Marc-Emmanuel Bellemare

Maitre de conférences à Polytech' Marseille –Aix Marseille Université
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Documents
Affiliations actuelles
  • Images et Modèles (I&M)
  • Laboratoire d'Informatique et des Systèmes (LIS) (Marseille, Toulon) (LIS)

Présentation

Titres universitaires HDR en Sciences de l'AMU(soutenue le 26 Mars 2025 sous la présidence de Mme la professeure Isabelle Bloch) Janvier 2000 : Docteur de l'Université de Rennes 1 mention traitement du signal et Télécommunications Ancien élève de l'ENS de Cachan (Paris-Saclay) (1990-1996) 1996 DEA Signal Télécommunications Images Radar de l'université de Rennes 1 (Interruption 2 ans due au service militaire en coopération) 1993 Agrégation de Sciences Physiques - Physique Appliquées 1992 Maîtrise EEA Université Paris XI - Orsay

Expérience professionnelle Depuis 2000 : Maitre de conférences à Polytech' Marseille – et LIS UMR 7020 ATER complet à l’ENSPM – équipe PhyTI de l’Institut Fresnel (UMR 6133) (Septembre 1999 - Août 2000) Moniteur à l’Université de Rennes 1 (Septembre 1996 – Août 1999) « Colleur » prépa MP au lycée Chateaubriand de Rennes en Sciences Physiques (1998) Coopérant professeur au Lycée Franco-Mexicain de Mexico (Sept. 1993 - Août 1995) Séjour de recherche au LEP (Philips) de Limeil-Brevanne (1992) : « Rejection d’artéfacts ECG par réseau de neurones (MLP) »

Encadrement doctoral et scientifique Encadrement de post-docs/IGR : • Jorge Ramos Rodriguez (2024 - 2025) • Amine Bohi (2019 – 2020) • Karim Makki (2019 – 2020) • Riad KHELIFI (2012-2013) • Lamia Derrode (Oct. 2010 – Juin. 2011) • Lucero Lopez Perez (2007-2008) Encadrement de doctorants : • Marc-Adrien Hostin – thèse inter ED science du Mouvement Humain/ Math-info (encadrement 50% - D. Bendahan) : Application du deep-learning à la segmentation d’IRM et à l’imagerie quantitative du muscle. Sept 2020 – 21 Déc. 2023 • Augustin Ogier – thèse soutenue 21 Octobre 2021 (Encadrement 80% - D. Bendahan, P. Drap) : Segmentation d’IRM musculaire et IRM dynamique 3D du pelvis. • Rafael Namias, - thèse en co-tutelle avec l’Université de Rosario (Argentine) - soutenue en Février 2015 : Segmentation des organes pelviens en IRM (Encadrement à 50%, Mariana del Fresno 50% (Univ. Tandil) ) • Mehdi Rahim - thèse soutenue en Décembre 2012 : Caractérisation de la dynamique des déformations de contours. Application à l’imagerie pelvienne (encadrement 80%, N. Pirró & R. Bulot) • Thierry Bay – thèse soutenue en Novembre 2012 : Modélisation de surfaces épaisses et fermées : application au cas des organes pelviens. (Encadrement 30% R.Raffin & M. Daniel) • Pascal Kilian – thèse soutenue en Septembre 2009 : Outils et méthodologies pour la chirurgie orthopédique assistée par ordinateur mini-invasive. (Encadrement 80%- R. Bulot 20%)

**Encadrement de Masters Recherche/ PFE Ingénieur: ** • Samir Mesrane : Segmentation d’images de microscopie confocale par approches Deep – AMU 2024 (co-encadrement avec A. Sergé – LAI - INSERM) • Ines Ben Salem : Une architecture « deep-learning » pour la segmentation d'IRM Multi-planaires - AMU 2024 (avec M.-A. Hostin) • Kaoutar Baggar : Segmentation d'images de microscopie électronique par apprentissage profond - AMU 2024 (avec M.-A. Hostin) • Asmaâ Doudouh : Observation of 3D deformations of soft tissue organs by ultrafast MRI - Phelma 2023 (avec M.-A. Hostin) • Hamza Benaboud : Analyse d’images de végétations endocardiques par Microscopie à balayage - AMU 2022 (collaboration IHU avec J-P Baudoin) • Shiliang Liu : Segmentation d’images précliniques par approche « deep-learning » - AMU 2021 (collaboration CRMBM avec A. Viola • Mélanie Carriat : Classification de séquences temporelles de déformations 2D d’organes pelviens – Univ. Bordeaux 2021 (avec A Ogier) • Marc-Adrien Hostin – Segmentation d’IRM pelvienne par apprentissage profond - Phelma 2020 (avec A. Ogier) • Armando Garcia – “Quantitative assessment of pelvic organ deformation ”, EuroPhotonics 2019 • Sidi Didi Mohammed – Caractérisation de séquences temporelles de déformations 3D d’organes à tissus mous - Univ. Reims 2019 • Lisandro Lopez – “Object Tracking in Image Sequence Using Particle Filters”, Université de Rosario – Argentine – 2015 • Fares Cherif – Correction de mouvements et optimisation de séquence IRM 2D+t du cœur par une approche de recalage d’images. - ENIT (Tunis) / Univ. Paris Descartes – Collaboration CRMBM (F. Kober). • Badreddine Ratni – Simulation de la dynamique pelvienne – Collaboration avec l’École Nationale Polytechnique d’Alger (Mme Aïcha Moussaoui) - 2013 • Amine Rabehi - Caractérisation de la déformation 3D des organes pelviens avec l’opérateur de Laplace-Beltrami – Collaboration avec l’Ecole Nationale Polytechnique d’Alger – 2013 • Wael Ayeche – Navigation 3D d’une injection - École Nationale d’Ingénieur de Sfax (ENIS) 2010 • Klara Kaderabkova - Segmentation des principaux organes pelviens dans des images d’IRM abdominale – 2010 (Encadrement à 50%, Sébastien Paris 50%) • Mehdi Rahim - Vers un simulateur de chirurgie pelvienne: Évaluation quantitative de la modélisation de la dynamique des organes pelviens – 2008 • Laurent Marsac - Modélisation des organes de la région du petit bassin – 2006 • Romain Streichenbreger – Segmentation de l’interface osseuse dans des images échographiques – 2005 (Encadrement 60% - Olivier Coulon : 40%) • Julien Lemaitre – Modélisation par surfaces adaptatives en endoscopie virtuelle - 2004 • Eric Brosseron – Modélisation par lancer de rayons actifs. Application à l’endoscopie virtuelle – 2002 • Pascal Kilian – Visualisation par lancer de rayons appliquée à l’IRM - 2001 Soit : 22 encadrements de Master et PFE. Master 2 Recherche Clinique et Simulation en santé (internes en Médecine) • Raphael Niddam – 3D observation of pelvic organ prolapse with dynamic MRI segmentation – 2023 (Encadrement 50% - Nicolas Pirró) • Adel Omouri – MoDyPe : Modélisation de la dynamique pelvienne – 2022 (Encadrement 50% - Nicolas Pirró) Ingénieurs d'étude : • Jean-Marc Muzi (MoDyPe: 01/2010 -> 12/2010)\ • Julien Lemaitre (SMI : 02/2007 -> 04/2008)\ 7 encadrements d’assistants ingénieurs (2A) de Phelma et Centrale Marseille (2018 – 2023)

Missions d’expertises • Relecteur pour les conférences : ICML (Area Chair 2025), NeurIPS (AreaChair Reviewer, 2024, 2025), IEEE ISBI, IEEE EMBC, IEEE BHI, SIPAIM, CAD, et les journaux: Artificial Intelligence in Medicine, Journal of MRI, Journal of Biomechanics, Journal Engineering Science and Technology: an International Journal. • Évaluation projet de thèse pour la Graduate School Medical Device engineering à Lyon (2024) • Expertise IADoc@UdL 2021 – Projet de thèse IA/Santé Universite de Lyon • Expert pour le Cancéropôle du Grand –Est : AAP Emergence 2014. • Expert pour l’ANR pour les appels à projet TecSan (en 2008, 2010, 2013). • Expertise de projets de recherche pour l’Institut TEC de Monterrey (Mexique) « Evaluación de la cátedra de investigación en tecnología de información y electronica aplicadas a la biomedicina » (2005). • Membre des Comités de Sélection de l’Université de la Méditerranée, Aix-Marseille 2, pour les postes MCU 1871 (CNU61) 2008, MCU 0521 (CNU 27) 2009, et pour l’AMU MCF 4051 (chaire d’Excellence 2012) et de l’Université Toulon Sud-Var pour le poste MCF0293-2015 (CNU27). • Membre de la commission de spécialistes 61-27 de l’Université Paul Cézanne (2001-2005)

• Membre des Comités Recherche et Formation de l’Institut Imaging AMIDEX (2019 - 2024) • Membre du COMEX de l’institut Carnot Star (2017 - 2019) • Membre du groupe d’expert Image de l’Institut Carnot Star (2014-2015) • Membre du comité de pilotage de la plateforme technique de Réalité Virtuelle « Move Lite » de l’IFR E.J Marey (700k€) (2002-2005) • Membre de comités de suivi de thèse pour l’IMT Atlantique et AMU

Responsabilités scientifiques Montant total des subventions apportées au laboratoire : 740k€ (PI : Investigateur Principal) • [2022-2025] : (PI) Projet interdisciplinarité AMIDEX : (112k€) SEMENDO-Base (Partenaire : MEPHI/IHU Méditerranée Infection) • [2024] : Projet FLI SEISMS : Segmentation intelligente et automatique musculaire des membres inférieurs (5,5k€/24,9k€) (partenaires : CREATIS (porteur), CRMBM) • [2022-2024] : (PI) Projet FLI WP4 RE4 : MoDyPe3D. Modélisation 3D de la dynamique pelvienne par IRM ultra rapide.(10,5k€/25k€) (programme ANR-11-INBS-0006) (partenaires : CRMBM, UTBM-ICB ) • [2021-2022] : (PI) Projet FLI-WP4 échange d’expertise :3DIRM - Modélisation 3D de la dynamique pelvienne par IRM ultra rapide (3k€/15k€) (programme ANR-11-INBS-0006) (partenaires : CRMBM/ UTBM-COM) • [2019-2020] : (PI),Projet de ressourcement Institut Carnot Star : Reconstruction par IRM dynamique du mouvement d’organes à tissus mous (85,3 k€) (partenaires : CRMBM, AP-HM). • [2009-2013] : Responsabilité d’un projet national de recherche (PI) ANR-09-SYSC-008 MoDyPe : projet aidé à hauteur de 450 k€ dont 294k€ pour le LSIS (36 mois) et labellisé par le pôle de compétitivité EuroBiomed. http://modype.lsis.org/ • [2005-2008] : membre du comité de pilotage du projet RNTS SMI (coordinateur Praxim Medivision) projet aidé à hauteur de 1,250 M€ dont 205,2k€ pour le LSIS (30 mois). Responsable scientifique du projet pour le LSIS. Responsabilité d’une tâche SP8 : « Injection de toxine Botulinique ». • [2002-2005] : Projet de Recherche LSIS-Praxim (PI) Modèles 3D déformables en accompagnement de la thèse en CIFRE de Pascal Kilian.

Responsabilités administratives • Directeur adjoint à la formation (2021-2024) de l’institut d’établissement AMU : Institut Marseille Imaging (R.S.T : Stefan Enoch, Dir. Adj. Rech : Monique Bernard, Dir. Op. : Cécile Lavoute) • Membre élu du Conseil d’École (équiv. C.A.) de l’école d’ingénieurs AMU Polytech’ Marseille (2005 – 2009) • Membre élu au conseil de laboratoire du LIS (2018 - 2024) • Membre élu Conseil de laboratoire du LSIS (2002 - 2005) puis (2009 – 2018) • Membre de la commission finance de l’ED 184 (Mathématiques et Informatique) à AMU • Membre fondateur du comité parité et lutte contre les discriminations du LIS • Membre du GDR STIC-Santé, de la SFGBM, IEEE-EMBS

Domaines de recherche

Imagerie médicale Intelligence artificielle [cs.AI] Traitement des images [eess.IV]

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Publications

Biomechanical finite element simulation of the pelvic organs under dynamic loading and validation against experimental data from magnetic resonance imaging

Camille Lafond , Louise Hohnadel , Thomas Brunel , Nicolas Pirrò , Marc-Emmanuel Bellemare et al.
Medical Engineering & Physics, 2025, 146, pp.104433. ⟨10.1016/j.medengphy.2025.104433⟩
Article dans une revue hal-05362410 v1
Image document

Comparison of Manual vs Artificial Intelligence–Based Muscle MRI Segmentation for Evaluating Disease Progression in Patients With CMT1A

Etienne Fortanier , Marc Adrien Hostin , Constance Michel , Emilien Delmont , Maxime Guye et al.
Neurology, 2024, 103 (10), ⟨10.1212/WNL.0000000000210013⟩
Article dans une revue hal-04753051 v1
Image document

3D Observation of Pelvic Organs with Dynamic MRI Segmentation: A Bridge Toward Patient-Specific Models

Adel Omouri , Stanislas Rapacchi , Julie Duclos , Raphaël Niddam , Marc-Emmanuel Bellemare et al.
International Urogynecology Journal, 2024, 35, pp.1389-1397. ⟨10.1007/s00192-024-05817-0⟩
Article dans une revue hal-04590954 v1
Image document

One-Year Longitudinal Assessment of Patients With CMT1A Using Quantitative MRI

Etienne Fortanier , Marc Adrien Hostin , Constance Michel , Emilien Delmont , Marc-Emmanuel Bellemare et al.
Neurology, 2024, 102 (9), ⟨10.1212/WNL.0000000000209277⟩
Article dans une revue hal-04592856 v1
Image document

Four-dimensional reconstruction and characterization of bladder deformations

Augustin C. Ogier , Stanislas Rapacchi , Marc‐Emmanuel Bellemare
Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2023, 237, pp.107569. ⟨10.1016/j.cmpb.2023.107569⟩
Article dans une revue hal-04090378 v1

The Impact of Fatty Infiltration on MRI Segmentation of Lower Limb Muscles in Neuromuscular Diseases: A Comparative Study of Deep Learning Approaches

Marc‐adrien Hostin , Augustin C. Ogier , Constance P. Michel , Yann Le Fur , Maxime Guye et al.
Journal of Magnetic Resonance Imaging, 2023, ⟨10.1002/jmri.28708⟩
Article dans une revue hal-04064186 v1
Image document

Characterization of surface motion patterns in highly deformable soft tissue organs from dynamic MRI: An application to assess 4D bladder motion

Karim Makki , Amine Bohi , Augustin C. Ogier , Marc Emmanuel Bellemare
Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2022, 218, pp.106708. ⟨10.1016/j.cmpb.2022.106708⟩
Article dans une revue hal-03658072 v1
Image document

Overview of MR Image Segmentation Strategies in Neuromuscular Disorders

Augustin C. Ogier , Marc-Adrien Hostin , Marc-Emmanuel Bellemare , David Bendahan
Frontiers in Neurology, 2021, 12, pp.625308. ⟨10.3389/fneur.2021.625308⟩
Article dans une revue hal-03181363 v1
Image document

Overview of MR Image Segmentation Strategies in Neuromuscular Disorders

Augustin C. Ogier , Marc-Adrien Hostin , Marc-Emmanuel Bellemare , David Bendahan
Frontiers in Neurology, 2021, 12, ⟨10.3389/fneur.2021.625308⟩
Article dans une revue hal-03818724 v1
Image document

A novel segmentation framework dedicated to the follow‐up of fat infiltration in individual muscles of patients with neuromuscular disorders

Augustin C. Ogier , Linda Heskamp , Constance P. Michel , Alexandre Fouré , Marc-Emmanuel Bellemare et al.
Magnetic Resonance in Medicine, 2019, 83 (5), pp.1825-1836. ⟨10.1002/mrm.28030⟩
Article dans une revue hal-02362978 v1
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Multi-object segmentation framework using deformable models for medical imaging analysis

Rafael Namías , Juan Pablo D’amato , Mariana del Fresno , Marcelo Vénere , Nicola Pirró et al.
Medical and Biological Engineering and Computing, 2016, 54 (8), pp.1181-1192. ⟨10.1007/s11517-015-1387-3⟩
Article dans une revue hal-03812641 v1
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Female patient-specific finite element modeling of pelvic organ prolapse (POP)

Zhuo-Wei Chen , Pierre Joli , Zhi-Qiang Feng , Mehdi Rahim , Nicolas Pirró et al.
Journal of Biomechanics, 2015, 48 (2), pp.238--245. ⟨10.1016/j.jbiomech.2014.11.039⟩
Article dans une revue hal-01176093 v1
Image document

A Diffeomorphic Mapping Based Characterization of Temporal Sequences: Application to the Pelvic Organ Dynamics Assessment

Mehdi Rahim , Marc-Emmanuel Bellemare , Rémy Bulot , Nicolas Pirró
Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2013, 47 (1-2), pp.151-164. ⟨10.1007/s10851-012-0391-6⟩
Article dans une revue istex hal-03812655 v1
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A quantiative approach for the assessment of the pelvic dynamics modeling

Mehdi Rahim , Marc-Emmanuel Bellemare , Nicolas Pirró , Rémy Bulot
Innovation and Research in BioMedical engineering, 2011, 32 (5), pp.311-315. ⟨10.1016/j.irbm.2011.09.003⟩
Article dans une revue istex hal-03812651 v1
Image document

Depth-map-based scene analysis for active navigation in virtual angioscopy.

Pascal Haigron , Marc-Emmanuel Bellemare , Oscar Acosta , Cemil Göksu , Carine Kulik et al.
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2004, 23 (11), pp.1380-90
Article dans une revue inserm-00133431 v1
Image document

Automatic muscle segmentation on healthy abdominal MRI using nnUNet

Victoria Joppin , Niamh Belton , Marc-Adrien Hostin , Marc Emmanuel Bellemare , Aonghus Lawlor et al.
Medical Imaging with Deep Learning (MIDL2024), Jul 2024, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04780097 v1
Image document

Context-Gan: Controllable Context Image Generation Using Gans

Marc-Adrien Hostin , Vladimir Sivtsov , Shahram Attarian , David Bendahan , Marc-Emmanuel Bellemare
2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2023, Cartagena, Colombia. ⟨10.1109/ISBI53787.2023.10230602⟩
Communication dans un congrès hal-04350685 v1
Image document

ConText-GAN: using contextual texture information for realistic and controllable medical image synthesis*

Marc-Adrien Hostin , Shahram Attarian , David Bendahan , Marc-Emmanuel Bellemare
2023 IEEE EMBS International Conference on Biomedical and Health Informatics (BHI), IEEE EMBS, Oct 2023, Pittsburgh, United States. ⟨10.1109/BHI58575.2023.10313436⟩
Communication dans un congrès hal-04350740 v1

Uterus segmentation in dynamic MRI using LBP texture descriptors

R. Namias , M.-E. Bellemare , M. Rahim , N. Pirró
SPIE Medical Imaging, Mar 2014, San Diego, France. pp.90343W, ⟨10.1117/12.2043617⟩
Communication dans un congrès hal-03812660 v1

L'évaluation automatique des déplacements et des déformations des organes pelviens est faisable et reproductible.

Silvia Cresti , E. Di Crocco , Mehdi Rahim , Diane Mege , Marc-Emmanuel Bellemare et al.
2013 - 36eme Congrès de la SIFUD-PP, Jun 2013, Nice, France
Communication dans un congrès hal-01488249 v1
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Geometric modeling of pelvic organs with thickness

Thierry Bay , Zhuo-Wei Chen , Romain Raffin , Marc Daniel , Pierre Joli et al.
3-Dimensional Image Processing (3DIP) and Applications II, Society for Imaging Science and Technology, Jan 2012, Burlingame, CA, United States. pp.82900I, ⟨10.1117/12.907463⟩
Communication dans un congrès hal-01176126 v1
Image document

Geometric modeling of pelvic organs

Thierry Bay , Jean-Christophe Chambelland , Romain Raffin , Marc Daniel , Marc-Emmanuel Bellemare
33rd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC2011, IEEE, Aug 2011, Boston (MA), United States. pp.4329-4332
Communication dans un congrès hal-01311444 v1
Image document

Bone Surface Reconstruction Using Localized Freehand Ultrasound Imaging

Lucero Diana Lopez Perez , Julien Lemaitre , Agung Alfiansyah , M.-E. Bellemare
30th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, IEEE EMBS, Aug 2008, Vancouver (BC), Canada
Communication dans un congrès hal-04742267 v1
Image document

Toward the Simulation of the Strain of Female Pelvic Organs

Marc-Emmanuel Bellemare , Nicolas Pirró , Laurent Marsac , Olivier Durieux
29th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, IEEE EMBS, Aug 2007, Lyon, France. ⟨10.1109/IEMBS.2007.4352898⟩
Communication dans un congrès hal-04743309 v1

Three-dimensional reconstruction and characterization of bladder deformations

Augustin C. Ogier , Stanislas Rapacchi , Marc‐Emmanuel Bellemare
International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), May 2022, London, United Kingdom
Poster de conférence hal-04316836 v1

Geometric and clinical evaluation of deep learning-based segmentation of individual lower limb muscles from patients with neuropathies

Marc-Adrien Hostin , Augustin C. Ogier , Constance P. Michel , Yann Le Fur , Maxime Guye et al.
International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), May 2022, London, United Kingdom
Poster de conférence hal-04316834 v1
Image document

Fonction de perte basée sur les contours pour la segmentation d’IRM de vessie par apprentissage profond

Marc-Adrien Hostin , Augustin C. Ogier , Marc-Emmanuel Bellemare
5ème congrès scientifique de la Société Francaise de Résonance Magnétique en Biologie et Médecine (SFRMBM), Sep 2021, Lyon, France
Poster de conférence hal-03366156 v1

Reconstruction et caractérisation 3D des déformations de la vessie

Augustin C. Ogier , Stanislas Rapacchi , Marc-Emmanuel Bellemare
5ème Congrès de la Société Française de Résonance Magnétique en Biologie et Médecine (SFRMBM), Sep 2021, Lyon, France
Poster de conférence hal-03361799 v1

Suivi dynamique 3D des organes pelviens - résultats préliminaires

Augustin C. Ogier , Stanislas Rapacchi , Arnaud Le Troter , Marc-Emmanuel Bellemare
GRETSI, Aug 2019, Lille, France. 2019
Poster de conférence hal-03127903 v1

Semi-automatic segmentation of individual muscles in MR images: A new tool dedicated to the follow-up of patients with neuromuscular disorders

Augustin C. Ogier , Linda Heskamp , Alexandre Fouré , Marc-Emmanuel Bellemare , Arnaud Le Troter et al.
International Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), Jun 2018, Paris, France
Poster de conférence hal-02000334 v1
Image document

A Shape Descriptors Comparison for Organs Deformation Sequence Characterization in MRI Sequences

Mehdi Rahim , Marc‐Emmanuel Bellemare , Nicolas Pirró , Rémy Bulot
IEEE 16th International Conference on Image Processing, ICIP 2009, Nov 2009, Caire, Egypt. pp.1069 - 1072
Poster de conférence hal-04742280 v1