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Romain David

Romain DAVID, PhD, Océanographie et écologie en background. Sciences de la vie et data sciences - Spécialiste en interopérabilité des Systèmes d'Information Environnementaux et valorisation des savoirs en sciences de la vie. Mes travaux concernent les systèmes d’observation et d'expérimentation à large échelle des (agro)écosystèmes terrestres et marins et les systèmes d'information et de la valorisation de la connaissance sur la biodiversité qui y sont couplés. Je m'intéresse particulièrement aux nouvelles méthodes de fouille de données et à la représentation des données sous forme de graphes (mono ou multi-layers, mono ou pluripartites, sémantiques ou non). Cette formalisation de la connaissance permet d'envisager l'usage de nouvelles méthodes d'analyse de données hétérogènes, de proposer des questionnements scientifiques émergeant des données (et non l'inverse, qui est l'approche scientifique classique), et de faire des propositions de scenarios dépendant de variables de contextes utilisables dans le domaine de l'aide à la décision. Je souhaite continuer à m’investir dans le développement de programmes de recherche pluri voire transdisciplinaires et des partenariats associant scientifiques et acteurs publics. Je m'implique dans les initiatives et démarches pour la science ouverte aux niveaux européen et international (FAIRness literacy, Data Management Plan, FAIRisation training).
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  • European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents (ERINHA-AISBL)
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Présentation

Ingénieur de Recherche - Data Manager de ERINHA AISBL (European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents)

  • Développement de la politique de gestion des données dans le cadre d'ERINHA
  • Mise en place et développement du catalogue de données d'ERINHA, et de son DMP
  • Conceptialisation d'un centre de ressource de données dans le cloud respectant les principes FAIR, et des étapes pour y faire parvenir les partenaires d'ERINHA
  • Mise en place de procédures garantissant la sécurité des données, ainsi que les restrictions d'accès nécessaires, leur stockage et archivage et les méthodologies de transfert des données sensibles,
  • Identification, déploiement et implémentation des outils web (VRE) et e-infrastructures pour le management des données dans le cadre du réseau d'ERINHA et des projets de recherche afférents.

Responsabilités particulières

Et anciennement:

précédemment Ingénieur de Recherche à l'INRAE (Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement) Laboratoire Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (UMR MISTEA)

  • Interopération des plates-formes (Phenotyping Hybrid Information System) et animation des échanges entre les acteurs de différentes disciplines (concernant l’adoption, le choix et la mise en oeuvre d’ontologies et de normes notamment)
  • Participation au développement des standards de domaine.
  • Co-chair du R.D.A. IG Group SHARC (SHAring for Rewarding and Credits Interest Group in Research Data Alliance)

précédemment PhD Océanographie - Fouille de données à l'Institut Ecologie et Environnement du CNRS

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale (IMBE UMR 7263)

Domaine d’activité

Mes travaux concernent les systèmes d’observation et d'expérimentation à large échelle des (agro)écosystèmes terrestres et marins et les systèmes d'information et de la valorisation de la connaissance sur la biodiversité qui y sont couplés. Je m'intéresse particulièrement aux nouvelles méthodes de fouille de données et à la représentation des données sous forme de graphes (mono ou multilayers, mono ou pluripartites, sémantiques ou non). Cette formalisation de la connaissance permet d'envisager l'usage de nouvelles méthodes d'analyse de données hétérogènes, de proposer des questionnements scientifiques émergeant des données (et non l'inverse, qui est l'approche scientifique classique), et de faire des propositions de scenarios dépendant de variables de contextes utilisables dans le domaine de l'aide à la décision. Je souhaite continuer à m’investir dans le développement de programmes de recherche pluri voire transdisciplinaires et des partenariats associant scientifiques et acteurs publics. Je m'implique dans les initiatives et démarches pour la science ouverte aux niveaux européen et international (FAIRness literacy, Data Management Plan, FAIRisation training).

Thèmes et intérêts

Informatique dans le domaine de la biodiversité et de l'agronomie, bases de données, représentations des connaissances, gestion de données scientifiques, Plan de gestion de données, fouille de données, développement de communautés autour de la donnée, visualisation de données, dissémination, science ouverte, big data

Ecologie côtière, Macro-écologie, Benthos, écologie Marine, suivi de la Biodiversité, suivi des impacts environnementaux, Océanographie biologique, Restauration écologique, Gestion des ressources en Milieu marin, systèmes d’aide à la décision

Programmes de recherches récents et en cours

En cours

  • OSCARS – Open Science Cluster Action for Research & Society est un projet de quatre ans financé à hauteur de 25 millions d'euros dans le cadre de l'appel HORIZON-INFRA-2023-EOSC-01-01 de la Commission européenne, sous l'accord de subvention n° 101129751. Il réunit des infrastructures de recherche européennes de premier plan, visant à encourager l'adoption de la science ouverte en Europe à travers diverses disciplines et communautés scientifiques. Les objectifs principaux incluent la consolidation des services de données FAIR interdisciplinaires et des pratiques de travail durables. Le projet lancera deux appels ouverts pour le développement de nouveaux projets innovants de science ouverte, totalisant environ 16 millions d'euros, afin de promouvoir la recherche intensive en données FAIR dans l'Espace européen de la recherche (ERA). Le premier appel a été lancé en mars 2024 et le second est prévu pour novembre 2024. (under CE grant agreement Nº101129751)
  • EVORA – European Viral Outbreak Research Alliance, est un projet de quatre ans financé par l'accord de subvention Horizon Europe n° 101131959. EVORA rassemble les infrastructures de recherche de premier plan comme ELIXIR, ERINHA, et EVA pour renforcer la préparation et la réponse aux pandémies en Europe. Les objectifs principaux incluent la consolidation des infrastructures durables de l'UE, l'élaboration de mécanismes de gouvernance communs, la mise en place de normes de qualité et l'amélioration de la capacité de l'UE à mener des recherches coordonnées sur les menaces infectieuses. EVORA vise à offrir des ressources intégrées et des services de recherche préclinique pour l'étude des pathogènes viraux. (under CE grant agreement Nº101131959)
  • ISIDORe – Integrated Services for Infectious Diseases Outbreak Research a pour objectif d’accroître la réactivité et la préparation de l'UE à toute menace épidémique en fournissant une très large gamme de services innovants et de haute qualité à toutes les communautés d'utilisateurs scientifiques ayant des projets dans le domaine des agents hautement pathogènes. Le consortium ISIDORe représente le plus grand instrument de recherche dédié à l'étude des pathogènes à haut risque jamais mis en place. Suite à l'appel à manifestation d'intérêt de l'incubateur de l'HERA sur les variantes du SARS‑CoV_2, le projet ISIDORe (Integrated Services for Infectious Disease Outbreak Research) dirigé par ERINHA a été sélectionné comme l'une des premières actions d'Horizon Europe. Le consortium ISIDORe comprend 154 participants de 32 pays du monde entier et contribuera aux efforts de recherche sur les variants du SRAS-CoV-2 et tout autre agent pathogène à tendance épidémique, en assemblant un portefeuille intégré et complémentaire d'état de l'art, de services de pointe au profit de la communauté scientifique. (under CE grant agreement Nº101046133)
  • By-COVID: Le monde a généré de grandes quantités de données en réponse à la pandémie de COVID-19, et en génère toujours plus. Ces données proviennent de nombreuses sources différentes, et les identifier, les connecter et les intégrer pour une analyse efficace reste un défi majeur. Le projet BeYond-COVID vise à rendre les données sur la COVID-19 accessibles aux scientifiques dans les laboratoires mais aussi à toute personne pouvant les utiliser, comme le personnel médical des hôpitaux ou les responsables gouvernementaux. Au-delà des données sur le SRAS-CoV-2, le projet fournira un cadre pour rendre les données d'autres maladies infectieuses ouvertes et accessibles à tous. (under CE grant agreement Nº101046203)
  • INTERCEPTOR – INTERnational Cooperation of high containment research infrastructures: from Epidemic Preparedness TO Response, est un projet de quatre ans financé à hauteur de 1,5 millions d'euros dans le cadre de l'appel Horizon Europe, sous l'accord de subvention n° 101095532. Il réunit 14 infrastructures de recherche de premier plan en Europe pour renforcer la préparation et la réponse aux épidémies. Les principaux objectifs du projet sont d'améliorer l'accès aux infrastructures de recherche à haut confinement, de renforcer les compétences des chercheurs et des gestionnaires de laboratoires, et de promouvoir le partage des connaissances, des compétences et des expériences. En offrant des programmes de formation communs et des échanges de personnel, INTERCEPTOR vise à pousser les frontières de la science et de l'innovation dans le domaine des maladies infectieuses émergentes (EID).
  • NAVIPP – New AntiVirals for Infections with Pandemic Potential, est un projet de quatre ans financé par l'accord de subvention Horizon Europe. NAVIPP vise à renforcer la capacité de l'UE à répondre aux menaces virales en assemblant une plateforme internationale de R&D pour le développement de médicaments antiviraux contre les pathogènes à potentiel pandémique. Les principaux objectifs incluent le développement de médicaments antiviraux à large spectre pour atténuer les effets précoces des épidémies et des pandémies. Le consortium comprend plusieurs partenaires de divers pays européens.
  • CCHFVACIM – Crimean Congo Haemorrhagic Fever Virus, est un projet de recherche financé par l'Union Européenne, visant à développer des contre-mesures prophylactiques et thérapeutiques efficaces contre le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (CCHFV). Ce projet de quatre ans se concentre sur l'optimisation d'un candidat vaccin à base d'ARNm, l'étude de la biologie structurelle des glycoprotéines virales, et le développement d'anticorps monoclonaux immunothérapeutiques.

Passés

  • QUAMPO (QUAlité des Milieux côtiers POrtuaire en haute-Corse) développe une méthode innovante de monitoring de la qualité des eaux basée sur des techniques d’écotoxicologie de mesure de biomarqueurs chez des invertébrés et à développer des outils pour les gestionnaires des ports.
  • EOSC Life - EOSC-Life brings together the 13 Biological and Medical ‘ESFRI’ research infrastructures (BMS RIs) to create an open, digital and collaborative space for biological and medical research. The project will publish ‘FAIR’ data and a catalogue of services provided by participating RIs for the management, storage and reuse of data in the European Open Science Cloud (EOSC). (under CE grant agreement Nº824087)
  • PARSEC - The PARSEC project is designed to provide a unique opportunity for data and synthesis scientists to collaborate and exchange in real-time toward the goal of improving research outcomes, data sharing, and data reuse. It will also help pioneer new scientific and data science technologies aimed at improving both the management and conservation of global biodiversity.
  • Foosin - project is working to facilitate the progressive implementation of FAIR principles by data managers and producers in agriculture and agri-food. Improved data management will facilitate interdisciplinarity and reproducibility of work while reducing data duplication. We are particularly interested in the application of FAIR principles to semantic resources (ontologies, thesauri…) which are themselves key elements for making data more FAIR (Principle I2).
  • TRAFIC - Areas of potential high-interaction between marine traffic and marine mammals in French West Indies: this project aims at improving the knowledge on the pressure of maritime activities on the marine environment in the Caribbean Sea. In particular, a master internship focuses on studying the spatiotemporal co-occurrence between marine traffic and cetaceans.
  • Erinha Advance - ERINHA Research Infrastructure was successfully set up and has now entered into its operational phase. ERINHA-Advance is a H2020-funded project which aims to continue supporting the successful operation of the ERINHA Research Infrastructure to ensure its long-term sustainability. (under CE grant agreement Nº824061)
  • D2KAB - Data to Knowledge in Agronomy and Biodiveristy project create a framework to turn agronomy and biodiversity data into knowledge –semantically described, interoperable, actionable, open– and investigate scientific methods and tools to exploit this knowledge for applications in science & agriculture
  • EPPN2020 - European Plant Phénotyping Network (Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement Nº731013)
  • IndexMEED - Indexing for Mining Ecological and Environmental Data : www.indexmed.eu (Financement 2016 - MI du CNRS)
  • GRAMINEES - GRAphe data Mining In Natural, Ecological and Environnemental Sciences (Financement GDR MaDICS)
  • EVACOR et EVACOR2 - EVAluation des services écosystémiques des habitats CORalligènes (1 et 2)
  • VIGI-GEEK - VIsualisation of Graph In transdisciplinary Global Ecology, Economy and Sociology data-Kernel (Défi Imag'in, Financement MI du CNRS)
  • CHARLIE - CHAnger de Regard En Liant dans Indexmed l’Environnement et les Etoiles (PEPS Blanc, Financement INEE - CNRS)
  • [CIGESMED ](http://www.cigesmed.eu "Coralligenous based Indicators to evaluate and monitor the "Good Environmental Status" of the MEDiterranean coastal waters")- Coralligenous based Indicators to evaluate and monitor the "Good Environmental Status" of the MEDiterranean coastal waters (ANR conventions n° 12-SEAS-0001-01, 02 and 03 for France; GSRT - 12SEAS-12-C2 for Greece; TUBITAK Project No: 112Y393 for Turkey)
  • DEVOTES - DEVelopment Of innovative Tools for understanding marine biodiversity and assessing good Environmental Status www.devotes-project.eu (European Union's Seventh Framework Programme for research, technological development and demonstration under grant agreement n°308392)
  • Proteker - Effects of global change on the marine benthos and habitats in Kerguelen Islands. Establishment of a base line for ecological and genetic monitoring, protection and conservation. www.proteker.net (Programme IPEV 1044)

Vous trouverez les slides des présentations orales - non acceptés dans hal sur researchgate : Romain David sur ResearchGate

Domaines de recherche

Technologies Émergeantes [cs.ET] Base de données [cs.DB] Bio-informatique [q-bio.QM] Ecosystèmes Environnement et Société Biodiversité et Ecologie

Compétences

Data Management Plan RGPD Semantic web Ecology coralligenous populations benthic populations inventories determination surveys population monitoring Botany ethnobotany cell and molecular biology Univariate and multivariate statistics graph-based data mining distributed computing Concepts of supervised or unsupervised learning deep learning Project management communication network animation Scientific Diving Web Development Accessibility standards webstack ontologies Databases Life Sciences

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