Pascal CROISEAU

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Présentation

GABI, équipe G2B
Domaine de Vilvert,
78352 Jouy en Josas
01-34-65-21-97
pascal.croiseau@inrae.fr

FORMATIONS et EXPERIENCES PROFESSIONNELLES

Parcours professionnel

2008: Recrutement CRCN à l’INRAE de Jouy en Josas, unité GABI, équipe G2B

Mes travaux de recherches portent sur l’exploitation de données génomiques bovine. Je peux en isoler deux composantes complémentaires : (1) D’une part l’identification et la comparaison de méthodes statistiques pour la sélection génomique. La sélection génomique consiste à prédire la valeur génétique d’animaux candidats à la sélection en exploitant les informations apportées par une population de référence. Je contribue à la mise en place et à l’amélioration des modèles de sélection génomique utilisés pour les évaluations génétiques nationales. (2) D’autre part, la sélection génomique s’appuie sur la connaissance des régions QTL. Pour améliorer la qualité de prédiction de nos méthodes, l’identification et la localisation des QTL est une étape clé.

Si durant la période 2008-2015, mes travaux ont été guidés par l’accès à de nouvelles technologies (exploitation de la puce 50K pour la mise en place d’une évaluation génomique officielle en France chez les grandes races bovines laitières ; exploitation d’une puce haute densité pour améliorer la précision des évaluations génomiques et étendre ces évaluations aux races régionales), depuis 2015, mes travaux visent à exploiter les propriétés des méthodes d’évaluation génomique ainsi que de la sélection génomique mise en place dans les entreprises de sélection pour répondre aux grands enjeux de demain tel que le maintien de la diversité génétique ou encore le développement d’une évaluation génomique en croisement.

Diplômes

2021: Habilitation à Diriger des Recherches (Université Paris-Saclay)

2004-2008: Doctorat de l’Université de Paris-Sud, Ecole doctorale Gène Génome Cellule, spécialité : génétique statistique (Mention très honorable).

Cette thèse a été réalisée sous la direction de E. Génin à l’unité INSERM 535 (Hôpital Paul Brousse, Villejuif, directrice : F. Clerget-Darpoux) et soutenue le 14 janvier 2008 devant le jury :

  • Mr De Vienne, professeur à l’université Paris Sud (Président)
  • Mme Bickeböller, professeur à l’université de Gottingen, Allemagne (Rapporteur)
  • Mr Tregouet, CR à l’unité INSERM U525 (Rapporteur)
  • Mr Alizadeh, CR à l’Etablissement Français du Sang (Examinateur)
  • Mme Le Roy, DR à l’Agrocampus INRA de Rennes (Examinateur)

Sujet: Influence et traitement des données manquantes dans les études d’association en génétique: application à la Sclérose en Plaques.

2003-2004: D.E.A. de génétique multifactorielle, Université Paris Sud.
2001-2003: Licence-Maîtrise de Biologie Informatique, Université Paris VII.
1999-2001: DEUG de biologie, Université Paris VII.

Formations complémentaires en France

2004: Déterminisme génétique de la Sclérose en Plaques : Rôle de 2 gène candidats (CTLA4 et HLA-DRB1). Directrice de stage : E. Génin ; INSERM U535, stage de DEA : 6 mois.
2004: Analyse génétique de lignées de poules sélectionnées pour des réponses immunitaires. Directrice de stage : M.H. Pinard ; INRA (Jouy en Josas), stage de DEA, 3 mois.

Formations complémentaires à l’étranger

2007: Post-doctorat à l’Institut de Génétique Humaine de l’Université de Newcastle (Angleterre). Responsable : Heather Cordell.

ENSEIGNEMENTS

2008-2020 : Master PRIAM

  • Responsable de la filière "animal breeding and genetics"
  • Intervenant dans le module "Genome Analysis"

Encadrements :

  • Encadrement de 6 stages de niveau M2
  • Encadrement de 7 doctorants

EXPERTISES SCIENTIFIQUES

  • Membre de comités de thèse
  • Membre de jury de thèse
  • Membre de jury de recrutement de M2 et de thèses
  • Membre du jury pour les concours de Chargé de Recherche Classe Normal.
  • Membre nommé au sein de la section "production animale" de la Comission Nationale des Enseignants-Chercheurs relevant du ministre de l'Agriculture (CNECA)
  • Membre élu du Conseil Scientifique du département de Génétique Animale de l'INRAE.

LANGUE et LANGAGES

Langue

  • Anglais (parlé, lu, écrit)

Compétences informatiques

  • Système d’exploitation : Linux, Unix, Windows.
  • Langage de programmation : Awk, C, fortran, R

COMPETENCES SCIENTIFIQUES ET GESTION DE PROJETS

Compétences en génétique

  • Génétique quantitative
  • Détection de QTL
  • Sélection génomique

Montage et Gestion de projets

  • Animateur de work package dans différents projets (projet ANR Gembal, projet CASDAR RT UniGeno, projet APIS-GENE ASAP, EvaGenoc, ...)
  • Animateur d'une tache du projet européen RUMIGEN
  • Porteur de projets (méta-programme SELGEN : INCOMINGS, GDivSelGen, méta-programme DigitBio : DeepPhenomic)

Production scientifique :

  • 26 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 71 publications dans des actes de congrès avec comité de lecture
  • 2 chapitres de livres
  • 2 licences de savoir-faire en tant que co-inventeur du procédé de sélection génomique en France.

Publications

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Publications

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Sequence-based GWAS meta-analyses for beef production traits

Marie-Pierre Sanchez , Thierry Tribout , Naveen Kadri , Praveen Chitneedi , Steffen Maak et al.
Genetics Selection Evolution, 2023, 55 (1), pp.70. ⟨10.1186/s12711-023-00848-5⟩
Article dans une revue hal-04248281 v1
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Accounting for overlapping annotations in genomic prediction models of complex traits

Fanny Mollandin , Hélène Gilbert , Pascal Croiseau , Andrea Rau
BMC Bioinformatics, 2022, 23 (1), 22 p. ⟨10.1186/s12859-022-04914-5⟩
Article dans une revue hal-03770583 v1

An evaluation of the predictive performance and mapping power of the BayesR model for genomic prediction

Fanny Mollandin , Andrea Rau , Pascal Croiseau
Article dans une revue hal-03485736 v1
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Intensified Use of Reproductive Technologies and Reduced Dimensions of Breeding Schemes Put Genetic Diversity at Risk in Dairy Cattle Breeds

Anna-Charlotte Doublet , Gwendal Restoux , Sébastien Fritz , Laura Balberini , Guillaume Fayolle et al.
Animals, 2020, 10 (10), pp.1903. ⟨10.3390/ani10101903⟩
Article dans une revue hal-02975056 v1
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Confirmed effects of candidate variants for milk production, udder health, and udder morphology in dairy cattle

Thierry Tribout , Pascal Croiseau , Rachel Lefebvre , Anne Barbat , Mekki Boussaha et al.
Genetics Selection Evolution, 2020, 52 (1), ⟨10.1186/s12711-020-00575-1⟩
Article dans une revue hal-03155461 v1
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The impact of genomic selection on genetic diversity and genetic gain in three French dairy cattle breeds

Anna-Charlotte Doublet , Pascal Croiseau , Sébastien Fritz , Alexis Michenet , Chris Hozé et al.
Genetics Selection Evolution, 2019, 51 (1), pp.52. ⟨10.1186/s12711-019-0495-1⟩
Article dans une revue hal-02300856 v1

Meta-analysis of genome-wide association studies for cattle stature identifies common genes that regulate body size in mammals

Aniek C. Bouwman , Hans D. Daetwyler , Amanda J. Chamberlain , Carla Hurtado Ponce , Mehdi Sargolzaei et al.
Nature Genetics, 2018, 50 (3), pp.362-367. ⟨10.1038/s41588-018-0056-5⟩
Article dans une revue hal-02628780 v1
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Which individuals to choose to update the reference population? Minimizing the loss of genetic diversity in animal genomic selection programs

Sonia Eynard , Pascal Croiseau , Denis Laloë , Sébastien Fritz , Mario P. L. Calus et al.
G3, 2018, 8 (1), pp.113-121. ⟨10.1534/g3.117.1117⟩
Article dans une revue hal-01684895 v1
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Use of meta-analyses and joint analyses to select variants in whole genome sequences for genomic evaluation : An application in milk production of French dairy cattle breeds

Marc Teissier , Marie-Pierre Sanchez , Mekki Boussaha , Anne Barbat , Chris Hoze et al.
Journal of Dairy Science, 2018, 101 (4), ⟨10.3168/jds.2017-13587⟩
Article dans une revue hal-02623397 v1

The combined use of linkage disequilibrium-based haploblocks and allele frequency-based haplotype selection methods enhances genomic evaluation accuracy in dairy cattle

David Jonas , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau
Journal of Dairy Science, 2017, 100 (4), pp.2905-2908. ⟨10.3168/jds.2016-11798⟩
Article dans une revue hal-01605119 v1
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Within-breed and multi-breed GWAS on imputed whole-genome sequence variants reveal candidate mutations affecting milk protein composition in dairy cattle

Marie-Pierre Sanchez , Armelle Govignon-Gion , Pascal Croiseau , Sébastien Fritz , Chris Hozé et al.
Genetics Selection Evolution, 2017, 49 (1), pp.68. ⟨10.1186/s12711-017-0344-z⟩
Article dans une revue hal-01589691 v1

Genomic evaluation of regional dairy cattle breeds in single-breed and multibreed contexts

David Jonas , Vincent Ducrocq , S. Fritz , A. Baur , Marie-Pierre Sanchez et al.
Journal of Animal Breeding and Genetics, 2017, 134 (1), pp.3-13. ⟨10.1111/jbg.12249⟩
Article dans une revue hal-01484842 v1
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Genomic selection in domestic animals: Principles, applications and perspectives

Didier Boichard , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , Sebastien S. Fritz
Comptes Rendus Biologies, 2016, 339 (7-8), pp.274-277. ⟨10.1016/j.crvi.2016.04.007⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02641310 v1

Alternative haplotype construction methods for genomic evaluation

David Jonas , Vincent Ducrocq , Marie-Noelle Fouilloux , Pascal Croiseau
Journal of Dairy Science, 2016, 99 (6), pp.4537-4546. ⟨10.3168/jds.2015-10433⟩
Article dans une revue hal-01533890 v1
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A comparison of methods for whole-genome QTL mapping using dense markers in four livestock species

Andres Legarra , Pascal Croiseau , Marie-Pierre Sanchez , Simon Teyssedre , Guillaume Salle et al.
Genetics Selection Evolution, 2015, 47 (1), pp.1-10. ⟨10.1186/s12711-015-0087-7⟩
Article dans une revue hal-01190172 v1

Efficiency of multi-breed genomic selection for dairy cattle breeds with different sizes of reference population

C. Hozé , Sébastien Fritz , Florence Phocas , Didier Boichard , Vincent Ducrocq et al.
Journal of Dairy Science, 2014, 97 (6), pp.3918-3929. ⟨10.3168/jds.2013-7761⟩
Article dans une revue hal-01193830 v1
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Application of Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) and BayesCπ methods for genomic selection in French Holstein and Montbéliarde breeds

Carine Colombani Colombani , Andres Legarra , Sebastien S. Fritz , François F. Guillaume , Pascal Croiseau et al.
Journal of Dairy Science, 2013, 96 (1), pp.575-591. ⟨10.3168/jds.2011-5225⟩
Article dans une revue hal-01001340 v1
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High-density marker imputation accuracy in sixteen French cattle breeds

Chris Hoze Hozé , Marie-Noëlle M.-N. Fouilloux , Eric Venot , François F. Guillaume , Romain R. Dassonneville et al.
Genetics Selection Evolution, 2013, 45 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/1297-9686-45-33⟩
Article dans une revue hal-01001056 v1
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A comparison of partial least squares (PLS) and sparse PLS regressions in genomic selection in French dairy cattle

Carine Colombani Colombani , Pascal Croiseau , S. S. Fritz , F. F. Guillaume , Andres Legarra et al.
Journal of Dairy Science, 2012, 95 (4), pp.2120-2131. ⟨10.3168/jds.2011-4647⟩
Article dans une revue hal-01000898 v1

Genomic selection in French dairy cattle

Didier Boichard , Francois F. Guillaume , A. A. Baur , Pascal Croiseau , Marie-Noëlle M.-N. Rossignol et al.
Animal Production Science, 2012, 52 (3), pp.115-120. ⟨10.1071/AN11119⟩
Article dans une revue hal-01000202 v1
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Improved lasso for genomic selection

Andres Legarra , Christèle Robert-Granié , Pascal Croiseau , François F. Guillaume , Sébastien S. Fritz
Genetics Research, 2011, 93 (1), pp.77-87. ⟨10.1017/S0016672310000534⟩
Article dans une revue hal-01000151 v1
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Fine tuning genomic evaluations in dairy cattle through SNP pre-selection with the Elastic-Net algorithm

Pascal Croiseau , Andres Legarra , François F. Guillaume , Sébastien S. Fritz , Aurélia A. Baur et al.
Genetics Research, 2011, 93 (6), pp.409-417. ⟨10.1017/S0016672311000358⟩
Article dans une revue hal-01000269 v1
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Efficiency of multiple imputation to test for association in the presence of missing data.

Pascal Croiseau , Emmanuelle Génin , Claire Bardel
BMC Proceedings, 2007, 1 Suppl 1 (Suppl 1), pp.S24
Article dans une revue inserm-00143688 v1
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Dealing with missing data in family-based association studies: a multiple imputation approach

Emmanuelle Génin , Pascal Croiseau , Heather J. Cordell
Human Heredity, 2007, 63 (3-4), pp.229
Article dans une revue inserm-00143682 v1
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Dealing with missing phase and missing data in phylogeny-based analysis.

Claire Bardel , Pascal Croiseau , Emmanuelle Génin
BMC Proceedings, 2007, 1 Suppl 1 (1), pp.S22
Article dans une revue inserm-00284150 v1
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Validation of the reshaped shared epitope HLA-DRB1 classification in rheumatoid arthritis.

Laëtitia Michou , Pascal Croiseau , Elisabeth Petit-Teixeira , Sophie Tezenas Du Montcel , Isabelle Lemaire et al.
Arthritis Research and Therapy, 2006, 8, pp.R79. ⟨10.1186/ar1949⟩
Article dans une revue inserm-00080406 v1

Genetic correlations: more than a parameter that defines relationships between traits

Bcd Cuyabano , P Croiseau , F Shokor , Mr Motta , S Aguerre et al.
International Conference of Quantitative Genetics, Feb 2025, Lucca, Italy
Communication dans un congrès hal-05012407 v1

Genetic correlations: a parameter or a latent phenotype in genetic evaluations?

Bcd Cuyabano , P Croiseau , F Shokor , Mr Motta , S Aguerre et al.
Interbull annual meeting, May 2024, Bled (Slovénie), Slovenia
Communication dans un congrès hal-05012452 v1
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Evaluating the Efficiency of Phenomic Selection in Dairy Cattle

E.O. Odah , M.P. Sanchez , B. Cuyabano , P. Croiseau
European Federation of Animal Science, Sep 2024, Florence, Italy
Communication dans un congrès hal-05012311 v1
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Genomic prediction using functional annotations and QTL features in dairy and beef cattle.breeds

Pascal Croiseau , Fanny Mollandin , Andrea Rau , Marie-Pierre Sanchez , Didier Boichard
75th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, EAAP, Sep 2024, Florence, Italy. pp.292
Communication dans un congrès hal-04694136 v1
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GBLUP AND DEEP LEARNING INTEGRATION: A NOVEL APPROACH TO EVALUATING NONLINEARLY RELATED GENETIC TRAITS

Fatima Shokor, , Pascal Croiseau, , Hugo Gangloff, , Romain Saintilan, , Thierry Tribout, et al.
International Conference of Quantitative Genetics, Jul 2024, Vienne, Austria
Communication dans un congrès hal-05012364 v1
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Benchmarking predictive models: evaluating parametric, ensemble, and deep learning approaches for animal phenotype prediction from genotypes.

Eric Barrey , Blaise Hanczar , Julien Chiquet , Didier Boichard , Jocelyn de Goër de Herve et al.
AI and biology Symposium, EMBO EMBL, Heidelberg, Mar 2024, HEIDELBERG, Germany
Communication dans un congrès hal-04510253 v1

Sequence-based GWAS analyses revealed genome regions associated with the fecal microbiota in Holstein

L. Brulin , M.P. Sanchez , Z. Cai , S. Ducrocq , G. Even et al.
27. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Institut de l'Elevage - INRAE, Dec 2024, Paris, France. pp.65-69
Communication dans un congrès hal-04982139 v1
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Host genes shape the lower gut microbiota of Holstein cows: evidence from sequence-based GWAS

Marie-Pierre Sanchez , L. Brulin , Z. Cai , S. Ducrocq , G. Even et al.
European Federation of Animal Science, Sep 2024, Florence, Italy
Communication dans un congrès hal-05012331 v1
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Unraveling the influence of the host genetic on vaginal microbiota composition in Holstein cows

A. A. M. Sabuj , Marie-Pierre Sanchez , S. Ducrocq , G. Even , S. Martel et al.
European Federation of Animal Science, Sep 2024, Florence, Italy
Communication dans un congrès hal-05012343 v1
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Incorporating biological information into genomic prediction models

Andrea Rau , Fanny Mollandin , Pascal Croiseau
VistaMilk Artificial Intelligence in Agriculture Masterclass, Feb 2023, Online, Ireland
Communication dans un congrès hal-04173250 v1

Host genetics affect the composition of the lower gut microbiota in dairy cows

L Brulin , S. Ducrocq , J. Estellé , G. Even , S. Martel et al.
Book of Abstracts of the 74. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.518
Communication dans un congrès hal-04330888 v1

Impact of genomic selection on genetic diversity in five European local cattle breeds

J.J. Winding , Theo H. E. Meuwissen , Pascal Croiseau , Gwendal Restoux , Renzo Bonifazi
Book of Abstracts of the 74. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, INRAE, Aug 2023, Lyon, France. pp.180
Communication dans un congrès hal-04197287 v1
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Accuracy of prediction for a genomic evaluation in rotational crossbreeding scheme (Montbéliarde x Holstein x Red Danish)

P Croiseau , R Saintilan , A Baur , I Croue , V Ducrocq et al.
12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03731279 v1

Exploiting prior knowledge into genomic prediction models with BayesRCO

Fanny Mollandin , Pascal Croiseau , Andrea Rau
50th European Mathematical Genetics Meeting (EMGM), Apr 2022, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-03744755 v1
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Accuracy of prediction for a genomic evaluation in rotational crossbreeding scheme (Montbéliarde x Holstein x Red Danish)

Romain Saintilan , Beatriz C. D. Cuyabano , Aurélia Baur , Iola Croué , Vincent Ducrocq et al.
26èmes Rencontres Recherches Ruminants, Idele-Inrae, Dec 2022, Paris, France. pp.183-186
Communication dans un congrès hal-04033756 v1
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Accuracy of prediction for a genomic evaluation in rotational crossbreeding scheme (Montbéliarde x Holstein x Red Danish)

R Saintilan , P Croiseau , A Baur , I Croue , V Ducrocq et al.
ICAR/Interbull Annual Conference, May 2022, Montréal, Canada
Communication dans un congrès hal-03744840 v1
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Accuracy of prediction for a genomic evaluation in rotational crossbreeding scheme (Montbéliarde × Holstein × Red Danish)

Pascal Croiseau , Romain Saintilan , Aurélia Baur , Iola Croue , Vincent Ducrocq et al.
12th World congress of genetics applied to livestock production, Jul 2022, Rotterdam (NL), Netherlands
Communication dans un congrès hal-05010576 v1
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Mise en place d'une évaluation génomique pour les animaux issus d'un croisement trois voies : Montbéliarde X Holstein X Rouge Danoise

Romain Saintilan , Beatriz Cuyabano , Aurélia Baur , Iola Croué , Vincent Ducrocq et al.
3R2022 : 26èmes Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants., Institut de l'élevage [IDELE] INRAE, Dec 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04734635 v1
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Sequence-based GWAS meta-analyses for beef production traits

M P Sanchez , T Tribout , N Kadri , P K Chitneedi , S Maak et al.
12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03731341 v1
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Capitalizing on complex annotations in Bayesian genomic prediction for a backcross population of growing pigs

Fanny Mollandin , Hélène Gilbert , Pascal Croiseau , Andrea Rau
12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03742045 v1
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Characterization of bovine vaginal microbiota and its relationship with host phenotypes

Louise Brulin , S. Ducrocq , G. Even , M.P. Sanchez , S. Martel et al.
European Federation of Animal Science, Sep 2022, Porto, Portugal
Communication dans un congrès hal-05012265 v1
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Long-distance associations generate erosion of genomic breeding values of candidates for selection

D Boichard , S Fritz , P Croiseau , V Ducrocq , B Cuyabano et al.
12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Jul 2022, Rotterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03731274 v1

Leveraging multi-omic data for integrative exploratory and predictive analyses

Andrea Rau , Fanny Mollandin , Florence Jaffrezic , Denis Laloë , Hallgeir Rui et al.
Journées Math Bio Santé du GDR MATHSAV, Oct 2022, Besançon, France
Communication dans un congrès hal-04173247 v1
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The Use of A Priori Biological Information to Evaluate the Ability of BayesRC Model in Genomic Prediction

Baber Ali , Fanny Mollandin , Pascal Croiseau
72st Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Aug 2021, Davos, Switzerland
Communication dans un congrès hal-03742059 v1

Evaluating the Interpretability of SNP Effect Size Classes in Bayesian Genomic Prediction Models

Fanny Mollandin , Andrea Rau , Pascal Croiseau
49th European Mathematical Genetics Meeting (EMGM), Apr 2021, Paris, France. pp.69-100, ⟨10.1159/000516194⟩
Communication dans un congrès hal-03744745 v1
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Sequence -based GWAS for milk production traits, udder health and morphology in French dairy cattle

Thierry Tribout , Pascal Croiseau , Rachel Lefebvre , Anne Barbat , Mekki Boussaha et al.
71th Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Dec 2020, Virtual, France
Communication dans un congrès hal-03037105 v1

Evolution of ROH’s distribution along the genome over a decade of genomic selection in dairy cattle

Katy Paul , Anna-Charlotte Doublet , Denis Laloë , Pascal Croiseau , Gwendal Restoux
70tH Annual meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2019, Ghent, Belgium
Communication dans un congrès hal-03002817 v1
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Impact of multiple ovulation and embryo transfer on genetic gain and diversity in dairy cattle

Anna-Charlotte Doublet , Gwendal Restoux , Sébastien Fritz , Alexis Michenet , Chris Hozé et al.
70. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2019, Gant, Belgium
Communication dans un congrès hal-02948778 v1

Impact of multiple ovulation and embryo transfer on genetic gain and diversity in dairy cattle

Anna-Charlotte Doublet , Gwendal Restoux , Susanne Fritz , Alexis Michenet , Chris Hozé et al.
70th Annual Meeting of European Federation of Animal Science, Aug 2019, Ghent, Belgium
Communication dans un congrès hal-03002820 v1

The impact of genomic selection on genetic diversity and genetic gain in French dairy cattle breeds.

Pascal Croiseau , Sebastien Fritz , Chris Hozé , Alexis Michenet , Denis Laloë et al.
69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2017, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès hal-02948746 v1
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Experience from large scale use of the EuroGenomics custom SNP chip in cattle

Didier Boichard , Mekki Boussaha , Aurelien Capitan , Dominique Rocha , Chris Hoze et al.
11. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Feb 2018, Auckland, New Zealand
Communication dans un congrès hal-02737523 v1
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Evolution of ROH's distribution along the genome over a decade of genomic selection in dairy cattle

Katy Paul , Anna-Charlotte Doublet , Denis Laloë , Pascal Croiseau , Gwendal Restoux
69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès hal-02948765 v1
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Inclusion of candidate mutations in genomic evaluation for French dairy cattle breeds

Pascal Croiseau , Chris Hozé , Sebastien Fritz , Marie-Pierre Sanchez , Thierry Tribout
69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès hal-02948756 v1
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Use of whole sequence GWAS to improve genomic evaluation in dairy cattle

Thierry Tribout , D Boichard , M P Sanchez , Sebastien Fritz , Pascal Croiseau
World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Feb 2018, Auckland, Australia
Communication dans un congrès hal-02948451 v1

Use of haploblocks in genomic evaluation of Holsteins.

Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , David Jonas , Sebastien Fritz
World congress on Genetics Applied to Livestock Production, Feb 2018, Auckland, Australia
Communication dans un congrès hal-02948405 v1
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Use of whole sequence GWAS to improve genomic evaluation in dairy cattle

Pascal Croiseau , Thierry Tribout , Didier Boichard , Marie-Pierre Sanchez , Sebastien Fritz
24. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2017, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-01608241 v1
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Use of whole sequence GWAS to improve genomic evaluation in dairy cattle

Pascal Croiseau , Thierry Tribout , Didier Boichard , Marie-Pierre Sanchez , Sebastien Fritz
Plant and Animal Genome Conference, Jan 2017, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02949244 v1
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How is genomics changing cattle breeding?

Didier Boichard , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , Sebastien S. Fritz
JAM Joint Annual Meeting, Jul 2016, Salt Lake City, United States
Communication dans un congrès hal-02738726 v1
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Mise en place d’une évaluation génomique en races Abondance, Tarentaise et Vosgienne

Marie-Pierre Sanchez , David Jonas , Aurélia Baur , Vincent Ducrocq , Chris Hoze et al.
23. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01602322 v1
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French genomic experience: genomics for all ruminant species

Eric Venot , Didier Boichard , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , S. Fritz et al.
40. Biennal session of ICAR, Oct 2016, Puerto Varas, Chile
Communication dans un congrès hal-01606324 v1
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Identification of candidate causal variants underlying QTL in dairy cattle through GWAS and Bayesian approach at the sequence level

Didier Boichard , Marie-Pierre Sanchez , Anne Barbat , Mekki Boussaha , Thierry Tribout et al.
PAG XXIV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02792675 v1
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Using whole genome sequences to identify QTL for udder health and morphology in French dairy cattle

Thierry Tribout , Marine Barbat , Armelle Gion , Amandine Launay , Rachel Lefebvre et al.
67. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2016, Belfast, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02739792 v1
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French genomic experience: genomics for all ruminant species

Eric Venot , Anne Barbat , Didier Boichard , Pascal Croiseau , Vincent Ducrocq et al.
2016 Interbull Meeting, Oct 2016, Puerto Varas, Chile
Communication dans un congrès hal-02743221 v1
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ldentification de mutations candidates affectant la composition du lait en acides gras et protéines par analyse d’association sur la séquence du génome dans les races Holstein, Montbéliarde et Normande

Armelle Gion Govignon-Gion , Didier Boichard , Pascal Croiseau , Anne Barbat-Leterrier , Chris Hoze Hoze et al.
22. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2015, Paris, France. 409 p
Communication dans un congrès hal-02744189 v1

Haplotype construction methods to enhance genomic evaluation

David Jonas , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau
66. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2015, Varsovie, Poland. 577 p
Communication dans un congrès hal-01535255 v1

Multibreed association studies at the sequence level : comparison between meta and joint analyses.

Marc Teissier , Marie-Pierre Sanchez , Eric Venot , Rabia Letaief , Pascal Croiseau
66. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2015, Varsovie, Poland
Communication dans un congrès hal-02949217 v1
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Identification of causal variants for milk protein composition using sequence data in dairy cattle

Marie-Pierre Sanchez , Armelle Gion Govignon-Gion , Pascal Croiseau , Anne Barbat , M. Gelé et al.
66. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), European Federation of Animal Science (EAAP). INT., Aug 2015, Warsaw, Poland
Communication dans un congrès hal-02739078 v1

Using sequences data to identify causal variants for milk fatty acids composition in dairy cattle

Armelle Gion , Marie-Pierre Sanchez , Pascal Croiseau , Anne Barbat , S. Fritz et al.
66. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2015, Varsovie, Poland. 577 p
Communication dans un congrès hal-01536474 v1
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Comparison of different Marker-Assisted BLUP models for a new French genomic evaluation

Pascal Croiseau , Aurélia A. Baur , David Jonas , Chris Hoze Hoze , Julie Promp et al.
66. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), European Federation of Animal Science (EAAP). INT., Aug 2015, Warsaw, Poland
Communication dans un congrès hal-02743878 v1

In silico detection of causal mutation in beef cattle.

Romain Philippe , Gilles Renand , Sebastien Fritz , Pascal Croiseau , Romain Saintilan et al.
Journée ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématique, Sep 2015, Clermont Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-02949227 v1
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Using genomes sequences to identify causal variants for milk fatty acids in dairy cattle

Armelle Gion Govignon-Gion , Marie-Pierre Sanchez , Pascal Croiseau , Anne Barbat , Sebastien S. Fritz et al.
66. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), European Federation of Animal Science (EAAP). INT., Aug 2015, Warsaw, Poland
Communication dans un congrès hal-02738654 v1
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Mise en place d’évaluations génomiques dans les races bovines laitières à effectifs limités en France

Chris Hoze , Sebastien Fritz , Aurélia Baur , Florence Phocas , Didier Boichard et al.
21. Rencontres Recherches Ruminants, Dec 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01194024 v1
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Mise en place de l’évaluation génomique française officielle en race Brune

Aurélia Baur , Sebastien Fritz , Julie Promp , O. Bulot , Didier Boichard et al.
21. Rencontres Recherches Ruminants, Dec 2014, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01194027 v1
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Extension to haplotypes of genomic evaluation algorithms

Pascal Croiseau , Marie-Noelle Fouilloux , David Jonas , Sebastien Fritz , Aurélia Baur et al.
10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-01193907 v1
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Genomic evaluation using combined reference populations from Montbéliarde and French Simmental breeds

Chris Hoze , Sebastien Fritz , Florence Phocas , Didier Boichard , Vincent Ducrocq et al.
10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-01193909 v1
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Implementation of the French official genomic evaluation in Brown Swiss dairy cattle

Aurélia Baur , Sebastien Fritz , Julie Promp , O. Bulot , Didier Boichard et al.
10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-01193910 v1
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Application of a three-haplotype LDLA model to the French Holstein population

David Jonas , Chris Hoze , Didier Boichard , Pascal Croiseau
10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-01193915 v1
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Genomic evaluation using QTL information

Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , Aurélia Baur , Romain Saintilan , Sebastien Fritz et al.
10. World Congress of Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2014, Vancouver, Canada
Communication dans un congrès hal-01193914 v1
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Comparison of genomic selection approaches for small breeds

Chris Hoze , Sébastien Fritz , Didier Boichard , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau
Interbull Meeting 2013, Aug 2013, Nantes, France. pp.90-94
Communication dans un congrès hal-01189867 v1
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From the 50K chip to the HD: Imputation efficiency in 9 French dairy cattle breeds

Chris Hoze Hoze , Marie-Noëlle Fouilloux , Eric Venot , François Guillaume , Romain Dassonneville et al.
EAAP, Aug 2012, Bratislava, Slovakia. pp.308
Communication dans un congrès hal-02748900 v1
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State of the art of genomics for selection

Didier Boichard , Francois Guillaume , A. Baur , Pascal Croiseau , M.N. Rossignol et al.
Workshop of ICAR 2011 "New technologies and new challenges for breeding and herd management", Jun 2011, Bourg-en-Bresse, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01019343 v1
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Genomic selection: implementation in dairy cattle

Vincent Ducrocq , Sébastien S. Fritz , François F. Guillaume , Pascal Croiseau , Jean-Jacques J. J. Colleau et al.
5th QTL-MAS workshop, May 2011, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-01001363 v1
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Use of phenotypes from multi-trait national evaluations in genomic evaluation

C. Hoze , Pascal Croiseau , F. Guillaume , Aurélia Baur , L. Journaux et al.
62. Annual meeting of the EAAP, Aug 2011, Stavanger, Norway. pp.28
Communication dans un congrès hal-01189857 v1
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État de l'art de la sélection génomique en France et approche multiraciale

Didier Boichard , François Guillaume , Aurélia Baur , Pascal Croiseau , Marie-Noelle Rossignol et al.
Colloque International, La génomique bovine Contribution de la génomique à l’avenir de l’élevage bovin - International Workshop, Bovine genomics Contributions to the future of livestock, Oct 2011, Clermont-Ferrand/Cournon, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-01193641 v1
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Genomic Selection In French Dairy Cattle

Didier Boichard , Francois F. Guillaume , A. A. Baur , Pascal Croiseau , Mn. Mn. Rossignol et al.
Applied Genomics for Sustainable Livestock Breeding, May 2011, Melbourne, Australia. 1 p
Communication dans un congrès hal-01000520 v1
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Could genomic selection methods be efficient to detect QTLs? Application in French dairy cattle

Carine Colombani , Pascal Croiseau , Chris Hoze , Sebastien Fritz , François Guillaume et al.
QTLMAS, May 2011, Rennes, France. pp.30
Communication dans un congrès hal-01190269 v1

Application of PLS and Sparse PLS regression in genomic selection

Carine Colombani , Andres Legarra , Pascal Croiseau , F. Guillaume , S. Fritz et al.
9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-01193580 v1
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Lasso bayesiano mejorado para seleccion genomica

Andres Legarra , Christèle Robert-Granié , Pascal Croiseau , Guillaume François , Sébastien Fritz
XV Reunion Nacional de Mejora Genetica Animal, Jun 2010, Vigo, España. pp.1-6
Communication dans un congrès hal-01193386 v1

Aptitude of Bayesian lasso for genomic selection

Andres Legarra , Christèle Robert-Granié , Pascal Croiseau , F. Guillaume , S. Fritz et al.
9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-01193524 v1
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Intérêt d'une puce basse densité pour l'évalution génomique des vaches laitières.

Romain Dassonneville , Sebastien Fritz , Francois Guillaume , Pascal Croiseau , Aurélia Baur et al.
17. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2010, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01193611 v1

Improving genomic evaluation strategies in dairy cattle through SNP pre-selection

Pascal Croiseau , Carine Colombani , Andres Legarra , F. Guillaume , S. Fritz et al.
9. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Aug 2010, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-01193548 v1
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Mise en place de la sélection génomique dans les trois principales races françaises de bovins laitiers

S Fritz , Francois Guillaume , Pascal Croiseau , Aurélia Baur , C. Hoze et al.
17. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2010, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01193615 v1
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Genomic selection in French dairy cattle.

Didier Boichard , François Guillaume , Aurélia A. Baur , Pascal Croiseau , Marie-Noëlle M.-N. Rossignol et al.
9th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, 2010, Leipzig, pp.Inconnu
Communication dans un congrès hal-02822373 v1
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Use of the Elastic-Net algorithm for genomic selection in dairy cattle

Pascal Croiseau , Vincent Ducrocq
13th Quantitative Trait Locus and Marker Assisted Selection Workshop, Apr 2009, Wageningen, Netherlands. pp.Book of Abstracts: 15
Communication dans un congrès hal-01193784 v1

Use of the elastic-net algorithm for genomic selection in dairy cattle.

Pascal Croiseau , Vincent Ducrocq
60th Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), 2427 August 2009, 2009, Barcelona
Communication dans un congrès hal-02751291 v1

Modèles d'évaluation génomique : application aux populations bovines laitières françaises

F. Guillaume , S. Fritz , Pascal Croiseau , Andres Legarra , Christèle Robert-Granié et al.
16. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2009, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01193599 v1

Marker assisted EBV using a dense SNP markers map: application to the Normande and Montbéliarde breeds.

François Guillaume , Sebastien S. Fritz , Vincent Ducrocq , Pascal Croiseau , Didier Boichard
60th Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), 2427 August 2009, 2009, Barcelona
Communication dans un congrès hal-02751164 v1
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Impact of the correlation between SNP effects in different breeds on the accuracy of predictions

P Croiseau , R Saintilan , D Boichard , B Cuyabano
74th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2023, Lyon, France. Wageningen Academic Publishers, Book of Abstracts of the 74th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, ⟨10.3920/978-90-8686-936-7⟩
Poster de conférence hal-04195858 v1
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Sequence-based GWAS meta-analyses for beef production traits

M.-P Sanchez , T Tribout , N K Kadri , P K Chitneedi , S Maak et al.
39th International Society for Animal Genetics Conference, Jul 2023, Cape Town / Le Cap, South Africa
Poster de conférence hal-04170983 v1

A hierarchical Bayesian mixture model for predicting phenotypes from genomic data with prior biological information

Fanny Mollandin , Pascal Croiseau , Andrea Rau
Working Group on Model-Based Clustering Summer Session, Jul 2022, Online, France.
Poster de conférence hal-04173246 v1
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A SNP-BLUP genomic evaluation with breed-specific SNP effects for three-way dairy crossbreds

Iola Croué , Didier Boichard , Pascal Croiseau
71st Annual Meeting of the European Association for Animal Production, Dec 2020, Virtual, France
Poster de conférence hal-03037012 v1
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Imputation accuracy of crossbred dairy cows

L.-H Maugan , Iola Croué , Sebastien Fritz , Rachel Lefebvre , Pascal Croiseau et al.
71. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Dec 2020, Virtual meeting, Portugal. Wageningen Academic Publishers, Book of abstracts, 26, 2020, Book of abstracts of the 71st annual meeting of the european federation of animal science
Poster de conférence hal-03634220 v1

Updating reference population in Genomic Selection for genetic diversity conservation What can we learn from real data and simulations?

Sonia Eynard , Pascal Croiseau , Denis Laloë , Mario P.L. Calus , Sebastien Fritz et al.
Gordon Research Conference in Quantitative Genetics and Genomics, Feb 2017, Galveston Texas, United States. 2017
Poster de conférence hal-02787529 v1
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Using whole genome sequences to identify candidate mutations of bovine milk fatty acids and proteins in fairy cattle

Marie-Pierre Sanchez , Armelle Gion , Anne Barbat , Sebastien S. Fritz , Guy Miranda et al.
PAG XXIV - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2016, San Diego, United States. pp.P0526, 2016
Poster de conférence hal-02793489 v1

Which individual to phenotype? Optimal design of reference population for genomic selection while maintaining genetic diversity

Sonia Eynard , Denis Laloë , Pascal Croiseau , Mario P. L. Calus , Sebastien Fritz et al.
ICQG 5, Jun 2016, Madison, Wisconsin, United States. 2016
Poster de conférence hal-02796864 v1

Implementation of genomic selection in three French regional dairy cattle breeds

Marie-Pierre Sanchez , David Jonas , Aurélia Baur , Vincent Ducrocq , Chris Hoze et al.
67. Annual meeting of the European Federation of Animal Science EAAP 2016, Aug 2016, Belfast, United Kingdom. 2016, Book of Abstract of the 67th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science
Poster de conférence hal-01531682 v1

Valoriser la diversité génétique en sélection végétale et animale

Jean Pierre Bidanel , Nathalie Couix , Pascal Croiseau , Christian Ducrot , Pauline Ezanno et al.
INRAE. Agroécologie : des recherches pour la transition des filières et des territoires, Editions Quae, pp.59-69, 2020, 978-2-7592-3129-4
Chapitre d'ouvrage hal-04559548 v1
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Quel futur pour l’amélioration génétique chez les espèces animales domestiques ?

Didier Boichard , Pascal Croiseau , Sebastien Fritz , Vincent Ducrocq
Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement, Académie d'Agriculture, 2014
Chapitre d'ouvrage hal-01193805 v1