Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Présentation
Activités de Recherche Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie. Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron: La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard. Activités d’enseignement Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ; Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.
La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes.
Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours).
Publications
Publications
Définir six fonctions écologiques des sols17èmes Journées d’Étude des Sols JES 2025 "Sols, fonctions et transitions", AFES, Association Française pour l'Etude du Sol, Jul 2025, Genève, Suisse |
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Introduction de la journéeCarrefours de l'innovation agronomique (CIAG) - Colloque Connaissances et outils pour des démarches préventives et opérationnelles en gestion agroécologique des adventices (COPRAA), Nov 2024, Dijon, France |
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Bilan de l’état microbiologique des sols en FranceConférence ADEBIOTECH, Jun 2023, Romainville (93), France |
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TANDEM : Flux microbiens au sein d’une chaîne alimentaireJournées Portes Ouvertes UMRF, Jun 2023, Aurillac, France |
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Le projet TandemLes Carrefours de l’Innovation Agronomique. Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France |
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Microbial transfers at the crossroads of agro-ecological transitions in dairy systemsCarrefours de l’innovation agronomique (CIAG) Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France |
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Présentation de l’étude de l’impact de la fertilisation des prairies sur les communautés microbiennes du sol au laitDes chercheurs à la ferme, May 2022, Chalèze, France |
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Outils de saisie pour la caractérisation des sols15èmes Journées d’étude du sol, congrès AFES Association Française pour l'Etude du Sol, Jun 2021, Virtuel, Montpellier, France. pp.27-30 |
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A spatially explicit model to simulate soil microbial communities’ dynamics at an agricultural landscape scale1st conference GAMA Days 2021, Frédéric Amblard; Kevin Chapuis; Alexis Drogoul; Benoit Gaudou; Dominique Longin; Nicolas Verstaevel, Jun 2021, Toulouse (Online), France |
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Étude et modélisation des impacts des pratiques agricoles sur la dynamique de la distribution des communautés microbiennes des sols à l’échelle du paysageJournée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2021, Virtuel, France |
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Évaluation des transferts microbiens du sol au lait en filière AOP ComtéCongrès international francophone 3R 2020, une 25ème édition numérique au plus près des grands enjeux des filières animales, Dec 2020, paris, France |
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Impact de la fertilisation des prairies sur leur biodiversité et sur les transferts microbiens et chimiques du sol au lait (IFEP)Colloque scientifique ISITE-Bourgogne Franche-Comté, Oct 2020, Dijon, Besançon, France |
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How build up soil bacterial co-occurrence networks from wide spatial scale sampling?JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France |
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Biogeographical design of soil microbial habitats5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France |
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Temporal dynamics of soil bacterial communities at a landscape scale: dependence to soil properties and agricultural practices.10 IALE World Congress Nature and society facing the Anthropocene challenges and perspectives for landscape ecology, International Association of Landscape Ecology (IALE). USA., Jul 2019, Milan, Italy |
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Mapping, understanding and predicting soil microbial diversity across France21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil |
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Innovative tools to diagnose the impact of land use practices on soil microbial communities21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.96 |
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Impact des pratiques agricoles sur l’état biologique des sols: Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des solsCarrefour de l'Innovation Agronomique (CIAG) 2018. Fertilité biologique des sols. De la connaissance de la biologie des sols et de ses fonctions, à son pilotage., Oct 2018, Dijon, France |
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Ecological networks as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystemsJournée Réseau du GDR Génomique Environnementales, Université de Nantes (UN). FRA., Jun 2017, Nantes, France |
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Bacterial social networks across the French National territoryJournée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France |
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Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211 |
Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insightJournée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France |
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Soil bacterial interaction networks on a wide scale4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.414-415 |
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Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada |
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Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada |
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Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insightSfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences, Société Française d'Ecologie (SFE). FRA., Oct 2016, Marseille, France |
Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, ISME., Aug 2016, Montréal, Canada |
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Inventaire et cartographie des communautés microbiennes des sols de la zone OPE ANDRAJournée scientifique de l’Observatoire pérenne de l’environnement (OPE), Observatoire Pérenne de l'Environnement (OPE). FRA., Nov 2016, Paris, France |
Journées Nationales de l'Innovation Agricole (JIAG 2015) 1ère édition colloque OFSV, Angers, France, 2-3 novembre 20151e. Edition Colloque OFSV "Journées Nationales de l'Innovation Agricole" (JIAG 2015), Observatoire Français des Sols Vivants (OFSV). FRA., Nov 2015, Angers, France |
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Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p |
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Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol12. Journées d'Etude des Sols (JES), Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 382 p |
Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSolColloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France |
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Turnover of soil microbial diversity is driven by wide-scale environmental heterogeneity2. Thünen Symposium on Soil Metagenomics, Conventus Congressmanagement & Marketing GmbH. Jena, DEU., Dec 2013, Braunschweig, Germany. pp.39 |
Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des solsColloque de Génomique Environnementale Rennes 2013, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL). FRA., Nov 2013, Rennes, France. 1 p |
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Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy |
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Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14), Aug 2012, Copenhague, Denmark |
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Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire nationalWorkshop Interactions des Microorganismes avec leurs Environnements : Circulation, Adaptation, Jun 2012, Dijon, France |
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Soil fungal communities ecology: a biogeographical approachEcology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p |
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Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p |
Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p |
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p |
Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91 |
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Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire nationalCongrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p |
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Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden |
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Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site.Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site., May 2008, Vienna, Austria. pp.52 |
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Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest.Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest., Nov 2006, Sissi-Lassithi, Greece. pp.135 |
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Microbial transfers in dairy systems under changing climate and farming practicesJOBIM 20025, Jul 2025, Bordeaux, France |
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Microbial transfers in dairy systems under changing climate and farming practicesFROGS Days, Dec 2025, Toulouse, France |
Microbial transfers across a food chain: from grassland to cheese using metagenetic high-throughput sequencing approachesFORUM ON FERMENTED FOODS, May 2023, Lyon, France |
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Atlas français des bactéries du solAgriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, Jun 2023, Romainville (93), France |
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Land-use and other biogeochemical constraints modulate priming effect at the landscape scale: a fingerprinting approach using analytical pyrolysisEurosoil 2021 virtual congress, Aug 2021, Virtuel, Genève, Switzerland |
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Studying and modelling the dynamics of soil microbial communities at a landscape scale in response to agricultural practices25. Forum des jeunes chercheurs Environnement-Santé, Université de Bourgogne Franche-Comté, Jun 2019, Dijon, France. , 2019 |
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Studying and modelling soil microbial communities dynamics at a landscape scale in response to agricultural practicesJournée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2019, Dijon, France. 2019 |
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Re-Clustering tool using an Open-Reference method that improves OTU definitionJOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France |
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L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.ResMO 2018 : "La matière organique dans tous ses étas", Feb 2018, Trégastel, France. , 2018 |
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Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National TerritoryJournée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. , 2017 |
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Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National TerritoryCongrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016 |
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A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014 |
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Spatial patterns of soil bacterial communities at the European scale1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014 |
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Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014 |
Comparaison de l'arisa et du séquençage haut débit pour l'étude des processus de diversification des communautés microbiennes du sol6. ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. , 2013, Microbiologie environnementale : du gène à l'écosystème |
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Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale ?4. International Congress Eurosoil 2012-Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italie. , 2012, Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale? |
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity10. Symposium on Bacterial Genetics and Ecology - Coexisting on a Changing Planet (BAGECO 10), Jun 2009, Uppsala, Sweden. 18 p., 2009 |
Atlas Français des bactéries du solBiotope, pp.192, 2018, 978-2-36662-219-5 |
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Global Soil Biodiversity AtlasOuvrages hal-02800890v1 |
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Microbiome du solLa métagénomique. Développements et futures applications, Editions Quae, 120 p., 2015, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-2293-3 ISSN : 1952-1251 |
Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiativeEric Lichtfouse; Marjolaine Hamelin; Mireille Navarrete; Philippe Debaeke. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩ |
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Série-Documentaire "Voyage sous nos pieds" partie 1 "L'épiderme de la terre" de Vincent Amouroux et de Joel Leyendecker2016 |
Le semis direct sous couverture végétale favorise les microbes du sol2012 |
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Préserver la qualité des sols : vers un référentiel d’indicateurs. Rapport d’étudeINRAE. 2025, 780 p |
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Préserver la qualité des sols : vers un référentiel d'indicateurs. Synthèse du rapport scientifique de l'étudeINRAE. 2024, 126 p |
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Distribution et déterminisme de l'abondance, de la diversité et de la structure des communautés microbiennes à différentes échelles spatiales pour l'appui au développement agricoleSciences du Vivant [q-bio]. Université de Bourgogne Franche-Comté, 2018 |