Samuel Bernard

Chargé de recherche CNRS à l'Institut Camille Jordan, Université Claude Bernard Lyon 1, et Inria, Villeurbanne, France
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  • Institut Camille Jordan (ICJ)
  • Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS)
  • Systèmes de cellules avec interactions multi-échelles (MUSICS)
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Présentation

Plusieurs phénomènes biologiques intéressants ne peuvent pas être réduits seulement à des mécanismes moléculaires. La prolifération cellulaire et la mort, ainsi que les interactions entre cellules agissent comme un filtre entre ce qui se passe au niveau moléculaire et ce qui peut être effectivement observé à l'échelle des populations cellulaires. Je développe des outils intégratifs pour la dynamique de population cellulaire et la biologie. Les applications vont de l'étude de la synchronisation des horloges biologiques, à l'homéostasie des tissus humains à long-terme, et au développement et à la maintenance de l'immunité.

http://math.univ-lyon1.fr/~bernard

Domaines de recherche

Systèmes dynamiques [math.DS] Modélisation et simulation Analyse numérique [math.NA] Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Publications

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In silico modelling of CD8 T cell immune response links genetic regulation to population dynamics

Thi Nhu Thao Nguyen , Madge Martin , C Arpin , Samuel Bernard , Olivier Gandrillon et al.

ImmunoInformatics, 2024, 15, pp.100043. ⟨10.1016/j.immuno.2024.100043⟩

Article dans une revue hal-04489553v2
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Implication of lipid turnover for the control of energy balance

Samuel Bernard , Kirsty L Spalding

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2023, 378 (1888), pp.20220202. ⟨10.1098/rstb.2022.0202⟩

Article dans une revue hal-04195827v1
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Phenotypic noise and the cost of complexity

Charles Rocabert , Guillaume Beslon , Carole Knibbe , Samuel Bernard

Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2020, ⟨10.1111/evo.14083⟩

Article dans une revue hal-02920356v1
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Radioprotective effects of induced astronaut torpor and advanced propulsion systems during deep space travel

Tim Squire , A. Ryan , Samuel Bernard

Life Sciences in Space Research, 2020, 26, pp.105-113. ⟨10.1016/j.lssr.2020.05.005⟩

Article dans une revue hal-02868066v1
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The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities

Joel Lehman , Jeff Clune , Dusan Misevic , Christoph Adami , Julie Beaulieu et al.

Artificial Life, 2020, 26 (2), pp.274-306. ⟨10.1162/artl_a_00319⟩

Article dans une revue hal-01735473v1

Les mathématiques du cœur

Samuel Bernard

Interstices, 2020

Article dans une revue hal-03132429v1
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Dynamics of oligodendrocyte generation in multiple sclerosis

Maggie Yeung , Mehdi Djelloul , Embla Steiner , Samuel Bernard , Mehran Salehpour et al.

Nature, 2019, 566, pp.538-542. ⟨10.1038/s41586-018-0842-3⟩

Article dans une revue hal-02002274v1

Adipose lipid turnover and long-term changes in body weight

P. Arner , Samuel Bernard , Lena Appelsved , Keng-Yeh Fu , Mehran Salehpour et al.

Nature Medicine, 2019, 25 (9), pp.1385-1389. ⟨10.1038/s41591-019-0565-5⟩

Article dans une revue hal-02317491v1
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Cell generation dynamics underlying naïve T cell homeostasis in adult humans

Jeff E. Mold , Pedro Réu , Axel Olin , Samuel Bernard , Jakob Michaelsson et al.

PLoS Biology, 2019, 17 (10), pp.e3000383. ⟨10.1371/journal.pbio.3000383⟩

Article dans une revue hal-02160888v2
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Meningioma growth dynamics assessed by radiocarbon retrospective birth dating

Hagen B Huttner , Olaf Bergmann , Mehran Salehpour , Raouf El Cheikh , Makoto Nakamura et al.

EBioMedicine, 2018, 27, pp.176-181. ⟨10.1016/j.ebiom.2017.12.020⟩

Article dans une revue hal-01671339v1
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Long-term treatment effects in chronic myeloid leukemia

Apollos Besse , Thomas Lepoutre , Samuel Bernard

Journal of Mathematical Biology, 2017, pp.1-26. ⟨10.1007/s00285-017-1098-5⟩

Article dans une revue hal-01447781v1
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Stability Analysis of a Model of Interaction Between the Immune System and Cancer Cells in Chronic Myelogenous Leukemia

Apollos Besse , Geoffrey D. Clapp , Samuel Bernard , Franck-Emmanuel Nicolini , Doron Levy et al.

Bulletin of Mathematical Biology, 2017, pp.1-27. ⟨10.1007/s11538-017-0272-7⟩

Article dans une revue hal-01539364v1
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Estimates and impact of lymphocyte division parameters from CFSE data using mathematical modelling.

Pauline Mazzocco , Samuel Bernard , Laurent Pujo-Menjouet

PLoS ONE, 2017, 12 (6), pp.e0179768

Article dans une revue hal-01561667v1
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The Lifespan and Turnover of Microglia in the Human Brain

Pedro Réu , Azadeh Khosravi , Samuel Bernard , Jeff E. Mold , Mehran Salehpour et al.

Cell Reports, 2017, 20 (4), pp.779 - 784. ⟨10.1016/j.celrep.2017.07.004⟩

Article dans une revue hal-01572438v1
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Impact of fat mass and distribution on lipid turnover in human adipose tissue

Kirsty L Spalding , Samuel Bernard , Erik Näslund , Mehran Salehpour , Göran Possnert et al.

Nature Communications, 2017, 8, pp.15253. ⟨10.1038/ncomms15253⟩

Article dans une revue hal-01561605v1
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A multiscale modelling approach for the regulation of the cell cycle by the circadian clock

Raouf El Cheikh , Samuel Bernard , Nader El Khatib

Journal of Theoretical Biology, 2017, 426, pp.117-125. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.05.021⟩

Article dans une revue hal-01561617v1
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Moving the Boundaries of Granulopoiesis Modelling

Samuel Bernard

Bulletin of Mathematical Biology, 2016, 78 (12), pp.2358 - 2363. ⟨10.1007/s11538-016-0215-8⟩

Article dans une revue hal-01391393v1

Transplanted Bone Marrow-Derived Cells Contribute to Human Adipogenesis

Mikael Rydén , Mehmet Uzunel , Joanna l. Hård , Erik Borgström , Jeff e. Mold et al.

Cell Metabolism, 2015, 22 (3), pp.408-417. ⟨10.1016/j.cmet.2015.06.011⟩

Article dans une revue hal-01225085v1

Dynamics of Cell Generation and Turnover in the Human Heart

Olaf Bergmann , Sofia Zdunek , Anastasia Felker , Mehran Salehpour , Kanar Alkass et al.

Cell, 2015, 161 (7), pp.1566-1575. ⟨10.1016/j.cell.2015.05.026⟩

Article dans une revue hal-01225091v1

A new model for the estimation of time of death from vitreous potassium levels corrected for age and temperature

B. Zilg , Samuel Bernard , K. Alkass , S. Berg , H. Druid

Forensic Science International, 2015, 254, pp.158-166. ⟨10.1016/j.forsciint.2015.07.020⟩

Article dans une revue istex hal-01225089v1
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Implication of the Autologous Immune System in BCR-ABL Transcript Variations in Chronic Myelogenous Leukemia Patients Treated with Imatinib.

Geoffrey D Clapp , Thomas Lepoutre , Raouf El Cheikh , Samuel Bernard , Jérémy Ruby et al.

Cancer Research, 2015, 75 (19), pp.4053-62. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-0611⟩

Article dans une revue hal-01251396v1
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Optimal linear stability condition for scalar differential equations with distributed delay

Samuel Bernard , Fabien Crauste

Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B, 2015, 20 (7), ⟨10.3934/dcdsb.2015.20.1855⟩

Article dans une revue hal-00997528v1
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A Model for Genome Size Evolution

Stephan Fischer , Samuel Bernard , Guillaume Beslon , Carole Knibbe

Bulletin of Mathematical Biology, 2014, 76 (9), pp.2249 - 2291. ⟨10.1007/s11538-014-9997-8⟩

Article dans une revue hal-01090984v1
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Neurogenesis in the Striatum of the Adult Human Brain.

Aurélie Ernst , Kanar Alkass , Samuel Bernard , Mehran Salehpour , Shira Perl et al.

Cell, 2014, 156 (5), pp.1072-1083. ⟨10.1016/j.cell.2014.01.044⟩

Article dans une revue hal-00952021v1

Multiscale Modeling of the Early CD8 T-Cell Immune Response in Lymph Nodes: An Integrative Study

Sotiris Prokopiou , Loic Barbarroux , Samuel Bernard , Julien Mafille , Yann Leverrier et al.

Computation, 2014, 2 (4), pp.159-181. ⟨10.3390/computation2040159⟩

Article dans une revue hal-01074736v1
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Modeling circadian clock-cell cycle interaction effects on cell population growth rates

Raouf El Cheikh , Samuel Bernard , Nader El Khatib

Journal of Theoretical Biology, 2014, 363, pp.318-331. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.08.008⟩

Article dans une revue hal-01055081v1
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Dynamics of oligodendrocyte generation and myelination in the human brain.

Maggie S y Yeung , Sofia Zdunek , Olaf Bergmann , Samuel Bernard , Mehran Salehpour et al.

Cell, 2014, 159, pp.766-774

Article dans une revue hal-01092151v1
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The age and genomic integrity of neurons after cortical stroke in humans.

Hagen B Huttner , Olaf Bergmann , Mehran Salehpour , Attila Rácz , Jemal Tatarishvili et al.

Nature Neuroscience, 2014, pp.801-3

Article dans une revue hal-01092159v1

Adipocyte triglyceride turnover and lipolysis in lean and overweight subjects.

Mikael Rydén , Daniel P Andersson , Samuel Bernard , Kirsty Spalding , Peter Arner

Journal of Lipid Research, 2013, 54 (10), pp.2909-2913. ⟨10.1194/jlr.M040345⟩

Article dans une revue hal-00867570v1

Dynamics of hippocampal neurogenesis in adult humans.

Kirsty L Spalding , Olaf Bergmann , Kanar Alkass , Samuel Bernard , Mehran Salehpour et al.

Cell, 2013, 153 (6), pp.1219-1227. ⟨10.1016/j.cell.2013.05.002⟩

Article dans une revue hal-00839513v1
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From Single-Scale to Multiscale Modelling in Biology

Samuel Bernard

Acta Biotheoretica, 2013, 61 (3), pp.291-303. ⟨10.1007/s10441-013-9199-z⟩

Article dans une revue hal-00867564v1
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Analysis of radiocarbon, stable isotopes and DNA in teeth to facilitate identification of unknown decedents.

Kanar Alkass , Hisako Saitoh , Bruce A Buchholz , Samuel Bernard , Gunilla Holmlund et al.

PLoS ONE, 2013, 8 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0069597⟩

Article dans une revue hal-00867568v1

Modeling Biological Rhythms in Cell Populations

Raouf El Cheikh , Thomas Lepoutre , Samuel Bernard

Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2012, 7 (6), pp.107--125. ⟨10.1051/mmnp/20127606⟩

Article dans une revue hal-00847008v1

Cardiomyocyte renewal in humans.

Olaf Bergmann , Sofia Zdunek , Jonas Frisén , Samuel Bernard , Henrik Druid et al.

Circulation Research, 2012, 110 (1), e17-8; author reply e19-21. ⟨10.1161/CIRCRESAHA.111.259598⟩

Article dans une revue hal-00755465v1
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Né pour sentir [Born to smell].

Samuel Bernard

Médecine/Sciences, 2012, 28 (11), pp.937-9. ⟨10.1051/medsci/20122811012⟩

Article dans une revue hal-00767595v1

The age of olfactory bulb neurons in humans.

Olaf Bergmann , Jakob Liebl , Samuel Bernard , Kanar Alkass , Maggie S y Yeung et al.

Neuron, 2012, 74 (4), pp.634-639. ⟨10.1016/j.neuron.2012.03.030⟩

Article dans une revue hal-00755464v1

Adipocyte triglyceride turnover is independently associated with atherogenic dyslipidemia.

Keith Frayn , Samuel Bernard , Kirsty Spalding , Peter Arner

Journal of the American Heart Association, 2012, 1 (6), pp.e003467. ⟨10.1161/JAHA.112.003467⟩

Article dans une revue hal-00839514v1

Dynamics of human adipose lipid turnover in health and metabolic disease.

Peter Arner , Samuel Bernard , Mehran Salehpour , Göran Possnert , Jakob Liebl et al.

Nature, 2011, 478 (7367), pp.110-3. ⟨10.1038/nature10426⟩

Article dans une revue hal-00649210v1

Identification of cardiomyocyte nuclei and assessment of ploidy for the analysis of cell turnover.

Olaf Bergmann , Sofia Zdunek , Kanar Alkass , Henrik Druid , Samuel Bernard et al.

Experimental Cell Research, 2011, 317 (2), pp.188-94. ⟨10.1016/j.yexcr.2010.08.017⟩

Article dans une revue istex hal-00542527v1
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HYBRID MODEL OF ERYTHROPOIESIS AND LEUKEMIA TREATMENT WITH CYTOSINE ARABINOSIDE

Polina Kurbatova , Samuel Bernard , Nikolai Bessonov , Fabien Crauste , Ivan Demin et al.

SIAM Journal on Applied Mathematics, 2011, 71 (6), pp.2246-2268. ⟨10.1137/100815517⟩

Article dans une revue hal-00538496v2
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Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver

Anuradha Chauhan , Stephan Lorenzen , Hanspeter Herzel , Samuel Bernard

Journal of Theoretical Biology, 2011, 283 (1), pp.103. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩

Article dans une revue hal-00719488v1
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Regulation of mammalian cell cycle progression in the regenerating liver.

Anuradha Chauhan , Stephan Lorenzen , Hanspeter Herzel , Samuel Bernard

Journal of Theoretical Biology, 2011, 283 (1), pp.103-12. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.05.026⟩

Article dans une revue hal-00649211v1
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Tumor growth rate determines the timing of optimal chronomodulated treatment schedules

Samuel Bernard , Branka Cajavec Bernard , Francis Lévi , Hanspeter Herzel

PLoS Computational Biology, 2010, 6 (3), pp.e1000712. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000712⟩

Article dans une revue hal-00470302v1

Adipocyte turnover: relevance to human adipose tissue morphology.

Erik Arner , Pål O Westermark , Kirsty L Spalding , Tom Britton , Mikael Rydén et al.

Diabetes, 2010, 59 (1), pp.105-9. ⟨10.2337/db09-0942⟩

Article dans une revue hal-00542528v1
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A mathematical model for the interpretation of nuclear bomb test derived 14C incorporation in biological systems

Samuel Bernard , Jonas Frisén , Kirsty L. Spalding

Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section B: Beam Interactions with Materials and Atoms, 2010, 268 (7-8), pp.1295-1298. ⟨10.1016/j.nimb.2009.10.156⟩

Article dans une revue hal-00544517v2

Evidence for cardiomyocyte renewal in humans.

Olaf Bergmann , Ratan D Bhardwaj , Samuel Bernard , Sofia Zdunek , Fanie Barnabé-Heider et al.

Science, 2009, 324 (5923), pp.98-102. ⟨10.1126/science.1164680⟩

Article dans une revue hal-00374382v1

Dynamics of fat cell turnover in humans.

Kirsty L Spalding , Erik Arner , Pål O Westermark , Samuel Bernard , Bruce A Buchholz et al.

Nature, 2008, 453 (7196), pp.783-7. ⟨10.1038/nature06902⟩

Article dans une revue istex hal-00372715v1
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Modélisation de la dynamique de l'hématopoïèse normale et pathologique

Mostafa Adimy , Samuel Bernard , Jean Clairambault , Fabien Crauste , Stéphane Génieys et al.

Hématologie, 2008, 14 (5), pp.339-350. ⟨10.1684/hma.2008.0282⟩

Article dans une revue hal-00750278v1

Complex dynamics in the Oregonator model with linear delayed feedback

Krishnamachari Sriram , Samuel Bernard

Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 2008, 18, pp.023126. ⟨10.1063/1.2937015⟩

Article dans une revue hal-00371750v1
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Synchronization-induced rhythmicity of circadian oscillators in the suprachiasmatic nucleus

Samuel Bernard , Didier Gonze , Branka Cajavec , Hanspeter Herzel , Achim Kramer

PLoS Computational Biology, 2007, 3 (4), pp.e68. ⟨10.1371/journal.pcbi.0030068⟩

Article dans une revue hal-00371737v1
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Cost-effective G-CSF therapy strategies for cyclical neutropenia: mathematical modelling based hypotheses.

Catherine Foley , Samuel Bernard , Michael C Mackey

Journal of Theoretical Biology, 2006, 238 (4), pp.754-63. ⟨10.1016/j.jtbi.2005.06.021⟩

Article dans une revue hal-00542529v1
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Why do cells cycle with a 24 hour period?

Samuel Bernard , Hanspeter Herzel

Genome informatics series : proceedings of the .. Workshop on Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics., 2006, 17 (1), pp.72--79

Article dans une revue hal-00371755v1

Modelling transcriptional feedback loops: the role of Gro/TLE1 in Hes1 oscillations.

Samuel Bernard , Branka Cajavec , Laurent Pujo-Menjouet , Michael C Mackey , Hanspeter Herzel

Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 2006, 364 (1842), pp.1155-70. ⟨10.1098/rsta.2006.1761⟩

Article dans une revue istex hal-00372717v1

Death of neuronal clusters contributes to variance of age at onset in Huntington's disease

Branka Cajavec , Hanspeter Herzel , Samuel Bernard

neurogenetics, 2006, 7 (1), pp.21--25

Article dans une revue hal-00371760v1

Aggregation in Huntington's disease: insights through modelling.

Branka Cajavec , Samuel Bernard , Hanspeter Herzel

Genome informatics series : proceedings of the .. Workshop on Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics., 2005, 16 (1), pp.262-71

Article dans une revue hal-00542532v1
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Spontaneous Synchronization of Coupled Circadian Oscillators

Didier Gonze , Samuel Bernard , Christian Waltermann , Achim Kramer , Hanspeter Herzel

Biophysical Journal, 2005, 89 (1), pp.120--129. ⟨10.1529/biophysj.104.058388⟩

Article dans une revue hal-00371748v1

Bifurcations in a white-blood-cell production model.

Samuel Bernard , Jacques Bélair , Michael C Mackey

Comptes Rendus. Biologies, 2004, 327 (3), pp.201-10

Article dans une revue hal-00542530v1

Analysis of cell kinetics using a cell division marker: mathematical modeling of experimental data.

Samuel Bernard , Laurent Pujo-Menjouet , Michael C Mackey

Biophysical Journal, 2003, 84 (5), pp.3414-24. ⟨10.1016/S0006-3495(03)70063-0⟩

Article dans une revue hal-00542531v1
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Mixed precision numerical methods for solving large systems of ordinary differential equations

Mouhamad Al-Sayed Ali , Arsène Marzorati , Samuel Bernard , Jonathan Rouzaud-Cornabas

Congrés National d'Analyse Numérique 2024, May 2024, Ile de ré, France

Communication dans un congrès hal-04953553v1
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Mixed precision and local error in ordinary differential equations

Arsène Marzorati , Mouhamad Al-Sayed Ali , Samuel Bernard , Jonathan Rouzaud-Cornabas

Congrés National d'Analyse Numérique 2024, May 2024, Ile de Ré, France

Communication dans un congrès hal-04953537v1

Temps de premier passage pour le modèle de nucléation aléatoire de Becker-Doring

Romain Yvinec , Maria R. d'Orsogna , Tom Chou , Laurent Pujo-Menjouet , Samuel Bernard et al.

Séminaire du Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Compiègne, Feb 2013, Compiègne, France

Communication dans un congrès hal-03115032v1

Mathematical modeling in chronobiology

Grigory Bordyugov , Pål O Westermark , Ana Korencic , Samuel Bernard , Hanspeter Herzel

Achim Kramer and Martha Merrow. Circadian clocks, Springer, pp.335--357, 2013, ⟨10.1007/978-3-642-25950-0_14⟩

Chapitre d'ouvrage hal-00839517v1

Modélisation multi-échelles en biologie

Samuel Bernard

Nicolas Glade and Angélique Stéphanou. Le vivant discret et continu, Éditions Matériologiques, pp.65-89, 2013, Science & Philosophie, 978-2-919694-23-5

Chapitre d'ouvrage hal-00920523v1