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Patrice Baa-Puyoulet

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Publications

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Annotation of transcription factors, chromatin-associated factors, and basal transcription machinery in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, and development of the ATFdb database, a resource for studies of transcriptional regulation

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Sergio Peignier , Patrice Baa-Puyoulet , Hubert Charles et al.
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2024, 177, pp.104217. ⟨10.1016/j.ibmb.2024.104217⟩
Article dans une revue hal-04832131 v1
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PacBio Hi-Fi genome assembly of Sipha maydis, a model for the study of multipartite mutualism in insects

François Renoz , Nicolas Parisot , Patrice Baa-Puyoulet , Léo Gerlin , Samir Fakhour et al.
Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.450. ⟨10.1038/s41597-024-03297-x⟩
Article dans une revue hal-04632873 v1
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Proteogenomic reconstruction of organ-specific metabolic networks in an environmental sentinel species, the amphipod Gammarus fossarum

Natacha Koenig , Patrice Baa-Puyoulet , Amélie Lafont , Isis Lorenzo-Colina , Vincent Navratil et al.
Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics, 2024, 52, pp.101323. ⟨10.1016/j.cbd.2024.101323⟩
Article dans une revue hal-04704294 v1
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Detection of Aphids on Hyperspectral Images Using One-Class SVM and Laplacian of Gaussians

Sergio Peignier , Virginie Lacotte , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Christophe Simon et al.
Remote Sensing, 2023, 15 (8), pp.2103. ⟨10.3390/rs15082103⟩
Article dans une revue hal-04122402 v1
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At the Gate of Mutualism: Identification of Genomic Traits Predisposing to Insect-Bacterial Symbiosis in Pathogenic Strains of the Aphid Symbiont Serratia symbiotica

François Renoz , Vincent Foray , Jérôme Ambroise , Patrice Baa-Puyoulet , Bertrand Bearzatto et al.
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2021, 11, pp.660007. ⟨10.3389/fcimb.2021.660007⟩
Article dans une revue hal-03297041 v1
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The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae

Nicolas Parisot , Carlos Vargas-Chávez , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Séverine Balmand et al.
BMC Biology, 2021, 19 (1), pp.241. ⟨10.1186/s12915-021-01158-2⟩
Article dans une revue hal-03627264 v1
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Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera

Jan Philip Oeyen , Patrice Baa-Puyoulet , Joshua Benoit , Leo Beukeboom , Erich Bornberg-Bauer et al.
Genome Biology and Evolution, 2020, 12 (7), pp.1099-1118. ⟨10.1093/gbe/evaa106⟩
Article dans une revue hal-02618254 v1
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Draft Genome Sequences of Two Cultivable Strains of the Bacterial Symbiont Serratia symbiotica

François Renoz , Jérôme Ambroise , Bertrand Bearzatto , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro et al.
Microbiology Resource Announcements, 2020, 9 (10), pp.e01579-19. ⟨10.1128/MRA.01579-19⟩
Article dans une revue hal-02505875 v1
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Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth

Jessika Consuegra , Théodore Grenier , Patrice Baa-Puyoulet , Isabelle Rahioui , Houssam Akherraz et al.
PLoS Biology, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩
Article dans une revue hal-02919023 v1
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The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest

Claude Rispe , Fabrice Legeai , Paul Nabity , Rosa Fernández , Arinder Arora et al.
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
Article dans une revue hal-02917617 v1
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Molecular evolutionary trends and feeding ecology diversification in the Hemiptera, anchored by the milkweed bug genome

Kristen Panfilio , Iris Vargas Jentzsch , Joshua Benoit , Deniz Erezyilmaz , Yuichiro Suzuki et al.
Genome Biology, 2019, 20 (1), pp.64. ⟨10.1186/s13059-019-1660-0⟩
Article dans une revue hal-02139052 v1
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Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Stefano Colella , Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Gabrielle Duport et al.
Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
Article dans une revue hal-01905508 v1
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Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species

Thomas C. Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam T. Mugford et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
Article dans une revue hal-01500475 v1
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Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species

Thomas C. Mathers , Yazhou Chen , Gemy Kaithakottil , Fabrice Legeai , Sam T. Mugford et al.
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩
Article dans une revue hal-01588181 v1
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ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Gérard Febvay , Jaime Huerta-Cepas , Augusto F Vellozo et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩
Article dans une revue hal-01352558 v1
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Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet et al.
BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩
Article dans une revue hal-00824527 v1
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CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Augusto F Vellozo , Amélie S Véron , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩
Article dans une revue hal-00632965 v1

Functional analysis of interactions between bed bugs and their symbionts Wolbachia and BEV-like

Raphaël Jorge , Marius Poulain , Elodie Rosinski , Hélène Henri , Adil El Filali et al.
International congress of Ecology and Evolution (SFE2), Oct 2024, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04805333 v1
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Evolution towards a two-way cooperation in a single symbiotic organ: the developmental chronicle of a multi-partner insect endosymbiosis

François Renoz , Karen Gaget , Hubert Charles , Nicolas Parisot , Patrice Baa-Puyoulet et al.
International congress of Ecology and Evolution (SFE2), Société Française d'Ecologie et d'Evolution (SFE2), Oct 2024, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04753005 v1

Two-way cooperation in a single symbiotic organ: the developmental chronicle of a multi-partner insect endosymbiosis

François Renoz , Karen Gaget , Hubert Charles , Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot et al.
3rd Joint Congress on Evolutionary Biology, Jul 2024, Montreal, Canada
Communication dans un congrès hal-04753845 v1
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Métabolisme d'une bactérie symbiotique et besoins nutritionnels de son hôte : une question d'offre et de demande ?

Léo Gerlin , Patrice Baa-Puyoulet , Karen Gaget , Garance Lapetoule , Isabelle Rahioui et al.
2nd Workshop Modélisation du Métabolisme, Mar 2024, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04524685 v1

A genome-wide annotation of transcription factors in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, and the related database, ATFdb

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Hubert Charles , Sergio Peignier , Patrice Baa-Puyoulet et al.
13èmes rencontres du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524595 v1

Deciphering growth/nutrition dynamics at the aphid – symbiont interface through metabolic modeling

Léo Gerlin , Patrice Baa-Puyoulet , Karen Gaget , Isabelle Rahioui , Marie-Gabrielle Duport et al.
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524579 v1

Modélisation du métabolisme et des interactions symbiotiques chez les pucerons

Léo Gerlin , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro , Hubert Charles
Journée scientifique enjeu « santé globale et bio‐ingénierie » de l'INSA Lyon, Apr 2023, Villeurbane, France
Communication dans un congrès hal-04121080 v1

The assembly of the rice weevil Sitophilus oryzae is dominated by transposable elements and shades light on the evolution of endosymbiosis in a major crop pest.

Nicolas Parisot , Carlos Vargas-Chávez , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand et al.
Arthropod Genomics Symposium 2022, Jun 2022, Notre Dame (Indiana), United States
Communication dans un congrès hal-04783673 v1

Intégration de données multi-omiques pour l’identification d’enzymes clés du métabolisme lipidique chez l’espèce sentinelle Gammarus fossarum

Natacha Koenig , Patrice Baa-Puyoulet , Maxime Leprêtre , Jean-Charles Gaillard , J. Armengaud et al.
GDR Ecotoxicologie, Nov 2021, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03810311 v1

Analysis of the inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Jousselin Emmanuelle , Patrice Baa-Puyoulet , C. Huygens , Karen Gaget et al.
Incontri di diversità delle forme e degli animali, Università di Pisa, 2021, Pisa, Italy
Communication dans un congrès hal-03514196 v1

The challenge of annotating and reconstructing metabolic networks for the comprehension of the physiology of aphids and other insects

Hubert Charles , Patrice Baa-Puyoulet
2nd annual meeting of Japan-France Plant-Insect-Symbiont Interaction network (PISI-net), Nov 2019, Le Rheu, France
Communication dans un congrès hal-03513078 v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
INSA Lyon International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Communication dans un congrès hal-03514034 v1

Atelier Bases de données génomiques et métaboliques : présentation des bases BioCyc développées dans l’UMR BF2I

Hubert Charles , Patrice Baa-Puyoulet
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA),, Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03510598 v1

Rôle clé du bactériocyte dans la résilience du puceron aux stress nutritionnels

Federica Calevro , Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Stefano Colella , Karen Gaget et al.
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03514026 v1

AphidCyc, une collection de bases de données métaboliques dédiée à l'étude et la comparaison du métabolisme chez les pucerons

Patrice Baa-Puyoulet , Hubert Charles , Federica Calevro
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03510642 v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet et al.
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03514051 v1

Effecteurs et inhibiteurs de l’apoptose chez le puceron du pois : annotation et implication dans la mort cellulaire bactériocytaire

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand et al.
10. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2017, Colmar, France
Communication dans un congrès hal-03506807 v1

Life history traits and tissue-specific gene expression changes underlying the symbiotic pea aphid resilience to a tyrosine and phenylalanine depleted diet

Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet et al.
9. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2016, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506796 v1

Systems biology of symbiosis: from partners’ genomics to physiology of interactions

Hubert Charles , Federica Calevro , Gérard Febvay , Patrice Baa-Puyoulet , Marie-Gabrielle Duport et al.
First Meeting of the PRC Israel-France, Sep 2016, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03506791 v1
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From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways

Patrice Baa-Puyoulet , Mathieu Labernardiere , Nicolas Parisot , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay et al.
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208786 v1

SymbAphidBase : une base de données nouvelle dédiée aux symbiotes de pucerons pour stocker et visualiser les génomes séquencés en standardisant leurs annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208785 v1

Symbiose puceron – Buchnera : approche métabolomique chez Acyrthosiphon pisum

Marjolaine Rey , Floriant Bellvert , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro et al.
6èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Oct 2013, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-03506758 v1

Analyse métabolomique de la symbiose entre le puceron Acyrthosiphon pisum et la bactérie Buchnera aphidicola

Marjolaine Rey , Floriant Bellvert , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro et al.
7èmes Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506751 v1

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto F. Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon et al.
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jul 2012, Rennes, France. Pagination multiple
Communication dans un congrès hal-02747415 v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Nadia Bendridi et al.
Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-00748785 v1

Exploration génomique et fonctionnelle des insectes et de leurs partenaires symbiotiques

Hubert Charles , Stefano Colella , Federica Calevro , Gérard Febvay , Yvan Rahbé et al.
Journée Sciences Croisées "Modélisation et Sciences Numériques : nouveaux instruments et opportunités", Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon). Conseil Scientifique de l'INSA, Villeurbanne, FRA., Oct 2010, Villeurbanne, France. n. p
Communication dans un congrès hal-02804281 v1

ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto F Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , T. Gabaldon et al.
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity", Jun 2011, Kansas City, United States
Communication dans un congrès hal-00748601 v1

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

A. Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , A. Veron , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret et al.
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
Communication dans un congrès hal-00496032 v1

Mathematical modeling of pea aphid metabolism

Ariane Paradan , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro , Hubert Charles , Léo Gerlin
14èmes rencontres du réseau de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2024, Montpellier, France
Poster de conférence hal-04788746 v1

Genome assembly of the cereal aphid Sipha maydis, a model for the study of dual endosymbiosis in insects

François Renoz , Nicolas Parisot , Patrice Baa-Puyoulet , Léo Gerlin , Samir Fakhour et al.
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-04524568 v1

Dynamics of endosymbionts in bed bugs during development

Raphaël Jorge , Marius Poulain , Elodie Rosinski , Hélène Henri , Adil El Filali et al.
Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions (G-RREMI), Nov 2023, Lyon, France
Poster de conférence hal-04805370 v1

Functional analysis of interactions between bed bugs and their nutritional symbiont Wolbachia

Raphaël Jorge , Marius Poulain , Elodie Rosinski , Hélène Henri , Adil El Filali et al.
Rencontres du Réseau Ecologie des Interactions Durables 2023, May 2023, Poitiers, France
Poster de conférence hal-04805475 v1

Functional analysis of interactions between bed bugs and their nutritional symbiont Wolbachia

Raphaël Jorge , Marius Poulain , Elodie Rosinski , Hélène Henri , Adil El Filali et al.
Journée scientifique enjeu « santé globale et bio‐ingénierie » de l'INSA Lyon, Apr 2023, Lyon, France
Poster de conférence hal-04805501 v1

High-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae and Sodalis pierantonius endosymbiotic association

Nicolas Parisot , Mariana Galvão Ferrarini , Clément Goubert , Carlos Vargas-Chávez , Agnès Vallier et al.
10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting), Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03810657 v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts.

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
12èmes rencontres du réseau français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
Poster de conférence hal-03810352 v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting), Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-04784498 v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
13. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2020, Nice (virtuel), France
Poster de conférence hal-03514174 v1

4IN: an interactive database for insect innate immunity

Carole Vincent-Monégat , Nicolas Parisot , Carlos Vargas-Chávez , Louis Beranger , Aymeric Bonnamour et al.
Colloque Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID) et le réseau Immunologie des Invertébrés (IMMUNINV), May 2019, Montpellier, France
Poster de conférence hal-04784931 v1

4IN: an interactive database for insect innate immunity

Carole Vincent-Monégat , Nicolas Parisot , Carlos Vargas-Chávez , Louis Beranger , Aymeric Bonnamour et al.
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome, Nov 2019, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-04784972 v1

Development of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions

Nicolas Parisot , Agnès Vallier , Justin Maire , Mariana G. Ferrarini , Benjamin Gillet et al.
Journée scientifique de la FR BioEnviS, Jan 2019, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-04804142 v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
2nd UK-France Joint meeting on Aphids - Royal Entomological Society, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Poster de conférence hal-03513048 v1

Development of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions

Nicolas Parisot , Agnès Vallier , Justin Maire , Mariana G. Ferrarini , Benjamin Gillet et al.
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome, Nov 2019, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-04785000 v1

Molecular characterization of aphid bacteriocyte cell death by RNAseq analysis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
INSA Lyon International Partner Days, Oct 2018, Lyon, France
Poster de conférence hal-03741347 v1

Evaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis

Carlos Vargas-Chavez , Nicolas Parisot , C. Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand et al.
VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE), Jan 2018, Palma de Mallorca, Spain
Poster de conférence hal-03514015 v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport et al.
XIth European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy
Poster de conférence hal-03509885 v1

The draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis

Carlos Vargas-Chavez , Nicolas Parisot , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France
Poster de conférence hal-03506786 v1
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SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798649 v1
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Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798101 v1

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases: development of ad hoc BioCyc DB (AcypiCyc, ArthropodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
8. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium, Jan 2013, Harpenden, United Kingdom
Poster de conférence hal-03506707 v1

« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.

Patrice Baa-Puyoulet , Stefano Colella , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay et al.
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03506713 v1

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon et al.
5. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2012, Villeurbanne, France. 2012
Poster de conférence hal-02806092 v1

Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon et al.
Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA, Mar 2011, Versailles, France. 1 p., 2011
Poster de conférence hal-02806205 v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nadia Bendridi et al.
4. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2011, Paris, France. 1 p., 2011
Poster de conférence hal-02805925 v1

“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon et al.
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States. , 33 p., 2011, Fifth Annual Arthropod Genomics Symposium
Poster de conférence hal-02749029 v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nadia Bendridi et al.
6. International Symposium on Molecular Insect Science, Oct 2011, Amsterdam, Netherlands. Elsevier, 2011,  
Poster de conférence hal-02747829 v1
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A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources

Fabrice Legeai , Stefano Colella , Jaime Huerta-Cepas , Jean-Pierre Gauthier , Augusto Vellozo et al.
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
Poster de conférence hal-01231276 v1

Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”

Augusto Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro et al.
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium
Poster de conférence hal-02753908 v1