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Marie LEFEBVRE

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Présentation

### **Ingénieur bioinformatique** Lieu: Clermont-Ferrand, France Ingénieur en bioinformatique dans l'unité de Nutrition Humaine (UMR 1019 UNH) à Clermont-Ferrand, à 50% sur la Plateforme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) INRAE. Je gère les données de santé (RedCap). Je mets en place des bases de données et interface web via les technologies web sémantique. ### Background & position **Depuis Février 2023** - Ingénieur en bioinformatique à INRAE, Clermont-Ferrand, France Projet [MetaboHub](https://www.metabohub.fr/) **Octobre 2017-2023** - Ingénieur en bioinformatique à INRAE, Bordeaux, France Développement du pipeline virAnnot pour les analyses métagénomiques virales. Développement de bases de données et d'interfaces web pour les virus de plantes. **October 2020-March 2021** - Mission au Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL J'ai obtenu une bourse d'échange dans le cadre du projet [ELIXIR](https://elixir-europe.org/about-us/staff-exchange-programme) pour: - intégrer le pipeline [virAnnot](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) dans GALAXY pour rendre les analyses métagénomiques virales facilement accessibles à toute la communauté - développer une méthode pour hiérarchiser les gènes d'une région eQTL afin d'identifier plus précisément le gène causal affectant un trait, voir [AraQTL](https://www.bioinformatics.nl/AraQTLld) **2016-2017** - Ingénieur en bioinformatique - LS2N Combinatoire et Informatique, Nantes, France Développement d'algorithmes et d'interfaces web pour l'intégration de données hétérogènes via les données ouvertes liées et le web sémantique (modèle BioPAX). [SyMeTRIC Project](http://symetric.univ-nantes.fr/doku.php) **2014-2016** - Ingénieur en bioinformatique - INRA Biologie des fruits et pathologie, Bordeaux, France Développement d'une base de données et d'une interface Web pour les spectres RMN et leurs métadonnées. [Metabohub Project](https://www.metabohub.fr/home.html) Intégration d'outils pour Galaxy Workflow4Metabolomics. **2014** - Stage - INRA Evolution et génétique quantitative, Paris-Sud, France Intégration d'un package R dans une interface web pour l'analyse de données de sélection variétale de blé. [SHiHeMaS Project](https://sourcesup.renater.fr/projects/shinemas/) ### Education & training **2021** - IFB open science and PGD (IFB) **2020** - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC) **2017** - Cours de calcul haute performance (Bordeaux Computing Center) **2015** - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group) **2014** - Master : Bioinformatique (Nantes, France) **2012** - Licence : Biologie, Géosciences, Chimie (Nantes, France) option biologie de l'environnement
### **Bioinformatics engineer** Location: Clermont-Ferrand, France I am a bioinformatics engineer in the Human Nutrition Unit (UMR 1019 UNH) in Clermont-Ferrand, 50% on the INRAE Metabolism Exploration Platform (PFEM). I manage health data (RedCap). I set up databases and web interfaces using semantic web technologies. ### Background & position **Since February 2023** - Bioinformatics Engineer at INRAE, Clermont-Ferrand, France Project [MetaboHub](https://www.metabohub.fr/) **2017-2023** - Bioinformatics ingineer permanent position at INRAE, Bordeaux, France Development of [virAnnot pipeline](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) for viral metagenomic analyses. Databases and web interfaces development for plant viruses. **October 2020-March 2021** - Long term mission at the Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL I was awarded a Staff Exchange Grant from the [ELIXIR project](https://elixir-europe.org/about-us/staff-exchange-programme) to: - integrate the [virAnnot pipeline](doi:10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) in the GALAXY environment to make viral metagenomics analyses easily accessible for all the community - develop a method to prioritize the genes of an eQTL region in order to identify more precisely the causal gene affecting trait, see [AraQTL](https://www.bioinformatics.nl/AraQTLld) **2016-2017** - Bioinformatics ingineer - LS2N Combinatory and Informatic, Nantes, France Algorithm and web interface development for heterogeneous data integration through linked open data and semantic web (BioPAX model). [SyMeTRIC Project](http://symetric.univ-nantes.fr/doku.php) **2014-2016** - Bioinformatics ingineer - INRAe Biology of Fruit and Pathology, Bordeaux, France Database and Web interface development for NMR spectra and metadata. [Metabohub Project](https://www.metabohub.fr/home.html) Tool integration for Galaxy Workflow4Metabolomics **2014** - Internship - INRA Evolution and quantitative genetic, Paris-Sud, France R package integration in a web interface for the analysis of wheat varietal selection data. [SHiHeMaS Project](https://sourcesup.renater.fr/projects/shinemas/) ### Education & training **2021** - IFB open science and PGD (IFB) **2020** - Hackaton Galaxy Interactive Tools (GEOC) **2017** - High-performance computing Course (Bordeaux Computing Center) **2015** - Tools integration for GALAXY (IFB Galaxy group) **2014** - Master’s degree: Bioinformatics (Nantes, France) **2012** - Licence’s degree: Biology, Geosciences, Chemistry (Nantes, france) Option: Environmental Biology

Publications

Comparative performance evaluation of double-stranded RNA high-throughput sequencing for the detection of viral infection in temperate fruit crops

Armelle Marais , Pascal Gentit , Yoann Brans , Jean Philippe Renvoisé , Chantal Faure
Phytopathology, 2024, early view, ⟨10.1094/PHYTO-12-23-0480-R⟩
Article dans une revue hal-04530518v1
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How to survive the mutational meltdown: lessons from plant RNA viruses

Guillaume Lafforgue , Marie Lefebvre , Thierry Michon , Santiago F Elena
Peer Community In Evolutionary Biology, 2024, 4, pp.e22. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100702⟩
Article dans une revue hal-04512813v1
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Characterization of the RNA Mycovirome Associated with Grapevine Fungal Pathogens: Analysis of Mycovirus Distribution and Their Genetic Variability within a Collection of Botryosphaeriaceae Isolates

Gwenaëlle Comont , Chantal Faure , Thierry Candresse , Marie Laurens , Sophie Valière
Viruses, 2024, 16 (3), pp.392. ⟨10.3390/v16030392⟩
Article dans une revue hal-04521947v1
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Carrot populations in France and Spain host a complex virome rich in previously uncharacterized viruses

Deborah Schönegger , Armelle Marais , Bisola Mercy Babalola , Chantal Faure , Marie Lefebvre
PLoS ONE, 2023, 18 (8), pp.e0290108. ⟨10.1371/journal.pone.0290108⟩
Article dans une revue hal-04216737v1
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Identification of Seven Additional Genome Segments of Grapevine-Associated Jivivirus 1

Thierry Candresse , Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Flora Depasse , Chantal Faure
Viruses, 2023, 15 (1), pp.39. ⟨10.3390/v15010039⟩
Article dans une revue hal-03915165v1

First report of grapevine virus L infecting grapevine in southeast France

Laurence Svanella-Dumas , Thierry T. Candresse , Marie Lefebvre , Jerome Lluch , Sophie Valiere
Plant Disease, 2022, 106 (5), pp.1536. ⟨10.1094/PDIS-10-21-2310-PDN⟩
Article dans une revue hal-03520722v1
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PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management

Nils Paulhe , Cécile Canlet , Annelaure Damont , Lindsay Peyriga , Stéphanie Durand
Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩
Article dans une revue hal-03695453v1

Genome characterization and diversity of trifolium virus 1: identification of a novel legume-infecting capulavirus

Yuxin Ma , Laurence Svanella-Dumas , Charlotte Julian , Serge Galzi , Emmanuel Fernandez
Archives of Virology, 2021, 166 (9), pp.2573-2578. ⟨10.1007/s00705-021-05135-6⟩
Article dans une revue hal-03271050v1
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Sixty years from the first disease description, a novel badnavirus associated with chestnut mosaic disease

Armelle Marais , Sergio Murolo , Chantal Faure , Yoann Brans , Clement Larue
Phytopathology, 2021, 111 (6), pp.1051-1058. ⟨10.1094/PHYTO-09-20-0420-R⟩
Article dans une revue hal-03036205v1
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Pipeline to detect the positional and directional relationship between transposable elements and adjacent genes in host genome

Caroline Meguerditchian , Ayse Ergun , Véronique Decroocq , Marie Lefebvre , Quynh-Trang Bui
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e48. ⟨10.24072/pcjournal.57⟩
Article dans une revue hal-03604056v1
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Leaf‐associated fungal and viral communities of wild plant populations differ between cultivated and natural ecosystems

Yuxin Ma , Tania Fort , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil
Plant-Environment Interactions, 2021, 2, pp.87-99. ⟨10.1002/pei3.10043⟩
Article dans une revue hal-03182663v1
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A Primer on the Analysis of High-Throughput Sequencing Data for Detection of Plant Viruses

Denis Kutnjak , Lucie Tamisier , Ian Adams , Neil Boonham , Thierry T. Candresse
Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.841. ⟨10.3390/microorganisms9040841⟩
Article dans une revue hal-03200602v1
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Large-scale regulatory and signaling network assembly through linked open data

Marie Lefebvre , Alban Gaignard , Maxime Folschette , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, 2021, pp.baaa113. ⟨10.1093/database/baaa113⟩
Article dans une revue hal-03107317v2

First report of lettuce necrotic leaf curl virus infecting cultivated lettuce in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Jonathan Gaudin
Plant Disease, 2021, 105 (4), 1 p. ⟨10.1094/PDIS-11-20-2348-PDN⟩
Article dans une revue hal-03101398v1

Phytovirome Analysis of Wild Plant Populations: Comparison of Double-Stranded RNA and Virion-Associated Nucleic Acid Metagenomic Approaches.

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Laurence Svanella-Dumas
Journal of Virology, 2020, 94 (1), pp.e01462-9. ⟨10.1128/JVI.01462-19⟩
Article dans une revue hal-02628250v1

Molecular diversity of grapevine Kizil Sapak virus and implications for its detection

Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Thierry Lacombe , Jean-Michel Boursiquot
Archives of Virology, 2020, 165, pp.1849-1853. ⟨10.1007/s00705-020-04673-9⟩
Article dans une revue hal-02749957v1

Complete genome sequence of a novel grapevine-infecting member of the genus Polerovirus, grapevine polerovirus 1

Thierry T. Candresse , Armelle Marais , Chantal Faure , Marie Lefebvre , Thierry Lacombe
Archives of Virology, 2020, 165 (7), pp.1683-1685. ⟨10.1007/s00705-020-04640-4⟩
Article dans une revue hal-02565509v1
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Metagenomic analysis of virome cross-talk between cultivated Solanum lycopersicum and wild Solanum nigrum

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Chantal Faure , Thierry T. Candresse
Virology, 2020, 540, pp.38-44. ⟨10.1016/j.virol.2019.11.009⟩
Article dans une revue hal-02625134v1
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A novel foveavirus identified in wild grapevine (Vitis vinifera subsp. sylvestris)

Jean-Sébastien Reynard , Justine Brodard , Eric Remoliff , Marie Lefebvre , Olivier Schumpp
Archives of Virology, 2020, 165 (12), pp.2999 - 3002. ⟨10.1007/s00705-020-04817-x⟩
Article dans une revue hal-02983032v1

The VirAnnot pipeline: a resource for automated viral diversity estimation and operational taxonomy units (OTU) assignation for virome sequencing data

Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Yuxin Ma , Thierry T. Candresse
Phytobiomes Journal, 2019, ⟨10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A⟩
Article dans une revue hal-02628298v1

First report of Citrus virus A (CiVA) infecting pear (Pyrus communis) in France

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Flora Depasse , Marie Lefebvre , Yoann Brans
Plant Disease, 2019, 103 (10), pp.2703. ⟨10.1094/PDIS-01-19-0028-PDN⟩
Article dans une revue hal-02620798v1

Genome characterization of a divergent isolate of the mycovirus Botrytis virus F from a grapevine metagenome.

Laurence Svanella-Dumas , Armelle Marais , Chantal Faure , Sébastien Theil , Marie Lefebvre
Archives of Virology, 2018, 163 (11), pp.3181-3183. ⟨10.1007/s00705-018-3975-7⟩
Article dans une revue hal-02621857v1

NMRProcFlow: a graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
Metabolomics, 2017, 13 (4), pp.36. ⟨10.1007/s11306-017-1178-y⟩
Article dans une revue hal-01606304v1
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A la recherche de mycovirus modulant l'agressivité des Botryosphaeriaceae associés aux maladies du bois de la vigne

Armelle Marais , Chantal Faure , Gwenaelle Comont , Thierry Candresse , Philippe Larignon
Journées nationales des maladies du bois de la vigne, Nov 2021, Reims, France
Communication dans un congrès hal-03763737v1

Comparison of double-stranded RNA (dsRNA) and Virion-associated nucleic acids (VANA) targets for high-throughput sequencing analysis of phytoviral metagenomes

Yuxin Ma , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil , Laurence Svanella-Dumas
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02737920v1
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Regulation and signalization graph assembly through Linked Open Data

Marie Lefebvre , Jérémie Bourdon , Carito Guziolowski , Alban Gaignard
JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
Communication dans un congrès hal-01768420v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier
9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France
Communication dans un congrès hal-02742965v1
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Comportement spécifique de structures 3D interlock tissées contre les impacts à haute vitesse

Benjamin Provost , François Boussu , Marie Lefebvre , Julien Nussbaum
17èmes Journées Nationales sur les Composites (JNC17), Jun 2011, Poitiers-Futuroscope, France. pp.39
Communication dans un congrès hal-00597911v1

Semi-artificial datasets as a resource for validation of bioinformatics pipelines for plant virus detection

Lucie Tamisier , Annelies Haegeman , Yoika Foucart , Nicolas Fouillien , Maher Al Rwahnih
International Advances in Plant Virology, Apr 2021, Avignon (en ligne), France
Poster de conférence hal-04315151v1
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An automated strategy for viral diversity estimation and OTUs assignation implemented in the VirAnnot pipeline

Marie Lefebvre , Yuxin Ma , Sébastien Theil , Thierry T. Candresse
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Poster de conférence hal-02737922v1

Comparaison directe de la performance des techniques classiques avec Séquençage à haut débit (HTS) pour la détection des virus des arbres fruitiers

P. Gentit , Armelle Marais , Y. Brans , Jp Renvoisé , C Saison
17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019), Jan 2019, Aussois, France. 2019
Poster de conférence hal-02737926v1

NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics.

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickael Maucourt , Annick Moing
EUROMAR - European Magnetic Resonance Meeting, Jul 2018, Nantes, France. 2018
Poster de conférence hal-02733608v1

NMRProcFlow: An easy GUI tool dedicated to 1D NMR spectra processing (1H & 13C) for Metabolomics

Daniel Jacob , Catherine Deborde , Marie Lefebvre , Mickaël Maucourt , Annick Moing
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P24, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125691v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906v1
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PeakForest: a spectral database and its toolbox, dedicated to the Metabolomics’ community

Nils Paulhe , Christophe Duperier , Marie Lefebvre , Pierrick Roger-Mele , Christophe Junot
12. annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02744357v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02741696v1

EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

Marie Lefebvre , Mickael M. Maucourt , Annick Moing , Dominique D. Rolin , Daniel Jacob
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741930v1
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SHiNeMaS : a database dedicated to seed lots genealogy, phenotyping and cultural practices.

Yannick de Oliveira , Laura Burlot , Marie Lefebvre , Darkawi Madi , Pierre Riviere
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Poster de conférence hal-02417547v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630v1

PeakForest: a spectral reference database made from metabolomic experts for metabolomic analyses

Nils Paulhe , Pierrick Roger , Marie-Françoise Olivier , Marie Lefebvre , Christophe Duperier
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742964v1
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Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics

Mélanie Pétéra , Gildas Le Corguille , Marion Landi , Misharl Monsoor , Marie Tremblay-Franco
JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
Poster de conférence hal-01214152v1
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Vers une annotation RMN 1D et 2D ciblée à partir de matrices de référence

Marie Lefebvre , Julie Pinelli , Nils Paulhe , Vanessa Zhendre , Claire Lopez
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743576v1