Marc-Emmanuel Bellemare
- Images et Modèles (I&M)
- Laboratoire d'Informatique et des Systèmes (LIS) (Marseille, Toulon) (LIS)
Présentation
Titres universitaires HDR en Sciences de l'AMU(soutenue le 26 Mars 2025 sous la présidence de Mme la professeure Isabelle Bloch) Janvier 2000 : Docteur de l'Université de Rennes 1 mention traitement du signal et Télécommunications Ancien élève de l'ENS de Cachan (Paris-Saclay) (1990-1996) 1996 DEA Signal Télécommunications Images Radar de l'université de Rennes 1 (Interruption 2 ans due au service militaire en coopération) 1993 Agrégation de Sciences Physiques - Physique Appliquées 1992 Maîtrise EEA Université Paris XI - Orsay
Expérience professionnelle Depuis 2000 : Maitre de conférences à Polytech' Marseille – et LIS UMR 7020 ATER complet à l’ENSPM – équipe PhyTI de l’Institut Fresnel (UMR 6133) (Septembre 1999 - Août 2000) Moniteur à l’Université de Rennes 1 (Septembre 1996 – Août 1999) « Colleur » prépa MP au lycée Chateaubriand de Rennes en Sciences Physiques (1998) Coopérant professeur au Lycée Franco-Mexicain de Mexico (Sept. 1993 - Août 1995) Séjour de recherche au LEP (Philips) de Limeil-Brevanne (1992) : « Rejection d’artéfacts ECG par réseau de neurones (MLP) »
Encadrement doctoral et scientifique Encadrement de post-docs/IGR : • Jorge Ramos Rodriguez (2024 - 2025) • Amine Bohi (2019 – 2020) • Karim Makki (2019 – 2020) • Riad KHELIFI (2012-2013) • Lamia Derrode (Oct. 2010 – Juin. 2011) • Lucero Lopez Perez (2007-2008) Encadrement de doctorants : • Marc-Adrien Hostin – thèse inter ED science du Mouvement Humain/ Math-info (encadrement 50% - D. Bendahan) : Application du deep-learning à la segmentation d’IRM et à l’imagerie quantitative du muscle. Sept 2020 – 21 Déc. 2023 • Augustin Ogier – thèse soutenue 21 Octobre 2021 (Encadrement 80% - D. Bendahan, P. Drap) : Segmentation d’IRM musculaire et IRM dynamique 3D du pelvis. • Rafael Namias, - thèse en co-tutelle avec l’Université de Rosario (Argentine) - soutenue en Février 2015 : Segmentation des organes pelviens en IRM (Encadrement à 50%, Mariana del Fresno 50% (Univ. Tandil) ) • Mehdi Rahim - thèse soutenue en Décembre 2012 : Caractérisation de la dynamique des déformations de contours. Application à l’imagerie pelvienne (encadrement 80%, N. Pirró & R. Bulot) • Thierry Bay – thèse soutenue en Novembre 2012 : Modélisation de surfaces épaisses et fermées : application au cas des organes pelviens. (Encadrement 30% R.Raffin & M. Daniel) • Pascal Kilian – thèse soutenue en Septembre 2009 : Outils et méthodologies pour la chirurgie orthopédique assistée par ordinateur mini-invasive. (Encadrement 80%- R. Bulot 20%)
**Encadrement de Masters Recherche/ PFE Ingénieur: ** • Samir Mesrane : Segmentation d’images de microscopie confocale par approches Deep – AMU 2024 (co-encadrement avec A. Sergé – LAI - INSERM) • Ines Ben Salem : Une architecture « deep-learning » pour la segmentation d'IRM Multi-planaires - AMU 2024 (avec M.-A. Hostin) • Kaoutar Baggar : Segmentation d'images de microscopie électronique par apprentissage profond - AMU 2024 (avec M.-A. Hostin) • Asmaâ Doudouh : Observation of 3D deformations of soft tissue organs by ultrafast MRI - Phelma 2023 (avec M.-A. Hostin) • Hamza Benaboud : Analyse d’images de végétations endocardiques par Microscopie à balayage - AMU 2022 (collaboration IHU avec J-P Baudoin) • Shiliang Liu : Segmentation d’images précliniques par approche « deep-learning » - AMU 2021 (collaboration CRMBM avec A. Viola • Mélanie Carriat : Classification de séquences temporelles de déformations 2D d’organes pelviens – Univ. Bordeaux 2021 (avec A Ogier) • Marc-Adrien Hostin – Segmentation d’IRM pelvienne par apprentissage profond - Phelma 2020 (avec A. Ogier) • Armando Garcia – “Quantitative assessment of pelvic organ deformation ”, EuroPhotonics 2019 • Sidi Didi Mohammed – Caractérisation de séquences temporelles de déformations 3D d’organes à tissus mous - Univ. Reims 2019 • Lisandro Lopez – “Object Tracking in Image Sequence Using Particle Filters”, Université de Rosario – Argentine – 2015 • Fares Cherif – Correction de mouvements et optimisation de séquence IRM 2D+t du cœur par une approche de recalage d’images. - ENIT (Tunis) / Univ. Paris Descartes – Collaboration CRMBM (F. Kober). • Badreddine Ratni – Simulation de la dynamique pelvienne – Collaboration avec l’École Nationale Polytechnique d’Alger (Mme Aïcha Moussaoui) - 2013 • Amine Rabehi - Caractérisation de la déformation 3D des organes pelviens avec l’opérateur de Laplace-Beltrami – Collaboration avec l’Ecole Nationale Polytechnique d’Alger – 2013 • Wael Ayeche – Navigation 3D d’une injection - École Nationale d’Ingénieur de Sfax (ENIS) 2010 • Klara Kaderabkova - Segmentation des principaux organes pelviens dans des images d’IRM abdominale – 2010 (Encadrement à 50%, Sébastien Paris 50%) • Mehdi Rahim - Vers un simulateur de chirurgie pelvienne: Évaluation quantitative de la modélisation de la dynamique des organes pelviens – 2008 • Laurent Marsac - Modélisation des organes de la région du petit bassin – 2006 • Romain Streichenbreger – Segmentation de l’interface osseuse dans des images échographiques – 2005 (Encadrement 60% - Olivier Coulon : 40%) • Julien Lemaitre – Modélisation par surfaces adaptatives en endoscopie virtuelle - 2004 • Eric Brosseron – Modélisation par lancer de rayons actifs. Application à l’endoscopie virtuelle – 2002 • Pascal Kilian – Visualisation par lancer de rayons appliquée à l’IRM - 2001 Soit : 22 encadrements de Master et PFE. Master 2 Recherche Clinique et Simulation en santé (internes en Médecine) • Raphael Niddam – 3D observation of pelvic organ prolapse with dynamic MRI segmentation – 2023 (Encadrement 50% - Nicolas Pirró) • Adel Omouri – MoDyPe : Modélisation de la dynamique pelvienne – 2022 (Encadrement 50% - Nicolas Pirró) Ingénieurs d'étude : • Jean-Marc Muzi (MoDyPe: 01/2010 -> 12/2010)\ • Julien Lemaitre (SMI : 02/2007 -> 04/2008)\ 7 encadrements d’assistants ingénieurs (2A) de Phelma et Centrale Marseille (2018 – 2023)
Missions d’expertises • Relecteur pour les conférences : ICML (Area Chair 2025), NeurIPS (AreaChair Reviewer, 2024, 2025), IEEE ISBI, IEEE EMBC, IEEE BHI, SIPAIM, CAD, et les journaux: Artificial Intelligence in Medicine, Journal of MRI, Journal of Biomechanics, Journal Engineering Science and Technology: an International Journal. • Évaluation projet de thèse pour la Graduate School Medical Device engineering à Lyon (2024) • Expertise IADoc@UdL 2021 – Projet de thèse IA/Santé Universite de Lyon • Expert pour le Cancéropôle du Grand –Est : AAP Emergence 2014. • Expert pour l’ANR pour les appels à projet TecSan (en 2008, 2010, 2013). • Expertise de projets de recherche pour l’Institut TEC de Monterrey (Mexique) « Evaluación de la cátedra de investigación en tecnología de información y electronica aplicadas a la biomedicina » (2005). • Membre des Comités de Sélection de l’Université de la Méditerranée, Aix-Marseille 2, pour les postes MCU 1871 (CNU61) 2008, MCU 0521 (CNU 27) 2009, et pour l’AMU MCF 4051 (chaire d’Excellence 2012) et de l’Université Toulon Sud-Var pour le poste MCF0293-2015 (CNU27). • Membre de la commission de spécialistes 61-27 de l’Université Paul Cézanne (2001-2005)
• Membre des Comités Recherche et Formation de l’Institut Imaging AMIDEX (2019 - 2024) • Membre du COMEX de l’institut Carnot Star (2017 - 2019) • Membre du groupe d’expert Image de l’Institut Carnot Star (2014-2015) • Membre du comité de pilotage de la plateforme technique de Réalité Virtuelle « Move Lite » de l’IFR E.J Marey (700k€) (2002-2005) • Membre de comités de suivi de thèse pour l’IMT Atlantique et AMU
Responsabilités scientifiques Montant total des subventions apportées au laboratoire : 740k€ (PI : Investigateur Principal) • [2022-2025] : (PI) Projet interdisciplinarité AMIDEX : (112k€) SEMENDO-Base (Partenaire : MEPHI/IHU Méditerranée Infection) • [2024] : Projet FLI SEISMS : Segmentation intelligente et automatique musculaire des membres inférieurs (5,5k€/24,9k€) (partenaires : CREATIS (porteur), CRMBM) • [2022-2024] : (PI) Projet FLI WP4 RE4 : MoDyPe3D. Modélisation 3D de la dynamique pelvienne par IRM ultra rapide.(10,5k€/25k€) (programme ANR-11-INBS-0006) (partenaires : CRMBM, UTBM-ICB ) • [2021-2022] : (PI) Projet FLI-WP4 échange d’expertise :3DIRM - Modélisation 3D de la dynamique pelvienne par IRM ultra rapide (3k€/15k€) (programme ANR-11-INBS-0006) (partenaires : CRMBM/ UTBM-COM) • [2019-2020] : (PI),Projet de ressourcement Institut Carnot Star : Reconstruction par IRM dynamique du mouvement d’organes à tissus mous (85,3 k€) (partenaires : CRMBM, AP-HM). • [2009-2013] : Responsabilité d’un projet national de recherche (PI) ANR-09-SYSC-008 MoDyPe : projet aidé à hauteur de 450 k€ dont 294k€ pour le LSIS (36 mois) et labellisé par le pôle de compétitivité EuroBiomed. http://modype.lsis.org/ • [2005-2008] : membre du comité de pilotage du projet RNTS SMI (coordinateur Praxim Medivision) projet aidé à hauteur de 1,250 M€ dont 205,2k€ pour le LSIS (30 mois). Responsable scientifique du projet pour le LSIS. Responsabilité d’une tâche SP8 : « Injection de toxine Botulinique ». • [2002-2005] : Projet de Recherche LSIS-Praxim (PI) Modèles 3D déformables en accompagnement de la thèse en CIFRE de Pascal Kilian.
Responsabilités administratives • Directeur adjoint à la formation (2021-2024) de l’institut d’établissement AMU : Institut Marseille Imaging (R.S.T : Stefan Enoch, Dir. Adj. Rech : Monique Bernard, Dir. Op. : Cécile Lavoute) • Membre élu du Conseil d’École (équiv. C.A.) de l’école d’ingénieurs AMU Polytech’ Marseille (2005 – 2009) • Membre élu au conseil de laboratoire du LIS (2018 - 2024) • Membre élu Conseil de laboratoire du LSIS (2002 - 2005) puis (2009 – 2018) • Membre de la commission finance de l’ED 184 (Mathématiques et Informatique) à AMU • Membre fondateur du comité parité et lutte contre les discriminations du LIS • Membre du GDR STIC-Santé, de la SFGBM, IEEE-EMBS
Domaines de recherche
Publications
Publications
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Automatic muscle segmentation on healthy abdominal MRI using nnUNetMedical Imaging with Deep Learning (MIDL2024), Jul 2024, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-04780097
v1
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Context-Gan: Controllable Context Image Generation Using Gans2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Apr 2023, Cartagena, Colombia. ⟨10.1109/ISBI53787.2023.10230602⟩
Communication dans un congrès
hal-04350685
v1
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ConText-GAN: using contextual texture information for realistic and controllable medical image synthesis*2023 IEEE EMBS International Conference on Biomedical and Health Informatics (BHI), IEEE EMBS, Oct 2023, Pittsburgh, United States. ⟨10.1109/BHI58575.2023.10313436⟩
Communication dans un congrès
hal-04350740
v1
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Uterus segmentation in dynamic MRI using LBP texture descriptorsSPIE Medical Imaging, Mar 2014, San Diego, France. pp.90343W, ⟨10.1117/12.2043617⟩
Communication dans un congrès
hal-03812660
v1
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L'évaluation automatique des déplacements et des déformations des organes pelviens est faisable et reproductible.2013 - 36eme Congrès de la SIFUD-PP, Jun 2013, Nice, France
Communication dans un congrès
hal-01488249
v1
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Geometric modeling of pelvic organs with thickness3-Dimensional Image Processing (3DIP) and Applications II, Society for Imaging Science and Technology, Jan 2012, Burlingame, CA, United States. pp.82900I, ⟨10.1117/12.907463⟩
Communication dans un congrès
hal-01176126
v1
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Geometric modeling of pelvic organs33rd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC2011, IEEE, Aug 2011, Boston (MA), United States. pp.4329-4332
Communication dans un congrès
hal-01311444
v1
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Bone Surface Reconstruction Using Localized Freehand Ultrasound Imaging30th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, IEEE EMBS, Aug 2008, Vancouver (BC), Canada
Communication dans un congrès
hal-04742267
v1
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Toward the Simulation of the Strain of Female Pelvic Organs29th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, IEEE EMBS, Aug 2007, Lyon, France. ⟨10.1109/IEMBS.2007.4352898⟩
Communication dans un congrès
hal-04743309
v1
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Three-dimensional reconstruction and characterization of bladder deformationsInternational Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), May 2022, London, United Kingdom
Poster de conférence
hal-04316836
v1
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Geometric and clinical evaluation of deep learning-based segmentation of individual lower limb muscles from patients with neuropathiesInternational Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), May 2022, London, United Kingdom
Poster de conférence
hal-04316834
v1
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Fonction de perte basée sur les contours pour la segmentation d’IRM de vessie par apprentissage profond5ème congrès scientifique de la Société Francaise de Résonance Magnétique en Biologie et Médecine (SFRMBM), Sep 2021, Lyon, France
Poster de conférence
hal-03366156
v1
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Reconstruction et caractérisation 3D des déformations de la vessie5ème Congrès de la Société Française de Résonance Magnétique en Biologie et Médecine (SFRMBM), Sep 2021, Lyon, France
Poster de conférence
hal-03361799
v1
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Suivi dynamique 3D des organes pelviens - résultats préliminairesGRETSI, Aug 2019, Lille, France. 2019
Poster de conférence
hal-03127903
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Semi-automatic segmentation of individual muscles in MR images: A new tool dedicated to the follow-up of patients with neuromuscular disordersInternational Society for Magnetic Resonance in Medicine (ISMRM), Jun 2018, Paris, France
Poster de conférence
hal-02000334
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A Shape Descriptors Comparison for Organs Deformation Sequence Characterization in MRI SequencesIEEE 16th International Conference on Image Processing, ICIP 2009, Nov 2009, Caire, Egypt. pp.1069 - 1072
Poster de conférence
hal-04742280
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Combining loss functions for deep learning bladder segmentation on dynamic MRIIEEE EMBS International Conference on Biomedical and Health Informatics (BHI), IEEE, pp.1-4, 2021, ⟨10.1109/BHI50953.2021.9508559⟩
Proceedings/Recueil des communications
hal-03327830
v1
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A new geodesic-based feature for characterization of 3D shapes: application to soft tissue organ temporal deformations25th International Conference on Pattern Recognition (ICPR), 2021, ⟨10.1109/ICPR48806.2021.9412922⟩
Proceedings/Recueil des communications
hal-02880284
v1
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3D Dynamic MRI for Pelvis Observation - a First StepIEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), IEEE, pp.1801-1804, 2019, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759589⟩
Proceedings/Recueil des communications
hal-02195177
v1
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