informations gérant des données expérimentales sur les procédés de transformation : OpenSILEX-EnviBIS et PO2 BaGaTel

Emilie Fernandez , Magalie Weber , Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux et al.
Atelier IN-OVIVE, organisé dans le cadre de la conférence Ingénierie des connaissances IC-2022, PFIA., Jun 2022, Saint Etienne, France
Communication dans un congrès hal-03768264 v1
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Obo foundry food ontology interconnectivity

Damion Dooley , Liliana Andres-Hernandez , Georgeta Bordea , Leigh Carmody , Duccio Cavalieri et al.
CEUR Workshop Proceedings, Sep 2021, Bolzano, Italy
Communication dans un congrès hal-03525773 v1

Hemp seed oil bodies for food applications

Thierry Chardot , Marc Anton , Bruno Novales , Hanitra Rabesona , Magalie Weber et al.
2nn International Conference on Lipid Droplets and Oleosomes, Dec 2021, Strasbourg, France. ⟨10.1016/j.foodres.2021.110759⟩
Communication dans un congrès hal-04548379 v1
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Food transformation process description using PO2 and FoodOn

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Juliette Dibie , Liliana Ibanescu et al.
IFOW 2020 Integrated Food Ontology Workshop, Sep 2020, Bolzano (virtual), Italy
Communication dans un congrès hal-03013147 v1
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A new alignment method based on FoodOn as pivot ontology to integrate nutritional legacy data sources

Patrice Buche , Julien Cufi , Stéphane Dervaux , Juliette Dibie , Liliana Ibanescu et al.
IFOW 2020 - Integrated Food Ontology Workshop @ ICBO, Sep 2020, Bolzano / Virtual, Italy. pp.1-2
Communication dans un congrès hal-03013162 v1
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Découverte des outils du web sémantique

Magalie Weber
Journée des Techniques de l'Unité BIA, Mar 2018, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02786661 v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607327 v1
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Le processus de publication: les points de vigilance

Magalie Weber
Publier pour plus d'impact: les clefs de la réussite, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (1253)., Nov 2014, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-01209751 v1
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Les revues scientifiques de l'Inra: des modalités de diffusion variées dans un contexte de compétition internationale

Marianne Peiffer , Magalie Weber
4. Journées du réseau des métiers de l'édition scientifique publique (MEDICI), Apr 2013, Oléron, France
Communication dans un congrès hal-01209440 v1
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How the PO2/TransformON ontology enables knowledge integration for sustainable food production?

Magalie Weber
Green Food Tech 2025, Apr 2025, Saint-Malo, France. 2025
Poster de conférence hal-05040608 v1
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Knowledge Engineering to enhance the data, knowledge and scientific expertise of agro-ressource transformation platforms: the PowderLib platform (F5.1)

P. Buche , Adrien Réau , Alrick Oudot , Caroline Sablayrolles , C Baudrit et al.
GreenFoodTech 2025, Apr 2025, Saint Malo (Palais du Grand Large), France. 2025
Poster de conférence hal-05030951 v1
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Projet ICAM (2024-26): Ingénierie des Connaissances et Analyse Multidimensionnelle de la Durabilité pour valoriser les données, les connaissances et l’expertise scientifique des plateformes de bioraffinerie

Patrice Buche , Adrien Reau , Alrick Oudot , Caroline Sablayrolles , C Baudrit et al.
Séminaire chercheurs Institut Carnod 3BCAR 2024, Jan 2024, Montpellier, France
Poster de conférence hal-04475584 v1
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Le thésaurus INRAE : une ressource terminologique pour l’interopérabilité sémantique

Sophie Aubin , Emilie Bernard , Sonia Bravo , Colette Cadiou , Eric Cahuzac et al.
Journée du GdR Traitement automatique des langues (GDR TAL), Oct 2022, Rennes, France
Poster de conférence hal-03824794 v1

Obo foundry food ontology interconnectivity

Damion Doodley , Liliana Andres-Hernandez , Georgeta Bordea , Leigh Carmody , Duccio Cavalieri et al.
IFOW 2021 Integrated Food Ontology Workshop, Sep 2021, Bolzano, Italy. 2969, 2021
Poster de conférence hal-03610418 v1
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017
Poster de conférence hal-01651302 v1
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Un glossaire panification aux standards du web sémantique

Sophie Aubin , Hubert Chiron , Guy Della Valle , Christophe Fernandez , Kamal Kansou et al.
68. Journées Techniques des Industries Céréalières (JTIC), Nov 2017, Paris, France. , 2017
Poster de conférence hal-02791442 v1