Philippe Bardou

67
Documents

Publications

Publications

Image document

Inferring Domestic Goat Demographic History Through Ancient Genome Imputation

Jolijn Erven , Alice Etourneau , Marjan Mashkour , Mahesh Neupane , Phillipe Bardou et al.
Genome Biology and Evolution, 2025, 17 (11), ⟨10.1093/gbe/evaf181⟩
Article dans une revue hal-05393593 v1
Image document

Finding and removing introns from RNA-Seq de novo assemblies with IntronSeeker

Sarah Maman , Philippe Bardou , Emilien Lasguignes , Faustine Oudin , Floréal Cabanettes et al.
Journal of Open Source Software, 2024, 9 (103), pp.6272. ⟨10.21105/joss.06272⟩
Article dans une revue hal-04792598 v1
Image document

Restriction site-associated DNA sequencing technologies as an alternative to low-density SNP chips for genomic selection: a simulation study in layer chickens

Florian Herry , Frédéric Herault , Frédéric Lecerf , Laetitia Lagoutte , Mathilde Doublet et al.
BMC Genomics, 2023, 24 (1), pp.271. ⟨10.1186/s12864-023-09321-5⟩
Article dans une revue hal-04131807 v1
Image document

Whole genome sequencing reveals signals of adaptive admixture in Creole cattle

Slim Ben-Jemaa , Gabriele Adam , Mekki Boussaha , Philippe Bardou , Christophe Klopp et al.
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.12155. ⟨10.1038/s41598-023-38774-7⟩
Article dans une revue hal-04186791 v1
Image document

A Nonsense Variant in CCDC65 Gene Causes Respiratory Failure Associated with Increased Lamb Mortality in French Lacaune Dairy Sheep

Maxime Ben Braiek , Carole Moreno-Romieux , Charlotte Allain , Philippe Bardou , Arnaud Bordes et al.
Genes, 2022, 13 (1), pp.45. ⟨10.3390/genes13010045⟩
Article dans une revue hal-03525204 v1
Image document

An open-source tool to assess the carbon footprint of research

Jérôme Mariette , Odile Blanchard , Olivier Berné , Olivier Aumont , Julian Carrey et al.
Environmental Research: Infrastructure and Sustainability, 2022, 2 (3), pp.035008. ⟨10.1088/2634-4505/ac84a4⟩
Article dans une revue hal-03796807 v3
Image document

Geographical contrasts of Y‐chromosomal haplogroups from wild and domestic goats reveal ancient migrations and recent introgressions

Isaäc J Nijman , Benjamin D Rosen , Philippe Bardou , Thomas Faraut , Tristan Cumer et al.
Molecular Ecology, 2022, 17 p. ⟨10.1111/mec.16579⟩
Article dans une revue hal-03722180 v1
Image document

FishmiRNA: An evolutionarily supported microRNA annotation and expression database for ray-finned fishes

Thomas Desvignes , Philippe Bardou , Jérôme Montfort , Jason Sydes , Cervin Guyomar et al.
Molecular Biology and Evolution, 2022, 39 (2), pp.msac004. ⟨10.1093/molbev/msac004⟩
Article dans une revue hal-03528022 v1
Image document

Using sequence variants of a QTL region improves the accuracy of genomic evaluation in French Saanen goats

Estelle Talouarn , Marc Teissier , Philippe Bardou , Hélène Larroque , Virginie Clément et al.
Journal of Dairy Science, 2021, 104 (1), pp.588-601. ⟨10.3168/jds.2020-18837⟩
Article dans une revue hal-03146844 v1
Image document

Analysis of Polycerate Mutants Reveals the Evolutionary Co-option of HOXD1 for Horn Patterning in Bovidae

Aurélie Allais-Bonnet , Aurélie Hintermann , Marie-Christine Deloche , Raphael Cornette , Philippe Bardou et al.
Molecular Biology and Evolution, 2021, ⟨10.1093/molbev/msab021⟩
Article dans une revue hal-03164832 v1
Image document

VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

Laure Denoyelle , Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Licia Colli , Adriana Alberti et al.
Genetics Selection Evolution, 2021, 53 (1), 14 p. ⟨10.1186/s12711-021-00659-6⟩
Article dans une revue hal-03480970 v1
Image document

RNA-Seq Data for Reliable SNP Detection and Genotype Calling

Frédéric Jehl , Fabien Degalez , Frédéric Lecerf , Maria Bernard , Laetitia Lagoutte et al.
Frontiers in Genetics, 2021, 12, pp.655707. ⟨10.3389/fgene.2021.655707⟩
Article dans une revue hal-03276149 v1
Image document

In silico identification of variations in microRNAs with a potential impact on dairy traits using whole ruminant genome SNP datasets

Céline Bourdon , Mekki Boussaha , Philippe Bardou , Marie-Pierre Sanchez , Sandrine Le Guillou et al.
Scientific Reports, 2021, 11, ⟨10.1038/s41598-021-98639-9⟩
Article dans une revue hal-03371440 v1
Image document

MINTIA: a metagenomic INserT integrated assembly and annotation tool

Philippe Bardou , Sandrine Laguerre , Sarah Maman Haddad , Sabrina Legoueix , Elisabeth Laville et al.
PeerJ, 2021, 9, 13 p. ⟨10.7717/peerj.11885⟩
Article dans une revue hal-03407218 v1
Image document

Le projet « Mille Génomes Gallus » : partager les données de séquences pour mieux les utiliser

Michèle Tixier-Boichard , Frédéric Lecerf , Frédéric Herault , Philippe Bardou , Christophe Klopp
INRAE Productions Animales, 2020, 33 (3), pp.189-202. ⟨10.20870/productions-animales.2020.33.3.4564⟩
Article dans une revue hal-03103324 v1
Image document

Genome wide association analysis on semen volume and milk yield using different strategies of imputation to whole genome sequence in French dairy goats

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Isabelle Palhiere , Claire Oget , Virginie Clément et al.
BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-0826-9⟩
Article dans une revue hal-02548369 v1
Image document

RumimiR: a detailed microRNA database focused on ruminant species

Céline Bourdon , Philippe Bardou , Etienne Aujean , Sandrine Le Guillou , Gwenola Tosser-Klopp et al.
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2019, 2019, pp.1-10. ⟨10.1093/database/baz099⟩
Article dans une revue hal-02627384 v1
Image document

Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals

Sylvain Foissac , Sarah Djebali , Kylie Munyard , Nathalie Vialaneix , Andrea Rau et al.
BMC Biology, 2019, 17 (1), 25 p. ⟨10.1186/s12915-019-0726-5⟩
Article dans une revue hal-02437599 v1
Image document

Genome-Wide Identification of the Mutation Underlying Fleece Variation and Discriminating Ancestral Hairy Species from Modern Woolly Sheep

Julie Demars , Margarita Cano , Laurence Drouilhet , Florence Plisson-Petit , Philippe Bardou et al.
Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (7), pp.1722-1729. ⟨10.1093/molbev/msx114⟩
Article dans une revue hal-01608205 v1
Image document

Author correction : A genome scan for milk production traits in dairy goats reveals two new mutations in Dgat1 reducing milk fat content

Pauline Martin , Isabelle Palhiere , Cyrielle Maroteau , Philippe Bardou , Kamila Canale-Tabet et al.
Scientific Reports, 2017, 8, ⟨10.1038/s41598-018-22118-x⟩
Article dans une revue hal-02622800 v1
Image document

A genome scan for milk production traits in dairy goats reveals two new mutations in Dgat1 reducing milk fat content

Pauline Martin , Isabelle Palhiere , Cyrielle Maroteau , Philippe Bardou , Kamila Canale-Tabet et al.
Scientific Reports, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0;⟩
Article dans une revue hal-01605655 v1
Image document

Correction : Design and Characterization of a 52K SNP Chip for Goats

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou , Olivier Bouchez , Cédric Cabau , Richard Crooijmans et al.
PLoS ONE, 2016, 11 (3), pp.Non Paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0152632⟩
Article dans une revue hal-01602260 v1
Image document

Characterization of an extensive rainbow trout miRNA transcriptome by next generation sequencing

Amélie Juanchich , Philippe Bardou , Olivier Rué , Jean-Charles Gabillard , Christine Gaspin et al.
BMC Genomics, 2016, 17:164 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s12864-016-2505-9⟩
Article dans une revue hal-01509042 v1
Image document

Jflow: a workflow management system for web applications

Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Philippe Bardou , Ibouniyamine Ibrahime , Céline Noirot et al.
Bioinformatics, 2016, 32 (3), pp.456-458. ⟨10.1093/bioinformatics/btv589⟩
Article dans une revue hal-02631131 v1
Image document

The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

Damian Smedley , Syed Haider , Steffen Durinck , Luca Pandini , Paolo Provero et al.
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
Article dans une revue hal-01146849 v1
Image document

The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates.

Camille Berthelot , Frédéric Brunet , Domitille Chalopin , Amélie Juanchich , Maria Bernard et al.
Nature Communications, 2014, 5, pp.1-10. ⟨10.1038/ncomms4657⟩
Article dans une revue hal-01193812 v1
Image document

Design and characterization of a 52K SNP chip for goats

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou , Olivier Bouchez , Cédric Cabau , Richard Crooijmans et al.
PLoS ONE, 2014, 9, online (1), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0086227⟩
Article dans une revue hal-01019568 v1
Image document

RNAbrowse: RNA-Seq de novo assembly results browser.

Jérôme J. Mariette , Céline Noirot , Ibouniyamine Nabihoudine , Philippe Bardou , Claire Hoede et al.
PLoS ONE, 2014, 9 (5), 7 p. ⟨10.1371/journal.pone.0096821⟩
Article dans une revue hal-02636622 v1
Image document

jvenn: an interactive Venn diagram viewer

Philippe Bardou , Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Christophe Djemiel , Christophe Klopp
BMC Bioinformatics, 2014, 15 (1), pp.293. ⟨10.1186/1471-2105-15-293⟩
Article dans une revue hal-02640484 v1
Image document

The Highly Prolific Phenotype of Lacaune Sheep Is Associated with an Ectopic Expression of the B4GALNT2 Gene within the Ovary.

Laurence Drouilhet , Camille Mansanet , Julien Sarry , Kamila Canale-Tabet , Philippe Bardou et al.
PLoS Genetics, 2013, 9 (9), pp.e1003809. ⟨10.1371/journal.pgen.1003809⟩
Article dans une revue hal-01129778 v1

The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses

Nevin D. Young , Frederic Debellé , Giles E. D. Oldroyd , Rene Geurts , Steven Cannon et al.
Nature, 2011, 480 (7378), pp.520-524. ⟨10.1038/nature10625⟩
Article dans une revue hal-02652790 v1
Image document

RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Benjamin Grenier-Boley et al.
RNA, 2011, 17 (11), pp.1947-56. ⟨10.1261/rna.2844911⟩
Article dans une revue hal-00639174 v1

Interoperability with Moby 1.0--it's better than sharing your toothbrush!

M.D. Wilkinson , M. Senger , E. Kawas , R. Bruskiewich , Jerome Gouzy et al.
Briefings in Bioinformatics, 2008, 9, pp.220-231
Article dans une revue hal-02654526 v1
Image document

EUGENE'HOM: a generic similarity-based gene finder using multiple homologous sequences

Sylvain Foissac , Philippe Bardou , Annick Moisan , Marie-Josée Cros , Thomas Schiex
Nucleic Acids Research, 2003, 31 (13), pp.3742-3745. ⟨10.1093/nar/gkg586⟩
Article dans une revue hal-02675508 v1
Image document

Quelques résultats du programme VarGoats : « 1000 génomes caprins »

L Denoyelle , M Amills , Philippe Bardou , Maxime Ben Braiek , Thomas Faraut et al.
Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France
Poster de conférence hal-03812438 v1

Using sequence data to refine QTL mapping in French dairy goats

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser-Klopp , Rachel Rupp , Christèle Robert-Granié
70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 25 (1ère Ed.), 717 p., 2019, Book of the Abstracts of the 70th Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)
Poster de conférence hal-02737623 v1
Image document

Interest of Genotyping-by-Sequencing technologies as an alternative to low density SNP chips for genomic selection in layer chicken

Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard Druet , Philippe Bardou , Camille Eché et al.
XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics
Poster de conférence hal-02460147 v1

Accuracy of whole-genome sequence genotype imputation in a layer line

Sophie Allais , Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard Druet , Philippe Bardou et al.
XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics
Poster de conférence hal-02500398 v1

Analysis of whole genome sequence data on a tropical admixed cattle breed, the Creole cattle of Guadeloupe

Gabrièle Adam , Diane Esquerré , Olivier Bouchez , Philippe Bardou , Christophe Klopp et al.
International Symposium on environmental and agronomical genomics, Nov 2018, Paris, France. , 2018
Poster de conférence hal-02786834 v1
Image document

Présentation et premiers résultats du programme 1000 génomes caprins : VarGoats

Philippe Bardou , Céline Bourdon , Laure Denoyelle , Thomas Faraut , Estelle Talouarn et al.
Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Oct 2018, Dienné, France
Poster de conférence hal-03817570 v1
Image document

Profiling the landscape of transcription, chromatin accessibility and chromosome conformation of cattle, pig, chicken and goat genomes [FAANG pilot project]

Sylvain Foissac , Sarah Djebali Quelen , Hervé Acloque , Philippe Bardou , Fany Blanc et al.
36th International Society for Animal Genetics Conference, Jul 2017, Dublin, Ireland. 2017, ISAG 2017 - Genomes to Phenomes - Abstract Book
Poster de conférence hal-01608449 v1
Image document

E-formations en bioinformatique

Sarah Maman Haddad , Frédérique F. Malipier , Catherine Herry , Philippe Bardou
Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Toulouse, France. , 1p, 2016
Poster de conférence hal-02800765 v1

RNAspace: an integrated environment for the prediction, annotation and analysis of non-coding RNA

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret et al.
12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. 2011
Poster de conférence hal-02810153 v1
Image document

rnaspace.org - a web application for noncoding RNA identification

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret et al.
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. 2010
Poster de conférence hal-02819250 v1
Image document

RNAspace: non-coding RNA annotation web platform

Philippe Bardou , Marie-Josée Cros , Christine Gaspin , Daniel Gautheret , Benjamin Grenier-Boley et al.
JOBIM 2009 : 10. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. 2009
Poster de conférence hal-02819249 v1
Image document

A recessive stop-gain mutation in CCDC65 is associated with lamb mortality in French Lacaune dairy sheep

Maxime Ben Braiek , Carole Moreno-Romieux , Charlotte Allain , Philippe Bardou , Arnaud Bordes et al.
International Sheep Genomics and the International Goat Genome Consortiums combined virtual meeting, Jun 2021, Online, France
Communication dans un congrès hal-03360133 v1
Image document

Using sequence variants to better characterize a QTL region and improve the accuracy of genomic evaluation in Saanen goats

Estelle Talouarn , Isabelle Palhière , Marc Teissier , Philippe Bardou , Hélène Larroque et al.
ISGC and IGGC Virtual Meeting, Jun 2021, Toulouse-Dunedin, France
Communication dans un congrès hal-03817609 v1
Image document

Y-chromosomal haplotypes in domestic and wild goats reveal ancient paternal bottlenecks and recent introgressions

J.A. Lenstra , Vargoats Consortium , I.J. Nijman , B.D. Rosen , Philippe Bardou et al.
ISGC and IGGC Virtual Meeting, Jun 2021, Toulouse-Dunedin, France. pp.886-889, ⟨10.3920/978-90-8686-940-4_208⟩
Communication dans un congrès hal-03817722 v1
Image document

Unsing sequence data to refine QTL mapping in French dairy goats

Christèle Robert-Granié , Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser-Klopp , Rachel Rupp
European federation of Animal Science EAAP, https://meetings.eaap.org/wp-content/uploads/2021/09/2019-ghent-book-of-abstracts.pdf, Aug 2019, Ghent, Belgium. pp.125
Communication dans un congrès hal-04809337 v1

Le projet mille génomes gallus : comment partager les données de séquences pour mieux les utiliser

Michèle Tixier-Boichard , Frédéric Lecerf , Philippe Bardou , Christophe Klopp
13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02737429 v1
Image document

RumimiR: a detailed microRNA database focused on ruminant species

Céline Bourdon , Philippe Bardou , Etienne Aujean , Sandrine Le Guillou , Fabienne Le Provost et al.
70. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), European Federation of Animal Science (EAAP). INT., Aug 2018, Gand, Belgium
Communication dans un congrès hal-02738039 v1

Analysis of whole genome sequence data on a tropical admixed cattle breed: the creole cattle of Guadeloupe.

Gabrièle Adam , Diane Esquerre , Olivier Bouchez , Philippe Bardou , Christophe Klopp et al.
Caribbean Science ans Innovation Meeting 2019, Oct 2019, Pointe-à-Pitre, Guadeloupe
Communication dans un congrès hal-02423161 v1

Imputation from CaprineSNP50 BeadChip to sequence : a case-study in French Alpine and Saanen data from the VarGoats project

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser , Rachel Rupp , Christèle Robert-Granié
PAG XXVII - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2019, San Diego, United States
Communication dans un congrès hal-02790419 v1

Recherche d'associations entre microARNs, variants génétiques et QTL laitiers chez les bovins caprins et ovins

Céline Bourdon , Mekki Boussaha , Rachel Rupp , Marie-Pierre Sanchez , Thierry Tribout et al.
24. Rencontres Recherches Ruminants (3R), Dec 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02734423 v1

VarGoats: first results of an international 1000-genome project

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou , Laure Denoyelle , Thomas Faraut , Francois Pompanon
International Symposium on Environmental and Agronomical Genomics, Nov 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02785613 v1

Construction d'une puce 50000 SNP pour l'espèce caprine

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou
Séminaire NGS, organisé par Illumina et la plate-forme Get-PlaGe, Jun 2016, Auzeville, France
Communication dans un congrès hal-02801438 v1
Image document

Classification non supervisée d'un graphe de co-expression avec des méta-données pour la détection de micro-ARNs

Florian Brunet , Jérôme J. Mariette , Christine Cierco-Ayrolles , Christine Gaspin , Philippe Bardou et al.
MARAMI (Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatiques) 2013, Oct 2013, Saint-Étienne, France. pp.SI-1
Communication dans un congrès hal-00877561 v1
Image document

Towards a high density SNP International Goat Chip

Gwenola Tosser-Klopp , Abdullah Johari Jiken , Philippe Bardou , Cédric Cabau , Patrice Dehais et al.
Plant and Animal Genome, Jan 2011, San Diégo, United States
Communication dans un congrès hal-01194170 v1

Development of genomic resources for <em>Medicago truncatula</em> and related legume crops

Frederic Debellé , Marion Verdenaud , Anne-Marie Dudez , Nicolas Samson , Olivier Saurat et al.
Model Legume Congress 2011, Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP). Castanet Tolosan, FRA., May 2011, Sainte Maxime, France
Communication dans un congrès hal-02746654 v1
Image document

Initiation à la plateforme de traitement bioinformatique Galaxy - Instance Sigenae / BioInfo Genotoul

Sarah Maman Haddad , Philippe Bardou , Sabrina Legoueix
Master. Formation Master 2 Bioinformatique (Initiation à la plateforme de traitement bioinformatique Galaxy - Instance Sigenae / BioInfo Genotoul - Cours et TP.), 2016
Cours hal-02801693 v1