Sophie Aubin
- Direction pour la Science Ouverte (DipSO)
- Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Présentation
Sophie Aubin exerce ses activités au sein de la Direction pour la Science Ouverte d'INRAE ou elle copilote deux services autour de la sémantique dans le cadre du pôle Numérique pour la Science. Le Thésaurus INRAE est le référentiel terminologique de l'institut. Il est intégré à divers systèmes d'information institutionnels tels que HAL INRAE pour indexer les publications ou Data INRAE pour indexer les données. Il est par ailleurs utilisé dans des systèmes d'informations et des projets scientifiques. Un comité éditorial d'une quinzaine de personne est chargée de sa maintenance en relation avec ses utilisateurs. Le service Vocabulaires Ouverts s'adresse aux équipes de recherche ou d'appui de l'institut qui intègrent les approches sémantiques dans leur démarche et qui cherchent un appui méthodologique, des outils, des conseils. Vitrine du service, le site Vocabulaires Ouverts propose des ressources en accès libre et en français pour ceux qui souhaitent utiliser, construire ou publier des ressources sémantiques allant du simple glossaire à l'ontologie.
Sophie Aubin est impliquée dans des réseaux et des projets autour de la gestion et de la publication des données de recherche.
Formée à l'ingénierie linguistique à Paris 7 et à l'INALCO, elle a débuté sa carrière dans une unité de recherche INRAE au sein d'une équipe spécialisée dans l'extration d'information à partir de textes (text-mining).
Compétences
Publications
Publications
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Usages d'AgroPortal dans des systèmes d'information à INRAE8. Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement (IN-OVIVE), adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, AFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle, Jul 2025, Dijon, France. 5p
Communication dans un congrès
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Aligner les descriptions des plantes ayant des points de vue distincts35. Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (IC 2024) @ Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), AFIA-Association Française pour l'Intelligence Artificielle, Jul 2024, La Rochelle, France. pp.121-122, ⟨10.57745/LVRFWJ⟩
Communication dans un congrès
hal-04638307
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Comment la Direction pour la Science Ouverte favorise l'adoption des approches sémantiques à INRAEAtelier SOSEM- Science ouverte et sémantique, Jul 2023, Strasbourg, France. ⟨10.15454/J8GANU⟩
Communication dans un congrès
hal-05091496
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Creation of a semantic resource responding to the principles of open science for the meat sector72th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Davos, Switzerland, August 30th - September 3rd, 2021., Aug 2021, Davos, Switzerland
Communication dans un congrès
hal-03504347
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Les ontologies et leurs applicationsSéminaire à l'UMR1348 PEGASE Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Sep 2020, Saint-Gilles, France
Communication dans un congrès
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Recent progresses in data and knowledge integration for decision support in agri-food chainsIC 2019 - 30es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, AFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.43-59
Communication dans un congrès
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Ontology projects and the FAIR data principles - making data findable, accessible, interoperable and reusableMeeting/conference of the Specialized Section on Meat,United Nations Economic Commission for Europe UNECE, Aug 2019, Postdam, Germany
Communication dans un congrès
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques françaisIC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Plateforme AFIA, Jul 2018, Nancy, France
Communication dans un congrès
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Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques françaisIC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249
Communication dans un congrès
hal-01839626
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OpenMinTeD: Text mining services for e-infrastructuresOpen Harvest, May 2017, Chania, Greece. pp.15
Communication dans un congrès
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Jeux et enjeux d’associations de deux dispositifs d’apprentissage collaboratif : « Check your Smile » et « Dictionnaire d’Agroécologie »Jeux & Enjeux : Construire des jeux et des simulations pour favoriser l’action collective. Rencontre des praticiens de la simulation participative et du jeu sérieux, Jun 2017, La Rochelle, France. 118 p
Communication dans un congrès
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Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès
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Text-mining needs of the food microbiology research community2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France
Communication dans un congrès
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Jeux et enjeux d'associations de deux dispositifs d'apprentissage collaboratif : "Check your Smile" et "dictionnaire d'AgroécologieLUDOVIA, Aug 2017, Ax-les-thermes, France
Communication dans un congrès
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Domestiquer de nouvelles espèces de poissons grâce au text mining et à ISTEXDATA 4IST : exploration et analyse des sources IST pour la recherche et ses environnements, May 2016, Paris, France. pp.14 slides
Communication dans un congrès
hal-02801740
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Reusing the NCBO BioPortal technology for agronomy to build AgroPortalICBO 2016 - 7th International Conference on Biomedical Ontologies, P. Jaiswal; R. Hoehndorf, Aug 2016, Corvallis, OR, United States
Communication dans un congrès
hal-01398251
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Favoriser le partage des vocabulairesSéminaire IN-OVIVE INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Oct 2014, Montpellier, France. 31 p
Communication dans un congrès
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Text Mining et annotation sémantique pour l’Information ScientifiquePrésentation des Résultats Obtenus avec l'Outil Luxid sur le corpus Pest and Crops, Apr 2013, Paris, France. 47 p
Communication dans un congrès
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Publication en Linked Open Data de données expérimentales sur la chenille processionnaire du pinAtelier IN-OVIVE INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Jul 2013, Lille, France. 20 p
Communication dans un congrès
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Le référentiel maladies animales : de CERISA au Linked DataJournées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale, May 2011, Fréjus, France
Communication dans un congrès
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Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patentsEKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩
Communication dans un congrès
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Named and specific entity detection in varied data: the Quaero named entity baseline evaluation7. Conference on international language resources and evaluation, May 2010, Valletta, Malta
Communication dans un congrès
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TyDI : un outil d’assistance à la construction de terminologie structurée8. International conference on terminology and artificial intelligence: TIA 2009, Nov 2009, Toulouse, France
Communication dans un congrès
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BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteriaBioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain
Communication dans un congrès
hal-02753174
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Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriologySemantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom
Communication dans un congrès
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A Robust Linguistic Platform for Efficient and Domain specific Web Content AnalysisRIAO 2007 - Large-Scale Semantic Access to Content (Text, Image, Video and Sound), May 2007, Pittsbirgh, United States
Communication dans un congrès
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Improving Term Extraction with Terminological Resources2006, pp.380
Communication dans un congrès
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Lexical Adaptation of Link Grammar to the Biomedical Sublanguage: a Comparative Evaluation of Three Approaches2006, pp.60-67
Communication dans un congrès
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Semantic annotation in the Alvis projectInternational Workshop on Intelligent Information Access, Jul 2006, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès
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Adapting a general parser to a sublanguage2005, pp.89-93
Communication dans un congrès
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Adapting a general parser to a sublanguageInternational Conference: RANLP - 2005 (Recent Advances in Natural Language Processing), Sep 2005, Borovets, Bulgaria
Communication dans un congrès
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Extraction d'Information appliquée au domaine biomédical. Apprentissage et traitement automatique de la langueJun 2004
Communication dans un congrès
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Extraction d'information appliquée au domaine biomédical : apprentissage et traitement automatique de la langueConférence internationale de fouille de texte, CIFT-04, Jun 2004, La Rochelle, France
Communication dans un congrès
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Event-based Information Extraction for the biomedical domain: the Caderige projectProceedings of the International Joint Workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and Its Applications (COLING'04), 2004, Geneva, Switzerland. pp.43-49
Communication dans un congrès
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FAIR-IMPACT project response to "DRAFT: Developing and implementing the semantic interoperability recommendations of the EOSC Interoperability FrameworkArticle de blog scientifique lirmm-04605917 v1 |
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3 outils pour transformer du tabulé en SKOS2022
Article de blog scientifique
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De TermSciences à Loterre : comment l’Inist-CNRS a rendu les terminologies ouvertes plus conformes aux principes FAIR2021, ⟨10.15454/djh8-yp20⟩
Article de blog scientifique
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TRACE : un Thésaurus pour la Recherche et l’Analyse de Contenus en Écotoxicologie. Fiche thématique N°162018, 6 p
Article de blog scientifique
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Challenges in Standardizing Terminologies for Data Management in Scientific ResearchRDA 23rd Plenary Meeting – (Hybrid) (RDA Plenary P23), Nov 2024, San Rosé, Costa Rica. , 2024, ⟨10.5281/zenodo.14056893⟩
Poster de conférence
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Le thésaurus INRAE : une ressource terminologique pour l’interopérabilité sémantiqueJournée du GdR Traitement automatique des langues (GDR TAL), Oct 2022, Rennes, France
Poster de conférence
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩
Poster de conférence
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Un glossaire panification aux standards du web sémantique68. Journées Techniques des Industries Céréalières (JTIC), Nov 2017, Paris, France. , 2017
Poster de conférence
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017
Poster de conférence
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AgroPortal: an open repository of ontologies and vocabularies for agriculture and nutrition dataBen Schaap. GODAN Summit, Sep 2016, New York, NY, United States. , 2016
Poster de conférence
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Interlinking two institutional KOS about Agroecology: using LOD Agrovoc to circumvent the language barrier in identifying terminological intersectionsDC2015 International Conference on Dublin Core and Metadata Applications, Sep 2015, São Paulo, Brazil. DC2015 International Conference on Dublin Core and Metadata Applications, 3 p., 2015
Poster de conférence
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A new semantic resource responding to the principles of open science: the meat thesaurus for dialogue between sector actors.The 68th International Congress of Meat Science and Technology (ICoMST2022), 2022
Proceedings/Recueil des communications
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Des ontologies pour la science2018
Cours
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Text mining à l'INRAMaster. Master 2 professionnel DEFI : Documents Electroniques et Flux d'Informations, 2016
Cours
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Infodoc Express : Introduction au text miningInfodoc Express (Introduction au text mining), 2016
Cours
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Deliverable D5.1: Report on method and language for the production of the augmented document representations2006
Pré-publication, Document de travail
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La numérisation du patrimoine culturel. Bibliothèques, musées : des savoir-faire à partagerdomain_shs.info.comm. 2003
Mémoire d'étudiant
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