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Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

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Présentation

**Activités de Recherche** Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie. Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron: 1) l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols 2) l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique. La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard. La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes. Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours). **Activités d’enseignement** Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ; Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.

Publications

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Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier
Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩
Article dans une revue hal-04281882v1
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Urban land uses shape soil microbial abundance and diversity

Amélie Christel , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florian Mercier , Julie Tripied
Science of the Total Environment, 2023, 883, pp.art. 163455. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.163455⟩
Article dans une revue hal-04087393v1

BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons

Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Thibault Girier
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s12859-020-03829-3⟩
Article dans une revue hal-03014150v1

ReClustOR: a re‐clustering tool using an open‐reference method that improves operational taxonomic unit definition

Sébastien Terrat , Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel Dequiedt
Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (1), pp.168-180. ⟨10.1111/2041-210x.13316⟩
Article dans une revue hal-03129732v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩
Article dans une revue hal-03014310v1
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Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Stéphane Uroz , Samuel S. Dequiedt , Dorothy Stone
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.1-17. ⟨10.1038/s41598-018-36867-2⟩
Article dans une revue hal-02067245v1
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Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale

Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Battle Karimi , Nouraya Akkal-Corfini , Samuel S. Dequiedt
MicrobiologyOpen, 2019, 8 (4), ⟨10.1002/mbo3.676⟩
Article dans une revue hal-01817976v1
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Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity

Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy C. Jolivet , Dominique D. Arrouays
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-40422-y⟩
Article dans une revue hal-02093081v1

Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils

Sophie Sadet-Bourgeteau , Sabine Houot , Samuel S. Dequiedt , Virginie Nowak , Vincent Tardy
Applied Soil Ecology, 2018, 125, ⟨10.1016/j.apsoil.2018.02.006⟩
Article dans une revue hal-01711712v1
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Biogeography of soil bacteria and archaea across France

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Science Advances , 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩
Article dans une revue hal-01843961v1
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Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Samuel Dequietd , Nicolas Saby , Mélanie M. Lelievre
PLoS ONE, 2017, 12 (0190128), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0186766⟩
Article dans une revue hal-01843156v1
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Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩
Article dans une revue hal-01475927v1

Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding

Sebastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , W Horrigue , Mélanie M. Lelievre , C. Cruaud
Heredity, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩
Article dans une revue hal-01831578v1

Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale.

Julien Guigue , Jean Lévêque , Olivier Mathieu , P. Schmitt-Kopplin , M. Lucio
Soil Biology and Biochemistry, 2015, 84, pp.158-167. ⟨10.1016/j.soilbio.2015.02.016⟩
Article dans une revue hal-01132011v1
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Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape

Florentin Constancias , Nicolas P.A. Saby , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩
Article dans une revue hal-02633674v1

Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Virginie Nowak , Tiffanie Régnier
Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (2), pp.525-533. ⟨10.1007/s13593-013-0162-9⟩
Article dans une revue hal-00977920v1
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Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Simon Aussems , Virginie Nowak
Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (4), pp.831-840. ⟨10.1007/s13593-013-0204-3⟩
Article dans une revue hal-01234825v1
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Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre , Nicolas Saby
PLoS ONE, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩
Article dans une revue hal-01831566v1