Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

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Documents

Présentation

Activités de Recherche

Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie.

Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron:

  1. l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols
  2. l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique.

La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard.
La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes.
Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours).

Activités d’enseignement

Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ; Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.

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Publications

Impact of farming practices on soil microbial biomass: An international synthesis

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Nicolas Marilleau , Christophe Lang , Christophe Djemiel et al.

Agriculture, Ecosystems & Environment, 2025, 383, pp.109513. ⟨10.1016/j.agee.2025.109513⟩

Article dans une revue hal-04925931v1
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Harmonized Datasets of microbiological parameters from a French national-scale soil monitoring survey

Aurélien Cottin , Samuel Dequiedt , Christophe Djemiel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Julie Tripied et al.

Scientific Data , 2025, 12 (1), pp.34-42. ⟨10.1038/s41597-024-04318-5⟩

Article dans une revue hal-04878420v1

Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier et al.

Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩

Article dans une revue hal-04281882v1
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Short-Term PE Generation Processes in the Soils of a Farmer Plots Network in the Madagascar Highlands: Actors and Drivers

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre‐alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

Microbiology Research, 2023, 14 (4), pp.1702-1719. ⟨10.3390/microbiolres14040117⟩

Article dans une revue hal-04281605v1
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Urban land uses shape soil microbial abundance and diversity

Amélie Christel , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florian Mercier , Julie Tripied et al.

Science of the Total Environment, 2023, 883, pp.art. 163455. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.163455⟩

Article dans une revue hal-04087393v1
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Effects of biochar on soil microbial communities: A meta-analysis

Maelle Deshoux , Sophie Sadet-Bourgeteau , Solène Gentil , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Science of the Total Environment, 2023, 902, pp.art. 166079. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.166079⟩

Article dans une revue hal-04197308v1
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Dynamic of bacterial and archaeal diversity in a tropical soil over 6 years of repeated organic and inorganic fertilization

Sophie Sadet-Bourgeteau , Christophe Djemiel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Frédéric Feder

Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-16. ⟨10.3389/fmicb.2022.943314⟩

Article dans une revue hal-03761659v1
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Potential of Meta-Omics to Provide Modern Microbial Indicators for Monitoring Soil Quality and Securing Food Production

Christophe Djemiel , Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Walid Horrigue et al.

Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fmicb.2022.889788⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03715998v1
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Microbial transfers from permanent grassland ecosystems to milk in dairy farms in the Comté cheese area

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , B. Karimi , Sophie Sadet-Bourgeteau , C. Djemiel , M. Brie et al.

Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.18144. ⟨10.1038/s41598-021-97373-6⟩

Article dans une revue hal-03345380v1
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Soil microbial communities in the face of changing farming practices: A case study in an agricultural landscape in France

Laurie Dunn , Christophe Lang , Nicolas Marilleau , Sébastien Terrat , Luc Biju-Duval et al.

PLoS ONE, 2021, 16 (6), pp.e0252216. ⟨10.1371/journal.pone.0252216⟩

Article dans une revue hal-03264820v1
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BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons

Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Thibault Girier et al.

BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s12859-020-03829-3⟩

Article dans une revue hal-03014150v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩

Article dans une revue hal-03014310v1
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Grassland-cropland rotation cycles in crop-livestock farming systems regulate priming effect potential in soils through modulation of microbial communities, composition of soil organic matter and abiotic soil properties

Marco Panettieri , Julien Guigue , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Mathieu Thevenot , Jean Lévêque et al.

Agriculture, Ecosystems & Environment, 2020, 299, pp.106973. ⟨10.1016/j.agee.2020.106973⟩

Article dans une revue hal-03014052v1

ReClustOR: a re‐clustering tool using an open‐reference method that improves operational taxonomic unit definition

Sébastien Terrat , Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel Dequiedt et al.

Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (1), pp.168-180. ⟨10.1111/2041-210x.13316⟩

Article dans une revue hal-03129732v1
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Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Walid Horrigue et al.

Étude et Gestion des Sols, 2020, 27 (1), pp.51-71

Article dans une revue hal-02540019v1
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Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale

Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Battle Karimi , Nouraya Akkal-Corfini , Samuel S. Dequiedt et al.

MicrobiologyOpen, 2019, 8 (4), ⟨10.1002/mbo3.676⟩

Article dans une revue hal-01817976v1
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Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Stéphane Uroz , Samuel S. Dequiedt , Dorothy Stone et al.

Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.1-17. ⟨10.1038/s41598-018-36867-2⟩

Article dans une revue hal-02067245v1
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Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity

Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy C. Jolivet , Dominique D. Arrouays et al.

Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-40422-y⟩

Article dans une revue hal-02093081v1
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Towards the assessment of biodiversity and management practices in mountain pastures using diagnostic species?

Corentin Nicod , Bérangère Leys , Yorick Ferrez , Vincent Manneville , Arnaud Mouly et al.

Ecological Indicators, 2019, 107, pp.1-9. ⟨10.1016/j.ecolind.2019.105584⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02270642v1
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La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Walid Horrigue et al.

Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.27-37. ⟨10.15454/IO3VXY⟩

Article dans une revue hal-02002766v1
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Appréhender l’impact des pratiques agricoles sur l’état biologique et le fonctionnement du sol. Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Mario Cannavacciuolo , Elisabeth D’oiron-Verame , Cécile Villenave , Daniel Cluzeau et al.

Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.39-46. ⟨10.15454/OW3CJS⟩

Article dans une revue hal-02058230v1
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Biogeography of soil bacteria and archaea across France

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue et al.

Science Advances , 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩

Article dans une revue hal-01843961v1

Landscape-scale analysis of cropping system effects on soil quality in a context of crop-livestock farming

Valérie Viaud , Patricia Santillàn-Carvantes , Nouraya Akkal-Corfini , Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

Agriculture, Ecosystems & Environment, 2018, 265, pp.166 - 177. ⟨10.1016/j.agee.2018.06.018⟩

Article dans une revue hal-01844309v1

Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils

Sophie Sadet-Bourgeteau , Sabine Houot , Samuel S. Dequiedt , Virginie Nowak , Vincent Tardy et al.

Applied Soil Ecology, 2018, 125, ⟨10.1016/j.apsoil.2018.02.006⟩

Article dans une revue hal-01711712v1

Microbial diversity and ecological networks as indicators of environmental quality

Battle Karimi , Pierre-Alain Maron , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nadine Bernard , Daniel Gilbert et al.

Environmental Chemistry Letters, 2017, 15 (2), pp.265-281. ⟨10.1007/s10311-017-0614-6⟩

Article dans une revue hal-01516976v1
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Validation d’un tableau de bord d’indicateurs sur un réseau national de fermes en grande culture et en viticulture pour diagnostiquer la qualité biologique des sols agricoles

Mario Cannavacciuolo , N. Cassagne , V. Riou , P. Mulliez , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

Innovations Agronomiques, 2017, 55, pp.41-54. ⟨10.15454/1.5137753402510786E12⟩

Article dans une revue hal-01608354v1

Soil microbial diversity drives the priming effect along climate gradients: a case study in Madagascar

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 12 (2), pp.451 - 462. ⟨10.1038/ismej.2017.178⟩

Article dans une revue hal-01844363v1
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Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Samuel Dequietd , Nicolas Saby , Mélanie M. Lelievre et al.

PLoS ONE, 2017, 12 (0190128), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0186766⟩

Article dans une revue hal-01843156v1

Predictive model of soil molecular microbial biomass

Walid Horrigue , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby et al.

Ecological Indicators, 2016, 64, pp.203 - 211. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.004⟩

Article dans une revue istex hal-01844377v1

Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale.

Julien Guigue , Jean Lévêque , Olivier Mathieu , P. Schmitt-Kopplin , M. Lucio et al.

Soil Biology and Biochemistry, 2015, 84, pp.158-167. ⟨10.1016/j.soilbio.2015.02.016⟩

Article dans une revue istex hal-01132011v1

Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding

Sebastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , W Horrigue , Mélanie M. Lelievre , C. Cruaud et al.

Heredity, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩

Article dans une revue hal-01831578v1
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Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape

Florentin Constancias , Nicolas P.A. Saby , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue et al.

MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩

Article dans une revue hal-02633674v1
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Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd et al.

MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩

Article dans une revue hal-01475927v1

Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Virginie Nowak , Tiffanie Régnier et al.

Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (2), pp.525-533. ⟨10.1007/s13593-013-0162-9⟩

Article dans une revue hal-00977920v1
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Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre , Nicolas Saby et al.

PLoS ONE, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩

Article dans une revue hal-01831566v1
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Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Simon Aussems , Virginie Nowak et al.

Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (4), pp.831-840. ⟨10.1007/s13593-013-0204-3⟩

Article dans une revue hal-01234825v1

Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Olivier Mathieu , Jean Lévêque , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

Environmental Chemistry Letters, 2013, 11 (4), pp.391-398. ⟨10.1007/s10311-013-0420-8⟩

Article dans une revue istex hal-00921631v1

Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity.

L. Ranjard , S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , J. Thioulouse , N. P. A. Saby et al.

Nature Communications, 2013, 4, pp.1434. ⟨10.1038/ncomms2431⟩

Article dans une revue hal-00965686v1
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Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests

Florence F. Maunoury-Danger , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome J. Ngao , Daniel D. Berveiller , Claude C. Brechet et al.

Annals of Forest Science, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩

Article dans une revue hal-00964701v1

Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests

Florence Maunoury-Danger , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome Ngao , Daniel Berveiller , Claude Brechet et al.

Annals of Forest Science, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩

Article dans une revue hal-04390401v1
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No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands

Pascal Lienhard , Florent Tivet , André Chabanne , Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre et al.

Agronomy for Sustainable Development, 2013, 33 (2), pp.375-384. ⟨10.1007/s13593-012-0099-4⟩

Article dans une revue hal-01201383v1

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Eric Dufrene et al.

Applied Soil Ecology, 2011, 47 (1), pp.14-23. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.11.006⟩

Article dans une revue istex hal-02646057v1
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Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Richard Christen , Samuel S. Dequiedt , Christophe Mougel , Mélanie M. Lelievre et al.

PLoS ONE, 2011, 6 (9), pp.e24166. ⟨10.1371/journal.pone.0024166⟩

Article dans une revue hal-01254016v1

Increase inabovegroundfreshlitterquantityover-stimulatessoil respiration inatemperatedeciduousforest

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claire Damesin , Eric Dufrene , Jean-Christophe Lata , Kamel Soudani et al.

Applied Soil Ecology, 2010, 46 (46), pp.26-34. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.06.004⟩

Article dans une revue istex bioemco-00574912v1
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Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel S. Dequiedt , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby , Jean Thioulouse et al.

Agronomy for Sustainable Development, 2010, 30 (2), pp.359-365. ⟨10.1051/agro/2009033⟩

Article dans une revue hal-00886549v1

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Eric Dufrene et al.

Applied Soil Ecology, 2010, 47 (47), pp.14-23

Article dans une revue bioemco-00574895v1

Root exclusion through trenching does not affect the isotopic composition of soil CO2 efflux

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome Ngao , Daniel Berveiller , Damien Bonal , Claire Damesin et al.

Plant and Soil, 2009, 319 (1-2), pp.1-13. ⟨10.1007/s11104-008-9844-5⟩

Article dans une revue istex bioemco-00353850v1

Biogeographical patterns of soil bacterial communities

Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Mélanie Lelièvre et al.

Environmental Microbiology Reports, 2009, 1 (4), pp.251 - 255. ⟨10.1111/j.1758-2229.2009.00040.x⟩

Article dans une revue istex hal-02668713v1
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ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats

Samuel Dequiedt , Maud Lelièvre , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Manuel Pascal Martin et al.

Étude et Gestion des Sols, 2009, 16 (3-4), pp.219-231

Article dans une revue hal-02656049v1

In Situ Identification of Intracellular Bacteria Related to Paenibacillus spp. in the Mycelium of the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor S238N

J. Bertaux , M. Schmid , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , J. Churin , A. Hartmann et al.

Applied and Environmental Microbiology, 2003, 69 (7), pp.4243 - 4248. ⟨10.1128/AEM.69.7.4243-4248.2003⟩

Article dans une revue hal-01844502v1

Définir six fonctions écologiques des sols

Isabelle Cousin , Denis Angers , Laurent Augusto , Philippe Branchu , Alain A. Brauman et al.

17èmes Journées d’Étude des Sols JES 2025 "Sols, fonctions et transitions", AFES, Association Française pour l'Etude du Sol, Jul 2025, Genève, Suisse

Communication dans un congrès hal-05195897v1

Introduction de la journée

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Carrefours de l'innovation agronomique (CIAG) - Colloque Connaissances et outils pour des démarches préventives et opérationnelles en gestion agroécologique des adventices (COPRAA), Nov 2024, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-04894685v1

Bilan de l’état microbiologique des sols en France

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Conférence ADEBIOTECH, Jun 2023, Romainville (93), France

Communication dans un congrès hal-04147355v1

TANDEM : Flux microbiens au sein d’une chaîne alimentaire

Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon et al.

Journées Portes Ouvertes UMRF, Jun 2023, Aurillac, France

Communication dans un congrès hal-04221497v1

Le projet Tandem

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Les Carrefours de l’Innovation Agronomique. Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France

Communication dans un congrès hal-03887814v1

Microbial transfers at the crossroads of agro-ecological transitions in dairy systems

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Anne-Laure Abraham , Annick Bernalier Donadille , Juliette Bloor , Matthieu Bouchon et al.

Carrefours de l’innovation agronomique (CIAG) Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France

Communication dans un congrès hal-04826247v1

Présentation de l’étude de l’impact de la fertilisation des prairies sur les communautés microbiennes du sol au lait

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Des chercheurs à la ferme, May 2022, Chalèze, France

Communication dans un congrès hal-03687696v1

Outils de saisie pour la caractérisation des sols

Lionel Bargeot , Eric Matagne , Céline Collin Bellier , Juliette Constans, , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

15èmes Journées d’étude du sol, congrès AFES Association Française pour l'Etude du Sol, Jun 2021, Virtuel, Montpellier, France. pp.27-30

Communication dans un congrès hal-03652822v1

A spatially explicit model to simulate soil microbial communities’ dynamics at an agricultural landscape scale

Laurie Dunn , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Christophe Lang , Nicolas Marilleau

1st conference GAMA Days 2021, Frédéric Amblard; Kevin Chapuis; Alexis Drogoul; Benoit Gaudou; Dominique Longin; Nicolas Verstaevel, Jun 2021, Toulouse (Online), France

Communication dans un congrès hal-03522284v1

Étude et modélisation des impacts des pratiques agricoles sur la dynamique de la distribution des communautés microbiennes des sols à l’échelle du paysage

Laurie Dunn , Nicolas Marilleaub , Lang, Christophe , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2021, Virtuel, France

Communication dans un congrès hal-03319891v1

Évaluation des transferts microbiens du sol au lait en filière AOP Comté

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sophie Sadet-Bourgeteau , Brie, Margot , Dumont, Julie , Campedelli, Mathilde et al.

Congrès international francophone 3R 2020, une 25ème édition numérique au plus près des grands enjeux des filières animales, Dec 2020, paris, France

Communication dans un congrès hal-03103282v1

Impact de la fertilisation des prairies sur leur biodiversité et sur les transferts microbiens et chimiques du sol au lait (IFEP)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Colloque scientifique ISITE-Bourgogne Franche-Comté, Oct 2020, Dijon, Besançon, France

Communication dans un congrès hal-02996647v1

How build up soil bacterial co-occurrence networks from wide spatial scale sampling?

Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy Jolivet , Dominique Arrouays et al.

JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-02953290v1

Biogeographical design of soil microbial habitats

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France

Communication dans un congrès hal-02951841v1

Temporal dynamics of soil bacterial communities at a landscape scale: dependence to soil properties and agricultural practices.

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau et al.

10 IALE World Congress Nature and society facing the Anthropocene challenges and perspectives for landscape ecology, International Association of Landscape Ecology (IALE). USA., Jul 2019, Milan, Italy

Communication dans un congrès hal-02786029v1

Mapping, understanding and predicting soil microbial diversity across France

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue et al.

21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil

Communication dans un congrès hal-03102542v1

Innovative tools to diagnose the impact of land use practices on soil microbial communities

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.96

Communication dans un congrès hal-03103798v1

Impact des pratiques agricoles sur l’état biologique des sols: Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

Carrefour de l'Innovation Agronomique (CIAG) 2018. Fertilité biologique des sols. De la connaissance de la biologie des sols et de ses fonctions, à son pilotage., Oct 2018, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-02953507v1

Ecological networks as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystems

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard

Journée Réseau du GDR Génomique Environnementales, Université de Nantes (UN). FRA., Jun 2017, Nantes, France

Communication dans un congrès hal-02735169v1

Bacterial social networks across the French National territory

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby et al.

Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France

Communication dans un congrès hal-01605623v1
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Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby et al.

4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211

Communication dans un congrès hal-02738142v1

Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby et al.

Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France

Communication dans un congrès hal-01608367v1

Soil bacterial interaction networks on a wide scale

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet et al.

4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.414-415

Communication dans un congrès hal-02735708v1

Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France

Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Mélanie M. Lelievre et al.

16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada

Communication dans un congrès hal-01603633v1

Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby , Claudy Jolivet et al.

16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada

Communication dans un congrès hal-02798699v1
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Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard

Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences, Société Française d'Ecologie (SFE). FRA., Oct 2016, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-01604088v1

Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

Walid Horrigue , Lionel Ranjard , Pierre-Alain Maron , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, ISME., Aug 2016, Montréal, Canada

Communication dans un congrès hal-02799970v1
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Inventaire et cartographie des communautés microbiennes des sols de la zone OPE ANDRA

Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard

Journée scientifique de l’Observatoire pérenne de l’environnement (OPE), Observatoire Pérenne de l'Environnement (OPE). FRA., Nov 2016, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02740777v1

Journées Nationales de l'Innovation Agricole (JIAG 2015) 1ère édition colloque OFSV, Angers, France, 2-3 novembre 2015

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

1e. Edition Colloque OFSV "Journées Nationales de l'Innovation Agricole" (JIAG 2015), Observatoire Français des Sols Vivants (OFSV). FRA., Nov 2015, Angers, France

Communication dans un congrès hal-02738562v1

Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas N. Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd et al.

7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p

Communication dans un congrès hal-02738587v1
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Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol

Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

12. Journées d'Etude des Sols (JES), Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 382 p

Communication dans un congrès hal-02741795v1

Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre et al.

Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France

Communication dans un congrès hal-02740417v1
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Turnover of soil microbial diversity is driven by wide-scale environmental heterogeneity

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Lionel Ranjard

2. Thünen Symposium on Soil Metagenomics, Conventus Congressmanagement & Marketing GmbH. Jena, DEU., Dec 2013, Braunschweig, Germany. pp.39

Communication dans un congrès hal-01004768v1

Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Vincent Tardy et al.

Colloque de Génomique Environnementale Rennes 2013, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL). FRA., Nov 2013, Rennes, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02806223v1

Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet et al.

4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy

Communication dans un congrès hal-02808311v1

Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale

Florentin Constancias , Virginie Nowak , Samuel Dequiedt , Luc Biju Duval , Jean-Philippe Guillemin et al.

14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14), Aug 2012, Copenhague, Denmark

Communication dans un congrès hal-02805352v1

Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire national

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard

Workshop Interactions des Microorganismes avec leurs Environnements : Circulation, Adaptation, Jun 2012, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-02808136v1

Soil fungal communities ecology: a biogeographical approach

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet et al.

Ecology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p

Communication dans un congrès hal-02808083v1
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Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory

Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas Saby , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre et al.

13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p

Communication dans un congrès hal-01137003v1

Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet et al.

Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p

Communication dans un congrès hal-02758446v1
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Pierre-Alain Maron , Christophe Mougel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-01137004v1

Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Rémy Doyen , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet et al.

4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91

Communication dans un congrès hal-01019301v1

Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel M. Martin , Nicolas N. Saby et al.

Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p

Communication dans un congrès hal-01001184v1

Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby et al.

BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden

Communication dans un congrès hal-02751274v1

Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site.

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Claire Damesin , Eric Dufrene et al.

Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site., May 2008, Vienna, Austria. pp.52

Communication dans un congrès bioemco-00390583v1

Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest.

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Eric Dufrene , Jean-Christophe Lata , Claire Damesin , Kamel Soudani

Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest., Nov 2006, Sissi-Lassithi, Greece. pp.135

Communication dans un congrès bioemco-00390603v1
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Microbial transfers in dairy systems under changing climate and farming practices

Sébastien Theil , Mahendra Mariadassou , Philippe Ruiz , Guillaume Kon Kam King , Matthieu Bouchon et al.

JOBIM 20025, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05168268v1
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Microbial transfers in dairy systems under changing climate and farming practices

Sébastien Theil , Mahendra Mariadassou , Philippe Ruiz , Guillaume Kon Kam King , Matthieu Bouchon et al.

FROGS Days, Dec 2025, Toulouse, France

Poster de conférence hal-05462857v1

Microbial transfers across a food chain: from grassland to cheese using metagenetic high-throughput sequencing approaches

Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon et al.

FORUM ON FERMENTED FOODS, May 2023, Lyon, France

Poster de conférence hal-04221437v1

Atlas français des bactéries du sol

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Lionel Ranjard

Agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, Jun 2023, Romainville (93), France

Poster de conférence hal-04146700v1

Land-use and other biogeochemical constraints modulate priming effect at the landscape scale: a fingerprinting approach using analytical pyrolysis

Marco Panettieri , Irma N González-Jiménez , G. Almendros , M. Thevenot , J. Guigue et al.

Eurosoil 2021 virtual congress, Aug 2021, Virtuel, Genève, Switzerland

Poster de conférence hal-03660837v1

Studying and modelling the dynamics of soil microbial communities at a landscape scale in response to agricultural practices

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau et al.

25. Forum des jeunes chercheurs Environnement-Santé, Université de Bourgogne Franche-Comté, Jun 2019, Dijon, France. , 2019

Poster de conférence hal-02787418v1

Studying and modelling soil microbial communities dynamics at a landscape scale in response to agricultural practices

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau et al.

Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2019, Dijon, France. 2019

Poster de conférence hal-02735737v1

Re-Clustering tool using an Open-Reference method that improves OTU definition

Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Walid Horrigue et al.

JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France

Poster de conférence hal-02325994v1

L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

ResMO 2018 : "La matière organique dans tous ses étas", Feb 2018, Trégastel, France. , 2018

Poster de conférence hal-01785116v1

Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue et al.

Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. , 2017

Poster de conférence hal-01605429v1
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Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue et al.

Congrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016

Poster de conférence hal-01602852v1
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A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby et al.

1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014

Poster de conférence hal-02739204v1
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Spatial patterns of soil bacterial communities at the European scale

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Rachel Creamer et al.

1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014

Poster de conférence hal-02738908v1
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Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Florentin Constancias et al.

1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014

Poster de conférence hal-02738869v1

Comparaison de l'arisa et du séquençage haut débit pour l'étude des processus de diversification des communautés microbiennes du sol

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Patrice Wincker , Mélanie M. Lelievre et al.

6. ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. , 2013, Microbiologie environnementale : du gène à l'écosystème

Poster de conférence hal-02747780v1

Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale ?

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Virginie Nowak , Jean-Philippe Guillemin et al.

4. International Congress Eurosoil 2012-Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italie. , 2012, Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale?

Poster de conférence hal-02748453v1
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity

Samuel Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Pierre-Alain Maron , Christophe Mougel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.

10. Symposium on Bacterial Genetics and Ecology - Coexisting on a Changing Planet (BAGECO 10), Jun 2009, Uppsala, Sweden. 18 p., 2009

Poster de conférence hal-02752945v1
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Microbiome du sol

Barbara Pivato , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Philippe P. Lemanceau

La métagénomique. Développements et futures applications, Editions Quae, 120 p., 2015, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-2293-3 ISSN : 1952-1251

Chapitre d'ouvrage hal-02801832v1

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet , Nicolas Saby , Jean Thioulouse et al.

Eric Lichtfouse; Marjolaine Hamelin; Mireille Navarrete; Philippe Debaeke. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩

Chapitre d'ouvrage hal-00860770v1