Samuel Alizon

Directeur de Recherche CNRS, responsable de l'équipe Écologie et évolution de la santé
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Affiliation actuelle
  • Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB)
Identifiants chercheurs

Présentation

Je suis Directeur de recherche au CNRS, affecté au Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB) au Collège de France à Paris.

Mes travaux portent sur l'écologie et l'évolution de la santé, notamment les virus humains causant des infections sexuellement transmissible ou encore le microbiote vaginal. Je développe en particulier des modèles mathématiques et des simulations numériques.

Je suis l'auteur d'un livre grand public intitulé Évolution, écologie et pandémies, publié en 2020 au Points Seuil.

Pour plus de détails, voir mon site internet personnel.

Publications

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Publications

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Resource landscape shapes the composition and stability of the human vaginal microbiota

Tsukushi Kamiya , Mircea T Sofonea , Michael France , Nicolas Tessandier , Ignacio G Bravo et al.

PLoS Biology, 2026, 24 (2), pp.e3003575. ⟨10.1371/journal.pbio.3003575⟩

Article dans une revue hal-05492290v1
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High-risk human papillomavirus cervical infection prevalence: a nationwide retrospective study comparing opportunistic and organised screening, France, 2020 to 2023

Olivier Supplisson , Nicolas Tessandier , Mathilde Roussel , Stéphanie Haim-Boukobza , Sonia Burrel et al.

Eurosurveillance, 2025, 30 (28), pp.2400689. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2025.30.28.2400689⟩

Article dans une revue hal-05191445v1
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Incidence and duration of human papillomavirus infections in young women: insights from a bimonthly follow-up cohort

Thomas Bénéteau , Soraya Groc , Carmen Lía Murall , Vanina Boué , Baptiste Elie et al.

Infectious diseases (London, England), 2025, 57 (4), pp.322-331. ⟨10.1080/23744235.2024.2427223⟩

Article dans une revue hal-04822236v1
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Mutant emergence timing and population immunisation status impact epidemiological dynamics

Bastien Reyné , Ramsès Djidjou-Demasse , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

Journal of Theoretical Biology, 2025, 608, pp.112140. ⟨10.1016/j.jtbi.2025.112140⟩

Article dans une revue hal-05069967v1
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Leaky or polarised immunity: Non-Markovian modelling highlights the impact of immune memory assumptions

Bastien Reyné , Tsukushi Kamiya , Ramsès Djidjou-Demasse , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

PLoS Computational Biology, 2025, 21 (8), pp.e1013399. ⟨10.1371/journal.pcbi.1013399⟩

Article dans une revue hal-05283311v1
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Viral and immune dynamics of genital human papillomavirus infections in young women with high temporal resolution

Nicolas Tessandier , Baptiste Elie , Vanina Boué , Christian Selinger , Massilva Rahmoun et al.

PLoS Biology, 2025, 23 (1), pp.e3002949. ⟨10.1371/journal.pbio.3002949⟩

Article dans une revue hal-04906921v1
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SARS-CoV-2 epidemiology, kinetics, and evolution: A narrative review

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

Virulence, 2025, 16 (1), pp.2480633. ⟨10.1080/21505594.2025.2480633⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-05025966v1
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Importance scientifique, sanitaire et sociale du microbiome vaginal

Samuel Alizon , Jeanne Tamarelle

Médecine/Sciences, 2025, 41 (10), pp.760 - 769. ⟨10.1051/medsci/2025139⟩

Article dans une revue hal-05373992v1
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Factors shaping vaginal microbiota long-term community dynamics in young adult women

Tsukushi Kamiya , Nicolas Tessandier , Baptiste Elie , Claire Bernat , Vanina Boué et al.

Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e30. ⟨10.24072/pcjournal.527⟩

Article dans une revue hal-04987761v1

Seroprevalence of human herpes viruses in France, 2018–2022: a multilevel regression and poststratification approach

Olivier Supplisson , Benoit Visseaux , Stéphanie Haim-Boukobza , David Boutolleau , Samuel Alizon et al.

Infectious diseases (London, England), 2024, 56 (11), pp.1-15. ⟨10.1080/23744235.2024.2365906⟩

Article dans une revue hal-04710015v1
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Real-time forecasting of COVID-19-related hospital strain in France using a non-Markovian mechanistic model

Alexander Massey , Corentin Boennec , Claudia Ximena Restrepo-Ortiz , Christophe Blanchet , Samuel Alizon et al.

PLoS Computational Biology, 2024, 20 (5), pp.e1012124. ⟨10.1371/journal.pcbi.1012124⟩

Article dans une revue hal-04710001v1
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COVFlow: phylodynamics analyses of viruses from selected SARS-CoV-2 genome sequences

Gonché Danesh , Corentin Boennec , Laura Verdurme , Mathilde Roussel , Sabine Trombert-Paolantoni et al.

Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e101. ⟨10.24072/pcjournal.333⟩

Article dans une revue hal-04246696v1
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Within-host evolutionary dynamics of antimicrobial quantitative resistance

Ramsès Djidjou-Demasse , Mircea T Sofonea , Marc Choisy , Samuel Alizon

Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023, 18, pp.24. ⟨10.1051/mmnp/2023019⟩

Article dans une revue hal-03194023v4
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Multiple infection theory rather than ‘socio‐virology’? A commentary on Leeks et al. 2023

Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2023, 36 (11), pp.1571-1576. ⟨10.1111/jeb.14245⟩

Article dans une revue hal-04293988v1
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Predicting the virulence of future emerging zoonotic viruses

Samuel Alizon

PLoS Biology, 2023, 21 (9), pp.e3002286. ⟨10.1371/journal.pbio.3002286⟩

Article dans une revue hal-04201651v1
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Does exposure to different menstrual products affect the vaginal environment?

Nicolas Tessandier , Ilkay Başak Uysal , Baptiste Elie , Christian Selinger , Sophie Grasset et al.

Molecular Ecology, 2023, EVOLUTIONARY ECOLOGY OF HUMAN‐ASSOCIATED MICROBES, 32 (10), pp.2592-2601. ⟨10.1111/mec.16678⟩

Article dans une revue hal-03847887v1
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Challenges for mathematical epidemiological modelling

Pascal Crepey , Harold Noël , Samuel Alizon

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (2), pp.101053. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101053⟩

Article dans une revue hal-03607991v1
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Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

Bastien Reyné , Quentin Richard , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse et al.

Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩

Article dans une revue hal-03629334v1
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Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022

Mircea Sofonea , Bénédicte Roquebert , Vincent Foulongne , David Morquin , Laura Verdurme et al.

Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩

Article dans une revue hal-03714983v1
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The source of individual heterogeneity shapes infectious disease outbreaks

Baptiste Elie , Christian Selinger , Samuel Alizon

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2022, 289 (1974), pp.20220232. ⟨10.1098/rspb.2022.0232⟩

Article dans une revue hal-03175555v2
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TiPS : Rapidly simulating trajectories and phylogenies from compartmental models

Gonché Danesh , Emma Saulnier , Olivier Gascuel , Marc Choisy , Samuel Alizon

Methods in Ecology and Evolution, 2022, 14 (2), pp.487-495. ⟨10.1111/2041-210X.14038⟩

Article dans une revue hal-03903561v1
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Concomitant and productive genital infections by HSV-2 and HPV in two young women: A case report

Ilkay Başak Uysal , Vanina Boué , Carmen Lia Murall , Christelle Graf , Christian Selinger et al.

IDCases, 2022, 30, pp.e01604. ⟨10.1016/j.idcr.2022.e01604⟩

Article dans une revue hal-03795483v1

Corrigendum to: Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni et al.

International Journal of Epidemiology, 2022, 51 (2), pp.689-689. ⟨10.1093/ije/dyab269⟩

Article dans une revue hal-04056156v1
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Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances…

Samuel Alizon

Natures Sciences Sociétés, 2022, 30 (1), pp.109-111. ⟨10.1051/nss/2022021⟩

Article dans une revue hal-03664004v1
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Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020

Samuel Alizon , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Haim-Boukobza , Jean-Marc Giannoli et al.

Eurosurveillance, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩

Article dans une revue hal-03175551v3
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Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

Baptiste Elie , Bénédicte Roquebert , Mircea T Sofonea , Sabine Trombert-Paolantoni , Vincent Foulongne et al.

Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩

Article dans une revue hal-03651890v1
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Within-host bacterial growth dynamics with both mutation and horizontal gene transfer

Ramsès Djidjou-Demasse , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

Journal of Mathematical Biology, 2021, ⟨10.1007/s00285-021-01571-9⟩

Article dans une revue hal-02500420v1
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Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses

A. Debernardi , W. Jarassier , C. Soret , C. Mougin , Samuel Alizon et al.

Archives of Virology, 2021, 166 (12), pp.3421-3425. ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩

Article dans une revue hal-03425708v1
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩

Article dans une revue hal-03289626v2
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo

Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩

Article dans une revue hal-03419147v1
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger et al.

Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩

Article dans une revue hal-03289624v1
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Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩

Article dans une revue hal-03366541v1
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Can we eradicate viral pathogens?

Samuel Alizon , Paul E Turner

Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩

Article dans une revue hal-03500287v1
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Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic

Quentin Richard , Samuel Alizon , Marc Choisy , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse

PLoS Computational Biology, 2021, ⟨10.1371/journal.pcbi.1008776⟩

Article dans une revue hal-02879512v3
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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

Olivier Thomine , Samuel Alizon , Corentin Boennec , Marc Barthelemy , Mircea T Sofonea

eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩

Article dans une revue hal-03415297v1
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Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics

Christian Selinger , Marc Choisy , Samuel Alizon

International Journal of Infectious Diseases, 2021, 111, pp.100 - 107. ⟨10.1016/j.ijid.2021.08.029⟩

Article dans une revue hal-03267059v2
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Treating symptomatic infections and the co-evolution of virulence and drug resistance

Samuel Alizon

Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e47. ⟨10.24072/pcjournal.38⟩

Article dans une revue hal-03001103v2
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Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021

Stéphanie Haim-Boukobza , Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.

Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩

Article dans une revue hal-03150819v3
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Reconstructing contact network structure and cross-immunity patterns from multiple infection histories

Christian Selinger , Samuel Alizon

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009375. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009375⟩

Article dans une revue hal-03357549v1
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Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni et al.

International Journal of Epidemiology, 2021, 50 (6), pp.1788-1794. ⟨10.1093/ije/dyab121⟩

Article dans une revue hal-03289625v1
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Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics

Thomas Bénéteau , Elie ` Baptiste , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e70. ⟨10.24072/pcjournal.63⟩

Article dans une revue hal-03120811v2
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Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021

Samuel Alizon , Stéphanie Haim-Boukobza , Vincent Foulongne , Laura Verdurme , Sabine Trombert-Paolantoni et al.

Eurosurveillance, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.28.2100573⟩

Article dans une revue hal-03289622v1
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SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France

Benedicte Roquebert , Stéphanie Haim-Boukobza , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.

International Journal of Infectious Diseases, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩

Article dans une revue hal-03366559v1
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The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021

Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Stéphanie Haim-Boukobza , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.

Eurosurveillance, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩

Article dans une revue hal-03289627v1
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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Antonin Bal et al.

Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩

Article dans une revue hal-03001114v2
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Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections

Thomas Beneteau , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩

Article dans une revue hal-03357550v1
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SARS‐CoV‐2 virulence evolution: Avirulence theory, immunity and trade‐offs

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1867 - 1877. ⟨10.1111/jeb.13896⟩

Article dans une revue hal-03289628v1
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Superspreading genomes

Samuel Alizon

Science, 2021, 371 (6529), pp.574-575. ⟨10.1126/science.abg0100⟩

Article dans une revue hal-03133445v1
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Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data

Gonché Danesh , Victor Virlogeux , Christophe Ramière , Caroline Charre , Laurent Cotte et al.

PLoS Pathogens, 2021, 17 (9), pp.e1009916. ⟨10.1371/journal.ppat.1009916⟩

Article dans une revue hal-03357552v1
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Cytokine response following perturbation of the cervicovaginal milieu during HPV genital infection

Christian Selinger , Massilva Rahmoun , Carmen Lia Murall , Claire Bernat , Vanina Boué et al.

Immunologic Research, 2021, 69 (3), pp.255-263. ⟨10.1007/s12026-021-09196-2⟩

Article dans une revue hal-03354891v1
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10 Questions and 4 experts on Corona

Akiko Iwasaki , Gérard Krause , Samuel Alizon , Rino Rappuoli

EMBO Molecular Medicine, 2020, 12 (5), ⟨10.15252/emmm.202012317⟩

Article dans une revue hal-04053451v1
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HPV cervical infections and serological status in vaccinated and unvaccinated women

Carmen Lia Murall , Bastien Reyné , Christian Selinger , Claire Bernat , Vanina Boué et al.

Vaccine, 2020, 38 (51), pp.8167-8174. ⟨10.1016/j.vaccine.2020.10.078⟩

Article dans une revue hal-03001077v2
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Analyses génomiques et phylodynamiques du SARS-Cov-2

Baptiste Elie , Samuel Alizon

Revue Francophone des Laboratoires, 2020, 2020 (526), pp.57-62. ⟨10.1016/S1773-035X(20)30314-2⟩

Article dans une revue hal-02893568v2
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Detecting within-host interactions from genotype combination prevalence data

Samuel Alizon , Carmen Lia Murall , Emma Saulnier , Mircea T Sofonea

Epidemics, 2019, 29, pp.100349. ⟨10.1016/j.epidem.2019.100349⟩

Article dans une revue hal-02387765v1
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Epithelial stratification shapes infection dynamics

Carmen Lia Murall , Robert Jackson , Ingeborg Zehbe , Nathalie Boulle , Michel Segondy et al.

PLoS Computational Biology, 2019, 15 (1), pp.e1006646. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006646⟩

Article dans une revue hal-02069914v1
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Modelling the evolution of viral oncogenesis

Carmen Lia Murall , Samuel Alizon

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, Silent cancer agents: multi-disciplinary modelling of human DNA oncoviruses, 374 (1773), pp.20180302. ⟨10.1098/rstb.2018.0302⟩

Article dans une revue hal-02124893v1
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COUSIN (COdon Usage Similarity INdex): A Normalized Measure of Codon Usage Preferences

Jérôme Bourret , Samuel Alizon , Ignacio Bravo

Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (12), pp.3523-3528. ⟨10.1093/gbe/evz262⟩

Article dans une revue hal-02957623v1
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Natural history, dynamics, and ecology of human papillomaviruses in genital infections of young women: protocol of the PAPCLEAR cohort study

Carmen Murall , Massilva Rahmoun , Christian Selinger , Monique Baldellou , Claire Bernat et al.

BMJ Open, 2019, 9 (6), pp.e025129. ⟨10.1136/bmjopen-2018-025129⟩

Article dans une revue hal-02157154v1
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Towards a multi-level and a multi-disciplinary approach to DNA oncovirus virulence

Samuel Alizon , Ignacio G Bravo , Paul Farrell , Sally Roberts

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1773), pp.20190041. ⟨10.1098/rstb.2019.0041⟩

Article dans une revue hal-02108649v3
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Coevolution of virulence and immunosuppression in multiple infections

Tsukushi Kamiya , Nicole Mideo , Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (7), pp.995 - 1005. ⟨10.1111/jeb.13280⟩

Article dans une revue hal-01898496v1
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Simulating the effect of public health interventions using dated virus sequences and geographical data

Samuel Alizon

Peer Community In Evolutionary Biology, 2018, pp.100046. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100046⟩

Article dans une revue (compte-rendu de lecture) hal-01705816v1
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Inexpensive Research in the Golden Open-Access Era

Samuel Alizon

Trends in Ecology & Evolution, 2018, 33 (5), pp.301 - 303. ⟨10.1016/j.tree.2018.02.005⟩

Article dans une revue hal-01788084v1
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Can Ebola Virus evolve to be less virulent in humans?

Mircea T Sofonea , L. Aldakak , Luis F. V. V. Boullosa , Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (3), pp.382 - 392. ⟨10.1111/jeb.13229⟩

Article dans une revue hal-01897077v1
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Reconciling Pasteur and Darwin to control infectious diseases

Samuel Alizon , Pierre-Olivier Méthot

PLoS Biology, 2018, 16 (1), pp.e2003815. ⟨10.1371/journal.pbio.2003815⟩

Article dans une revue hal-01737461v1
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Inferring epidemiological parameters from phylogenies using regression-ABC: a comparative study

Emma Saulnier , Olivier Gascuel , Samuel Alizon

PLoS Computational Biology, 2017, 13 (3), pp.e1005416. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005416⟩

Article dans une revue hal-01567904v1
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Predicting HIV virulence evolution in response to widespread treatment

Samuel Alizon , Roger Kouyos

Peer Community In Evolutionary Biology, 2017, ⟨10.24072/pci.evolbiol.100013⟩

Article dans une revue hal-01467624v1
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Exposing the diversity of multiple infection patterns

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis

Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩

Article dans une revue hal-01567902v1
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Phylodynamique des infections virales

Samuel Alizon , Emma Saulnier

Virologie, 2017, 21 (3), pp.119-129. ⟨10.1684/vir.2017.0696⟩

Article dans une revue hal-01638067v1
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Modelling the evolution of how vector-borne parasites manipulate the vector's host choice

Samuel Alizon

Peer Community In Evolutionary Biology, 2017, pp.100023. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100023⟩

Article dans une revue hal-01560018v1
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Why Human Papillomavirus Acute Infections Matter

Samuel Alizon , Carmen Murall , Ignacio G Bravo

Viruses, 2017, 9 (10), pp.293. ⟨10.3390/v9100293⟩

Article dans une revue hal-01638068v1
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A Visionary Pioneer of Parasite Ecology and Evolution

Samuel Alizon

The American Naturalist, 2016, 187 (6), pp.ii-iii. ⟨10.1086/686526⟩

Article dans une revue hal-01567905v1
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Within-host stochastic emergence dynamics of immune-escape mutants

Matthew Hartfield , Samuel Alizon

PLoS Computational Biology, 2015, 11 (3), pp.e1004149. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004149⟩

Article dans une revue hal-01567908v1
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Adaptive virulence evolution: the good old fitness-based approach

Samuel Alizon , Yannis Michalakis

Trends in Ecology & Evolution, 2015, 30 (5), pp.248-254. ⟨10.1016/j.tree.2015.02.009⟩

Article dans une revue hal-01567907v1

From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩

Article dans une revue hal-01571806v1

Clinical applications of pathogen phylogenies

Matthew Hartfield , Carmen Lia Murall , Samuel Alizon

Trends in Molecular Medicine, 2014, 20 (7), pp.394-404. ⟨10.1016/j.molmed.2014.04.002⟩

Article dans une revue hal-01567914v1
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What is a pathogen? Toward a process view of host-parasite interactions

Pierre-Olivier Methot , Samuel Alizon

Virulence, 2014, 5 (8), pp.775-85. ⟨10.4161/21505594.2014.960726⟩

Article dans une revue hal-01567912v1
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Parasite evolution in response to sex-based host heterogeneity in resistance and tolerance

Susan V Cousineau , Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2014, 27 (12), pp.2753-66. ⟨10.1111/jeb.12541⟩

Article dans une revue hal-01567915v1

Virulence and pathogenesis of HIV-1 infection: an evolutionary perspective

Christophe Fraser , Katrina Lythgoe , Gabriel E Leventhal , George Shirreff , T Deirdre Hollingsworth et al.

Science, 2014, 343 (6177), pp.1243727. ⟨10.1126/science.1243727⟩

Article dans une revue hal-01567910v1
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Evidence that hepatitis C virus genome partly controls infection outcome

Matthew Hartfield , Rowena Bull , Peter A White , Andrew Lloyd , Fabio Luciani et al.

Evolutionary Applications, 2014, 7 (5), pp.533-47. ⟨10.1111/eva.12151⟩

Article dans une revue hal-01567913v1
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Quantifying the epidemic spread of Ebola virus (EBOV) in Sierra Leone using phylodynamics

Samuel Alizon , Sébastien Lion , Carmen Lia Murall , Jessica Lee Abbate

Virulence, 2014, 5 (8), pp.825-827. ⟨10.4161/21505594.2014.976514⟩

Article dans une revue hal-01567909v1
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Epidemiological feedbacks affect evolutionary emergence of pathogens

Matthew Hartfield , Samuel Alizon

The American Naturalist, 2014, 183 (4), pp.E105-17. ⟨10.1086/674795⟩

Article dans une revue hal-01567911v1

Co-infection and super-infection models in evolutionary epidemiology

Samuel Alizon

Interface Focus, 2013, 3, pp.20130031. ⟨10.1098/rsfs.2013.0031⟩

Article dans une revue hal-01567919v1
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Within-host and between-host evolutionary rates across the HIV-1 genome

Samuel Alizon , Christophe Fraser

Retrovirology, 2013, 10, pp.49. ⟨10.1186/1742-4690-10-49⟩

Article dans une revue hal-01567922v1
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How effectively can HIV phylogenies be used to measure heritability?

George Shirreff , Samuel Alizon , Anne Cori , Huldrych F Guenthard , Oliver Laeyendecker et al.

Evolution, Medicine, and Public Health, 2013, 2013 (1), pp.209-24. ⟨10.1093/emph/eot019⟩

Article dans une revue hal-01567924v1

On the limits of interpreting some plastic responses through a cooperator/cheater prism. A comment on Harrison

Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2013, 26 (9), pp.2051-6. ⟨10.1111/jeb.12199⟩

Article dans une revue hal-01567920v1
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Epidemic spread on weighted networks

Christel Kamp , Mathieu Moslonka-Lefebvre , Samuel Alizon

PLoS Computational Biology, 2013, 9 (12), pp.e1003352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003352⟩

Article dans une revue hal-01567923v1

Parasite co-transmission and the evolutionary epidemiology of virulence

Samuel Alizon

Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2013, 67 (4), pp.921-933. ⟨10.1111/j.1558-5646.2012.01827.x⟩

Article dans une revue istex hal-01567917v1
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Multiple infections and the evolution of virulence

Samuel Alizon , Jacobus C De Roode , Yannis Michalakis

Ecology Letters, 2013, 16 (4), pp.556-567. ⟨10.1111/ele.12076⟩

Article dans une revue hal-01567918v1
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Introducing the outbreak threshold in epidemiology

Matthew Hartfield , Samuel Alizon

PLoS Pathogens, 2013, 6, pp.e1003277. ⟨10.1371/journal.ppat.1003277⟩

Article dans une revue hal-01567921v1
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Modelling the course of an HIV infection: Insights from ecology and evolution

Samuel Alizon , Carsten Magnus

Viruses, 2012, 4 (10), pp.1984-2013. ⟨10.3390/v4101984⟩

Article dans une revue hal-01567926v1
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Weighting for sex acts to understand the spread of STI on networks

Mathieu Moslonka-Lefebvre , Sebastian Bonhoeffer , Samuel Alizon

Journal of Theoretical Biology, 2012, 311 (octobre2012 et janvier 2013), pp.46-53. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.06.031⟩

Article dans une revue hal-01567925v1

Within-host parasite cooperation and the evolution of virulence

Samuel Alizon , Sébastien Lion

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2011, 278 (1725), pp.3738-3747. ⟨10.1098/rspb.2011.0471⟩

Article dans une revue hal-01567928v1

Inclusive fitness theory and eusociality

Patrick Abbot , Jun Abe , John Alcock , Samuel Alizon , Joao a C Alpedrinha et al.

Nature, 2011, 471 (7339), pp.E1-4. ⟨10.1038/nature09831⟩

Article dans une revue hal-01567932v1

Virulence evolution in response to anti-infection resistance: toxic food plants can select for virulent parasites of monarch butterflies

Jacobus C De Roode , C Lopez Fernandez De Castillejo , T Faits , Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2011, 24 (4), pp.712-22. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02213.x⟩

Article dans une revue hal-01567929v1

Bridging scales in the evolution of infectious disease life histories: theory

Troy Day , Samuel Alizon , Nicole Mideo

Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3448-61. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01394.x⟩

Article dans une revue hal-01567927v1

Epidemiological and clinical consequences of within-host evolution

Samuel Alizon , Fabio Luciani , Roland R. Regoes

Trends in Microbiology, 2011, 19 (1), pp.24-32. ⟨10.1016/j.tim.2010.09.005⟩

Article dans une revue istex hal-01567931v1

The transmission-virulence trade-off and superinfection: comments to smith

Samuel Alizon , Yannis Michalakis

Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3633-8. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01432.x⟩

Article dans une revue hal-01567930v1
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Phylogenetic approach reveals that virus genotype largely determines HIV set-point viral load

Samuel Alizon , Viktor Von Wyl , Tanja Stadler , Roger D. Kouyos , Sabine Yerly et al.

PLoS Pathogens, 2010, 6 (9), pp.e1001123. ⟨10.1371/journal.ppat.1001123⟩

Article dans une revue hal-01567934v1

Within-host viral evolution in a heterogeneous environment. Insights into the HIV co-receptor switch

Samuel Alizon , Barbara Boldin

Journal of Evolutionary Biology, 2010, 23, pp.2625-2635. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02139.x⟩

Article dans une revue hal-01567935v1

The virulence-transmission trade-off in vector-borne plant viruses: a review of (non-)existing studies

R Froissart , J Doumayrou , F Vuillaume , Samuel Alizon , Y Michalakis

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2010, 365 (1548), pp.1907-18. ⟨10.1098/rstb.2010.0068⟩

Article dans une revue hal-01567933v1

The evolutionary dynamics of a rapidly mutating virus within and between hosts: the case of hepatitis C virus

Fabio Luciani , Samuel Alizon

PLoS Computational Biology, 2009, 5 (11), pp.e1000565. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000565⟩

Article dans une revue hal-01567937v1

Virulence evolution and the trade-off hypothesis: history, current state of affairs and the future

Samuel Alizon , Amy Hurford , Nicole Mideo , Minus van Baalen

Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22, pp.245-259. ⟨10.1111/j.1420-9101.2008.01658.x⟩

Article dans une revue hal-01567938v1

The Price equation framework to study disease within-host evolution

Samuel Alizon

Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22, pp.1123-1132. ⟨10.1111/j.1420-9101.2009.01726.x⟩

Article dans une revue hal-01567936v1

Competition between cryptic species explains variations in rates of lineage evolution

Samuel Alizon , Michal Kucera , Vincent A. A. Jansen

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008, 105 (34), pp.12382-12386. ⟨10.1073/pnas.0805039105⟩

Article dans une revue hal-01567944v1

Multiple infections, immune dynamics and virulence evolution

Samuel Alizon , Minus van Baalen

The American Naturalist, 2008, 172 (4), pp.E150-E158. ⟨10.1086/590958⟩

Article dans une revue hal-01567942v1

Acute or Chronic? Within-host models with immune dynamics, infection outcome and parasite evolution

Samuel Alizon , Minus van Baalen

The American Naturalist, 2008, 172 (6), pp.E244-E256. ⟨10.1086/592404⟩

Article dans une revue hal-01567941v1

Linking within- and between-host dynamics in the evolutionary epidemiology of infectious diseases

Nicole Mideo , Samuel Alizon , Troy Day

Trends in Ecology & Evolution, 2008, 23 (9), pp.511-517. ⟨10.1016/j.tree.2008.05.009⟩

Article dans une revue istex hal-01567939v1

Transmission-recovery trade-offs to study parasite evolution

Samuel Alizon

The American Naturalist, 2008, 172 (3), pp.E113-E121. ⟨10.1086/589892⟩

Article dans une revue hal-01567943v1

Decreased overall virulence in co-infected hosts leads to the persistence of virulent parasites

Samuel Alizon

The American Naturalist, 2008, 172 (2), pp.E67-E79. ⟨10.1086/588077⟩

Article dans une revue hal-01567946v1
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Transmission-virulence trade-offs in vector-borne diseases

Samuel Alizon , Minus van Baalen

Theoretical Population Biology, 2008, 74, pp.6 - 15. ⟨10.1016/j.tpb.2008.04.003⟩

Article dans une revue hal-01396035v1

Empty sites can promote altruistic behaviour

Samuel Alizon , P Taylor

Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2008, 62 (6), pp.1335-1344. ⟨10.1111/j.1558-5646.2008.00369.x⟩

Article dans une revue hal-01567940v1

Why is HIV not vector-borne?

Troy Day , Nicole Mideo , Samuel Alizon

Evol App, 2008, 1, pp.17-27. ⟨10.1111/j.1752-4571.2007.00014.x⟩

Article dans une revue hal-01567945v1

Predation and disturbance interact to shape prey species diversity

Romain Gallet , Samuel Alizon , Pierre-Arnaud Comte , Arnaud Gutierrez , Frantz Depaulis et al.

The American Naturalist, 2007, 170, pp.143-154. ⟨10.1086/518567⟩

Article dans une revue hal-01567947v1

Emergence of a convex trade-off between transmission and virulence

Samuel Alizon , Minus van Baalen

The American Naturalist, 2005, 165 (6), pp.E155-E167. ⟨10.1086/430053⟩

Article dans une revue hal-01567948v1
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Épidémiologie et évolution du SARS-CoV-2

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

Les années COVID : comment y survivre, , pp.65-74, 2023, 978-2-493270-69-6

Chapitre d'ouvrage hal-04184205v1
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Phylodynamique

Samuel Alizon

ISTE. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, , 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch11⟩

Chapitre d'ouvrage hal-02884408v1

L’être vivant dans son environnement

Samuel Alizon , F. Angelier , Guillaume Bécard , Laurent Bezin , F Courchamp et al.

CNRS Editions. Etonnant vivant. Découvertes et promesses du XXIème siècle (Livre blanc)., 2017

Chapitre d'ouvrage hal-01923240v1
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Invasions of Host-Associated Microbiome Networks

C. L. Murall , J. L. Abbate , M. Puelma Touzel , E. Allen-Vercoe , Samuel Alizon et al.

Research, BT - Advances in Ecological. Networks of Invasion: Empirical Evidence and Case Studies, 57, Academic Press, 2017, Advances in Ecological Research, ⟨10.1016/bs.aecr.2016.11.002⟩

Chapitre d'ouvrage hal-01567903v1

Emerging diseases and the evolution of virulence: the case of the Spanish influenza pandemic

Pierre-Olivier Methot , Samuel Alizon

Marc Silberstein and Gérard Lambert and Philippe Huneman. Disease, Classification, and Evidence. New Essays in the Philosophy of Medicine, 7, Springer, pp.93-130, 2015, History, Philosophy and Theory of the Life Sciences, ⟨10.1007/978-94-017-8887-8_5⟩

Chapitre d'ouvrage hal-01567906v1

Evolution of Infectious Disease Virulence

Samuel Alizon

Jonathan Losos. Evolutionary biology, Oxford Bibliographies, 2014, ⟨10.1093/OBO/9780199941728-0018⟩

Chapitre d'ouvrage hal-01567916v1
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Estimating HPV16 genome copy number per infected cell in cervical smears

Baptiste Elie , Vanina Boué , Philippe Paget-Bailly , Marie-Paule Algros , Alice Baraquin et al.

2024

Pré-publication, Document de travail hal-04759550v1
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Resource landscape shapes the composition and stability of the human vaginal microbiota

Tsukushi Kamiya , Mircea T Sofonea , Michael France , Nicolas Tessandier , Ignacio G Bravo et al.

2025

Pré-publication, Document de travail hal-05354437v1
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Factors associated with human papillomavirus (HPV) virus load variations in genital infections in young women

Nicolas Tessandier , Vanina Boué , Tsukushi Kamyia , Olivier Supplisson , Carmen Lia Murall et al.

2024

Pré-publication, Document de travail hal-04759549v1
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HPV detection patterns in young women from the PAPCLEAR longitudinal study: implications for HPV screening policies

Thomas Beneteau , Soraya Groc , Carmen Lia Murall , Vanina Boué , Baptiste Elie et al.

2024

Pré-publication, Document de travail hal-04759547v1
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Viral and immune dynamics of HPV genital infections in young women

Nicolas Tessandier , Baptiste Elie , Vanina Boué , Christian Selinger , Massilva Rahmoun et al.

2024

Pré-publication, Document de travail hal-04759546v1

TiPS: rapidly simulating trajectories and phylogenies from compartmental models

Gonché Danesh , Emma Saulnier , Olivier Gascuel , Marc Choisy , Samuel Alizon

2022

Pré-publication, Document de travail hal-03872312v1
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Epidemiological monitoring and control perspectives: application of a parsimonious modelling framework to the COVID-19 dynamics in France

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger et al.

2020

Pré-publication, Document de travail hal-02619546v1
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Optimal COVID-19 epidemic control until vaccine deployment

R Djidjou-Demasse , Y. Michalakis , M Choisy , M. T. Sofonea , Samuel Alizon

2020

Pré-publication, Document de travail hal-02533223v1
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Rt2: computing and visualising COVID-19 epidemics temporal reproduction number

Bastien Reyné , Gonché Danesh , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

2020

Pré-publication, Document de travail hal-03045490v1
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Mobilisation de la FRB par les pouvoirs publics français sur les liens entre Covid-19 et biodiversité

Jean-François Silvain , Robin Goffaux , Hélène Soubelet , Francois Sarrazin , Luc Abbadie et al.

[0] FRB. 2021, 63 p

Rapport (rapport d’expertise collective) hal-04179836v1
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De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

[Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021

Rapport (rapport de recherche) hal-03502127v1
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SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins

Samuel Alizon , Frédéric Cazals , Stéphane Guindon , Claire Lemaitre , Tristan Mary-Huard et al.

[Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35

Rapport (rapport de recherche) hal-03170023v1
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Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

[Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02950665v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02950702v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

[Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02950676v1
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Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction

Samuel Alizon , Bastien Reyné , Mircea T Sofonea

[Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02882697v1
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Évolution de la virulence et COVID-19

Samuel Alizon , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea

[Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02950712v1
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Phylodynamique du COVID-19 en France

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Samuel Alizon

[Rapport de recherche] 4, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02882688v1
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Estimation du nombre de reproduction de l’épidémie de COVID-19 en France

Gonché Danesh , Samuel Alizon

[Rapport de recherche] 1, Centre national de la recherche scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02882680v1
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Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea , Yannis Michalakis

[Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02950651v1
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Phylodynamique du COVID-19 en France : variations temporelles de la croissance épidémique

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Samuel Alizon

[Rapport de recherche] 6, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02882698v1
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Modélisation de l’épidémie de COVID-19 : modèle SEAIR

Samuel Alizon , Bastien Reyné , Christian Selinger

[Rapport de recherche] 3, Centre national de la recherche scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02882687v1
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Stochasticité et épidémie de COVID-19

Thomas Bénéteau , Baptiste Elie , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea

[Rapport de recherche] 8, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport de recherche) hal-02950660v1
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Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon

[Rapport Technique] 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020

Rapport (rapport technique) hal-02882682v1
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Utilisation des phylogénies d'infections en épidémiologie

Samuel Alizon , Emma Saulnier

Anses. 2017, pp.42-43

Rapport anses-01533229v1
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Évolution de la virulence des parasites : apports des modèles emboîtés

Samuel Alizon

Evolution [q-bio.PE]. Université Pierre et Marie Curie (Paris VI), 2006. Français. ⟨NNT : ⟩

Thèse tel-01638064v1
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Dynamics and evolution of infectious diseases

Samuel Alizon

Populations and Evolution [q-bio.PE]. Université Montpellier 2, 2013

HDR tel-01638065v1