Mathieu Giraud

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Identifiants chercheurs

Présentation

Mathieu Giraud, directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire CRIStAL (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour étudier des séquences au service de projets culturels et de santé.

Mathieu dirige l'équipe d'informatique musicale Algomus qui travaille sur l'analyse, la modélisation, la visualisation et la génération de musique. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale et proposer de nouvelles manières d'interagir et de valoriser le patrimoine et le matrimoine musical.

Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN et d'ARN, notamment dans l'équipe de bioinformatique Bonsai. Il continue de travailler sur des méthodes pour mieux connaître les populations de globules blancs, en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du consortium VidjilNet au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales.

Mathieu collabore avec des musicien·nes (artistes, enseignant·es, grand public...) ainsi qu'avec des professionnel·les de santé. Il s'inscrit dans une démarche de science ouverte, en particulier sur les logiciels libres, et contribue à des politiques locales et nationales sur l'inclusivité et sur le genre, ainsi que sur les transports publics.

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Publications

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Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V(D)J recombinations in Vidjil-algo

Cyprien Borée , Mathieu Giraud , Mikaël Salson
Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e44. ⟨10.24072/pcjournal.547⟩
Article dans une revue hal-04361907 v4

Annotating Texture and Imitation Patterns in a Corpus of Slow Movements in Corelli’s Trio Sonatas

Jérémie Roux , Mathieu Giraud , Florence Levé
Empirical Musicology review, In press
Article dans une revue hal-05061294 v1
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Associations between music training and the dynamics of writing music by hand

Aurélien Bertiaux , François Gabrielli , Mathieu Giraud , Florence Levé
Musicae Scientiae, 2023, 27 (1), ⟨10.1177/1029864920972145⟩
Article dans une revue hal-02979816 v1
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Weighted Automata Computation of Edit Distances with Consolidations and Fragmentations

Mathieu Giraud , Florent Jacquemard
Information and Computation, 2022, 282, pp.104652. ⟨10.1016/j.ic.2020.104652⟩
Article dans une revue hal-01857267 v4
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I Keep Counting : An Experiment in Human/AI Co-creative Songwriting

Gianluca Micchi , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé
Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2021, 4 (1), pp.263-275. ⟨10.5334/tismir.93⟩
Article dans une revue hal-03399076 v1
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Not All Roads Lead to Rome: Pitch Representation and Model Architecture for Automatic Harmonic Analysis

Gianluca Micchi , Mark Gotham , Mathieu Giraud
Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2020, 3 (1), pp.42-54. ⟨10.5334/tismir.45⟩
Article dans une revue hal-02934374 v1
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Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study

Monika Brüggemann , Michaela Kotrova , Henrik Knecht , Jack Bartram , Myriam Boudjogrha et al.
Article dans une revue hal-02169053 v1
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Learning Sonata Form Structure on Mozart's String Quartets

Pierre Allegraud , Louis Bigo , Laurent Feisthauer , Mathieu Giraud , Richard Groult et al.
Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2019, 2 (1), pp.82-96. ⟨10.5334/tismir.27⟩
Article dans une revue hal-02366640 v1
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Indexing labeled sequences

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikaël Salson
PeerJ Computer Science, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
Article dans une revue hal-01743104 v1

High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.

Anton W Langerak , Monika Brüggemann , Frederic Davi , Nikos Darzentas , Jacques J. M. van Dongen et al.
Journal of Immunology, 2017, 198 (10), pp.3765-3774. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
Article dans une revue hal-01516289 v1
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High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones

Mikael Salson , Mathieu Giraud , Aurélie Caillault , Nathalie Grardel , Nicolas Duployez et al.
Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩
Article dans une revue hal-01404817 v1
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Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis

Yann Ferret , Aurélie Caillault , Shéhérazade Sebda , Marc Duez , Nathalie Grardel et al.
British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
Article dans une revue hal-01279160 v1
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Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing

Marc Duez , Mathieu Giraud , Ryan Herbert , Tatiana Rocher , Mikael Salson et al.
PLoS ONE, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩
Article dans une revue hal-01397079 v1
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Combined transcriptome studies identify AFF3 as a mediator of the oncogenic effects of β-catenin in adrenocortical carcinoma

Lucile Lefèvre , Hanin Omeiri , Ludivine Drougat , Constanze Hantel , Mathieu Giraud et al.
Oncogenesis, 2015, 4 (7), pp.e161. ⟨10.1038/oncsis.2015.20⟩
Article dans une revue inserm-01182372 v1
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Computational Fugue Analysis

Mathieu Giraud , Richard Groult , Emmanuel Leguy , Florence Levé
Computer Music Journal, 2015, 39 (2), pp.77-96. ⟨10.1162/COMJ_a_00300⟩
Article dans une revue hal-01113520 v1

The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL.

Michaela Kotrova , Katerina Muzikova , Ester Mejstrikova , Michaela Novakova , Violeta Bakardjieva-Mihaylova et al.
Blood, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩
Article dans une revue hal-01241663 v1

Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Hélène Touzet
Journal of Computational Biology, 2015, 22 (3), pp.190-204
Article dans une revue hal-01228130 v1
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Algorithmes pour l’analyse de la musique tonale

Mathieu Giraud , Marc Rigaudière
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2014, Informatique musicale, 33 (7-8), pp.567-586. ⟨10.3166/tsi.33.567-586⟩
Article dans une revue hal-01107721 v1
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Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Céline Villenet , Sabine Quief et al.
BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩
Article dans une revue hal-01009173 v1
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RNA Locally Optimal Secondary Structures

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Antoine de Monte , Hélène Touzet
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩
Article dans une revue hal-00756249 v1

Les séquenceurs à haut débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson
Interstices, 2011
Article dans une revue hal-01350176 v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Computing, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩
Article dans une revue hal-00623404 v1
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Asymptotic behavior of the numbers of runs and microruns

Mathieu Giraud
Information and Computation, 2009, 207 (11), pp.1221-1228. ⟨10.1016/j.ic.2009.02.007⟩
Article dans une revue hal-00438214 v1
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Optimal neighborhood indexing for protein similarity search

Pierre Peterlongo , Laurent Noé , Dominique Lavenier , van Hoa Nguyen , Gregory Kucherov et al.
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩
Article dans une revue inria-00340510 v1
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Path-equivalent developments in acyclic weighted automata

Mathieu Giraud , Philippe Veber , Dominique Lavenier
International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩
Article dans une revue inria-00271646 v1

Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.

Sébastien Tempel , Mathieu Giraud , Dominique Lavenier , Israël-César C. Lerman , Anne-Sophie Valin et al.
Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954
Article dans une revue hal-00090517 v1
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Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.

Sandrine Pawlicki , Anne-Sophie Valin , Mathieu Giraud , Gilles Georges , Christian Delamarche et al.
Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12
Article dans une revue hal-00456604 v1

Symbiologik : jouez avec les gènes

Nicolas Deroche , Mathieu Giraud
Interstices, 2006
Article dans une revue hal-01352610 v1

The dog and rat olfactory receptor repertoires

Pascale Quignon , Mathieu Giraud , Maud Rimbault , Patricia Lavigne , Sandrine Tacher et al.
Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩
Article dans une revue hal-00107100 v1

When Voices Interleave: Timing Deviations in Six Performances of Telemann's Fantasias for Solo Flute

Patrice Thibaud , Mathieu Giraud , Yann Teytaut
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2025), 2025, Daejeon, South Korea
Communication dans un congrès hal-05102415 v1
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Vers une taxonomie et une analyse des gestes guitaristiques dans le Brutal Death Metal

Quentin Guilluy , Anis Fariji , Joao Fernandes , Mathieu Giraud , Alexandre d'Hooge et al.
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2025), GRAME; Inria, Jun 2025, Lyon, France. pp.109-116
Communication dans un congrès hal-05102344 v1

What song now? Personalized Rhythm Guitar Learning in Western Popular Music

Zakaria Hassein-Bey , Yohann Abbou , Alexandre D'Hooge , Mathieu Giraud , Gilles Guillemain et al.
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2025), 2025, Daejeon, South Korea
Communication dans un congrès hal-05102412 v1

Music with Numbers: Jianpu Number-Based Notation in Cultural Heritage and Digital Humanities

Rui Yang , Mathieu Giraud , Florence Levé
Music Encoding Conference (MEC 2025), 2025, London, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-05029666 v1

Detection of orchestral blends in musical scores

Francesco Maccarini , Olivier Anoufa , Mathieu Giraud , Florence Levé , Stephen Mcadams
Sound and Music Computing (SMC 2025), 2025, Graz, Austria
Communication dans un congrès hal-05049228 v1
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Suggestions pédagogiques personnalisées pour la guitare

Alexandre D'Hooge , Mathieu Giraud , Yohann Abbou , Gilles Guillemain
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2024), May 2024, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-04564669 v1
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The CollabScore project – From Optical Recognition to Multimodal Music Sources

Christophe Guillotel-Nothmann , Philippe Rigaux , Bertrand B. Coüasnon , Mathieu Giraud , Aurélie Lemaitre
WoRMS 2024: 6th International Workshop on Reading Music Systems, Jorge Calvo-Zaragoza; Alexander Pacha; Elona Shatri, Nov 2024, Online, France. pp.33-37, ⟨10.48550/arXiv.2411.15741⟩
Communication dans un congrès hal-04925968 v1
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Co-creative orchestration of Angeles with layer scores and orchestration plans

Francesco Maccarini , Maël Oudin , Mathieu Giraud , Florence Levé
International Conference on Artificial Intelligence in Music, Sound, Art and Design (EvoMUSART 2024), 2024, Aberystwyth, United Kingdom. ⟨10.1007/978-3-031-56992-0_15⟩
Communication dans un congrès hal-04388097 v1
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Analyse et essai de reconstruction de structures arborescentes des grilles de jazz

Patrice Thibaud , Mathieu Giraud
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2023), May 2023, Paris, France. pp.62-67
Communication dans un congrès hal-04196644 v1
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The Games We Play: Exploring The Impact of ISMIR on Musicology

Vanessa Nina Borsan , Mathieu Giraud , Richard Groult
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2023), Nov 2023, Milano, Italy. pp.474-481, ⟨10.5281/zenodo.10265344⟩
Communication dans un congrès hal-04142194 v1
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Adding descriptors to melodies improves pattern matching: a study on Slovenian folk songs

Vanessa Nina Borsan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Thierry Lecroq
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2023), 2023, Milan, Italy. pp.474-481, ⟨10.5281/zenodo.10265328⟩
Communication dans un congrès hal-04142315 v1
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The ‘Measure Map’: an inter-operable standard for aligning symbolic music

Mark Gotham , Johannes Hentschel , Louis Couturier , Nathan Dykeaylen , Martin Rohrmeier et al.
International Conference on Digital Libraries for Musicology (DLfM 2023), Nov 2023, Milano, Italy. ⟨10.1145/3625135.3625136⟩
Communication dans un congrès hal-04197400 v1
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Soutenir en classe l'écoute active, l'autonomie et l'échange en analyse musicale avec la plateforme web Dezrann

Alice Sauda , Mathieu Giraud , Emmanuel Leguy
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2022) / Sound and Music Computing (SMC 2022), 2022, Saint-Étienne, France. pp.617-623, ⟨10.5281/zenodo.6800855⟩
Communication dans un congrès hal-03618017 v1
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Modeling and Editing Cross-Modal Synchronization on a Label Web Canvas

Louis Garczynski , Mathieu Giraud , Emmanuel Leguy , Philippe Rigaux
Music Encoding Conference (MEC 2022), 2022, Halifax, Canada. pp.61-71, ⟨10.17613/krxd-pq66⟩
Communication dans un congrès hal-03583179 v2
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Personalizing AI for Co-Creative Music Composition from Melody to Structure

Ken Déguernel , Mathieu Giraud , Richard Groult , Sebastien Gulluni
Sound and Music Computing (SMC 2022), 2022, Saint-Étienne, France. pp.314-321, ⟨10.5281/zenodo.6573287⟩
Communication dans un congrès hal-03618015 v1
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A Corpus Describing Orchestral Texture in First Movements of Classical and Early-Romantic Symphonies

Dinh-Viet-Toan Le , Mathieu Giraud , Florence Levé , Francesco Maccarini
Digital Libraries for Musicology (DLfM 2022), 2022, Prague, Czech Republic. pp.22-35
Communication dans un congrès hal-03663112 v1
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What are the most used guitar positions?

Jules Cournut , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Nicolas Martin , David Régnier
International Conference on Digital Libraries for Musicology (DLfM 2021), 2021, Online, United Kingdom. pp.84-92, ⟨10.1145/3469013.3469024⟩
Communication dans un congrès hal-03279863 v1
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Symbolic Textural Features and Melody/Accompaniment Detection in String Quartets

Louis Soum-Fontez , Mathieu Giraud , Nicolas Guiomard-Kagan , Florence Levé
International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR 2021), Nov 2021, Online, Japan. pp.175-184
Communication dans un congrès hal-03322543 v1
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Encodages de tablatures pour l'analyse de musique pour guitare

Jules Cournut , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Nicolas Martin
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2020), 2020, Strasbourg (en ligne), France
Communication dans un congrès hal-02934382 v1
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Estimating keys and modulations in musical pieces

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Florence Levé
Sound and Music Computing Conference (SMC 2020), Simone Spagnol; Andrea Valle, Jun 2020, Torino, Italy
Communication dans un congrès hal-02886399 v2
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L'informatique musicale : informatique et musique en interdisciplinarité

Moreno Andreatta , Gérard Assayag , Myriam Desainte-Catherine , Jean-Louis Giavitto , Mathieu Giraud et al.
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2019), May 2019, Bayonne, France
Communication dans un congrès hal-02348292 v1
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Modeling and learning structural breaks in sonata forms

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2019), 2019, Delft, Netherlands. ⟨10.5281/zenodo.3527828⟩
Communication dans un congrès hal-02162936 v2
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Realtime collaborative annotation of music scores with Dezrann

Ling Ma , Mathieu Giraud , Emmanuel Leguy
International Symposium on Computer Music Modeling and Retrieval (CMMR 2019), 2019, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02162935 v1
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Génération photo-réaliste de défauts sur des images de surfaces extérieures d'avions acquises par un drone autonome

Bryan Deliencourt , Mathieu Giraud , Julien Miranda , Stanislas Larnier , Ariane Herbulot et al.
ORASIS, journées francophones des jeunes chercheurs en vision par ordinateur, May 2019, Saint-Dié-des-Vosges, France
Communication dans un congrès hal-02164953 v1
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Dezrann, a Web Framework to Share Music Analysis

Mathieu Giraud , Richard Groult , Emmanuel Leguy
International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR 2018), May 2018, Montréal, Canada. pp.104-110
Communication dans un congrès hal-01796787 v1
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Relevance of musical features for cadence detection

Louis Bigo , Laurent Feisthauer , Mathieu Giraud , Florence Levé
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2018), 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01801060 v1
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Sketching Sonata Form Structure in Selected Classical String Quartets

Louis Bigo , Mathieu Giraud , Richard Groult , Nicolas Guiomard-Kagan , Florence Levé
ISMIR 2017 - International Society for Music Information Retrieval Conference, 2017, Suzhou, China
Communication dans un congrès hal-01568703 v1
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Les pierres musicales, un dispositif pédagogique interactif

Julien Debove , David Durand , Marion Giraud , Mathieu Giraud , Richard Groult et al.
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2017), 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01517519 v1
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Improving voice separation by better connecting contigs

Nicolas Guiomard-Kagan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2016), Aug 2016, New York, United States
Communication dans un congrès hal-01331551 v1
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Indexer un ensemble de séquences ADN annotées

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikael Salson
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-01576319 v1
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Modeling Musical Structure with Parametric Grammars

Mathieu Giraud , Sławek Staworko
Mathematics and Computation in Music (MCM 2015), Jun 2015, London, United Kingdom. pp.85-96, ⟨10.1007/978-3-319-20603-5_8⟩
Communication dans un congrès hal-01205422 v1
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Modélisation et visualisation de schémas d'analyse musicale avec music21

Guillaume Bagan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Emmanuel Leguy
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2015), 2015, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-01135118 v1

Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩
Communication dans un congrès hal-01153893 v1
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Comparing Voice and Stream Segmentation Algorithms

Nicolas Guiomard-Kagan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2015), Oct 2015, Malaga, Spain. pp.493-499
Communication dans un congrès hal-01246693 v1
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Towards Modeling Texture in Symbolic Data

Mathieu Giraud , Florence Levé , Florent Mercier , Marc Rigaudière , Donatien Thorez
International Society for Music Information Retrieval Conference - ISMIR, 2014, Taipei, Taiwan. pp.59-64
Communication dans un congrès hal-01057017 v1

Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)

Nathalie Grardel , Mikaël Salson , Aurélie Caillault , Marc Duez , Céline Villenet et al.
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01100152 v1
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Vers une analyse automatique des formes sonates

Laurent David , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé , Corentin Louboutin
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2014), 2014, Bourges, France. pp.113-118
Communication dans un congrès hal-01009166 v1
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Searching for alternate RNA structures in genomic sequences

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Hélène Touzet
Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.13-24, ⟨10.15455/CMSR.2014.0002⟩
Communication dans un congrès hal-01084319 v1
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Fragmentations with pitch, rhythm and parallelism constraints for variation matching

Mathieu Giraud , Ken Déguernel , Emilios Cambouropoulos
International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR), Oct 2013, Marseille, France. pp.298-312, ⟨10.1007/978-3-319-12976-1_19⟩
Communication dans un congrès hal-00906462 v2

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet et al.
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-00857581 v1
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Melodic contour representations in the analysis of children's songs

Christina Anagnostopoulou , Mathieu Giraud , Nick Poulakis
3rd International Workshop on Folk Music Analysis, Jun 2013, Amsterdam, Netherlands. pp.40-43
Communication dans un congrès hal-00826427 v1
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Subject and counter-subject detection for analysis of the Well-Tempered Clavier fugues

Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé
International Symposium on Computer Music Modelling and Retrieval (CMMR 2012), 2012, United Kingdom. pp.661-673
Communication dans un congrès hal-00712554 v1
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Detecting Episodes with Harmonic Sequences for Fugue Analysis

Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé
ISMIR - International Society for Music Information Retrieval Conference - 2012, 2012, Porto, Portugal
Communication dans un congrès hal-00712565 v1
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Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics

Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Laetitia Jourdan et al.
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
Communication dans un congrès inria-00623390 v1

biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics

Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Laetitia Jourdan et al.
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00637847 v1
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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland
Communication dans un congrès inria-00637227 v1
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Rhythm extraction from polyphonic symbolic music

Florence Levé , Richard Groult , Guillaume Arnaud , Cyril Séguin , Rémi Gaymay et al.
12th International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2011), Oct 2011, United States. pp.375-380
Communication dans un congrès hal-00636058 v1
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The Number of Runs in a Ternary Word

Hideo Bannai , Mathieu Giraud , Kazuhiko Kusano , Wataru Matsubara , Ayumi Shinohara et al.
Prague Stringology Conference 2010, Aug 2010, France. pp.178-181
Communication dans un congrès hal-00533202 v1

Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden
Communication dans un congrès inria-00438224 v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré
International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩
Communication dans un congrès inria-00438215 v1
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GPU Parallelization of Algebraic Dynamic Programming

Peter Steffen , Robert Giegerich , Mathieu Giraud
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 09), Sep 2009, Wroclaw, Poland
Communication dans un congrès inria-00438219 v1
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Not so many runs in strings

Mathieu Giraud
2nd International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA 2008), Mar 2008, Tarragona, Spain
Communication dans un congrès inria-00271630 v1
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Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware

Pierre Peterlongo , Laurent Noé , Dominique Lavenier , Gilles Georges , Julien Jacques et al.
Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland
Communication dans un congrès inria-00178325 v1
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Seed-Based Exclusion Method for Non-coding RNA Gene Search

Jean-Eudes Duchesne , Mathieu Giraud , Nadia El-Mabrouk
13th Annual International Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2007), Jul 2007, Banff, Canada. pp.27-39, ⟨10.1007/978-3-540-73545-8_6⟩
Communication dans un congrès inria-00271642 v1

Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions

Dominique Lavenier , Philippe Veber , Mathieu Giraud
2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩
Communication dans un congrès istex hal-00107094 v1
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Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles

Mathieu Giraud , Laurent Noé , Gregory Kucherov , Dominique Lavenier
MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37
Communication dans un congrès inria-00001036 v1

Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana

Sébastien Tempel , Mathieu Giraud , Israël-César C. Lerman , Ivan Couée , Abdelhak El Amrani et al.
XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-00015261 v1

mreps: a program for exhaustive search for tandem repeats in DNA sequences

Ghizlane Bana , Roman Kolpakov , Mathieu Giraud , Ralph Rabbat , Gregory Kucherov
Sixth Annual International Conference on Research in Computational Biology - RECOMB 2002, Apr 2002, Washington, DC, US
Communication dans un congrès inria-00100869 v1
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Maximal Repetitions and Application to DNA sequences

Mathieu Giraud , Gregory Kucherov
Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, pp.165--172
Communication dans un congrès inria-00107854 v1
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One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia

Patrick Villarese , Chrystelle Abdo , Matthieu Bertrand , Florian Thonier , Mathieu Giraud et al.
Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03684695 v1
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Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia

Anne Langlois de Septenville , Myriam Boudjoghra , Clotilde Bravetti , Marine Armand , Mikaël Salson et al.
Anton W. Langerak. Immunogenetics, 2453, Springer, pp.153-167, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_10⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03684717 v1

Computational Analysis of Musical Form

Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé
David Meredith. Computational Music Analysis, Springer, pp.113-136, 2016, 978-3-319-25929-1. ⟨10.1007/978-3-319-25931-4_5⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01231201 v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Chapitre d'ouvrage hal-00563408 v1

Bioinformatics Applications

Dominique Lavenier , Mathieu Giraud
Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2
Chapitre d'ouvrage inria-00000501 v1
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Towards modeling alternating patterns through inter-notes relations

Perrine Vantalon , Mathieu Giraud , Richard Groult , Thierry Lecroq
23rd International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2022), Late-Breaking Demo Session, Dec 2022, Bangalore, India. , pp.LV10
Poster de conférence hal-03951420 v1
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Towards Custom Dilated Convolutions on Pitch Spaces

Rony Abecidan , Mathieu Giraud , Gianluca Micchi
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2020), Late-Breaking Demo Session, 2020, Montréal, Canada. Extended Abstracts for the Late-Breaking Demo Session of the 21st Int. Society for Music Information Retrieval Conference
Poster de conférence hal-02959676 v1

Modelling Keys and Modulation with Scales and Harmonic Progressions

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Florence Levé
Digital Music Research Network Workshop (DMRN+14), 2019, London, France
Poster de conférence hal-02392389 v1

Vers une recherche automatisée du parcours tonal

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Florence Levé
Les sciences de la musique, 2019, Paris, France.
Poster de conférence hal-01972701 v1
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Using Dezrann in Musicology and MIR Research

Mathieu Giraud
Digital Libraries for Musicology (DLfM 2018), 2018, Paris, France
Poster de conférence hal-01871713 v1
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Une application web interactive pour l'analyse musicale

Emmanuel Leguy , Richard Groult , Mathieu Giraud
European Music Analysis Conference (EuroMAC 2017), 2017, Strasbourg, France. 2017
Poster de conférence hal-01517517 v1

Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis

Nathalie Grardel , Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014
Poster de conférence hal-01100290 v1
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Compter les globules blancs, analyser les partitions

Mathieu Giraud
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
HDR tel-01577763 v1