Stéphane Robin

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Publications

Publications

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Microbial biomarkers of tree water status for next‐generation biomonitoring of forest ecosystems

Marine C Cambon , Marine Trillat , Isabelle Lesur‐kupin , Régis Burlett , Emilie Chancerel et al.
Molecular Ecology, 2023, 32 (22), pp.5944-5958. ⟨10.1111/mec.17149⟩
Article dans une revue hal-04272156 v1

Mixture-based estimation of entropy

Stephane S. Robin , Luca Scrucca
Computational Statistics and Data Analysis, 2023, 177, pp.107582. ⟨10.1016/j.csda.2022.107582⟩
Article dans une revue hal-03895041 v1
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Studying speciation and extinction dynamics from phylogenies: addressing identifiability issues

Hélène Morlon , Stéphane Robin , Florian Hartig
Trends in Ecology & Evolution, 2022, 37 (6), pp.497-506. ⟨10.1016/j.tree.2022.02.004⟩
Article dans une revue hal-03671677 v1
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Querying multiple sets of P -values through composed hypothesis testing

Tristan Mary-Huard , Sarmistha Das , Indranil Mukhopadhyay , Stephane S. Robin
Bioinformatics, 2022, 38 (1), pp.141-148. ⟨10.1093/bioinformatics/btab592⟩
Article dans une revue hal-03909580 v1
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Motif-based tests for bipartite networks

Sarah Ouadah , Pierre Latouche , Stéphane Robin
Electronic Journal of Statistics , 2022, 16 (1), pp.293-330. ⟨10.1214/21-EJS1944⟩
Article dans une revue hal-03532924 v1

Accelerating Bayesian estimation for network Poisson models using frequentist variational estimates

Sophie Donnet , Stéphane Robin
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2021, 70 (4), pp.858-885. ⟨10.1111/rssc.12489⟩
Article dans une revue hal-03202058 v1
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The Poisson-Lognormal Model as a Versatile Framework for the Joint Analysis of Species Abundances

Julien Chiquet , Mahendra Mariadassou , Stéphane Robin
Frontiers in Ecology and Evolution, 2021, 9, ⟨10.3389/fevo.2021.588292⟩
Article dans une revue hal-03215628 v1

Model‐based biclustering for overdispersed count data with application in microbial ecology

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stéphane Robin
Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (6), pp.1050-1061. ⟨10.1111/2041-210X.13582⟩
Article dans une revue hal-03323318 v1
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Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project

Maxime Dubart , Pascal Alonso , Didac Barroso-Bergadà , N. Becker , Kévin Béthune et al.
Advances in Ecological Research, 2021, Advances in Ecological Research, 65, pp.367-430. ⟨10.1016/bs.aecr.2021.10.007⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03634351 v1
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Joint species distributions reveal the combined effects of host plants, abiotic factors and species competition as drivers of species abundances in fruit flies

Benoit Facon , Abir Hafsi , Maud Charlery de La Masselière , Stéphane Robin , François Massol et al.
Ecology Letters, 2021, ⟨10.1111/ele.13825⟩
Article dans une revue hal-03287942 v1

Accounting for Missing Actors in Interaction Network Inference from Abundance Data

Raphaëlle Momal , Stephane S. Robin , Christophe Ambroise
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2021, 70 (5), pp.1230-1258. ⟨10.1111/rssc.12509⟩
Article dans une revue hal-04495702 v2
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Key questions for next-generation biomonitoring

Andreas Makiola , Zacchaeus G. Compson , Donald J Baird , Matthew A. Barnes , Sam Philip Boerlijst et al.
Frontiers in Environmental Science, In press, 7, ⟨10.3389/fenvs.2019.00197⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02402296 v1
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Degree-based goodness-of-fit tests for heterogeneous random graph models : independent and exchangeable cases

Sarah Ouadah , Stéphane Robin , Pierre Latouche
Scandinavian Journal of Statistics, 2020, 47 (1), pp.156-181. ⟨10.1111/sjos.12410⟩
Article dans une revue hal-02454464 v1

Tree‐based inference of species interaction networks from abundance data

Raphaëlle Momal , Stéphane Robin , Christophe Ambroise
Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (5), pp.621-632. ⟨10.1111/2041-210X.13380⟩
Article dans une revue hal-02918284 v1

Epidemiologic network inference

Pierre Barbillon , Loic Schwaller , Stéphane Robin , Andrew Flachs , Glenn Davis Stone
Statistics and Computing, 2020, 30, pp.61-75. ⟨10.1007/s11222-019-09865-1⟩
Article dans une revue hal-02316504 v1
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Nine Quick Tips for Analyzing Network Data

Vincent Miele , Stephane S. Robin , Catherine Matias , Stéphane Dray
PLoS Computational Biology, 2019, 15 (12), pp.e1007434. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007434⟩
Article dans une revue hal-02089501 v2

Closed-form Bayesian inference of graphical model structures by averaging over trees

Loïc Schwaller , Stephane S. Robin , Michael Stumpf
Journal de la Société Française de Statistique, 2019, 160 (2), pp.1-23
Article dans une revue hal-03111633 v1
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Incomplete graphical model inference via latent tree aggregation

Geneviève Robin , Christophe Ambroise , Stephane S. Robin
Statistical Modelling, 2019, 19 (5), pp.545-568. ⟨10.1177/1471082X18786289⟩
Article dans une revue hal-01686841 v1

Exact or approximate inference in graphical models: why the choice is dictated by the treewidth, and how variable elimination can be exploited

Nathalie Dubois Peyrard Peyrard , Marie-Josée Cros , Simon de Givry , Alain Franc , Stephane S. Robin et al.
Australian and New Zealand Journal of Statistics, 2019, 61 (2), pp.89-133. ⟨10.1111/anzs.12257⟩
Article dans une revue hal-02433018 v1

A factor model approach for the joint segmentation with between-series correlation

Xavier Collilieux , Émilie Lebarbier , Stéphane Robin
Scandinavian Journal of Statistics, 2019, 46 (3), pp.86-705. ⟨10.1111/sjos.12368⟩
Article dans une revue hal-02239373 v1
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Variational inference for coupled hidden markov models applied to the joint detection of copy number variations

Xiaoqiang Wang , Emilie Lebarbier , Julie Aubert , Stephane Robin
The international journal of biostatistics, 2019, 15 (1), ⟨10.1515/ijb-2018-0023⟩
Article dans une revue hal-02626026 v1
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A generalized statistical framework to assess mixing ability from incomplete mixing designs using binary or higher order variety mixtures and application to wheat

Emma Forst , Jerome Enjalbert , Vincent Allard , Christophe Ambroise , Inès Krissaane et al.
Field Crops Research, 2019, 242, pp.107571. ⟨10.1016/j.fcr.2019.107571⟩
Article dans une revue hal-02618625 v1
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Variational inference for probabilistic Poisson PCA

Julien Chiquet , Mahendra Mariadassou , Stephane Robin
Annals of Applied Statistics, 2018, 12 (4), pp.2674-2698. ⟨10.1214/18-AOAS1177⟩
Article dans une revue hal-01941270 v1

Inference of Adaptive Shifts for Multivariate Correlated Traits

Paul Bastide , Céline Ané , Stephane Robin , Mahendra Mariadassou
Systematic Biology, 2018, 67, ⟨10.1093/sysbio/syy005⟩
Article dans une revue hal-01608932 v1

Goodness of fit of logistic regression models for random graphs

Pierre Latouche , Stephane Robin , Sarah Ouadah
Journal of Computational and Graphical Statistics, 2018, 27 (1), pp.98-109. ⟨10.1080/10618600.2017.1349663⟩
Article dans une revue hal-01583801 v1
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A variable selection approach in the multivariate linear model: an application to LC-MS metabolomics data

Marie Perrot-Dockes , Celine Levy Leduc , Julien Chiquet , Laure Sansonnet , Margaux Brégère et al.
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2018, 17 (5), pp.20170077. ⟨10.1515/sagmb-2017-0077⟩
Article dans une revue hal-01896164 v1

A robust approach for estimating change-points in the mean of an AR(1) process

Souhil Chakar , Céline Levy Leduc , Stephane Robin , E. Lebarbier
Bernoulli, 2017, 23 (2), pp.1408-1447. ⟨10.3150/15-BEJ782⟩
Article dans une revue hal-01530852 v1
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SegCorr a statistical procedure for the detection of genomic regions of correlated expression

Eleni Ioanna Delatola , Emilie Lebarbier , Tristan Mary-Huard , François Radvanyi , Stéphane Robin et al.
BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.333. ⟨10.1186/s12859-017-1742-5⟩
Article dans une revue inserm-02059501 v1
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Exact Bayesian inference for off-line change-point detection in tree-structured graphical models

Loic Schwaller , Stephane Robin
Statistics and Computing, 2017, 27 (5), pp.1331-1345. ⟨10.1007/s11222-016-9689-3⟩
Article dans une revue hal-01555266 v1

Detection of adaptive shifts on phylogenies by using shifted stochastic processes on a tree

Paul Bastide , Mahendra Mariadassou , Stephane Robin
Journal of the Royal Statistical Society: Series B, 2017, ⟨10.1111/rssb.12206⟩
Article dans une revue hal-01551071 v1
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Modelling the influence of dimerisation sequence dissimilarities on the auxin signalling network

Jonathan Legrand , Jean-Benoist Leger , Stephane S. Robin , Teva Vernoux , Yann Guédon
BMC Systems Biology, 2016, 10 (22), pp.17. ⟨10.1186/s12918-016-0254-7⟩
Article dans une revue hal-01361020 v1
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Variational Bayes model averaging for graphon functions and motif frequencies inference in W-graph models

Pierre Latouche , Stephane S. Robin
Statistics and Computing, 2016, 26 (6), pp.1173 - 1185. ⟨10.1007/s11222-015-9607-0⟩
Article dans une revue hal-01519750 v1

Comparing change-point location in independent series

Alice Cleynen , Stephane Robin
Statistics and Computing, 2016, 26 (1-2), pp.1-14. ⟨10.1007/s11222-014-9492-y⟩
Article dans une revue hal-01208118 v1

Vaccination coverage in French 17-year-old young adults: an assessment of mandatory and recommended vaccination statuses

F. Roblot , S. Robin , Caroline Chubilleau , J. Giraud , B. Bouffard et al.
Epidemiology and Infection, 2016, 144 (3), pp.612-617. ⟨10.1017/S0950268815001533⟩
Article dans une revue hal-02550876 v1
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Structured regularization for conditional Gaussian graphical models

Julien Chiquet , Tristan Mary-Huard , Stephane Robin
Statistics and Computing, 2016, 27 (3), pp.1-16. ⟨10.1007/s11222-016-9654-1⟩
Article dans une revue hal-01531660 v1

Apprentissage de réseaux par agrégation bayésienne d’arbres couvrants

Stephane Robin , Loic Schwaller
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2015, 2, pp.153-172. ⟨10.3166/RIA.29.153-172⟩
Article dans une revue hal-01219568 v1

Inference in finite state space non parametric hidden markov models and applications

E. Gassiat , Alice Cleynen , Stephane Robin
Statistics and Computing, 2015, 26 (1-2), ⟨10.1007/s11222-014-9523-8⟩
Article dans une revue hal-01208116 v1

Les nouveaux défis de la biologie moléculaire

Celine Levy Leduc , Stephane Robin
Symbiose (Magazine d'Agroparistech Alumni), 2015, 12
Article dans une revue hal-01537747 v1
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Nonparametric species richness estimation under convexity constraint

Cécile Durot , Sylvie Huet , François Koladjo , Stéphane Robin
Environmetrics, 2015, 26 (7), pp.502-513. ⟨10.1002/env.2352⟩
Article dans une revue hal-01250079 v1

Network impact on persistence in a finite population dynamic diffusion model: Application to an emergent seed exchange network

Pierre Barbillon , Mathieu Thomas , Isabelle Goldringer , Frédéric Hospital , Stéphane Robin
Journal of Theoretical Biology, 2015, 365, pp.365-376. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.10.032⟩
Article dans une revue hal-01194122 v1
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Modeling heterogeneity in random graphs through latent space models: a selective review

Catherine Matias , Stéphane Robin
ESAIM: Proceedings, 2014, MMCS, Mathematical Modelling of Complex Systems, 47, pp.55 - 74. ⟨10.1051/proc/201447004⟩
Article dans une revue hal-00948421 v2

Comparing segmentation methods for genome annotation based on RNA-Seq data

Alice Cleynen , Sandrine Dudoit , Stephane Robin
Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, 2014, 19 (1), pp.101-118. ⟨10.1007/s13253-013-0159-5⟩
Article dans une revue hal-01197620 v1

Two-dimensional segmentation for analyzing Hi-C data

Celine Lévy-Leduc , Maud Delattre , T. Mary-Huard , S. Robin
Bioinformatics, 2014, 30 (17), pp.i386-i392. ⟨10.1093/bioinformatics/btu443⟩
Article dans une revue hal-04083798 v1
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Segmentor3IsBack : an R package for the fast and exact segmentation of Seq-data

Alice Cleynen , Michel Koskas , Guillem Rigaill , Stephane Robin
Algorithms for Molecular Biology, 2014, 9, 11 p. ⟨10.1186/1748-7188-9-6⟩
Article dans une revue hal-01197619 v1
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Hidden Markov Models with mixtures as emission distributions

Stevenn Volant , Caroline Bérard , Marie-Laure Martin-Magniette , Stéphane Robin
Statistics and Computing, 2014, 24 (4), pp.493-504. ⟨10.1007/s11222-013-9383-7⟩
Article dans une revue hal-04609312 v1

Detection of significant genomic alterations via simultaneous minimal sojourns at a state by independent continuous-time markov chains

Stephane Robin , Valeri T. Stefanov
Methodology and Computing in Applied Probability, 2013, 17 (2), pp.479-487. ⟨10.1007/s11009-013-9374-3⟩
Article dans une revue hal-01219584 v1

Least-squares estimation of a convex discrete distribution

Cécile Durot , Sylvie Huet , François Koladjo , Stephane Robin
Computational Statistics and Data Analysis, 2013, 67, pp.282-298. ⟨10.1016/j.csda.2013.04.019⟩
Article dans une revue istex hal-01019893 v1
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Least-squares estimation of a convex discrete distribution

Cécile Durot , Sylvie Huet , Francois Koladjo , Stephane S. Robin
Computational Statistics and Data Analysis, 2013
Article dans une revue hal-01712994 v1
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Genomic instability : a stronger prognostic marker than proliferation for early stage luminal breast carcinomas

Anne Vincent-Salomon , Vanessa Benhamo , Eleonore Gravier , Guillem Rigaill , Nadège Gruel et al.
PLoS ONE, 2013, 8 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0076496⟩
Article dans une revue hal-01219550 v1

HOMER : a homogenization software - methods and applications

Olivier Mestre , Peter Domonkos , Franck Picard , Ingeborg Auer , Stephane Robin et al.
IDOJARAS, 2013, 117 (1), pp.47 - 67
Article dans une revue hal-01190665 v1
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Classification and estimation in the Stochastic Blockmodel based on the empirical degrees

Antoine Channarond , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
Electronic Journal of Statistics , 2012, 6, pp.2574-2601. ⟨10.1214/12-EJS753⟩
Article dans une revue hal-01190224 v1

ExactDAS: an exact test procedure for the detection of differential alternative splicing in microarray experiments

Tristan Mary-Huard , Florence Jaffrezic , Stephane S. Robin
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2012, 11, online (5), Non paginé. ⟨10.1515/1544-6115.1814⟩
Article dans une revue istex hal-01000045 v1

Exact posterior distributions and model selection criteria for multiple change-point detection problems

Guillem G. Rigaill , Stephane S. Robin
Statistics and Computing, 2012, 22 (4), pp.917-929. ⟨10.1007/s11222-011-9258-8⟩
Article dans une revue istex hal-01000030 v1

Accuracy of variational estimates for random graph mixture models

Steven S. Gazal , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Stephane S. Robin
Journal of Statistical Computation and Simulation, 2012, 82 (6), pp.849-862. ⟨10.1080/00949655.2011.560117⟩
Article dans une revue hal-01000025 v1

The influence of public programs on inter-firm R&D collaboration strategies: project-level evidence from EU FP5 and FP6

Mireille Matt , Stephane Robin , Sandrine Wolff
Journal of Technology Transfer, 2012, 37 (6), pp.885 - 916. ⟨10.1007/s10961-011-9232-9⟩
Article dans une revue istex hal-01804925 v1
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Bayesian model averaging for estimating the number of classes: applications to the total number of species in metagenomics

Sébastien Li-Thiao-Te , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
Journal of Applied Statistics, 2012, 39 (7), pp.1489-1504. ⟨10.1080/02664763.2012.658358⟩
Article dans une revue hal-01019870 v1
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Classification and estimation in the Stochastic Blockmodel based on the empirical degrees

Antoine Channarond , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
Electronic Journal of Statistics , 2012, 6, pp.1935 -2601. ⟨10.1214/12-EJS753⟩
Article dans une revue hal-02374976 v1
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Variational Bayes approach for model aggregation in unsupervised classification with Markovian dependency

Stevenn Volant , Marie-Laure Magniette Martin-Magniette , Stephane S. Robin
Computational Statistics and Data Analysis, 2012, 56 (8), pp.2375-2387. ⟨10.1016/j.csda.2012.01.027⟩
Article dans une revue hal-01000046 v1

Joint segmentation of multivariate Gaussian processes using mixed linear models

Franck F. Picard , E. Lebarbier , E. E. Budinska , Stephane S. Robin
Computational Statistics and Data Analysis, 2011, 55 (2), pp.1160 - 1170. ⟨10.1016/j.csda.2010.09.015⟩
Article dans une revue hal-01001452 v1

Integrative epigenomic mapping defines four main chromatin states in Arabidopsis

François Roudier , Ikhlak I. Ahmed , Caroline C. Berard , Alexis A. Sarazin , Tristan Mary-Huard et al.
EMBO Journal, 2011, 30 (10), pp.1928 - 1938. ⟨10.1038/emboj.2011.103⟩
Article dans une revue hal-00999846 v1

Occurrence of structured motifs in random sequences: Arbitrary number of boxes

Valeri T. V. T. Stefanov , Stephane S. Robin , Sophie S. Schbath
Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (8), pp.826-831. ⟨10.1016/j.dam.2010.12.023⟩
Article dans une revue hal-01001273 v1

Unsupervised Classification for Tiling Arrays: ChIP-chip and Transcriptome

Caroline Berard , Marie-Laure Magniette , Veronique Brunaud , Sebastien Aubourg , Stephane Robin
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2011, 10 (1), pp.50. ⟨10.2202/1544-6115.1692⟩
Article dans une revue hal-01190201 v1
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Joint segmentation, calling, and normalization of multiple CGH profiles

Franck Picard , Mark Hoebeke , Guillem Rigaill , Baba Thiam , Stephane Robin
Biostatistics, 2011, 12 (3), pp.413-428. ⟨10.1093/biostatistics/kxq076⟩
Article dans une revue hal-01019859 v1

A cross-validation based estimation of the proportion of true null hypotheses

Alain Célisse , Stephane Robin
Journal of Statistical Planning and Inference, 2010, 140 (11), pp.3132-3147. ⟨10.1016/j.jspi.2010.04.014⟩
Article dans une revue istex hal-01197599 v1
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Uncovering latent structure in valued graphs: a variational approach

Mahendra Mariadassou , Stephane Robin , Corinne Vacher
Annals of Applied Statistics, 2010, 4 (2), pp.715-742. ⟨10.1214/10-AOAS361⟩
Article dans une revue hal-01197514 v1
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Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions

Felicie Faucon , Emmanuelle Rebours , Claudia Bevilacqua , Jean-Christophe Helbling , Julie Aubert et al.
Physiological Genomics, 2009, 40 (1), pp.61-82
Article dans une revue hal-01193417 v1

Transcriptional landscape estimation from tiling array data using a model of signal shift and drift

Pierre Nicolas , Aurelie Leduc , Stephane Robin , Simon Rasmussen , Hanne Jarmer et al.
Bioinformatics, 2009, 25 (18), pp.2341-2347. ⟨10.1093/bioinformatics/btp395⟩
Article dans une revue hal-01197505 v1

Tailored Aggregation for Classification

Tristan Mary-Huard , Stephane Robin
IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2009, 31 (11), pp.2098-2105. ⟨10.1109/TPAMI.2009.55⟩
Article dans une revue hal-01197577 v1
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Kerfdr: a semi-parametric kernel-based approach to local false discovery rate estimation

Mickaël Guedj , Stephane Robin , Alain Célisse , Grégory Nuel
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.1-12. ⟨10.1186/1471-2105-10-84⟩
Article dans une revue hal-01197596 v1
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Mélanges gaussiens bidimensionnels pour la comparaison de deux échantillons de chromatine immunoprécipitée

Caroline Berard , Marie-Laure Martin-Magniette , Alexandra To , François Roudier , Vincent Colot et al.
La revue MODULAD, 2009, 40, pp.53-68
Article dans une revue hal-01197565 v1

A semi-parametric kernel-based approach to local False Discovery Rate estimations

Gregory Nuel , Alain Celisse , Mickaël Guedj , Stéphane Robin
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.84
Article dans une revue hal-00271321 v1
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Deciphering the connectivity structure of biological networks using MixNet

Franck Picard , Vincent Miele , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Ludovic Cottret , Stephane S. Robin
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.1-11. ⟨10.1186/1471-2105-10-S6-S17⟩
Article dans une revue hal-02658961 v1

Deciphering the connectivity structure of biological networks using MixNet

Franck Picard , V. Miele , L. Cottret , J.J. Daudin , S. Robin
BMC Bioinformatics, 2009, in press, pp.1-1
Article dans une revue hal-00391483 v1

Deciphering the connectivity structure of biological networks using MixNet

Franck Picard , V. Miele , J.J. Daudin , L. Cottret , S. Robin
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.1-11
Article dans une revue hal-00428390 v1

Simultaneous occurrences of runs in independent markov chains

Stephane Robin , V.T. Stefanov
Methodology and Computing in Applied Probability, 2009, 11 (2), pp.267-275. ⟨10.1007/s11009-008-9093-3⟩
Article dans une revue istex hal-01197597 v1

Kerfdr: a semi-parametric kernel-based approach to local false discovery rate estimation

M. Guedj , S. Robin , Alain Celisse , Gregory Nuel
BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.84
Article dans une revue hal-00539551 v1

Individual signature in canary songs: contribution of multiple levels of song structure

Katia Lehongre , Thierry Aubin , Stephane Robin , Catherine del Negro
Ethology, 2008, 114 (5), pp.425-435. ⟨10.1111/j.1439-0310.2008.01486.x⟩
Article dans une revue istex hal-01197589 v1

A combined transcriptomic approach to analyse the dialog between Pseudorabies virus and porcine cells

Laurence Flori , Claire Rogel Gaillard , V. Mariani , Gaetan G. Lemonnier , M. Cochet et al.
Developments in Biologicals, 2008, 132, pp.99-104
Article dans une revue hal-02654301 v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , Jean-Jacques Daudin , Michel Koskas , Sophie Schbath , Stephane Robin
Journal of Computational Biology, 2008, 15 (1), pp.1-20. ⟨10.1089/cmb.2007.0137⟩
Article dans une revue hal-01197499 v1

ChIPmix: mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis

Marie-Laure Magniette , Tristan Mary-Huard , Caroline Berard , Stephane Robin
Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.i181-i186. ⟨10.1093/bioinformatics/btn280⟩
Article dans une revue hal-01197653 v1
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Amplification biases: possible differences among deviating gene expressions.

Séverine A Degrelle , Christelle Hennequet-Antier , Hélène Chiapello , Karine Piot-Kaminski , François Piumi et al.
BMC Genomics, 2008, 9 (46), pp.46. ⟨10.1186/1471-2164-9-46⟩
Article dans une revue cea-00307623 v1
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The MatP/matS site-specific system organizes the terminus region of the E. coli chromosome into a macrodomain

Romain Mercier , Marie Agnes Petit , Sophie Schbath , Stephane Robin , Meriem El Karoui et al.
Cell, 2008, 135 (3), pp.475-485. ⟨10.1016/j.cell.2008.08.031⟩
Article dans une revue hal-01197588 v1

Un enfoque de transcripción combinada para analizar el diálogo entre el virus de la Pseudorrabia y las células porcinas

Laurence Flori , Claire Rogel Gaillard , Valentina Mariani , Gaetan G. Lemonnier , Marielle Cochet et al.
Albéitar (Odivelas), 2008, 120, pp.40-43
Article dans une revue hal-02655694 v1

Nonparametric density estimation by exact leave-p-out cross-validation

Alain Célisse , Stephane Robin
Computational Statistics and Data Analysis, 2008, 52 (5), pp.2250-2368. ⟨10.1016/j.csda.2007.10.002⟩
Article dans une revue istex hal-01197590 v1

A mixture model for random graphs

J.-J. Daudin , Franck Picard , S. Robin
Statistics and Computing, 2008, 18, pp.173-183
Article dans une revue hal-00428180 v1
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Transcriptomic analysis of the dialogue between Pseudorabies virus and porcine epithelial cells during infection.

Laurence Flori , Claire Rogel Gaillard , Marielle Cochet , Gaetan Lemonnier , Karine Hugot et al.
BMC Genomics, 2008, 9, pp.123. ⟨10.1186/1471-2164-9-123⟩
Article dans une revue cea-00307390 v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , J.-J. Daudin , M. Koskas , S. Schbath , S. Robin
Journal of Computational Biology, 2008, 15, pp.1-20
Article dans une revue hal-00428157 v1

A mixture model for random graphs

Jean-Jacques Daudin , Franck Picard , Stephane Robin
Statistics and Computing, 2008, 18 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s11222-007-9046-7⟩
Article dans une revue hal-01197587 v1

Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes

E. Aït Yahya-Graison , Julie Aubert , Stephane Robin , L. Dauphinot , I. Rivals et al.
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
Article dans une revue hal-01197498 v1

A penalized criterion for variable selection in classification

Tristan Mary-Huard , Stephane Robin , Jean-Jacques Daudin
Journal of Multivariate Analysis, 2007, 98 (4), pp.695-705. ⟨10.1016/j.jmva.2006.06.003⟩
Article dans une revue hal-01197536 v1

A segmentation/clustering model for the analysis of array CGH data

Franck Picard , S. Robin , E. Lebarbier , J.-J. Daudin
Biometrics, 2007, 63, pp.758-766
Article dans une revue hal-00434826 v1

Waiting times for clumps of patterns and for structured motifs in random sequences

V.T. Stefanov , Stephane Robin , Sophie Schbath
Discrete Applied Mathematics, 2007, 155 (6-7), pp.868-880. ⟨10.1016/j.dam.2005.07.016⟩
Article dans une revue hal-01197504 v1
Image document

Identification of DNA Motifs Implicated in Maintenance of Bacterial Core Genomes by Predictive Modeling

David Halpern , Helene Chiapello , Sophie Schbath , Stephane Robin , Christelle Hennequet-Antier et al.
PLoS Genetics, 2007, 3 (9), pp.1614-1621;e153. ⟨10.1371/journal.pgen.0030153⟩
Article dans une revue hal-01197542 v1
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Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype

E. Aït Yahya-Graison , Julie Aubert , L. Dauphinot , Isabelle Rivals , Marguerite Prieur et al.
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491
Article dans une revue hal-01208111 v1

A semi-parametric approach for mixture models: Application to local false discovery rate estimation

Stephane Robin , Avner Bar-Hen , Jean-Jacques Daudin , Laurent Pierre
Computational Statistics and Data Analysis, 2007, 51 (12), pp.5483-5493. ⟨10.1016/j.csda.2007.02.028⟩
Article dans une revue istex hal-01197551 v1
Image document

Statistical tests to compare motif count exceptionalities

Stephane Robin , Sophie Schbath , Vincent Vandewalle
BMC Bioinformatics, 2007, 8, pp.84. ⟨10.1186/1471-2105-8-84⟩
Article dans une revue hal-01197501 v1
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A segmentation/clustering model for the analysis of array CGH data

Franck Picard , Stephane Robin , Jean-Jacques Daudin
Biometrics, 2007, 63 (3), pp.758-766. ⟨10.1111/j.1541-0420.2006.00729.x⟩
Article dans une revue istex hal-01197574 v1

Comparaisons multiples pour les microarrays

Avner Bar-Hen , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
Journal de la Société Française de Statistique, 2006, 146 (1-2), pp.45-62
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01219538 v1

Prediction of euclidean distances with discrete and continuous outcomes

Frédéric Mortier , Stephane Robin , Stéphane Lassalvy , Claire Baril , Avner Bar-Hen
Journal of Multivariate Analysis, 2006, 97 (8), pp.1799-1814. ⟨10.1016/j.jmva.2005.06.010⟩
Article dans une revue hal-01208115 v1

Uncovering structure in biological networks

J.J. Daudin , Vincent Lacroix , M. Mariadassou , V. Miele , Franck Picard et al.
incollection, 2006, --, pp.471-483
Article dans une revue hal-00427936 v1
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Network motifs : mean and variance for the count

Catherine Matias , Sophie S. Schbath , Etienne Birmelé , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Stephane S. Robin
REVSTAT - Statistical Journal, 2006, 4 (1), pp.31-51
Article dans une revue hal-02655236 v1
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A statistical approach for array CGH data analysis

Franck Picard , Stephane Robin , Marc Lavielle , Christian Vaisse , Jean-Jacques Daudin
BMC Bioinformatics, 2005, 6, ⟨10.1186/1471-2105-6-27⟩
Article dans une revue hal-01222433 v1

Checking homogeneity of patterns distribution in heterogeneous sequences

Sabrina Ledent , Stephane Robin
Journal of Computational Biology, 2005, 12 (6), pp.672-685
Article dans une revue hal-01222438 v1

Mixture model on the variance for the differential analysis of gene expression data

P. Delmar , S. Robin , D. Tronik Le Roux , Jj Daudin
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2005, 54 (Part 1), pp.31-50 Part 1. ⟨10.1111/j.1467-9876.2005.00468.x⟩
Article dans une revue istex hal-00126144 v1
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AnovArray: a set of SAS macros for the analysis of variance of gene expression data

Christelle Hennequet-Antier , Helene H. Chiapello , Karine Piot , Severine S. Degrelle , Isabelle Hue et al.
BMC Bioinformatics, 2005, 6, pp.150. ⟨10.1186/1471-2105-6-150⟩
Article dans une revue inserm-02440250 v1

VarMixt: efficient variance modelling for the differential analysis of replicated gene expression data

P. Delmar , S. Robin , Jj Daudin
Bioinformatics, 2005, 21 (4) (4), pp.502-508. ⟨10.1093/bioinformatics/bti023⟩
Article dans une revue hal-00126119 v1

A statistical approach for array CGH data analysis

Franck Picard , S. Robin , M. Lavielle , C. Vaisse , J.-J. Daudin
BMC Bioinformatics, 2005, 6, pp.1-14
Article dans une revue hal-00427846 v1

Factors associated with time to neonatal diarrhoea in french beef calves

Tristan Lorino , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin , Moez Sanaa
Preventive Veterinary Medicine, 2005, 68 (2-4), pp.91-102. ⟨10.1016/j.prevetmed.2004.11.013⟩
Article dans une revue hal-01222437 v1
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Spotting effect in microarray experiments

Tristan Mary-Huard , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Stephane S. Robin , Frederique Bitton , Eric Cabannes et al.
BMC Bioinformatics, 2004, 5, pp.63. ⟨10.1186/1471-2105-5-63⟩
Article dans une revue hal-02676641 v1
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Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR

Julie Aubert , Avner Bar-Hen , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
BMC Bioinformatics, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
Article dans une revue hal-01208107 v1

Comparison of semiparametric regression models for correlated survival data

Tristan Lorino , Moez Sanaa , Stephane Robin , Jean-Jacques Daudin
Communications in Statistics - Simulation and Computation, 2004, 33 (8), pp.1975-1991. ⟨10.1081/STA-120037453⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01222436 v1
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Classification and identification of arabidopsis cell wall mutants using fourier transfrom infrared (FT-IR) microspectroscopy

Grégory Mouille , Stephane Robin , Mannaïg Lecomte , Sylvère Pagant , Herman Höfte
The Plant Journal, 2003, 35 (3), pp.393-404. ⟨10.1046/j.1365-313X.2003.01807.x⟩
Article dans une revue hal-01208114 v1

A procedure for the clustering of cell wall mutants in the model plant arabidopsis based on fourier-transform infrared (FT-IR) spectroscopy

Stephane Robin , Mannaïg Lecomte , Herman Höfte , Gregory Mouille
Journal of Applied Statistics, 2003, 30 (6), pp.669-681. ⟨10.1080/0266476032000053745⟩
Article dans une revue hal-01222426 v1

An iterative procedure for differential analysis of gene expression

Avner Bar-Hen , Stephane Robin
Comptes Rendus. Mathématique, 2003, 337 (5), pp.343-346. ⟨10.1016/S1631-073X(03)00365-0⟩
Article dans une revue istex hal-01219539 v1

Trans-complementation of an endonuclease-defective tagged I element as a tool for the study of retrotransposition in Drosophila melanogaster

S. Robin , S. Chambeyron , C. Brun , A. Bucheton , I. Busseau
Molecular Genetics and Genomics, 2002, 267 (6), pp.829-834. ⟨10.1007/s00438-002-0716-z⟩
Article dans une revue istex hal-04176747 v1
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Back to the local score in the logarithmic case : a direct and simple proof,

Jean-Noel Bacro , Jean-Jacques Daudin , Sabine Mercier , Stéphane Robin
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, 2002, 54 (4), pp.748-757. ⟨10.1023/A:1022407200882⟩
Article dans une revue hal-00937519 v1

A compound Poisson model for words occurrences in DNA sequences

Stephane Robin
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2002, 51 (4), pp.437-451. ⟨10.1111/1467-9876.00279⟩
Article dans une revue istex hal-01222434 v1

Occurrence probability of structured motifs in random sequences

S. Robin , J.J. Daudin , H. Richard , M.-F. Sagot , S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2002, 9 (6), pp.761-773. ⟨10.1089/10665270260518254⟩
Article dans une revue hal-00427461 v1

Predicting phenotypic distances using a linear model : the case of varietal distinctness

Gregory Nuel , Stephane Robin , Claire Baril
Journal of Applied Statistics, 2001, 28 (5), pp.607-621. ⟨10.1080/02664760120047942⟩
Article dans une revue hal-01222432 v1

Varietal distinctness assisted by molecular markers : a methodological approach

Grégory Nuel , Claire Baril , Stephane Robin
Acta Horticulturae, 2001, 546, pp.65-71
Article dans une revue hal-01222431 v1

Numerical comparison of several approximations of the word count distribution in random sequences

Stephane S. Robin , Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2001, 8 (4), pp.349-359
Article dans une revue hal-02675878 v1
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Extracting biological information from dna arrays : an unexpected link between arginine and methionine metabolism in bacillus subtilis

Agnieszka Sekowska , Stephane Robin , Jean-Jacques Daudin , Alain Hénaut , Antoine Danchin
Genome Biology, 2001, 2 (6), ⟨10.1186/gb-2001-2-6-research0019⟩
Article dans une revue hal-01219561 v1

Exact distribution of the distances between any occurrences of a set of words

Stephane Robin , Jean-Jacques Daudin
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, 2001, 36 (4), pp.895-905. ⟨10.1023/A:1014633825822⟩
Article dans une revue istex hal-01222428 v1

A model for thermograms

Stephane Robin
Biometrics, 1999, 55 (1), pp.37-43. ⟨10.1111/j.0006-341X.1999.00037.x⟩
Article dans une revue istex hal-01222430 v1

Spike dry matter and nitrogen accumulation before anthesis in wheat as affected by nitrogen fertilizer: relationship to kernels per spike

Sabine Demotes-Mainard , Marie-Helene Jeuffroy , Stephane S. Robin
Field Crops Research, 1999, 64, pp.249-259
Article dans une revue hal-02695485 v1

Exact distribution of word occurrences in a random sequence of letters

Stephane Robin , Jean-Jacques Daudin
Journal of Applied Probability, 1999, 36 (1), pp.179-193
Article dans une revue hal-01222427 v1

One sided acceptance sampling by variables : the case of the Laplace distribution

A. Sahli , P. Trecourt , Stephane S. Robin
Communications in Statistics - Theory and Methods, 1997, 26 (11), pp.2817-2834
Article dans une revue hal-02686398 v1

Sensitivity analysis of non-parametric tests for censored data

Stephane S. Robin
Communications in Statistics - Theory and Methods, 1996, 25 (8), pp.1693-1715
Article dans une revue hal-02685934 v1
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Hoeffding-type decomposition for U-statistics on bipartite networks

Tâm Le Minh , Sophie Donnet , François Massol , Stephane S. Robin
JDS 2023-54èmes Journées de Statistique de la Société Française de Statistique (SFdS), 2023, Bruxelles, Belgium
Communication dans un congrès hal-04792991 v1
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Détection de ruptures multiples pour les processus de Poisson

Charlotte Dion-Blanc , E. Lebarbier , Stephane S. Robin
54ème Journées De Statistique De Société Française De Statistique, Jun 2023, Bruxelles, Belgium
Communication dans un congrès hal-04403138 v1
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Data-driven Modeling of Building Consumption Profile for Optimal Flexibility: Application to Energy Intensive Industry

Camille Pajot , Benoît Delinchant , Yves Maréchal , Frédéric Wurtz , Stephane Robin et al.
Building Simulation Conference 2019, Sep 2019, Rome, Italy
Communication dans un congrès hal-02364669 v1

Variational Inference for sparse network reconstruction from count data

Julien Chiquet , Mahendra Mariadassou , Stephane Robin
ICML 2019 International Conference on Machine Learning, Jun 2019, Long Beach, United States
Communication dans un congrès hal-02735800 v1

A Walk Along Models for Count Data in Microbial Ecology

Mahendra Mariadassou , Julien Chiquet , Stéphane Robin
Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM) 2018, Sep 2018, Athènes, Greece
Communication dans un congrès hal-04382269 v1
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Exact and approximate inference in graphical models

Régis Sabbadin , Nathalie Peyrard , Marie-Josée Cros , Simon de Givry , Alain Franc et al.
10th International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM), Oct 2017, Granada, Spain
Communication dans un congrès hal-02116334 v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-01661249 v1

Diagonal blockwise matrix segmentation in computational biology

Tristan Mary-Huard , Stephane Robin , Celine Levy Leduc , Maud Delattre , Vincent Brault et al.
IFCAM Workshop, 2016, Bangalore, India
Communication dans un congrès hal-02795763 v1

Deciphering the pathobiome: intra- and interkingdom interactions involving the pathogen Erysiphe alphitoides

Corinne Vacher , Virgil Fievet , Boris Jakuschkin , Sarah Ouadah , Cécile Robin et al.
10. International symposium on phyllosphere microbiology, Jul 2015, Ascona, Switzerland
Communication dans un congrès hal-01607740 v1

Latent Block Model for ecological abundance data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Christophe Mougel , Stephane Robin
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01661254 v1

Detecting genomic alteration in genomic profiles: the infinite population case

Marie-Pierre Etienne , Laurent Decreusefond , Gabriel Lang , Stephane S. Robin
IWAP (International Workshop on Applied Probability) , Jun 2014, Antaly, Turkey
Communication dans un congrès hal-01589480 v1
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Two-dimensional segmentation for analyzing HiC data

Celine Levy Leduc , Maud Delattre , Tristan Mary-Huard , Stephane Robin
ECCB 2014: The 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.386-392, ⟨10.1093/bioinformatics/btu443⟩
Communication dans un congrès hal-01148580 v1

Segmentor3isback : an r package for the fast and exact segmentation of seq-data

Alice Cleynen , Michel Koskas , Emilie Lebarbier , Guillem Rigaill , Stéphane Robin
The R User Conference, Jun 2013, Albacete, Spain
Communication dans un congrès hal-01587007 v1

Two segmentation methods for genome annotation

Cleynen Alice , Dudoit Sandrine , Lebarbier Emilie , Robin Stéphane
The 10th International Workshop on Computational Biology, Jun 2013, Tampere, Finland
Communication dans un congrès hal-01587019 v1

A multivariate HMM with dependency structure for the detection of copy number variations

Xiaoqiang Wang , Julie J. Aubert , Stephane S. Robin
45e Journées de Statistique de la SfDS, May 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01589538 v1

Network impact on persistence in a finite population dynamic exchange model

Pierre Barbillon , Thomas Mathieu , Isabelle I. Goldringer , Frederic F. Hospital , Stephane S. Robin
Journées de statistiques de la SFDS, May 2013, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-01586982 v1
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Estimation de la fonction graphon d'un W-graphe. Application au réseau de la blogosphere politique française

Pierre Latouche , Stéphane Robin
45èmes journées de Statistique, 2013, Toulouse, France. pp.JdS
Communication dans un congrès hal-00830095 v1

ExactDAS: An exact test procedure for the detection of differential alternative splicing

Tristan Mary-Huard , Florence Jaffrezic , Stéphane Robin
4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), Mar 2012, Las Vegas, United States
Communication dans un congrès hal-01587037 v1

NeMo: Fast Count and Statistical Significance of Network Motifs

Michel M. Koskas , Gilles G. Grasseau , Etienne E. Birmelé , Sophie S. Schbath , Stephane S. Robin
MARAMI 2011 : 2. Conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique, Oct 2011, Grenoble, France. n.p
Communication dans un congrès hal-00999907 v1
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Uncovering latent structure in valued graphs: a variational approach

Mahendra Mariadassou , Stephane S. Robin , Corinne C. Vacher
Probability and Discrete Mathematics in Mathematical Biology, May 2011, Singapore, Singapore. 47 diapos
Communication dans un congrès hal-02802815 v1
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Inférence dans le Stochastic Block Model pour de grands graphes

Antoine Channarond , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
JDS 2011 : 43. Journées de Statistique, May 2011, Gammarth, Tunisie. 416 p
Communication dans un congrès hal-01019782 v1
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NeMo: Fast Count of Network Motifs

Michel M. Koskas , Gilles G. Grasseau , Etienne E. Birmelé , Sophie S. Schbath , Stephane S. Robin
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jun 2011, Paris, France. pp.53-60
Communication dans un congrès hal-01000038 v1
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Modèles de mélange tronqués pour l'écologie microbienne. Estimation du nombre d'espèces manquantes.

Sebastien Li-Thiao-Te , Jean-Jacques Daudin , Stéphane Robin , Emilie Lebarbier
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
Communication dans un congrès inria-00494719 v1
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Inférence dans le Stochastic Block Model pour les grands graphes

Antoine Channarond , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
JFGG'10 : Journée thématique Fouille de grands graphes, Oct 2010, Toulouse, France. 20 p
Communication dans un congrès hal-01197533 v1

Statistical methodology for the analysis of multi-sample ChIP-chip experiments

Tristan Mary-Huard , Marie-Laure Martin-Magniette , Caroline Berard , Stephane Robin
25. International Biometric Conference, Dec 2010, Florianopolis, Brazil. 1 p
Communication dans un congrès hal-01197553 v1
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Approche bayésienne variationnelle pour l'agrégation de modèles en classification.

Stevenn Volant , Marie-Laure Martin-Magniette , Stéphane Robin
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
Communication dans un congrès inria-00494832 v1
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Modèle linéaire mixte avec segmentation : application à la détection de changements dans les dates de vendanges

Franck Picard , Eva Budinska , Stephane Robin
42. Journées de Statistique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-01197573 v1
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Modèle linéaire mixte avec segmentation : application à la détection de changements dans les dates de vendanges

Emilie Lebarbier , Franck Picard , Eva Budinska , Stéphane Robin
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
Communication dans un congrès inria-00494861 v1

Mixture models of truncated data for estimating the number of species

Sébastien Li-Thiao-Te , Jean-Jacques Daudin , Stephane Robin
19. International Conference on Computational Statistics, Aug 2010, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01197572 v1
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Properties of variational estimates of a mixture model for random graphs

Jean-Jacques Daudin , Alain Célisse , Steven Gazal , Stephane Robin
ECCS10 European Conference on Complex Systems, Sep 2010, Lisbonne, France
Communication dans un congrès hal-01197575 v1
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Accuracy of Variational Estimates for Random Graph Mixture Models

Steven Gazal , Jean-Jacques Daudin , Stéphane Robin
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
Communication dans un congrès inria-00494740 v1
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Statistical assessment of chromosomal aberrations at the cohort level: the CGHSeg package

Franck Picard , Baba Thiam , Stephane Robin
The 5. R useR Conference, Jul 2009, Rennes, France. 18 p
Communication dans un congrès hal-01197546 v1
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Distribution de l'espace des segmentations

Guillem Rigaill , Stéphane Robin , Emilie Lebarbier
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
Communication dans un congrès inria-00386673 v1
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Segmentation de signal et détection d'aberrations chromosomiques

Stéphane Robin
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
Communication dans un congrès inria-00386788 v1
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A statistical approach to detect chromosomal domains of gene expression

Tristan Mary-Huard , Stephane Robin
International Federation of Classification Societies 2009 Conference, Mar 2009, Dresde, Germany. 14 p
Communication dans un congrès hal-01197555 v1
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Mélange de gaussiennes bidimensionnelles pour l'analyse de données de ChIP-chip IP/IP

Caroline Bérard , Marie-Laure Martin-Magniette , François Roudier , Stéphane Robin
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
Communication dans un congrès inria-00386657 v1
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ChIPmix: Mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis

Tristan Mary-Huard , Marie-Laure Martin-Magniette , Caroline Berard , Stephane Robin
ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2008, Calgari, Italy. 19 p
Communication dans un congrès hal-01197548 v1

Expression de gènes de l'immunité dans le tissu mammaire caprin gestant

Felicie Faucon , Emmanuelle Rebours , Jean-Christophe Helbling , Claudia Bevilacqua , J. Aubert et al.
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
Communication dans un congrès hal-01193347 v1
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Segmentation simultanée de signaux: application aux données de microarray CGH

Baba Thiam , Stephane Robin
Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique, May 2008, Ottawa, Canada. pp.219
Communication dans un congrès hal-01197547 v1

A Combined Transcriptomic Approach to Analyse the Dialogue between Pseudorabies Virus and Porcine Cells

Laurence Flori , Claire Gaillard , Valentina Mariani , Gaëtan Lemonnier , M. Cochet et al.
International Symposium on Animal Genomics for Animal Health, 2007, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01197578 v1

Statistical tests to compare motif count exceptionalities

Stephane Robin , Sophie Schbath , Marine Vandewalle
JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-01197521 v1
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Différenciation fonctionnelle de l'épithélium sécrétoire mammaire caprin

Felicie Faucon , Emmanuelle Rebours , Jean-Christophe Helbling , Claudia Bevilacqua , Marie-Laure Magniette et al.
14. Rencontres Recherches Ruminants, Dec 2007, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01197492 v1
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Joint segmentation of multivariate Gaussian processes using mixed linear models

Franck Picard , Eva Budinska , Stephane S. Robin
12. International Conference on Applied Stochastic Models and Data Analysis, Jun 2007, Chania, Greece
Communication dans un congrès hal-02751255 v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , Jean-Jacques Daudin , Michel Koskas , Sophie Schbath , Stephane Robin
JOBIM Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-01197515 v1

Compression pour la classification supervisée

Tristan Mary-Huard , Stephane S. Robin
Journées MAS: Modèles Spatiaux, Sep 2006, Lille, France. n.p
Communication dans un congrès hal-02816369 v1

Modélisation de thermogrammes

Stephane S. Robin
Journées Agro-industries, 1995, Dijon, France
Communication dans un congrès hal-02775199 v1
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CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models

Julie Aubert , Xiaoqiang Wang , Emilie Lebarbier , Stephane Robin
R User Conference 2017, Jul 2017, Bruxelles, Belgium. 2017
Poster de conférence hal-01661257 v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
Poster de conférence hal-01661258 v1
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Multi-trait genomic selection via multivariate regression with structured regularization

Julien Chiquet , Tristan Mary , Stephane Robin
MLCB NIPS 2013, Oct 2013, South Lake Thao, United States. 2013
Poster de conférence hal-01601860 v1

The Poisson Log-Normal Model: A Generic Framework for Analyzing Joint Abundance Distributions

Julien Chiquet , Marie-Josée Cros , Mahendra Mariadassou , Nathalie Peyrard , Stéphane Robin
Nathalie Peyrard; Olivier Gimenez. Statistical approaches for hidden variables in ecology, Wiley, 2022
Chapitre d'ouvrage hal-04688958 v1
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Modèles d’évolution de caractères continus

Paul Bastide , Mahendra Mariadassou , Stéphane Robin
Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, ISTE Group, pp.47 - 85, 2022, ⟨10.51926/iste.9069.ch3⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03762880 v1
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Le modèle Poisson log-normal pour l’analyse de distributions jointes d’abondance

Julien Chiquet , Marie-Josée Cros , Mahendra Mariadassou , Nathalie Peyrard , Stéphane Robin
Nathalie Peyrard; Olivier Gimenez. Approches statistiques pour les variables cachées en écologie, ISTE Éditions, 2022, 9781789480474
Chapitre d'ouvrage hal-04033421 v1

Key questions for next-generation of biomonitoring

Andreas Makiola , Zacchaeus G. Compson , Donald J Baird , Matthew A. Barnes , Sam P Boerlijst et al.
A next-generation of biomonitoring to detect global ecosystem change. Frontiers Research Topics, Frontiers in Ecology and Evolution, pp.91-104, 2020, 978-2-88966-027-8. ⟨10.3389/978-2-88966-027-8⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03534007 v1

Applications in Genomics

Stephane S. Robin , Christophe Ambroise
FruhwirthSchnatter, S; Celeux, G; Robert, CP. HANDBOOK OF MIXTURE ANALYSIS, CRC PRESS-TAYLOR & FRANCIS GROUP, 2019, Chapman & Hall-CRC Handbooks of Modern Statistical Methods, 978-0-429-50824-0; 978-1-4987-6381-3
Chapitre d'ouvrage hal-03111649 v1

Convex estimation

Cécile Durot , Jade Giguelay , Sylvie Huet , François Koladjo , Stephane Robin
Capture-recapture methods for the social and medical sciences, CRC Press (Taylor \& Francis Group), pp.417, 2017, Interdisciplinary Statistics Series, 978-1-4987-4531-4
Chapitre d'ouvrage hal-01606476 v1

Convex estimation

Cécile Durot , Jade Giguelay , Sylvie Huet , François Koladjo , Stéphane Robin
Capture-Recapture Methods for the Social and Medical Sciences, 1, Chapman and Hall/CRC, pp.121-140, 2017, ⟨10.4324/9781315151939-10⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02512599 v1

Introduction to statistical methods for complex systems

Stephane Robin
Handbook of Statistical Systems Biology, Wiley and Sons, 530 p., 2011, 978-0-470-71086-9
Chapitre d'ouvrage hal-01222891 v1

Exact posterior distributions over the segmentation space and model selection for multiple change-point detection problems

Guillem Rigaill , Stephane Robin
Proceedings of COMPSTAT'2010: 19th International Conference on Computational StatisticsParis France, August 22-27, 2010 Keynote, Invited and Contributed Papers, Springer - Verlag, 2010, 978-3-7908-2603-6. ⟨10.1007/978-3-7908-2604-3_57⟩
Chapitre d'ouvrage hal-01197523 v1

How can pattern statistics be useful for DNA motif discovery ?

Sophie Schbath , Stephane Robin
Scan Statistics. Methods and Applications, 28, Birkhäuser Publishing, 2009, Statistics for Industry and Technology, 978-0-8176-4748-3
Chapitre d'ouvrage hal-01197508 v1

DNA microarrays in Plants

Patrick Doumas , Christophe Rothan , Yves Al-Ghazi , Stephane Robin
Functional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
Chapitre d'ouvrage hal-01197500 v1

False discovery rate

Stephane S. Robin
Encyclopedia of Biopharmaceutical Statistics, 3ème édition, CRC Press (Taylor \& Francis Group), 1504 p., 2006, 9781439822456
Chapitre d'ouvrage hal-02813563 v1

Analyse du transcriptome végétal par les puces à ADN

Patrick Doumas , Christophe Rothan , Stephane S. Robin
La génomique en biologie végétale, INRA Editions, 2004, Science Update, 2-7380-1167-5
Chapitre d'ouvrage hal-02830273 v1

Techniques statistique pour l’analyse du transcriptome

Stephane Robin , Marie-Laure Magniette
Informatique pour l’analyse du transcriptome, Editions Lavoisier, 320 p., 2004
Chapitre d'ouvrage hal-01222881 v1

Analyse du transcriptome végétal pas les puces à ADN

Stephane Robin , Patrick Doumas , Christophe Rothan
La génomique en biologie végétale, Quae éditions, 582 p., 2004, Science Update, 978-2-7380-1167-1
Chapitre d'ouvrage hal-01222888 v1

Some statistical issues in microarray data analysis

Stephane Robin
Between Data Science And Applied Data Analysis, Springer-Verlag, 2003, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, 978-3-642-18991-3
Chapitre d'ouvrage hal-01222890 v1
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Online and Offline Robust Multivariate Linear Regression

Antoine Godichon-Baggioni , Stephane S. Robin , Laure Sansonnet
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04560889 v1
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Composite likelihood inference for the Poisson log-normal model

Julien Stoehr , Stephane S. Robin
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04471802 v2
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A Structured Estimator for large Covariance Matrices in the Presence of Pairwise and Spatial Covariates

Martin Metodiev , Marie Perrot-Dockès , Sarah Ouadah , Bailey K Fosdick , Stéphane Robin et al.
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04777439 v1
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Multiple change-point detection for Poisson processes

C. Dion-Blanc , E. Lebarbier , Stephane S. Robin
2023
Pré-publication, Document de travail hal-03998225 v1
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Hoeffding-type decomposition for $U$-statistics on bipartite networks

Tâm Le Minh , Sophie Donnet , François Massol , Stephane S. Robin
2023
Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-04189717 v1
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Multiple change-point detection for some point processes

C. Dion-Blanc , D. Hawat , E. Lebarbier , Stephane S. Robin
2024
Pré-publication, Document de travail hal-04771467 v1
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Identifying pesticide mixtures at country-wide scale

Milena Cairo , Anne-Christine Monnet , Stéphane Robin , Emmanuelle Porcher , Colin Fontaine
2023
Pré-publication, Document de travail hal-03815557 v3
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A robust model-based clustering based on the geometric median and the Median Covariation Matrix

Antoine Godichon-Baggioni , Stephane S. Robin
2022
Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03853744 v1
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Motif-based tests for bipartite networks

Sarah Ouadah , Pierre Latouche , Stephane S. Robin
2022
Pré-publication, Document de travail hal-03895016 v1

Microbial association networks give relevant insights into plant pathobiomes

Charlie Pauvert , Tania Fort , Agnes Calonnec , Julie Faivre D’arcier , Emilie Chancerel et al.
2021
Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03218256 v1

Bayesian inference for network Poisson models

Sophie Donnet , Stéphane Robin
2019
Pré-publication, Document de travail hal-02192621 v1
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Shortened Bridge Sampler: Using deterministic approximations to accelerate SMC for posterior sampling

Sophie Donnet , Stéphane Robin
2017
Pré-publication, Document de travail hal-01566898 v1
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Goodness of fit of logistic models for random graphs

Pierre Latouche , Stéphane Robin , Sarah Ouadah
2015
Pré-publication, Document de travail hal-01187890 v1
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Exact and approximate inference in graphical models: variable elimination and beyond

Nathalie Dubois Peyrard , Simon de Givry , Alain Franc , Stephane Robin , Régis Sabbadin et al.
2015
Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-01197655 v1
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A degree-based goodness-of-fit test for heterogeneous random graph models

Sarah Ouadah , Stéphane Robin , Pierre Latouche
2015
Pré-publication, Document de travail hal-01187889 v1

Bayesian Model Averaging of Stochastic Block Models to Estimate the Graphon Function and Motif Frequencies in a W-graph Model

Pierre Latouche , Stéphane Robin
2013
Pré-publication, Document de travail hal-00876334 v1
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A leave-p-out based estimation of the proportion of null hypotheses

Alain Celisse , Stéphane Robin
2007
Pré-publication, Document de travail hal-00270908 v1