Odile ROGIER

Ingénieure d'études Bioinformatique
40
Documents
Affiliations actuelles
  • Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE)
  • Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI)
Identifiants chercheurs

Présentation

Bioinformatique, Génomique, Transcriptomique

Recrutée fin 2011 en tant qu’Ingénieure d’études (IE), ma mission principale est d’apporter mon expertise en bioinformatique pour aider les biologistes, généticiens et physiologistes de l’Unité à analyser un nombre croissant de données « omiques ». Issues des nouvelles technologies de séquençage haut-débit (Next Generation Sequencing ou NGS), ces données correspondent généralement :

  • à des séquences d’ADN génomique obtenues en masse afin de couvrir totalement (Whole Genome Sequencing ou WGS) ou partiellement par « capture » (Exome Capture) les génomes de différents individus pour rechercher des différences au sein de leurs génomes (par ex. Single Nucleotide Polymorphism ou SNP). Ces variations pourront ensuite être reliées à des différences de phénotype (croissance, résistance, morphologie, ...) et servir de marqueurs dans des programmes de croisement.
  • des séquences d’ARN (RNA-seq) représentatives de l’ensemble des gènes transcrits (transcriptome) dans des tissus ou individus donnés afin de comparer à terme des différences d’expression géniques.

D’autres outils de génotypage sont aussi utilisés au sein de l’unité : séquençage par GBS (Genotyping By Sequencing) et puces de génotypage.

Ma seconde mission est d’être le correspondant privilégié entre l’unité et les structures spécialisées en bioinformatique (plates-formes de bioinformatique, bioinformaticiens d’autres unités INRA, ...).

Techniques mises en œuvre

  • Analyse et annotation haut-débit de séquences génomiques et de données d'expression de gènes
    • Reséquençage de génomes (WGS, capture de séquences, GBS)
    • Transcriptome (RNA-seq)
  • Analyse de données de polymorphismes et de variabilité allélique
    • Détection de polymorphismes de séquences : SNP, insertions, délétions (indels)
  • Intégration des données générées dans les bases de données
  • Sauvegarde et archivage des données brutes et analysées

Activités transversales et d’enseignement

Réseaux

Encadrement

  • 2023 : Alae-Eddine Lekchiri, Master 1 Bio-Informatique et Génomique (BIG), Université de Rennes. « Analyse bio-informatique de données issues de RNA-seq de populations naturelles de peupliers noirs »
  • 2021 : Abdeljalil Senhaji Rachik , Master 2 Bio-Informatique Parcours DLAD (Développement Logiciel et Analyse des Données), Université d'Aix-Marseille. « Mise au point d’un pipeline bioinformatique de détection de méthylation de l’ADN chez deux espèces d’arbres : le peuplier et le chêne »
  • 2016 : Souhila Amanzougarene, Master 2 Bio-Informatique et Génomique (BIG), Université de Rennes. « Étude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir »
  • 2015 : Matthias Blanchandin, DUT Informatique, Université d’Orléans. « Test et adaptation d'une base de données "sélection participative" développée à l'INRA du Moulon »

Activités d’enseignement

  • Master 2 Biologie Intégrative et Changements Globaux (BICG) de l’université d’Orléans :
    • 4h (2018-2019)
    • puis 8h de TD de Bioinformatique depuis 2020

Participation aux projets

J'ai participé et je participe actuellement à plusieurs projets :

  • européens : GenTree, B4EST
  • nationaux : Sybiopop, EpiTree, DeOx
  • metaprogrammes : Breed2Last, CNV4Sel, EpiNet, InfoSys4GS
  • régionaux : SPEAL, SPEAL2, WoodProActif

Valorisation

Mes publications se trouvent ci-dessous ou sur le site ORCID.

Cursus

2005 : Master Professionnel 2ème année Sciences de l’Information et des Systèmes. Université de Provence, Marseille.

2004 : DEA Bioinformatique, Biologie Structurale et Génomique. Université Saint-Charles, Marseille.

2003 : Maitrise d’Informatique et Mathématiques Appliquées. Université Joseph Fourier, Grenoble.

Carrière

Depuis 08/2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité GABI / Equipe GIBBS - SIGENAE, INRAE, Jouy-en-Josas, France.

2018-2024 : Ingénieur d’Études bioinformatique, BioForA, INRAE, Orléans, France.

Du 11/2011 à 2017 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), INRA, Orléans, France.

2011 : Ingénieur bioinformatique, Unité de Recherche Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Développement de procédures pour exploiter des données RNA-seq, en explorant les outils existants.

2009-2010 : Ingénieur d’Études bioinformatique, Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV), INRA, Evry, France. Conception et réalisation d’une base de données ATOMEdb.

2007-2008 : Ingénieur bioinformatique, Centre Nationale de Séquençage (CNS – Genoscope), Institut de Génomique, CEA, Evry, France. Conception et développement de protocoles informatiques d’analyse de séquences (automatisation des protocoles d’annotation) puis développement de procédures pour les nouvelles technologies de séquençage (NGS).

2006-2007 : Ingénieur bioinformatique, Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (PRABI), Lyon, France. Aide au développement d’un logiciel MOTUS (permettant la recherche de motifs dans les réseaux métaboliques) et de son interface Web.

Publications

9
5
5
5
4
4
3
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
24
21
13
13
10
10
10
10
10
10
9
8
7
7
7
7
6
6
5
4
4
4
4
4
4
4
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
4
1
1
1
1
1
1
1
4
7
2
2
5
3
2
7
3
3
2
4
4
3
1
1
1
1

Publications

Image document

A Strategy for Studying Epigenetic Diversity in Natural Populations: Proof of Concept in Poplar and Oak

Isabelle Lesur Kupin , Odile Rogier , Mamadou Dia Sow , Christophe Boury , Alexandre Duplan et al.
Journal of Experimental Botany, 2024, 75 (18), pp.5568-5584. ⟨10.1093/jxb/erae266⟩
Article dans une revue hal-04621404 v1
Image document

Resilience of genetic diversity in forest trees over the Quaternary

Pascal Milesi , Chedly Kastally , Benjamin Dauphin , Sandra Cervantes , Francesca Bagnoli et al.
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.8538. ⟨10.1038/s41467-024-52612-y⟩
Article dans une revue hal-04746980 v1
Image document

RNAseq based variant dataset in a black poplar association panel

Odile Rogier , Aurélien Chateigner , Marie-Claude Lesage-Descauses , Claire Mandin , Véronique Brunaud et al.
BMC Research Notes, 2023, 16, pp.248. ⟨10.1186/s13104-023-06521-w⟩
Article dans une revue hal-04225417 v1
Image document

Between but Not Within-Species Variation in the Distribution of Fitness Effects

Jennifer James , Chedly Kastally , Katharina B Budde , Santiago C. Gonzalez-Martinez , Pascal Milesi et al.
Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (11), ⟨10.1093/molbev/msad228⟩
Article dans une revue hal-04598142 v1
Image document

Comprehensive Organ-Specific Profiling of Douglas Fir (Pseudotsuga menziesii) Proteome

Caroline Teyssier , Odile Rogier , Stéphane Claverol , Florian Gautier , Marie-Anne Lelu-Walter et al.
Biomolecules, 2023, 13 (9), pp.1400. ⟨10.3390/biom13091400⟩
Article dans une revue hal-04209576 v1
Image document

Gene expression predictions and networks in natural populations supports the omnigenic theory

Aurélien Chateigner , Marie-Claude Lesage-Descauses , Odile Rogier , Véronique Jorge , Jean-Charles Leplé et al.
BMC Genomics, 2020, 21 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12864-020-06809-2⟩
Article dans une revue hal-02902844 v1
Image document

Sequence imputation from low density single nucleotide polymorphism panel in a black poplar breeding population

Marie Pegard , Odile Rogier , Aurélie Berard , Patricia Faivre-Rampant , Marie-Christine Le Paslier et al.
BMC Genomics, 2019, 20, ⟨10.1186/s12864-019-5660-y⟩
Article dans une revue hal-02621320 v1
Image document

Accuracy of RNAseq based SNP discovery and genotyping in Populus nigra

Odile Rogier , Aurélien Chateigner , Souhila Amanzougarene , Marie-Claude Lesage Descauses , Sandrine Balzergue et al.
BMC Genomics, 2018, 19, pp.909. ⟨10.1186/s12864-018-5239-z⟩
Article dans une revue hal-02622249 v1

Synthetic data sets for the identification of key ingredients for RNA-seq differential analysis

Guillem Rigaill , Sandrine Balzergue , Véronique Brunaud , Eddy Blondet , Andrea Rau et al.
Briefings in Bioinformatics, 2016, 19 (1), pp.65-76. ⟨10.1093/bib/bbw092⟩
Article dans une revue hal-01595551 v1
Image document

Annotating genomes with massive-scale RNA sequencing

France Denoeud , Jean-Marc Aury , Corinne da Silva , Benjamin Noel , Odile Rogier et al.
Genome Biology, 2008, 9 (12), ⟨10.1186/gb-2008-9-12-r175⟩
Article dans une revue hal-02664963 v1
Image document

High quality draft sequences for prokaryotic genomes using a mix of new sequencing technologies

Jean-Marc Aury , Corinne Cruaud , Valérie Barbe , Odile Rogier , Sophie Mangenot et al.
BMC Genomics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2164-9-603⟩
Article dans une revue hal-02659381 v1
Image document

Une approche de biologie des systèmes pour mieux comprendre le déterminisme génétique de la production et de la qualité du bois du peuplier

Harold Duruflé , Annabelle Déjardin , Véronique Jorge , Marie Pégard , Gilles Pilate et al.
Journées Xylogenèse, Groupe de Travail Xylogenèse du GDR Sciences du Bois, Jun 2024, Orleans France, France
Communication dans un congrès hal-04628657 v1

Integrative biology of secondary cell wall formation in poplar wood fibers and rays

Clément Cuello , Françoise Laurans , Odile Rogier , Marie-Claude Lesage-Descauses , Nathalie Boizot et al.
XV Cell Wall Meeting, Jul 2019, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02967651 v1

Epigenetics in forest trees : role in plasticity, adaptation and potential implications for breeding in a context of climate change (EPITREE).

Stéphane Maury , Régis Fichot , M.D. D Sow , Alain Delaunay , I Le Jan et al.
IUFRO Tree Biotechnology, Jun 2019, Raleigh NC, United States
Communication dans un congrès hal-03523238 v1
Image document

Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics

Célia Michotey , Christel Anger , François Ehrenmann , Odile Rogier , Véronique V. Jorge et al.
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès hal-02740283 v1
Image document

Découverte de variants (SNPs) et génotypage à partir de données RNA-seq chez le peuplier noir

Odile Rogier , Souhila Amanzougarene , Marie-Claude Lesage Descauses , Sandrine Balzergue , Veronique Brunaud et al.
Colloque EPGV 2016 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Oct 2016, Angers, France
Communication dans un congrès hal-01603542 v1

Both ChIP-SEQ and in planta gene modification demonstrate the involvement of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar

Wassim Lakhal , Nathalie Boizot , Marie-Claude Lesage Descauses , Odile Rogier , Véronique Laine-Prade et al.
INUPRAG-Meeting 2015, Oct 2015, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-01604786 v1
Image document

What epigenetics can bring to (plant) physiologists and ecologists in a climate change context

Alexandre Duplan , Régis Fichot , Mamadou Dia Sow , Alain Delaunay , Isabelle Le Jan et al.
Biotechnocentre, Oct 2023, Nouan-le-Fuzelier, France.
Poster de conférence hal-04283904 v1
Image document

Trees short-time and inter-annual epigenetic somatic memories in response to drought-rewatering cycles

Alexandre Duplan , Régis Fichot , Mamadou Dia Sow , Alain Delaunay , Isabelle Lejan et al.
14th International Conference of the French Society of Plant Biology, Jul 2023, Marseille, France.
Poster de conférence hal-04157492 v1
Image document

Exploration du génome du peuplier noir : identification de variations structurales

Romane Guilbaud , Véronique Jorge , Odile Rogier , Leopoldo Sanchez Rodriguez , Patricia Faivre-Rampant et al.
1. colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France.
Poster de conférence hal-03937688 v1
Image document

Short reads et trios, un duo gagnant pour l'identification de variations structurales chez le peuplier noir

Romane Guilbaud , Odile Rogier , Véronique Jorge , Harold Duruflé , Leopoldo Sanchez Rodriguez et al.
Mini congrès, Jun 2022, Evry, France
Poster de conférence hal-03937654 v1
Image document

Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree species

Romane Guilbaud , Chiara Biselli , Joukje Buiteveld , Luigi Cattivelli , Paul Copini et al.
GenTree, Jan 2020, Avignon, France.
Poster de conférence hal-02928391 v1
Image document

Fiber-and ray-specific transcriptomics in poplar wood: what can we learn for the building of secondary cell walls?

Annabelle Déjardin , Clément Cuello , Françoise Laurans , Marie-Claude Lesage-Descauses , Odile Rogier et al.
12èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2019, Roscoff, France. 2019
Poster de conférence hal-03289317 v1
Image document

BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Vincent Segura et al.
PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018
Poster de conférence hal-02736419 v1
Image document

BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.

Aurelie Canaguier , Véronique Jorge , Vanina Guérin , Odile Rogier , Isabelle Le Clainche et al.
7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence hal-02737648 v1

Prediction of black poplar biofuel production: disentangling omnigenics with transcriptomics

Aurélien Chateigner , Odile Rogier , Véronique Jorge , Jean-Charles Leplé , Veronique Brunaud et al.
Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution, Aug 2017, Zurich, Switzerland. , 45 p., 2017, Symposium: Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution
Poster de conférence hal-01607166 v1
Image document

SNP discovery and validation from RNA-seq data in black poplar

Odile Rogier , Souhila Amanzougarene , Marie-Claude Lesage Descauses , Sandrine Balzergue , Véronique Brunaud et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. 2017, JOBIM 2017 Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques. Actes
Poster de conférence hal-02737565 v1
Image document

A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplar

Vincent Segura , Marie-Claude Lesage Descauses , Jean-Paul Charpentier , Kévin Kinkel , Claire Mandin et al.
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence hal-01456004 v1
Image document

Nucleotide diversity of Populus nigra transcriptomes

Odile Rogier , Souhila Amanzougarene , Marie-Claude Lesage Descauses , Sandrine Balzergue , Veronique Brunaud et al.
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstracts
Poster de conférence hal-01456005 v1

Preliminary training of a genomic evaluation in a breeding pedigree of Populus nigra L.

Marie Pégard , Véronique V. Jorge , Patricia P. Faivre-Rampant , Facundo Munoz , Odile Rogier et al.
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, Abstract Book. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics
Poster de conférence hal-02743230 v1
Image document

Unraveling the function of MYB090 and MYB156 in secondary cell wall formation in poplar using both ChIP-SEQ and in planta gene modification approach

Annabelle Dejardin , Wassim Lakhal , Nathalie Boizot , Marie-Claude Lesage Descauses , Odile Rogier et al.
XIV Cell Wall Meeting, Jun 2016, Chania, Grèce. , 2016, XIV Cell Wall Meeting. Programme and Book of Abstracts
Poster de conférence hal-02740921 v1
Image document

Integration of transcriptomic and proteomics approaches in characterizing short-term gravi-perception signaling networks in poplar wood.

Nicolas N. Richet , Mélanie Mauriat , Marie-Claude Lesage Descauses , Odile Rogier , Françoise F. Laurans et al.
8. Plant Biomechanics International Conference PBM8, Nov 2015, Nagoya, Japan. Nagoya University, Proceedings of the Plant Biomechanics Conference, 253 p., 2015, 8th Plant Biomechanics International Conference
Poster de conférence hal-02744040 v1
Image document

Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics

Célia Michotey , Christel Anger , François Ehrenmann , Odile Rogier , Véronique V. Jorge et al.
35. New Phytologist Symposium, Jun 2015, Boston, United States. 2015
Poster de conférence hal-02795537 v1
Image document

Genome-wide characterisation of mechanical stress responsive miRNAs from xylem tissues of different poplar genotypes

Delphine Gourcilleau , Nicolas N. Richet , Marie-Claude Lesage Descauses , Odile Rogier , Nadège Millet et al.
13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book
Poster de conférence hal-02745515 v1
Image document

Identification of miRNAs and their target genes in developing xylem of tension wood by degradome analysis

Nicolas N. Richet , Delphine Gourcilleau , Odile Rogier , Marie-Claude Lesage Descauses , Nadège Millet et al.
13. Cell Wall Meeting, Jul 2013, Nantes, France. 2013, The 13th Cell Wall Meeting : abstract book
Poster de conférence hal-02745523 v1
Image document

Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplier

Véronique V. Jorge , Jean-Charles Leplé , Vincent Segura , Marie-Claude Lesage Descauses , Redouane El Malki et al.
Séminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence hal-02807304 v1