Olivier Collin

46
Documents

Présentation

Publications

24
7
4
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
3
3
2
3
6
6
5
1
5
4
3
2
2
1
4
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
15
12
12
11
9
8
7
7
7
6
5
4
4
4
4
4
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
18
13
10
8
5
2
1
1

Publications

Image document

The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences

Jon Ison , Hans Ienasescu , Piotr Chmura , Emil Rydza , Hervé Ménager et al.
Genome Biology, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩
Article dans une revue hal-02408472 v1
Image document

The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community

Thomas Darde , Estelle Lecluze , Aurélie Lardenois , Isabelle Stévant , Nathan Alary et al.
Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩
Article dans une revue hal-02015545 v1
Image document

TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures

Thomas A. Darde , Pierre Gaudriault , Rémi Béranger , Clement Lancien , Annaelle Caillarec-Joly et al.
Bioinformatics, 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩
Article dans une revue hal-01863047 v1
Image document

Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species

Thomas C. Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam T. Mugford et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
Article dans une revue hal-01500475 v1
Image document

Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities

Sarah Cohen-Boulakia , Khalid Belhajjame , Olivier Collin , Jérôme Chopard , Christine Froidevaux et al.
Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
Article dans une revue hal-01516082 v1
Image document

Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species

Thomas C. Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam T. Mugford et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩
Article dans une revue hal-01588181 v1

PepPSy: a web server to prioritize gene products in experimental and biocuration workflows

Olivier Sallou , Paula D. Duek , Thomas A. Darde , Olivier Collin , Lydie Lane et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, 2016, pp.baw070. ⟨10.1093/database/baw070⟩
Article dans une revue hal-01342472 v1
Image document

Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads

Yvan Le Bras , Olivier Collin , Cyril Monjeaud , Vincent Lacroix , Eric Rivals et al.
GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
Article dans une revue hal-01280238 v1
Image document

BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ

Anthony Bretaudeau , Cyril Monjeaud , Yvan Le Bras , Fabrice Legeai , Olivier Collin
GigaScience, 2015, 4, pp.22. ⟨10.1186/s13742-015-0063-8⟩
Article dans une revue hal-01240449 v1
Image document

The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community.

Thomas A Darde , Olivier Sallou , Emmanuelle Becker , Bertrand Evrard , Cyril Monjoeaud et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.8. ⟨10.1093/nar/gkv345⟩
Article dans une revue hal-01146120 v1
Image document

The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

Damian Smedley , Syed Haider , Steffen Durinck , Luca Pandini , Paolo Provero et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
Article dans une revue hal-01146849 v1
Image document

BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry

François Moreews , Olivier Sallou , Hervé Ménager , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud et al.
Article dans une revue hal-01243520 v1

High-resolution profiling of novel transcribed regions during rat spermatogenesis

Frédéric Chalmel , Aurélie Lardenois , Bertrand Evrard , Antoine D. Rolland , Olivier Sallou et al.
Biology of Reproduction, 2014, 91 (1), pp.5. ⟨10.1095/biolreprod.114.118166⟩
Article dans une revue hal-01063924 v1
Image document

LIME, a new molecule associated with cytoskeleton is involved in stimulatory properties of dendritic cells

Laëtitia Le Texier , Justine Durand , Amélie Lavault , Philippe Hulin , Olivier Collin et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.10. ⟨10.1371/journal.pone.0093894⟩
Article dans une revue hal-01183591 v1
Image document

PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution

Stéphane Mahé , Marie Duhamel , Thomas Le Calvez , Laëtitia Guillot , Ludmila Sarbu et al.
PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩
Article dans une revue hal-00756250 v1

Fitness of macrolide resistant Campylobacter coli and Campylobacter jejuni.

Salman Zeitouni , Olivier Collin , Mathieu Andraud , Gwennola Ermel , Isabelle Kempf
Microbial Drug Resistance, 2012, 18 (2), pp.101-108. ⟨10.1089/mdr.2011.0188⟩
Article dans une revue hal-00796472 v1
Image document

GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development.

Ramona Britto , Olivier Sallou , Olivier Collin , Grégoire Michaux , Michael Primig et al.
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (W1), pp.W458-W465. ⟨10.1093/nar/gks380⟩
Article dans une revue inserm-00696905 v1

Un déluge de données

Christophe Blanchet , Olivier Collin
Biofutur, 2011
Article dans une revue hal-00639962 v1

GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle

Aurélie Lardenois , Alexandre Gattiker , Olivier Collin , Frédéric Chalmel , Michael Primig
Database -Weston-, 2010, pp.baq030. ⟨10.1093/database/baq030⟩
Article dans une revue hal-00639961 v1
Image document

MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.

Alexandre Gattiker , Leandro Hermida , Robin Liechti , Ioannis Xenarios , Olivier Collin et al.
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.151. ⟨10.1186/1471-2105-10-151⟩
Article dans une revue inserm-00516451 v1
Image document

BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing

Olivier Filangi , Yoann Beausse , Anthony Assi , Ludovic Legrand , Jean-Marc Larré et al.
Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩
Article dans une revue inria-00327502 v1

An expressed sequence tag analysis of thallus and regenerating protoplasts of Chondrus crispus (Gigartinales, Rhodophyceae)

Jonas Collén , Vincent Roeder , Sylvie Rousvoal , Olivier Collin , Bernard Kloareg et al.
Journal of Phycology, 2006
Article dans une revue inria-00327543 v1
Image document

IFB-Biosphère, Services Cloud pour l'Analyse des Données des Sciences de la Vie

Christophe Blanchet , Olivier Collin , Matéo Boudet , Stéphane Delmotte , Hervé Gilquin et al.
JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 2019, Renater, Dec 2019, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-04807060 v1

An application suite based on the IFB Container as a Service platform

François Moreews , Olivier Sallou , Olivier Collin
ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01394295 v1
Image document

A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed

François Moreews , Olivier Sallou , Yvan Le Bras , Grosjean Marie , Cyril Monjeaud et al.
Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-01160514 v1

Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ.

Anthony Bretaudeau , Yvan Le Bras , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Day 2014, Institut Français de Bioinformatique, Dec 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01102421 v1

Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment

François Moreews , Yvan Le Bras , Olivier Dameron , Cyril Monjeaud , Olivier Collin
Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
Communication dans un congrès hal-01093058 v1

Towards a Life Sciences Virtual Research Environment

Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez et al.
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01102438 v1
Image document

Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis

Anthony Bretaudeau , Olivier Sallou , Olivier Collin
journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00766066 v1
Image document

SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation

Jonathan Piat , François Moreews , Olivier Collin , Dominique Lavenier , Alexandre Cornu
SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States
Communication dans un congrès inria-00638694 v1

RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique

Christophe Blanchet , Clément Gauthey , Christophe C. Caron , Olivier Collin , Stephane Delmotte et al.
JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-00640007 v1

Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO

Tiphaine Martin , Christophe C. Caron , Olivier Collin
Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, Christophe Blanchet and Christophe Caron and Olivier Collin and Stéphane Delmotte and Clément Gauthey and Tiphaine Martin and Franck Samson and Bruno Spataro, May 2011, Lyon, France
Communication dans un congrès inria-00614475 v1

BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques

Philippe Picouet , Z. Doughi , Loraine Brillet , Erwan Corre , Christophe Caron et al.
JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès inria-00540815 v1

ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique

Christophe Blanchet , Clément Gauthey , Olivier Collin , Tiphaine Martin , Nouredine Melab et al.
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès inria-00540940 v1

From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.

Fabrice Legeai , Jean-Pierre Gauthier , François Cousserans , Emmanuelle d'Alençon , Olivier Collin et al.
1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France
Communication dans un congrès inria-00435823 v1

BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network

Marc Wessner , Martin Senger , Franck Samson , Philippe Picouet , François Moreews et al.
Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France
Communication dans un congrès inria-00327528 v1
Image document

Orchestrating data flows throughout their whole life cycle

Frédéric de Lamotte , Laurent Bouri , Konogan Bourhy , Christophe Bruley , Olivier Collin et al.
JOBIM2024 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024, Jun 2024, Toulouse, France. 2024
Poster de conférence hal-04665629 v1
Image document

Orchestrating data flows throughout their whole life cycle

Konogan Bourhy , Laurent Bouri , Christophe Bruley , Olivier Collin , Frédéric De Lamotte et al.
JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024
Poster de conférence hal-04618277 v1

P06-18 Enhancing prediction and priorisation of adverse effects: TOXsIgN as a comprehensive resource for toxicogenomics

T. Darde , I. Kugathas , Matéo Boudet , Anthony Bretaudeau , R. Le Guével et al.
EUROTOX 2024 - 58th Congress of the European Societies of Toxicology, Sep 2024, Copenhagen, Denmark. pp.S159, 2024, ⟨10.1016/j.toxlet.2024.07.402⟩
Poster de conférence hal-04690377 v1

The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community

Thomas Alain Darde , Estelle Lecluze , Nathan Alary , Lardenois Aurélie , Olivier Collin et al.
European Congress of Andrology, Oct 2018, Budapest, Hungary
Poster de conférence hal-02445089 v1

ChemPSy : Identification, classification et priorisation de nouveaux perturbateurs endocriniens par intégration massive de données de toxicogénomiques

Thomas Alain Darde , Estelle Lecluze , Becker Emmanuelle , Victoria Potdevin , Olivier Collin et al.
10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France.
Poster de conférence hal-02445078 v1

TOXsIgN – un espace de dépôt publique dédié aux signatures toxicologiques

Thomas Alain Darde , Pierre Gaudriault , Rémi Béranger , Lancien Clément , Annaelle Caillarec-Joly et al.
10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France
Poster de conférence hal-02445079 v1

The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community

Thomas Alain Darde , Olivier Sallou , Becker Emmanuelle , Bertrand Evrard , Cyril Monjeaud et al.
ReproScience, Apr 2015, Rennes, France
Poster de conférence hal-02445070 v1

e-Science in France, a Life science Western story

Yvan Le Bras , Aurélien Roult , Cyril Monjoeaud , Bahin Mathieu , Olivier Quenez et al.
Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
Poster de conférence hal-01102432 v1

Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery

Anthony Bretaudeau , Olivier Collin
JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
Poster de conférence hal-01102439 v1