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Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré

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Researcher identifiers
  • IdHAL nicolas-chemidlin-prevost-boure
  • ResearcherId : U-7714-2017
  • ORCID 0000-0002-8575-4295
  • Google Scholar : https://scholar.google.fr/citations?user=dDsc0l0AAAAJ&hl=fr
  • IdRef : 130455628
  • ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/U-7714-2017

Presentation

**Activités de Recherche** Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie. Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron: 1) l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols 2) l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique. La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard. La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes. Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours). **Activités d’enseignement** Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ; Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.

Publications

Differential responses of soil microbial biomass, diversity and interactions to land use intensity at a territorial scale

Amélie Christel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas P. A. Saby , F. Mercier
Science of the Total Environment, 2024, 906, pp.art. 167454. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167454⟩
Journal articles hal-04281882v1
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Short-Term PE Generation Processes in the Soils of a Farmer Plots Network in the Madagascar Highlands: Actors and Drivers

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre‐alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Microbiology Research, 2023, 14 (4), pp.1702-1719. ⟨10.3390/microbiolres14040117⟩
Journal articles hal-04281605v1

Effects of biochar on soil microbial communities: A meta-analysis

Maelle Deshoux , Sophie Sadet-Bourgeteau , Solène Gentil , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Science of the Total Environment, 2023, 902, pp.art. 166079. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.166079⟩
Journal articles hal-04197308v1
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Urban land uses shape soil microbial abundance and diversity

Amélie Christel , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florian Mercier , Julie Tripied
Science of the Total Environment, 2023, 883, pp.art. 163455. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.163455⟩
Journal articles hal-04087393v1
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Dynamic of bacterial and archaeal diversity in a tropical soil over 6 years of repeated organic and inorganic fertilization

Sophie Sadet-Bourgeteau , Christophe Djemiel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Frédéric Feder
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-16. ⟨10.3389/fmicb.2022.943314⟩
Journal articles hal-03761659v1
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Potential of Meta-Omics to Provide Modern Microbial Indicators for Monitoring Soil Quality and Securing Food Production

Christophe Djemiel , Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Walid Horrigue
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.1-20. ⟨10.3389/fmicb.2022.889788⟩
Journal articles hal-03715998v1
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Soil microbial communities in the face of changing farming practices: A case study in an agricultural landscape in France

Laurie Dunn , Christophe Lang , Nicolas Marilleau , Sébastien Terrat , Luc Biju-Duval
PLoS ONE, 2021, 16 (6), pp.e0252216. ⟨10.1371/journal.pone.0252216⟩
Journal articles hal-03264820v1
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Microbial transfers from permanent grassland ecosystems to milk in dairy farms in the Comté cheese area

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , B. Karimi , Sophie Sadet-Bourgeteau , C. Djemiel , M. Brie
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.18144. ⟨10.1038/s41598-021-97373-6⟩
Journal articles hal-03345380v1
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Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

Samuel S. Dequiedt , Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Walid Horrigue
Étude et Gestion des Sols, 2020, 27 (1), pp.51-71
Journal articles hal-02540019v1
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Grassland-cropland rotation cycles in crop-livestock farming systems regulate priming effect potential in soils through modulation of microbial communities, composition of soil organic matter and abiotic soil properties

Marco Panettieri , Julien Guigue , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Mathieu Thévenot , Jean Lévêque
Agriculture, Ecosystems & Environment, 2020, 299, pp.106973. ⟨10.1016/j.agee.2020.106973⟩
Journal articles hal-03014052v1

ReClustOR: a re‐clustering tool using an open‐reference method that improves operational taxonomic unit definition

Sébastien Terrat , Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel Dequiedt
Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (1), pp.168-180. ⟨10.1111/2041-210x.13316⟩
Journal articles hal-03129732v1

Biogeography of soil microbial habitats across France

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Global Ecology and Biogeography, 2020, 29 (8), pp.1399-1411. ⟨10.1111/geb.13118⟩
Journal articles hal-03014310v1
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BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons

Christophe Djemiel , Samuel Dequiedt , Battle Karimi , Aurélien Cottin , Thibault Girier
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s12859-020-03829-3⟩
Journal articles hal-03014150v1
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Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Stéphane Uroz , Samuel S. Dequiedt , Dorothy Stone
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.1-17. ⟨10.1038/s41598-018-36867-2⟩
Journal articles hal-02067245v1
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Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity

Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy C. Jolivet , Dominique D. Arrouays
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-40422-y⟩
Journal articles hal-02093081v1
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Tillage intensity and pasture in rotation effectively shape soil microbial communities at a landscape scale

Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Battle Karimi , Nouraya Akkal-Corfini , Samuel S. Dequiedt
MicrobiologyOpen, 2019, 8 (4), ⟨10.1002/mbo3.676⟩
Journal articles hal-01817976v1
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Towards the assessment of biodiversity and management practices in mountain pastures using diagnostic species?

Corentin Nicod , Bérangère Leys , Yorick Ferrez , Vincent Manneville , Arnaud Mouly
Ecological Indicators, 2019, 107, pp.1-9. ⟨10.1016/j.ecolind.2019.105584⟩
Journal articles hal-02270642v1
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La caractérisation des communautés microbiennes du sol à l'échelle de la France pour évaluer l’effet de l’usage des sols

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Walid Horrigue
Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.27-37. ⟨10.15454/IO3VXY⟩
Journal articles hal-02002766v1
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Appréhender l’impact des pratiques agricoles sur l’état biologique et le fonctionnement du sol. Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Mario Cannavacciuolo , Elisabeth D’oiron-Verame , Cécile Villenave , Daniel Cluzeau
Innovations Agronomiques, 2018, 69, pp.39-46. ⟨10.15454/OW3CJS⟩
Journal articles hal-02058230v1

Landscape-scale analysis of cropping system effects on soil quality in a context of crop-livestock farming

Valérie Viaud , Patricia Santillàn-Carvantes , Nouraya Akkal-Corfini , Cédric Le Guillou , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Agriculture, Ecosystems & Environment, 2018, 265, pp.166 - 177. ⟨10.1016/j.agee.2018.06.018⟩
Journal articles hal-01844309v1

Lasting effect of repeated application of organic waste products on microbial communities in arable soils

Sophie Sadet-Bourgeteau , Sabine Houot , Samuel S. Dequiedt , Virginie Nowak , Vincent Tardy
Applied Soil Ecology, 2018, 125, ⟨10.1016/j.apsoil.2018.02.006⟩
Journal articles hal-01711712v1
Image document

Biogeography of soil bacteria and archaea across France

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Science Advances , 2018, 4 (7), pp.eaat1808. ⟨10.1126/sciadv.aat1808⟩
Journal articles hal-01843961v1

Soil microbial diversity drives the priming effect along climate gradients: a case study in Madagascar

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 12 (2), pp.451 - 462. ⟨10.1038/ismej.2017.178⟩
Journal articles hal-01844363v1
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Mapping and predictive variations of soil bacterial richness across France

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Samuel Dequietd , Nicolas Saby , Mélanie M. Lelievre
PLoS ONE, 2017, 12 (0190128), pp.1-19. ⟨10.1371/journal.pone.0186766⟩
Journal articles hal-01843156v1
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Validation d’un tableau de bord d’indicateurs sur un réseau national de fermes en grande culture et en viticulture pour diagnostiquer la qualité biologique des sols agricoles

M. Cannavacciulo , N. Cassagne , V. Riou , P. Mulliez , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Innovations Agronomiques, 2017, 55, pp.41-54. ⟨10.15454/1.5137753402510786E12⟩
Journal articles hal-01608354v1

Microbial diversity and ecological networks as indicators of environmental quality

Battle Karimi , Pierre-Alain Maron , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nadine Bernard , Daniel Gilbert
Environmental Chemistry Letters, 2017, 15 (2), pp.265-281. ⟨10.1007/s10311-017-0614-6⟩
Journal articles hal-01516976v1

Predictive model of soil molecular microbial biomass

Walid Horrigue , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby
Ecological Indicators, 2016, 64, pp.203 - 211. ⟨10.1016/j.ecolind.2015.12.004⟩
Journal articles hal-01844377v1
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Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.505-517. ⟨10.1002/mbo3.255⟩
Journal articles hal-01475927v1

Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding

Sebastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , W Horrigue , Mélanie M. Lelievre , C. Cruaud
Heredity, 2015, 114 (5), pp.468 - 475. ⟨10.1038/hdy.2014.91⟩
Journal articles hal-01831578v1
Image document

Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape

Florentin Constancias , Nicolas P.A. Saby , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue
MicrobiologyOpen, 2015, 4 (3), pp.518-531. ⟨10.1002/mbo3.256⟩
Journal articles hal-02633674v1

Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale.

Julien Guigue , Jean Lévêque , Olivier Mathieu , P. Schmitt-Kopplin , M. Lucio
Soil Biology and Biochemistry, 2015, 84, pp.158-167. ⟨10.1016/j.soilbio.2015.02.016⟩
Journal articles hal-01132011v1
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Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Simon Aussems , Virginie Nowak
Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (4), pp.831-840. ⟨10.1007/s13593-013-0204-3⟩
Journal articles hal-01234825v1
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Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre , Nicolas Saby
PLoS ONE, 2014, 9 (11), pp.1-11. ⟨10.1371/journal.pone.0111667⟩
Journal articles hal-01831566v1

Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Virginie Nowak , Tiffanie Régnier
Agronomy for Sustainable Development, 2014, 34 (2), pp.525-533. ⟨10.1007/s13593-013-0162-9⟩
Journal articles hal-00977920v1

Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland.

Pascal Lienhard , Sébastien Terrat , Olivier Mathieu , Jean Lévêque , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Environmental Chemistry Letters, 2013, 11 (4), pp.391-398. ⟨10.1007/s10311-013-0420-8⟩
Journal articles hal-00921631v1
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Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests

Florence F. Maunoury-Danger , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome J. Ngao , Daniel D. Berveiller , Claude C. Brechet
Annals of Forest Science, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩
Journal articles hal-00964701v1
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No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands

Pascal Lienhard , Florent Tivet , André Chabanne , Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre
Agronomy for Sustainable Development, 2013, 33 (2), pp.375-384. ⟨10.1007/s13593-012-0099-4⟩
Journal articles hal-01201383v1

Carbon isotopic signature of CO2 emitted by plant compartments and soil in two temperate deciduous forests

Florence Maunoury-Danger , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome Ngao , Daniel Berveiller , Claude Brechet
Annals of Forest Science, 2013, 70 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s13595-012-0249-5⟩
Journal articles hal-04390401v1

Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity.

L. Ranjard , S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , J. Thioulouse , N. P. A. Saby
Nature Communications, 2013, 4, pp.1434. ⟨10.1038/ncomms2431⟩
Journal articles hal-00965686v1

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Eric Dufrene
Applied Soil Ecology, 2011, 47 (1), pp.14-23. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.11.006⟩
Journal articles hal-02646057v1
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Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Richard Christen , Samuel S. Dequiedt , Christophe Mougel , Mélanie M. Lelievre
PLoS ONE, 2011, 6 (9), pp.e24166. ⟨10.1371/journal.pone.0024166⟩
Journal articles hal-01254016v1

Seasonal dynamics of the bacterial community in forest soils under different quantities of leaf litter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Eric Dufrene
Applied Soil Ecology, 2010, 47 (47), pp.14-23
Journal articles bioemco-00574895v1

Increase inabovegroundfreshlitterquantityover-stimulatessoil respiration inatemperatedeciduousforest

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Claire Damesin , Eric Dufrene , Jean-Christophe Lata , Kamel Soudani
Applied Soil Ecology, 2010, 46 (46), pp.26-34. ⟨10.1016/j.apsoil.2010.06.004⟩
Journal articles bioemco-00574912v1
Image document

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel S. Dequiedt , Claudy C. Jolivet , Nicolas P.A. Saby , Jean Thioulouse
Agronomy for Sustainable Development, 2010, 30 (2), pp.359-365. ⟨10.1051/agro/2009033⟩
Journal articles hal-00886549v1

Root exclusion through trenching does not affect the isotopic composition of soil CO2 efflux

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Jérome Ngao , Daniel Berveiller , Damien Bonal , Claire Damesin
Plant and Soil, 2009, 319 (1-2), pp.1-13. ⟨10.1007/s11104-008-9844-5⟩
Journal articles bioemco-00353850v1
Image document

ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France. Etat d’avancement et premiers résultats

Samuel Dequiedt , Maud Lelièvre , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Manuel Pascal Martin
Étude et Gestion des Sols, 2009, 16 (3-4), pp.219-231
Journal articles hal-02656049v1

Biogeographical patterns of soil bacterial communities

Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby , Mélanie Lelièvre
Environmental Microbiology Reports, 2009, 1 (4), pp.251 - 255. ⟨10.1111/j.1758-2229.2009.00040.x⟩
Journal articles hal-02668713v1

In Situ Identification of Intracellular Bacteria Related to Paenibacillus spp. in the Mycelium of the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor S238N

J. Bertaux , M. Schmid , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , J. Churin , A. Hartmann
Applied and Environmental Microbiology, 2003, 69 (7), pp.4243 - 4248. ⟨10.1128/AEM.69.7.4243-4248.2003⟩
Journal articles hal-01844502v1

Bilan de l’état microbiologique des sols en France

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Conférence ADEBIOTECH, Jun 2023, Romainville (93), France
Conference papers hal-04147355v1

TANDEM : Flux microbiens au sein d’une chaîne alimentaire

Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon
Journées Portes Ouvertes UMRF, Jun 2023, Aurillac, France
Conference papers hal-04221497v1

Présentation de l’étude de l’impact de la fertilisation des prairies sur les communautés microbiennes du sol au lait

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Des chercheurs à la ferme, May 2022, Chalèze, France
Conference papers hal-03687696v1

Le projet Tandem

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Les Carrefours de l’Innovation Agronomique. Les indicateurs de qualité des sols et leur usage dans un contexte de transitions agricoles, Nov 2022, Orléans, France
Conference papers hal-03887814v1

Étude et modélisation des impacts des pratiques agricoles sur la dynamique de la distribution des communautés microbiennes des sols à l’échelle du paysage

Laurie Dunn , Nicolas Marilleaub , Lang, Christophe , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2021, Virtuel, France
Conference papers hal-03319891v1

Outils de saisie pour la caractérisation des sols

Lionel Bargeot , Eric Matagne , Céline Collin Bellier , Juliette Constans, , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
15èmes Journées d’étude du sol, congrès AFES Association Française pour l'Etude du Sol, Jun 2021, Virtuel, Montpellier, France. pp.27-30
Conference papers hal-03652822v1

A spatially explicit model to simulate soil microbial communities’ dynamics at an agricultural landscape scale

Laurie Dunn , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Christophe Lang , Nicolas Marilleau
1st conference GAMA Days 2021, Frédéric Amblard; Kevin Chapuis; Alexis Drogoul; Benoit Gaudou; Dominique Longin; Nicolas Verstaevel, Jun 2021, Toulouse (Online), France
Conference papers hal-03522284v1

Impact de la fertilisation des prairies sur leur biodiversité et sur les transferts microbiens et chimiques du sol au lait (IFEP)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Colloque scientifique ISITE-Bourgogne Franche-Comté, Oct 2020, Dijon, Besançon, France
Conference papers hal-02996647v1

Évaluation des transferts microbiens du sol au lait en filière AOP Comté

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sophie Sadet-Bourgeteau , Brie, Margot , Dumont, Julie , Campedelli, Mathilde
Congrès international francophone 3R 2020, une 25ème édition numérique au plus près des grands enjeux des filières animales, Dec 2020, paris, France
Conference papers hal-03103282v1

Temporal dynamics of soil bacterial communities at a landscape scale: dependence to soil properties and agricultural practices.

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau
10 IALE World Congress Nature and society facing the Anthropocene challenges and perspectives for landscape ecology, International Association of Landscape Ecology (IALE). USA., Jul 2019, Milan, Italy
Conference papers hal-02786029v1

How build up soil bacterial co-occurrence networks from wide spatial scale sampling?

Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Claudy Jolivet , Dominique Arrouays
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Conference papers hal-02953290v1

Biogeographical design of soil microbial habitats

Battle Karimi , Jean Villerd , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
5ème colloque du GDR de Génomique Environnementale, Oct 2019, La Rochelle, France
Conference papers hal-02951841v1

Mapping, understanding and predicting soil microbial diversity across France

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Walid Horrigue
21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil
Conference papers hal-03102542v1

Impact des pratiques agricoles sur l’état biologique des sols: Quelles recommandations et pistes de R&D en matière de pilotage biologique des sols

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
Carrefour de l'Innovation Agronomique (CIAG) 2018. Fertilité biologique des sols. De la connaissance de la biologie des sols et de ses fonctions, à son pilotage., Oct 2018, Dijon, France
Conference papers hal-02953507v1

Innovative tools to diagnose the impact of land use practices on soil microbial communities

Sébastien Terrat , Walid Horrigue , Battle Karimi , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
21st World Congress of Soil Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.96
Conference papers hal-03103798v1
Image document

Mapping and predictive variations of soil microbial richness, bacterial and archaeal phyla across France

Sébastien Terrat , Battle Karimi , Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby
4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.209-211
Conference papers hal-02738142v1

Ecological networks as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystems

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard
Journée Réseau du GDR Génomique Environnementales, Université de Nantes (UN). FRA., Jun 2017, Nantes, France
Conference papers hal-02735169v1

Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Conference papers hal-01608367v1

Soil bacterial interaction networks on a wide scale

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet
4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (MD 2017), Oct 2017, Bari, Italy. pp.414-415
Conference papers hal-02735708v1

Bacterial social networks across the French National territory

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, AnaEE Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes - France., Mar 2017, La Grande Motte, France
Conference papers hal-01605623v1

Is soil an island for bacteria ? Contribution of the soil bacterial taxa area relationship unsing new generation sequencing

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Saby , Claudy Jolivet
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, International Society for Microbial Ecology (ISME). INT., Aug 2016, Montréal, Canada
Conference papers hal-02798699v1

Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

Walid Horrigue , Lionel Ranjard , Pierre-Alain Maron , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, ISME., Aug 2016, Montréal, Canada
Conference papers hal-02799970v1

Biogeographical patterns of soil bacterial diversity at the scale of France

Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue , Mélanie M. Lelievre
16. International Symposium on Microbial Ecology - ISME16, Aug 2016, Montréal, Canada
Conference papers hal-01603633v1
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Inventaire et cartographie des communautés microbiennes des sols de la zone OPE ANDRA

Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard
Journée scientifique de l’Observatoire pérenne de l’environnement (OPE), Observatoire Pérenne de l'Environnement (OPE). FRA., Nov 2016, Paris, France
Conference papers hal-02740777v1
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Bacterial "social" network in french soils : a Metagenomics insight

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard
Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences, Société Française d'Ecologie (SFE). FRA., Oct 2016, Marseille, France
Conference papers hal-01604088v1

Journées Nationales de l'Innovation Agricole (JIAG 2015) 1ère édition colloque OFSV, Angers, France, 2-3 novembre 2015

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
1e. Edition Colloque OFSV "Journées Nationales de l'Innovation Agricole" (JIAG 2015), Observatoire Français des Sols Vivants (OFSV). FRA., Nov 2015, Angers, France
Conference papers hal-02738562v1
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Modèle prédictif de la biomasse microbienne moléculaire du sol

Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Pierre-Alain Maron , Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
12. Journées d'Etude des Sols (JES), Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Jun 2014, Le Bourget du Lac, France. 382 p
Conference papers hal-02741795v1

Caractérisation de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol et de ses déterminants à l’échelle du paysage

Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Nicolas N. Saby , Walid Horrigue , Jean Villerd
7. Journées Françaises de l'Ecologie du Paysage (IALE), Oct 2014, Dijon, France. 61 p
Conference papers hal-02738587v1

Le séquençage massif pour caractériser la diversité microbienne des sols, standardisation et applications au sein de la plateforme GenoSol

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre
Colloque Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Jun 2014, Évry, France
Conference papers hal-02740417v1

Distribution spatiale et traduction fonctionnelle de la diversité microbienne des sols

Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Vincent Tardy
Colloque de Génomique Environnementale Rennes 2013, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL). FRA., Nov 2013, Rennes, France. 1 p
Conference papers hal-02806223v1
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Turnover of soil microbial diversity is driven by wide-scale environmental heterogeneity

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Lionel Ranjard
2. Thünen Symposium on Soil Metagenomics, Conventus Congressmanagement & Marketing GmbH. Jena, DEU., Dec 2013, Braunschweig, Germany. pp.39
Conference papers hal-01004768v1

Spatial patterns of microbial communities at a soil micro-scale

Florentin Constancias , Virginie Nowak , Samuel Dequiedt , Luc Biju-Duval , Jean-Philippe Guillemin
14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME 14), Aug 2012, Copenhague, Denmark
Conference papers hal-02805352v1

Distribution spatiale de la diversité microbienne des sols à l’échelle du territoire national

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard
Workshop Interactions des Microorganismes avec leurs Environnements : Circulation, Adaptation, Jun 2012, Dijon, France
Conference papers hal-02808136v1

Spatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet
4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italy
Conference papers hal-02808311v1

Soil fungal communities ecology: a biogeographical approach

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet
Ecology of soil Microorganisms Conference, Apr 2011, Prague, Czech Republic. 1 p
Conference papers hal-02808083v1

Biogéographie Microbienne: mythe ou réalité ?

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet
Ecologie 2010, Sep 2010, Montpellier, France. n.p
Conference papers hal-02758446v1
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Biogeographical patterns of soil microbial communities at the scale of French metropolitan territory

Samuel S. Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Nicolas Saby , Jean Thioulouse , Mélanie M. Lelievre
13. International Symposium on Microbial Ecology ISME 13, Aug 2010, Seattle, United States. 1 p
Conference papers hal-01137003v1
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Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Pierre-Alain Maron , Christophe Mougel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Aug 2009, Lyon, France. 1 p
Conference papers hal-01137004v1

Microbial-biogeography at the scale of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Jean Thioulouse , Claudy C. Jolivet , Nicolas N. Saby
BAGECO10, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2009, Uppsala, Sweden
Conference papers hal-02751274v1

Patterns biogéographiques de la diversité bactérienne des sols à l'échelle du territoire national

Samuel S. Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet , Manuel M. Martin , Nicolas N. Saby
Congrès AFEM (Association Francophone pour l'Ecologie Microbienne, Labo/service de l'auteur, Ville service., Aug 2009, Lyon, France. n.p
Conference papers hal-01001184v1

Distribution et déterminisme de la diversité des communautés de champignons telluriques à l'échelle de trois régions françaises

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel S. Dequiedt , Rémy Doyen , Mélanie M. Lelievre , Claudy C. Jolivet
4. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM). FRA., Aug 2009, Lyon, France. pp.91
Conference papers hal-01019301v1

Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site.

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Lionel Ranjard , Virginie Nowak , Claire Damesin , Eric Dufrene
Short term bacterial community structure dynamics in forest soil and litter: an in situ study in a CarboEurope site., May 2008, Vienna, Austria. pp.52
Conference papers bioemco-00390583v1

Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest.

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Eric Dufrene , Jean-Christophe Lata , Claire Damesin , Kamel Soudani
Temporal dynamics of autotrophic and heterotrophic soil respiration in a temperate deciduous forest., Nov 2006, Sissi-Lassithi, Greece. pp.135
Conference papers bioemco-00390603v1

Atlas français des bactéries du sol

Battle Karimi , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Lionel Ranjard
Agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, Jun 2023, Romainville (93), France
Conference poster hal-04146700v1

Microbial transfers across a food chain: from grassland to cheese using metagenetic high-throughput sequencing approaches

Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon
FORUM ON FERMENTED FOODS, May 2023, Lyon, France
Conference poster hal-04221437v1

Land-use and other biogeochemical constraints modulate priming effect at the landscape scale: a fingerprinting approach using analytical pyrolysis

Marco Panettieri , Irma N González-Jiménez , G. Almendros , M. Thevenot , J. Guigue
Eurosoil 2021 virtual congress, Aug 2021, Virtuel, Genève, Switzerland
Conference poster hal-03660837v1

Studying and modelling soil microbial communities dynamics at a landscape scale in response to agricultural practices

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau
Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2019, Dijon, France. 2019
Conference poster hal-02735737v1

Re-Clustering tool using an Open-Reference method that improves OTU definition

Christophe Djemiel , Corentin Journay , Battle Karimi , Samuel S. Dequiedt , Walid Horrigue
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Conference poster hal-02325994v1

Studying and modelling the dynamics of soil microbial communities at a landscape scale in response to agricultural practices

Laurie Dunn , Samuel Dequiedt , Mélanie Lelièvre , Christophe Lang , Nicolas Marilleau
25. Forum des jeunes chercheurs Environnement-Santé, Université de Bourgogne Franche-Comté, Jun 2019, Dijon, France. , 2019
Conference poster hal-02787418v1

L’usage des terres et les pratiques agricoles contrôlent la minéralisation du C par l’intermédiaire de la biomasse bactérienne et de quelques familles fongiques clés.

Kanto Razanamalala , Tantely Razafimbelo , Pierre-Alain Maron , Lionel Ranjard , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
ResMO 2018 : "La matière organique dans tous ses étas", Feb 2018, Trégastel, France. , 2018
Conference poster hal-01785116v1

Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Journée d’Ecologie Fonctionnelle AnaEE, Mar 2017, La Grande Motte, France. , 2017
Conference poster hal-01605429v1
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Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa across French National Territory

Battle Karimi , Sébastien Terrat , Samuel S. Dequiedt , Nicolas Saby , Walid Horrigue
Congrès de la Société Française d'Ecologie, Oct 2016, Marseille, France. 2016
Conference poster hal-01602852v1
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Predictive models of abundance and diversity of soil microbial communities

Walid Horrigue , Samuel Dequiedt , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pierre-Alain Maron , Florentin Constancias
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Conference poster hal-02738869v1
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Spatial patterns of soil bacterial communities at the European scale

Pierre Plassart , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Rachel Creamer
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Conference poster hal-02738908v1
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A spatial upscaling strategy to assess soil microbial community assembly and the impact of land-use

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Florentin Constancias , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Nicolas N. Saby
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 703 p., 2014
Conference poster hal-02739204v1

Comparaison de l'arisa et du séquençage haut débit pour l'étude des processus de diversification des communautés microbiennes du sol

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Sébastien Terrat , Samuel Dequiedt , Patrice Wincker , Mélanie M. Lelievre
6. ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. , 2013, Microbiologie environnementale : du gène à l'écosystème
Conference poster hal-02747780v1

Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale ?

Florentin Constancias , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Samuel Dequiedt , Virginie Nowak , Jean-Philippe Guillemin
4. International Congress Eurosoil 2012-Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment, Jul 2012, Bari, Italie. , 2012, Is there a microbial sub alpha-diversity at soil microscale?
Conference poster hal-02748453v1
Image document

Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity

Samuel Dequiedt , Mélanie M. Lelievre , Pierre-Alain Maron , Christophe Mougel , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré
10. Symposium on Bacterial Genetics and Ecology - Coexisting on a Changing Planet (BAGECO 10), Jun 2009, Uppsala, Sweden. 18 p., 2009
Conference poster hal-02752945v1
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Microbiome du sol

Barbara Pivato , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Philippe P. Lemanceau
La métagénomique. Développements et futures applications, Editions Quae, 120 p., 2015, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-2293-3 ISSN : 1952-1251
Book sections hal-02801832v1

Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing french national initiative

Lionel Ranjard , Samuel Dequiedt , Claudy Jolivet , Nicolas Saby , Jean Thioulouse
Eric Lichtfouse; Marjolaine Hamelin; Mireille Navarrete; Philippe Debaeke. Sustainable Agriculture Volume 2, Springer, pp.857-865, 2011, 978-94-007-0393-3. ⟨10.1007/978-94-007-0394-0_37⟩
Book sections hal-00860770v1