Simon Labarthe

Directeur de recherche INRAE
101
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  • Pleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE)
  • Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo)
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Présentation

https://slabarthe.pages-forge.inrae.fr/website/

  • 2024 - ... : directeur de recherche dans l'équipe Pléiade. Inrae (Biogeco) - Inria (Bordeaux Sud-Ouest) team.
  • 2020 - 2024 : chargé de recherche dans l'équipe Pléiade. Inrae (Biogeco) - Inria (Bordeaux Sud-Ouest) team.
  • 2019-2020 : visteur à UC Davis dans le laboratoire d'A.Bäumler.
  • 2014-2019 : chargé de recherche à MaIAGE. Inrae (Jouy-en-Josas).
  • 2010-2014 : Phd + ATER dans l'équipe Carmen (Inria Bordeaux sud-Ouest).

Publications

Publications

Pest localization through sequential data assimilation with pheromone sensors

Thibault Malou , Simon Labarthe , Philippe Lucas , Nicolas Parisey

Computers and Electronics in Agriculture, 2026, 246, pp.111594. ⟨10.1016/j.compag.2026.111594⟩

Article dans une revue hal-05556696v1
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Biology-Informed inverse problems for insect pests detection using pheromone sensors

Thibault Malou , Nicolas Parisey , Katarzyna Adamczyk-Chauvat , Elisabeta Vergu , Béatrice Laroche et al.

Peer Community Journal, 2025, 5, pp.e19. ⟨10.24072/pcjournal.520⟩

Article dans une revue hal-04982331v1
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Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.

Environmental Microbiome, 2025, 20, pp.37. ⟨10.1186/s40793-025-00691-9⟩

Article dans une revue hal-05025610v1
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Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling

Maxime Lecomte , Wenfan Cao , Julie Aubert , David James Sherman , Hélène Falentin et al.

Metabolic Engineering, 2024, 83, pp.24 - 38. ⟨10.1016/j.ymben.2024.02.014⟩

Article dans une revue hal-04509395v1
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Design of a proteolytic module for improved metabolic modeling of Bacteroides caccae

Amandine Paulay , Ghjuvan M Grimaud , Raphaël Caballero , Béatrice Laroche , Marion Leclerc et al.

mSystems, 2024, 9 (4), ⟨10.1128/msystems.00153-24⟩

Article dans une revue hal-04540116v1
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Pherosensor-toolbox: a Python package for Biology-Informed Data Assimilation

Thibault Malou , Simon Labarthe

Journal of Open Source Software, 2024, ⟨10.21105/joss.06863⟩

Article dans une revue hal-04669546v2
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Community-scale models of microbiomes: articulating metabolic modelling and metagenome sequencing

Klara Cerk , Pablo Ugalde-Salas , Chabname Ghassemi Nedjad , Maxime Lecomte , Coralie Muller et al.

Microbial Biotechnology, 2024, ⟨10.1111/1751-7915.14396⟩

Article dans une revue hal-04409251v1
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Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome

Simon Labarthe , Sandra Plancade , Sébastien Raguideau , Florian Plaza Oñate , Emmanuelle Le Chatelier et al.

Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩

Article dans une revue hal-03918193v2
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Migration of surface-associated microbial communities in spaceflight habitats

Daniele Marra , Thodoris Karapantsios , Sergio Caserta , Eleonora Secchi , Malgorzata Holynska et al.

Biofilm, 2023, 5, pp.100109. ⟨10.1016/j.bioflm.2023.100109⟩

Article dans une revue hal-04004802v2
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The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime

Paola Fournier , Lucile Pellan , Didac Barroso-Bergadà , David Bohan , Thierry Candresse et al.

Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03858395v1
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Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy

Guillaume Ravel , Michel Bergmann , Alain Trubuil , Julien Deschamps , Romain Briandet et al.

eLife, 2022, 11, ⟨10.7554/eLife.76513⟩

Article dans une revue hal-03695580v4
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A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations

Léo Darrigade , Marie Haghebaert , Claire Cherbuy , Simon Labarthe , Béatrice Laroche

Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩

Article dans une revue hal-03379023v2
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Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study

Mélanie Bourgin , Simon Labarthe , Aicha Kriaa , Marie Lhomme , Philippe Gérard et al.

Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1121. ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩

Article dans une revue hal-02863236v1
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A Multi-Scale Epidemic Model of Salmonella Infection With Heterogeneous Shedding

Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Thi Nhu Tao Nguyen , Bastien Polizzi , Florian Patout et al.

ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.261-284. ⟨10.1051/proc/202067015⟩

Article dans une revue hal-02043742v2
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A mathematical model to investigate the key drivers of the biogeography of the colon microbiota.

Simon Labarthe , Bastien Polizzi , Thuy Phan , Thierry Goudon , Magali Ribot et al.

Journal of Theoretical Biology, 2019, 462 (7), pp.552-581. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.12.009⟩

Article dans une revue hal-01761191v3
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Spatial organization plasticity as an adaptive driver of surface microbial communities

Arnaud Bridier , Jean-Christophe Piard , Caroline Pandin , Simon Labarthe , Florence Dubois-Brissonnet et al.

Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1364. ⟨10.3389/fmicb.2017.01364⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01605872v1
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An asymptotic two-layer monodomain model of cardiac electrophysiology in the atria: derivation and convergence *

Yves Coudière , Jacques Henry , Simon Labarthe

SIAM Journal on Applied Mathematics, 2017, 77 (2), pp.409 - 429. ⟨10.1137/15M1016886⟩

Article dans une revue hal-00922717v4

The contribution of intestinal gluconeogenesis to glucose homeostasis Is low in 2-day-old pigs1–3

Claire Cherbuy , Pierre Vaugelade , Simon Labarthe , Edith Honvo Houeto , Beatrice Darcy Vrillon et al.

Journal of Nutrition, 2017, 147 (3), pp.361-366. ⟨10.3945/jn.116.242131⟩

Article dans une revue hal-01608162v1

A mixture model for the dynamic of the gut mucus layer

Tamara El Bouti , Thierry Goudon , Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Bastien Polizzi et al.

ESAIM: Proceedings, 2016, 55 (décembre), pp.111-130. ⟨10.1051/proc/201655111⟩

Article dans une revue hal-01421708v2
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Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics.

Stefanie Widder , Rosalind J Allen , Thomas Pfeiffer , Thomas P Curtis , Carsten Wiuf et al.

The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2016, 10, pp.1-12. ⟨10.1038/ismej.2016.45⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01512087v1
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A two layers monodomain model of cardiac electrophysiology of the atria

Yves Coudière , Jacques Henry , Simon Labarthe

Journal of Mathematical Biology, 2015, 71 (6-7), pp.35. ⟨10.1007/s00285-015-0861-8⟩

Article dans une revue hal-01132889v1
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A bilayer model of human atria: mathematical background, construction, and assessment

Simon Labarthe , Jason Bayer , Yves Coudière , Jacques Henry , Hubert Cochet et al.

EP-Europace, 2014, 16 (suppl 4), pp.29. ⟨10.1093/europace/euu256⟩

Article dans une revue hal-01132905v1

Mining microbiota data to identify antagonists of grapevine downy mildew.

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.

E3GP3 2025 - Webinaire “Microbiome & Santé des Plantes”, Jun 2025, Online, France

Communication dans un congrès hal-05290797v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

Population Dynamics : From Data to Models 2025, Mar 2025, Sophia antipolis, France

Communication dans un congrès hal-04996155v1
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Modeling Microbial Communities: Toward Digital Twins

Simon Labarthe

Microbes 2025 - 20e congrès national de la SFM « Microbes dans un monde de transition », SFM, Sep 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05459251v1
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Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling 6 may 2025 / Modélisation du microbiome

David James Sherman , Hélène Falentin , Clémence Frioux , Simon Labarthe , Maxime Lecomte

NEM 2025 - Journées Nutrition & Ecologie Microbienne, workshop modélisation du microbiome, May 2025, Rennes (Distanciel), France

Communication dans un congrès hal-05059688v1

Thermodynamic-based modeling of syntrophic organic acid oxidation in anaerobic digestion

Sahak Yeghiazaryan , Gabriel Capson-Tojo , Jean-Philippe Steyer , Nicolas Bernet , Simon Labarthe et al.

Microbes 2025 - 20e congrès national de la SFM « Microbes dans un monde de transition », Société Française de Microbiologuie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05344908v1

Developing a microfluidic qPCR chip to quantify microbial taxa with a potential biocontrol activity against grapevine downy mildew

Manon Chargy , Marie-Cecile Dufour , Aarti Jaswa , Valerie Martin , Jessica Vallance et al.

GiESCO 2025 - 23rd international GiESCO conference, Jul 2025, Geisenheim, Germany

Communication dans un congrès hal-05193281v1
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Révéler les consortiums microbiens qui interfèrent avec le mildiou de la vigne grâce à l'épidémiologie du microbiome.

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.

17e rencontres Plantes-Bactéries 2025, Jan 2025, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-05290878v1
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Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield

Corinne Vacher , Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin et al.

20. Congrès national de la SFM : Microbes dans un monde de transition (MICROBES 2025), Société Française de Microbiologie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05300289v1
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Development of a microfluidic quantitative PCR chip to monitor the dynamics of a synthetic microbial community on grapevine with potential biocontrol effects against downy mildew

Manon Chargy , Marie-Cecile Dufour , Aarti Jaswa , Valerie Martin , Sarah Audureau et al.

Apéro VITAE - webinaire interne, VITAE (Léa Cabrol-Froget), Feb 2025, Villenave-d'Ornon, France

Communication dans un congrès hal-05108055v1
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Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome

Simon Labarthe

65th ISI World Statistics Congress 2025, Oct 2025, The Hague, Netherlands

Communication dans un congrès hal-05459337v1

cMFA Inference method for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

SMAI 2025 - 12ème Biennale Française des Mathématiques Appliquées et Industrielles, SMAI, Jun 2025, Carcans-Maubuisson (Gironde), France

Communication dans un congrès hal-05105572v1
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Apport des recherches sur le microbiote aux futures stratégies de biocontrôle - Résultats du projet VITAE

Corinne Vacher , Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin et al.

Séminaire Chaire ASVV & INNO’VIN – « Vins & Environnement » #8 | Le biocontrôle est-il opérant ?, Apr 2025, Villenave d'Ornon, France

Communication dans un congrès hal-05069786v1
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Exploration des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigne

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine Cambon , Alexandre Chataigner et al.

Journée Scientifique Vigne & Vin 2025 – Les communautés microbiennes en œnologie, May 2025, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-05290835v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

25e Forum des jeunes mathématiciennes et mathématiciens 2025, Nov 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05469230v1

Towards pesticide-free viticulture: analysing the microbiota of grapevines and vineyard soils to develop microbial biocontrol of downy mildew

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine Cambon , Alexandre Chataigner et al.

IW 2025 - International scientific workshop French Priority Research Programme 'Growing and Protecting crops Differently', Sep 2025, Online, France

Communication dans un congrès hal-05290767v1

Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin , Marine C Cambon et al.

23. GiESCO 2025 - 23. Group of International Experts of vitivinicultural Systems for CoOperation, Jul 2025, Geisenheim, Germany

Communication dans un congrès hal-05303323v1
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Monitor and steer the microbiota to protect grapevines against downy mildew

Corinne Vacher , Simon Labarthe

2025 Annual Meeting of the VITAE project, PPR 'Growing and Protecting Differently', Mar 2025, Angers, France

Communication dans un congrès hal-05300025v1
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Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors

Thibault Malou , Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Katarzyna Adamczyk , Nicolas Parisey et al.

EGU General Assembly 2025, Apr 2025, Vienna, Austria. ⟨10.5194/egusphere-egu25-5850⟩

Communication dans un congrès hal-05049572v1
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Pesticide-Free viticulture: towards agroecological wine-producing socioecosystems

François Delmotte , Hervé Hannin , Corinne Vacher , Simon Labarthe , Pere Mestre et al.

45. World Congress of Vine and Wine, Oct 2024, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-04732866v1

Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors

Thibault Malou , Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Katarzyna Adamczyk , Nicolas Parisey

DSABNS 2024 - 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Lisbonne, Portugal

Communication dans un congrès hal-04481765v1

Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

Open GPB 2024 - Open Conference on Grapevine Physiology and Biotechnology, Jul 2024, Logrono La Riora, Spain

Communication dans un congrès hal-05296422v1

Gérer le microbiote de la vigne pour réduire l’utilisation des pesticides - Synthèse des résultats du WP1 du projet VITAE et perspectives

Corinne Vacher , Simon Labarthe , Thierry Candresse , Manon Chargy , Marie-Cécile Dufour et al.

Assemblée générale du projet VITAE, PPR "Cultiver et Protéger Autrement", Mar 2024, Cognac, France

Communication dans un congrès hal-05298248v1

Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels

Coralie Muller , Pablo Ugalde Salas , Rafael Kaempfer , Arie Wortsman , Simon Labarthe et al.

SBMI 2023 - 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany

Communication dans un congrès hal-04229116v1
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Vers un jumeau numérique du métabolisme bactérien pendant la production de fromage

Simon Labarthe

Ferment'IA, Sep 2023, Saclay, France

Communication dans un congrès hal-05169258v1
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

22nd GiESCO (Group of international Experts for Cooperation on Vitivinicultural Systems) 2023, Jul 2023, Ithaca, New York, United States

Communication dans un congrès hal-04180612v2
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Accelerating metabolic models evaluation with statistical metamodels: application to Salmonella infection models

Clémence Frioux , Sylvie Huet , Simon Labarthe , Julien Martinelli , Thibault Malou et al.

CEMRACS 2021 - Data Assimilation and Reduced Modeling for High Dimensional Problems, Jul 2021, Luminy (CIRM, Centre International de Rencontres Mathématiques), France. pp.187-217, ⟨10.1051/proc/202373187⟩

Communication dans un congrès hal-03635862v2
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Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.

Wenfan Cao , Maxime Lecomte , Solène Le Fur , Julie J. Aubert , Marie-Bernadette Maillard et al.

FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece

Communication dans un congrès hal-03781287v1
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Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.

Wenfan Cao , Maxime Lecomte , Solène Le Fur , Julie J. Aubert , Marie-Bernadette Maillard et al.

23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-03694338v1
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Characterizing microbial interactions in controlled and natural microbial communities

Maxime Lecomte , Simon Labarthe , David James Sherman , Hélène Falentin , Clémence Frioux

Workshop SymBioDiversity, May 2022, Santiago, Chile

Communication dans un congrès hal-03857848v2

Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy

Guillaume Ravel , Michel Bergmann , Alain Trubuil , Julien Deschamps , Romain Briandet et al.

IbSB 2022 - 6th International Symposium "Image-based Systems Biology", Sep 2022, Jena, Germany. ⟨10.7554/eLife.76513⟩

Communication dans un congrès hal-03753533v1

Metabolic modelling deciphers interactions in a cheese bacterial community

Maxime Lecomte , David James Sherman , Hélène Falentin , Clémence Frioux , Simon Labarthe

Metaboday 2021, Mar 2021, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-03531761v1
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Modeling and inference of bacterial swimmers in biofilms

Simon Labarthe

CEMRACS 2021, Jul 2021, Marseille, France

Communication dans un congrès hal-03352441v1

Identification de la fraction active des bactéries du microbiote améliorant la résistance à la colonisation intestinale contre les entérocoques résistants à la vancomycine

Lionel Rigottier-Gois , Perrine Bayle , Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Pascale Serror

Webinaire MICA-INRAE : Comprendre et valoriser les communautés microbiennes, Sep 2020, Distanciel, France

Communication dans un congrès hal-04305004v1
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Omic-based model of the gut microbiota

Simon Labarthe

Workshop 'Transport in the digestive tract : experiments, modeling, applications to microbiology', Oct 2020, Paris, France

Communication dans un congrès hal-03352438v1
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MISTIFY PROJECT. ECOLOGY OF SALMONELLA TYPHIMURIUM INFECTION: A MATHEMATICAL MODELING INSIGHT

Simon Labarthe

Annual meeting of Agreenskills program, Apr 2019, Bruxelles, Belgium

Communication dans un congrès hal-03352429v1

Parameter estimation for dynamical systems using an FDA approach

Nicolas Brunel , D Goujot , S Labarthe , B. Laroche

11th International Conference of the ERCIM WG on Computational and Methodological Statistics (CMStatistics 2018), Dec 2018, Pise, Italy

Communication dans un congrès hal-02045430v1
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A computational bilayer surface model of human atria

Simon Labarthe , Edward Vigmond , Yves Coudière , Jacques Henry , Hubert Cochet et al.

FIMH 2013 - 7th International Conference on Functional Imaging and Modeling of the Heart, Jun 2013, London, United Kingdom. pp.27-34, ⟨10.1007/978-3-642-38899-6_4⟩

Communication dans un congrès hal-01606999v1
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A Computational Bilayer Surface Model of Human Atria

Simon Labarthe , Edward Vigmond , Yves Coudière , Jacques Henry , Hubert Cochet et al.

FIMH 2013 - 7th International Conference on Fonctional Imaging and Modeling of the Heart, S.Ourselin, D.Ruecker, N.Smith, Jun 2013, London, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-00802104v2
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Influence of Transmural Slow-Conduction Zones on the Long- Time Behaviour Of Atrial Arrhythmia. A Numerical Study with a Human Bilayer Atrial Model

Simon Labarthe , Edward Vigmond , Yves Coudière , Jacques Henry , Hubert Cochet et al.

CINC - Computing in Cardiology 2013, Sep 2013, Zaragoza, Spain. pp.1187-1190

Communication dans un congrès hal-00921262v1
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A Bilayer Representation of the Human Atria

Edward Vigmond , Simon Labarthe , Hubert Cochet , Yves Coudière , Jacques Henry et al.

EMBC - 35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), 2013, EMBS, Jul 2013, Osaka, Japan. pp.1530-1533, ⟨10.1109/EMBC.2013.6609804⟩

Communication dans un congrès hal-00837671v1
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A Semi-Automatic Method To Construct Atrial Fibre Structures : a Tool for Atrial Simulations

Simon Labarthe , Yves Coudière , Jacques Henry , Hubert Cochet

CinC 2012 - Computing in Cardiology, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.881-884

Communication dans un congrès hal-00759191v2
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Global and Directional Activation Maps for Cardiac Mapping in Electrophysiology

Rémi Dubois , Simon Labarthe , Yves Coudière , Mélèze Hocini , Michel Haïssaguerre

CINC 2012 - Computing In Cardiology - 2012, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.349-352

Communication dans un congrès hal-00760451v1
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From Body Surface Potential to Activation Maps on the Atria: a Machine Learning Technique

Nejib Zemzemi , Simon Labarthe , Rémi Dubois , Yves Coudière

CINC - Computing in Cardiology 2012, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.125-128

Communication dans un congrès hal-00759210v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

CompSysBio 2025 - Advanced lecture course on computational systems biology, Oct 2025, Aussois, France

Poster de conférence hal-05318560v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

CMSB 2025 - 23rd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2025, Lyon, France

Poster de conférence hal-05261543v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

DSABNS 2025 - 16th Dynamical Systems applied on Biology and Natural Sciences, Jan 2025, Naples, Italy

Poster de conférence hal-04939527v1
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Statistical method inference cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

JOBIM 2025 - Journées Ouvertes en Biologie Informatique et mathématiques, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05163368v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

Journées scientifiques 2025 Agroécologie et Numérique, Jan 2025, Dijon, France

Poster de conférence hal-04939529v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

Population Dynamics : From Data to Models 2025, Mar 2025, Sophia Antipolis, France

Poster de conférence hal-04996135v1
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Developing a culturomic approach to build a collection of grapevine foliar microorganisms with potential biocontrol activity against downy mildew

Aarti Jaswa , Paola Fournier , Valérie Martin , Isabelle Masneuf-Pomarède , Guilherme Martins et al.

14. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Jan 2024, Aussois, France.

Poster de conférence hal-04842411v1
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cMFA for multi-omics data integration in microbial community models

Sthyve Junior Tatho Djeanou , Simon Labarthe , Valentina Baldazzi

CJC MA2024 - Congrès des Jeunes Chercheur.e.s en Mathématiques Appliquées, Oct 2024, Lyon, France.

Poster de conférence hal-04874275v1
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Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels

Coralie Muller , Pablo Ugalde Salas , Rafael Kaempfer , Arie Wortsman , Simon Labarthe et al.

ISMB/ECCB 2023 - 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France.

Poster de conférence hal-04183811v1
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

22. GiESCO International Meeting, Jul 2023, Ithaca, United States. , 2023, IVES Conference Series Vine & Wine

Poster de conférence hal-04180613v1
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Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels

Coralie Muller , Pablo Ugalde Salas , Rafael Kaempfer , Arie Wortsman , Simon Labarthe et al.

SBMI 2023 - 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany.

Poster de conférence hal-04229130v1
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Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model

Thibault Malou , Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Elisabeta Vergu , François Deslandes

ECMTB 2022 - 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany

Poster de conférence hal-03777604v1
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A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions

Simon Labarthe , Béatrice Laroche , Bastien Polizzi , Florian Patout , Magali Ribot

ECMTB 2022 - 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany.

Poster de conférence hal-03834709v1
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Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and the host level

Coralie Muller , Arie Wortsman , Pablo Ugalde-Salas , Clémence Frioux , Simon Labarthe

Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom

Poster de conférence hal-03839405v1
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Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels

Clémence Frioux , Sylvie Huet , Simon Labarthe , Julien Martinelli , Thibault Malou et al.

JOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France.

Poster de conférence hal-04236775v1
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Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels

Coralie Muller , Arie Wortsman , Pablo Ugalde-Salas , Clémence Frioux , Simon Labarthe

JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France

Poster de conférence hal-03839374v1

Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community

Maxime Lecomte , David James Sherman , Hélène Falentin , Clémence Frioux , Simon Labarthe

CMSB, The 19th conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-03533795v1

Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community

Maxime Lecomte , David James Sherman , Hélène Falentin , Clémence Frioux , Simon Labarthe

MPA, Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, United States

Poster de conférence hal-03533786v1

Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community

Maxime Lecomte , David James Sherman , Hélène Falentin , Clémence Frioux , Simon Labarthe

JOBIM,Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France

Poster de conférence hal-03533781v1
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A spatially structured model to investigate key drivers of the gut microbiota biogeography in humans

S Labarthe , Bastien Polizzi , T Phan , T Goudon , Magali Ribot et al.

11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018) https://www.ecmtb2018.org/, Jul 2018, Lisbon, Portugal.

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Numerical modeling of the electrical activity of the atria and the pulmonary veins

Simon Labarthe , Yves Coudière , Jacques Henry

Workshop IHU Liryc, Oct 2013, Pessac, France

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Superposition de couches de fibres et propagations anormales : une étude numérique

Simon Labarthe , Yves Coudière , Jacques Henry

Printemps de la Cardiologie, Apr 2013, Marseille, France

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Simulation numérique de l'activité électrique dans l'oreillette gauche et les veines pulmonaires

Simon Labarthe , Yves Coudière , Jacques Henry

Printemps de la Cardiologie, Apr 2012, Bordeaux, France

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Modélisation bidimensionnelle d'un problème de réaction-diffusion anisotrope hétérogène en couche mince appliquée à la cardiologie

Simon Labarthe , Yves Coudière , Jacques Henry

CANUM - 2012, May 2012, Super-Besse, France

Poster de conférence hal-00785621v1

Mathématiques et cardiologie : modéliser pour mieux comprendre les arythmies auriculaires

Simon Labarthe

5 jeunes chercheurs d'avenir 2015, 1, Editions le Pommier, pp.192, 2015, Promesses de la Science, 978-2-7465-0937-5

Chapitre d'ouvrage hal-02795569v1
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Modélisation de l'activité électrique des oreillettes et des veines pulmonaires

Simon Labarthe

Modélisation et simulation. Université Victor Segalen - Bordeaux II, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩

Thèse tel-00925253v1