Mathieu Giraud

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Identifiants chercheurs

Présentation

Mathieu Giraud, directeur de recherche CNRS en informatique au laboratoire CRIStAL (CNRS, Université de Lille, Centrale Lille), conçoit des méthodes algorithmiques pour étudier des séquences au service de projets culturels et de santé.

Mathieu dirige l'équipe d'informatique musicale Algomus qui travaille sur l'analyse, la modélisation, la visualisation et la génération de musique. Est-ce qu'un ordinateur peut aider à faire comprendre et même à faire apprécier la musique ? Ces travaux en humanités numériques concernent la mélodie, l'harmonie (accords, progressions d'accords, cadences), les rythmes, la texture musicale, pour finalement modéliser la structure et la forme musicale et proposer de nouvelles manières d'interagir et de valoriser le patrimoine et le matrimoine musical.

Mathieu a mené durant 15 ans des recherches sur l'analyse et la comparaison de séquences d'ADN et d'ARN, notamment dans l'équipe de bioinformatique Bonsai. Il continue de travailler sur des méthodes pour mieux connaître les populations de globules blancs, en particulier pour améliorer les diagnostics et les suivis de leucémie. Il est le responsable technique du consortium VidjilNet au sein d'Inria et s'intéresse à l'éthique des traitements de données médicales.

Mathieu collabore avec des musicien·nes (artistes, enseignant·es, grand public...) ainsi qu'avec des professionnel·les de santé. Il s'inscrit dans une démarche de science ouverte, en particulier sur les logiciels libres, et contribue à des politiques locales et nationales sur l'inclusivité et sur le genre, ainsi que sur les transports publics.

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Publications

Annotating Texture and Imitation Patterns in a Corpus of Slow Movements in Corelli’s Trio Sonatas

Jérémie Roux , Mathieu Giraud , Florence Levé

Empirical Musicology review, In press

Article dans une revue hal-05061294v1
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Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V(D)J recombinations in Vidjil-algo

Cyprien Borée , Mathieu Giraud , Mikaël Salson

Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e44. ⟨10.24072/pcjournal.547⟩

Article dans une revue hal-04361907v4
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Introducing the digitised dataset of Slovenian folk ballads

Vanessa Nina Borsan , Mojca Kovačič , Mathieu Giraud , Marjeta Pisk , Matevž Pesek et al.

Ethnomusicology Forum, 2025, pp.1-32. ⟨10.1080/17411912.2025.2588780⟩

Article dans une revue hal-05403570v1
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Associations between music training and the dynamics of writing music by hand

Aurélien Bertiaux , François Gabrielli , Mathieu Giraud , Florence Levé

Musicae Scientiae, 2023, 27 (1), ⟨10.1177/1029864920972145⟩

Article dans une revue hal-02979816v1
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Weighted Automata Computation of Edit Distances with Consolidations and Fragmentations

Mathieu Giraud , Florent Jacquemard

Information and Computation, 2022, 282, pp.104652. ⟨10.1016/j.ic.2020.104652⟩

Article dans une revue hal-01857267v4
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I Keep Counting : An Experiment in Human/AI Co-creative Songwriting

Gianluca Micchi , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé

Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2021, 4 (1), pp.263-275. ⟨10.5334/tismir.93⟩

Article dans une revue hal-03399076v1
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Not All Roads Lead to Rome: Pitch Representation and Model Architecture for Automatic Harmonic Analysis

Gianluca Micchi , Mark Gotham , Mathieu Giraud

Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2020, 3 (1), pp.42-54. ⟨10.5334/tismir.45⟩

Article dans une revue hal-02934374v1
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Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study

Monika Brüggemann , Michaela Kotrova , Henrik Knecht , Jack Bartram , Myriam Boudjogrha et al. Article dans une revue hal-02169053v1
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Learning Sonata Form Structure on Mozart's String Quartets

Pierre Allegraud , Louis Bigo , Laurent Feisthauer , Mathieu Giraud , Richard Groult et al.

Transactions of the International Society for Music Information Retrieval (TISMIR), 2019, 2 (1), pp.82-96. ⟨10.5334/tismir.27⟩

Article dans une revue hal-02366640v1
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Indexing labeled sequences

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikaël Salson

PeerJ Computer Science, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩

Article dans une revue hal-01743104v1

High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.

Anton W Langerak , Monika Brüggemann , Frederic Davi , Nikos Darzentas , Jacques J. M. van Dongen et al.

Journal of Immunology, 2017, 198 (10), pp.3765-3774. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩

Article dans une revue hal-01516289v1
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High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones

Mikael Salson , Mathieu Giraud , Aurélie Caillault , Nathalie Grardel , Nicolas Duployez et al.

Leukemia Research, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩

Article dans une revue hal-01404817v1
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Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis

Yann Ferret , Aurélie Caillault , Shéhérazade Sebda , Marc Duez , Nathalie Grardel et al.

British Journal of Haematology, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩

Article dans une revue hal-01279160v1
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Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing

Marc Duez , Mathieu Giraud , Ryan Herbert , Tatiana Rocher , Mikael Salson et al.

PLoS ONE, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩

Article dans une revue hal-01397079v1

Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Hélène Touzet

Journal of Computational Biology, 2015, 22 (3), pp.190-204

Article dans une revue hal-01228130v1
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Combined transcriptome studies identify AFF3 as a mediator of the oncogenic effects of β-catenin in adrenocortical carcinoma

Lucile Lefèvre , Hanin Omeiri , Ludivine Drougat , Constanze Hantel , Mathieu Giraud et al.

Oncogenesis, 2015, 4 (7), pp.e161. ⟨10.1038/oncsis.2015.20⟩

Article dans une revue inserm-01182372v1
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Computational Fugue Analysis

Mathieu Giraud , Richard Groult , Emmanuel Leguy , Florence Levé

Computer Music Journal, 2015, 39 (2), pp.77-96. ⟨10.1162/COMJ_a_00300⟩

Article dans une revue hal-01113520v1

The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL.

Michaela Kotrova , Katerina Muzikova , Ester Mejstrikova , Michaela Novakova , Violeta Bakardjieva-Mihaylova et al.

Blood, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩

Article dans une revue hal-01241663v1
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Algorithmes pour l’analyse de la musique tonale

Mathieu Giraud , Marc Rigaudière

Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2014, Informatique musicale, 33 (7-8), pp.567-586. ⟨10.3166/tsi.33.567-586⟩

Article dans une revue hal-01107721v1
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Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Céline Villenet , Sabine Quief et al.

BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩

Article dans une revue hal-01009173v1
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RNA Locally Optimal Secondary Structures

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Antoine de Monte , Hélène Touzet

Journal of Computational Biology, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. ⟨10.1089/cmb.2010.0178⟩

Article dans une revue hal-00756249v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré

Parallel Computing, 2011, 37, pp.466-478. ⟨10.1016/j.parco.2010.10.001⟩

Article dans une revue hal-00623404v1

Les séquenceurs à haut débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson

Interstices, 2011

Article dans une revue hal-01350176v1
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Asymptotic behavior of the numbers of runs and microruns

Mathieu Giraud

Information and Computation, 2009, 207 (11), pp.1221-1228. ⟨10.1016/j.ic.2009.02.007⟩

Article dans une revue hal-00438214v1
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Optimal neighborhood indexing for protein similarity search

Pierre Peterlongo , Laurent Noé , Dominique Lavenier , van Hoa Nguyen , Gregory Kucherov et al.

BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩

Article dans une revue inria-00340510v1
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Path-equivalent developments in acyclic weighted automata

Mathieu Giraud , Philippe Veber , Dominique Lavenier

International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩

Article dans une revue inria-00271646v1

Symbiologik : jouez avec les gènes

Nicolas Deroche , Mathieu Giraud

Interstices, 2006

Article dans une revue hal-01352610v1

Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.

Sébastien Tempel , Mathieu Giraud , Dominique Lavenier , Israël-César C. Lerman , Anne-Sophie Valin et al.

Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954

Article dans une revue hal-00090517v1
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Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.

Sandrine Pawlicki , Anne-Sophie Valin , Mathieu Giraud , Gilles Georges , Christian Delamarche et al.

Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12

Article dans une revue hal-00456604v1

The dog and rat olfactory receptor repertoires

Pascale Quignon , Mathieu Giraud , Maud Rimbault , Patricia Lavigne , Sandrine Tacher et al.

Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩

Article dans une revue hal-00107100v1

Linking and Combining Digital Music Sources in Digital Archives: The CollabScore approach

Philippe Rigaux , Bertrand Coüasnon , Sebastien Cretin , Valère Étienne , Mathieu Giraud et al.

IAML 2026 - International Association of Music Libraries Congress, Aristotle University of Thessaloniki, Jun 2026, Thessalokini, Greece

Communication dans un congrès hal-05515780v1
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Vers une taxonomie et une analyse des gestes guitaristiques dans le Brutal Death Metal

Quentin Guilluy , Anis Fariji , Joao Fernandes , Mathieu Giraud , Alexandre D'Hooge et al.

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2025), GRAME; Inria, Jun 2025, Lyon, France. pp.109-116

Communication dans un congrès hal-05102344v2
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Detection of orchestral blends in musical scores

Francesco Maccarini , Olivier Anoufa , Mathieu Giraud , Florence Levé , Stephen Mcadams

Sound and Music Computing (SMC 2025), 2025, Graz, Austria

Communication dans un congrès hal-05049228v1
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When Voices Interleave: Timing Deviations in Six Performances of Telemann's Fantasias for Solo Flute

Patrice Thibaud , Mathieu Giraud , Yann Teytaut

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2025), Sep 2025, Daejeon, South Korea

Communication dans un congrès hal-05102415v1
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Music with Numbers: Jianpu Number-Based Notation in Cultural Heritage and Digital Humanities

Rui Yang , Mathieu Giraud , Florence Levé

Music Encoding Conference (MEC 2025), 2025, London, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-05029666v1
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What song now? Personalized Rhythm Guitar Learning in Western Popular Music

Zakaria Hassein-Bey , Yohann Abbou , Alexandre D'Hooge , Mathieu Giraud , Gilles Guillemain et al.

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2025), 2025, Daejeon, South Korea

Communication dans un congrès hal-05102412v1
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Suggestions pédagogiques personnalisées pour la guitare

Alexandre D'Hooge , Mathieu Giraud , Yohann Abbou , Gilles Guillemain

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2024), May 2024, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-04564669v1
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Co-creative orchestration of Angeles with layer scores and orchestration plans

Francesco Maccarini , Maël Oudin , Mathieu Giraud , Florence Levé

International Conference on Artificial Intelligence in Music, Sound, Art and Design (EvoMUSART 2024), 2024, Aberystwyth, United Kingdom. ⟨10.1007/978-3-031-56992-0_15⟩

Communication dans un congrès hal-04388097v1
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The CollabScore project – From Optical Recognition to Multimodal Music Sources

Christophe Guillotel-Nothmann , Philippe Rigaux , Bertrand B. Coüasnon , Mathieu Giraud , Aurélie Lemaitre

WoRMS 2024: 6th International Workshop on Reading Music Systems, Jorge Calvo-Zaragoza; Alexander Pacha; Elona Shatri, Nov 2024, Online, France. pp.33-37, ⟨10.48550/arXiv.2411.15741⟩

Communication dans un congrès hal-04925968v1
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The Games We Play: Exploring The Impact of ISMIR on Musicology

Vanessa Nina Borsan , Mathieu Giraud , Richard Groult

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2023), Nov 2023, Milano, Italy. pp.474-481, ⟨10.5281/zenodo.10265344⟩

Communication dans un congrès hal-04142194v1
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Analyse et essai de reconstruction de structures arborescentes des grilles de jazz

Patrice Thibaud , Mathieu Giraud

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2023), May 2023, Paris, France. pp.62-67

Communication dans un congrès hal-04196644v1
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Adding descriptors to melodies improves pattern matching: a study on Slovenian folk songs

Vanessa Nina Borsan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Thierry Lecroq

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2023), 2023, Milan, Italy. pp.474-481, ⟨10.5281/zenodo.10265328⟩

Communication dans un congrès hal-04142315v1
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The ‘Measure Map’: an inter-operable standard for aligning symbolic music

Mark Gotham , Johannes Hentschel , Louis Couturier , Nathan Dykeaylen , Martin Rohrmeier et al.

International Conference on Digital Libraries for Musicology (DLfM 2023), Nov 2023, Milano, Italy. ⟨10.1145/3625135.3625136⟩

Communication dans un congrès hal-04197400v1
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Soutenir en classe l'écoute active, l'autonomie et l'échange en analyse musicale avec la plateforme web Dezrann

Alice Sauda , Mathieu Giraud , Emmanuel Leguy

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2022) / Sound and Music Computing (SMC 2022), 2022, Saint-Étienne, France. pp.617-623, ⟨10.5281/zenodo.6800855⟩

Communication dans un congrès hal-03618017v1
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Modeling and Editing Cross-Modal Synchronization on a Label Web Canvas

Louis Garczynski , Mathieu Giraud , Emmanuel Leguy , Philippe Rigaux

Music Encoding Conference (MEC 2022), 2022, Halifax, Canada. pp.61-71, ⟨10.17613/krxd-pq66⟩

Communication dans un congrès hal-03583179v2
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Personalizing AI for Co-Creative Music Composition from Melody to Structure

Ken Déguernel , Mathieu Giraud , Richard Groult , Sebastien Gulluni

Sound and Music Computing (SMC 2022), 2022, Saint-Étienne, France. pp.314-321, ⟨10.5281/zenodo.6573287⟩

Communication dans un congrès hal-03618015v1
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A Corpus Describing Orchestral Texture in First Movements of Classical and Early-Romantic Symphonies

Dinh-Viet-Toan Le , Mathieu Giraud , Florence Levé , Francesco Maccarini

Digital Libraries for Musicology (DLfM 2022), 2022, Prague, Czech Republic. pp.22-35

Communication dans un congrès hal-03663112v1
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What are the most used guitar positions?

Jules Cournut , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Nicolas Martin , David Régnier

International Conference on Digital Libraries for Musicology (DLfM 2021), 2021, Online, United Kingdom. pp.84-92, ⟨10.1145/3469013.3469024⟩

Communication dans un congrès hal-03279863v1
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Symbolic Textural Features and Melody/Accompaniment Detection in String Quartets

Louis Soum-Fontez , Mathieu Giraud , Nicolas Guiomard-Kagan , Florence Levé

International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR 2021), Nov 2021, Online, Japan. pp.175-184

Communication dans un congrès hal-03322543v1
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Estimating keys and modulations in musical pieces

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Florence Levé

Sound and Music Computing Conference (SMC 2020), Simone Spagnol; Andrea Valle, Jun 2020, Torino, Italy

Communication dans un congrès hal-02886399v2
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Encodages de tablatures pour l'analyse de musique pour guitare

Jules Cournut , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Nicolas Martin

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2020), 2020, Strasbourg (en ligne), France

Communication dans un congrès hal-02934382v1
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Modeling and learning structural breaks in sonata forms

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2019), 2019, Delft, Netherlands. ⟨10.5281/zenodo.3527828⟩

Communication dans un congrès hal-02162936v2
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Realtime collaborative annotation of music scores with Dezrann

Ling Ma , Mathieu Giraud , Emmanuel Leguy

International Symposium on Computer Music Modeling and Retrieval (CMMR 2019), 2019, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-02162935v1
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L'informatique musicale : informatique et musique en interdisciplinarité

Moreno Andreatta , Gérard Assayag , Myriam Desainte-Catherine , Jean-Louis Giavitto , Mathieu Giraud et al.

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2019), May 2019, Bayonne, France

Communication dans un congrès hal-02348292v1
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Génération photo-réaliste de défauts sur des images de surfaces extérieures d'avions acquises par un drone autonome

Bryan Deliencourt , Mathieu Giraud , Julien Miranda , Stanislas Larnier , Ariane Herbulot et al.

ORASIS, journées francophones des jeunes chercheurs en vision par ordinateur, May 2019, Saint-Dié-des-Vosges, France

Communication dans un congrès hal-02164953v1
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Relevance of musical features for cadence detection

Louis Bigo , Laurent Feisthauer , Mathieu Giraud , Florence Levé

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2018), 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01801060v1
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Dezrann, a Web Framework to Share Music Analysis

Mathieu Giraud , Richard Groult , Emmanuel Leguy

International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR 2018), May 2018, Montréal, Canada. pp.104-110

Communication dans un congrès hal-01796787v1
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Sketching Sonata Form Structure in Selected Classical String Quartets

Louis Bigo , Mathieu Giraud , Richard Groult , Nicolas Guiomard-Kagan , Florence Levé

ISMIR 2017 - International Society for Music Information Retrieval Conference, 2017, Suzhou, China

Communication dans un congrès hal-01568703v1
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Les pierres musicales, un dispositif pédagogique interactif

Julien Debove , David Durand , Marion Giraud , Mathieu Giraud , Richard Groult et al.

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2017), 2017, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01517519v1
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Indexer un ensemble de séquences ADN annotées

Tatiana Rocher , Mathieu Giraud , Mikael Salson

JOBIM, Jun 2016, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-01576319v1
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Improving voice separation by better connecting contigs

Nicolas Guiomard-Kagan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2016), Aug 2016, New York, United States

Communication dans un congrès hal-01331551v1
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Comparing Voice and Stream Segmentation Algorithms

Nicolas Guiomard-Kagan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2015), Oct 2015, Malaga, Spain. pp.493-499

Communication dans un congrès hal-01246693v1
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Modeling Musical Structure with Parametric Grammars

Mathieu Giraud , Sławek Staworko

Mathematics and Computation in Music (MCM 2015), Jun 2015, London, United Kingdom. pp.85-96, ⟨10.1007/978-3-319-20603-5_8⟩

Communication dans un congrès hal-01205422v1
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Modélisation et visualisation de schémas d'analyse musicale avec music21

Guillaume Bagan , Mathieu Giraud , Richard Groult , Emmanuel Leguy

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2015), 2015, Montréal, Canada

Communication dans un congrès hal-01135118v1

Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré

International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, ⟨10.1109/IPDPSW.2015.105⟩

Communication dans un congrès hal-01153893v1
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Fragmentations with pitch, rhythm and parallelism constraints for variation matching

Mathieu Giraud , Ken Déguernel , Emilios Cambouropoulos

International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR), Oct 2013, Marseille, France. pp.298-312, ⟨10.1007/978-3-319-12976-1_19⟩

Communication dans un congrès hal-00906462v2
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Vers une analyse automatique des formes sonates

Laurent David , Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé , Corentin Louboutin

Journées d'Informatique Musicale (JIM 2014), 2014, Bourges, France. pp.113-118

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Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)

Nathalie Grardel , Mikaël Salson , Aurélie Caillault , Marc Duez , Céline Villenet et al.

Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01100152v1
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Towards Modeling Texture in Symbolic Data

Mathieu Giraud , Florence Levé , Florent Mercier , Marc Rigaudière , Donatien Thorez

International Society for Music Information Retrieval Conference - ISMIR, 2014, Taipei, Taiwan. pp.59-64

Communication dans un congrès hal-01057017v1
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Searching for alternate RNA structures in genomic sequences

Azadeh Saffarian , Mathieu Giraud , Hélène Touzet

Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.13-24, ⟨10.15455/CMSR.2014.0002⟩

Communication dans un congrès hal-01084319v1

Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez , Jean-Stéphane Varré , Céline Villenet et al.

JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-00857581v1
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Melodic contour representations in the analysis of children's songs

Christina Anagnostopoulou , Mathieu Giraud , Nick Poulakis

3rd International Workshop on Folk Music Analysis, Jun 2013, Amsterdam, Netherlands. pp.40-43

Communication dans un congrès hal-00826427v1
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Subject and counter-subject detection for analysis of the Well-Tempered Clavier fugues

Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé

International Symposium on Computer Music Modelling and Retrieval (CMMR 2012), 2012, United Kingdom. pp.661-673

Communication dans un congrès hal-00712554v1
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Detecting Episodes with Harmonic Sequences for Fugue Analysis

Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé

ISMIR - International Society for Music Information Retrieval Conference - 2012, 2012, Porto, Portugal

Communication dans un congrès hal-00712565v1
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Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics

Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Laetitia Jourdan et al.

Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria

Communication dans un congrès inria-00623390v1

biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics

Jean-Frédéric Berthelot , Charles Deltel , Mathieu Giraud , Stéphane Janot , Laetitia Jourdan et al.

JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France

Communication dans un congrès hal-00637847v1
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Rhythm extraction from polyphonic symbolic music

Florence Levé , Richard Groult , Guillaume Arnaud , Cyril Séguin , Rémi Gaymay et al.

12th International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2011), Oct 2011, United States. pp.375-380

Communication dans un congrès hal-00636058v1
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Bit-Parallel Multiple Pattern Matching

Tuan Tu Tran , Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré

Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland

Communication dans un congrès inria-00637227v1
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The Number of Runs in a Ternary Word

Hideo Bannai , Mathieu Giraud , Kazuhiko Kusano , Wataru Matsubara , Ayumi Shinohara et al.

Prague Stringology Conference 2010, Aug 2010, France. pp.178-181

Communication dans un congrès hal-00533202v1
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GPU Parallelization of Algebraic Dynamic Programming

Peter Steffen , Robert Giegerich , Mathieu Giraud

Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 09), Sep 2009, Wroclaw, Poland

Communication dans un congrès inria-00438219v1

Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Stéphane Janot , Mathieu Giraud

Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden

Communication dans un congrès inria-00438224v1
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Parallel Position Weight Matrices Algorithms

Mathieu Giraud , Jean-Stéphane Varré

International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, ⟨10.1109/ISPDC.2009.31⟩

Communication dans un congrès inria-00438215v1
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Not so many runs in strings

Mathieu Giraud

2nd International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA 2008), Mar 2008, Tarragona, Spain

Communication dans un congrès inria-00271630v1
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Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware

Pierre Peterlongo , Laurent Noé , Dominique Lavenier , Gilles Georges , Julien Jacques et al.

Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland

Communication dans un congrès inria-00178325v1
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Seed-Based Exclusion Method for Non-coding RNA Gene Search

Jean-Eudes Duchesne , Mathieu Giraud , Nadia El-Mabrouk

13th Annual International Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2007), Jul 2007, Banff, Canada. pp.27-39, ⟨10.1007/978-3-540-73545-8_6⟩

Communication dans un congrès inria-00271642v1

Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions

Dominique Lavenier , Philippe Veber , Mathieu Giraud

2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩

Communication dans un congrès istex hal-00107094v1
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Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles

Mathieu Giraud , Laurent Noé , Gregory Kucherov , Dominique Lavenier

MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37

Communication dans un congrès inria-00001036v1

Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana

Sébastien Tempel , Mathieu Giraud , Israël-César C. Lerman , Ivan Couée , Abdelhak El Amrani et al.

XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France

Communication dans un congrès hal-00015261v1

mreps: a program for exhaustive search for tandem repeats in DNA sequences

Ghizlane Bana , Roman Kolpakov , Mathieu Giraud , Ralph Rabbat , Gregory Kucherov

Sixth Annual International Conference on Research in Computational Biology - RECOMB 2002, Apr 2002, Washington, DC, US

Communication dans un congrès inria-00100869v1
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Maximal Repetitions and Application to DNA sequences

Mathieu Giraud , Gregory Kucherov

Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, pp.165--172

Communication dans un congrès inria-00107854v1
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One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia

Patrick Villarese , Chrystelle Abdo , Matthieu Bertrand , Florian Thonier , Mathieu Giraud et al.

Anton W. Langerak. Immunogenetics. Methods and Protocols, 2453, Springer, pp.43-59, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_3⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03684695v1
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Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia

Anne Langlois de Septenville , Myriam Boudjoghra , Clotilde Bravetti , Marine Armand , Mikaël Salson et al.

Anton W. Langerak. Immunogenetics, 2453, Springer, pp.153-167, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2115-8. ⟨10.1007/978-1-0716-2115-8_10⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03684717v1

Computational Analysis of Musical Form

Mathieu Giraud , Richard Groult , Florence Levé

David Meredith. Computational Music Analysis, Springer, pp.113-136, 2016, 978-3-319-25929-1. ⟨10.1007/978-3-319-25931-4_5⟩

Chapitre d'ouvrage hal-01231201v1
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Manycore high-performance computing in bioinformatics

Jean-Stéphane Varré , Bertil Schmidt , Stéphane Janot , Mathieu Giraud

Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011

Chapitre d'ouvrage hal-00563408v1

Bioinformatics Applications

Dominique Lavenier , Mathieu Giraud

Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2

Chapitre d'ouvrage inria-00000501v1

Les Pixelles, un club d'informatique pour collégiennes et lycéennes

Claire Divoy , Maxime Folschette , Mathieu Giraud , Mikaela Keller , Alyssa Lemoine et al.

Didapro 11, Mar 2026, Grenoble, France

Poster de conférence hal-05486331v1

Towards Cross-Cultural Modelling of Instrumental Difficulty

Rui Yang , Mathieu Giraud , Florence Levé

Digital Music Research Network One-day Workshop (DMRN+20), 2025, London, United Kingdom.

Poster de conférence hal-05485130v1
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Modelling Flute Difficulty through a Corpus of Annotated Scores

Rui Yang , Xiaotong Cai , Mathieu Giraud , Marc-Antoine Houën , Florence Levé et al.

Digital Libraries for Musicology (DLfM 2025), Sep 2025, Seoul, South Korea.

Poster de conférence hal-05485080v1
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Towards modeling alternating patterns through inter-notes relations

Perrine Vantalon , Mathieu Giraud , Richard Groult , Thierry Lecroq

23rd International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2022), Late-Breaking Demo Session, Dec 2022, Bangalore, India. , pp.LV10

Poster de conférence hal-03951420v1
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Towards Custom Dilated Convolutions on Pitch Spaces

Rony Abecidan , Mathieu Giraud , Gianluca Micchi

International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2020), Late-Breaking Demo Session, 2020, Montréal, Canada. Extended Abstracts for the Late-Breaking Demo Session of the 21st Int. Society for Music Information Retrieval Conference

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Modelling Keys and Modulation with Scales and Harmonic Progressions

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Florence Levé

Digital Music Research Network Workshop (DMRN+14), 2019, London, France

Poster de conférence hal-02392389v1

Vers une recherche automatisée du parcours tonal

Laurent Feisthauer , Louis Bigo , Mathieu Giraud , Florence Levé

Les sciences de la musique, 2019, Paris, France.

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Using Dezrann in Musicology and MIR Research

Mathieu Giraud

Digital Libraries for Musicology (DLfM 2018), 2018, Paris, France

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Une application web interactive pour l'analyse musicale

Emmanuel Leguy , Richard Groult , Mathieu Giraud

European Music Analysis Conference (EuroMAC 2017), 2017, Strasbourg, France. 2017

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Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis

Nathalie Grardel , Mathieu Giraud , Mikaël Salson , Marc Duez

American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. , 2014

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Compter les globules blancs, analyser les partitions

Mathieu Giraud

Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016

HDR tel-01577763v1