
Odile ROGIER
- Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE)
- Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI)
Présentation
Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique
Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en bioinformatique pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de données « omiques ». Issues des nouvelles technologies de séquençage haut-débit (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement :
- à des séquences d’ADN génomique obtenues en masse afin de couvrir totalement (Whole Genome Sequencing ou WGS) ou partiellement par « capture » (Exome Capture) les génomes de différents individus pour rechercher des différences au sein de leurs génomes (par ex. Single Nucleotide Polymorphism ou SNP). Ces variations pourront ensuite être reliées à des différences de phénotype (croissance, résistance, morphologie, ...) et servir de marqueurs dans des programmes de croisement.
- des séquences d’ARN (RNA-seq) représentatives de l’ensemble des gènes transcrits (transcriptome) dans des tissus ou individus donnés afin de comparer à terme des différences d’expression géniques.
D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage.
Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...).
Techniques mises en œuvre
- Analyse et annotation haut-débit de séquences génomiques et de données d'expression de gènes
- Reséquençage de génomes (WGS, capture de séquences, GBS)
- Transcriptome (RNA-seq)
- Analyse de données de polymorphismes et de variabilité allélique
- Détection de polymorphismes de séquences : SNP, insertions, délétions (indels)
- Intégration des données générées dans les bases de données
- Sauvegarde et archivage des données brutes et analysées
Activités transversales et d’enseignement
Réseaux
- Co-animatrice avec Nathalie Boizot du Conseil des Laboratoires de l’Unité (CLU) entre juillet 2014 et décembre 2018.
- Membre la Commission Locale des Systèmes d’Information (CLSI) de l’INRAE Val-de-Loire.
- Participation au Centre Automatisé de Traitement de l'Information (CATI) :
- CATI CGI (CATI en Génomique Info) de 2012 à 2018.
- CATI Bios4Biol (Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie) depuis 2019.
- Participation au réseau de Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique (PEPI) Ingénierie Bio-Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS)
- Participation au groupe de travail visant à mettre en place un plan de gestion de données (PGD) de structure sous DMP Opidor (gestion des données).
Encadrement
- 2023 : Alae-Eddine Lekchiri, Master 1 Bio-Informatique et Génomique (BIG), Université de Rennes. « Analyse bio-informatique de données issues de RNA-seq de populations naturelles de peupliers noirs »
- 2021 : Abdeljalil Senhaji Rachik , Master 2 Bio-Informatique Parcours DLAD (Développement Logiciel et Analyse des Données), Université d'Aix-Marseille. « Mise au point d’un pipeline bioinformatique de détection de méthylation de l’ADN chez deux espèces d’arbres : le peuplier et le chêne »
- 2016 : Souhila Amanzougarene, Master 2 Bio-Informatique et Génomique (BIG), Université de Rennes. « Étude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir »
- 2015 : Matthias Blanchandin, DUT Informatique, Université d’Orléans. « Test et adaptation d'une base de données "sélection participative" développée à l'INRA du Moulon »
Activités d’enseignement
- Master 2 Biologie Intégrative et Changements Globaux (BICG) de l’université d’Orléans :
- 4h (2018-2019)
- puis 8h de TD de Bioinformatique depuis 2020
Participation aux projets
J'ai participé et je participe actuellement à plusieurs projets :
- européens : GenTree, B4EST
- nationaux : Sybiopop, EpiTree, DeOx
- metaprogrammes : Breed2Last, CNV4Sel, EpiNet, InfoSys4GS
- régionaux : SPEAL, SPEAL2, WoodProActif
Valorisation
Mes publications se trouvent ci-dessous ou sur le site ORCID.
Cursus
2005 : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille.
2004 : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille.
2003 : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble.
Carrière
Depuis 08/2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité GABI / Equipe GIBBS - SIGENAE, INRAE, Jouy-en-Josas, France.
2018-2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRAE, Orléans, France.
Du 11/2011 à 2017 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France.
2011 : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants.
2009-2010 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb.
2007-2008 : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS).
2006-2007 : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.
Publications
Publications
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What epigenetics can bring to (plant) physiologists and ecologists in a climate change contextBiotechnocentre, Oct 2023, Nouan-le-Fuzelier, France.
Poster de conférence
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Trees short-time and inter-annual epigenetic somatic memories in response to drought-rewatering cycles14th International Conference of the French Society of Plant Biology, Jul 2023, Marseille, France.
Poster de conférence
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Exploration du génome du peuplier noir : identification de variations structurales1. colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France.
Poster de conférence
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Short reads et trios, un duo gagnant pour l'identification de variations structurales chez le peuplier noirMini congrès, Jun 2022, Evry, France
Poster de conférence
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Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesGenTree, Jan 2020, Avignon, France.
Poster de conférence
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Fiber-and ray-specific transcriptomics in poplar wood: what can we learn for the building of secondary cell walls?12èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2019, Roscoff, France. 2019
Poster de conférence
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018
Poster de conférence
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence
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Prediction of black poplar biofuel production: disentangling omnigenics with transcriptomicsDetecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution, Aug 2017, Zurich, Switzerland. , 45 p., 2017, Symposium: Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution
Poster de conférence
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SNP discovery and validation from RNA-seq data in black poplarJOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. 2017, JOBIM 2017 Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques. Actes
Poster de conférence
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A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence
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Nucleotide diversity of Populus nigra transcriptomesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstracts
Poster de conférence
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Preliminary training of a genomic evaluation in a breeding pedigree of Populus nigra L.IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, Abstract Book. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics
Poster de conférence
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Unraveling the function of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar using both ChIP-SEQ and in planta gene modification approachXIV Cell Wall Meeting, Jun 2016, Chania, Grèce. , 2016, XIV Cell Wall Meeting. Programme and Book of Abstracts
Poster de conférence
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Integration of transcriptomic and proteomics approaches in characterizing short-term gravi-perception signaling networks in poplar wood.8. Plant Biomechanics International Conference PBM8, Nov 2015, Nagoya, Japan. Nagoya University, Proceedings of the Plant Biomechanics Conference, 253 p., 2015, 8th Plant Biomechanics International Conference
Poster de conférence
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Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics35. New Phytologist Symposium, Jun 2015, Boston, United States. 2015
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Genome-wide characterisation of mechanical stress responsive miRNAs from xylem tissues of different poplar genotypes13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book
Poster de conférence
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Identification of miRNAs and their target genes in developing xylem of tension wood by degradome analysis13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book
Poster de conférence
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Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence
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Natural variation in chalcone isomerase defines a major locus controlling growth variation between Populus nigra populations2025
Pré-publication, Document de travail
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Synchronous effective population size changes and genetic stability of forest trees through glacial cycles2023
Pré-publication, Document de travail
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Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra)2023
Pré-publication, Document de travail
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The relationship between gene co-expression network connectivity and phenotypic prediction sheds light at the core of the omnigenic theory2019
Pré-publication, Document de travail
(preprint/prepublication)
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