Marie-Agnès PETIT

Directrice de Recherches 2ème classe à l'INRAE
92%
Libre accès
39
Documents
Affiliations actuelles
  • Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
  • Université Paris-Saclay
  • AgroParisTech
Contact

Présentation

Avec plus de 38 ans d'expérience dans le domaine de la microbiologie, de la génomique et de la biologie moléculaire, le Dr Petit est actuellement directrice de recherche 2ème classe, et chef de l'équipe "Dynamique des génomes de phages" au sein de l'unité MICALIS (microbiologie de l'alimentation au service de la santé) de l'INRAe (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement). Elle a obtenu son diplôme de thèse en 1988 en France, sur la réplication de l'ADN dans la bactérie modèle Bacillus subtilis. Elle a ensuite effectué un stage post-doctoral à l'UC Berkley, aux États-Unis, pour travailler sur les protéines impliquées dans la manipulation de l'ADN pour la réplication ou la réparation dans une autre bactérie modèle, Escherichia coli. De retour en France, elle est engagée comme chargée de recherche à l'INRAe de Jouy-en-Josas, en France, où elle poursuit ses recherches sur les protéines impliquées dans la manipulation de l'ADN pour la réplication ou la réparation, et commence à travailler sur les virus ciblant les bactéries, appelés bactériophages. Elle a ensuite créé sa propre équipe de recherche, appelée "dynamique des génomes de phages", en 2010 (~10 membres). Cette équipe aborde l'étude des phages par une approche moléculaire (fonctions de recombinaison phagiques et leurs rôles dans l'évolution des génomes), écologique (rôle des phages tempérés dans l'équilibre des microbiotes), et évolutive (sélection de phages virulents généralistes pour la phagothérapie). Plus généralement, la variété des interactions entre bactéries et bactériophages, en particulier dans l'intestin humain, retient toute l'attention de l'équipe.

Domaines de recherche

Sciences du Vivant [q-bio]

Compétences

Bacteriophages écologie microbienne, viromes, génomique comparée, bio-informatique

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Publications

Dynamics of the viral community on the surface of a French smear-ripened cheese during maturation and persistence across production years

Thomas Paillet , Quentin Lamy-Besnier , Clarisse Figueroa , Marie-Agnès Petit , Eric Dugat-Bony
mSystems, 2024, 9 (7), pp.e0020124. ⟨10.1128/msystems.00201-24⟩
Article dans une revue hal-04616642 v1

T7 DNA polymerase treatment improves quantitative sequencing of both double-stranded and single-stranded DNA viruses

Maud Billaud , Ilias Theodorou , Quentin Lamy-Besnier , Shiraz Shah , François Lecointe et al.
Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e63. ⟨10.24072/pcjournal.437⟩
Article dans une revue hal-04662155 v1

Escherichia coli CRISPR arrays from early life fecal samples preferentially target prophages

Moïra Dion , Shiraz Shah , Ling Deng , Jonathan Thorsen , Jakob Stokholm et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2024, 18 (1), pp.986-998. ⟨10.1093/ismejo/wrae005⟩
Article dans une revue hal-04662284 v1
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Comparison of interferometric light microscopy with nanoparticle tracking analysis for the study of extracellular vesicles and bacteriophages

Romain Sausset , Zuzana Krupova , Eric Guédon , Sandrine Peron , Alice Grangier et al.
Journal of Extracellular Biology, 2023, 2 (2), pp.e75. ⟨10.1002/jex2.75⟩
Article dans une revue hal-04003317 v2
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Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection

Pauline Misson , Emma Bruder , Jeffrey Cornuault , Marianne de Paepe , Pierre Nicolas et al.
PLoS Pathogens, 2023, 19 (2), pp.e1011127. ⟨10.1371/journal.ppat.1011127⟩
Article dans une revue hal-04017385 v1

The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria

Cristina Leal Rodríguez , Shiraz Shah , Morten Arendt Rasmussen , Jonathan Thorsen , Ulrika Boulund et al.
Nature Medicine, 2023, 30 (1), pp. 138-148. ⟨10.1038/s41591-023-02685-x⟩
Article dans une revue hal-04557618 v1
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The book of Lambda does not tell us that naturally occurring lysogens of Escherichia coli are likely to be resistant as well as immune

Brandon Berryhill , Rodrigo Garcia , Ingrid Mccall , Joshua Manuel , Waqas Chaudhry et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023, 120 (11), ⟨10.1073/pnas.2212121120⟩
Article dans une revue hal-04276102 v1
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Expanding known viral diversity in the healthy infant gut

Shiraz A Shah , Ling Deng , Jonathan Thorsen , Anders G Pedersen , Moïra B Dion et al.
Nature Microbiology, 2023, 8 (5), pp.986-998. ⟨10.1038/s41564-023-01345-7⟩
Article dans une revue hal-04276100 v1
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Streptococcus pyogenes Φ1207.3 Is a Temperate Bacteriophage Carrying the Macrolide Resistance Gene Pair mef (A)- msr (D) and Capable of Lysogenizing Different Streptococci

Francesco Santoro , Gabiria Pastore , Valeria Fox , Marie-Agnès Petit , Francesco Iannelli et al.
Microbiology Spectrum, 2023, 11 (1), pp.123. ⟨10.1128/spectrum.04211-22⟩
Article dans une revue hal-04009741 v1
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PHROG: families of prokaryotic virus proteins clustered using remote homology

Paul Terzian , Eric Olo Ndela , Clovis Galiez , Julien Lossouarn , Rubén Enrique Pérez Bucio et al.
NAR Genomics and Bioinformatics, 2022, 3 (3), pp.lqab067:1-12. ⟨10.1093/nargab/lqab067⟩
Article dans une revue hal-03580568 v1
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Virulent Phages Isolated from a Smear-Ripened Cheese Are Also Detected in Reservoirs of the Cheese Factory

Thomas Paillet , Julien Lossouarn , Clarisse Figueroa , Cédric Midoux , Olivier Rué et al.
Viruses, 2022, 14 (8), pp.1620. ⟨10.3390/v14081620⟩
Article dans une revue hal-03738602 v1
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Signals triggering prophage induction in the gut microbiota

Caroline Henrot , Marie-Agnès Petit
Molecular Microbiology, 2022, 118 (5), pp.494-502. ⟨10.1111/mmi.14983⟩
Article dans une revue hal-04276105 v1
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Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal sample reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes

Maud Billaud , Quentin Lamy-Besnier , Julien Lossouarn , Elisabeth Moncaut , Moira Dion et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2021, 1 (55), ⟨10.1038/s43705-021-00054-8⟩
Article dans une revue hal-03299373 v1
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Bacterial Consumption of T4 Phages

Jean-Jacques Godon , Ariane Bize , Hoang Ngo , Laurent Cauquil , Mathieu Almeida et al.
Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩
Article dans une revue hal-03386267 v1

The enemy from within: a prophage of Roseburia intestinalis systematically turns lytic in the mouse gut, driving bacterial adaptation by CRISPR spacer acquisition

Jeffrey Cornuault , Elisabeth Moncaut , Valentin Loux , Aurélie Mathieu , Harry Sokol et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, 14 (3), pp.771-787. ⟨10.1038/s41396-019-0566-x⟩
Article dans une revue hal-02504597 v1
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New insights into intestinal phages

Romain Sausset , Marie-Agnès Petit , V. Gaboriau-Routhiau , Marianne de Paepe
Mucosal Immunology, 2020, 13 (2), pp.205-215. ⟨10.1038/s41385-019-0250-5⟩
Article dans une revue hal-02912995 v1
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Un siècle de recherche sur les bactériophages

Mireille Ansaldi , Pascale Boulanger , Charlotte Brives , Laurent Debarbieux , Nicolas Dufour et al.
Virologie, 2020, 24 (1), pp.9-22. ⟨10.1684/vir.2020.0809⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02530997 v1
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Les applications antibactériennes des bactériophages

Mireille Ansaldi , Pascale Boulanger , Charlotte Brives , Claire Le Hénaff , Laurent Debarbieux et al.
Virologie, 2020, 24 (1), pp.23-36. ⟨10.1684/vir.2019.0805⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02530998 v1

The enemy from within: a prophage of Roseburia intestinalis systematically turns lytic in the mouse gut, driving bacterial adaptation by CRISPR spacer acquisition

Jeffrey Cornuault , Elisabeth Moncaut , Valentin Loux , Aurélie Mathieu , Harry Sokol et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, 14 (3), pp.771-787. ⟨10.1038/s41396-019-0566-x⟩
Article dans une revue hal-03998790 v1
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Virulent coliphages in 1-year-old children fecal samples are fewer, but more infectious than temperate coliphages

Aurélie Mathieu , Moïra Dion , Ling Deng , Denise Tremblay , Elisabeth Moncaut et al.
Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.378. ⟨10.1038/s41467-019-14042-z⟩
Article dans une revue (data paper) hal-04009707 v1
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Viral metagenomic analysis of the cheese surface: A comparative study of rapid procedures for extracting viral particles

Eric Dugat-Bony , Julien Lossouarn , Marianne de Paepe , Anne-Sophie Sarthou , Yasmina Fedala et al.
Food Microbiology, 2020, 85 (103278), ⟨10.1016/j.fm.2019.103278⟩
Article dans une revue hal-02623156 v1
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Enterococcus faecalis Countermeasures Defeat a Virulent Picovirinae Bacteriophage

Julien Lossouarn , Arnaud Briet , Elisabeth Moncaut , Sylviane Furlan , Astrid Bouteau et al.
Viruses, 2019, 11 (1), pp.48. ⟨10.3390/v11010048⟩
Article dans une revue hal-02173127 v1
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Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

Simon Roux , Evelien M. Adriaenssens , Bas E. Dutilh , Eugene V. Koonin , Andrew M. Kropinski et al.
Nature Biotechnology, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
Article dans une revue pasteur-01977322 v1
Image document

“French Phage Network”-Third Meeting Report

Mireille Ansaldi , Laurent Debarbieux , Sylvain Gandon , Marie-Agnès Petit , Paulo Tavares et al.
Viruses, 2018, 10 (3), pp.1-7. ⟨10.3390/v10030123⟩
Article dans une revue pasteur-01827313 v1
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Phages infecting Faecalibacterium prausnitzii belong to novel viral genera that help to decipher intestinal viromes

Jeffrey K. Cornuault , Marie-Agnès Petit , Mahendra Mariadassou , Leandro Benevides , Elisabeth Moncaut et al.
Microbiome, 2018, 6 (1), 14 p. ⟨10.1186/s40168-018-0452-1⟩
Article dans une revue hal-01774632 v1
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Sak4 of Phage HK620 Is a RecA Remote Homolog With Single-Strand Annealing Activity Stimulated by Its Cognate SSB Protein

Geoffrey Hutinet , Arthur Besle , Olivier Son , Stephen Mcgovern , Raphaël Guérois et al.
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.743. ⟨10.3389/fmicb.2018.00743⟩
Article dans une revue hal-02179070 v1
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Domestication of Lambda Phage Genes into a Putative Third Type of Replicative Helicase Matchmaker

Pierre Brézellec , Marie-Agnès Petit , Sophie Pasek , Isabelle Vallet-Gely , Christophe Possoz et al.
Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (6), pp.1561-1566. ⟨10.1093/gbe/evx111⟩
Article dans une revue hal-01579131 v1

Phages rarely encode antibiotic resistance genes: a cautionary tale for virome analyses.

F Enault , A Briet , L Bouteille , Stéphane Roux , Mb Sullivan et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 11 (1), pp.237-247. ⟨10.1038/ismej.2016.90⟩
Article dans une revue hal-01557484 v1

Bactériophages et dysbioses intestinales

Marianne de Paepe , Jeffrey Cornuault , Marie-Agnès Petit
Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.7-10
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01533893 v1
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Phagonaute: A web-based interface for phage synteny browsing and protein function prediction

Hadrien Delattre , Oussema Souiai , Khema Fagoonee , Raphaël Guérois , Marie-Agnès Petit
Virology, 2016, 496, pp.42-50. ⟨10.1016/j.virol.2016.05.007⟩
Article dans une revue hal-01357336 v1
Image document

Complete Genome Sequences of Pseudomonas aeruginosa Phages vB_PaeP_PcyII-10_P3P1 and vB_PaeM_PcyII-10_PII10A.

Christine Pourcel , Cédric Midoux , Libera Latino , Marie-Agnès Petit , Gilles Vergnaud
Genome Announcements, 2016, 4 (6), pp.e00916-16. ⟨10.1128/genomeA.00916-16⟩
Article dans une revue hal-01439325 v1

Bactériophages et microbiote intestinal

Marianne de Paepe , Marie-Agnès Petit
Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.4-6
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01533892 v1

Bacterial genome remodeling through bacteriophage recombination

Rachid Menouni , Geoffrey Hutinet , Marie-Agnès Petit , Mireille Ansaldi
FEMS Microbiology Letters, 2015, 362 (1), pp.1-10. ⟨10.1093/femsle/fnu022⟩
Article dans une revue hal-01204494 v1
Image document

Shifting the paradigm from pathogens to pathobiome: new concepts in the light of meta-omics

Muriel Vayssier Taussat , Emmanuel Albina , Christine Citti , Jean-Franҫois Cosson , Marie-Agnès Jacques et al.
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, pp.n/a. ⟨10.3389/fcimb.2014.00029⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01153583 v1
Image document

Bacteriophages: an underestimated role in human and animal health ?

Marianne de Paepe , Marion Leclerc , Marie-Agnès Petit , Colin R. Tinsley
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, p. 39. ⟨10.3389/fcimb.2014.00039⟩
Article dans une revue hal-03665153 v1
Image document

Small variable segments constitute a major type of diversity of bacterial genomes at the species level.

Fabrice Touzain , Erick Denamur , Claudine Médigue , Valérie Barbe , Meriem El Karoui et al.
Genome Biology, 2010, 11 (4), pp.R45. ⟨10.1186/gb-2010-11-4-r45⟩
Article dans une revue inserm-00622573 v1
Image document

Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths.

Marie Touchon , Claire Hoede , Olivier Tenaillon , Valérie Barbe , Simon Baeriswyl et al.
PLoS Genetics, 2009, 5 (1), pp.e1000344. ⟨10.1371/journal.pgen.1000344⟩
Article dans une revue hal-00390293 v1
Image document

The lambda red proteins promote efficient recombination between diverged sequences: implications for bacteriophage genome mosaicism.

Jann T. Martinsohn , Miroslav Radman , Marie-Agnès Petit
PLoS Genetics, 2008, 4 (5), pp.e1000065. ⟨10.1371/journal.pgen.1000065⟩
Article dans une revue inserm-00496049 v1

UvrD helicase, unlike Rep helicase, dismantles RecA nucleoprotein filaments in Escherichia coli

Xavier Veaute , Stéphane Delmas , Marjorie Selva , Josette Jeusset , Eric Le Cam et al.
EMBO Journal, 2004, 24 (1), pp.180-189. ⟨10.1038/sj.emboj.7600485⟩
Article dans une revue hal-03065307 v1