Sophie Donnet

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Présentation

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Publications

The interplay of facilitation and competition drives the emergence of multistability in dryland plant communities

Benoît Pichon , Isabelle Gounand , Sophie Donnet , Sonia Kéfi
Ecology, 2024, 105 (8), ⟨10.1002/ecy.4369⟩
Article dans une revue hal-04668228 v1
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Learning common structures in a collection of networks. An application to food webs

Saint-Clair Chabert-Liddell , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet
The Annals of Applied Statistics, 2024, 18 (2), ⟨10.1214/23-AOAS1831⟩
Article dans une revue hal-03685293 v2
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Using the multivariate Hawkes process to study interactions between multiple species from camera trap data

Lisa Nicvert , Sophie Donnet , Mark Keith , Mike Peel , Michael J Somers et al.
Ecology, 2024, 105 (4), pp.e4237. ⟨10.1002/ecy.4237⟩
Article dans une revue hal-04465235 v1
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Impact of the mesoscale structure of a bipartite ecological interaction network on its robustness through a probabilistic modeling

Saint-Clair Chabert-Liddell , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet
Environmetrics, 2022, 33 (2), ⟨10.1002/env.2709⟩
Article dans une revue hal-03259474 v1
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A hierarchical Bayesian approach for incorporating expert opinions into parametric survival models: a case study of female Ixodes ricinus ticks exposed to various temperature and relative humidity conditions

Phrutsamon Wongnak , Severine Bord , Sophie Donnet , Thierry Hoch , Frederic Beugnet et al.
Ecological Modelling, 2022, 464, pp.109821. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2021.109821⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03428117 v1
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A Stochastic Block Model Approach for the Analysis of Multilevel Networks: an Application to the Sociology of Organizations

Saint-Clair Chabert-Liddell , Pierre Barbillon , Sophie Donnet , Emmanuel Lazega
Computational Statistics and Data Analysis, 2021, 158, pp.107179. ⟨10.1016/j.csda.2021.107179⟩
Article dans une revue hal-02353711 v1
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Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project

Maxime Dubart , Pascal Alonso , Didac Barroso-Bergadà , N. Becker , Kévin Béthune et al.
Advances in Ecological Research, 2021, Advances in Ecological Research, 65, pp.367-430. ⟨10.1016/bs.aecr.2021.10.007⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03634351 v1

Accelerating Bayesian estimation for network Poisson models using frequentist variational estimates

Sophie Donnet , Stéphane Robin
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2021, 70 (4), pp.858-885. ⟨10.1111/rssc.12489⟩
Article dans une revue hal-03202058 v1
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Block models for generalized multipartite networks: Applications in ecology and ethnobiology

Avner Bar-Hen , Pierre M Barbillon , Sophie Donnet
Statistical Modelling, 2020, pp.1471082X2096325. ⟨10.1177/1471082X20963254⟩
Article dans une revue hal-03117427 v1
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Nonparametric Bayesian estimation for multivariate Hawkes processes

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau
Annals of Statistics, 2020, 48 (5), pp.2698-2727
Article dans une revue hal-03320970 v1
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Posterior concentration rates for empirical Bayes procedures with applications to Dirichlet process mixtures

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau , Catia Scricciolo
Bernoulli, 2018, 24 (1), pp.231-256. ⟨10.3150/16-BEJ872⟩
Article dans une revue hal-01570308 v2
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Stochastic block-models for multiplex networks : An application to a multilevel network of researchers

Pierre Barbillon , Sophie Donnet , Emmanuel Lazega , Avner Bar-Hen
Journal of the Royal Statistical Society: Series A Statistics in Society, 2017, 180 (1), pp.295-314. ⟨10.1111/rssa.12193⟩
Article dans une revue hal-01520820 v1
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Posterior concentration rates for counting processes with Aalen multiplicative intensities

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau , Catia Scricciolo
Bayesian Analysis, 2017, 12 (1), pp.53-87. ⟨10.1214/15-BA986⟩
Article dans une revue hal-01044710 v1

Bayesian analysis of ODEs : solver optimal accuracy and bayes factors

Marcos A. Capistrán , J. Andrés Christen , Sophie Donnet
SIAM/ASA Journal on Uncertainty Quantification, 2016, 4 (1), pp.829-849. ⟨10.1137/140976777⟩
Article dans une revue hal-01570310 v1
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Bayesian inference for partially observed multiplicative intensity processes

Sophie Donnet , Judith Rousseau
Bayesian Analysis, 2016, 11 (1), pp.151-190. ⟨10.1214/15-BA940⟩
Article dans une revue hal-01197643 v1

Effects of competition on collective learning in advice networks

Emmanuel Lazega , Avner Bar-Hen , Pierre Barbillon , Sophie Donnet
Social Networks, 2016, 47, pp.1 - 14. ⟨10.1016/j.socnet.2016.04.001⟩
Article dans une revue hal-01520660 v1

Monkeys time their pauses of movement and not their movement-kinematics during a synchronization-continuation rhythmic task

Sophie Donnet , Ramon Bartolo , Jose Maria Fernandes , Joao Paulo Silva Cunha , Luis Prado et al.
Journal of Neurophysiology, 2014, 111 (10), pp.2138-2149. ⟨10.1152/jn.00802.2013⟩
Article dans une revue hal-01197634 v1
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Using PMCMC in EM algorithm for stochastic mixed models: theoretical and practical issues

Sophie Donnet , Adeline Samson
Journal de la Société Française de Statistique, 2014, 155 (1), pp.49-72
Article dans une revue hal-00950760 v2
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A review on estimation of stochastic differential equations for pharmacokinetic/pharmacodynamic models

Sophie Donnet , Adeline Samson
Advanced Drug Delivery Reviews, 2013, 65 (7), pp.1. ⟨10.1016/j.addr.2013.03.005⟩
Article dans une revue hal-00777774 v1

Review of ''Monte Carlo Simulation for the Pharmaceutical Industry: Concepts, Algorithms, and Case Studies'' by Mark Chang

Sophie Donnet
International Statistical Review, 2012, 80 (1), pp.186-187
Article dans une revue hal-00703160 v1
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Rejoinder

Isabelle I. Albert , Sophie S. Donnet , Chantal C. Guihenneuc-Jouyaux , Samantha S. Low-Choy , Kerrie K. Mengersen et al.
Bayesian Analysis, 2012, 7 (3), pp.541-546. ⟨10.1214/12-BA717REJ⟩
Article dans une revue hal-01004758 v1
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Combining expert opinions in prior elicitation

Isabelle I. Albert , Sophie S. Donnet , Chantal C. Guihenneuc-Jouyaux , Samantha S. Low-Choy , Kerrie K. Mengersen et al.
Bayesian Analysis, 2012, 7 (3), pp.503-531. ⟨10.1214/12-BA717⟩
Article dans une revue hal-01004440 v1

An empirical Bayes procedure for the selection of Gaussian graphical models

Sophie Donnet , Jean-Michel Marin
Statistics and Computing, 2011, 22 (5), pp.1113-1123. ⟨10.1007/s11222-011-9285-5⟩
Article dans une revue hal-00658539 v1
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Bayesian analysis of growth curves using mixed models defined by stochastic differential equations

Sophie Donnet , Jean-Louis Foulley , Adeline Samson
Biometrics, 2010, 66 (3), pp.733-741. ⟨10.1111/j.1541-0420.2009.01342.x⟩
Article dans une revue hal-00360111 v1

Un cadre de détection-estimation conjointe pour analyser les données individuelles d’IRMf

Sophie Donnet , Philippe Ciuciu , Laurent Risser , Thomas Vincent
Journal de la Société Française de Statistique, 2010, 151 (1), pp.58-89
Article dans une revue hal-00703158 v1
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Parametric inference for mixed models defined by stochastic differential equations

Sophie Donnet , Adeline Samson
ESAIM: Probability and Statistics, 2008, 12, pp.196-218. ⟨10.1051/ps:2007045⟩
Article dans une revue hal-00263515 v1
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Estimation of parameters in incomplete data models defined by dynamical systems.

Adeline Samson , Sophie Donnet
Journal of Statistical Planning and Inference, 2007, 137 (9), pp.2815-2831. ⟨10.1016/j.jspi.2006.10.013⟩
Article dans une revue hal-00263507 v1

Discussion on "Parameter estimation for differential equations: a generalized smoothing approach" (by Ramsay JO, Hooker G, Campbell D and Cao J),

Sophie Donnet , Adeline Samson
Journal of the Royal Statistical Society: Series B, 2007, 69 (5), pp.741-796
Article dans une revue hal-00703159 v1

Are fMRI event-related response constant in time? A model selection answer

Sophie Donnet , Marc Lavielle , Jean-Baptiste Poline
NeuroImage, 2006, 31, pp.1169 - 1176
Article dans une revue hal-00415832 v1
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Hoeffding-type decomposition for U-statistics on bipartite networks

Tâm Le Minh , Sophie Donnet , François Massol , Stephane S. Robin
JDS 2023-54èmes Journées de Statistique de la Société Française de Statistique (SFdS), 2023, Bruxelles, Belgium
Communication dans un congrès hal-04792991 v1

Modeling Heaping in Marine Surveys : A Bayesian Approach

Éric É. Parent , Matthieu A Authier , Sophie Donnet , Isabelle Albert , Daouda Ba
Journées de statistiques de la SFDS, Jun 2019, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02930953 v1

Méthode conjointe de segmentation-classification pour des modèles d'écologie du déplacement

Sophie Donnet , Julien Chiquet , Marie Pierre Etienne , Adeline Samson
49. Journées de Statistique de la SFdS, May 2017, Avignon, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-01565530 v1

Modèles à blocs latents pour graphe multipartite Application aux interactions entre espèces animales et plantes

Sophie Donnet , Avner Bar-Hen , Pierre Barbillon
49. Journées de Statistique de la SFdS, May 2017, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-01557217 v1

Discussion on "Recent Developments in Pharmacokinetics and Pharmacodynamic Modeling and Data Analysis

Sophie Donnet
XXVIII. International Biometric Conference (IBC 2016), Jul 2016, Victoria, Canada
Communication dans un congrès hal-01565528 v1

Estimation bayésienne non-paramétrique pour les processus de Hawkes

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard
47. Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2015, Lille, France. 6 p
Communication dans un congrès hal-01565526 v1

Estimation bayésienne non paramétrique pour processus de Hawkes multidimensionnels

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau
Congrés SMAI 2015, Jun 2015, Les Karellis, France
Communication dans un congrès hal-01565529 v1
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Non parametric Bayesian estimation for Hawkes processes

Sophie Donnet , Judith Rousseau , Vincent Rivoirard
International Society for Bayesian Analysis World Meeting, ISBA 2014, Jul 2014, Cancun, Mexico. pp.1
Communication dans un congrès hal-01565527 v1
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Analyse bayésienne de courbes de croissance par des modèles à effets mixtes définis par équations différentielles stochastiques.

Sophie Donnet , Jean-Louis Foulley , Adeline Samson
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
Communication dans un congrès inria-00386568 v1

Monitoring the ribosome dynamics at the single molecule level

Véronique Vienne , Baptiste Bouhet , Antonin Tidu , Sandra Blanchet , Charles Truong et al.
1st scientific day of the Living Machines @ Work interdisciplinary network, Oct 2023, Gif sur Yvette, France
Poster de conférence hal-04240628 v1
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Auto-encoding GPS data to reveal individual and collective behaviour

Saint-Clair Chabert-Liddell , Nicolas Bez , Pierre Gloaguen , Sophie Donnet , Stéphanie Mahévas
2023
Pré-publication, Document de travail hal-04317516 v1

Bayesian inference for network Poisson models

Sophie Donnet , Stéphane Robin
2019
Pré-publication, Document de travail hal-02192621 v1
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Block model for multipartite networks. Applications in ecology and ethnobiology

Avner Bar-Hen , P. Barbillon , Sophie Donnet
2018
Pré-publication, Document de travail hal-01850875 v1
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Shortened Bridge Sampler: Using deterministic approximations to accelerate SMC for posterior sampling

Sophie Donnet , Stéphane Robin
2017
Pré-publication, Document de travail hal-01566898 v1
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Posterior concentration rates for empirical Bayes procedures, with applications to Dirichlet Process mixtures

Sophie Donnet , Vincent Rivoirard , Judith Rousseau , Catia Scricciolo
2014
Pré-publication, Document de travail hal-01007444 v1
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Posterior concentration rates for empirical Bayes procedures, with applications to Dirichlet Process mixtures. Supplementary material

Sophie Donnet , Judith Rousseau , Vincent Rivoirard , Catia Scricciolo
2014
Pré-publication, Document de travail hal-01007554 v1
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Bayesian Inference for Partially Observed Branching Processes

Sophie Donnet , Judith Rousseau
2013
Pré-publication, Document de travail hal-00776926 v1
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EM algorithm coupled with particle filter for maximum likelihood parameter estimation of stochastic differential mixed-effects models

Sophie Donnet , Adeline Samson
2011
Pré-publication, Document de travail hal-00519576 v2