Odile ROGIER
- Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE)
- Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI)
Présentation
Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en bioinformatique pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de données « omiques ». Issues des nouvelles technologies de séquençage haut-débit (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement : D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage. Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...). J'ai participé et je participe actuellement à plusieurs projets : Mes publications se trouvent ci-dessous ou sur le site ORCID. 2005 : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille. 2004 : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille. 2003 : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble. Depuis 08/2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité GABI / Equipe GIBBS - SIGENAE, INRAE, Jouy-en-Josas, France. 2018-2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRAE, Orléans, France. Du 11/2011 à 2017 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France. 2011 : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants. 2009-2010 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb. 2007-2008 : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS). 2006-2007 : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique
Techniques mises en œuvre
Activités transversales et d’enseignement
Réseaux
Encadrement
Activités d’enseignement
Participation aux projets
Valorisation
Cursus
Carrière
Publications
Publications
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The role of epigenetics in local adaptation in oak trees: a population epigenetic analysis5th Epicatch meeting, Jul 2024, Bordeaux, France |
Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra)Plant Epigenetics (EPIPLANT/SEB 2024), Jul 2024, Clermont-Ferrand, France. , Abstract book of EPIPLANT/SEB 2024, Session VI Chromatin in transcription, replication and repair (Poster #69), pp.131-132 |
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What epigenetics can bring to (plant) physiologists and ecologists in a climate change contextBiotechnocentre, Oct 2023, Nouan-le-Fuzelier, France. |
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Trees short-time and inter-annual epigenetic somatic memories in response to drought-rewatering cycles14th International Conference of the French Society of Plant Biology, Jul 2023, Marseille, France. |
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Exploration du génome du peuplier noir : identification de variations structurales1. colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France. |
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Short reads et trios, un duo gagnant pour l'identification de variations structurales chez le peuplier noirMini congrès, Jun 2022, Evry, France |
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Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesGenTree, Jan 2020, Avignon, France. |
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Fiber-and ray-specific transcriptomics in poplar wood: what can we learn for the building of secondary cell walls?12èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2019, Roscoff, France. 2019 |
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BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations |
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BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018 |
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SNP discovery and validation from RNA-seq data in black poplarJournées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM), Jul 2017, Lille, France. 2017, JOBIM 2017 Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques. Actes |
Prediction of black poplar biofuel production: disentangling omnigenics with transcriptomicsDetecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution, Aug 2017, Zurich, Switzerland. , 45 p., 2017, Symposium: Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution |
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Unraveling the function of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar using both ChIP-SEQ and in planta gene modification approachXIV Cell Wall Meeting, Jun 2016, Chania, Grèce. , 2016, XIV Cell Wall Meeting. Programme and Book of Abstracts |
Preliminary training of a genomic evaluation in a breeding pedigree of Populus nigra L.IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, Abstract Book. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics |
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Nucleotide diversity of Populus nigra transcriptomesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstracts |
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A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract |
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Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics35. New Phytologist Symposium, Jun 2015, Boston, United States. 2015 |
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Integration of transcriptomic and proteomics approaches in characterizing short-term gravi-perception signaling networks in poplar wood.8. Plant Biomechanics International Conference PBM8, Nov 2015, Nagoya, Japan. Nagoya University, Proceedings of the Plant Biomechanics Conference, 253 p., 2015, 8th Plant Biomechanics International Conference |
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Genome-wide characterisation of mechanical stress responsive miRNAs from xylem tissues of different poplar genotypes13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book |
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Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩ |
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Identification of miRNAs and their target genes in developing xylem of tension wood by degradome analysis13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book |
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Natural variation in chalcone isomerase defines a major locus controlling growth variation between Populus nigra populations2025 |
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Synchronous effective population size changes and genetic stability of forest trees through glacial cycles2023 |
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Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra)2023 |
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The relationship between gene co-expression network connectivity and phenotypic prediction sheds light at the core of the omnigenic theory2019 |