Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

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Présentation

Activités de Recherche

Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie.

Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron:

  1. l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols
  2. l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique.

La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard.
La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes.
Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours).

Activités d’enseignement

Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ; Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.

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Publications

Impact of farming practices on soil microbial biomass: An international synthesis

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Nicolas Marilleau , Christophe Lang , Christophe Djemiel et al.
Agriculture, Ecosystems & Environment, 2025, 383, pp.109513. ⟨10.1016/j.agee.2025.109513⟩
Article dans une revue hal-04925931 v1
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Harmonized Datasets of microbiological parameters from a French national-scale soil monitoring survey

Aurélien Cottin , Samuel Dequiedt , Christophe Djemiel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Julie Tripied et al.
Scientific Data , 2025, 12 (1), pp.34-42. ⟨10.1038/s41597-024-04318-5⟩
Article dans une revue hal-04878420 v1

Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier et al.
Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩
Article dans une revue hal-04281882 v1
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Short-Term PE Generation Processes in the Soils of a Farmer Plots Network in the Madagascar Highlands: Actors and Drivers

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre‐alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
Microbiology Research, 2023, 14 (4), pp.1702-1719. ⟨10.3390/microbiolres14040117⟩
Article dans une revue hal-04281605 v1
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Urban land uses shape soil microbial abundance and diversity

Amélie Christel , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florian Mercier , Julie Tripied et al.
Science of the Total Environment, 2023, 883, pp.art. 163455. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.163455⟩
Article dans une revue hal-04087393 v1

Effects of biochar on soil microbial communities: A meta-analysis

Maelle Deshoux , Sophie Sadet-Bourgeteau , Solène Gentil , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Science of the Total Environment, 2023, 902, pp.art. 166079. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.166079⟩
Article dans une revue hal-04197308 v1
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Dynamic of bacterial and archaeal diversity in a tropical soil over 6 years of repeated organic and inorganic fertilization

Sophie Sadet-Bourgeteau , Christophe Djemiel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Frédéric Feder
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-16. ⟨10.3389/fmicb.2022.943314⟩
Article dans une revue hal-03761659 v1
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Potential of Meta-Omics to Provide Modern Microbial Indicators for Monitoring Soil Quality and Securing Food Production

Christophe Djemiel , Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Walid Horrigue et al.
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fmicb.2022.889788⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03715998 v1
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Microbial transfers from permanent grassland ecosystems to milk in dairy farms in the Comté cheese area

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , B. Karimi , Sophie Sadet-Bourgeteau , C. Djemiel , M. Brie et al.
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.18144. ⟨10.1038/s41598-021-97373-6⟩
Article dans une revue hal-03345380 v1
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Soil microbial communities in the face of changing farming practices: A case study in an agricultural landscape in France

Laurie Dunn , Christophe Lang , Nicolas Marilleau , Sébastien Terrat , Luc Biju-Duval et al.
PLoS ONE, 2021, 16 (6), pp.e0252216. ⟨10.1371/journal.pone.0252216⟩
Article dans une revue hal-03264820 v1

ReClustOR: a re‐clustering tool using an open‐reference method that improves operational taxonomic unit definition

Sébastien Terrat , Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel Dequiedt et al.
Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (1), pp.168-180. ⟨10.1111/2041-210x.13316⟩
Article dans une revue hal-03129732 v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩
Article dans une revue hal-03014310 v1
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BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons

Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Thibault Girier et al.
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s12859-020-03829-3⟩
Article dans une revue hal-03014150 v1
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Grassland-cropland rotation cycles in crop-livestock farming systems regulate priming effect potential in soils through modulation of microbial communities, composition of soil organic matter and abiotic soil properties

Marco Panettieri , Julien Guigue , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Mathieu Thevenot , Jean Lévêque et al.
Agriculture, Ecosystems & Environment, 2020, 299, pp.106973. ⟨10.1016/j.agee.2020.106973⟩
Article dans une revue hal-03014052 v1
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Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Walid Horrigue et al.
Étude et Gestion des Sols, 2020, 27 (1), pp.51-71
Article dans une revue hal-02540019 v1
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Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale

Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Battle Karimi , Nouraya Akkal-Corfini , Samuel S. Dequiedt et al.
MicrobiologyOpen, 2019, 8 (4), ⟨10.1002/mbo3.676⟩
Article dans une revue hal-01817976 v1
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Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Stéphane Uroz , Samuel S. Dequiedt , Dorothy Stone et al.
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.1-17. ⟨10.1038/s41598-018-36867-2⟩
Article dans une revue hal-02067245 v1
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Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity

Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy C. Jolivet , Dominique D. Arrouays et al.
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-40422-y⟩
Article dans une revue hal-02093081 v1
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Towards the assessment of biodiversity and management practices in mountain pastures using diagnostic species?

Corentin Nicod , Bérangère Leys , Yorick Ferrez , Vincent Manneville , Arnaud Mouly et al.
Ecological Indicators, 2019, 107, pp.1-9. ⟨10.1016/j.ecolind.2019.105584⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02270642 v1
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Biogeography of soil bacteria and archaea across France

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue et al.
Science Advances , 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩
Article dans une revue hal-01843961 v1
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La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Walid Horrigue et al.
Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.27-37. ⟨10.15454/IO3VXY⟩
Article dans une revue hal-02002766 v1
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Appréhender l’impact des pratiques agricoles sur l’état biologique et le fonctionnement du sol. Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Mario Cannavacciuolo , Elisabeth D’oiron-Verame , Cécile Villenave , Daniel Cluzeau et al.
Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.39-46. ⟨10.15454/OW3CJS⟩
Article dans une revue hal-02058230 v1

Landscape-scale analysis of cropping system effects on soil quality in a context of crop-livestock farming

Valérie Viaud , Patricia Santillàn-Carvantes , Nouraya Akkal-Corfini , Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
Agriculture, Ecosystems & Environment, 2018, 265, pp.166 - 177. ⟨10.1016/j.agee.2018.06.018⟩
Article dans une revue hal-01844309 v1

Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils

Sophie Sadet-Bourgeteau , Sabine Houot , Samuel S. Dequiedt , Virginie Nowak , Vincent Tardy et al.
Applied Soil Ecology, 2018, 125, ⟨10.1016/j.apsoil.2018.02.006⟩
Article dans une revue hal-01711712 v1

Microbial diversity and ecological networks as indicators of environmental quality

Battle Karimi , Pierre-Alain Maron , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nadine Bernard , Daniel Gilbert et al.
Environmental Chemistry Letters, 2017, 15 (2), pp.265-281. ⟨10.1007/s10311-017-0614-6⟩
Article dans une revue hal-01516976 v1
Image document

Validation d’un tableau de bord d’indicateurs sur un réseau national de fermes en grande culture et en viticulture pour diagnostiquer la qualité biologique des sols agricoles

M. Cannavacciulo , N. Cassagne , V. Riou , P. Mulliez , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
Innovations Agronomiques, 2017, 55, pp.41-54. ⟨10.15454/1.5137753402510786E12⟩
Article dans une revue hal-01608354 v1

Soil microbial diversity drives the priming effect along climate gradients: a case study in Madagascar

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 12 (2), pp.451 - 462. ⟨10.1038/ismej.2017.178⟩
Article dans une revue hal-01844363 v1
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Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Samuel Dequietd , Nicolas Saby , Mélanie M. Lelievre et al.
PLoS ONE, 2017, 12 (0190128), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0186766⟩
Article dans une revue hal-01843156 v1

Predictive model of soil molecular microbial biomass

Walid Horrigue , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby et al.
Ecological Indicators, 2016, 64, pp.203 - 211. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.004⟩
Article dans une revue hal-01844377 v1

Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale.

Julien Guigue , Jean Lévêque , Olivier Mathieu , P. Schmitt-Kopplin , M. Lucio et al.
Soil Biology and Biochemistry, 2015, 84, pp.158-167. ⟨10.1016/j.soilbio.2015.02.016⟩
Article dans une revue hal-01132011 v1
Image document

Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape

Florentin Constancias , Nicolas P.A. Saby , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue et al.
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩
Article dans une revue hal-02633674 v1

Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding

Sebastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , W Horrigue , Mélanie M. Lelievre , C. Cruaud et al.
Heredity, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩
Article dans une revue hal-01831578 v1
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Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd et al.
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩
Article dans une revue hal-01475927 v1

Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Virginie Nowak , Tiffanie Régnier et al.
Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (2), pp.525-533. ⟨10.1007/s13593-013-0162-9⟩
Article dans une revue hal-00977920 v1
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Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre , Nicolas Saby et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩
Article dans une revue hal-01831566 v1
Image document

Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Simon Aussems , Virginie Nowak et al.
Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (4), pp.831-840. ⟨10.1007/s13593-013-0204-3⟩
Article dans une revue hal-01234825 v1

Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity.

L. Ranjard , S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , J. Thioulouse , N. P. A. Saby et al.
Nature Communications, 2013, 4, pp.1434. ⟨10.1038/ncomms2431⟩
Article dans une revue hal-00965686 v1

Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Olivier Mathieu , Jean Lévêque , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
Environmental Chemistry Letters, 2013, 11 (4), pp.391-398. ⟨10.1007/s10311-013-0420-8⟩
Article dans une revue istex hal-00921631 v1
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Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests

Florence F. Maunoury-Danger , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome J. Ngao , Daniel D. Berveiller , Claude C. Brechet et al.
Annals of Forest Science, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩
Article dans une revue hal-00964701 v1
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No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands

Pascal Lienhard , Florent Tivet , André Chabanne , Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre et al.
Agronomy for Sustainable Development, 2013, 33 (2), pp.375-384. ⟨10.1007/s13593-012-0099-4⟩
Article dans une revue hal-01201383 v1

Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests

Florence Maunoury-Danger , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome Ngao , Daniel Berveiller , Claude Brechet et al.
Annals of Forest Science, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩
Article dans une revue hal-04390401 v1
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Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Richard Christen , Samuel S. Dequiedt , Christophe Mougel , Mélanie M. Lelievre et al.
PLoS ONE, 2011, 6 (9), pp.e24166. ⟨10.1371/journal.pone.0024166⟩
Article dans une revue hal-01254016 v1

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Eric Dufrene et al.
Applied Soil Ecology, 2011, 47 (1), pp.14-23. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.11.006⟩
Article dans une revue istex hal-02646057 v1

Increase inabovegroundfreshlitterquantityover-stimulatessoil respiration inatemperatedeciduousforest

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claire Damesin , Eric Dufrene , Jean-Christophe Lata , Kamel Soudani et al.
Applied Soil Ecology, 2010, 46 (46), pp.26-34. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.06.004⟩
Article dans une revue istex bioemco-00574912 v1
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Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel S. Dequiedt , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby , Jean Thioulouse et al.
Agronomy for Sustainable Development, 2010, 30 (2), pp.359-365. ⟨10.1051/agro/2009033⟩
Article dans une revue hal-00886549 v1

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Eric Dufrene et al.
Applied Soil Ecology, 2010, 47 (47), pp.14-23
Article dans une revue bioemco-00574895 v1

Biogeographical patterns of soil bacterial communities

Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Mélanie Lelièvre et al.
Environmental Microbiology Reports, 2009, 1 (4), pp.251 - 255. ⟨10.1111/j.1758-2229.2009.00040.x⟩
Article dans une revue istex hal-02668713 v1
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ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats

Samuel Dequiedt , Maud Lelièvre , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Manuel Pascal Martin et al.
Étude et Gestion des Sols, 2009, 16 (3-4), pp.219-231
Article dans une revue hal-02656049 v1

Root exclusion through trenching does not affect the isotopic composition of soil CO2 efflux

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome Ngao , Daniel Berveiller , Damien Bonal , Claire Damesin et al.
Plant and Soil, 2009, 319 (1-2), pp.1-13. ⟨10.1007/s11104-008-9844-5⟩
Article dans une revue istex bioemco-00353850 v1

In Situ Identification of Intracellular Bacteria Related to Paenibacillus spp. in the Mycelium of the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor S238N

J. Bertaux , M. Schmid , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , J. Churin , A. Hartmann et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2003, 69 (7), pp.4243 - 4248. ⟨10.1128/AEM.69.7.4243-4248.2003⟩
Article dans une revue hal-01844502 v1

Introduction de la journée

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Carrefours de l'innovation agronomique (CIAG) - Colloque Connaissances et outils pour des démarches préventives et opérationnelles en gestion agroécologique des adventices (COPRAA), Nov 2024, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-04894685 v1

Bilan de l’état microbiologique des sols en France

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Conférence ADEBIOTECH, Jun 2023, Romainville (93), France
Communication dans un congrès hal-04147355 v1

TANDEM : Flux microbiens au sein d’une chaîne alimentaire

Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon et al.
Journées Portes Ouvertes UMRF, Jun 2023, Aurillac, France
Communication dans un congrès hal-04221497 v1

Microbial transfers at the crossroads of agro-ecological transitions in dairy systems

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Anne-Laure Abraham , Annick Bernalier Donadille , Juliette Bloor , Matthieu Bouchon et al.
Carrefours de l’innovation agronomique (CIAG) Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-04826247 v1

Le projet Tandem

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Les Carrefours de l’Innovation Agronomique. Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-03887814 v1

Présentation de l’étude de l’impact de la fertilisation des prairies sur les communautés microbiennes du sol au lait

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Des chercheurs à la ferme, May 2022, Chalèze, France
Communication dans un congrès hal-03687696 v1

Outils de saisie pour la caractérisation des sols

Lionel Bargeot , Eric Matagne , Céline Collin Bellier , Juliette Constans, , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
15èmes Journées d’étude du sol, congrès AFES Association Française pour l'Etude du Sol, Jun 2021, Virtuel, Montpellier, France. pp.27-30
Communication dans un congrès hal-03652822 v1

A spatially explicit model to simulate soil microbial communities’ dynamics at an agricultural landscape scale

Laurie Dunn , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Christophe Lang , Nicolas Marilleau
1st conference GAMA Days 2021, Frédéric Amblard; Kevin Chapuis; Alexis Drogoul; Benoit Gaudou; Dominique Longin; Nicolas Verstaevel, Jun 2021, Toulouse (Online), France
Communication dans un congrès hal-03522284 v1

Étude et modélisation des impacts des pratiques agricoles sur la dynamique de la distribution des communautés microbiennes des sols à l’échelle du paysage

Laurie Dunn , Nicolas Marilleaub , Lang, Christophe , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2021, Virtuel, France
Communication dans un congrès hal-03319891 v1

Impact de la fertilisation des prairies sur leur biodiversité et sur les transferts microbiens et chimiques du sol au lait (IFEP)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Colloque scientifique ISITE-Bourgogne Franche-Comté, Oct 2020, Dijon, Besançon, France
Communication dans un congrès hal-02996647 v1

Évaluation des transferts microbiens du sol au lait en filière AOP Comté

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sophie Sadet-Bourgeteau , Brie, Margot , Dumont, Julie , Campedelli, Mathilde et al.
Congrès international francophone 3R 2020, une 25ème édition numérique au plus près des grands enjeux des filières animales, Dec 2020, paris, France
Communication dans un congrès hal-03103282 v1

How build up soil bacterial co-occurrence networks from wide spatial scale sampling?

Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy Jolivet , Dominique Arrouays et al.
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02953290 v1

Biogeographical design of soil microbial habitats

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-02951841 v1

Temporal dynamics of soil bacterial communities at a landscape scale: dependence to soil properties and agricultural practices.

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau et al.
10 IALE World Congress Nature and society facing the Anthropocene challenges and perspectives for landscape ecology, International Association of Landscape Ecology (IALE). USA., Jul 2019, Milan, Italy
Communication dans un congrès hal-02786029 v1

Mapping, understanding and predicting soil microbial diversity across France

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue et al.
21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil
Communication dans un congrès hal-03102542 v1

Innovative tools to diagnose the impact of land use practices on soil microbial communities

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.96
Communication dans un congrès hal-03103798 v1

Impact des pratiques agricoles sur l’état biologique des sols: Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Carrefour de l'Innovation Agronomique (CIAG) 2018. Fertilité biologique des sols. De la connaissance de la biologie des sols et de ses fonctions, à son pilotage., Oct 2018, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-02953507 v1

Ecological networks as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystems

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard
Journée Réseau du GDR Génomique Environnementales, Université de Nantes (UN). FRA., Jun 2017, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02735169 v1

Bacterial social networks across the French National territory

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby et al.
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-01605623 v1
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Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby et al.
4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211
Communication dans un congrès hal-02738142 v1

Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby et al.
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-01608367 v1

Soil bacterial interaction networks on a wide scale

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet et al.
4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.414-415
Communication dans un congrès hal-02735708 v1

Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France

Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Mélanie M. Lelievre et al.
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-01603633 v1
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Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard
Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences, Société Française d'Ecologie (SFE). FRA., Oct 2016, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-01604088 v1

Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby , Claudy Jolivet et al.
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-02798699 v1

Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

Walid Horrigue , Lionel Ranjard , Pierre-Alain Maron , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, ISME., Aug 2016, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-02799970 v1
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Inventaire et cartographie des communautés microbiennes des sols de la zone OPE ANDRA

Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard
Journée scientifique de l’Observatoire pérenne de l’environnement (OPE), Observatoire Pérenne de l'Environnement (OPE). FRA., Nov 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02740777 v1

Journées Nationales de l'Innovation Agricole (JIAG 2015) 1ère édition colloque OFSV, Angers, France, 2-3 novembre 2015

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
1e. Edition Colloque OFSV "Journées Nationales de l'Innovation Agricole" (JIAG 2015), Observatoire Français des Sols Vivants (OFSV). FRA., Nov 2015, Angers, France
Communication dans un congrès hal-02738562 v1

Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas N. Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd et al.
7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p
Communication dans un congrès hal-02738587 v1
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Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol

Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
12. Journées d'Etude des Sols (JES), Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 382 p
Communication dans un congrès hal-02741795 v1

Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre et al.
Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France
Communication dans un congrès hal-02740417 v1
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Turnover of soil microbial diversity is driven by wide-scale environmental heterogeneity

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Lionel Ranjard
2. Thünen Symposium on Soil Metagenomics, Conventus Congressmanagement & Marketing GmbH. Jena, DEU., Dec 2013, Braunschweig, Germany. pp.39
Communication dans un congrès hal-01004768 v1

Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Vincent Tardy et al.
Colloque de Génomique Environnementale Rennes 2013, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL). FRA., Nov 2013, Rennes, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02806223 v1

Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet et al.
4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy
Communication dans un congrès hal-02808311 v1

Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale

Florentin Constancias , Virginie Nowak , Samuel Dequiedt , Luc Biju Duval , Jean-Philippe Guillemin et al.
14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14), Aug 2012, Copenhague, Denmark
Communication dans un congrès hal-02805352 v1

Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire national

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard
Workshop Interactions des Microorganismes avec leurs Environnements : Circulation, Adaptation, Jun 2012, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-02808136 v1

Soil fungal communities ecology: a biogeographical approach

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet et al.
Ecology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p
Communication dans un congrès hal-02808083 v1
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Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory

Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas Saby , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre et al.
13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p
Communication dans un congrès hal-01137003 v1

Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet et al.
Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p
Communication dans un congrès hal-02758446 v1
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Pierre-Alain Maron , Christophe Mougel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01137004 v1

Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Rémy Doyen , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet et al.
4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91
Communication dans un congrès hal-01019301 v1

Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel M. Martin , Nicolas N. Saby et al.
Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p
Communication dans un congrès hal-01001184 v1

Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby et al.
BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden
Communication dans un congrès hal-02751274 v1

Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site.

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Claire Damesin , Eric Dufrene et al.
Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site., May 2008, Vienna, Austria. pp.52
Communication dans un congrès bioemco-00390583 v1

Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest.

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Eric Dufrene , Jean-Christophe Lata , Claire Damesin , Kamel Soudani
Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest., Nov 2006, Sissi-Lassithi, Greece. pp.135
Communication dans un congrès bioemco-00390603 v1

Microbial transfers across a food chain: from grassland to cheese using metagenetic high-throughput sequencing approaches

Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon et al.
FORUM ON FERMENTED FOODS, May 2023, Lyon, France
Poster de conférence hal-04221437 v1

Atlas français des bactéries du sol

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Lionel Ranjard
Agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, Jun 2023, Romainville (93), France
Poster de conférence hal-04146700 v1

Land-use and other biogeochemical constraints modulate priming effect at the landscape scale: a fingerprinting approach using analytical pyrolysis

Marco Panettieri , Irma N González-Jiménez , G. Almendros , M. Thevenot , J. Guigue et al.
Eurosoil 2021 virtual congress, Aug 2021, Virtuel, Genève, Switzerland
Poster de conférence hal-03660837 v1

Studying and modelling the dynamics of soil microbial communities at a landscape scale in response to agricultural practices

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau et al.
25. Forum des jeunes chercheurs Environnement-Santé, Université de Bourgogne Franche-Comté, Jun 2019, Dijon, France. , 2019
Poster de conférence hal-02787418 v1

Studying and modelling soil microbial communities dynamics at a landscape scale in response to agricultural practices

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau et al.
Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2019, Dijon, France. 2019
Poster de conférence hal-02735737 v1

Re-Clustering tool using an Open-Reference method that improves OTU definition

Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Walid Horrigue et al.
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-02325994 v1

L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
ResMO 2018 : "La matière organique dans tous ses étas", Feb 2018, Trégastel, France. , 2018
Poster de conférence hal-01785116 v1

Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue et al.
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. , 2017
Poster de conférence hal-01605429 v1
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Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue et al.
Congrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016
Poster de conférence hal-01602852 v1
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A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby et al.
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Poster de conférence hal-02739204 v1
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Spatial patterns of soil bacterial communities at the European scale

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Rachel Creamer et al.
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Poster de conférence hal-02738908 v1
Image document

Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Florentin Constancias et al.
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Poster de conférence hal-02738869 v1

Comparaison de l'arisa et du séquençage haut débit pour l'étude des processus de diversification des communautés microbiennes du sol

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Patrice Wincker , Mélanie M. Lelievre et al.
6. ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. , 2013, Microbiologie environnementale : du gène à l'écosystème
Poster de conférence hal-02747780 v1

Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale ?

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Virginie Nowak , Jean-Philippe Guillemin et al.
4. International Congress Eurosoil 2012-Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italie. , 2012, Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale?
Poster de conférence hal-02748453 v1
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity

Samuel Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Pierre-Alain Maron , Christophe Mougel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré et al.
10. Symposium on Bacterial Genetics and Ecology - Coexisting on a Changing Planet (BAGECO 10), Jun 2009, Uppsala, Sweden. 18 p., 2009
Poster de conférence hal-02752945 v1
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Microbiome du sol

Barbara Pivato , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Philippe P. Lemanceau
La métagénomique. Développements et futures applications, Editions Quae, 120 p., 2015, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-2293-3 ISSN : 1952-1251
Chapitre d'ouvrage hal-02801832 v1

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet , Nicolas Saby , Jean Thioulouse et al.
Eric Lichtfouse; Marjolaine Hamelin; Mireille Navarrete; Philippe Debaeke. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00860770 v1