Samuel Alizon

Directeur de Recherche CNRS, responsable de l'équipe Écologie et évolution de la santé
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Affiliation actuelle
  • Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB)
Identifiants chercheurs

Présentation

Je suis Directeur de recherche au CNRS, affecté au Centre Interdisciplinaire de Recherches en Biologie (CIRB) au Collège de France à Paris.

Mes travaux portent sur l'écologie et l'évolution de la santé, notamment les virus humains causant des infections sexuellement transmissible ou encore le microbiote vaginal. Je développe en particulier des modèles mathématiques et des simulations numériques.

Je suis l'auteur d'un livre grand public intitulé Évolution, écologie et pandémies, publié en 2020 au Points Seuil.

Pour plus de détails, voir mon site internet personnel.

Publications

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Publications

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Factors shaping vaginal microbiota long-term community dynamics in young adult women

Tsukushi Kamiya , Nicolas Tessandier , Baptiste Elie , Claire Bernat , Vanina Boué et al.
Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e30. ⟨10.24072/pcjournal.527⟩
Article dans une revue hal-04987761 v1
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Incidence and duration of human papillomavirus infections in young women: insights from a bimonthly follow-up cohort

Thomas Bénéteau , Soraya Groc , Carmen Lía Murall , Vanina Boué , Baptiste Elie et al.
Infectious diseases (London, England), 2025, 57 (4), pp.322-331. ⟨10.1080/23744235.2024.2427223⟩
Article dans une revue hal-04822236 v1
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Viral and immune dynamics of genital human papillomavirus infections in young women with high temporal resolution

Nicolas Tessandier , Baptiste Elie , Vanina Boué , Christian Selinger , Massilva Rahmoun et al.
PLoS Biology, 2025, 23 (1), pp.e3002949. ⟨10.1371/journal.pbio.3002949⟩
Article dans une revue hal-04906921 v1
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SARS-CoV-2 epidemiology, kinetics, and evolution: A narrative review

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Virulence, 2025, 16 (1), pp.2480633. ⟨10.1080/21505594.2025.2480633⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-05025966 v1

Seroprevalence of human herpes viruses in France, 2018–2022: a multilevel regression and poststratification approach

Olivier Supplisson , Benoit Visseaux , Stéphanie Haim-Boukobza , David Boutolleau , Samuel Alizon et al.
Infectious diseases (London, England), 2024, 56 (11), pp.1-15. ⟨10.1080/23744235.2024.2365906⟩
Article dans une revue hal-04710015 v1
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Real-time forecasting of COVID-19-related hospital strain in France using a non-Markovian mechanistic model

Alexander Massey , Corentin Boennec , Claudia Ximena Restrepo-Ortiz , Christophe Blanchet , Samuel Alizon et al.
PLoS Computational Biology, 2024, 20 (5), pp.e1012124. ⟨10.1371/journal.pcbi.1012124⟩
Article dans une revue hal-04710001 v1
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Multiple infection theory rather than ‘socio‐virology’? A commentary on Leeks et al. 2023

Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2023, 36 (11), pp.1571-1576. ⟨10.1111/jeb.14245⟩
Article dans une revue hal-04293988 v1
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Predicting the virulence of future emerging zoonotic viruses

Samuel Alizon
PLoS Biology, 2023, 21 (9), pp.e3002286. ⟨10.1371/journal.pbio.3002286⟩
Article dans une revue hal-04201651 v1
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Does exposure to different menstrual products affect the vaginal environment?

Nicolas Tessandier , Ilkay Başak Uysal , Baptiste Elie , Christian Selinger , Sophie Grasset et al.
Molecular Ecology, 2023, EVOLUTIONARY ECOLOGY OF HUMAN‐ASSOCIATED MICROBES, 32 (10), pp.2592-2601. ⟨10.1111/mec.16678⟩
Article dans une revue hal-03847887 v1
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Within-host evolutionary dynamics of antimicrobial quantitative resistance

Ramsès Djidjou-Demasse , Mircea T Sofonea , Marc Choisy , Samuel Alizon
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2023, 18, pp.24. ⟨10.1051/mmnp/2023019⟩
Article dans une revue hal-03194023 v4
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COVFlow: phylodynamics analyses of viruses from selected SARS-CoV-2 genome sequences

Gonché Danesh , Corentin Boennec , Laura Verdurme , Mathilde Roussel , Sabine Trombert-Paolantoni et al.
Peer Community Journal, 2023, 3, pp.e101. ⟨10.24072/pcjournal.333⟩
Article dans une revue hal-04246696 v1
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Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

Baptiste Elie , Bénédicte Roquebert , Mircea T Sofonea , Sabine Trombert-Paolantoni , Vincent Foulongne et al.
Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩
Article dans une revue hal-03651890 v1
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Analyzing and Modeling the Spread of SARS-CoV-2 Omicron Lineages BA.1 and BA.2, France, September 2021–February 2022

Mircea Sofonea , Bénédicte Roquebert , Vincent Foulongne , David Morquin , Laura Verdurme et al.
Emerging Infectious Diseases, 2022, 28 (7), pp.1355-1365. ⟨10.3201/eid2807.220033⟩
Article dans une revue hal-03714983 v1
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Non-Markovian modelling highlights the importance of age structure on Covid-19 epidemiological dynamics

Bastien Reyné , Quentin Richard , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse et al.
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2022, 17, pp.7. ⟨10.1051/mmnp/2022008⟩
Article dans une revue hal-03629334 v1
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Challenges for mathematical epidemiological modelling

Pascal Crepey , Harold Noël , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2022, 41 (2), pp.101053. ⟨10.1016/j.accpm.2022.101053⟩
Article dans une revue hal-03607991 v1
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The source of individual heterogeneity shapes infectious disease outbreaks

Baptiste Elie , Christian Selinger , Samuel Alizon
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2022, 289 (1974), pp.20220232. ⟨10.1098/rspb.2022.0232⟩
Article dans une revue hal-03175555 v2
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TiPS : Rapidly simulating trajectories and phylogenies from compartmental models

Gonché Danesh , Emma Saulnier , Olivier Gascuel , Marc Choisy , Samuel Alizon
Methods in Ecology and Evolution, 2022, 14 (2), pp.487-495. ⟨10.1111/2041-210X.14038⟩
Article dans une revue hal-03903561 v1
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Concomitant and productive genital infections by HSV-2 and HPV in two young women: A case report

Ilkay Başak Uysal , Vanina Boué , Carmen Lia Murall , Christelle Graf , Christian Selinger et al.
IDCases, 2022, 30, pp.e01604. ⟨10.1016/j.idcr.2022.e01604⟩
Article dans une revue hal-03795483 v1
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Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR crossing threshold values, France, January to November 2020

Samuel Alizon , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Haim-Boukobza , Jean-Marc Giannoli et al.
Eurosurveillance, 2022, 27 (6), pp.2100406. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2100406⟩
Article dans une revue hal-03175551 v3
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Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances…

Samuel Alizon
Natures Sciences Sociétés, 2022, 30 (1), pp.109-111. ⟨10.1051/nss/2022021⟩
Article dans une revue hal-03664004 v1

Corrigendum to: Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni et al.
International Journal of Epidemiology, 2022, 51 (2), pp.689-689. ⟨10.1093/ije/dyab269⟩
Article dans une revue hal-04056156 v1
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Cytokine response following perturbation of the cervicovaginal milieu during HPV genital infection

Christian Selinger , Massilva Rahmoun , Carmen Lia Murall , Claire Bernat , Vanina Boué et al.
Immunologic Research, 2021, 69 (3), pp.255-263. ⟨10.1007/s12026-021-09196-2⟩
Article dans une revue hal-03354891 v1
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Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data

Gonché Danesh , Victor Virlogeux , Christophe Ramière , Caroline Charre , Laurent Cotte et al.
PLoS Pathogens, 2021, 17 (9), pp.e1009916. ⟨10.1371/journal.ppat.1009916⟩
Article dans une revue hal-03357552 v1
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Superspreading genomes

Samuel Alizon
Science, 2021, 371 (6529), pp.574-575. ⟨10.1126/science.abg0100⟩
Article dans une revue hal-03133445 v1
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Emerging dynamics from high-resolution spatial numerical epidemics

Olivier Thomine , Samuel Alizon , Corentin Boennec , Marc Barthelemy , Mircea T Sofonea
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.71417⟩
Article dans une revue hal-03415297 v1
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Age-structured non-pharmaceutical interventions for optimal control of COVID-19 epidemic

Quentin Richard , Samuel Alizon , Marc Choisy , Mircea T Sofonea , Ramsès Djidjou-Demasse
PLoS Computational Biology, 2021, ⟨10.1371/journal.pcbi.1008776⟩
Article dans une revue hal-02879512 v3
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Repurposing the Hybrid Capture 2 (HC2) screening test for whole-genome sequencing of human papillomaviruses

A. Debernardi , W. Jarassier , C. Soret , C. Mougin , Samuel Alizon et al.
Archives of Virology, 2021, 166 (12), pp.3421-3425. ⟨10.1007/s00705-021-05259-9⟩
Article dans une revue hal-03425708 v1
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Two waves and a high tide: the COVID-19 epidemic in France

Mircea T Sofonea , Corentin Boennec , Yannis Michalakis , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, 40 (3), pp.100881. ⟨10.1016/j.accpm.2021.100881⟩
Article dans une revue hal-03289626 v2
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Within-host bacterial growth dynamics with both mutation and horizontal gene transfer

Ramsès Djidjou-Demasse , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Mathematical Biology, 2021, ⟨10.1007/s00285-021-01571-9⟩
Article dans une revue hal-02500420 v1
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Treating symptomatic infections and the co-evolution of virulence and drug resistance

Samuel Alizon
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e47. ⟨10.24072/pcjournal.38⟩
Article dans une revue hal-03001103 v2
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Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26–February 16, 2021

Stéphanie Haim-Boukobza , Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.
Emerging Infectious Diseases, 2021, 27 (5), pp.1496-1499. ⟨10.3201/eid2705.210397⟩
Article dans une revue hal-03150819 v3
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Predicting COVID-19 incidence in French hospitals using human contact network analytics

Christian Selinger , Marc Choisy , Samuel Alizon
International Journal of Infectious Diseases, 2021, 111, pp.100 - 107. ⟨10.1016/j.ijid.2021.08.029⟩
Article dans une revue hal-03267059 v2
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Memory is key in capturing COVID-19 epidemiological dynamics

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger et al.
Epidemics, 2021, 35, pp.100459. ⟨10.1016/j.epidem.2021.100459⟩
Article dans une revue hal-03289624 v1
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Anticipating COVID-19 intensive care unit capacity strain: A look back at epidemiological projections in France

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Anaesthesia Critical Care & Pain Medicine, 2021, ⟨10.1016/j.accpm.2021.100943⟩
Article dans une revue hal-03366541 v1
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Can we eradicate viral pathogens?

Samuel Alizon , Paul E Turner
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1851-1854. ⟨10.1111/jeb.13958⟩
Article dans une revue hal-03500287 v1
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SARS-CoV-2 viral RNA levels are not 'viral load

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Ignacio G. Bravo
Trends in Microbiology, 2021, 29 (11), pp.970-972. ⟨10.1016/j.tim.2021.08.008⟩
Article dans une revue hal-03419147 v1
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Rapid spread of the SARS-CoV-2 Delta variant in some French regions, June 2021

Samuel Alizon , Stéphanie Haim-Boukobza , Vincent Foulongne , Laura Verdurme , Sabine Trombert-Paolantoni et al.
Eurosurveillance, 2021, 26 (28), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2021.26.28.2100573⟩
Article dans une revue hal-03289622 v1
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Estimating dates of origin and end of COVID-19 epidemics

Thomas Bénéteau , Elie ` Baptiste , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e70. ⟨10.24072/pcjournal.63⟩
Article dans une revue hal-03120811 v2
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Analysing different exposures identifies that wearing masks and establishing COVID-19 areas reduce secondary-attack risk in aged-care facilities

Bastien Reyné , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Stéphanie Miot , Amandine Pisoni et al.
International Journal of Epidemiology, 2021, 50 (6), pp.1788-1794. ⟨10.1093/ije/dyab121⟩
Article dans une revue hal-03289625 v1
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The SARS-CoV-2 B.1.351 lineage (VOC β) is outgrowing the B.1.1.7 lineage (VOC α) in some French regions in April 2021

Bénédicte Roquebert , Sabine Trombert-Paolantoni , Stéphanie Haim-Boukobza , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.
Eurosurveillance, 2021, 26 (23), ⟨10.2807/1560-7917.es.2021.26.23.2100447⟩
Article dans une revue hal-03289627 v1
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SARS-CoV-2 variants of concern are associated with lower RT-PCR amplification cycles between January and March 2021 in France

Benedicte Roquebert , Stéphanie Haim-Boukobza , Sabine Trombert-Paolantoni , Emmanuel Lecorche , Laura Verdurme et al.
International Journal of Infectious Diseases, 2021, ⟨10.1016/j.ijid.2021.09.076⟩
Article dans une revue hal-03366559 v1
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Reconstructing contact network structure and cross-immunity patterns from multiple infection histories

Christian Selinger , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009375. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009375⟩
Article dans une revue hal-03357549 v1
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Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Antonin Bal et al.
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e45. ⟨10.24072/pcjournal.40⟩
Article dans une revue hal-03001114 v2
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Episome partitioning and symmetric cell divisions: Quantifying the role of random events in the persistence of HPV infections

Thomas Beneteau , Christian Selinger , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), pp.e1009352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009352⟩
Article dans une revue hal-03357550 v1
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SARS‐CoV‐2 virulence evolution: Avirulence theory, immunity and trade‐offs

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (12), pp.1867 - 1877. ⟨10.1111/jeb.13896⟩
Article dans une revue hal-03289628 v1
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10 Questions and 4 experts on Corona

Akiko Iwasaki , Gérard Krause , Samuel Alizon , Rino Rappuoli
EMBO Molecular Medicine, 2020, 12 (5), ⟨10.15252/emmm.202012317⟩
Article dans une revue hal-04053451 v1
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HPV cervical infections and serological status in vaccinated and unvaccinated women

Carmen Lia Murall , Bastien Reyné , Christian Selinger , Claire Bernat , Vanina Boué et al.
Vaccine, 2020, 38 (51), pp.8167-8174. ⟨10.1016/j.vaccine.2020.10.078⟩
Article dans une revue hal-03001077 v2
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Analyses génomiques et phylodynamiques du SARS-Cov-2

Baptiste Elie , Samuel Alizon
Revue Francophone des Laboratoires, 2020, 2020 (526), pp.57-62. ⟨10.1016/S1773-035X(20)30314-2⟩
Article dans une revue hal-02893568 v2
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Towards a multi-level and a multi-disciplinary approach to DNA oncovirus virulence

Samuel Alizon , Ignacio G Bravo , Paul Farrell , Sally Roberts
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1773), pp.20190041. ⟨10.1098/rstb.2019.0041⟩
Article dans une revue hal-02108649 v3
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Epithelial stratification shapes infection dynamics

Carmen Lia Murall , Robert Jackson , Ingeborg Zehbe , Nathalie Boulle , Michel Segondy et al.
PLoS Computational Biology, 2019, 15 (1), pp.e1006646. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006646⟩
Article dans une revue hal-02069914 v1
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Detecting within-host interactions from genotype combination prevalence data

Samuel Alizon , Carmen Lia Murall , Emma Saulnier , Mircea T Sofonea
Epidemics, 2019, 29, pp.100349. ⟨10.1016/j.epidem.2019.100349⟩
Article dans une revue hal-02387765 v1
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Modelling the evolution of viral oncogenesis

Carmen Lia Murall , Samuel Alizon
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, Silent cancer agents: multi-disciplinary modelling of human DNA oncoviruses, 374 (1773), pp.20180302. ⟨10.1098/rstb.2018.0302⟩
Article dans une revue hal-02124893 v1
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COUSIN (COdon Usage Similarity INdex): A Normalized Measure of Codon Usage Preferences

Jérôme Bourret , Samuel Alizon , Ignacio Bravo
Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (12), pp.3523-3528. ⟨10.1093/gbe/evz262⟩
Article dans une revue hal-02957623 v1
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Natural history, dynamics, and ecology of human papillomaviruses in genital infections of young women: protocol of the PAPCLEAR cohort study

Carmen Murall , Massilva Rahmoun , Christian Selinger , Monique Baldellou , Claire Bernat et al.
BMJ Open, 2019, 9 (6), pp.e025129. ⟨10.1136/bmjopen-2018-025129⟩
Article dans une revue hal-02157154 v1
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Reconciling Pasteur and Darwin to control infectious diseases

Samuel Alizon , Pierre-Olivier Méthot
PLoS Biology, 2018, 16 (1), pp.e2003815. ⟨10.1371/journal.pbio.2003815⟩
Article dans une revue hal-01737461 v1
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Coevolution of virulence and immunosuppression in multiple infections

Tsukushi Kamiya , Nicole Mideo , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (7), pp.995 - 1005. ⟨10.1111/jeb.13280⟩
Article dans une revue hal-01898496 v1
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Inexpensive Research in the Golden Open-Access Era

Samuel Alizon
Trends in Ecology & Evolution, 2018, 33 (5), pp.301 - 303. ⟨10.1016/j.tree.2018.02.005⟩
Article dans une revue hal-01788084 v1
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Simulating the effect of public health interventions using dated virus sequences and geographical data

Samuel Alizon
Peer Community In Evolutionary Biology, 2018, pp.100046. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100046⟩
Article dans une revue (compte-rendu de lecture) hal-01705816 v1
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Can Ebola Virus evolve to be less virulent in humans?

Mircea T Sofonea , L. Aldakak , Luis F. V. V. Boullosa , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2018, 31 (3), pp.382 - 392. ⟨10.1111/jeb.13229⟩
Article dans une revue hal-01897077 v1
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Predicting HIV virulence evolution in response to widespread treatment

Samuel Alizon , Roger Kouyos
Peer Community In Evolutionary Biology, 2017, ⟨10.24072/pci.evolbiol.100013⟩
Article dans une revue hal-01467624 v1
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Inferring epidemiological parameters from phylogenies using regression-ABC: a comparative study

Emma Saulnier , Olivier Gascuel , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2017, 13 (3), pp.e1005416. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005416⟩
Article dans une revue hal-01567904 v1
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Exposing the diversity of multiple infection patterns

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Journal of Theoretical Biology, 2017, 419, pp.278 - 289. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.011⟩
Article dans une revue hal-01567902 v1
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Phylodynamique des infections virales

Samuel Alizon , Emma Saulnier
Virologie, 2017, 21 (3), pp.119-129. ⟨10.1684/vir.2017.0696⟩
Article dans une revue hal-01638067 v1
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Modelling the evolution of how vector-borne parasites manipulate the vector's host choice

Samuel Alizon
Peer Community In Evolutionary Biology, 2017, pp.100023. ⟨10.24072/pci.evolbiol.100023⟩
Article dans une revue hal-01560018 v1
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Why Human Papillomavirus Acute Infections Matter

Samuel Alizon , Carmen Murall , Ignacio G Bravo
Viruses, 2017, 9 (10), pp.293. ⟨10.3390/v9100293⟩
Article dans une revue hal-01638068 v1
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A Visionary Pioneer of Parasite Ecology and Evolution

Samuel Alizon
The American Naturalist, 2016, 187 (6), pp.ii-iii. ⟨10.1086/686526⟩
Article dans une revue hal-01567905 v1
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Adaptive virulence evolution: the good old fitness-based approach

Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Trends in Ecology & Evolution, 2015, 30 (5), pp.248-254. ⟨10.1016/j.tree.2015.02.009⟩
Article dans une revue hal-01567907 v1
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Within-host stochastic emergence dynamics of immune-escape mutants

Matthew Hartfield , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2015, 11 (3), pp.e1004149. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004149⟩
Article dans une revue hal-01567908 v1

From within-host interactions to epidemiological competition: a general model for multiple infections

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2015, 370 (1675), pp.20140303. ⟨10.1098/rstb.2014.0303⟩
Article dans une revue hal-01571806 v1
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Epidemiological feedbacks affect evolutionary emergence of pathogens

Matthew Hartfield , Samuel Alizon
The American Naturalist, 2014, 183 (4), pp.E105-17. ⟨10.1086/674795⟩
Article dans une revue hal-01567911 v1
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What is a pathogen? Toward a process view of host-parasite interactions

Pierre-Olivier Methot , Samuel Alizon
Virulence, 2014, 5 (8), pp.775-85. ⟨10.4161/21505594.2014.960726⟩
Article dans une revue hal-01567912 v1

Clinical applications of pathogen phylogenies

Matthew Hartfield , Carmen Lia Murall , Samuel Alizon
Trends in Molecular Medicine, 2014, 20 (7), pp.394-404. ⟨10.1016/j.molmed.2014.04.002⟩
Article dans une revue hal-01567914 v1
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Parasite evolution in response to sex-based host heterogeneity in resistance and tolerance

Susan V Cousineau , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2014, 27 (12), pp.2753-66. ⟨10.1111/jeb.12541⟩
Article dans une revue hal-01567915 v1

Virulence and pathogenesis of HIV-1 infection: an evolutionary perspective

Christophe Fraser , Katrina Lythgoe , Gabriel E Leventhal , George Shirreff , T Deirdre Hollingsworth et al.
Science, 2014, 343 (6177), pp.1243727. ⟨10.1126/science.1243727⟩
Article dans une revue hal-01567910 v1
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Evidence that hepatitis C virus genome partly controls infection outcome

Matthew Hartfield , Rowena Bull , Peter A White , Andrew Lloyd , Fabio Luciani et al.
Evolutionary Applications, 2014, 7 (5), pp.533-47. ⟨10.1111/eva.12151⟩
Article dans une revue hal-01567913 v1
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Quantifying the epidemic spread of Ebola virus (EBOV) in Sierra Leone using phylodynamics

Samuel Alizon , Sébastien Lion , Carmen Lia Murall , Jessica Lee Abbate
Virulence, 2014, 5 (8), pp.825-827. ⟨10.4161/21505594.2014.976514⟩
Article dans une revue hal-01567909 v1
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Multiple infections and the evolution of virulence

Samuel Alizon , Jacobus C De Roode , Yannis Michalakis
Ecology Letters, 2013, 16 (4), pp.556-567. ⟨10.1111/ele.12076⟩
Article dans une revue hal-01567918 v1
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Introducing the outbreak threshold in epidemiology

Matthew Hartfield , Samuel Alizon
PLoS Pathogens, 2013, 6, pp.e1003277. ⟨10.1371/journal.ppat.1003277⟩
Article dans une revue hal-01567921 v1

Co-infection and super-infection models in evolutionary epidemiology

Samuel Alizon
Interface Focus, 2013, 3, pp.20130031. ⟨10.1098/rsfs.2013.0031⟩
Article dans une revue hal-01567919 v1

On the limits of interpreting some plastic responses through a cooperator/cheater prism. A comment on Harrison

Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2013, 26 (9), pp.2051-6. ⟨10.1111/jeb.12199⟩
Article dans une revue hal-01567920 v1
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How effectively can HIV phylogenies be used to measure heritability?

George Shirreff , Samuel Alizon , Anne Cori , Huldrych F Guenthard , Oliver Laeyendecker et al.
Evolution, Medicine, and Public Health, 2013, 2013 (1), pp.209-24. ⟨10.1093/emph/eot019⟩
Article dans une revue hal-01567924 v1
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Within-host and between-host evolutionary rates across the HIV-1 genome

Samuel Alizon , Christophe Fraser
Retrovirology, 2013, 10, pp.49. ⟨10.1186/1742-4690-10-49⟩
Article dans une revue hal-01567922 v1
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Epidemic spread on weighted networks

Christel Kamp , Mathieu Moslonka-Lefebvre , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2013, 9 (12), pp.e1003352. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003352⟩
Article dans une revue hal-01567923 v1

Parasite co-transmission and the evolutionary epidemiology of virulence

Samuel Alizon
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2013, 67 (4), pp.921-933. ⟨10.1111/j.1558-5646.2012.01827.x⟩
Article dans une revue istex hal-01567917 v1
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Weighting for sex acts to understand the spread of STI on networks

Mathieu Moslonka-Lefebvre , Sebastian Bonhoeffer , Samuel Alizon
Journal of Theoretical Biology, 2012, 311 (octobre2012 et janvier 2013), pp.46-53. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.06.031⟩
Article dans une revue hal-01567925 v1
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Modelling the course of an HIV infection: Insights from ecology and evolution

Samuel Alizon , Carsten Magnus
Viruses, 2012, 4 (10), pp.1984-2013. ⟨10.3390/v4101984⟩
Article dans une revue hal-01567926 v1

Epidemiological and clinical consequences of within-host evolution

Samuel Alizon , Fabio Luciani , Roland R. Regoes
Trends in Microbiology, 2011, 19 (1), pp.24-32. ⟨10.1016/j.tim.2010.09.005⟩
Article dans une revue istex hal-01567931 v1

The transmission-virulence trade-off and superinfection: comments to smith

Samuel Alizon , Yannis Michalakis
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3633-8. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01432.x⟩
Article dans une revue hal-01567930 v1

Inclusive fitness theory and eusociality

Patrick Abbot , Jun Abe , John Alcock , Samuel Alizon , Joao a C Alpedrinha et al.
Nature, 2011, 471 (7339), pp.E1-4. ⟨10.1038/nature09831⟩
Article dans une revue hal-01567932 v1

Virulence evolution in response to anti-infection resistance: toxic food plants can select for virulent parasites of monarch butterflies

Jacobus C De Roode , C Lopez Fernandez De Castillejo , T Faits , Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2011, 24 (4), pp.712-22. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02213.x⟩
Article dans une revue hal-01567929 v1

Within-host parasite cooperation and the evolution of virulence

Samuel Alizon , Sébastien Lion
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2011, 278 (1725), pp.3738-3747. ⟨10.1098/rspb.2011.0471⟩
Article dans une revue hal-01567928 v1

Bridging scales in the evolution of infectious disease life histories: theory

Troy Day , Samuel Alizon , Nicole Mideo
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (12), pp.3448-61. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01394.x⟩
Article dans une revue hal-01567927 v1

Within-host viral evolution in a heterogeneous environment. Insights into the HIV co-receptor switch

Samuel Alizon , Barbara Boldin
Journal of Evolutionary Biology, 2010, 23, pp.2625-2635. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02139.x⟩
Article dans une revue hal-01567935 v1
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Phylogenetic approach reveals that virus genotype largely determines HIV set-point viral load

Samuel Alizon , Viktor Von Wyl , Tanja Stadler , Roger D. Kouyos , Sabine Yerly et al.
PLoS Pathogens, 2010, 6 (9), pp.e1001123. ⟨10.1371/journal.ppat.1001123⟩
Article dans une revue hal-01567934 v1

The virulence-transmission trade-off in vector-borne plant viruses: a review of (non-)existing studies

R Froissart , J Doumayrou , F Vuillaume , Samuel Alizon , Y Michalakis
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2010, 365 (1548), pp.1907-18. ⟨10.1098/rstb.2010.0068⟩
Article dans une revue hal-01567933 v1

The Price equation framework to study disease within-host evolution

Samuel Alizon
Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22, pp.1123-1132. ⟨10.1111/j.1420-9101.2009.01726.x⟩
Article dans une revue hal-01567936 v1

The evolutionary dynamics of a rapidly mutating virus within and between hosts: the case of hepatitis C virus

Fabio Luciani , Samuel Alizon
PLoS Computational Biology, 2009, 5 (11), pp.e1000565. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000565⟩
Article dans une revue hal-01567937 v1

Virulence evolution and the trade-off hypothesis: history, current state of affairs and the future

Samuel Alizon , Amy Hurford , Nicole Mideo , Minus van Baalen
Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22, pp.245-259. ⟨10.1111/j.1420-9101.2008.01658.x⟩
Article dans une revue hal-01567938 v1

Why is HIV not vector-borne?

Troy Day , Nicole Mideo , Samuel Alizon
Evol App, 2008, 1, pp.17-27. ⟨10.1111/j.1752-4571.2007.00014.x⟩
Article dans une revue hal-01567945 v1

Empty sites can promote altruistic behaviour

Samuel Alizon , P Taylor
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2008, 62 (6), pp.1335-1344. ⟨10.1111/j.1558-5646.2008.00369.x⟩
Article dans une revue hal-01567940 v1

Transmission-recovery trade-offs to study parasite evolution

Samuel Alizon
The American Naturalist, 2008, 172 (3), pp.E113-E121. ⟨10.1086/589892⟩
Article dans une revue hal-01567943 v1

Linking within- and between-host dynamics in the evolutionary epidemiology of infectious diseases

Nicole Mideo , Samuel Alizon , Troy Day
Trends in Ecology & Evolution, 2008, 23 (9), pp.511-517. ⟨10.1016/j.tree.2008.05.009⟩
Article dans une revue istex hal-01567939 v1

Competition between cryptic species explains variations in rates of lineage evolution

Samuel Alizon , Michal Kucera , Vincent A. A. Jansen
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008, 105 (34), pp.12382-12386. ⟨10.1073/pnas.0805039105⟩
Article dans une revue hal-01567944 v1

Multiple infections, immune dynamics and virulence evolution

Samuel Alizon , Minus van Baalen
The American Naturalist, 2008, 172 (4), pp.E150-E158. ⟨10.1086/590958⟩
Article dans une revue hal-01567942 v1

Acute or Chronic? Within-host models with immune dynamics, infection outcome and parasite evolution

Samuel Alizon , Minus van Baalen
The American Naturalist, 2008, 172 (6), pp.E244-E256. ⟨10.1086/592404⟩
Article dans une revue hal-01567941 v1

Decreased overall virulence in co-infected hosts leads to the persistence of virulent parasites

Samuel Alizon
The American Naturalist, 2008, 172 (2), pp.E67-E79. ⟨10.1086/588077⟩
Article dans une revue hal-01567946 v1
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Transmission-virulence trade-offs in vector-borne diseases

Samuel Alizon , Minus van Baalen
Theoretical Population Biology, 2008, 74, pp.6 - 15. ⟨10.1016/j.tpb.2008.04.003⟩
Article dans une revue hal-01396035 v1

Predation and disturbance interact to shape prey species diversity

Romain Gallet , Samuel Alizon , Pierre-Arnaud Comte , Arnaud Gutierrez , Frantz Depaulis et al.
The American Naturalist, 2007, 170, pp.143-154. ⟨10.1086/518567⟩
Article dans une revue hal-01567947 v1

Emergence of a convex trade-off between transmission and virulence

Samuel Alizon , Minus van Baalen
The American Naturalist, 2005, 165 (6), pp.E155-E167. ⟨10.1086/430053⟩
Article dans une revue hal-01567948 v1
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Épidémiologie et évolution du SARS-CoV-2

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
Les années COVID : comment y survivre, , pp.65-74, 2023, 978-2-493270-69-6
Chapitre d'ouvrage hal-04184205 v1
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Phylodynamique

Samuel Alizon
ISTE. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, , 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch11⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02884408 v1
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Invasions of Host-Associated Microbiome Networks

C. L. Murall , J. L. Abbate , M. Puelma Touzel , E. Allen-Vercoe , Samuel Alizon et al.
Research, BT - Advances in Ecological. Networks of Invasion: Empirical Evidence and Case Studies, 57, Academic Press, 2017, Advances in Ecological Research, ⟨10.1016/bs.aecr.2016.11.002⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01567903 v1

L’être vivant dans son environnement

Samuel Alizon , F. Angelier , Guillaume Bécard , Laurent Bezin , F Courchamp et al.
CNRS Editions. Etonnant vivant. Découvertes et promesses du XXIème siècle (Livre blanc)., 2017
Chapitre d'ouvrage hal-01923240 v1

Emerging diseases and the evolution of virulence: the case of the Spanish influenza pandemic

Pierre-Olivier Methot , Samuel Alizon
Marc Silberstein and Gérard Lambert and Philippe Huneman. Disease, Classification, and Evidence. New Essays in the Philosophy of Medicine, 7, Springer, pp.93-130, 2015, History, Philosophy and Theory of the Life Sciences, ⟨10.1007/978-94-017-8887-8_5⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01567906 v1

Evolution of Infectious Disease Virulence

Samuel Alizon
Jonathan Losos. Evolutionary biology, Oxford Bibliographies, 2014, ⟨10.1093/OBO/9780199941728-0018⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01567916 v1
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Estimating HPV16 genome copy number per infected cell in cervical smears

Baptiste Elie , Vanina Boué , Philippe Paget-Bailly , Marie-Paule Algros , Alice Baraquin et al.
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04759550 v1
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Factors associated with human papillomavirus (HPV) virus load variations in genital infections in young women

Nicolas Tessandier , Vanina Boué , Tsukushi Kamyia , Olivier Supplisson , Carmen Lia Murall et al.
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04759549 v1
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HPV detection patterns in young women from the PAPCLEAR longitudinal study: implications for HPV screening policies

Thomas Beneteau , Soraya Groc , Carmen Lia Murall , Vanina Boué , Baptiste Elie et al.
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04759547 v1
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Viral and immune dynamics of HPV genital infections in young women

Nicolas Tessandier , Baptiste Elie , Vanina Boué , Christian Selinger , Massilva Rahmoun et al.
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04759546 v1

TiPS: rapidly simulating trajectories and phylogenies from compartmental models

Gonché Danesh , Emma Saulnier , Olivier Gascuel , Marc Choisy , Samuel Alizon
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03872312 v1
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Epidemiological monitoring and control perspectives: application of a parsimonious modelling framework to the COVID-19 dynamics in France

Mircea T Sofonea , Bastien Reyné , Baptiste Elie , Ramsès Djidjou-Demasse , Christian Selinger et al.
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02619546 v1
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Optimal COVID-19 epidemic control until vaccine deployment

R Djidjou-Demasse , Y. Michalakis , M Choisy , M. T. Sofonea , Samuel Alizon
2020
Pré-publication, Document de travail hal-02533223 v1
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Rt2: computing and visualising COVID-19 epidemics temporal reproduction number

Bastien Reyné , Gonché Danesh , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
2020
Pré-publication, Document de travail hal-03045490 v1
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Mobilisation de la FRB par les pouvoirs publics français sur les liens entre Covid-19 et biodiversité

Jean-François Silvain , Robin Goffaux , Hélène Soubelet , Francois Sarrazin , Luc Abbadie et al.
[0] FRB. 2021, 63 p
Rapport (rapport d’expertise collective) hal-04179836 v1
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De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 16, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique; IRD - Institut de recherche pour le developpement; Université de Montpellier. 2021
Rapport (rapport de recherche) hal-03502127 v1
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SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins

Samuel Alizon , Frédéric Cazals , Stéphane Guindon , Claire Lemaitre , Tristan Mary-Huard et al.
[Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
Rapport (rapport de recherche) hal-03170023 v1
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Immunité de groupe et contrôle de l’épidémie de COVID-19

Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport Technique] 2, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport technique) hal-02882682 v1
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Stochasticité et épidémie de COVID-19

Thomas Bénéteau , Baptiste Elie , Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 8, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950660 v1
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Limites et délais dans l’estimation du nombre de reproduction

Samuel Alizon , Bastien Reyné , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 5, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02882697 v1
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Analyse de l’épidémie de COVID-19 en France et scénarios de contrôle

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 9, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950665 v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 11, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950702 v1
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Évolution de la virulence et COVID-19

Samuel Alizon , Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea
[Rapport de recherche] 12, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950712 v1
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Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France pourraient-ils être expliqués par des comorbidités ?

Yannis Michalakis , Mircea T Sofonea , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 10, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950676 v1
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Estimation du nombre de reproduction de l’épidémie de COVID-19 en France

Gonché Danesh , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 1, Centre national de la recherche scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02882680 v1
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Phylodynamique du COVID-19 en France

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 4, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02882688 v1
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Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

Samuel Alizon , Mircea T Sofonea , Yannis Michalakis
[Rapport de recherche] 7, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de recherche pour le développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02950651 v1
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Phylodynamique du COVID-19 en France : variations temporelles de la croissance épidémique

Gonché Danesh , Baptiste Elie , Samuel Alizon
[Rapport de recherche] 6, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier (UM), FRA. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02882698 v1
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Modélisation de l’épidémie de COVID-19 : modèle SEAIR

Samuel Alizon , Bastien Reyné , Christian Selinger
[Rapport de recherche] 3, Centre national de la recherche scientifique (CNRS); Institut de Recherche pour le Développement (IRD); Université de Montpellier. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-02882687 v1
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Utilisation des phylogénies d'infections en épidémiologie

Samuel Alizon , Emma Saulnier
Anses. 2017, pp.42-43
Rapport anses-01533229 v1
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Évolution de la virulence des parasites : apports des modèles emboîtés

Samuel Alizon
Evolution [q-bio.PE]. Université Pierre et Marie Curie (Paris VI), 2006. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse tel-01638064 v1
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Dynamics and evolution of infectious diseases

Samuel Alizon
Populations and Evolution [q-bio.PE]. Université Montpellier 2, 2013
HDR tel-01638065 v1