Philippe Bardou

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Publications

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Inferring Domestic Goat Demographic History Through Ancient Genome Imputation

Jolijn Erven , Alice Etourneau , Marjan Mashkour , Mahesh Neupane , Phillipe Bardou et al.

Genome Biology and Evolution, 2025, 17 (11), ⟨10.1093/gbe/evaf181⟩

Article dans une revue hal-05393593v1
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Finding and removing introns from RNA-Seq de novo assemblies with IntronSeeker

Sarah Maman , Philippe Bardou , Emilien Lasguignes , Faustine Oudin , Floréal Cabanettes et al.

Journal of Open Source Software, 2024, 9 (103), pp.6272. ⟨10.21105/joss.06272⟩

Article dans une revue hal-04792598v1
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Whole genome sequencing reveals signals of adaptive admixture in Creole cattle

Slim Ben-Jemaa , Gabriele Adam , Mekki Boussaha , Philippe Bardou , Christophe Klopp et al.

Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.12155. ⟨10.1038/s41598-023-38774-7⟩

Article dans une revue hal-04186791v1
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Restriction site-associated DNA sequencing technologies as an alternative to low-density SNP chips for genomic selection: a simulation study in layer chickens

Florian Herry , Frédéric Herault , Frédéric Lecerf , Laetitia Lagoutte , Mathilde Doublet et al.

BMC Genomics, 2023, 24 (1), pp.271. ⟨10.1186/s12864-023-09321-5⟩

Article dans une revue hal-04131807v1
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A Nonsense Variant in CCDC65 Gene Causes Respiratory Failure Associated with Increased Lamb Mortality in French Lacaune Dairy Sheep

Maxime Ben Braiek , Carole Moreno-Romieux , Charlotte Allain , Philippe Bardou , Arnaud Bordes et al.

Genes, 2022, 13 (1), pp.45. ⟨10.3390/genes13010045⟩

Article dans une revue hal-03525204v1
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An open-source tool to assess the carbon footprint of research

Jérôme Mariette , Odile Blanchard , Olivier Berné , Olivier Aumont , Julian Carrey et al.

Environmental Research: Infrastructure and Sustainability, 2022, 2 (3), pp.035008. ⟨10.1088/2634-4505/ac84a4⟩

Article dans une revue hal-03796807v3
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Geographical contrasts of Y‐chromosomal haplogroups from wild and domestic goats reveal ancient migrations and recent introgressions

Isaäc J Nijman , Benjamin D Rosen , Philippe Bardou , Thomas Faraut , Tristan Cumer et al.

Molecular Ecology, 2022, 17 p. ⟨10.1111/mec.16579⟩

Article dans une revue hal-03722180v1
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FishmiRNA: An evolutionarily supported microRNA annotation and expression database for ray-finned fishes

Thomas Desvignes , Philippe Bardou , Jérôme Montfort , Jason Sydes , Cervin Guyomar et al.

Molecular Biology and Evolution, 2022, 39 (2), pp.msac004. ⟨10.1093/molbev/msac004⟩

Article dans une revue hal-03528022v1
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VarGoats project: a dataset of 1159 whole-genome sequences to dissect Capra hircus global diversity

Laure Denoyelle , Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Licia Colli , Adriana Alberti et al.

Genetics Selection Evolution, 2021, 53 (1), 14 p. ⟨10.1186/s12711-021-00659-6⟩

Article dans une revue hal-03480970v1
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RNA-Seq Data for Reliable SNP Detection and Genotype Calling

Frédéric Jehl , Fabien Degalez , Frédéric Lecerf , Maria Bernard , Laetitia Lagoutte et al.

Frontiers in Genetics, 2021, 12, pp.655707. ⟨10.3389/fgene.2021.655707⟩

Article dans une revue hal-03276149v1
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Analysis of Polycerate Mutants Reveals the Evolutionary Co-option of HOXD1 for Horn Patterning in Bovidae

Aurélie Allais-Bonnet , Aurélie Hintermann , Marie-Christine Deloche , Raphael Cornette , Philippe Bardou et al.

Molecular Biology and Evolution, 2021, ⟨10.1093/molbev/msab021⟩

Article dans une revue hal-03164832v1
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In silico identification of variations in microRNAs with a potential impact on dairy traits using whole ruminant genome SNP datasets

Céline Bourdon , Mekki Boussaha , Philippe Bardou , Marie-Pierre Sanchez , Sandrine Le Guillou et al.

Scientific Reports, 2021, 11, ⟨10.1038/s41598-021-98639-9⟩

Article dans une revue hal-03371440v1
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MINTIA: a metagenomic INserT integrated assembly and annotation tool

Philippe Bardou , Sandrine Laguerre , Sarah Maman Haddad , Sabrina Legoueix , Elisabeth Laville et al.

PeerJ, 2021, 9, 13 p. ⟨10.7717/peerj.11885⟩

Article dans une revue hal-03407218v1
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Using sequence variants of a QTL region improves the accuracy of genomic evaluation in French Saanen goats

Estelle Talouarn , Marc Teissier , Philippe Bardou , Hélène Larroque , Virginie Clément et al.

Journal of Dairy Science, 2021, 104 (1), pp.588-601. ⟨10.3168/jds.2020-18837⟩

Article dans une revue hal-03146844v1
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Genome wide association analysis on semen volume and milk yield using different strategies of imputation to whole genome sequence in French dairy goats

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Isabelle Palhiere , Claire Oget , Virginie Clément et al.

BMC Genetics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12863-020-0826-9⟩

Article dans une revue hal-02548369v1
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Le projet « Mille Génomes Gallus » : partager les données de séquences pour mieux les utiliser

Michèle Tixier-Boichard , Frédéric Lecerf , Frédéric Herault , Philippe Bardou , Christophe Klopp

INRAE Productions Animales, 2020, 33 (3), pp.189-202. ⟨10.20870/productions-animales.2020.33.3.4564⟩

Article dans une revue hal-03103324v1
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RumimiR: a detailed microRNA database focused on ruminant species

Céline Bourdon , Philippe Bardou , Etienne Aujean , Sandrine Le Guillou , Gwenola Tosser-Klopp et al.

Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2019, 2019, pp.1-10. ⟨10.1093/database/baz099⟩

Article dans une revue hal-02627384v1
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Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals

Sylvain Foissac , Sarah Djebali , Kylie Munyard , Nathalie Vialaneix , Andrea Rau et al.

BMC Biology, 2019, 17 (1), 25 p. ⟨10.1186/s12915-019-0726-5⟩

Article dans une revue hal-02437599v1
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Genome-Wide Identification of the Mutation Underlying Fleece Variation and Discriminating Ancestral Hairy Species from Modern Woolly Sheep

Julie Demars , Margarita Cano , Laurence Drouilhet , Florence Plisson-Petit , Philippe Bardou et al.

Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (7), pp.1722-1729. ⟨10.1093/molbev/msx114⟩

Article dans une revue hal-01608205v1
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A genome scan for milk production traits in dairy goats reveals two new mutations in Dgat1 reducing milk fat content

Pauline Martin , Isabelle Palhiere , Cyrielle Maroteau , Philippe Bardou , Kamila Canale-Tabet et al.

Scientific Reports, 2017, 7 (1), Non paginé. ⟨10.1038/s41598-017-02052-0;⟩

Article dans une revue hal-01605655v1
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Author correction : A genome scan for milk production traits in dairy goats reveals two new mutations in Dgat1 reducing milk fat content

Pauline Martin , Isabelle Palhiere , Cyrielle Maroteau , Philippe Bardou , Kamila Canale-Tabet et al.

Scientific Reports, 2017, 8, ⟨10.1038/s41598-018-22118-x⟩

Article dans une revue hal-02622800v1
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Characterization of an extensive rainbow trout miRNA transcriptome by next generation sequencing

Amélie Juanchich , Philippe Bardou , Olivier Rué , Jean-Charles Gabillard , Christine Gaspin et al.

BMC Genomics, 2016, 17:164 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s12864-016-2505-9⟩

Article dans une revue hal-01509042v1
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Jflow: a workflow management system for web applications

Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Philippe Bardou , Ibouniyamine Ibrahime , Céline Noirot et al.

Bioinformatics, 2016, 32 (3), pp.456-458. ⟨10.1093/bioinformatics/btv589⟩

Article dans une revue hal-02631131v1
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Correction : Design and Characterization of a 52K SNP Chip for Goats

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou , Olivier Bouchez , Cédric Cabau , Richard Crooijmans et al.

PLoS ONE, 2016, 11 (3), pp.Non Paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0152632⟩

Article dans une revue hal-01602260v1
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The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories

Damian Smedley , Syed Haider , Steffen Durinck , Luca Pandini , Paolo Provero et al.

Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩

Article dans une revue hal-01146849v1
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RNAbrowse: RNA-Seq de novo assembly results browser.

Jérôme J. Mariette , Céline Noirot , Ibouniyamine Nabihoudine , Philippe Bardou , Claire Hoede et al.

PLoS ONE, 2014, 9 (5), 7 p. ⟨10.1371/journal.pone.0096821⟩

Article dans une revue hal-02636622v1
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Design and characterization of a 52K SNP chip for goats

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou , Olivier Bouchez , Cédric Cabau , Richard Crooijmans et al.

PLoS ONE, 2014, 9, online (1), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0086227⟩

Article dans une revue hal-01019568v1
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jvenn: an interactive Venn diagram viewer

Philippe Bardou , Jérôme J. Mariette , Frédéric Escudié , Christophe Djemiel , Christophe Klopp

BMC Bioinformatics, 2014, 15 (1), pp.293. ⟨10.1186/1471-2105-15-293⟩

Article dans une revue hal-02640484v1
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The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates.

Camille Berthelot , Frédéric Brunet , Domitille Chalopin , Amélie Juanchich , Maria Bernard et al.

Nature Communications, 2014, 5, pp.1-10. ⟨10.1038/ncomms4657⟩

Article dans une revue hal-01193812v1
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The Highly Prolific Phenotype of Lacaune Sheep Is Associated with an Ectopic Expression of the B4GALNT2 Gene within the Ovary.

Laurence Drouilhet , Camille Mansanet , Julien Sarry , Kamila Canale-Tabet , Philippe Bardou et al.

PLoS Genetics, 2013, 9 (9), pp.e1003809. ⟨10.1371/journal.pgen.1003809⟩

Article dans une revue hal-01129778v1

The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses

Nevin D. Young , Frederic Debellé , Giles E. D. Oldroyd , Rene Geurts , Steven Cannon et al.

Nature, 2011, 480 (7378), pp.520-524. ⟨10.1038/nature10625⟩

Article dans une revue hal-02652790v1
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RNAspace.org: An integrated environment for the prediction, annotation, and analysis of ncRNA.

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Benjamin Grenier-Boley et al.

RNA, 2011, 17 (11), pp.1947-56. ⟨10.1261/rna.2844911⟩

Article dans une revue hal-00639174v1

Interoperability with Moby 1.0--it's better than sharing your toothbrush!

M.D. Wilkinson , M. Senger , E. Kawas , R. Bruskiewich , Jerome Gouzy et al.

Briefings in Bioinformatics, 2008, 9, pp.220-231

Article dans une revue hal-02654526v1
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EUGENE'HOM: a generic similarity-based gene finder using multiple homologous sequences

Sylvain Foissac , Philippe Bardou , Annick Moisan , Marie-Josée Cros , Thomas Schiex

Nucleic Acids Research, 2003, 31 (13), pp.3742-3745. ⟨10.1093/nar/gkg586⟩

Article dans une revue hal-02675508v1
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Quelques résultats du programme VarGoats : « 1000 génomes caprins »

L Denoyelle , M Amills , Philippe Bardou , Maxime Ben Braiek , Thomas Faraut et al.

Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-03812438v1
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Interest of Genotyping-by-Sequencing technologies as an alternative to low density SNP chips for genomic selection in layer chicken

Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard Druet , Philippe Bardou , Camille Eché et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02460147v1

Accuracy of whole-genome sequence genotype imputation in a layer line

Sophie Allais , Florian Herry , Frédéric Herault , David Picard Druet , Philippe Bardou et al.

XIth European symposium on poultry genetics (ESPG), Oct 2019, Prague, Czech Republic. Guarant International spol. s r.o., 2019, Proceedings of the XIth European symposium on Poultry Genetics

Poster de conférence hal-02500398v1

Using sequence data to refine QTL mapping in French dairy goats

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser-Klopp , Rachel Rupp , Christèle Robert-Granié

70. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2019, Ghent, Belgium. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 25 (1ère Ed.), 717 p., 2019, Book of the Abstracts of the 70th Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)

Poster de conférence hal-02737623v1

Analysis of whole genome sequence data on a tropical admixed cattle breed, the Creole cattle of Guadeloupe

Gabrièle Adam , Diane Esquerré , Olivier Bouchez , Philippe Bardou , Christophe Klopp et al.

International Symposium on environmental and agronomical genomics, Nov 2018, Paris, France. , 2018

Poster de conférence hal-02786834v1
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Présentation et premiers résultats du programme 1000 génomes caprins : VarGoats

Philippe Bardou , Céline Bourdon , Laure Denoyelle , Thomas Faraut , Estelle Talouarn et al.

Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Oct 2018, Dienné, France

Poster de conférence hal-03817570v1
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Profiling the landscape of transcription, chromatin accessibility and chromosome conformation of cattle, pig, chicken and goat genomes [FAANG pilot project]

Sylvain Foissac , Sarah Djebali Quelen , Hervé Acloque , Philippe Bardou , Fany Blanc et al.

36th International Society for Animal Genetics Conference, Jul 2017, Dublin, Ireland. 2017, ISAG 2017 - Genomes to Phenomes - Abstract Book

Poster de conférence hal-01608449v1
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E-formations en bioinformatique

Sarah Maman Haddad , Frédérique F. Malipier , Catherine Herry , Philippe Bardou

Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Toulouse, France. , 1p, 2016

Poster de conférence hal-02800765v1

RNAspace: an integrated environment for the prediction, annotation and analysis of non-coding RNA

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret et al.

12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. 2011

Poster de conférence hal-02810153v1
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rnaspace.org - a web application for noncoding RNA identification

Marie-Josée Cros , Antoine de Monte , Jérôme J. Mariette , Philippe Bardou , Daniel Gautheret et al.

JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. 2010

Poster de conférence hal-02819250v1
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RNAspace: non-coding RNA annotation web platform

Philippe Bardou , Marie-Josée Cros , Christine Gaspin , Daniel Gautheret , Benjamin Grenier-Boley et al.

JOBIM 2009 : 10. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. 2009

Poster de conférence hal-02819249v1
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A recessive stop-gain mutation in CCDC65 is associated with lamb mortality in French Lacaune dairy sheep

Maxime Ben Braiek , Carole Moreno-Romieux , Charlotte Allain , Philippe Bardou , Arnaud Bordes et al.

International Sheep Genomics and the International Goat Genome Consortiums combined virtual meeting, Jun 2021, Online, France

Communication dans un congrès hal-03360133v1
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Using sequence variants to better characterize a QTL region and improve the accuracy of genomic evaluation in Saanen goats

Estelle Talouarn , Isabelle Palhière , Marc Teissier , Philippe Bardou , Hélène Larroque et al.

ISGC and IGGC Virtual Meeting, Jun 2021, Toulouse-Dunedin, France

Communication dans un congrès hal-03817609v1
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Y-chromosomal haplotypes in domestic and wild goats reveal ancient paternal bottlenecks and recent introgressions

J.A. Lenstra , Vargoats Consortium , I.J. Nijman , B.D. Rosen , Philippe Bardou et al.

ISGC and IGGC Virtual Meeting, Jun 2021, Toulouse-Dunedin, France. pp.886-889, ⟨10.3920/978-90-8686-940-4_208⟩

Communication dans un congrès hal-03817722v1
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Unsing sequence data to refine QTL mapping in French dairy goats

Christèle Robert-Granié , Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser-Klopp , Rachel Rupp

European federation of Animal Science EAAP, https://meetings.eaap.org/wp-content/uploads/2021/09/2019-ghent-book-of-abstracts.pdf, Aug 2019, Ghent, Belgium. pp.125

Communication dans un congrès hal-04809337v1
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RumimiR: a detailed microRNA database focused on ruminant species

Céline Bourdon , Philippe Bardou , Etienne Aujean , Sandrine Le Guillou , Fabienne Le Provost et al.

70. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), European Federation of Animal Science (EAAP). INT., Aug 2018, Gand, Belgium

Communication dans un congrès hal-02738039v1

Analysis of whole genome sequence data on a tropical admixed cattle breed: the creole cattle of Guadeloupe.

Gabrièle Adam , Diane Esquerre , Olivier Bouchez , Philippe Bardou , Christophe Klopp et al.

Caribbean Science ans Innovation Meeting 2019, Oct 2019, Pointe-à-Pitre, Guadeloupe

Communication dans un congrès hal-02423161v1

Imputation from CaprineSNP50 BeadChip to sequence : a case-study in French Alpine and Saanen data from the VarGoats project

Estelle Talouarn , Philippe Bardou , Gwenola Tosser , Rachel Rupp , Christèle Robert-Granié

PAG XXVII - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2019, San Diego, United States

Communication dans un congrès hal-02790419v1

Le projet mille génomes gallus : comment partager les données de séquences pour mieux les utiliser

Michèle Tixier-Boichard , Frédéric Lecerf , Philippe Bardou , Christophe Klopp

13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France

Communication dans un congrès hal-02737429v1

VarGoats: first results of an international 1000-genome project

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou , Laure Denoyelle , Thomas Faraut , Francois Pompanon

International Symposium on Environmental and Agronomical Genomics, Nov 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02785613v1

Recherche d'associations entre microARNs, variants génétiques et QTL laitiers chez les bovins caprins et ovins

Céline Bourdon , Mekki Boussaha , Rachel Rupp , Marie-Pierre Sanchez , Thierry Tribout et al.

24. Rencontres Recherches Ruminants (3R), Dec 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02734423v1

Construction d'une puce 50000 SNP pour l'espèce caprine

Gwenola Tosser-Klopp , Philippe Bardou

Séminaire NGS, organisé par Illumina et la plate-forme Get-PlaGe, Jun 2016, Auzeville, France

Communication dans un congrès hal-02801438v1
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Classification non supervisée d'un graphe de co-expression avec des méta-données pour la détection de micro-ARNs

Florian Brunet , Jérôme J. Mariette , Christine Cierco-Ayrolles , Christine Gaspin , Philippe Bardou et al.

MARAMI (Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatiques) 2013, Oct 2013, Saint-Étienne, France. pp.SI-1

Communication dans un congrès hal-00877561v1
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Towards a high density SNP International Goat Chip

Gwenola Tosser-Klopp , Abdullah Johari Jiken , Philippe Bardou , Cédric Cabau , Patrice Dehais et al.

Plant and Animal Genome, Jan 2011, San Diégo, United States

Communication dans un congrès hal-01194170v1

Development of genomic resources for <em>Medicago truncatula</em> and related legume crops

Frederic Debellé , Marion Verdenaud , Anne-Marie Dudez , Nicolas Samson , Olivier Saurat et al.

Model Legume Congress 2011, Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP). Castanet Tolosan, FRA., May 2011, Sainte Maxime, France

Communication dans un congrès hal-02746654v1
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Initiation à la plateforme de traitement bioinformatique Galaxy - Instance Sigenae / BioInfo Genotoul

Sarah Maman Haddad , Philippe Bardou , Sabrina Legoueix

Master. Formation Master 2 Bioinformatique (Initiation à la plateforme de traitement bioinformatique Galaxy - Instance Sigenae / BioInfo Genotoul - Cours et TP.), 2016

Cours hal-02801693v1