Sophie Donnet

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Publications

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Vegetation patterns pinpoint the least resilient dryland sites

Benoît Pichon , Sophie Donnet , Isabelle Gounand , Sonia Kéfi

Methods in Ecology and Evolution, 2025, ⟨10.1111/2041-210x.70205⟩

Article dans une revue hal-05389368v1
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Grazing Modulates the Multiscale Spatial Structure of Dryland Vegetation

Benoît Pichon , Sonia Kéfi , Isabelle Gounand , Nicolas Gross , Yoann Le Bagousse-Pinguet et al.

Global Change Biology, 2025, 31 (7), pp.e70345. ⟨10.1111/gcb.70345⟩

Article dans une revue hal-05180398v1
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Hoeffding-type decomposition for U-statistics on bipartite networks

Tâm Le Minh , Sophie Donnet , François Massol , Stéphane Robin

Electronic Journal of Statistics , 2025, 19 (1), pp.2829-2875. ⟨10.1214/25-EJS2402⟩

Article dans une revue hal-05215215v1
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The interplay of facilitation and competition drives the emergence of multistability in dryland plant communities

Benoît Pichon , Isabelle Gounand , Sophie Donnet , Sonia Kéfi

Ecology, 2024, 105 (8), pp.e4369. ⟨10.1002/ecy.4369⟩

Article dans une revue hal-04668228v1
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Learning common structures in a collection of networks. An application to food webs

Saint-Clair Chabert-Liddell , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet

The Annals of Applied Statistics, 2024, 18 (2), ⟨10.1214/23-AOAS1831⟩

Article dans une revue hal-03685293v2
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Using the multivariate Hawkes process to study interactions between multiple species from camera trap data

Lisa Nicvert , Sophie Donnet , Mark Keith , Mike Peel , Michael J Somers et al.

Ecology, 2024, 105 (4), pp.e4237. ⟨10.1002/ecy.4237⟩

Article dans une revue hal-04465235v1
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Impact of the mesoscale structure of a bipartite ecological interaction network on its robustness through a probabilistic modeling

Saint-Clair Chabert-Liddell , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet

Environmetrics, 2022, 33 (2), ⟨10.1002/env.2709⟩

Article dans une revue hal-03259474v1
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A hierarchical Bayesian approach for incorporating expert opinions into parametric survival models: a case study of female Ixodes ricinus ticks exposed to various temperature and relative humidity conditions

Phrutsamon Wongnak , Severine Bord , Sophie Donnet , Thierry Hoch , Frederic Beugnet et al.

Ecological Modelling, 2022, 464, pp.109821. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2021.109821⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03428117v1

Accelerating Bayesian estimation for network Poisson models using frequentist variational estimates

Sophie Donnet , Stéphane Robin

Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2021, 70 (4), pp.858-885. ⟨10.1111/rssc.12489⟩

Article dans une revue hal-03202058v1
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A Stochastic Block Model Approach for the Analysis of Multilevel Networks: an Application to the Sociology of Organizations

Saint-Clair Chabert-Liddell , Pierre Barbillon , Sophie Donnet , Emmanuel Lazega

Computational Statistics and Data Analysis, 2021, 158, pp.107179. ⟨10.1016/j.csda.2021.107179⟩

Article dans une revue hal-02353711v1
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Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project

Maxime Dubart , Pascal Alonso , Didac Barroso-Bergadà , N. Becker , Kévin Béthune et al.

Advances in Ecological Research, 2021, Advances in Ecological Research, 65, pp.367-430. ⟨10.1016/bs.aecr.2021.10.007⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03634351v1
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Block models for generalized multipartite networks: Applications in ecology and ethnobiology

Avner Bar-Hen , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet

Statistical Modelling, 2020, pp.1471082X2096325. ⟨10.1177/1471082X20963254⟩

Article dans une revue hal-03117427v1
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Nonparametric Bayesian estimation for multivariate Hawkes processes

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau

Annals of Statistics, 2020, 48 (5), pp.2698-2727

Article dans une revue hal-03320970v1
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Posterior concentration rates for empirical Bayes procedures with applications to Dirichlet process mixtures

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau , Catia Scricciolo

Bernoulli, 2018, 24 (1), pp.231-256. ⟨10.3150/16-BEJ872⟩

Article dans une revue hal-01570308v2
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Posterior concentration rates for counting processes with Aalen multiplicative intensities

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau , Catia Scricciolo

Bayesian Analysis, 2017, 12 (1), pp.53-87. ⟨10.1214/15-BA986⟩

Article dans une revue hal-01044710v1
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Stochastic block-models for multiplex networks : An application to a multilevel network of researchers

Pierre Barbillon , Sophie Donnet , Emmanuel Lazega , Avner Bar-Hen

Journal of the Royal Statistical Society: Series A Statistics in Society, 2017, 180 (1), pp.295-314. ⟨10.1111/rssa.12193⟩

Article dans une revue hal-01520820v1

Bayesian analysis of ODEs : solver optimal accuracy and bayes factors

Marcos A. Capistrán , J. Andrés Christen , Sophie Donnet

SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, 2016, 4 (1), pp.829-849. ⟨10.1137/140976777⟩

Article dans une revue hal-01570310v1

Effects of competition on collective learning in advice networks

Emmanuel Lazega , Avner Bar-Hen , Pierre Barbillon , Sophie Donnet

Social Networks, 2016, 47, pp.1 - 14. ⟨10.1016/j.socnet.2016.04.001⟩

Article dans une revue hal-01520660v1
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Bayesian inference for partially observed multiplicative intensity processes

Sophie Donnet , Judith Rousseau

Bayesian Analysis, 2016, 11 (1), pp.151-190. ⟨10.1214/15-BA940⟩

Article dans une revue hal-01197643v1

Monkeys time their pauses of movement and not their movement-kinematics during a synchronization-continuation rhythmic task

Sophie Donnet , Ramon Bartolo , Jose Maria Fernandes , Joao Paulo Silva Cunha , Luis Prado et al.

Journal of Neurophysiology, 2014, 111 (10), pp.2138-2149. ⟨10.1152/jn.00802.2013⟩

Article dans une revue hal-01197634v1
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Using PMCMC in EM algorithm for stochastic mixed models: theoretical and practical issues

Sophie Donnet , Adeline Samson

Journal de la Société Française de Statistique, 2014, 155 (1), pp.49-72

Article dans une revue hal-00950760v2
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A review on estimation of stochastic differential equations for pharmacokinetic/pharmacodynamic models

Sophie Donnet , Adeline Samson

Advanced Drug Delivery Reviews, 2013, 65 (7), pp.1. ⟨10.1016/j.addr.2013.03.005⟩

Article dans une revue hal-00777774v1
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Combining expert opinions in prior elicitation

Isabelle I. Albert , Sophie S. Donnet , Chantal C. Guihenneuc-Jouyaux , Samantha S. Low-Choy , Kerrie K. Mengersen et al.

Bayesian Analysis, 2012, 7 (3), pp.503-531. ⟨10.1214/12-BA717⟩

Article dans une revue hal-01004440v1

Review of ''Monte Carlo Simulation for the Pharmaceutical Industry: Concepts, Algorithms, and Case Studies'' by Mark Chang

Sophie Donnet

International Statistical Review, 2012, 80 (1), pp.186-187

Article dans une revue hal-00703160v1
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Rejoinder

Isabelle I. Albert , Sophie S. Donnet , Chantal C. Guihenneuc-Jouyaux , Samantha S. Low-Choy , Kerrie K. Mengersen et al.

Bayesian Analysis, 2012, 7 (3), pp.541-546. ⟨10.1214/12-BA717REJ⟩

Article dans une revue hal-01004758v1

An empirical Bayes procedure for the selection of Gaussian graphical models

Sophie Donnet , Jean-Michel Marin

Statistics and Computing, 2011, 22 (5), pp.1113-1123. ⟨10.1007/s11222-011-9285-5⟩

Article dans une revue hal-00658539v1

Un cadre de détection-estimation conjointe pour analyser les données individuelles d’IRMf

Sophie Donnet , Philippe Ciuciu , Laurent Risser , Thomas Vincent

Journal de la Société Française de Statistique, 2010, 151 (1), pp.58-89

Article dans une revue hal-00703158v1
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Bayesian analysis of growth curves using mixed models defined by stochastic differential equations

Sophie Donnet , Jean-Louis Foulley , Adeline Samson

Biometrics, 2010, 66 (3), pp.733-741. ⟨10.1111/j.1541-0420.2009.01342.x⟩

Article dans une revue hal-00360111v1
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Parametric inference for mixed models defined by stochastic differential equations

Sophie Donnet , Adeline Samson

ESAIM: Probability and Statistics, 2008, 12, pp.196-218. ⟨10.1051/ps:2007045⟩

Article dans une revue hal-00263515v1

Discussion on "Parameter estimation for differential equations: a generalized smoothing approach" (by Ramsay JO, Hooker G, Campbell D and Cao J),

Sophie Donnet , Adeline Samson

Journal of the Royal Statistical Society: Series B, 2007, 69 (5), pp.741-796

Article dans une revue hal-00703159v1
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Estimation of parameters in incomplete data models defined by dynamical systems.

Adeline Samson , Sophie Donnet

Journal of Statistical Planning and Inference, 2007, 137 (9), pp.2815-2831. ⟨10.1016/j.jspi.2006.10.013⟩

Article dans une revue hal-00263507v1

Are fMRI event-related response constant in time? A model selection answer

Sophie Donnet , Marc Lavielle , Jean-Baptiste Poline

NeuroImage, 2006, 31, pp.1169 - 1176

Article dans une revue hal-00415832v1
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Hoeffding-type decomposition for U-statistics on bipartite networks

Tâm Le Minh , Sophie Donnet , François Massol , Stephane S. Robin

JDS 2023-54èmes Journées de Statistique de la Société Française de Statistique (SFdS), 2023, Bruxelles, Belgium

Communication dans un congrès hal-04792991v1

Modeling Heaping in Marine Surveys : A Bayesian Approach

Éric É. Parent , Matthieu A Authier , Sophie Donnet , Isabelle Albert , Daouda Ba

Journées de statistiques de la SFDS, Jun 2019, Nancy, France

Communication dans un congrès hal-02930953v1

Méthode conjointe de segmentation-classification pour des modèles d'écologie du déplacement

Sophie Donnet , Julien Chiquet , Marie Pierre Etienne , Adeline Samson

49. Journées de Statistique de la SFdS, May 2017, Avignon, France. 2 p

Communication dans un congrès hal-01565530v1

Modèles à blocs latents pour graphe multipartite Application aux interactions entre espèces animales et plantes

Sophie Donnet , Avner Bar-Hen , Pierre Barbillon

49. Journées de Statistique de la SFdS, May 2017, Avignon, France

Communication dans un congrès hal-01557217v1

Discussion on "Recent Developments in Pharmacokinetics and Pharmacodynamic Modeling and Data Analysis

Sophie Donnet

XXVIII. International Biometric Conference (IBC 2016), Jul 2016, Victoria, Canada

Communication dans un congrès hal-01565528v1

Estimation bayésienne non-paramétrique pour les processus de Hawkes

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard

47. Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2015, Lille, France. 6 p

Communication dans un congrès hal-01565526v1

Estimation bayésienne non paramétrique pour processus de Hawkes multidimensionnels

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau

Congrés SMAI 2015, Jun 2015, Les Karellis, France

Communication dans un congrès hal-01565529v1
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Non parametric Bayesian estimation for Hawkes processes

Sophie Donnet , Judith Rousseau , Vincent Rivoirard

International Society for Bayesian Analysis World Meeting, ISBA 2014, Jul 2014, Cancun, Mexico. pp.1

Communication dans un congrès hal-01565527v1
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Analyse bayésienne de courbes de croissance par des modèles à effets mixtes définis par équations différentielles stochastiques.

Sophie Donnet , Jean-Louis Foulley , Adeline Samson

41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France

Communication dans un congrès inria-00386568v1

Monitoring the ribosome dynamics at the single molecule level

Véronique Vienne , Baptiste Bouhet , Antonin Tidu , Sandra Blanchet , Charles Truong et al.

1st scientific day of the Living Machines @ Work interdisciplinary network, Oct 2023, Gif sur Yvette, France

Poster de conférence hal-04240628v1

Seed circulation networks, the missing link between crop diversity and sustainable agriculture

Vanesse Labeyrie , Sophie Donnet , Sophie Caillon , Eric Garine , Christine Raimond

Michele L. Barnes; Örjan Bodin. Handbook of social networks and the environment, Edward Elgar Publishing, pp.38-54, 2025, Research Handbooks on Social Networks series, 9781035318759. ⟨10.4337/9781035318759.00014⟩

Chapitre d'ouvrage hal-05268722v1

Chapter 6: Using Latent Block Models to Detect Structure in Ecological Networks

Julie J. Aubert , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet , Vincent Miele

Statistical Approaches for Hidden Variables in Ecology., Wiley, pp.117-134, 2022, ⟨10.1002/9781119902799.ch6⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03811607v1
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Climatic legacies drive spatial aggregation of plants in drylands

Benoît Pichon , Sonia Kefi , Isabelle Gounand , Sophie Donnet

2025

Pré-publication, Document de travail hal-05357145v1
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Common Structure Discovery in Collections of Bipartite Networks: Application to Pollination Systems

Louis Lacoste , Pierre Barbillon , Sophie Donnet

2025

Pré-publication, Document de travail hal-05399136v1
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Estimating distances to desertification points from dryland ecosystem images

Benoît Pichon , Sophie Donnet , Isabelle Gounand , Sonia Kéfi

2025

Pré-publication, Document de travail hal-05216054v1
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Auto-encoding GPS data to reveal individual and collective behaviour

Saint-Clair Chabert-Liddell , Nicolas Bez , Pierre Gloaguen , Sophie Donnet , Stéphanie Mahévas

2023

Pré-publication, Document de travail hal-04317516v1

Bayesian inference for network Poisson models

Sophie Donnet , Stéphane Robin

2019

Pré-publication, Document de travail hal-02192621v1
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Block model for multipartite networks. Applications in ecology and ethnobiology

Avner Bar-Hen , P. Barbillon , Sophie Donnet

2018

Pré-publication, Document de travail hal-01850875v1
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Shortened Bridge Sampler: Using deterministic approximations to accelerate SMC for posterior sampling

Sophie Donnet , Stéphane Robin

2017

Pré-publication, Document de travail hal-01566898v1
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Posterior concentration rates for empirical Bayes procedures, with applications to Dirichlet Process mixtures. Supplementary material

Sophie Donnet , Judith Rousseau , Vincent Rivoirard , Catia Scricciolo

2014

Pré-publication, Document de travail hal-01007554v1
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Posterior concentration rates for empirical Bayes procedures, with applications to Dirichlet Process mixtures

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau , Catia Scricciolo

2014

Pré-publication, Document de travail hal-01007444v1
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Bayesian Inference for Partially Observed Branching Processes

Sophie Donnet , Judith Rousseau

2013

Pré-publication, Document de travail hal-00776926v1
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EM algorithm coupled with particle filter for maximum likelihood parameter estimation of stochastic differential mixed-effects models

Sophie Donnet , Adeline Samson

2011

Pré-publication, Document de travail hal-00519576v2