Sophie Aubin
- Direction pour la Science Ouverte (DipSO)
- Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Présentation
Sophie Aubin exerce ses activités au sein de la Direction pour la Science Ouverte d'INRAE ou elle copilote deux services autour de la sémantique dans le cadre du pôle Numérique pour la Science. Le Thésaurus INRAE est le référentiel terminologique de l'institut. Il est intégré à divers systèmes d'information institutionnels tels que HAL INRAE pour indexer les publications ou Data INRAE pour indexer les données. Il est par ailleurs utilisé dans des systèmes d'informations et des projets scientifiques. Un comité éditorial d'une quinzaine de personne est chargée de sa maintenance en relation avec ses utilisateurs. Le service Vocabulaires Ouverts s'adresse aux équipes de recherche ou d'appui de l'institut qui intègrent les approches sémantiques dans leur démarche et qui cherchent un appui méthodologique, des outils, des conseils. Vitrine du service, le site Vocabulaires Ouverts propose des ressources en accès libre et en français pour ceux qui souhaitent utiliser, construire ou publier des ressources sémantiques allant du simple glossaire à l'ontologie.
Sophie Aubin est impliquée dans des réseaux et des projets autour de la gestion et de la publication des données de recherche.
Formée à l'ingénierie linguistique à Paris 7 et à l'INALCO, elle a débuté sa carrière dans une unité de recherche INRAE au sein d'une équipe spécialisée dans l'extration d'information à partir de textes (text-mining).
Compétences
Publications
Publications
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Usages d'AgroPortal dans des systèmes d'information à INRAE8. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement (IN-OVIVE), adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, AFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle, Jul 2025, Dijon, France. 5p |
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Aligner les descriptions des plantes ayant des points de vue distincts35. Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2024) @ Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle, Jul 2024, La Rochelle, France. pp.121-122, ⟨10.57745/LVRFWJ⟩ |
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Comment la Direction pour la Science Ouverte favorise l'adoption des approches sémantiques à INRAEAtelier SOSEM- Science ouverte et sémantique, Jul 2023, Strasbourg, France. ⟨10.15454/J8GANU⟩ |
Creation of a semantic resource responding to the principles of open science for the meat sector72th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Davos, Switzerland, August 30th - September 3rd, 2021., Aug 2021, Davos, Switzerland |
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Les ontologies et leurs applicationsSéminaire à l'UMR1348 PEGASE Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Sep 2020, Saint-Gilles, France |
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Recent progresses in data and knowledge integration for decision support in agri-food chainsIC 2019 - 30es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, AFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.43-59 |
Ontology projects and the FAIR data principles - making data findable, accessible, interoperable and reusableMeeting/conference of the Specialized Section on Meat,United Nations Economic Commission for Europe UNECE, Aug 2019, Postdam, Germany |
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques françaisIC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France |
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Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques françaisIC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249 |
Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France |
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Jeux et enjeux d’associations de deux dispositifs d’apprentissage collaboratif : « Check your Smile » et « Dictionnaire d’Agroécologie »Jeux & Enjeux : Construire des jeux et des simulations pour favoriser l’action collective. Rencontre des praticiens de la simulation participative et du jeu sérieux, Jun 2017, La Rochelle, France. 118 p |
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Text-mining needs of the food microbiology research community2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France |
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Jeux et enjeux d'associations de deux dispositifs d'apprentissage collaboratif : "Check your Smile" et "dictionnaire d'AgroécologieLUDOVIA, Aug 2017, Ax-les-thermes, France |
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OpenMinTeD: Text mining services for e-infrastructuresOpen Harvest, May 2017, Chania, Greece. pp.15 |
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Domestiquer de nouvelles espèces de poissons grâce au text mining et à ISTEXDATA 4IST : exploration et analyse des sources IST pour la recherche et ses environnements, May 2016, Paris, France. pp.14 slides |
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Reusing the NCBO BioPortal technology for agronomy to build AgroPortalICBO 2016 - 7th International Conference on Biomedical Ontologies, P. Jaiswal; R. Hoehndorf, Aug 2016, Corvallis, OR, United States |
Favoriser le partage des vocabulairesSéminaire IN-OVIVE INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Oct 2014, Montpellier, France. 31 p |
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Text Mining et annotation sémantique pour l’Information ScientifiquePrésentation des Résultats Obtenus avec l'Outil Luxid sur le corpus Pest and Crops, Apr 2013, Paris, France. 47 p |
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Publication en Linked Open Data de données expérimentales sur la chenille processionnaire du pinAtelier IN-OVIVE INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Jul 2013, Lille, France. 20 p |
Le référentiel maladies animales : de CERISA au Linked DataJournées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale, May 2011, Fréjus, France |
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Named and specific entity detection in varied data: the Quaero named entity baseline evaluation7. Conference on international language resources and evaluation, May 2010, Valletta, Malta |
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Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patentsEKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩ |
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TyDI : un outil d’assistance à la construction de terminologie structurée8. International conference on terminology and artificial intelligence: TIA 2009, Nov 2009, Toulouse, France |
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BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteriaBioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain |
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Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriologySemantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom |
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A Robust Linguistic Platform for Efficient and Domain specific Web Content AnalysisRIAO 2007 - Large-Scale Semantic Access to Content (Text, Image, Video and Sound), May 2007, Pittsbirgh, United States |
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Lexical Adaptation of Link Grammar to the Biomedical Sublanguage: a Comparative Evaluation of Three Approaches2006, pp.60-67 |
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Semantic annotation in the Alvis projectInternational Workshop on Intelligent Information Access, Jul 2006, Helsinki, Finland |
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Improving Term Extraction with Terminological Resources2006, pp.380 |
Adapting a general parser to a sublanguageInternational Conference: RANLP - 2005 (Recent Advances in Natural Language Processing), Sep 2005, Borovets, Bulgaria |
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Adapting a general parser to a sublanguage2005, pp.89-93 |
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Extraction d'information appliquée au domaine biomédical : apprentissage et traitement automatique de la langueConférence internationale de fouille de texte, CIFT-04, Jun 2004, La Rochelle, France |
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Extraction d'Information appliquée au domaine biomédical. Apprentissage et traitement automatique de la langueJun 2004 |
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Event-based Information Extraction for the biomedical domain: the Caderige projectProceedings of the International Joint Workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and Its Applications (COLING'04), 2004, Geneva, Switzerland. pp.43-49 |
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Introduction aux ressources sémantiquesÉcole thématique. Modèles de langue pour le traitement sémantique et l’Intégration de Connaissances et données en agriculture, Saint-Martin-de-Londres: le hameau de l'Etoile, France. 2025, 47 p |
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Des ontologies pour la science2018 |
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Text mining à l'INRAMaster. Master 2 professionnel DEFI : Documents Electroniques et Flux d'Informations, 2016 |
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Infodoc Express : Introduction au text miningInfodoc Express (Introduction au text mining), 2016 |
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FAIR-IMPACT project response to "DRAFT: Developing and implementing the semantic interoperability recommendations of the EOSC Interoperability FrameworkArticle de blog scientifique lirmm-04605917v1 |
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3 outils pour transformer du tabulé en SKOS2022 |
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De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR2021, ⟨10.15454/djh8-yp20⟩ |
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TRACE : un Thésaurus pour la Recherche et l’Analyse de Contenus en Écotoxicologie. Fiche thématique N°162018, 6 p |
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Challenges in Standardizing Terminologies for Data Management in Scientific ResearchRDA 23rd Plenary Meeting – (Hybrid) (RDA Plenary P23), Nov 2024, San Rosé, Costa Rica. , 2024, ⟨10.5281/zenodo.14056893⟩ |
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Le thésaurus INRAE : une ressource terminologique pour l’interopérabilité sémantiqueJournée du GdR Traitement automatique des langues (GDR TAL), Oct 2022, Rennes, France |
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩ |
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Un glossaire panification aux standards du web sémantique68. Journées Techniques des Industries Céréalières (JTIC), Nov 2017, Paris, France. , 2017 |
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 |
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AgroPortal: an open repository of ontologies and vocabularies for agriculture and nutrition dataBen Schaap. GODAN Summit, Sep 2016, New York, NY, United States. , 2016 |
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Interlinking two institutional KOS about Agroecology: using LOD Agrovoc to circumvent the language barrier in identifying terminological intersectionsDC2015 International Conference on Dublin Core and Metadata Applications, Sep 2015, São Paulo, Brazil. DC2015 International Conference on Dublin Core and Metadata Applications, 3 p., 2015 |
A new semantic resource responding to the principles of open science: the meat thesaurus for dialogue between sector actors.The 68th International Congress of Meat Science and Technology (ICoMST2022), 2022 |
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Deliverable D5.1: Report on method and language for the production of the augmented document representations2006 |
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La numérisation du patrimoine culturel. Bibliothèques, musées : des savoir-faire à partagerdomain_shs.info.comm. 2003 |