Access content directly

Marie LEFEBVRE

41
Documents

Presentation

### **Ingénieur bioinformatique** Lieu: Région de Bordeaux, France Ingénieur en bioinformatique dans l'équipe de Virologie à l'INRAE Biologie du Fruit et Pathologie, Bordeaux. Je réalise le développement logiciel pour l'analyse de données high throughput sequencing (HTS) de métagénomique phytoviral. Je mets en place des bases de données et interface web via les technologies web sémantique. ### Background & position **Depuis Octobre 2017** - Ingénieur en bioinformatique à l'INRAe, Bordeaux, France Développement du pipeline virAnnot pour les analyses métagénomiques virales. Développement de bases de données et d'interfaces web pour les virus de plantes. **October 2020-March 2021** - Mission au Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL J'ai obtenu une bourse d'échange dans le cadre du projet [ELIXIR](https://elixir-europe.org/about-us/staff-exchange-programme) pour: - intégrer le pipeline [virAnnot](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) dans GALAXY pour rendre les analyses métagénomiques virales facilement accessibles à toute la communauté - développer une méthode pour hiérarchiser les gènes d'une région eQTL afin d'identifier plus précisément le gène causal affectant un trait, voir [AraQTL](https://www.bioinformatics.nl/AraQTLld) **2016-2017** - Ingénieur en bioinformatique - LS2N Combinatoire et Informatique, Nantes, France Développement d'algorithmes et d'interfaces web pour l'intégration de données hétérogènes via les données ouvertes liées et le web sémantique (modèle BioPAX). [SyMeTRIC Project](http://symetric.univ-nantes.fr/doku.php) **2014-2016** - Ingénieur en bioinformatique - INRAe Biologie des fruits et pathologie, Bordeaux, France Développement d'une base de données et d'une interface Web pour les spectres RMN et leurs métadonnées. [Metabohub Project](https://www.metabohub.fr/home.html) Intégration d'outils pour Galaxy Workflow4Metabolomics. **2014** - Stage - INRA Evolution et génétique quantitative, Paris-Sud, France Intégration d'un package R dans une interface web pour l'analyse de données de sélection variétale de blé. [SHiHeMaS Project](https://sourcesup.renater.fr/projects/shinemas/) ### Education & training **2021** - IFB open science and PGD (IFB) **2020** - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC) **2017** - Cours de calcul haute performance (Bordeaux Computing Center) **2015** - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group) **2014** - Master : Bioinformatique (Nantes, France) **2012** - Licence : Biologie, Géosciences, Chimie (Nantes, France) option biologie de l'environnement
### **Bioinformatics engineer** Location: Bordeaux, France I am a bioinformatics engineer in the Virology team at INRAE Fruit Biology and Pathology, Bordeaux. I am in charge of the software development for the analysis of high throughput sequencing (HTS) data of phytoviral metagenomics. I set up database and web interface via semantic web technologies. ### Background & position **Since October 2017** - Bioinformatics ingineer permanent position at INRAe, Bordeaux, France Development of virAnnot pipeline for viral metagenomic analyses. Databases and web interfaces development for plant viruses. **October 2020-March 2021** - Long term mission at the Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL I was awarded a Staff Exchange Grant from the [ELIXIR project](https://elixir-europe.org/about-us/staff-exchange-programme) to: - integrate the [virAnnot pipeline](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) in the GALAXY environment to make viral metagenomics analyses easily accessible for all the community - develop a method to prioritize the genes of an eQTL region in order to identify more precisely the causal gene affecting trait, see [AraQTL](https://www.bioinformatics.nl/AraQTLld) **2016-2017** - Bioinformatics ingineer - LS2N Combinatory and Informatic, Nantes, France Algorithm and web interface development for heterogeneous data integration through linked open data and semantic web (BioPAX model). [SyMeTRIC Project](http://symetric.univ-nantes.fr/doku.php) **2014-2016** - Bioinformatics ingineer - INRAe Biology of Fruit and Pathology, Bordeaux, France Database and Web interface development for NMR spectra and metadata. [Metabohub Project](https://www.metabohub.fr/home.html) Tool integration for Galaxy Workflow4Metabolomics **2014** - Internship - INRA Evolution and quantitative genetic, Paris-Sud, France R package integration in a web interface for the analysis of wheat varietal selection data. [SHiHeMaS Project](https://sourcesup.renater.fr/projects/shinemas/) ### Education & training **2021** - IFB open science and PGD (IFB) **2020** - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC) **2017** - High-performance computing Course (Bordeaux Computing Center) **2015** - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group) **2014** - Master’s degree: Bioinformatics (Nantes, France) **2012** - Licence’s degree: Biology, Geosciences, Chemistry (Nantes, france) Option: Environmental Biology

Publications

Image document

Identification of Seven Additional Genome Segments of Grapevine-Associated Jivivirus 1

Thierry Candresse , Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Flora Depasse , Chantal Faure et al.
Viruses, 2023, 15 (1), pp.39. ⟨10.3390/v15010039⟩
Journal articles hal-03915165v1
Image document

PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand et al.
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Journal articles hal-03695453v1

First report of grapevine virus L infecting grapevine in southeast France

Laurence Svanella-Dumas , Thierry T. Candresse , Marie Lefebvre , Jerome Lluch , Sophie Valiere et al.
Plant Disease, 2022, 106 (5), pp.1536. ⟨10.1094/PDIS-10-21-2310-PDN⟩
Journal articles hal-03520722v1
Image document

Pipeline to detect the positional and directional relationship between transposable elements and adjacent genes in host genome

Caroline Meguerditchian , Ayse Ergun , Véronique Decroocq , Marie Lefebvre , Quynh-Trang Bui et al.
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e48. ⟨10.24072/pcjournal.57⟩
Journal articles hal-03604056v1

First report of lettuce necrotic leaf curl virus infecting cultivated lettuce in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Jonathan Gaudin et al.
Plant Disease, 2021, 105 (4), 1 p. ⟨10.1094/PDIS-11-20-2348-PDN⟩
Journal articles hal-03101398v1
Image document

Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data

Marie Lefebvre , Alban Gaignard , Maxime Folschette , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, 2021, pp.baaa113. ⟨10.1093/database/baaa113⟩
Journal articles hal-03107317v2

Genome characterization and diversity of trifolium virus 1: identification of a novel legume-infecting capulavirus

Yuxin Ma , Laurence Svanella-Dumas , Charlotte Julian , Serge Galzi , Emmanuel Fernandez et al.
Archives of Virology, 2021, 166 (9), pp.2573-2578. ⟨10.1007/s00705-021-05135-6⟩
Journal articles hal-03271050v1
Image document

Sixty years from the first disease description, a novel badnavirus associated with chestnut mosaic disease

Armelle Marais , Sergio Murolo , Chantal Faure , Yoann Brans , Clement Larue et al.
Phytopathology, 2021, 111 (6), pp.1051-1058. ⟨10.1094/PHYTO-09-20-0420-R⟩
Journal articles hal-03036205v1
Image document

A Primer on the Analysis of High-Throughput Sequencing Data for Detection of Plant Viruses

Denis Kutnjak , Lucie Tamisier , Ian Adams , Neil Boonham , Thierry T. Candresse et al.
Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.841. ⟨10.3390/microorganisms9040841⟩
Journal articles hal-03200602v1
Image document

Leaf‐associated fungal and viral communities of wild plant populations differ between cultivated and natural ecosystems

Yuxin Ma , Tania Fort , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil et al.
Plant-Environment Interactions, 2021, 2, pp.87-99. ⟨10.1002/pei3.10043⟩
Journal articles hal-03182663v1

Phytovirome Analysis of Wild Plant Populations: Comparison of Double-Stranded RNA and Virion-Associated Nucleic Acid Metagenomic Approaches.

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Laurence Svanella-Dumas et al.
Journal of Virology, 2020, 94 (1), pp.e01462-9. ⟨10.1128/JVI.01462-19⟩
Journal articles hal-02628250v1
Image document

A novel foveavirus identified in wild grapevine (Vitis vinifera subsp. sylvestris)

Jean-Sébastien Reynard , Justine Brodard , Eric Remoliff , Marie Lefebvre , Olivier Schumpp et al.
Archives of Virology, 2020, 165 (12), pp.2999 - 3002. ⟨10.1007/s00705-020-04817-x⟩
Journal articles hal-02983032v1
Image document

Metagenomic analysis of virome cross-talk between cultivated Solanum lycopersicum and wild Solanum nigrum

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Chantal Faure , Thierry T. Candresse et al.
Virology, 2020, 540, pp.38-44. ⟨10.1016/j.virol.2019.11.009⟩
Journal articles hal-02625134v1

Complete genome sequence of a novel grapevine-infecting member of the genus Polerovirus, grapevine polerovirus 1

Thierry T. Candresse , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Thierry Lacombe et al.
Archives of Virology, 2020, 165 (7), pp.1683-1685. ⟨10.1007/s00705-020-04640-4⟩
Journal articles hal-02565509v1

Molecular diversity of grapevine Kizil Sapak virus and implications for its detection

Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Thierry Lacombe , Jean-Michel Boursiquot et al.
Archives of Virology, 2020, 165, pp.1849-1853. ⟨10.1007/s00705-020-04673-9⟩
Journal articles hal-02749957v1

First report of Citrus virus A (CiVA) infecting pear (Pyrus communis) in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Flora Depasse , Marie Lefebvre , Yoann Brans et al.
Plant Disease, 2019, 103 (10), pp.2703. ⟨10.1094/PDIS-01-19-0028-PDN⟩
Journal articles hal-02620798v1

The VirAnnot pipeline: a resource for automated viral diversity estimation and operational taxonomy units (OTU) assignation for virome sequencing data

Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Yuxin Ma , Thierry T. Candresse
Phytobiomes Journal, 2019, ⟨10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A⟩
Journal articles hal-02628298v1

Genome characterization of a divergent isolate of the mycovirus Botrytis virus F from a grapevine metagenome.

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Sébastien Theil , Marie Lefebvre et al.
Archives of Virology, 2018, 163 (11), pp.3181-3183. ⟨10.1007/s00705-018-3975-7⟩
Journal articles hal-02621857v1

NMRProcFlow: a graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing et al.
Metabolomics, 2017, 13 (4), pp.36. ⟨10.1007/s11306-017-1178-y⟩
Journal articles hal-01606304v1
Image document

A la recherche de mycovirus modulant l'agressivité des Botryosphaeriaceae associés aux maladies du bois de la vigne

Armelle Marais , Chantal Faure , Gwenaelle Comont , Thierry Candresse , Philippe Larignon et al.
Journées nationales des maladies du bois de la vigne, Nov 2021, Reims, France
Conference papers hal-03763737v1

Comparison of double-stranded RNA (dsRNA) and Virion-associated nucleic acids (VANA) targets for high-throughput sequencing analysis of phytoviral metagenomes

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Laurence Svanella-Dumas et al.
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France
Conference papers hal-02737920v1
Image document

Regulation and signalization graph assembly through Linked Open Data

Marie Lefebvre , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski , Alban Gaignard
JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
Conference papers hal-01768420v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France
Conference papers hal-02742965v1
Image document

Comportement spécifique de structures 3D interlock tissées contre les impacts à haute vitesse

Benjamin Provost , François Boussu , Marie Lefebvre , Julien Nussbaum
17èmes Journées Nationales sur les Composites (JNC17), Jun 2011, Poitiers-Futuroscope, France. pp.39
Conference papers hal-00597911v1

Comparaison directe de la performance des techniques classiques avec Séquençage à haut débit (HTS) pour la détection des virus des arbres fruitiers

P. Gentit , Armelle Marais , Y. Brans , Jp Renvoisé , C Saison et al.
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Conference poster hal-02737926v1
Image document

An automated strategy for viral diversity estimation and OTUs assignation implemented in the VirAnnot pipeline

Marie Lefebvre , Yuxin Ma , Sébastien Theil , Thierry T. Candresse
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Conference poster hal-02737922v1

NMRProcFlow: An easy GUI tool dedicated to 1D NMR spectra processing (1H & 13C) for Metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickaël Maucourt , Annick Moing et al.
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P24, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Conference poster hal-03125691v1

NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics.

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing et al.
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Conference poster hal-02733608v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton et al.
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Conference poster hal-02741696v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Conference poster hal-02743906v1
Image document

PeakForest: a spectral database and its toolbox, dedicated to the Metabolomics’ community

Nils Paulhe , Christophe Duperier , Marie Lefebvre , Pierrick Roger-Mele , Christophe Junot et al.
12. annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Conference poster hal-02744357v1

EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

Marie Lefebvre , Mickael M. Maucourt , Annick Moing , Dominique D. Rolin , Daniel Jacob et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Conference poster hal-02741930v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Conference poster hal-02743630v1
Image document

SHiNeMaS : a database dedicated to seed lots genealogy, phenotyping and cultural practices.

Yannick de Oliveira , Laura Burlot , Marie Lefebvre , Darkawi Madi , Pierre Riviere et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Conference poster hal-02417547v1
Image document

Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence

Marie Lefebvre , Julie Pinelli , Nils Paulhe , Vanessa Zhendre , Claire Lopez et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Conference poster hal-02743576v1
Image document

Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics

Mélanie Pétéra , Gildas Le Corguille , Marion Landi , Misharl Monsoor , Marie A Tremblay-Franco et al.
JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Conference poster hal-01214152v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Conference poster hal-02742964v1