Romain David

Romain DAVID, PhD, Océanographie et écologie en background. Sciences de la vie et data sciences - Spécialiste en interopérabilité des Systèmes d'Information Environnementaux et valorisation des savoirs en sciences de la vie. Mes travaux concernent les systèmes d’observation et d'expérimentation à large échelle des (agro)écosystèmes terrestres et marins et les systèmes d'information et de la valorisation de la connaissance sur la biodiversité qui y sont couplés. Je m'intéresse particulièrement aux nouvelles méthodes de fouille de données et à la représentation des données sous forme de graphes (mono ou multi-layers, mono ou pluripartites, sémantiques ou non). Cette formalisation de la connaissance permet d'envisager l'usage de nouvelles méthodes d'analyse de données hétérogènes, de proposer des questionnements scientifiques émergeant des données (et non l'inverse, qui est l'approche scientifique classique), et de faire des propositions de scenarios dépendant de variables de contextes utilisables dans le domaine de l'aide à la décision. Je souhaite continuer à m’investir dans le développement de programmes de recherche pluri voire transdisciplinaires et des partenariats associant scientifiques et acteurs publics. Je m'implique dans les initiatives et démarches pour la science ouverte aux niveaux européen et international (FAIRness literacy, Data Management Plan, FAIRisation training).
95%
Libre accès
124
Documents
Affiliation actuelle
  • European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents (ERINHA-AISBL)
Contact

Présentation

Ingénieur de Recherche - Data Manager de ERINHA AISBL (European Research Infrastructure on Highly Pathogenic Agents)

  • Développement de la politique de gestion des données dans le cadre d'ERINHA
  • Mise en place et développement du catalogue de données d'ERINHA, et de son DMP
  • Conceptialisation d'un centre de ressource de données dans le cloud respectant les principes FAIR, et des étapes pour y faire parvenir les partenaires d'ERINHA
  • Mise en place de procédures garantissant la sécurité des données, ainsi que les restrictions d'accès nécessaires, leur stockage et archivage et les méthodologies de transfert des données sensibles,
  • Identification, déploiement et implémentation des outils web (VRE) et e-infrastructures pour le management des données dans le cadre du réseau d'ERINHA et des projets de recherche afférents.

Responsabilités particulières

Et anciennement:

précédemment Ingénieur de Recherche à l'INRAE (Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement) Laboratoire Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (UMR MISTEA)

  • Interopération des plates-formes (Phenotyping Hybrid Information System) et animation des échanges entre les acteurs de différentes disciplines (concernant l’adoption, le choix et la mise en oeuvre d’ontologies et de normes notamment)
  • Participation au développement des standards de domaine.
  • Co-chair du R.D.A. IG Group SHARC (SHAring for Rewarding and Credits Interest Group in Research Data Alliance)

précédemment PhD Océanographie - Fouille de données à l'Institut Ecologie et Environnement du CNRS

Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale (IMBE UMR 7263)

Domaine d’activité

Mes travaux concernent les systèmes d’observation et d'expérimentation à large échelle des (agro)écosystèmes terrestres et marins et les systèmes d'information et de la valorisation de la connaissance sur la biodiversité qui y sont couplés. Je m'intéresse particulièrement aux nouvelles méthodes de fouille de données et à la représentation des données sous forme de graphes (mono ou multilayers, mono ou pluripartites, sémantiques ou non). Cette formalisation de la connaissance permet d'envisager l'usage de nouvelles méthodes d'analyse de données hétérogènes, de proposer des questionnements scientifiques émergeant des données (et non l'inverse, qui est l'approche scientifique classique), et de faire des propositions de scenarios dépendant de variables de contextes utilisables dans le domaine de l'aide à la décision. Je souhaite continuer à m’investir dans le développement de programmes de recherche pluri voire transdisciplinaires et des partenariats associant scientifiques et acteurs publics. Je m'implique dans les initiatives et démarches pour la science ouverte aux niveaux européen et international (FAIRness literacy, Data Management Plan, FAIRisation training).

Thèmes et intérêts

Informatique dans le domaine de la biodiversité et de l'agronomie, bases de données, représentations des connaissances, gestion de données scientifiques, Plan de gestion de données, fouille de données, développement de communautés autour de la donnée, visualisation de données, dissémination, science ouverte, big data

Ecologie côtière, Macro-écologie, Benthos, écologie Marine, suivi de la Biodiversité, suivi des impacts environnementaux, Océanographie biologique, Restauration écologique, Gestion des ressources en Milieu marin, systèmes d’aide à la décision

Programmes de recherches récents et en cours

En cours

  • OSCARS – Open Science Cluster Action for Research & Society est un projet de quatre ans financé à hauteur de 25 millions d'euros dans le cadre de l'appel HORIZON-INFRA-2023-EOSC-01-01 de la Commission européenne, sous l'accord de subvention n° 101129751. Il réunit des infrastructures de recherche européennes de premier plan, visant à encourager l'adoption de la science ouverte en Europe à travers diverses disciplines et communautés scientifiques. Les objectifs principaux incluent la consolidation des services de données FAIR interdisciplinaires et des pratiques de travail durables. Le projet lancera deux appels ouverts pour le développement de nouveaux projets innovants de science ouverte, totalisant environ 16 millions d'euros, afin de promouvoir la recherche intensive en données FAIR dans l'Espace européen de la recherche (ERA). Le premier appel a été lancé en mars 2024 et le second est prévu pour novembre 2024. (under CE grant agreement Nº101129751)
  • EVORA – European Viral Outbreak Research Alliance, est un projet de quatre ans financé par l'accord de subvention Horizon Europe n° 101131959. EVORA rassemble les infrastructures de recherche de premier plan comme ELIXIR, ERINHA, et EVA pour renforcer la préparation et la réponse aux pandémies en Europe. Les objectifs principaux incluent la consolidation des infrastructures durables de l'UE, l'élaboration de mécanismes de gouvernance communs, la mise en place de normes de qualité et l'amélioration de la capacité de l'UE à mener des recherches coordonnées sur les menaces infectieuses. EVORA vise à offrir des ressources intégrées et des services de recherche préclinique pour l'étude des pathogènes viraux. (under CE grant agreement Nº101131959)
  • ISIDORe – Integrated Services for Infectious Diseases Outbreak Research a pour objectif d’accroître la réactivité et la préparation de l'UE à toute menace épidémique en fournissant une très large gamme de services innovants et de haute qualité à toutes les communautés d'utilisateurs scientifiques ayant des projets dans le domaine des agents hautement pathogènes. Le consortium ISIDORe représente le plus grand instrument de recherche dédié à l'étude des pathogènes à haut risque jamais mis en place. Suite à l'appel à manifestation d'intérêt de l'incubateur de l'HERA sur les variantes du SARS‑CoV_2, le projet ISIDORe (Integrated Services for Infectious Disease Outbreak Research) dirigé par ERINHA a été sélectionné comme l'une des premières actions d'Horizon Europe. Le consortium ISIDORe comprend 154 participants de 32 pays du monde entier et contribuera aux efforts de recherche sur les variants du SRAS-CoV-2 et tout autre agent pathogène à tendance épidémique, en assemblant un portefeuille intégré et complémentaire d'état de l'art, de services de pointe au profit de la communauté scientifique. (under CE grant agreement Nº101046133)
  • By-COVID: Le monde a généré de grandes quantités de données en réponse à la pandémie de COVID-19, et en génère toujours plus. Ces données proviennent de nombreuses sources différentes, et les identifier, les connecter et les intégrer pour une analyse efficace reste un défi majeur. Le projet BeYond-COVID vise à rendre les données sur la COVID-19 accessibles aux scientifiques dans les laboratoires mais aussi à toute personne pouvant les utiliser, comme le personnel médical des hôpitaux ou les responsables gouvernementaux. Au-delà des données sur le SRAS-CoV-2, le projet fournira un cadre pour rendre les données d'autres maladies infectieuses ouvertes et accessibles à tous. (under CE grant agreement Nº101046203)
  • INTERCEPTOR – INTERnational Cooperation of high containment research infrastructures: from Epidemic Preparedness TO Response, est un projet de quatre ans financé à hauteur de 1,5 millions d'euros dans le cadre de l'appel Horizon Europe, sous l'accord de subvention n° 101095532. Il réunit 14 infrastructures de recherche de premier plan en Europe pour renforcer la préparation et la réponse aux épidémies. Les principaux objectifs du projet sont d'améliorer l'accès aux infrastructures de recherche à haut confinement, de renforcer les compétences des chercheurs et des gestionnaires de laboratoires, et de promouvoir le partage des connaissances, des compétences et des expériences. En offrant des programmes de formation communs et des échanges de personnel, INTERCEPTOR vise à pousser les frontières de la science et de l'innovation dans le domaine des maladies infectieuses émergentes (EID).
  • NAVIPP – New AntiVirals for Infections with Pandemic Potential, est un projet de quatre ans financé par l'accord de subvention Horizon Europe. NAVIPP vise à renforcer la capacité de l'UE à répondre aux menaces virales en assemblant une plateforme internationale de R&D pour le développement de médicaments antiviraux contre les pathogènes à potentiel pandémique. Les principaux objectifs incluent le développement de médicaments antiviraux à large spectre pour atténuer les effets précoces des épidémies et des pandémies. Le consortium comprend plusieurs partenaires de divers pays européens.
  • CCHFVACIM – Crimean Congo Haemorrhagic Fever Virus, est un projet de recherche financé par l'Union Européenne, visant à développer des contre-mesures prophylactiques et thérapeutiques efficaces contre le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (CCHFV). Ce projet de quatre ans se concentre sur l'optimisation d'un candidat vaccin à base d'ARNm, l'étude de la biologie structurelle des glycoprotéines virales, et le développement d'anticorps monoclonaux immunothérapeutiques.

Passés

  • QUAMPO (QUAlité des Milieux côtiers POrtuaire en haute-Corse) développe une méthode innovante de monitoring de la qualité des eaux basée sur des techniques d’écotoxicologie de mesure de biomarqueurs chez des invertébrés et à développer des outils pour les gestionnaires des ports.
  • EOSC Life - EOSC-Life brings together the 13 Biological and Medical ‘ESFRI’ research infrastructures (BMS RIs) to create an open, digital and collaborative space for biological and medical research. The project will publish ‘FAIR’ data and a catalogue of services provided by participating RIs for the management, storage and reuse of data in the European Open Science Cloud (EOSC). (under CE grant agreement Nº824087)
  • PARSEC - The PARSEC project is designed to provide a unique opportunity for data and synthesis scientists to collaborate and exchange in real-time toward the goal of improving research outcomes, data sharing, and data reuse. It will also help pioneer new scientific and data science technologies aimed at improving both the management and conservation of global biodiversity.
  • Foosin - project is working to facilitate the progressive implementation of FAIR principles by data managers and producers in agriculture and agri-food. Improved data management will facilitate interdisciplinarity and reproducibility of work while reducing data duplication. We are particularly interested in the application of FAIR principles to semantic resources (ontologies, thesauri…) which are themselves key elements for making data more FAIR (Principle I2).
  • TRAFIC - Areas of potential high-interaction between marine traffic and marine mammals in French West Indies: this project aims at improving the knowledge on the pressure of maritime activities on the marine environment in the Caribbean Sea. In particular, a master internship focuses on studying the spatiotemporal co-occurrence between marine traffic and cetaceans.
  • Erinha Advance - ERINHA Research Infrastructure was successfully set up and has now entered into its operational phase. ERINHA-Advance is a H2020-funded project which aims to continue supporting the successful operation of the ERINHA Research Infrastructure to ensure its long-term sustainability. (under CE grant agreement Nº824061)
  • D2KAB - Data to Knowledge in Agronomy and Biodiveristy project create a framework to turn agronomy and biodiversity data into knowledge –semantically described, interoperable, actionable, open– and investigate scientific methods and tools to exploit this knowledge for applications in science & agriculture
  • EPPN2020 - European Plant Phénotyping Network (Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement Nº731013)
  • IndexMEED - Indexing for Mining Ecological and Environmental Data : www.indexmed.eu (Financement 2016 - MI du CNRS)
  • GRAMINEES - GRAphe data Mining In Natural, Ecological and Environnemental Sciences (Financement GDR MaDICS)
  • EVACOR et EVACOR2 - EVAluation des services écosystémiques des habitats CORalligènes (1 et 2)
  • VIGI-GEEK - VIsualisation of Graph In transdisciplinary Global Ecology, Economy and Sociology data-Kernel (Défi Imag'in, Financement MI du CNRS)
  • CHARLIE - CHAnger de Regard En Liant dans Indexmed l’Environnement et les Etoiles (PEPS Blanc, Financement INEE - CNRS)
  • [CIGESMED ](http://www.cigesmed.eu "Coralligenous based Indicators to evaluate and monitor the "Good Environmental Status" of the MEDiterranean coastal waters")- Coralligenous based Indicators to evaluate and monitor the "Good Environmental Status" of the MEDiterranean coastal waters (ANR conventions n° 12-SEAS-0001-01, 02 and 03 for France; GSRT - 12SEAS-12-C2 for Greece; TUBITAK Project No: 112Y393 for Turkey)
  • DEVOTES - DEVelopment Of innovative Tools for understanding marine biodiversity and assessing good Environmental Status www.devotes-project.eu (European Union's Seventh Framework Programme for research, technological development and demonstration under grant agreement n°308392)
  • Proteker - Effects of global change on the marine benthos and habitats in Kerguelen Islands. Establishment of a base line for ecological and genetic monitoring, protection and conservation. www.proteker.net (Programme IPEV 1044)

Vous trouverez les slides des présentations orales - non acceptés dans hal sur researchgate : Romain David sur ResearchGate

Domaines de recherche

Technologies Émergeantes [cs.ET] Base de données [cs.DB] Bio-informatique [q-bio.QM] Ecosystèmes Environnement et Société Biodiversité et Ecologie

Compétences

Data Management Plan RGPD Semantic web Ecology coralligenous populations benthic populations inventories determination surveys population monitoring Botany ethnobotany cell and molecular biology Univariate and multivariate statistics graph-based data mining distributed computing Concepts of supervised or unsupervised learning deep learning Project management communication network animation Scientific Diving Web Development Accessibility standards webstack ontologies Databases Life Sciences

Publications

40
38
37
29
28
26
25
24
22
21
20
20
19
16
15
12
11
11
11
10
9
9
8
8
8
8
7
7
7
7
7
6
6
6
6
6
6
6
6
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
27
6
6
6
4
3
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
14
9
8
7
7
6
6
6
6
5
5
5
5
5
5
5
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
12
7
4
4
4
3
3
3
2
2
1
1
1
1
1
41
26
16
13
6
6
3
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
5
3
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
2
22
16
15
13
13
5
9
13
8
5
1
1
63
48
10
9
3
1
1
1

Publications

Image document

An ecosystem for producing and sharing metadata within the web of FAIR Data

Daniel Jacob , François Ehrenmann , Romain David , Joseph Tran , Cathleen Mirande-Ney et al.
GigaScience, 2025, 14, pp.1-8. ⟨10.1093/gigascience/giae111⟩
Article dans une revue hal-04873759 v1
Image document

Managing linguistic obstacles in multidisciplinary, multinational, and multilingual research projects

Alison Specht , Shelley Stall , Jeaneth Machicao , Thibault Catry , Marc Chaumont et al.
Article dans une revue ird-04822119 v1
Image document

A review of biodiversity research in ports: Let's not overlook everyday nature!

Bénédicte Madon , Romain David , Antonio Torralba , Armelle Jung , Michel Marengo et al.
Ocean and Coastal Management, 2023, 242, pp.106623. ⟨10.1016/j.ocecoaman.2023.106623⟩
Article dans une revue hal-04125024 v1
Image document

Be sustainable: EOSC‐Life recommendations for implementation of FAIR principles in life science data handling

Romain David , Arina Rybina , Jean‐marie Burel , Jean‐karim Heriche , Pauline Audergon et al.
EMBO Journal, 2023, 42 (23), pp.e115008. ⟨10.15252/embj.2023115008⟩
Article dans une revue hal-04371171 v1
Image document

The Value of a Data and Digital Object Management Plan (D(DO)MP) in Fostering Sharing Practices in a Multidisciplinary Multinational Project

Alison Specht , Margaret O’brien , Rorie Edmunds , Pedro Corrêa , Romain David et al.
CODATA Data Science Journal, 2023, 22, ⟨10.5334/dsj-2023-038⟩
Article dans une revue hal-04371216 v1
Image document

Umbrella Data Management Plans to Integrate FAIR Data: Lessons From the ISIDORe and BY-COVID Consortia for Pandemic Preparedness

Romain David , Audrey Richard , Claire Connellan , Katharina Lauer , Maria Luisa Chiusano et al.
CODATA Data Science Journal, 2023, DATA MANAGEMENT PLANNING ACROSS DISCIPLINES AND INFRASTRUCTURES, 22, pp.35. ⟨10.5334/dsj-2023-035⟩
Article dans une revue hal-04210490 v1
Image document

A Deep-Learning Method for the Prediction of Socio-Economic Indicators from Street-View Imagery Using a Case Study from Brazil

Jeaneth Machicao , Alison Specht , Danton Vellenich , Leandro Meneguzzi , Romain David et al.
CODATA Data Science Journal, 2022, 21, ⟨10.5334/dsj-2022-006⟩
Article dans une revue hal-03663799 v1
Image document

An iterative and interdisciplinary categorisation process towards FAIRer digital resources for sensitive life-sciences data

Romain David , Christian Ohmann , Jan-Willem Boiten , Mónica Cano Abadía , Florence Bietrix et al.
Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.20989. ⟨10.1038/s41598-022-25278-z⟩
Article dans une revue hal-03885492 v1
Image document

Pilot Study on the Intercalibration of a Categorisation System for FAIRer Digital Objects Related to Sensitive Data in the Life Sciences

Christian Ohmann , Romain David , Mónica Cano Abadia , Florence Bietrix , Jan-Willem Boiten et al.
Journal of Data Intelligence, 2022, 4 (2), pp.196 - 211. ⟨10.1162/dint_a_00126⟩
Article dans une revue hal-03663699 v1
Image document

Mitigation Strategies to Improve Reproducibility of Poverty Estimations From Remote Sensing Images Using Deep Learning

Jeaneth Machicao , Imed Riadh Farah , Leonardo Meneguzzi , Corrêa Pedro Luiz Pizzigatti , Alison Specht et al.
Earth and Space Science, 2022, 9 (8), pp.e2022EA002379. ⟨10.1029/2022ea002379⟩
Article dans une revue hal-03761874 v1
Image document

Radical collaboration during a global health emergency: development of the RDA COVID-19 data sharing recommendations and guidelines

Brian Pickering , Timea Biro , Claire Austin , Alexander Bernier , Louise Bezuidenhout et al.
Open Research Europe, 2021, 1, pp.69. ⟨10.12688/openreseurope.13369.1⟩
Article dans une revue hal-03663823 v1
Image document

Kakila database: Towards a FAIR community approved database of cetacean presence in the waters of the Guadeloupe Archipelago, based on citizen science

Lorraine Coché , Elie Arnaud , Laurent Bouveret , Romain David , Eric Foulquier et al.
Biodiversity Data Journal, 2021, 9, ⟨10.3897/bdj.9.e69022⟩
Article dans une revue hal-03299950 v1
Image document

Coralligenous assemblages along their geographical distribution: Testing of concepts and implications for management

Melih Ertan Çinar , Jean-Pierre Féral , Christos Arvanitidis , Romain David , Ergün Taşkin et al.
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2020, 30, pp.1578 - 1594. ⟨10.1002/aqc.3365⟩
Article dans une revue hal-02892573 v1
Image document

Making experimental data tables in the life sciences more FAIR: a pragmatic approach

Daniel Jacob , Romain David , Sophie Aubin , Yves Gibon
GigaScience, 2020, 9 (12), pp.giaa144. ⟨10.1093/gigascience/giaa144⟩
Article dans une revue hal-02883355 v4
Image document

FAIRness Literacy: The Achilles’ Heel of Applying FAIR Principles

Romain David , Laurence Mabile , Alison Specht , Sarah Stryeck , Mogens Thomsen et al.
CODATA Data Science Journal, 2020, 19 (32), pp.1-11. ⟨10.5334/dsj-2020-032⟩
Article dans une revue hal-02483307 v2
Image document

39 Hints to Facilitate the Use of Semantics for Data on Agriculture and Nutrition

Caterina Caracciolo , Sophie Aubin , Clement Jonquet , Emna Amdouni , Romain David et al.
CODATA Data Science Journal, 2020, 19 (1), ⟨10.5334/dsj-2020-047⟩
Article dans une revue hal-03059376 v1
Image document

Pan‐regional marine benthic cryptobiome biodiversity patterns revealed by metabarcoding Autonomous Reef Monitoring Structures

J.K. Pearman , G. Chust , E. Aylagas , E. Villarino , J.R. Watson et al.
Molecular Ecology, 2020, 29, pp.4882-4897. ⟨10.1111/mec.15692⟩
Article dans une revue hal-02973058 v1
Image document

From seascape ecology to population genomics and back. Spatial and ecological differentiation among cryptic species of the red algae Lithophyllum stictiforme/L. cabiochiae, main bioconstructors of coralligenous habitats

Aurelien de Jode , Romain David , Anne Haguenauer , Abigail Cahill , Zinovia Erga et al.
Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 137, pp.104-113. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.005⟩
Article dans une revue hal-02125817 v1
Image document

Application of the ecosystem service concept at a small-scale: The cases of coralligenous habitats in the North-western Mediterranean Sea

Laure Thierry de Ville d'Avray , Dominique Ami , Anne Chenuil , Romain David , Jean-Pierre Féral
Marine Pollution Bulletin, 2019, 138, pp.160-170. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.10.057⟩
Article dans une revue hal-01933094 v1
Image document

Lessons from photo analyses of Autonomous Reef Monitoring Structures as tools to detect (bio-)geographical, spatial, and environmental effects

Romain David , Maria Uyarra , Susana Carvalho , Holger Anlauf , Angel Borja et al.
Marine Pollution Bulletin, 2019, 141, pp.420-429. ⟨10.1016/j.marpolbul.2019.02.066⟩
Article dans une revue hal-02061256 v1
Image document

A comparative analysis of metabarcoding and morphology-based identification of benthic communities across different regional seas

Abigail Cahill , John K Pearman , Angel Borja , Laura Carugati , Susana Carvalho et al.
Ecology and Evolution, 2018, 8 (17), pp.8908-8920. ⟨10.1002/ece3.4283⟩
Article dans une revue hal-01886882 v1
Image document

An integrated method to evaluate and monitor the conservation state of coralligenous habitats: The INDEX-COR approach

Stéphane Sartoretto , Thomas Schohn , Carlo Nike Bianchi , Carla Morri , Joaquim Garrabou et al.
Marine Pollution Bulletin, 2017, 120 (1-2), pp.222-231. ⟨10.1016/j.marpolbul.2017.05.020⟩
Article dans une revue hal-01541141 v1
Image document

A multispecies approach reveals hot spots and cold spots of diversity and connectivity in invertebrate species with contrasting dispersal modes

Abigail E. Cahill , Sophie Dubois , Zoheir Bouzaza , D. Aurelle , Emilie Boissin et al.
Molecular Ecology, 2017, 26 (23), pp.6563-6577. ⟨10.1111/mec.14389⟩
Article dans une revue hal-01681650 v1
Image document

Visualisation de données sous forme de graphes en archéologie. Rencontre opérationnelle des archéologues d’ArkeoGIS et des écologues d’IndexMed

Romain David , Loup Bernard , Cyrille Blanpain , Alrick Dias , Jean-Pierre Féral et al.
Archéologies numériques, 2017, 17-1 (1), ⟨10.21494/ISTE.OP.2017.0166⟩
Article dans une revue hal-01617580 v1
Image document

CIGESMED for divers: Establishing a citizen science initiative for the mapping and monitoring of coralligenous assemblages in the Mediterranean Sea

Vasilis Gerovasileiou , Thanos Dailianis , Emmanouela Panteri , Nikitas Michalakis , Giulia Gatti et al.
Biodiversity Data Journal, 2016, 54 (e8692), ⟨10.3897/BDJ.4.e8692⟩
Article dans une revue hal-01392025 v1
Image document

Implementing and Innovating Marine Monitoring Approaches for Assessing Marine Environmental Status.

Roberto Danovaro , Laura Carugati , Berzano Marco , Abigail E. Cahill , Susana de Carvalho Spinola et al.
Frontiers in Marine Science, 2016, 3, pp.213. ⟨10.3389/fmars.2016.00213⟩
Article dans une revue hal-01448726 v1
Image document

Converging on a Semantic Interoperability Framework for the European Data Space for Science, Research and Innovation (EOSC)

Romain David , Kurt Baumann , Yann Le Franc , Barbara Magagna , Lars Vogt et al.
2nd Workshop on Ontologies for FAIR and FAIR Ontologies (Onto4FAIR), 9th Joint Ontology Workshops (JOWO 2023),, Cassia Trojahn; Luiz Olavo Bonino da Silva Santos; Giancarlo Guizzardi; Clement Jonquet, Jul 2023, Sherbrooke, Québec, Canada. ⟨10.5281/zenodo.8042997⟩
Communication dans un congrès hal-04149754 v1

Insights into the practicalities of collaboration, data and code sharing across the globe

Alison Specht , Brian Minahan , Rachael Lammey , Martyn Rittman , Matt Buys et al.
Research Data Alliance 20th Plenary (RDA P20), RDA, Mar 2023, Gothenburg, Sweden. ⟨10.5281/zenodo.7770148⟩
Communication dans un congrès hal-04371759 v1

Baleines et dauphins : des belles espèces sentinelles à étudier dans le cadre d'un OHM littoral, mais d'un abord bien complexe

Jean-Luc Jung , Iwan Le Berre , Lorraine Coché , Bénédicte Madon , Eric Foulquier et al.
International Symposium of Labex DRIIHM 2021, Labex DRIIHM; CNRS InEE, Sep 2021, Toulouse, France. ⟨10.34972/driihm-dab5a4⟩
Communication dans un congrès hal-03353044 v1

Fairness and immunogenetics

Mogens Thomsen , Laurence Mabile , Romain David , Anne Cambon-Thomsen
34th European Immunogenetics and Histocompatibility and 31st British Society for Histocompatibility and Immunogenetics Conference, Apr 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.415-416
Communication dans un congrès hal-03128281 v1
Image document

Community ecology of coralligenous assemblages using a metabarcoding approach

Aurelien de Jode , Romain David , Jacky Dubar , J. Rostan , Dorian Guillemain et al.
3rd Mediterranean Symposium on the conservation of Coralligenous & other Calcareous Bio-Concretions, Specially Protected Areas Regional Activity Centre (SPA/RAC), Jan 2019, Antalya, Turkey. pp.41-45, ⟨10.5281/zenodo.12755700⟩
Communication dans un congrès hal-02048506 v1
Image document

Building a consistent Information System in the different nodes and defining standardisation strategies

Romain David , Jean-Eudes Hollebecq , Pascal Neveu
2. Annual Meeting EPPN2020, Wageningen University and Research Centre (WUR). NLD., May 2019, Wageningen, Netherlands. 32 p
Communication dans un congrès hal-02787524 v1

Developing crediting/rewarding mechanisms to foster resources (data and materials) sharing in Research: towards recommendations First draft of recommendations from the SHARC biodiversity research community

Romain David , Anna Cohen Nabeiro , Aurélie Delavaud , Alison Specht
RDA 11th Plenary meeting, Mar 2018, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-01861827 v1
Image document

Analysis on the Graph Techniques for Data-mining and Visualization of Heterogeneous Biodiversity Data Sets

Víctor Méndez Muñoz , Anna Cohen-Nabeiro , Romain David , Vicente José Ivars Camáñez , Alfons Nonell-Canals et al.
Complexis 2017, Apr 2017, Porto, Portugal. pp.144 - 151, ⟨10.5220/0006379701440151⟩
Communication dans un congrès hal-01541140 v1
Image document

A new submarine observatory of the Sub-Antarctic coastal benthos facing climate change in Kerguelen Islands

Jean-Pierre Féral , Jean-Pierre Beurier , Romain David , Chantal de Ridder , Philippe Dubois et al.
XIIth SCAR Biology Symposium, A. Van de Putte, Jul 2017, Leuven, Belgium. pp.457, ⟨10.5281/zenodo.3241855⟩
Communication dans un congrès hal-04651868 v1

Strike-Alert: Towards Real-time, High Resolution Navigational Software for Whale Avoidance

Bénédicte Madon , Romain David , Linwood Linwood H. Pendleton , René Garello , Ronan Fablet
SUSTECH 2017 : 5th annual IEEE Conference on Technologies for Sustainability, Nov 2017, Phoenix, United States. ⟨10.1109/SusTech.2017.8333534⟩
Communication dans un congrès hal-01623903 v1
Image document

Community composition of macroinvertebrates in the Mediterranean Sea

Abigail Cahill , Romain David , Jean-Pierre Féral , Anne Chenuil
41st CIESM Congress, CIESM, Sep 2016, Kiel (Allemagne), Germany. pp.470, ⟨10.5281/zenodo.12760940⟩
Communication dans un congrès hal-04651995 v1

A comparison among coralligenous-based indices for the assessment of the marine ecological quality

Giulia Gatti , Luigi Piazzi , Thomas Schohn , Romain David , Monica Montefalcone et al.
51st European Marine Biology Symposium (EMBS), EMBS, Sep 2016, Rhodes (Grèce), Greece. pp.23, ⟨10.5281/zenodo.12773785⟩
Communication dans un congrès hal-04653393 v1

CIGESMED project: evidence-based management for coralligenous habitats in the Mediterranean Sea

Jean-Pierre Féral , Melih Ertan Çinar , Stéphane Sartoretto , Anne Chenuil , Christos Arvanitidis et al.
51st European Marine Biology Symposium (EMBS), EMBS, Sep 2016, Rhodes (Grèce), Greece. ⟨10.5281/zenodo.12772391⟩
Communication dans un congrès hal-04652719 v1
Image document

Architecture, concepts et services d'un système d'indexation de données distribuées pour l'observation à large échelle en écologie marine

Romain David , Jean-Pierre Féral , Thierry Tatoni
32ème Conférence sur la Gestion de Données - Principes, Technologies et Applications, laboratoire d’Informatique et d’Automatique pour les Systèmes (LIAS), Nov 2016, POITIERS, France. ⟨10.5281/zenodo.12772074⟩
Communication dans un congrès hal-01426497 v1

Citizen science for CIGESMED: involving divers in marine biological monitoring

Giulia Gatti , Charalampos Dimitriadis , Vasilis Gerovasileiou , Thanos Dailianis , Emmanouella Panteri et al.
51st European Marine Biology Symposium (EMBS), EMBS, Sep 2016, Rhodes (Grèce), Greece. pp.39, ⟨10.5281/zenodo.12773961⟩
Communication dans un congrès hal-04653452 v1
Image document

IndexMed projects: new tools using the CIGESMED DataBase on Coralligenous for indexing, visualizing and data mining based on graphs

Romain David , Jean-Pierre Féral , Anne Archambeau , Nicolas Bailly , Cyrille Blanpain et al.
8th International Congress on Environmental Modelling and Software, Toulouse, France, Sabine Sauvage, José-Miguel Sánchez-Pérez, Andrea Rizzoli (Eds.), Jul 2016, Toulouse, France. pp.32, ⟨10.5281/zenodo.6047140⟩
Communication dans un congrès hal-01425559 v1

Project IndexMed: original solutions to manage the heterogeneity of marine ecology data in the Mediterranean Sea.

Romain David , Jean-Pierre Féral , Anne-Sophie Archambeau , Nicolas Bailly , Cyrille Blanpain et al.
51st European Marine Biology Symposium (EMBS), EMBS, Sep 2016, Rhodes (Grèce), Greece. pp.37, ⟨10.5281/zenodo.12773540⟩
Communication dans un congrès hal-04653349 v1
Image document

Preliminary assessment of macrobenthic assemblages of coralligenous habitats across the Mediterranean Sea

Melih Ertan Çinar , Jean-Pierre Féral , Christos Arvanitidis , Romain David , Taskin Ergun et al.
2nd Mediterranean Symposium on the conservation of Coralligenous & other Calcareous Bio-Concretions , RAC/ASP, Oct 2014, Portorož, Slovenia. pp.207-208
Communication dans un congrès hal-01790493 v1

A first prototype for indexing, visualizing and mining heterogeneous data in Mediterranean ecology

Romain David , Jean-Pierre Féral , Sophie Gachet , Alrick Dias , Cyrille Blanpain et al.
11th International Conference on Signal-Image Technology & Internet-Based Systems (SITIS), Kokou Yetongnon, Albert Dipanda, University Of Bourgogne, France and Richard Chbeir, University of Pau, France, Nov 2015, Bangkok, Thailand. pp. 232-239, ⟨10.1109/SITIS.2015.119⟩
Communication dans un congrès hal-01433600 v1
Image document

An ecosystem-based approach to assess the status of the Mediterranean coralligenous habitat.

S. Ruitton , Sebastien Personnic , Enric Ballesteros , Denise Bellan-Santini , Charles-François Boudouresque et al.
RAC/SPA 2nd Mediterranean Symp. on the Conservation of coralligenous and other calcareous bio-concretions, RAC/SPA, Oct 2014, Portorož Slovenia. pp.153-158
Communication dans un congrès hal-01790546 v1
Image document

CIGESMED. Protocols: how to implement a multidisciplinary approach on a large scale for coralligenous habitats surveys

Romain David , Christos Arvanitidis , Melih Ertan Çinar , Stéphane Sartoretto , Sophie Dubois et al.
RAC/SPA 2nd Mediterranean Symp. on the Conservation of coralligenous and other calcareous bio-concretions, RAC/SPA, Oct 2014, Portorož, Slovenia. pp.66-71, ⟨10.13140/2.1.1895.0086⟩
Communication dans un congrès hal-01620550 v1
Image document

CIGESMED habitat's characterization: a simple ans reusable typology at the Mediterranean scale

Romain David , Christos Arvanitidis , Melih Ertan Ҫinar , Stéphane Sartoretto , A Doğan et al.
RAC/ASP 2nd Mediterranean Symposium on the conservation of Coralligenous & other Calcareous Bio-Concretions, Oct 2014, Portorož, Slovenia. pp.211-212
Communication dans un congrès hal-01620541 v1
Image document

Defining keystone species in European regional seas: what are the candidates for the Mediterranean?

Nadia Papadopoulou , Katerina Sevastou , Christopher J. Smith , Heliana Teixeira , Chiara Piroddi et al.
11th Panhellenic Symposium on Oceanography and Fisheries, HCMR, May 2015, Mytilene, Lesbos Island, Greece. pp.553-556, ⟨10.5281/zenodo.12775587⟩
Communication dans un congrès hal-04653609 v1
Image document

AN INTEGRATED APPROACH TO EVALUATE AND MONITOR THE CONSERVATION STATE OF CORALLIGENOUS BOTTOMS: THE INDEX-COR METHOD

Stéphane Sartoretto , Romain David , Didier Aurelle , Anne Chenuil-Maurel , Dorian Guillemain et al.
Conference: 2nd Mediterranean Symposium on the conservation of Coralligenous & other Calcareous Bio-Concretions, Oct 2014, Portorož, Slovenia. ⟨10.13140/2.1.3180.6405⟩
Communication dans un congrès hal-01620618 v1
Image document

CIGESMED: Coralligenous based indicators to evaluate and monitor the "good environmental statut" of the Mediterranean coastal waters, a SeasEra project

Jean-Pierre Féral , Christos Arvanitidis , Anne Chenuil-Maurel , Melih Ertan Çinar , Romain David et al.
2nd Mediterranean Symposium on the conservation of Coralligenous & other Calcareous Bio-Concretions, Oct 2014, Portorož, Slovenia
Communication dans un congrès hal-01620607 v1
Image document

CIGESMED’s protocol and network (Coralligenous basEd. Indicators to evaluate and monitor the “Good Environmental Status” of Mediterranean coastal waters)

Romain David , Sophie Dubois , Zinovia Erga , Dorian Guillemain , Laure Thierry de Ville d'Avray et al.
5th International Symposium Monitoring of Mediterranean coastal areas: problems and measurement techniques, CNR-IBIMET Firenze, Jun 2014, Livorno, Italy. pp.828-843
Communication dans un congrès hal-01790542 v1
Image document

Challenges in Standardizing Terminologies for Data Management in Scientific Research

Romain David , Anne-Sophie Bage , Sophie Aubin , Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa , Françoise Genova et al.
RDA 23rd Plenary Meeting – (Hybrid) (RDA Plenary P23), Nov 2024, San Rosé, Costa Rica. , 2024, ⟨10.5281/zenodo.14056893⟩
Poster de conférence hal-04866916 v1
Image document

Reproducing Deep Learning experiments: common challenges and recommendations for improvement

Jeaneth Machicao , Ali Ben Abbes , Leandro Meneguzzi , Pedro Corrêa , Alison Specht et al.
RDA 19th Plenary Meeting, Part Of International Data Week, Jun 2022, Seoul, South Korea. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.6587694⟩
Poster de conférence hal-03719090 v1
Image document

Checklist Strategies to Improve the Reproducibility of Deep Learning Experiments with an Illustration

Ali Ben Abbess , Leonardo Meneguzzi , Pedro Pizzigatti Corrêa , David Mouillot , Romain David et al.
RDA 19th Plenary Meeting, Part Of International Data Week, Jun 2022, Seoul, South Korea. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.6587702⟩
Poster de conférence hal-03738323 v1
Image document

Multilingual Data Challenges in Professionalizing Data Stewardship worldwide

Romain David , Alison Specht , Margaret O'Brien , Lesley Wyborn , Christina Drummond et al.
RDA 19th Plenary meeting, part of International Data Week, Jun 2022, Seoul, South Korea. , 2022, ⟨10.5281/zenodo.6588167⟩
Poster de conférence hal-03719072 v1
Image document

FAIRness and Immunogenetics

Mogens Thomsen , Laurence Mabile , Romain David , Anne Cambon-Thomsen
EFI (European Forest Institute ) 2021 Annual Conference, Jun 2021, Amsterdam, Netherlands. , 2021
Poster de conférence hal-03740834 v1
Image document

RDA Sensitive Data IG: A shared understanding of Sensitive Data: an update on current progress and looking to future work

Romain David , Dharma Akmon , Nichola Burton , Sarah C. Davidson , Steven Mceachern et al.
RDA 18th Plenary, Nov 2021, Edimbourg, United Kingdom. ⟨10.5281/zenodo.5663084⟩
Poster de conférence hal-03663928 v1
Image document

Pilot study on the intercalibration of a categorisation system for FAIRer digital objects related to sensitive data in the life sciences

Romain David , Christian Ohmann, , Jan-Willem Boiten, , Steve Canham, , Maria Panagiotopoulou, et al.
RDA Plenary 18, Nov 2021, Edimbourg, United Kingdom. , 2021
Poster de conférence hal-03663991 v1
Image document

RDA Sensitive Data Interest Group: Goals and Roadmap

Romain David , Dharma Akmon , Nichola Burton , Steven Mceachern , Aleksandra Michalewicz et al.
RDA 17th Plenary Meeting - Edinburgh, Apr 2021, Edinburg, United Kingdom. , 2021, ⟨10.5281/zenodo.4690571⟩
Poster de conférence hal-03226010 v1
Image document

Data dictionary cookbook for research data and software interoperability at global scale

Romain David , Laurent Bouveret , Lorraine Coché , Pedro Pizzigatti Corrêa , Rorie Edmunds et al.
Research Data Alliance Plenary 17 (RDA P17), Apr 2021, Edinburg (virtual), United Kingdom. , Research Data Alliance Plenary 17 (RDA P17), Edinburg, remotely, 20-22 april 2021 (Session poster session), 2021, ⟨10.5281/zenodo.4683066⟩
Poster de conférence hal-03214743 v1
Image document

Challenges in data and software management and sharing at the global level: the case of the PARSEC project.

Romain David , Corrêa Pedro Luiz Pizzigatti , Rorie Edmunds , Danton Ferreira Vellenich , Ana Heredia et al.
RDA's 16th Plenary - remotely, Costa Rica, “Knowledge Ecology”, Nov 2020, San José, Costa Rica. , 2020, ⟨10.5281/zenodo.4276640⟩
Poster de conférence hal-03014752 v1
Image document

Integrating Data Stewardship into the Research Lifecycle: A PARSEC Approach

Shelley Stall , Romain David , Rorie Edmunds , Laurence Mabile , Jeaneth Machicao et al.
AGU Fall Meeting 2020 (#AGU2020),, Dec 2020, online everywhere, United Kingdom. , 2022
Poster de conférence hal-03740770 v1
Image document

Issues and obstacles to the sharing of sensitive data in Europe, who are the stakeholders and what are their responsibilities ?

Romain David , Audrey Richard , Laurence Mabile , Diana Stepanyan , Krista Versteeg et al.
RDA's 16th Plenary “Knowledge Ecology”, 09 - 12 November 2020, Nov 2020, remotely,, Costa Rica. , 37, 2020, ⟨10.5281/zenodo.4275835⟩
Poster de conférence hal-03007972 v1
Image document

Implementing FAIR in data sharing: who are the actors and what are their responsibilities ?

Romain David , Laurent Dollé , Alison Specht , Sarah Stryeck , Mohamed Salah Yahia et al.
RDA Plenary P15, Mar 2020, Melbourne, Australia. , 2020, ⟨10.5281/zenodo.3743946⟩
Poster de conférence hal-02562211 v1
Image document

Favouring the sharing of samples and data in research. Crediting and Rewarding

Mogens Thomsen , Romain David , Laurence Mabile , Anne Cambon-Thomsen , Sharc Interest Rda
33rd European Immunogenetics and Histocompatibility Conference, Portugal, 8-11 May 2019, May 2019, Lisbon, Portugal. , 93 (5), pp.256-401, 2019, Special Issue: Abstracts for the 33rd European Immunogenetics and Histocompatibility Conference, Portugal, 8-11 May 2019. ⟨10.1111/tan.13518⟩
Poster de conférence hal-02150822 v1
Image document

D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity

Sophie Aubin , Anne-Francoise Adam-Blondon , Michael Alaux , Mouhamadou Ba , Stéphan Bernard et al.
14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩
Poster de conférence lirmm-02351000 v1
Image document

Favouring the sharing of samples and data in research. Crediting and rewarding

Mogens Thomsen , Romain David , Laurence Mabile , Anne Cambon-Thomsen , - Rda Interest Group Sharc
33. European Immunogenetics and Histocompatibility Conference, May 2019, Lisbonne, Portugal. Wiley Online Library, HLA, 93, 5, 2019, ⟨10.5281/ZENODO.3080701⟩
Poster de conférence hal-02734549 v1
Image document

How to assess FAIRness to improve crediting and rewarding processes for data sharing? A step forward towards an extensive assessment grid

Romain David , Laurence Mabile , Mohamed Yahia , Anne Cambon-Thomsen , Anne-Sophie Archambeau et al.
RDA 13th (P13) Plenary Meeting, Apr 2019, Philadelphia, United States. , 2019, ⟨10.5281/ZENODO.2625721⟩
Poster de conférence hal-02094678 v1
Image document

Evaluation tool of FAIR criteria literacy and compliance to foster research data sharing

Romain David , Laurence Mabile , Mohamed Yahia , Mogens Thomsen , Anne Cambon-Thomsen
2. Open Science FAIR Conference: « Synergies for Sustainable, Open and Responsible Research », Sep 2019, Porto, Portugal. , 2019
Poster de conférence hal-02164148 v1
Image document

Research data alliance - RDA an organisation towards social and technical bridges to enable the open sharing and re-use of data with full credit to FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) data requirements.

Anne Cambon-Thomsen , Laurence Mabile , Mogens Thomsen , Romain David
JCAD 2019, Journées Calcul Données : Rencontres scientifiques et techniques du calcul et des données., Oct 2019, Toulouse, France. , Text mainly from RDA website. www.rd-alliance.org/about-rda, 2019, ⟨10.5281/zenodo.3479152⟩
Poster de conférence hal-02310949 v1
Image document

Identifying, naming and interoperating data in a Phenotyping platform network : the good, the bad and the ugly

Romain David , Jean-Eudes Hollebecq , Llorenç Cabrera Bosquet , Francois Tardieu , Pascal Neveu
2. Open Science FAIR Conference: « Synergies for Sustainable, Open and Responsible Research », Sep 2019, Porto, Portugal. , 2019
Poster de conférence hal-02164160 v1
Image document

How to operationalize and to evaluate the FAIRness in the crediting and rewarding processes in data sharing: a first step towards a simplified assessment grid

Romain David , Laurence Mabile , Mohamed Yahia , Anne Cambon-Thomsen , Anne-Sophie Archambeau et al.
JNSO 2018 - Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France. , 2018
Poster de conférence hal-01943521 v2
Image document

Operationalizing and evaluating the FAIRness concept for a good quality of data sharing in Research: the RDA-SHARC-IG (SHAring Rewards and Credit Interest Group)

Romain David , Laurence Mabile , Mohamed Yahia , Anne Cambon-Thomsen , Anne-Sophie Archambeau et al.
assemblée MaDICS 2018, Nov 2018, Strasbourg, France. , 2018, ⟨10.5281/zenodo.1745374⟩
Poster de conférence hal-01929834 v1
Image document

Results of IndexMed GRAIL Days 2016: How to use standards to build GRAphs and mIne data for environmentaL research? IndexMeed consortium for data mining in ecology

Romain David , Jean-Pierre Féral , Anne-Sophie Archambeau , Fanny Arnaud , David Auber et al.
RDA Ninth Plenary Meeting "Data Infrastructures for Open Science", Apr 2017, Barcelona, Spain. , 2017, ⟨10.13140/RG.2.2.32504.44806⟩
Poster de conférence hal-02295974 v1
Image document

Des réponses originales à l'hétérogénéité des données écologiques en Méditerranée dans le cadre du consortium IndexMed

Romain David , Jean-Pierre Féral , Anne-Sophie Archambeau , Loup Bernard , Cyrille Blanpain et al.
Colloque LITEAU, Observation et recherche en appui aux politiques du littoral et de la mer, Jan 2016, Brest, France. ⟨10.13140/RG.2.1.2925.9280⟩
Poster de conférence hal-04653485 v1
Image document

Mise à jour de l’inventaire des Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique Mer de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur, perspectives d’améliorations

Dorian Guillemain , Romain David , Jean-Pierre Féral , D Meyer
Colloque LITEAU, Observation et recherche en appui aux politiques du littoral et de la mer, Jan 2016, Brest, France. pp.46, 2016, ⟨10.13140/RG.2.1.3768.8401⟩
Poster de conférence hal-04653480 v1
Image document

Understanding ecological functionning of ecological habitats, and building New Indicators based on Genetic Tools to assess their GES (Good Environmental Status).

Aurélien de Jode , Sophie Dubois , Zinovia Erga , Dorian Guillemain , Romain David et al.
OT-MED, Feb 2015, Marseille, France. 2015
Poster de conférence hal-03663687 v1
Image document

The French Nature and Landscape Information System (SINP), a collaborative tool for biodiversity data, information and knowledge sharing

Agnès Pouliquen , Romain David , Alain Pibot
IFREMER. Vulnérabilité des écosystèmes côtiers au changement global et aux évènements extrêmes, Oct 2011, Biarritz, France. , 2011, ⟨10.13140/RG.2.1.4632.4242⟩
Poster de conférence hal-03731696 v1
Image document

Improving data identification and tagging for more effective decision making in agriculture

Pascal Neveu , Romain David , Clement Jonquet
Leisa Armstrong. Improving Data Management and Decision Support Systems in Agriculture, 85, Burleigh Dodds Science Publishing, 2020, Series in Agricultural Science, 978-1-78676-340-2
Chapitre d'ouvrage hal-02164149 v1
Image document

CIGESMED’s protocol and network (Coralligenous based Indicators to evaluate and monitor the “Good Environmental Status” of Mediterranean coastal waters)

Romain David , Sophie Dubois , Zinovia Erga , Dorian Guillemain , Laure Thierry de Ville d'Avray et al.
CNR-IBIMET Proceedings of Fifth International Symposium MONITORING OF MEDITERRANEAN COASTAL AREAS: PROBLEMS AND MEASUREMENT TECHNIQUES, , pp.828-843, 2014, 978-88-95597-19-5
Chapitre d'ouvrage hal-01620518 v1
Image document

Zones côtières et développement durable : une équation à résoudre

Jean-Pierre Feral , Romain David
A. Euzen, L. Eymard, F. Gaill. Le devéloppement durable à découvert, Le devéloppement durable à découvert (Chapter: 2-22), CNRS editions, pp.96-97, 2013, 978-2-271-07896-4
Chapitre d'ouvrage hal-01620564 v1
Image document

Prepare your team for Open Science - RESEARCH/PROJECT TEAM OPEN SCIENCE PRACTICES

Shelley Stall , Alison Specht , Margaret O'Brien , Jeaneth Machicao , Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa et al.
AGU; ERINHA. 2023, https://zenodo.org/record/8043545
Rapport hal-04179564 v1
Image document

Share your software -SOFTWARE DOCUMENTATION AND CITATION CHECKLIST

Shelley Stall , Alison Specht , Margaret O'Brien , Jeaneth Machicao , Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa et al.
AGU; ERINHA. 2023, https://doi.org/10.5281/zenodo.7841908
Rapport hal-04179562 v1
Image document

Equip your team for Open Science - RESOURCES AND GUIDANCE FOR TEAMS

Shelley Stall , Alison Specht , Margaret O'Brien , Jeaneth Machicao , Pedro-Luiz-Pizzigatti Corrêa et al.
AGU; ERINHA. 2023, https://doi.org/10.5281/zenodo.8043645
Rapport hal-04179565 v1
Image document

Increase the visibility of your work - DIGITAL PRESENCE CHECKLIST

Shelley Stall , Alison Specht , Margaret O'Brien , Jeaneth Machicao , Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa et al.
AGU; ERINHA. 2023, https://doi.org/10.5281/zenodo.7841734
Rapport hal-04179559 v1
Image document

DATA DOCUMENTATION AND CITATION CHECKLIST

Shelley Stall , Alison Specht , Margaret O'Brien , Jeaneth Machicao , Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa et al.
AGU; ERINHA. 2023, https://zenodo.org/record/7841823
Rapport hal-04179560 v1

PARSEC D(DO)MP. Project tracksheets: scholarly publications, non peer-reviewed digital outputs, dataset log, and software log.

Alison Specht , Shelley Stall , Margaret O'Brien , Pedro Luiz Pizzigatti Correa , Yasuhiro Murayama et al.
University of Queensland; AGU; ERINHA. 2023
Rapport hal-04185433 v1
Image document

Develop a Team Preservation Process - DIGITAL OBJECTS PRESERVATION CHECKLIST FOR TEAMS

Shelley Stall , Alison Specht , Margaret O'Brien , Jeaneth Machicao , Pedro-Luiz-Pizzigatti Corrêa et al.
AGU. 2023
Rapport hal-04177045 v1
Image document

PARSEC Data and Digital Output Management Plan and Workbook

Shelley Stall , Alison Specht , Romain David , Jeaneth Machicao , Rorie Edmunds et al.
BELMONT Forum; AGU; ERINHA. 2023, https://zenodo.org/record/8231464
Rapport (plan de gestion de données/data management plan) hal-04180992 v1
Image document

BY-COVID D2.2: Data Access and Transfer across research domains and jurisdictions

Jené Cortada Aina , Philipp Gormanns , Andrea Furlani , Iris van Dam , Laura Portell-Silva et al.
2.2, BBMRI-ERIC; EMBL-EBI; INFRAFRONTIER; Sciensano; BSC; ELIXIR-NL/VUmc; ERINHA; Lygature; CESSDA. 2023
Rapport (rapport contrat/projet) hal-04149733 v1
Image document

TOWARDS A DATA QUALITY FRAMEWORK FOR EOSC Authorship Community

Carlo Lacagnina , Romain David , Anastasija Nikiforova , Mari-Elisa Kuusniemi , Cinzia Cappiello et al.
EOSC Association. 2022
Rapport hal-04017152 v1
Image document

Community-driven Governance of FAIRness Assessment: An Open Issue, an Open Discussion Authorship Community

Mark D. Wilkinson , Susanna-Assunta Sansone , Eva Méndez , Romain David , Richard Dennis et al.
EOSC Association; EOSC. 2022, pp.10.5281/zenodo.7390482
Rapport hal-03888650 v1
Image document

RDA for Data Management Planning Community Cross-fertilisation Workshop Summary

Tomasz Miksa , Francis P. Crawley , Elisha Wood-Charlson , Paulette Lieby , Jonathan Petters et al.
Research Data Alliance. 2022
Rapport (rapport d’expertise collective) hal-03892700 v1
Image document

Repository Guidelines

Rorie Edmunds , Alison Specht , Shelley Stall , Romain David , Yasuhiro Murayama et al.
[Research Report] 1, PARSEC. 2022
Rapport (rapport de recherche) hal-03738319 v1
Image document

BY-COVID D3.2: Implementation of cloud-based, high performance, scalable indexing system.

Henning Hermjakob , Mari Kleemola , Katja Moilanen , Markus Tuominen , Susanna-Assunta Sansone et al.
3.2, ELIXIR-Hub; EMBL-EBI; CESSDA/TAU-FSD; ERINHA; UOXF; ECRIN; ELIXIR-NL/VUmc; ELIXIR-NL; Lygature. 2022
Rapport (rapport contrat/projet) hal-04149738 v1
Image document

D8.1 EOSC-Life Methodology framework to enhance reproducibility within EOSC-Life – revised version

Florence Bietrix , José-Maria Carazo , Salvador Capella-Gutierrez , Frederik Coppens , Maria-Luisa Chiusano et al.
EOSC-Life; INFRAFRONTIER; VIB; EMBRC; ERINHA; IRFMN; EMBL-HD; UNIMAN; Fraunhofer; BBMRI-ERIC; NKI; EMBL-EBI; CSR4; HU; CSIC; BSC. 2022
Rapport hal-04161693 v1
Image document

D4.1 EOSC-Life Requirements for hosting/ distributing and access control for sensitive data

Eva García-Álvarez , Christian Ohmann , Gary Saunders , Harald Wagener , Ilaria Colussi et al.
D4.1, ECRIN; BBMRI-ERIC; EATRIS; Charité; Lygature; ERINHA; EMBRC; INFRAFRONTIER; EuroBioImaging. 2022
Rapport hal-04161744 v1
Image document

BY-COVID - D3.1 - Metadata standards.

Henning Hermjakob , Mari Kleemola , Katja Moilanen , Markus Tuominen , Susanna-Assunta Sansone et al.
3.1, EMBL; CESSDA; ERINHA; CESSDA/TAU-FSD; ECRIN,; ELIXIR-NL/VUmc; ELIXIR-NL; Lygature; ELIXIR-UK/UNIMAN; UOXF. 2022, pp.3.1
Rapport hal-04149751 v1
Image document

EOSC-Life -D1.3 EOSC-Life EOSC FAIR services deployment for open calls

Helen Parkinson , Philip Gribbon , Ugis Sarkans , Gesa Witt , Andrea Zaliani et al.
D1.3, Fraunhofer-Institut für Offene Kommunikationssysteme (FOKUS Fraunhofer); EMBL; CSIC; VU; BBMRI; KNAW; UVEG; USMI; IMG; UNIMAN; LUMC; EATRIS; UNIMIB; EBI; ECRIN; EMBRC; EMPHASIS (FZJ); ERINHA; INFRAFRONTIER; INRAE; UNIVDUN; HMGU; CERBM; BSCRC; UOULU; CRRMMP. 2022
Rapport hal-04161824 v1
Image document

EOSC-Life D3.2 Report on the work of the initial demonstrators

Frauke Leitner , Maria Carazo Jose , Johanna Bischof , Natalie Haley , Pauline Audergon et al.
Instruct-ERIC; CSIC; BSC; CRG; EMBL-HD; INRAE; CNRS; CCMAR; EMBRC ERIC; ALUFR; UNIVDUN; UNITO; ERINHA; CNR; FZJ; UNIMAN; NIB; UNI Bielefeld; Fraunhofer; Diamond; IMG; EATRIS. 2021
Rapport hal-04161943 v1
Image document

EOSC-Life Report on data standards for observational and interventional studies, and interoperability between healthcare and research data

Steve Canham , Christian Ohmann , Jan-Willem Boiten , Maria Panagiotopoulou , Nigel Hughes et al.
EOSC-Life. 2021
Rapport hal-04017153 v1
Image document

PARSEC DDOMP Workbook Checklist

Shelley Stall , Alison Specht , Romain David , Rorie Edmunds , Laurence Mabile et al.
[Research Report] 1, AGU. 2021
Rapport (plan de gestion de données/data management plan) hal-03738316 v1
Image document

Manage your Digital Objects – Research Team Member Checklist

Shelley Stall , Alison Specht , Pedro Luiz Pizzigatti Correa , Romain David , Laurence Mabile et al.
[Research Report] PARSEC. 2021
Rapport (rapport de recherche) hal-03738318 v1
Image document

EOSC-Life D1.2 EOSC repository deployment for project demonstrators

Helen Parkinson , Philip Gribbon , Ugis Sarkans , Gesa Witt , Andrea Zaliani et al.
1.2, Fraunhofer-Institut für Offene Kommunikationssysteme (FOKUS Fraunhofer); EMBL; LUMC; EATRIS; INRAE; ECRIN; EMBRC; EMPHASIS (FZJ); ERINHA; INFRAFRONTIER; UNIMIB; UNIVDUN; VU; HMGU; CERBM; BSCRC; UOULU; CIRMMP; CSIC; KNAW; BBMRI; UVEG; USMI; IMG; CNRI; UNIMAN. 2021
Rapport hal-04162006 v1
Image document

EOSC-LIFE WP4 TOOLBOX: Toolbox for sharing of sensitive data - a concept description

Willem Boiten, Jan , Christian Ohmann, , Ayodeji Adeniran, , Steve Canham, , Monica Cano Abadia, et al.
[Research Report] EATRIS/Lygature; ECRIN; CRS4; Charité; BBMRI; INSERM; EMBRC; ERINHA; EATRIS/IRFMN; EU-OPENSCREEN; IME; ELIXIR. 2021
Rapport hal-03739125 v1
Image document

EOSC-Life D4.3 - Guidance and policy on standards and tools to facilitate sharing and reuse of multimodal data (including imaging), cohort integration, and biosamples

Jan-Willem Boiten , Christian Ohmann , Ayodeji Adeniran , Steve Canham , Monica Cano-Abadia et al.
4.3, ECRIN; BBMRI; IRFMN; EU-OPENSCREEN; ELIXIR; VHIR; Charité; UNITO; Lygature; INSERM; EMBRC; ERINHA; EATRIS. 2021
Rapport hal-04161974 v1

EOSC-Life WP4 Toolbox: Categorisation system for resources to be referenced in the toolbox for sharing of sensitive data

Christian Ohmann, , Steve Canham, , Jan-Willem Boiten, , Mónica Cano Abadía , Gautier Chassang, et al.
[Research Report] ECRIN. 2020
Rapport hal-03739126 v1
Image document

CIGESMED for divers - Citizen Science for CIGESMED

Giulia Gatti , Laure Thierry de Ville d'Avray , Romain David , Dimitriadis Charampalos , Vasilis Gerovasileiou et al.
[Technical Report] IMBE Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale. 2016
Rapport (rapport technique) hal-02156469 v1
Image document

CIGESMED : Coralligenous based Indicators to evaluate and monitor the "Good Environmental Status" of the Mediterranean coastal waters

Jean-Pierre Féral , Christos Arvanitidis , Anne Chenuil , Melih Ertan Çinar , Romain David et al.
[Research Report] ANR. 2016, 107 pp
Rapport (rapport de recherche) hal-01448881 v1