Sophie SCHBATH

Directrice de Recherche INRAE, Unité MaIAGE. Responsable scientifique de la plateforme bioinformatique Migale
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Publications

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Microbiota members from body sites of dairy cows are largely shared within individual hosts throughout lactation but sharing is limited in the herd

Mahendra Mariadassou , Laurent-Xavier Nouvel , Fabienne Constant , Diego P. Morgavi , Lucie Rault et al.
Animal Microbiome, 2023, 5 (1), pp.32. ⟨10.1186/s42523-023-00252-w⟩
Article dans une revue hal-04126196 v1

Model‐based biclustering for overdispersed count data with application in microbial ecology

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stéphane Robin
Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (6), pp.1050-1061. ⟨10.1111/2041-210X.13582⟩
Article dans une revue hal-03323318 v1
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Exploring short k-mer profiles in cells and mobile elements from Archaea highlights the major influence of both the ecological niche and evolutionary history

Ariane Bize , Cédric Midoux , Mahendra Mariadassou , Sophie Schbath , Patrick Forterre et al.
BMC Genomics, 2021, 22, ⟨10.1186/s12864-021-07471-y⟩
Article dans une revue hal-03176011 v1
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SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics

Gaëtan Benoit , Mahendra Mariadassou , Stéphane Robin , Sophie Schbath , Pierre Peterlongo et al.
Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
Article dans une revue hal-02308101 v1
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DUGMO: tool for the detection of unknown genetically modified organisms with high-throughput sequencing data for pure bacterial samples

Julie Hurel , Sophie S. Schbath , Stéphanie Bougeard , Mathieu Rolland , Mauro Petrillo et al.
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12859-020-03611-5⟩
Article dans une revue hal-02914869 v1
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Statistical modelling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery with the help of transcriptome data: application to Listeria monocytogenes

Ibrahim Sultan , Vincent Fromion , Sophie Schbath , Pierre Nicolas
Journal of the Royal Society Interface, 2020, 17 (171), pp.20200600. ⟨10.1098/rsif.2020.0600⟩
Article dans une revue hal-03270230 v1

Comparing the Statistical Fate of Paralogous and Orthologous Sequences

Florian Massip , Michael Sheinman , Sophie Schbath , Peter Arndt
Genetics, 2016, 204 (2), pp.475-482. ⟨10.1534/genetics.116.193912⟩
Article dans une revue hal-04181589 v1
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Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting

Gaëtan Benoit , Pierre Peterlongo , Mahendra Mariadassou , Erwan Drezen , Sophie Schbath et al.
PeerJ Computer Science, 2016, 2 (14), 25 p. ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
Article dans une revue hal-01397150 v1
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How evolution of genomes is reflected in exact DNA sequence match statistics

Florian Massip , Michael Sheinman , Sophie S. Schbath , Peter F Arndt
Molecular Biology and Evolution, 2015, 32 (2), pp.524-535. ⟨10.1093/molbev/msu313⟩
Article dans une revue hal-02634213 v1
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Temperate phages acquire DNA from defective prophages by relaxed homologous recombination: the role of rad52-like recombinases.

Marianne de Paepe , Geoffrey Hutinet , Olivier Son , Jihane Amarir , Sophie Schbath et al.
PLoS Genetics, 2014, 10 (3), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pgen.1004181⟩
Article dans une revue hal-01134590 v1

Statistical significance of threading scores

Afshin Fayyaz Movaghar , Guillaume Launay , Sophie S. Schbath , Jean-François Gibrat , Francois F. Rodolphe
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (1), pp.13-29. ⟨10.1089/cmb.2011.0236⟩
Article dans une revue hal-02647201 v1
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Mapping reads on a genomic sequence: an algorithmic overview and a practical comparative analysis

Sophie S. Schbath , Veronique V. Martin , Matthias Zytnicki , Julien Fayolle , Valentin Loux et al.
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (6), pp.796-813. ⟨10.1089/cmb.2012.0022⟩
Article dans une revue hal-02645697 v1

Separating significant matches from spurious matches in DNA sequences

Hugo Devillers , Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (1), pp.1-12. ⟨10.1089/cmb.2011.0070⟩
Article dans une revue hal-02644592 v1

DNA motifs that sculpt the bacterial chromosome

Fabrice Touzain , Marie Agnes Petit , Sophie Schbath , Meriem El Karoui
Nature Reviews Microbiology, 2011, 2011 (9), pp.15-26. ⟨10.1038/nrmicro2477⟩
Article dans une revue hal-01019344 v1
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Statistiques de motifs

Sophie S. Schbath
Gazette des Mathématiciens, 2011, 2011 (130), pp.60-65
Article dans une revue hal-02641994 v1

Occurrence of structured motifs in random sequences: Arbitrary number of boxes

Valeri T. V. T. Stefanov , Stephane S. Robin , Sophie S. Schbath
Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (8), pp.826-831. ⟨10.1016/j.dam.2010.12.023⟩
Article dans une revue hal-01001273 v1

Robustness assessment of whole bacterial genome segmentations

Hugo H. Devillers , Helene H. Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem M. El Karoui
Journal of Computational Biology, 2011, 18 (9), pp.1155-1165. ⟨10.1089/cmb.2011.0115⟩
Article dans une revue hal-00999893 v1
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Adaptive estimation for Hawkes processes; application to genome analysis

Patricia Reynaud-Bouret , Sophie Schbath
Annals of Statistics, 2010, 38 (5), pp.2781-2822. ⟨10.1214/10-AOS806⟩
Article dans une revue hal-00863958 v1

Assessing the robustness of complete bacterial genome segmentations

Hugo Devillers , Hélène Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem El-Karoui
Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6398, pp.173-187. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Article dans une revue istex hal-02654924 v1

Assessing the exceptionality of coloured motifs in networks

Sophie S. Schbath , Vincent Lacroix , Marie-France Sagot
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2009, 2009, 9 p. on line. ⟨10.1155/2009/616234⟩
Article dans une revue hal-02656035 v1
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SIGffRid: A tool to search for sigma factor binding sites in bacterial genomes using comparative approach and biologically driven statistics

Fabrice Touzain , Sophie Schbath , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Gregory Kucherov et al.
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (73), pp.on line. ⟨10.1186/1471-2105-9-73⟩
Article dans une revue inria-00580657 v1

Poisson approximation for the number of repeats in a stationary Markov chain

Narjiss Touyar , Sophie S. Schbath , Dominique Cellier , Hélène Dauchel
Journal of Applied Probability, 2008, 45 (2), pp.440-455. ⟨10.1239/jap/1214950359⟩
Article dans une revue hal-02663042 v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , Jean-Jacques Daudin , Michel Koskas , Sophie Schbath , Stephane Robin
Journal of Computational Biology, 2008, 15 (1), pp.1-20. ⟨10.1089/cmb.2007.0137⟩
Article dans une revue hal-01197499 v1

Poisson approximation for the number of repeats in a stationary Markov chain.

Narjiss Touyar , Sophie Schbath , Dominique Cellier , Hélène Dauchel
Journal of Applied Probability, 2008, 45 (2), pp.440-455
Article dans une revue hal-00475851 v1
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The MatP/matS site-specific system organizes the terminus region of the E. coli chromosome into a macrodomain

Romain Mercier , Marie Agnes Petit , Sophie Schbath , Stephane Robin , Meriem El Karoui et al.
Cell, 2008, 135 (3), pp.475-485. ⟨10.1016/j.cell.2008.08.031⟩
Article dans une revue hal-01197588 v1
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Identification of DNA Motifs Implicated in Maintenance of Bacterial Core Genomes by Predictive Modeling

David Halpern , Helene Chiapello , Sophie Schbath , Stephane Robin , Christelle Hennequet-Antier et al.
PLoS Genetics, 2007, 3 (9), pp.1614-1621;e153. ⟨10.1371/journal.pgen.0030153⟩
Article dans une revue hal-01197542 v1

Waiting times for clumps of patterns and for structured motifs in random sequences

V.T. Stefanov , Stephane Robin , Sophie Schbath
Discrete Applied Mathematics, 2007, 155 (6-7), pp.868-880. ⟨10.1016/j.dam.2005.07.016⟩
Article dans une revue hal-01197504 v1

Improved compound Poisson approximation for the number of occurrences of any rare word family in a stationary Markov chain

Etienne Roquain , Sophie S. Schbath
Advances in Applied Probability, 2007, 39 (1), pp.128-140. ⟨10.1239/aap/1175266472⟩
Article dans une revue hal-02663611 v1
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Statistical tests to compare motif count exceptionalities

Stephane Robin , Sophie Schbath , Vincent Vandewalle
BMC Bioinformatics, 2007, 8, pp.84. ⟨10.1186/1471-2105-8-84⟩
Article dans une revue hal-01197501 v1
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Network motifs : mean and variance for the count

Catherine Matias , Sophie S. Schbath , Etienne Birmelé , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Stephane S. Robin
REVSTAT - Statistical Journal, 2006, 4 (1), pp.31-51
Article dans une revue hal-02655236 v1

FADO: A statistical method to detect favored or avoided distances between occurrences of motifs using the Hawkes' model

Gaelle Gusto , Sophie S. Schbath
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2005, 4 (1), n.p
Article dans une revue hal-02682109 v1

À la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les génomes

Sophie S. Schbath
Images des Mathématiques, 2004, 3, pp.100-102
Article dans une revue hal-02669992 v1

Statistical methods in physical mapping

Sophie S. Schbath
Encyclopedia of Life Sciences, 2003, 434, pp.inc. ⟨10.1038/npg.els.0005434⟩
Article dans une revue hal-02670787 v1

Numerical comparison of several approximations of the word count distribution in random sequences

Stephane S. Robin , Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2001, 8 (4), pp.349-359
Article dans une revue hal-02675878 v1

Probabilistic and statistical properties of words: An overview

G. Reinert , Sophie S. Schbath , M.S. Waterman
Journal of Computational Biology, 2000, 7 (1-2), pp.1- 46
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02699195 v1

The effect of nonhomogeneous clone length distribution on the progress of an STS mapping project

Sophie S. Schbath , N. Bossard , Simon Tavare
Journal of Computational Biology, 2000, 7 (1-2), pp.47- 57
Article dans une revue hal-02696184 v1

An overview on the distribution of word counts in Markov chains

Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2000, 7 (1-2), pp.193 - 201
Article dans une revue hal-02692799 v1

Characteristics of Chi distribution on different bacterial genomes

Meriem El Karoui , Veronique Biaudet , Sophie Schbath , Alexandra A. Gruss
Research in Microbiology, 1999, 150, pp.579-587
Article dans une revue hal-02697692 v1

Compound poisson and poisson process approximations for occurences of multiple words in Markov chains

G. Reinert , Sophie Schbath
Journal of Computational Biology, 1998, 5 (2), pp.223-253
Article dans une revue hal-02685593 v1

An efficient statistic to detect over- and under-represented words in DNA sequences

Sophie Schbath
Journal of Computational Biology, 1997, 4 (2), pp.189-192
Article dans une revue hal-02685031 v1

Coverage processes in physical mapping by anchoring random clones

Sophie Schbath
Journal of Computational Biology, 1997, 4 (1), pp.61-82
Article dans une revue hal-02684068 v1

Compound poisson approximation of word counts in DNA sequences

Sophie Schbath
ESAIM: Probability and Statistics, 1995, 1 (1), pp.1-16
Article dans une revue hal-02699788 v1

Exceptional motifs in different Markov chain models for a statistical analysis of DNA sequences

Sophie Schbath , Bernard Prum , E. de Turckheim
Journal of Computational Biology, 1995, 2 (3), pp.417-437
Article dans une revue hal-02708296 v1

R'MES: a tool to find motifs with a significantly unexpected frequency in biological sequences

Sophie S. Schbath , Mark M. Hoebeke
Advances in genomic sequence analysis and pattern discovery, World Scientific Publishing Co., 2011, 981-4327-72-7 978-981-4327-72-5
Chapitre d'ouvrage hal-02811290 v1

How can pattern statistics be useful for DNA motif discovery ?

Sophie Schbath , Stephane Robin
Scan Statistics. Methods and Applications, 28, Birkhäuser Publishing, 2009, Statistics for Industry and Technology, 978-0-8176-4748-3
Chapitre d'ouvrage hal-01197508 v1

Statistics on words with applications to biological sequences

Gesine Reinert , Sophie S. Schbath , M.S. Waterman
Applied combinatorics on words, 105, Cambridge University Press, 2005, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 0-521-84802-4
Chapitre d'ouvrage hal-02832116 v1
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Pour accompagner et étudier la transition écologique des laboratoires : un réseau et une plateforme Transition 1point5

Sophie Schbath
Journée inter-laboratoires "Recherche et écologie", Université Gustave Eiffel, May 2024, Marne-la -Vallée, France
Communication dans un congrès hal-04843417 v1
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Omnicrobe : Une base de données scientifique en libre accès sur les habitats et phénotypes microbiens

Sophie Schbath
Journée d'étude de l'assemblée des partenaires de Hal, Le Centre pour la Communication Scientifique Directe, Nov 2024, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-04843599 v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone : un retour d'"expérience

Sophie Schbath
Workshop CO2ERASE, Université Dauphine, Jun 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04177039 v1
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Petit tour d’horizon de la RSE à INRAE et d’autres initiatives dans le monde de la recherche en France

Sophie Schbath
Journées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04217863 v1
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Le réseau des labos en transition 1point5 : focus sur l'unité MaIAGE

Sophie Schbath
Réunion "DimENSion Développement Durable", ENS Paris, Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04217895 v1
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Plan d’actions de l’unité MaIAGE pour réduire son bilan de gaz à effet de serre

Sophie Schbath
Journées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04217869 v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone : une analyse de la démarche de transition à destination des DUs

Sophie Schbath
Formation des directeurs et directrices d'unité, GDR Labos-1point5, Feb 2023, En ligne, France. pp.1-12
Communication dans un congrès hal-04176635 v1

Quelle dynamique suite à la mise en place de dispositifs de réduction de l’empreinte carbone dans le laboratoire ? (table ronde)

Sophie Schbath
2e Journée Labos 1point5 « S’engager ensemble pour réduire l’empreinte de nos activités de recherche », Jun 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04177042 v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone

Sophie Schbath
Assemblée Générale de l'Unité de recherche HYCAR, Sep 2022, Antony, France. 28 diapos
Communication dans un congrès hal-04176618 v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone

Sophie Schbath
Journées scientifiques de l'IDEEV, Dec 2022, Gif-sur-Yvette, France. pp.1-29
Communication dans un congrès hal-04176628 v1

Sobriété numérique : MathNum au coeur des enjeux RSE d’INRAE

Sophie Schbath
Assemblée Générale du département MathNum d'INRAE, Département MathNum, INRAE, May 2022, Clermont-Ferrand (France), France
Communication dans un congrès hal-04176574 v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone

Sophie Schbath
Atelier participatif "Développement Durable et Responsabilité Sociétale" de l'unité de recherche GéoSciences, Nov 2022, Rennes (Fance), France. pp.1-29
Communication dans un congrès hal-04176624 v1
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Faire son BGES avec GES-1point5 et après ? Retex de l'unité MaIAGE

Sophie Schbath
Conseil du centre INRAE IdF-Versailles, INRAE Versailles, Sep 2022, Versailles, France. 12 diapositives
Communication dans un congrès hal-04176613 v1
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Faire son BGES avec GES-1point5 et après ? Retex de l'unité MaIAGE

Sophie Schbath
Réunion des directeurs et directrices d'unité du centre INRAE IdF-Versailles, INRAE Versailles, Sep 2022, Versailles, France. 9 diapositives
Communication dans un congrès hal-04176605 v1

GreenMaIAGE : bilan GES et initiatives pour des pratiques plus écoresponsables

Sophie Schbath
Séminaire du réseau des relais Développement Durable du centre INRAE de Versailles, Oct 2021, Versailles, France
Communication dans un congrès hal-03500453 v1

GreenMaIAGE : bilan GES et initiatives pour des pratiques plus écoresponsables

Sophie Schbath
Séminaire du département AgroEcoSystem, INRAE, Nov 2021, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès hal-03500467 v1

GreenMaIAGE : initiatives pour des pratiques plus écoresponsables

Sophie Schbath
Séminaire de l'unité GABI d'INRAE, May 2021, Jouy-en-Josas, France
Communication dans un congrès hal-03500487 v1
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Quels microbes pour fabriquer un nouveau jus de lupin fermenté ? Le text mining à la rescousse !

Sophie Schbath
VisaTM Days, Nov 2019, Paris, France. pp.14 slides
Communication dans un congrès hal-02375167 v1

Des microbes dans mon fromage ?

Sophie Schbath , Valentin Loux
Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01954713 v1
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The French “Microbial Ecosystems & Meta-omics” (MEM) metaprogram from INRA

Sophie Schbath
Hbioinfo 2018, Nov 2018, Thessalonique, Greece. 25 diapos
Communication dans un congrès hal-01954709 v1

Statistical modeling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery using expression data

Islam Sultan , Sophie Schbath , Pierre Nicolas
JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02734855 v1
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À la recherche de mots exceptionnels dans les génomes

Sophie Schbath
K'fêt des sciences du collège de La Gyonnerie, Mar 2018, Bures-sur-Yvette, France. 22 diapos
Communication dans un congrès hal-01953364 v1

Statistical modelling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery with the help of transcription profiles

Islam Sultan , Sophie Schbath , Pierre Nicolas
SFdS- 50. Journées de Statistique de la SFdS (JdS'2018), May 2018, Palaiseau, France. pp.6
Communication dans un congrès hal-02786858 v1
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Une histoire de mots inattendus et de génomes

Sophie Schbath
ALEA 2017, Mar 2017, Luminy, France. pp.63
Communication dans un congrès hal-01570855 v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-01661249 v1

Accessing virus genomes out of metagenomic data: improving statistical and bioinformatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems

Marianne de Paepe , Eric Dugat-Bony , Jérôme Hamelin , Mahendra Mariadassou , Kim Milferstedt et al.
Phages On Marseille, Nov 2016, Marseille, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01531724 v1

Latent Block Model for ecological abundance data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Christophe Mougel , Stephane Robin
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-01661254 v1

Statistics of motifs: How to deal with Position-Weigth Matrices

Sophie S. Schbath
Journées du projet FP7 RADIANT, Jul 2015, Naples, Italy. 46 diapos
Communication dans un congrès hal-02797204 v1

A la recherche de motifs statistiquement sur-représentés dans les génomes : des mots aux matrices poids-position

Sophie S. Schbath
Séminaire du CMAP, Mar 2015, Palaiseau, France. 30p
Communication dans un congrès hal-02792468 v1

Assessing the enrichment significance of a Position Weight Matrix along a DNA sequence

Sophie Schbath , Julien Dumazert , Jean-Yves Stephan , Marie Agnes Petit
International Workshop on Applied Probability, Jun 2014, Antalya, Turkey. pp.35
Communication dans un congrès hal-01204319 v1
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Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .

Julie Aubert , Sophie Schbath , Béatrice Laroche
ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
Communication dans un congrès hal-01197629 v1
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Mapping reads on a genomic sequence: a practical comparative analysis

Sophie S. Schbath , Veronique V. Martin , Matthias Zytnicki , Julien Fayolle , Valentin Loux et al.
Kick-of meeting of PF7 RADIANT project, Jan 2013, Manchester, United Kingdom. 19 diapos
Communication dans un congrès hal-02804577 v1
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Assessing the enrichment significance of a possition weight matrix (PWM) along a DNA sequence

Julien J. Dumazert , Jean-Yves J.-Y. Stephan , Marie Agnes M. A. Petit , Sophie S. Schbath
JOMBIM 2013 - quatorzième édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.25-34
Communication dans un congrès hal-01000956 v1

Separating significant matches from spurious matches in DNA sequences

Sophie S. Schbath
Conférence en l'honneur des 65 ans d'Alain Guénoche, Oct 2012, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02805498 v1

Statistics of network motifs

Sophie S. Schbath
30 Years of Computational Biology at USC 2012, Mar 2012, Los Angeles, United States
Communication dans un congrès hal-02803546 v1
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Mapping reads on a genomic sequence: a practical comparative analysis

Sophie S. Schbath , Veronique V. Martin , Matthias Zytnicki , Julien Fayolle , Valentin Loux et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France. pp.496
Communication dans un congrès hal-02748738 v1
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Metabolic network comparison based on coloured motif occurrences

Sophie S. Schbath
6th International Workshop on Applied Probability (IWAP), Jun 2012, Jerusalem, Israel. pp.92
Communication dans un congrès hal-02745587 v1
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Statistical models and analyses for biological networks

Sophie S. Schbath
Networks research cluster, Jun 2011, Oxford, United Kingdom. pp.1
Communication dans un congrès hal-02804594 v1

How significant is a threading score?

Afshin Fayyaz Movaghar , Guillaume Launay , Sophie S. Schbath , Jean-François Gibrat , Francois F. Rodolphe
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Institut Pasteur [Paris]. Paris, FRA., Jun 2011, Paris, France. pp.440
Communication dans un congrès hal-02747669 v1
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Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Séminaire de probabilité et Statistique d'Orsay, Jun 2011, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-02803516 v1

NeMo: Fast Count and Statistical Significance of Network Motifs

Michel M. Koskas , Gilles G. Grasseau , Etienne E. Birmelé , Sophie S. Schbath , Stephane S. Robin
MARAMI 2011 : 2. Conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique, Oct 2011, Grenoble, France. n.p
Communication dans un congrès hal-00999907 v1
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Fine-tuning motif detection among ChIP on Chip DNA fragments

Fabrice Touzain , Théo Mozzanino , Sophie Schbath , Marie Agnes Petit
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM)", Jun 2011, Paris, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01019510 v1
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Analyse des reads orphelins

Sophie S. Schbath
Ecole-chercheur Métaprogramme Métaomique des Ecosystèmes Microbiens, Feb 2011, Paris, France. pp.20
Communication dans un congrès hal-02802862 v1
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Motif-based comparison of biological networks

Sophie S. Schbath
Workshop on Discrete Mathematics and Probability in Networks and Population Biology, May 2011, Singapour, Singapore
Communication dans un congrès hal-02803694 v1
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NeMo: Fast Count of Network Motifs

Michel M. Koskas , Gilles G. Grasseau , Etienne E. Birmelé , Sophie S. Schbath , Stephane S. Robin
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jun 2011, Paris, France. pp.53-60
Communication dans un congrès hal-01000038 v1
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Comparaison d’outils de mapping pour les données NGS

Sophie S. Schbath
Séminaire bioinformatique de l'Irisa, May 2011, Rennes, France. pp.10
Communication dans un congrès hal-02802845 v1
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Statistique de mots en génomique : ce qui a été fait, ce qu'il reste à faire

Sophie S. Schbath
Journées de Statistiques du Sud, Jun 2010, Mèze, France. 61 diapos
Communication dans un congrès hal-02812898 v1
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Discriminating between spurious and significant matches

Hugo Devillers , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. pp.1
Communication dans un congrès hal-01204321 v1

Evaluating the length of significant word matches in biological sequences

Hugo Devillers , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Aug 2010, Lisbonne, Portugal. pp.1
Communication dans un congrès hal-01204322 v1

Assessing the robustness of complete bacterial genome

Hugo Devillers , Hélène Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem El-Karoui
RECOMB-CG 2010, Oct 2010, Ottawa, Canada. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Communication dans un congrès istex hal-02814833 v1

Statistics of biological network motifs

Sophie S. Schbath
Seminar of the PHD program; Complex systems for post-genomic biology, 2010, Turin, Italy
Communication dans un congrès hal-02816777 v1
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Prediction of KOPS motifs involved in segregating of bacterial chromosomes in Lactocoques / Streptocoques

Fabrice Touzain , Sophie Nolivos , Sophie Schbath , Meriem El Karoui , François Cornet et al.
18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. pp.1
Communication dans un congrès hal-01204256 v1
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Statistics of biological network motifs : A compound Poisson approximation for their count in random graphs?

Sophie S. Schbath
Progress in Stein's method, Jan 2009, Singapour, Singapore. 1p
Communication dans un congrès hal-02816548 v1
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R'MES: Finding exceptional motifs in sequences

Sophie S. Schbath , Mark M. Hoebeke
BOSC, Jun 2009, Stockholm, Sweden. 1p
Communication dans un congrès hal-02818582 v1
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Les mots de l'ADN

Sophie S. Schbath
Journées des nouveaux arrivants du centre INRA de Jouy-en-Josas, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UR Mathématique, Informatique et Génome (1077)., Dec 2009, Jouy-en-Josas, France. 15 diapos
Communication dans un congrès hal-02813617 v1
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How to measure the robustness of bacterial genome comparisons?

Hugo Devillers , Helene Chiapello , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
10èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.257
Communication dans un congrès hal-01204257 v1

Statistical analysis of biological networks; Assessing the exceptionality of network motifs

Sophie S. Schbath
Approches quantitatives de la complexité biologique, 2008, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-02814732 v1

Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Master Bibs, Jan 2008, Orsay, France
Communication dans un congrès hal-02814142 v1

The statistical world of motif occurrences along DNA sequences

Sophie S. Schbath
Workshop Hitting, returning and matching in dynamical systems, information theory and mathematical biology, Nov 2008, Eindhoven, Netherlands. 1p
Communication dans un congrès hal-02814645 v1
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Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Colloquium interactions Mathématique-Informatique, Jun 2008, Montpellier, France. 46 diapos
Communication dans un congrès hal-02814691 v1

Occurrences of structured motifs along DNA sequences

Sophie S. Schbath
International Workshop on Applied Probability, Feb 2008, Compiègne, France. 1p
Communication dans un congrès hal-02815574 v1

Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Groupe de travail Mathématiques et biologie, 2008, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-02814373 v1

Statistical tests to compare motif count exceptionalities

Stephane Robin , Sophie Schbath , Marine Vandewalle
JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-01197521 v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , Jean-Jacques Daudin , Michel Koskas , Sophie Schbath , Stephane Robin
JOBIM Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-01197515 v1
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SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative

Fabrice Touzain , Sophie Schbath , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Pierre Leblond et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425
Communication dans un congrès inria-00000191 v1
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Transition 1point5 : le réseau des laboratoires en transition

Sophie Schbath , Muriel Andrieu , Françoise Immel , Emilie Jardé , Marie-Alice Foujols et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Poster de conférence hal-04843721 v1
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Siduri : an integrative information system for next generation fermented foods

Mariène Wan , Aaron Millan-oropeza , Thomas Lacroix , Jonathan Mineau-Cesari , Sophie Schbath et al.
JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France.
Poster de conférence hal-04633572 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Hélène Chiapello , Christelle Hennequet-Antier , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou et al.
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Poster de conférence hal-04843798 v1
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Ferments du Futur : une plateforme unique en Europe pour accélérer la recherche et l’innovation sur les ferments, les aliments fermentés et la biopréservation dans les 10 prochaines années

Sophie Schbath , Maÿlis Urtebise , Valentin Loux , Madeleine Spatz , Damien Paineau
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2023, Tours (France), France.
Poster de conférence hal-04176537 v1

Exploration of dairy cow holobiont revealed an important sharing of microbes between anatomic sites within individual hosts throughout lactation but sharing was limited in the herd

Mahendra Mariadassou , Laurent-Xavier Nouvel , Fabienne Constant , Diego Morgavi , Lucie Rault et al.
https://www.adsa.org/Meetings/2023-Annual-Meeting. ADSA annual meeting 2023, Jun 2023, Ottawa, Canada. , 2023
Poster de conférence hal-04164713 v1
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Expé-1point5 : une expérimentation nationale unique pour faciliter et étudier la transition des labos de recherche vers une réduction de leurs émissions de gaz à effet de serre

Sophie Schbath
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France.
Poster de conférence hal-04072995 v1

Combining marker genes in amplicon sequencing: a novel approach enhancing taxonomic profiling of microbial ecosystems

Benoît Goutorbe , Anne-Laure Abraham , Mahendra Mariadassou , Marion Bonnet , Anne Plauzolles et al.
3rd International Conference on Holobionts, Jul 2022, Lyon, France. 2022
Poster de conférence hal-04176902 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Hélène Chiapello , Christelle Hennequet-Antier , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022
Poster de conférence hal-04176761 v1
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Implementing a Text Mining Service Offer on the Migale Bioinformatics Platform

Mouhamadou Ba , Véronique Martin , Olivier Rué , Sophie Schbath , Valérie Vidal et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022
Poster de conférence hal-04176740 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Hélène Chiapello , Christelle Hennequet-Antier , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France. 2021
Poster de conférence hal-04176768 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Damien Berry , David Christiany , Hélène Chiapello , Olivier Inizan et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020
Poster de conférence hal-04176782 v1

New insights into cow holobiont in relation to health

Mahendra Mariadassou , Laurent-Xavier Nouvel , Diego Morgavi , Lucie Rault , Sophie Schbath et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. , 2020
Poster de conférence hal-02962468 v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Hélène Chiapello , Sandra Dérozier , Olivier Inizan , Mahendra Mariadassou , Véronique Martin et al.
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France. 2019
Poster de conférence hal-04176805 v1
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Detection of unknown genetically modified organisms (GMO) by statistical analysis of high throughput sequencing data

Julie Hurel , Mathieu Roland , Sophie Schbath , Stéphanie Bougeard , Mauro Petrillo et al.
JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. , 2019
Poster de conférence hal-02734732 v1

New insights into cow holobiont in relation to health

Laurent-Xavier Nouvel , Diego Morgavi , Lucie Rault , Mahendra Mariadassou , Sophie Schbath et al.
Pathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Jan 2018, Ajaccio, France
Poster de conférence hal-03299131 v1

Simka: large scale de novo comparative metagenomics

Gaëtan Benoit , Pierre Peterlongo , Mahendra Mariadassou , Erwan Drezen , Sophie Schbath et al.
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
Poster de conférence hal-01595071 v1
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Comparison of statistical methods of inference of cooccurrence networks within micro- bial ecosystems from metagenomics data

Sophie Schbath , Mahendra Mariadassou , Julie Lao
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017
Poster de conférence hal-01563604 v1
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New -omics data analysis activity on Migale platform for MEM community

Olivier Rué , Valentin Loux , Sophie Schbath
Journées d'Animation MEM 2017, Jan 2017, Paris la Vilklette, France. 2017
Poster de conférence hal-01730003 v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
Poster de conférence hal-01661258 v1

How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?

Lucas Auer , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou , Céline Delbès , Eric Dugat-Bony et al.
JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
Poster de conférence hal-01195512 v1

Accurate taxonomy assignments in cheeses ecosystems via a metagenomic approach

Charlie Pauvert , Anne-Laure Abraham , Mathieu Almeida , Nicolas Pons , Mahendra Mariadassou et al.
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.1, 2015
Poster de conférence hal-01204484 v1
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Mapdecode : inventory and benchmark of read mapping tools

Jérome Compain , Jullien Renaud , Sivagangari Nandy , Olivier Collin , Jean-François Gibrat et al.
ECCB'14 : European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , pp.1, 2014
Poster de conférence hal-02792306 v1
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A shotgun metagenomic method to characterise low abundant species and assign precisely taxonomy in complex microbial ecosystems

Anne-Laure Abraham , Mathieu Almeida , Nicolas Pons , Charlie Pauvert , Sophie Schbath et al.
ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
Poster de conférence hal-01204320 v1
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Comparison of mapping softwares for next generation sequencing data

Julien Fayolle , Jean-François Gibrat , Valentin Loux , Sophie S. Schbath
JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. MABLI : Methods Algorithmes Bio-Informatique LIRMM, pp.176, 2010, proceeding of JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - Montpellier
Poster de conférence hal-02751434 v1
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Toward a unified framework for motif discovery methods

Lonnie Welch , Sophie S. Schbath , Finn Drablos , Frank Drews , Mark M. Hoebeke et al.
18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. , pp.1, 2010
Poster de conférence hal-02821988 v1
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Using graph modularity analysis to identify transcription factor binding sites

A.P. Francisco , Sophie S. Schbath , A.T. Freitas , Arlindo Oliveira
IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine, 2010, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. , pp.1, 2010
Poster de conférence hal-02821047 v1
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Les impacts de l’IA sur l’environnement

Frédérick Garcia , Sophie Schbath
Annales des Mines - Enjeux Numériques, 29, 2025, Pour une IA responsable et éthique
N°spécial de revue/special issue hal-05020408 v1
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Parcours du laboratoire MaIAGE pour réduire l’empreinte environnementale de ses activités

Sophie Schbath
Journée Climat du l'UMR EcoSys, 2024
Autre publication scientifique hal-04843315 v1
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Des labos en action pour réduire leur impact environnemental ; exemple de l’unité MaIAGE

Sophie Schbath
Séminaire de l'unité PROSE, Antony, 2024
Autre publication scientifique hal-04843467 v1
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Vers une politique RSE pour le numérique à INRAE

Sophie Schbath
Assemblée Générale AgroDataRing, Gif-sur-Yvette, 2024
Autre publication scientifique hal-04843445 v1
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Parcours du laboratoire MaIAGE pour réduire l’empreinte environnementale de ses activités

Sophie Schbath
Séminaire du département d'Astrophysique du CEA, Paris-Saclay, 2024
Autre publication scientifique hal-04843515 v1
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Parcours du laboratoire MaIAGE pour réduire l’empreinte environnementale de ses activités

Sophie Schbath
Conseil de l'unité DECOD, Brest, 2024
Autre publication scientifique hal-04843348 v1
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Comment réduire l’impact environnemental des conférences scientifiques ?

Anne-Laure Ligozat , Anne-Sophie Mouronval , Sophie Schbath
Journée "Conférences éco-responsables : bonnes pratiques et retours d'expérience", UPSaclay, 2024
Autre publication scientifique hal-04596795 v1

R-Syst

Pierre Abad , Marie-Anne Auger-Rozenberg , Agnes Bouchez , Marc Buée , Thierry Candresse et al.
2013
Autre publication scientifique hal-01204276 v1