Marie LEFEBVRE

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Identifiants chercheurs

Présentation

Ingénieur bioinformatique

Lieu: Clermont-Ferrand, France

Ingénieur en bioinformatique dans l'unité de Nutrition Humaine (UMR 1019 UNH) à Clermont-Ferrand, à 50% sur la Plateforme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) INRAE.
Je gère les données de santé (RedCap). Je mets en place des bases de données et interface web via les technologies web sémantique.

Background & position

Depuis Février 2023 - Ingénieur en bioinformatique à INRAE, Clermont-Ferrand, France
Projet MetaboHub

Octobre 2017-2023 - Ingénieur en bioinformatique à INRAE, Bordeaux, France
Développement du pipeline virAnnot pour les analyses métagénomiques virales. Développement de bases de données et d'interfaces web pour les virus de plantes.

October 2020-March 2021 - Mission au Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL
J'ai obtenu une bourse d'échange dans le cadre du projet ELIXIR pour:

  • intégrer le pipeline virAnnot dans GALAXY pour rendre les analyses métagénomiques virales facilement accessibles à toute la communauté
  • développer une méthode pour hiérarchiser les gènes d'une région eQTL afin d'identifier plus précisément le gène causal affectant un trait, voir AraQTL

2016-2017 - Ingénieur en bioinformatique - LS2N Combinatoire et Informatique, Nantes, France
Développement d'algorithmes et d'interfaces web pour l'intégration de données hétérogènes via les données ouvertes liées et le web sémantique (modèle BioPAX). SyMeTRIC Project

2014-2016 - Ingénieur en bioinformatique - INRA Biologie des fruits et pathologie, Bordeaux, France
Développement d'une base de données et d'une interface Web pour les spectres RMN et leurs métadonnées. Metabohub Project
Intégration d'outils pour Galaxy Workflow4Metabolomics.

2014 - Stage - INRA Evolution et génétique quantitative, Paris-Sud, France
Intégration d'un package R dans une interface web pour l'analyse de données de sélection variétale de blé. SHiHeMaS Project

Education & training

2021 - IFB open science and PGD (IFB)

2020 - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC)

2017 - Cours de calcul haute performance (Bordeaux Computing Center)

2015 - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group)

2014 - Master : Bioinformatique (Nantes, France)

2012 - Licence : Biologie, Géosciences, Chimie (Nantes, France) option biologie de l'environnement

Publications

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Publications

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Comparative performance evaluation of double-stranded RNA high-throughput sequencing for the detection of viral infection in temperate fruit crops

Armelle Marais , Pascal Gentit , Yoann Brans , Jean Philippe Renvoisé , Chantal Faure et al.
Phytopathology, 2024, ⟨10.1094/PHYTO-12-23-0480-R⟩
Article dans une revue hal-04530518 v1
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Correction: Haegeman et al. Looking beyond Virus Detection in RNA Sequencing Data: Lessons Learned from a Community-Based Effort to Detect Cellular Plant Pathogens and Pests. Plants 2023, 12, 2139

Annelies Haegeman , Yoika Foucart , Kris de Jonghe , Thomas Goedefroit , Maher Al Rwahnih et al.
Plants, 2024, 13 (5), pp.623. ⟨10.3390/plants13050623⟩
Article dans une revue hal-04617460 v1
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How to survive the mutational meltdown: lessons from plant RNA viruses

Guillaume Lafforgue , Marie Lefebvre , Thierry Michon , Santiago F Elena
Peer Community In Evolutionary Biology, 2024, 4, pp.e22. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100702⟩
Article dans une revue hal-04512813 v1
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Characterization of the RNA Mycovirome Associated with Grapevine Fungal Pathogens: Analysis of Mycovirus Distribution and Their Genetic Variability within a Collection of Botryosphaeriaceae Isolates

Gwenaëlle Comont , Chantal Faure , Thierry Candresse , Marie Laurens , Sophie Valière et al.
Viruses, 2024, 16 (3), pp.392. ⟨10.3390/v16030392⟩
Article dans une revue hal-04521947 v1
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Identification of Seven Additional Genome Segments of Grapevine-Associated Jivivirus 1

Thierry Candresse , Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Flora Depasse , Chantal Faure et al.
Viruses, 2023, 15 (1), pp.39. ⟨10.3390/v15010039⟩
Article dans une revue hal-03915165 v1
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Carrot populations in France and Spain host a complex virome rich in previously uncharacterized viruses

Deborah Schönegger , Armelle Marais , Bisola Mercy Babalola , Chantal Faure , Marie Lefebvre et al.
PLoS ONE, 2023, 18 (8), pp.e0290108. ⟨10.1371/journal.pone.0290108⟩
Article dans une revue hal-04216737 v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand et al.
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Article dans une revue hal-03695453 v1

First report of grapevine virus L infecting grapevine in southeast France

Laurence Svanella-Dumas , Thierry Candresse , Marie Lefebvre , Jerome Lluch , Sophie Valiere et al.
Plant Disease, 2022, 106 (5), pp.1536. ⟨10.1094/PDIS-10-21-2310-PDN⟩
Article dans une revue hal-03520722 v1
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Leaf‐associated fungal and viral communities of wild plant populations differ between cultivated and natural ecosystems

Yuxin Ma , Tania Fort , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil et al.
Plant-Environment Interactions, 2021, 2, pp.87-99. ⟨10.1002/pei3.10043⟩
Article dans une revue hal-03182663 v1
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A Primer on the Analysis of High-Throughput Sequencing Data for Detection of Plant Viruses

Denis Kutnjak , Lucie Tamisier , Ian Adams , Neil Boonham , Thierry Candresse et al.
Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.841. ⟨10.3390/microorganisms9040841⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03200602 v1

First report of lettuce necrotic leaf curl virus infecting cultivated lettuce in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Jonathan Gaudin et al.
Plant Disease, 2021, 105 (4), 1 p. ⟨10.1094/PDIS-11-20-2348-PDN⟩
Article dans une revue hal-03101398 v1
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Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data

Marie Lefebvre , Alban Gaignard , Maxime Folschette , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, 2021, pp.baaa113. ⟨10.1093/database/baaa113⟩
Article dans une revue hal-03107317 v2
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Pipeline to detect the positional and directional relationship between transposable elements and adjacent genes in host genome

Caroline Meguerditchian , Ayse Ergun , Véronique Decroocq , Marie Lefebvre , Quynh-Trang Bui
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e48. ⟨10.24072/pcjournal.57⟩
Article dans une revue hal-03604056 v1

Genome characterization and diversity of trifolium virus 1: identification of a novel legume-infecting capulavirus

Yuxin Ma , Laurence Svanella-Dumas , Charlotte Julian , Serge Galzi , Emmanuel Fernandez et al.
Archives of Virology, 2021, 166 (9), pp.2573-2578. ⟨10.1007/s00705-021-05135-6⟩
Article dans une revue hal-03271050 v1
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Sixty years from the first disease description, a novel badnavirus associated with chestnut mosaic disease

Armelle Marais , Sergio Murolo , Chantal Faure , Yoann Brans , Clement Larue et al.
Phytopathology, 2021, 111 (6), pp.1051-1058. ⟨10.1094/PHYTO-09-20-0420-R⟩
Article dans une revue hal-03036205 v1

Molecular diversity of grapevine Kizil Sapak virus and implications for its detection

Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Thierry Lacombe , Jean-Michel Boursiquot et al.
Archives of Virology, 2020, 165, pp.1849-1853. ⟨10.1007/s00705-020-04673-9⟩
Article dans une revue hal-02749957 v1

Complete genome sequence of a novel grapevine-infecting member of the genus Polerovirus, grapevine polerovirus 1

Thierry Candresse , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Thierry Lacombe et al.
Archives of Virology, 2020, 165 (7), pp.1683-1685. ⟨10.1007/s00705-020-04640-4⟩
Article dans une revue hal-02565509 v1
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A novel foveavirus identified in wild grapevine (Vitis vinifera subsp. sylvestris)

Jean-Sébastien Reynard , Justine Brodard , Eric Remoliff , Marie Lefebvre , Olivier Schumpp et al.
Archives of Virology, 2020, 165 (12), pp.2999 - 3002. ⟨10.1007/s00705-020-04817-x⟩
Article dans une revue hal-02983032 v1
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Metagenomic analysis of virome cross-talk between cultivated <em>Solanum lycopersicum</em> and wild <em>Solanum nigrum</em>

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Chantal Faure , Thierry Candresse
Virology, 2020, 540, pp.38-44. ⟨10.1016/j.virol.2019.11.009⟩
Article dans une revue hal-02625134 v1

Phytovirome Analysis of Wild Plant Populations: Comparison of Double-Stranded RNA and Virion-Associated Nucleic Acid Metagenomic Approaches.

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Laurence Svanella-Dumas et al.
Journal of Virology, 2020, 94 (1), pp.e01462-9. ⟨10.1128/JVI.01462-19⟩
Article dans une revue hal-02628250 v1

First report of Citrus virus A (CiVA) infecting pear (<em>Pyrus communis</em>) in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Flora Depasse , Marie Lefebvre , Yoann Brans et al.
Plant Disease, 2019, 103 (10), pp.2703. ⟨10.1094/PDIS-01-19-0028-PDN⟩
Article dans une revue hal-02620798 v1

The VirAnnot pipeline: a resource for automated viral diversity estimation and operational taxonomy units (OTU) assignation for virome sequencing data

Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Yuxin Ma , Thierry Candresse
Phytobiomes Journal, 2019, ⟨10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A⟩
Article dans une revue hal-02628298 v1

Genome characterization of a divergent isolate of the mycovirus Botrytis virus F from a grapevine metagenome.

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Sébastien Theil , Marie Lefebvre et al.
Archives of Virology, 2018, 163 (11), pp.3181-3183. ⟨10.1007/s00705-018-3975-7⟩
Article dans une revue hal-02621857 v1
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NMRProcFlow: a graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
Metabolomics, 2017, 13 (4), pp.36. ⟨10.1007/s11306-017-1178-y⟩
Article dans une revue hal-01606304 v1

Development of a novel food frequency questionnaire to improve the estimation of (poly)phenol intake: PhenolQuest

Dorian Teissandier , Charlotte Gillet , Soline Chaumont , Wiame Lasri , Sylvie Mercier et al.
11th International Conférence on Polyphenols and Health- ICPH2024, Oct 2024, Boston (Massachusetts), United States
Communication dans un congrès hal-04790273 v1
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MetaSaurus : towards FAIR metabolomics analyses

Olivier Filangi , Marie Lefebvre
Séminaire semantic linked data, Oct 2023, Cap Agde, France
Communication dans un congrès hal-04613582 v1
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A la recherche de mycovirus modulant l'agressivité des Botryosphaeriaceae associés aux maladies du bois de la vigne

Armelle Marais , Chantal Faure , Gwenaelle Comont , Thierry Candresse , Philippe Larignon et al.
Journées nationales des maladies du bois de la vigne, Nov 2021, Reims, France
Communication dans un congrès hal-03763737 v1

Comparison of double-stranded RNA (dsRNA) and Virion-associated nucleic acids (VANA) targets for high-throughput sequencing analysis of phytoviral metagenomes

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Laurence Svanella-Dumas et al.
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02737920 v1
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Regulation and signalization graph assembly through Linked Open Data

Marie Lefebvre , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski , Alban Gaignard
JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01768420 v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France
Communication dans un congrès hal-02742965 v1
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Comportement spécifique de structures 3D interlock tissées contre les impacts à haute vitesse

Benjamin Provost , François Boussu , Marie Lefebvre , Julien Nussbaum
17èmes Journées Nationales sur les Composites (JNC17), Jun 2011, Poitiers-Futuroscope, France. pp.39
Communication dans un congrès hal-00597911 v1
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Mapping metabolomics data: Complexity and issues

Mathieu Umec , Marie Lefebvre , Ghina Hajjar , Franck Giacomoni , Blandine Comte et al.
16èmes Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique, Jun 2024, St Malo, France.
Poster de conférence hal-04611708 v1

Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection

Lucie Tamisier , Annelies Haegeman , Yoika Foucart , Nicolas Fouillien , Maher Al Rwahnih et al.
International Advances in Plant Virology, Apr 2021, Avignon (en ligne), France
Poster de conférence hal-04315151 v1
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An automated strategy for viral diversity estimation and OTUs assignation implemented in the VirAnnot pipeline

Marie Lefebvre , Yuxin Ma , Sébastien Theil , Thierry Candresse
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Poster de conférence hal-02737922 v1

Comparaison directe de la performance des techniques classiques avec Séquençage à haut débit (HTS) pour la détection des virus des arbres fruitiers

P. Gentit , Armelle Marais , Y. Brans , Jp Renvoisé , C Saison et al.
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Poster de conférence hal-02737926 v1

NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics.

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02733608 v1

NMRProcFlow: An easy GUI tool dedicated to 1D NMR spectra processing (1H & 13C) for Metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickaël Maucourt , Annick Moing
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P24, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125691 v1

EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

Marie Lefebvre , Mickael M. Maucourt , Annick Moing , Dominique D. Rolin , Daniel Jacob et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741930 v1
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PeakForest: a spectral database and its toolbox, dedicated to the Metabolomics’ community

Nils Paulhe , Christophe Duperier , Marie Lefebvre , Pierrick Roger-Mele , Christophe Junot et al.
12. annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02744357 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton et al.
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton et al.
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, Ireland. 2016
Poster de conférence hal-02741696 v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742964 v1
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SHiNeMaS : a database dedicated to seed lots genealogy, phenotyping and cultural practices.

Yannick de Oliveira , Laura Burlot , Marie Lefebvre , Darkawi Madi , Pierre Riviere et al.
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Poster de conférence hal-02417547 v1
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Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics

Mélanie Pétéra , Gildas Le Corguille , Marion Landi , Misharl Monsoor , Marie Tremblay-Franco et al.
JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Poster de conférence hal-01214152 v1
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Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence

Marie Lefebvre , Julie Pinelli , Nils Paulhe , Vanessa Zhendre , Claire Lopez et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743576 v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon et al.
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630 v1