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Marie-Agnès PETIT

Directrice de Recherches 2ème classe à l'INRAE
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Avec plus de 38 ans d'expérience dans le domaine de la microbiologie, de la génomique et de la biologie moléculaire, le Dr Petit est actuellement directrice de recherche 2ème classe, et chef de l'équipe "Dynamique des génomes de phages" au sein de l'unité MICALIS (microbiologie de l'alimentation au service de la santé) de l'INRAe (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement). Elle a obtenu son diplôme de thèse en 1988 en France, sur la réplication de l'ADN dans la bactérie modèle Bacillus subtilis. Elle a ensuite effectué un stage post-doctoral à l'UC Berkley, aux États-Unis, pour travailler sur les protéines impliquées dans la manipulation de l'ADN pour la réplication ou la réparation dans une autre bactérie modèle, Escherichia coli. De retour en France, elle est engagée comme chargée de recherche à l'INRAe de Jouy-en-Josas, en France, où elle poursuit ses recherches sur les protéines impliquées dans la manipulation de l'ADN pour la réplication ou la réparation, et commence à travailler sur les virus ciblant les bactéries, appelés bactériophages. Elle a ensuite créé sa propre équipe de recherche, appelée "dynamique des génomes de phages", en 2010 (~10 membres). Cette équipe aborde l'étude des phages par une approche moléculaire (fonctions de recombinaison phagiques et leurs rôles dans l'évolution des génomes), écologique (rôle des phages tempérés dans l'équilibre des microbiotes), et évolutive (sélection de phages virulents généralistes pour la phagothérapie). Plus généralement, la variété des interactions entre bactéries et bactériophages, en particulier dans l'intestin humain, retient toute l'attention de l'équipe.

Research domains

Life Sciences [q-bio]

Skills

Bacteriophages écologie microbienne, viromes, génomique comparée, bio-informatique

Publications

T7 DNA polymerase treatment improves quantitative sequencing of both double-stranded and single-stranded DNA viruses

Maud Billaud , Ilias Theodorou , Quentin Lamy-Besnier , Shiraz Shah , François Lecointe
Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e63. ⟨10.24072/pcjournal.437⟩
Journal articles hal-04662155v1

Dynamics of the viral community on the surface of a French smear-ripened cheese during maturation and persistence across production years

Thomas Paillet , Quentin Lamy-Besnier , Clarisse Figueroa , Marie-Agnès Petit , Eric Dugat-Bony
mSystems, 2024, 9 (7), pp.e0020124. ⟨10.1128/msystems.00201-24⟩
Journal articles hal-04616642v1

Escherichia coli CRISPR arrays from early life fecal samples preferentially target prophages

Moïra Dion , Shiraz Shah , Ling Deng , Jonathan Thorsen , Jakob Stokholm
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2024, 18 (1), pp.986-998. ⟨10.1093/ismejo/wrae005⟩
Journal articles hal-04662284v1

The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria

Cristina Leal Rodríguez , Shiraz Shah , Morten Arendt Rasmussen , Jonathan Thorsen , Ulrika Boulund
Nature Medicine, 2023, 30 (1), pp. 138-148. ⟨10.1038/s41591-023-02685-x⟩
Journal articles hal-04557618v1
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The book of Lambda does not tell us that naturally occurring lysogens of Escherichia coli are likely to be resistant as well as immune

Brandon Berryhill , Rodrigo Garcia , Ingrid Mccall , Joshua Manuel , Waqas Chaudhry
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2023, 120 (11), ⟨10.1073/pnas.2212121120⟩
Journal articles hal-04276102v1
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Comparison of interferometric light microscopy with nanoparticle tracking analysis for the study of extracellular vesicles and bacteriophages

Romain Sausset , Zuzana Krupova , Eric Guédon , Sandrine Peron , Alice Grangier
Journal of Extracellular Biology, 2023, 2 (2), pp.e75. ⟨10.1002/jex2.75⟩
Journal articles hal-04003317v2
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Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection

Pauline Misson , Emma Bruder , Jeffrey Cornuault , Marianne de Paepe , Pierre Nicolas
PLoS Pathogens, 2023, 19 (2), pp.e1011127. ⟨10.1371/journal.ppat.1011127⟩
Journal articles hal-04017385v1
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Expanding known viral diversity in the healthy infant gut

Shiraz A Shah , Ling Deng , Jonathan Thorsen , Anders G Pedersen , Moïra B Dion
Nature Microbiology, 2023, 8 (5), pp.986-998. ⟨10.1038/s41564-023-01345-7⟩
Journal articles hal-04276100v1
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Streptococcus pyogenes Φ1207.3 Is a Temperate Bacteriophage Carrying the Macrolide Resistance Gene Pair mef (A)- msr (D) and Capable of Lysogenizing Different Streptococci

Francesco Santoro , Gabiria Pastore , Valeria Fox , Marie-Agnès Petit , Francesco Iannelli
Microbiology Spectrum, 2023, 11 (1), pp.123. ⟨10.1128/spectrum.04211-22⟩
Journal articles hal-04009741v1
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Virulent Phages Isolated from a Smear-Ripened Cheese Are Also Detected in Reservoirs of the Cheese Factory

Thomas Paillet , Julien Lossouarn , Clarisse Figueroa , Cédric Midoux , Olivier Rué
Viruses, 2022, 14 (8), pp.1620. ⟨10.3390/v14081620⟩
Journal articles hal-03738602v1
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Signals triggering prophage induction in the gut microbiota

Caroline Henrot , Marie-Agnès Petit
Molecular Microbiology, 2022, 118 (5), pp.494-502. ⟨10.1111/mmi.14983⟩
Journal articles hal-04276105v1
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PHROG: families of prokaryotic virus proteins clustered using remote homology

Paul Terzian , Eric Olo Ndela , Clovis Galiez , Julien Lossouarn , Rubén Enrique Pérez Bucio
NAR Genomics and Bioinformatics, 2022, 3 (3), pp.12 P;. ⟨10.1093/nargab/lqab067⟩
Journal articles hal-03580568v1
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Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal sample reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes

Maud Billaud , Quentin Lamy-Besnier , Julien Lossouarn , Elisabeth Moncaut , Moira Dion
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2021, 1 (55), ⟨10.1038/s43705-021-00054-8⟩
Journal articles hal-03299373v1
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Bacterial Consumption of T4 Phages

Jean-Jacques Godon , Ariane Bize , Hoang Ngo , Laurent Cauquil , Mathieu Almeida
Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩
Journal articles hal-03386267v1

The enemy from within: a prophage of Roseburia intestinalis systematically turns lytic in the mouse gut, driving bacterial adaptation by CRISPR spacer acquisition

Jeffrey Cornuault , Elisabeth Moncaut , Valentin Loux , Aurélie Mathieu , Harry Sokol
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, 14 (3), pp.771-787. ⟨10.1038/s41396-019-0566-x⟩
Journal articles hal-03998790v1
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Virulent coliphages in 1-year-old children fecal samples are fewer, but more infectious than temperate coliphages

Aurélie Mathieu , Moïra Dion , Ling Deng , Denise Tremblay , Elisabeth Moncaut
Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.378. ⟨10.1038/s41467-019-14042-z⟩
Journal articles hal-04009707v1
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New insights into intestinal phages

Romain Sausset , Marie-Agnès Petit , V. Gaboriau-Routhiau , Marianne de Paepe
Mucosal Immunology, 2020, 13 (2), pp.205-215. ⟨10.1038/s41385-019-0250-5⟩
Journal articles hal-02912995v1
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Un siècle de recherche sur les bactériophages

Mireille Ansaldi , Pascale Boulanger , Charlotte Brives , Laurent Debarbieux , Nicolas Dufour
Virologie, 2020, 24 (1), pp.9-22. ⟨10.1684/vir.2020.0809⟩
Journal articles hal-02530997v1
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Viral metagenomic analysis of the cheese surface: A comparative study of rapid procedures for extracting viral particles

Eric Dugat-Bony , Julien Lossouarn , Marianne de Paepe , Anne-Sophie Sarthou , Yasmina Fedala
Food Microbiology, 2020, 85 (103278), ⟨10.1016/j.fm.2019.103278⟩
Journal articles hal-02623156v1

The enemy from within: a prophage of Roseburia intestinalis systematically turns lytic in the mouse gut, driving bacterial adaptation by CRISPR spacer acquisition

Jeffrey Cornuault , Elisabeth Moncaut , Valentin Loux , Aurélie Mathieu , Harry Sokol
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, 14 (3), pp.771-787. ⟨10.1038/s41396-019-0566-x⟩
Journal articles hal-02504597v1
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Les applications antibactériennes des bactériophages

Mireille Ansaldi , Pascale Boulanger , Charlotte Brives , Claire Le Hénaff , Laurent Debarbieux
Virologie, 2020, 24 (1), pp.23-36. ⟨10.1684/vir.2019.0805⟩
Journal articles hal-02530998v1
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Enterococcus faecalis Countermeasures Defeat a Virulent Picovirinae Bacteriophage

Julien Lossouarn , Arnaud Briet , Elisabeth Moncaut , Sylviane Furlan , Astrid Bouteau
Viruses, 2019, 11 (1), pp.48. ⟨10.3390/v11010048⟩
Journal articles hal-02173127v1
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Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

Simon Roux , Evelien M. Adriaenssens , Bas E. Dutilh , Eugene V. Koonin , Andrew M. Kropinski
Nature Biotechnology, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
Journal articles pasteur-01977322v1
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Phages infecting Faecalibacterium prausnitzii belong to novel viral genera that help to decipher intestinal viromes

Jeffrey K. Cornuault , Marie-Agnès Petit , Mahendra Mariadassou , Leandro Benevides , Elisabeth Moncaut
Microbiome, 2018, 6 (1), 14 p. ⟨10.1186/s40168-018-0452-1⟩
Journal articles hal-01774632v1
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“French Phage Network”-Third Meeting Report

Mireille Ansaldi , Laurent Debarbieux , Sylvain Gandon , Marie-Agnès Petit , Paulo Tavares
Viruses, 2018, 10 (3), pp.1-7. ⟨10.3390/v10030123⟩
Journal articles pasteur-01827313v1
Image document

Sak4 of Phage HK620 Is a RecA Remote Homolog With Single-Strand Annealing Activity Stimulated by Its Cognate SSB Protein

Geoffrey Hutinet , Arthur Besle , Olivier Son , Stephen Mcgovern , Raphaël Guérois
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.743. ⟨10.3389/fmicb.2018.00743⟩
Journal articles hal-02179070v1
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Domestication of Lambda Phage Genes into a Putative Third Type of Replicative Helicase Matchmaker

Pierre Brézellec , Marie-Agnès Petit , Sophie Pasek , Isabelle Vallet-Gely , Christophe Possoz
Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (6), pp.1561-1566. ⟨10.1093/gbe/evx111⟩
Journal articles hal-01579131v1

Phages rarely encode antibiotic resistance genes: a cautionary tale for virome analyses.

F Enault , A Briet , L Bouteille , Stéphane Roux , Mb Sullivan
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 11 (1), pp.237-247. ⟨10.1038/ismej.2016.90⟩
Journal articles hal-01557484v1

Bactériophages et dysbioses intestinales

Marianne de Paepe , Jeffrey Cornuault , Marie-Agnès Petit
Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.7-10
Journal articles hal-01533893v1
Image document

Phagonaute: A web-based interface for phage synteny browsing and protein function prediction

Hadrien Delattre , Oussema Souiai , Khema Fagoonee , Raphaël Guérois , Marie-Agnès Petit
Virology, 2016, 496, pp.42-50. ⟨10.1016/j.virol.2016.05.007⟩
Journal articles hal-01357336v1
Image document

Complete Genome Sequences of Pseudomonas aeruginosa Phages vB_PaeP_PcyII-10_P3P1 and vB_PaeM_PcyII-10_PII10A.

Christine Pourcel , Cédric Midoux , Libera Latino , Marie-Agnès Petit , Gilles Vergnaud
Genome Announcements, 2016, 4 (6), pp.e00916-16. ⟨10.1128/genomeA.00916-16⟩
Journal articles hal-01439325v1

Bactériophages et microbiote intestinal

Marianne de Paepe , Marie-Agnès Petit
Bulletin de l'Association des Anciens Elèves de l'Institut Pasteur, 2016, 58 (226), pp.4-6
Journal articles hal-01533892v1

Bacterial genome remodeling through bacteriophage recombination

Rachid Menouni , Geoffrey Hutinet , Marie-Agnès Petit , Mireille Ansaldi
FEMS Microbiology Letters, 2015, 362 (1), pp.1-10. ⟨10.1093/femsle/fnu022⟩
Journal articles hal-01204494v1
Image document

Shifting the paradigm from pathogens to pathobiome: new concepts in the light of meta-omics

Muriel Vayssier Taussat , Emmanuel Albina , Christine Citti , Jean-Franҫois Cosson , Marie-Agnès Jacques
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, pp.n/a. ⟨10.3389/fcimb.2014.00029⟩
Journal articles hal-01153583v1
Image document

Bacteriophages: an underestimated role in human and animal health ?

Marianne de Paepe , Marion Leclerc , Marie-Agnès Petit , Colin R. Tinsley
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2014, 4, p. 39. ⟨10.3389/fcimb.2014.00039⟩
Journal articles hal-03665153v1
Image document

Small variable segments constitute a major type of diversity of bacterial genomes at the species level.

Fabrice Touzain , Erick Denamur , Claudine Médigue , Valérie Barbe , Meriem El Karoui
Genome Biology, 2010, 11 (4), pp.R45. ⟨10.1186/gb-2010-11-4-r45⟩
Journal articles inserm-00622573v1
Image document

Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths.

Marie Touchon , Claire Hoede , Olivier Tenaillon , Valérie Barbe , Simon Baeriswyl
PLoS Genetics, 2009, 5 (1), pp.e1000344. ⟨10.1371/journal.pgen.1000344⟩
Journal articles hal-00390293v1
Image document

The lambda red proteins promote efficient recombination between diverged sequences: implications for bacteriophage genome mosaicism.

Jann T. Martinsohn , Miroslav Radman , Marie-Agnès Petit
PLoS Genetics, 2008, 4 (5), pp.e1000065. ⟨10.1371/journal.pgen.1000065⟩
Journal articles inserm-00496049v1

UvrD helicase, unlike Rep helicase, dismantles RecA nucleoprotein filaments in Escherichia coli

Xavier Veaute , Stéphane Delmas , Marjorie Selva , Josette Jeusset , Eric Le Cam
EMBO Journal, 2004, 24 (1), pp.180-189. ⟨10.1038/sj.emboj.7600485⟩
Journal articles hal-03065307v1