Samuel Bernard

Chargé de recherche CNRS à l'Institut Camille Jordan, Université Claude Bernard Lyon 1, et Inria, Villeurbanne, France
78%
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Affiliations actuelles
  • Institut Camille Jordan (ICJ)
  • Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS)
  • Systèmes de cellules avec interactions multi-échelles (MUSICS)
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Présentation

Plusieurs phénomènes biologiques intéressants ne peuvent pas être réduits seulement à des mécanismes moléculaires. La prolifération cellulaire et la mort, ainsi que les interactions entre cellules agissent comme un filtre entre ce qui se passe au niveau moléculaire et ce qui peut être effectivement observé à l'échelle des populations cellulaires. Je développe des outils intégratifs pour la dynamique de population cellulaire et la biologie. Les applications vont de l'étude de la synchronisation des horloges biologiques, à l'homéostasie des tissus humains à long-terme, et au développement et à la maintenance de l'immunité.

http://math.univ-lyon1.fr/~bernard

Domaines de recherche

Systèmes dynamiques [math.DS] Modélisation et simulation Analyse numérique [math.NA] Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

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Publications

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In silico modelling of CD8 T cell immune response links genetic regulation to population dynamics

Thi Nhu Thao Nguyen , Madge Martin , C Arpin , Samuel Bernard , Olivier Gandrillon et al.
ImmunoInformatics, 2024, 15, pp.100043. ⟨10.1016/j.immuno.2024.100043⟩
Article dans une revue hal-04489553 v2
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Implication of lipid turnover for the control of energy balance

Samuel Bernard , Kirsty L Spalding
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2023, 378 (1888), pp.20220202. ⟨10.1098/rstb.2022.0202⟩
Article dans une revue hal-04195827 v1
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Radioprotective effects of induced astronaut torpor and advanced propulsion systems during deep space travel

Tim Squire , A. Ryan , Samuel Bernard
Life Sciences in Space Research, 2020, 26, pp.105-113. ⟨10.1016/j.lssr.2020.05.005⟩
Article dans une revue hal-02868066 v1
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The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities

Joel Lehman , Jeff Clune , Dusan Misevic , Christoph Adami , Julie Beaulieu et al.
Artificial Life, 2020, 26 (2), pp.274-306. ⟨10.1162/artl_a_00319⟩
Article dans une revue hal-01735473 v1
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Phenotypic noise and the cost of complexity

Charles Rocabert , Guillaume Beslon , Carole Knibbe , Samuel Bernard
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2020, ⟨10.1111/evo.14083⟩
Article dans une revue hal-02920356 v1

Les mathématiques du cœur

Samuel Bernard
Interstices, 2020
Article dans une revue hal-03132429 v1

Adipose lipid turnover and long-term changes in body weight

P. Arner , Samuel Bernard , Lena Appelsved , Keng-Yeh Fu , Mehran Salehpour et al.
Nature Medicine, 2019, 25 (9), pp.1385-1389. ⟨10.1038/s41591-019-0565-5⟩
Article dans une revue hal-02317491 v1
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Dynamics of oligodendrocyte generation in multiple sclerosis

Maggie Yeung , Mehdi Djelloul , Embla Steiner , Samuel Bernard , Mehran Salehpour et al.
Nature, 2019, 566, pp.538-542. ⟨10.1038/s41586-018-0842-3⟩
Article dans une revue hal-02002274 v1
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Cell generation dynamics underlying naïve T cell homeostasis in adult humans

Jeff E. Mold , Pedro Réu , Axel Olin , Samuel Bernard , Jakob Michaelsson et al.
PLoS Biology, 2019, 17 (10), pp.e3000383. ⟨10.1371/journal.pbio.3000383⟩
Article dans une revue hal-02160888 v2
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Meningioma growth dynamics assessed by radiocarbon retrospective birth dating

Hagen B Huttner , Olaf Bergmann , Mehran Salehpour , Raouf El Cheikh , Makoto Nakamura et al.
EBioMedicine, 2018, 27, pp.176-181. ⟨10.1016/j.ebiom.2017.12.020⟩
Article dans une revue hal-01671339 v1
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Stability Analysis of a Model of Interaction Between the Immune System and Cancer Cells in Chronic Myelogenous Leukemia

Apollos Besse , Geoffrey D. Clapp , Samuel Bernard , Franck-Emmanuel Nicolini , Doron Levy et al.
Bulletin of Mathematical Biology, 2017, pp.1-27. ⟨10.1007/s11538-017-0272-7⟩
Article dans une revue hal-01539364 v1
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Estimates and impact of lymphocyte division parameters from CFSE data using mathematical modelling.

Pauline Mazzocco , Samuel Bernard , Laurent Pujo-Menjouet
PLoS ONE, 2017, 12 (6), pp.e0179768
Article dans une revue hal-01561667 v1
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Long-term treatment effects in chronic myeloid leukemia

Apollos Besse , Thomas Lepoutre , Samuel Bernard
Journal of Mathematical Biology, 2017, pp.1-26. ⟨10.1007/s00285-017-1098-5⟩
Article dans une revue hal-01447781 v1
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The Lifespan and Turnover of Microglia in the Human Brain

Pedro Réu , Azadeh Khosravi , Samuel Bernard , Jeff E. Mold , Mehran Salehpour et al.
Cell Reports, 2017, 20 (4), pp.779 - 784. ⟨10.1016/j.celrep.2017.07.004⟩
Article dans une revue hal-01572438 v1
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A multiscale modelling approach for the regulation of the cell cycle by the circadian clock

Raouf El Cheikh , Samuel Bernard , Nader El Khatib
Journal of Theoretical Biology, 2017, 426, pp.117-125. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.05.021⟩
Article dans une revue hal-01561617 v1
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Impact of fat mass and distribution on lipid turnover in human adipose tissue

Kirsty L Spalding , Samuel Bernard , Erik Näslund , Mehran Salehpour , Göran Possnert et al.
Nature Communications, 2017, 8, pp.15253. ⟨10.1038/ncomms15253⟩
Article dans une revue hal-01561605 v1
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Moving the Boundaries of Granulopoiesis Modelling

Samuel Bernard
Bulletin of Mathematical Biology, 2016, 78 (12), pp.2358 - 2363. ⟨10.1007/s11538-016-0215-8⟩
Article dans une revue hal-01391393 v1
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Implication of the Autologous Immune System in BCR-ABL Transcript Variations in Chronic Myelogenous Leukemia Patients Treated with Imatinib.

Geoffrey D Clapp , Thomas Lepoutre , Raouf El Cheikh , Samuel Bernard , Jérémy Ruby et al.
Cancer Research, 2015, 75 (19), pp.4053-62. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-0611⟩
Article dans une revue hal-01251396 v1

A new model for the estimation of time of death from vitreous potassium levels corrected for age and temperature

B. Zilg , Samuel Bernard , K. Alkass , S. Berg , H. Druid
Forensic Science International, 2015, 254, pp.158-166. ⟨10.1016/j.forsciint.2015.07.020⟩
Article dans une revue hal-01225089 v1

Dynamics of Cell Generation and Turnover in the Human Heart

Olaf Bergmann , Sofia Zdunek , Anastasia Felker , Mehran Salehpour , Kanar Alkass et al.
Cell, 2015, 161 (7), pp.1566-1575. ⟨10.1016/j.cell.2015.05.026⟩
Article dans une revue hal-01225091 v1

Transplanted Bone Marrow-Derived Cells Contribute to Human Adipogenesis

Mikael Rydén , Mehmet Uzunel , Joanna l. Hård , Erik Borgström , Jeff e. Mold et al.
Cell Metabolism, 2015, 22 (3), pp.408-417. ⟨10.1016/j.cmet.2015.06.011⟩
Article dans une revue hal-01225085 v1
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Optimal linear stability condition for scalar differential equations with distributed delay

Samuel Bernard , Fabien Crauste
Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B, 2015, 20 (7), ⟨10.3934/dcdsb.2015.20.1855⟩
Article dans une revue hal-00997528 v1

Dynamics of oligodendrocyte generation and myelination in the human brain.

Maggie S y Yeung , Sofia Zdunek , Olaf Bergmann , Samuel Bernard , Mehran Salehpour et al.
Cell, 2014, 159, pp.766-774
Article dans une revue hal-01092151 v1
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A Model for Genome Size Evolution

Stephan Fischer , Samuel Bernard , Guillaume Beslon , Carole Knibbe
Bulletin of Mathematical Biology, 2014, 76 (9), pp.2249 - 2291. ⟨10.1007/s11538-014-9997-8⟩
Article dans une revue hal-01090984 v1

The age and genomic integrity of neurons after cortical stroke in humans.

Hagen B Huttner , Olaf Bergmann , Mehran Salehpour , Attila Rácz , Jemal Tatarishvili et al.
Nature Neuroscience, 2014, pp.801-3
Article dans une revue hal-01092159 v1
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Modeling circadian clock-cell cycle interaction effects on cell population growth rates

Raouf El Cheikh , Samuel Bernard , Nader El Khatib
Journal of Theoretical Biology, 2014, 363, pp.318-331. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.08.008⟩
Article dans une revue hal-01055081 v1
Image document

Neurogenesis in the Striatum of the Adult Human Brain.

Aurélie Ernst , Kanar Alkass , Samuel Bernard , Mehran Salehpour , Shira Perl et al.
Cell, 2014, 156 (5), pp.1072-1083. ⟨10.1016/j.cell.2014.01.044⟩
Article dans une revue hal-00952021 v1

Multiscale Modeling of the Early CD8 T-Cell Immune Response in Lymph Nodes: An Integrative Study

Sotiris Prokopiou , Loic Barbarroux , Samuel Bernard , Julien Mafille , Yann Leverrier et al.
Computation, 2014, 2 (4), pp.159-181. ⟨10.3390/computation2040159⟩
Article dans une revue hal-01074736 v1
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From Single-Scale to Multiscale Modelling in Biology

Samuel Bernard
Acta Biotheoretica, 2013, 61 (3), pp.291-303. ⟨10.1007/s10441-013-9199-z⟩
Article dans une revue hal-00867564 v1

Dynamics of hippocampal neurogenesis in adult humans.

Kirsty L Spalding , Olaf Bergmann , Kanar Alkass , Samuel Bernard , Mehran Salehpour et al.
Cell, 2013, 153 (6), pp.1219-1227. ⟨10.1016/j.cell.2013.05.002⟩
Article dans une revue hal-00839513 v1

Adipocyte triglyceride turnover and lipolysis in lean and overweight subjects.

Mikael Rydén , Daniel P Andersson , Samuel Bernard , Kirsty Spalding , Peter Arner
Journal of Lipid Research, 2013, 54 (10), pp.2909-2913. ⟨10.1194/jlr.M040345⟩
Article dans une revue hal-00867570 v1
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Analysis of radiocarbon, stable isotopes and DNA in teeth to facilitate identification of unknown decedents.

Kanar Alkass , Hisako Saitoh , Bruce A Buchholz , Samuel Bernard , Gunilla Holmlund et al.
PLoS ONE, 2013, 8 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0069597⟩
Article dans une revue hal-00867568 v1

Modeling Biological Rhythms in Cell Populations

Raouf El Cheikh , Thomas Lepoutre , Samuel Bernard
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2012, 7 (6), pp.107--125. ⟨10.1051/mmnp/20127606⟩
Article dans une revue hal-00847008 v1

Cardiomyocyte renewal in humans.

Olaf Bergmann , Sofia Zdunek , Jonas Frisén , Samuel Bernard , Henrik Druid et al.
Circulation Research, 2012, 110 (1), e17-8; author reply e19-21. ⟨10.1161/CIRCRESAHA.111.259598⟩
Article dans une revue hal-00755465 v1
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Né pour sentir [Born to smell].

Samuel Bernard
Médecine/Sciences, 2012, 28 (11), pp.937-9. ⟨10.1051/medsci/20122811012⟩
Article dans une revue hal-00767595 v1

Adipocyte triglyceride turnover is independently associated with atherogenic dyslipidemia.

Keith Frayn , Samuel Bernard , Kirsty Spalding , Peter Arner
Journal of the American Heart Association, 2012, 1 (6), pp.e003467. ⟨10.1161/JAHA.112.003467⟩
Article dans une revue hal-00839514 v1

The age of olfactory bulb neurons in humans.

Olaf Bergmann , Jakob Liebl , Samuel Bernard , Kanar Alkass , Maggie S y Yeung et al.
Neuron, 2012, 74 (4), pp.634-639. ⟨10.1016/j.neuron.2012.03.030⟩
Article dans une revue hal-00755464 v1

Dynamics of human adipose lipid turnover in health and metabolic disease.

Peter Arner , Samuel Bernard , Mehran Salehpour , Göran Possnert , Jakob Liebl et al.
Nature, 2011, 478 (7367), pp.110-3. ⟨10.1038/nature10426⟩
Article dans une revue hal-00649210 v1

Identification of cardiomyocyte nuclei and assessment of ploidy for the analysis of cell turnover.

Olaf Bergmann , Sofia Zdunek , Kanar Alkass , Henrik Druid , Samuel Bernard et al.
Experimental Cell Research, 2011, 317 (2), pp.188-94. ⟨10.1016/j.yexcr.2010.08.017⟩
Article dans une revue istex hal-00542527 v1
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HYBRID MODEL OF ERYTHROPOIESIS AND LEUKEMIA TREATMENT WITH CYTOSINE ARABINOSIDE

Polina Kurbatova , Samuel Bernard , Nikolai Bessonov , Fabien Crauste , Ivan Demin et al.
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2011, 71 (6), pp.2246-2268. ⟨10.1137/100815517⟩
Article dans une revue hal-00538496 v2
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Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver.

Anuradha Chauhan , Stephan Lorenzen , Hanspeter Herzel , Samuel Bernard
Journal of Theoretical Biology, 2011, 283 (1), pp.103-12. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩
Article dans une revue hal-00649211 v1
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Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver

Anuradha Chauhan , Stephan Lorenzen , Hanspeter Herzel , Samuel Bernard
Journal of Theoretical Biology, 2011, 283 (1), pp.103. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩
Article dans une revue hal-00719488 v1

Adipocyte turnover: relevance to human adipose tissue morphology.

Erik Arner , Pål O Westermark , Kirsty L Spalding , Tom Britton , Mikael Rydén et al.
Diabetes, 2010, 59 (1), pp.105-9. ⟨10.2337/db09-0942⟩
Article dans une revue hal-00542528 v1
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Tumor growth rate determines the timing of optimal chronomodulated treatment schedules

Samuel Bernard , Branka Cajavec Bernard , Francis Lévi , Hanspeter Herzel
PLoS Computational Biology, 2010, 6 (3), pp.e1000712. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000712⟩
Article dans une revue hal-00470302 v1
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A mathematical model for the interpretation of nuclear bomb test derived 14C incorporation in biological systems

Samuel Bernard , Jonas Frisén , Kirsty L. Spalding
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, 2010, 268 (7-8), pp.1295-1298. ⟨10.1016/j.nimb.2009.10.156⟩
Article dans une revue hal-00544517 v2

Evidence for cardiomyocyte renewal in humans.

Olaf Bergmann , Ratan D Bhardwaj , Samuel Bernard , Sofia Zdunek , Fanie Barnabé-Heider et al.
Science, 2009, 324 (5923), pp.98-102. ⟨10.1126/science.1164680⟩
Article dans une revue hal-00374382 v1

Dynamics of fat cell turnover in humans.

Kirsty L Spalding , Erik Arner , Pål O Westermark , Samuel Bernard , Bruce A Buchholz et al.
Nature, 2008, 453 (7196), pp.783-7. ⟨10.1038/nature06902⟩
Article dans une revue istex hal-00372715 v1
Image document

Modélisation de la dynamique de l'hématopoïèse normale et pathologique

Mostafa Adimy , Samuel Bernard , Jean Clairambault , Fabien Crauste , Stéphane Génieys et al.
Hématologie, 2008, 14 (5), pp.339-350. ⟨10.1684/hma.2008.0282⟩
Article dans une revue hal-00750278 v1

Complex dynamics in the Oregonator model with linear delayed feedback

Krishnamachari Sriram , Samuel Bernard
Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 2008, 18, pp.023126. ⟨10.1063/1.2937015⟩
Article dans une revue hal-00371750 v1
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Synchronization-induced rhythmicity of circadian oscillators in the suprachiasmatic nucleus

Samuel Bernard , Didier Gonze , Branka Cajavec , Hanspeter Herzel , Achim Kramer
PLoS Computational Biology, 2007, 3 (4), pp.e68. ⟨10.1371/journal.pcbi.0030068⟩
Article dans une revue hal-00371737 v1
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Why do cells cycle with a 24 hour period?

Samuel Bernard , Hanspeter Herzel
Genome informatics series : proceedings of the .. Workshop on Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics., 2006, 17 (1), pp.72--79
Article dans une revue hal-00371755 v1
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Cost-effective G-CSF therapy strategies for cyclical neutropenia: mathematical modelling based hypotheses.

Catherine Foley , Samuel Bernard , Michael C Mackey
Journal of Theoretical Biology, 2006, 238 (4), pp.754-63. ⟨10.1016/j.jtbi.2005.06.021⟩
Article dans une revue hal-00542529 v1

Modelling transcriptional feedback loops: the role of Gro/TLE1 in Hes1 oscillations.

Samuel Bernard , Branka Cajavec , Laurent Pujo-Menjouet , Michael C Mackey , Hanspeter Herzel
Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 2006, 364 (1842), pp.1155-70. ⟨10.1098/rsta.2006.1761⟩
Article dans une revue istex hal-00372717 v1

Death of neuronal clusters contributes to variance of age at onset in Huntington's disease

Branka Cajavec , Hanspeter Herzel , Samuel Bernard
neurogenetics, 2006, 7 (1), pp.21--25
Article dans une revue hal-00371760 v1

Aggregation in Huntington's disease: insights through modelling.

Branka Cajavec , Samuel Bernard , Hanspeter Herzel
Genome informatics series : proceedings of the .. Workshop on Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics., 2005, 16 (1), pp.262-71
Article dans une revue hal-00542532 v1
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Spontaneous Synchronization of Coupled Circadian Oscillators

Didier Gonze , Samuel Bernard , Christian Waltermann , Achim Kramer , Hanspeter Herzel
Biophysical Journal, 2005, 89 (1), pp.120--129. ⟨10.1529/biophysj.104.058388⟩
Article dans une revue hal-00371748 v1

Bifurcations in a white-blood-cell production model.

Samuel Bernard , Jacques Bélair , Michael C Mackey
Comptes Rendus. Biologies, 2004, 327 (3), pp.201-10
Article dans une revue hal-00542530 v1

Analysis of cell kinetics using a cell division marker: mathematical modeling of experimental data.

Samuel Bernard , Laurent Pujo-Menjouet , Michael C Mackey
Biophysical Journal, 2003, 84 (5), pp.3414-24. ⟨10.1016/S0006-3495(03)70063-0⟩
Article dans une revue hal-00542531 v1
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Mixed precision numerical methods for solving large systems of ordinary differential equations

Mouhamad Al-Sayed Ali , Arsène Marzorati , Samuel Bernard , Jonathan Rouzaud-Cornabas
Congrés National d'Analyse Numérique 2024, May 2024, Ile de ré, France
Communication dans un congrès hal-04953553 v1
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Mixed precision and local error in ordinary differential equations

Arsène Marzorati , Mouhamad Al-Sayed Ali , Samuel Bernard , Jonathan Rouzaud-Cornabas
Congrés National d'Analyse Numérique 2024, May 2024, Ile de Ré, France
Communication dans un congrès hal-04953537 v1

Temps de premier passage pour le modèle de nucléation aléatoire de Becker-Doring

Romain Yvinec , Maria R. d'Orsogna , Tom Chou , Laurent Pujo-Menjouet , Samuel Bernard et al.
Séminaire du Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Compiègne, Feb 2013, Compiègne, France
Communication dans un congrès hal-03115032 v1

Mathematical modeling in chronobiology

Grigory Bordyugov , Pål O Westermark , Ana Korencic , Samuel Bernard , Hanspeter Herzel
Achim Kramer and Martha Merrow. Circadian clocks, Springer, pp.335--357, 2013, ⟨10.1007/978-3-642-25950-0_14⟩
Chapitre d'ouvrage hal-00839517 v1

Modélisation multi-échelles en biologie

Samuel Bernard
Nicolas Glade and Angélique Stéphanou. Le vivant discret et continu, Éditions Matériologiques, pp.65-89, 2013, Science & Philosophie, 978-2-919694-23-5
Chapitre d'ouvrage hal-00920523 v1