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Sophie SCHBATH

Director of Research at INRAE, MaIAGE lab. Scientific Head of the Migale bioinformatics facility
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Microbiota members from body sites of dairy cows are largely shared within individual hosts throughout lactation but sharing is limited in the herd

Mahendra Mariadassou , Laurent-Xavier Nouvel , Fabienne Constant , Diego P. Morgavi , Lucie Rault
Animal Microbiome, 2023, 5 (1), pp.32. ⟨10.1186/s42523-023-00252-w⟩
Journal articles hal-04126196v1

Model‐based biclustering for overdispersed count data with application in microbial ecology

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stéphane Robin
Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (6), pp.1050-1061. ⟨10.1111/2041-210X.13582⟩
Journal articles hal-03323318v1
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Exploring short k-mer profiles in cells and mobile elements from Archaea highlights the major influence of both the ecological niche and evolutionary history

Ariane Bize , Cédric Midoux , Mahendra Mariadassou , Sophie Schbath , Patrick Forterre
BMC Genomics, 2021, 22, ⟨10.1186/s12864-021-07471-y⟩
Journal articles hal-03176011v1
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Statistical modelling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery with the help of transcriptome data: application to Listeria monocytogenes

Ibrahim Sultan , Vincent Fromion , Sophie Schbath , Pierre Nicolas
Journal of the Royal Society Interface, 2020, 17 (171), pp.20200600. ⟨10.1098/rsif.2020.0600⟩
Journal articles hal-03270230v1
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DUGMO: tool for the detection of unknown genetically modified organisms with high-throughput sequencing data for pure bacterial samples

Julie Hurel , Sophie S. Schbath , Stéphanie Bougeard , Mathieu Rolland , Mauro Petrillo
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12859-020-03611-5⟩
Journal articles hal-02914869v1
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SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics

Gaëtan Benoit , Mahendra Mariadassou , Stéphane Robin , Sophie Schbath , Pierre Peterlongo
Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
Journal articles hal-02308101v1

Comparing the Statistical Fate of Paralogous and Orthologous Sequences

Florian Massip , Michael Sheinman , Sophie Schbath , Peter Arndt
Genetics, 2016, 204 (2), pp.475-482. ⟨10.1534/genetics.116.193912⟩
Journal articles hal-04181589v1
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Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting

Gaëtan Benoit , Pierre Peterlongo , Mahendra Mariadassou , Erwan Drezen , Sophie Schbath
PeerJ Computer Science, 2016, 2 (14), 25 p. ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
Journal articles hal-01397150v1
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How evolution of genomes is reflected in exact DNA sequence match statistics

Florian Massip , Michael Sheinman , Sophie S. Schbath , Peter F Arndt
Molecular Biology and Evolution, 2015, 32 (2), pp.524-535. ⟨10.1093/molbev/msu313⟩
Journal articles hal-02634213v1
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Temperate phages acquire DNA from defective prophages by relaxed homologous recombination: the role of rad52-like recombinases.

Marianne de Paepe , Geoffrey Hutinet , Olivier Son , Jihane Amarir , Sophie Schbath
PLoS Genetics, 2014, 10 (3), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pgen.1004181⟩
Journal articles hal-01134590v1
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Mapping reads on a genomic sequence: an algorithmic overview and a practical comparative analysis

Sophie S. Schbath , Veronique V. Martin , Matthias Zytnicki , Julien Fayolle , Valentin Loux
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (6), pp.796-813. ⟨10.1089/cmb.2012.0022⟩
Journal articles hal-02645697v1

Separating significant matches from spurious matches in DNA sequences

Hugo Devillers , Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (1), pp.1-12. ⟨10.1089/cmb.2011.0070⟩
Journal articles hal-02644592v1

Statistical significance of threading scores

Afshin Fayyaz Movaghar , Guillaume Launay , Sophie S. Schbath , Jean-François Gibrat , Francois F. Rodolphe
Journal of Computational Biology, 2012, 19 (1), pp.13-29. ⟨10.1089/cmb.2011.0236⟩
Journal articles hal-02647201v1
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Statistiques de motifs

Sophie S. Schbath
Gazette des Mathématiciens, 2011, 2011 (130), pp.60-65
Journal articles hal-02641994v1

Occurrence of structured motifs in random sequences: Arbitrary number of boxes

Valeri T. V. T. Stefanov , Stephane S. Robin , Sophie S. Schbath
Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (8), pp.826-831. ⟨10.1016/j.dam.2010.12.023⟩
Journal articles hal-01001273v1

Robustness assessment of whole bacterial genome segmentations

Hugo H. Devillers , Helene H. Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem M. El Karoui
Journal of Computational Biology, 2011, 18 (9), pp.1155-1165. ⟨10.1089/cmb.2011.0115⟩
Journal articles hal-00999893v1

DNA motifs that sculpt the bacterial chromosome

Fabrice Touzain , Marie Agnes Petit , Sophie Schbath , Meriem El Karoui
Nature Reviews Microbiology, 2011, 2011 (9), pp.15-26. ⟨10.1038/nrmicro2477⟩
Journal articles hal-01019344v1

Assessing the robustness of complete bacterial genome segmentations

Hugo Devillers , Hélène Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem El-Karoui
Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6398, pp.173-187. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Journal articles hal-02654924v1
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Adaptive estimation for Hawkes processes; application to genome analysis

Patricia Reynaud-Bouret , Sophie Schbath
Annals of Statistics, 2010, 38 (5), pp.2781-2822. ⟨10.1214/10-AOS806⟩
Journal articles hal-00863958v1

Assessing the exceptionality of coloured motifs in networks

Sophie S. Schbath , Vincent Lacroix , Marie-France Sagot
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2009, 2009, 9 p. on line. ⟨10.1155/2009/616234⟩
Journal articles hal-02656035v1

Poisson approximation for the number of repeats in a stationary Markov chain

Narjiss Touyar , Sophie S. Schbath , Dominique Cellier , Hélène Dauchel
Journal of Applied Probability, 2008, 45 (2), pp.440-455. ⟨10.1239/jap/1214950359⟩
Journal articles hal-02663042v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , Jean-Jacques Daudin , Michel Koskas , Sophie Schbath , Stephane Robin
Journal of Computational Biology, 2008, 15 (1), pp.1-20. ⟨10.1089/cmb.2007.0137⟩
Journal articles hal-01197499v1
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SIGffRid: A tool to search for sigma factor binding sites in bacterial genomes using comparative approach and biologically driven statistics

Fabrice Touzain , Sophie Schbath , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Gregory Kucherov
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (73), pp.on line. ⟨10.1186/1471-2105-9-73⟩
Journal articles inria-00580657v1

Poisson approximation for the number of repeats in a stationary Markov chain.

Narjiss Touyar , Sophie Schbath , Dominique Cellier , Hélène Dauchel
Journal of Applied Probability, 2008, 45 (2), pp.440-455
Journal articles hal-00475851v1
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The MatP/matS site-specific system organizes the terminus region of the E. coli chromosome into a macrodomain

Romain Mercier , Marie Agnes Petit , Sophie Schbath , Stephane Robin , Meriem El Karoui
Cell, 2008, 135 (3), pp.475-485. ⟨10.1016/j.cell.2008.08.031⟩
Journal articles hal-01197588v1

Improved compound Poisson approximation for the number of occurrences of any rare word family in a stationary Markov chain

Etienne Roquain , Sophie S. Schbath
Advances in Applied Probability, 2007, 39 (1), pp.128-140. ⟨10.1239/aap/1175266472⟩
Journal articles hal-02663611v1
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Statistical tests to compare motif count exceptionalities

Stephane Robin , Sophie Schbath , Vincent Vandewalle
BMC Bioinformatics, 2007, 8, pp.84. ⟨10.1186/1471-2105-8-84⟩
Journal articles hal-01197501v1

Waiting times for clumps of patterns and for structured motifs in random sequences

V.T. Stefanov , Stephane Robin , Sophie Schbath
Discrete Applied Mathematics, 2007, 155 (6-7), pp.868-880. ⟨10.1016/j.dam.2005.07.016⟩
Journal articles hal-01197504v1
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Identification of DNA Motifs Implicated in Maintenance of Bacterial Core Genomes by Predictive Modeling

David Halpern , Helene Chiapello , Sophie Schbath , Stephane Robin , Christelle Hennequet-Antier
PLoS Genetics, 2007, 3 (9), pp.1614-1621;e153. ⟨10.1371/journal.pgen.0030153⟩
Journal articles hal-01197542v1
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Network motifs : mean and variance for the count

Catherine Matias , Sophie S. Schbath , Etienne Birmelé , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Stephane S. Robin
REVSTAT - Statistical Journal, 2006, 4 (1), pp.31-51
Journal articles hal-02655236v1

FADO: A statistical method to detect favored or avoided distances between occurrences of motifs using the Hawkes' model

Gaelle Gusto , Sophie S. Schbath
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2005, 4 (1), n.p
Journal articles hal-02682109v1

À la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les génomes

Sophie S. Schbath
Images des Mathématiques, 2004, 3, pp.100-102
Journal articles hal-02669992v1

Statistical methods in physical mapping

Sophie S. Schbath
Encyclopedia of Life Sciences, 2003, 434, pp.inc. ⟨10.1038/npg.els.0005434⟩
Journal articles hal-02670787v1

Numerical comparison of several approximations of the word count distribution in random sequences

Stephane S. Robin , Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2001, 8 (4), pp.349-359
Journal articles hal-02675878v1

Probabilistic and statistical properties of words: An overview

G. Reinert , Sophie S. Schbath , M.S. Waterman
Journal of Computational Biology, 2000, 7 (1-2), pp.1- 46
Journal articles hal-02699195v1

The effect of nonhomogeneous clone length distribution on the progress of an STS mapping project

Sophie S. Schbath , N. Bossard , Simon Tavare
Journal of Computational Biology, 2000, 7 (1-2), pp.47- 57
Journal articles hal-02696184v1

An overview on the distribution of word counts in Markov chains

Sophie S. Schbath
Journal of Computational Biology, 2000, 7 (1-2), pp.193 - 201
Journal articles hal-02692799v1

Characteristics of Chi distribution on different bacterial genomes

Meriem El Karoui , Veronique Biaudet , Sophie Schbath , Alexandra A. Gruss
Research in Microbiology, 1999, 150, pp.579-587
Journal articles hal-02697692v1

Compound poisson and poisson process approximations for occurences of multiple words in Markov chains

G. Reinert , Sophie Schbath
Journal of Computational Biology, 1998, 5 (2), pp.223-253
Journal articles hal-02685593v1

An efficient statistic to detect over- and under-represented words in DNA sequences

Sophie Schbath
Journal of Computational Biology, 1997, 4 (2), pp.189-192
Journal articles hal-02685031v1

Coverage processes in physical mapping by anchoring random clones

Sophie Schbath
Journal of Computational Biology, 1997, 4 (1), pp.61-82
Journal articles hal-02684068v1

Compound poisson approximation of word counts in DNA sequences

Sophie Schbath
ESAIM: Probability and Statistics, 1995, 1 (1), pp.1-16
Journal articles hal-02699788v1

Exceptional motifs in different Markov chain models for a statistical analysis of DNA sequences

Sophie Schbath , Bernard Prum , E. de Turckheim
Journal of Computational Biology, 1995, 2 (3), pp.417-437
Journal articles hal-02708296v1

R'MES: a tool to find motifs with a significantly unexpected frequency in biological sequences

Sophie S. Schbath , Mark M. Hoebeke
Advances in genomic sequence analysis and pattern discovery, World Scientific Publishing Co., 2011, 981-4327-72-7 978-981-4327-72-5
Book sections hal-02811290v1

How can pattern statistics be useful for DNA motif discovery ?

Sophie Schbath , Stephane Robin
Scan Statistics. Methods and Applications, 28, Birkhäuser Publishing, 2009, Statistics for Industry and Technology, 978-0-8176-4748-3
Book sections hal-01197508v1

Statistics on words with applications to biological sequences

Gesine Reinert , Sophie S. Schbath , M.S. Waterman
Applied combinatorics on words, 105, Cambridge University Press, 2005, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 0-521-84802-4
Book sections hal-02832116v1
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Omnicrobe : Une base de données scientifique en libre accès sur les habitats et phénotypes microbiens

Sophie Schbath
Journée d'étude de l'assemblée des partenaires de Hal, Le Centre pour la Communication Scientifique Directe, Nov 2024, Lyon, France
Conference papers hal-04843599v1
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Pour accompagner et étudier la transition écologique des laboratoires : un réseau et une plateforme Transition 1point5

Sophie Schbath
Journée inter-laboratoires "Recherche et écologie", Université Gustave Eiffel, May 2024, Marne-la -Vallée, France
Conference papers hal-04843417v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone : un retour d'"expérience

Sophie Schbath
Workshop CO2ERASE, Université Dauphine, Jun 2023, Paris, France
Conference papers hal-04177039v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone : une analyse de la démarche de transition à destination des DUs

Sophie Schbath
Formation des directeurs et directrices d'unité, GDR Labos-1point5, Feb 2023, En ligne, France. pp.1-12
Conference papers hal-04176635v1
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Le réseau des labos en transition 1point5 : focus sur l'unité MaIAGE

Sophie Schbath
Réunion "DimENSion Développement Durable", ENS Paris, Sep 2023, Paris, France
Conference papers hal-04217895v1
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Plan d’actions de l’unité MaIAGE pour réduire son bilan de gaz à effet de serre

Sophie Schbath
Journées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France
Conference papers hal-04217869v1
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Petit tour d’horizon de la RSE à INRAE et d’autres initiatives dans le monde de la recherche en France

Sophie Schbath
Journées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France
Conference papers hal-04217863v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone

Sophie Schbath
Journées scientifiques de l'IDEEV, Dec 2022, Gif-sur-Yvette, France. pp.1-29
Conference papers hal-04176628v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone

Sophie Schbath
Assemblée Générale de l'Unité de recherche HYCAR, Sep 2022, Antony, France. 28 diapos
Conference papers hal-04176618v1

Quelle dynamique suite à la mise en place de dispositifs de réduction de l’empreinte carbone dans le laboratoire ? (table ronde)

Sophie Schbath
2e Journée Labos 1point5 « S’engager ensemble pour réduire l’empreinte de nos activités de recherche », Jun 2022, Paris, France
Conference papers hal-04177042v1
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Faire son BGES avec GES-1point5 et après ? Retex de l'unité MaIAGE

Sophie Schbath
Conseil du centre INRAE IdF-Versailles, INRAE Versailles, Sep 2022, Versailles, France. 12 diapositives
Conference papers hal-04176613v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone

Sophie Schbath
Atelier participatif "Développement Durable et Responsabilité Sociétale" de l'unité de recherche GéoSciences, Nov 2022, Rennes (Fance), France. pp.1-29
Conference papers hal-04176624v1

Sobriété numérique : MathNum au coeur des enjeux RSE d’INRAE

Sophie Schbath
Assemblée Générale du département MathNum d'INRAE, Département MathNum, INRAE, May 2022, Clermont-Ferrand (France), France
Conference papers hal-04176574v1
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Faire son BGES avec GES-1point5 et après ? Retex de l'unité MaIAGE

Sophie Schbath
Réunion des directeurs et directrices d'unité du centre INRAE IdF-Versailles, INRAE Versailles, Sep 2022, Versailles, France. 9 diapositives
Conference papers hal-04176605v1

GreenMaIAGE : initiatives pour des pratiques plus écoresponsables

Sophie Schbath
Séminaire de l'unité GABI d'INRAE, May 2021, Jouy-en-Josas, France
Conference papers hal-03500487v1

GreenMaIAGE : bilan GES et initiatives pour des pratiques plus écoresponsables

Sophie Schbath
Séminaire du réseau des relais Développement Durable du centre INRAE de Versailles, Oct 2021, Versailles, France
Conference papers hal-03500453v1

GreenMaIAGE : bilan GES et initiatives pour des pratiques plus écoresponsables

Sophie Schbath
Séminaire du département AgroEcoSystem, INRAE, Nov 2021, Jouy-en-Josas, France
Conference papers hal-03500467v1
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Quels microbes pour fabriquer un nouveau jus de lupin fermenté ? Le text mining à la rescousse !

Sophie Schbath
VisaTM Days, Nov 2019, Paris, France. pp.14 slides
Conference papers hal-02375167v1
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The French “Microbial Ecosystems & Meta-omics” (MEM) metaprogram from INRA

Sophie Schbath
Hbioinfo 2018, Nov 2018, Thessalonique, Greece. 25 diapos
Conference papers hal-01954709v1

Des microbes dans mon fromage ?

Sophie Schbath , Valentin Loux
Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France
Conference papers hal-01954713v1

Statistical modeling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery using expression data

Islam Sultan , Sophie Schbath , Pierre Nicolas
JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
Conference papers hal-02734855v1

Statistical modelling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery with the help of transcription profiles

Islam Sultan , Sophie Schbath , Pierre Nicolas
SFdS- 50. Journées de Statistique de la SFdS (JdS'2018), May 2018, Palaiseau, France. pp.6
Conference papers hal-02786858v1
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À la recherche de mots exceptionnels dans les génomes

Sophie Schbath
K'fêt des sciences du collège de La Gyonnerie, Mar 2018, Bures-sur-Yvette, France. 22 diapos
Conference papers hal-01953364v1
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Une histoire de mots inattendus et de génomes

Sophie Schbath
ALEA 2017, Mar 2017, Luminy, France. pp.63
Conference papers hal-01570855v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
Conference papers hal-01661249v1

Accessing virus genomes out of metagenomic data: improving statistical and bioinformatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems

Marianne de Paepe , Eric Dugat-Bony , Jérôme Hamelin , Mahendra Mariadassou , Kim Milferstedt
Phages On Marseille, Nov 2016, Marseille, France. pp.1
Conference papers hal-01531724v1

Statistics of motifs: How to deal with Position-Weigth Matrices

Sophie S. Schbath
Journées du projet FP7 RADIANT, Jul 2015, Naples, Italy. 46 diapos
Conference papers hal-02797204v1

A la recherche de motifs statistiquement sur-représentés dans les génomes : des mots aux matrices poids-position

Sophie S. Schbath
Séminaire du CMAP, Mar 2015, Palaiseau, France. 30p
Conference papers hal-02792468v1

Latent Block Model for ecological abundance data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Christophe Mougel , Stephane Robin
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
Conference papers hal-01661254v1
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Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .

Julie Aubert , Sophie Schbath , Béatrice Laroche
ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
Conference papers hal-01197629v1

Assessing the enrichment significance of a Position Weight Matrix along a DNA sequence

Sophie Schbath , Julien Dumazert , Jean-Yves Stephan , Marie Agnes Petit
International Workshop on Applied Probability, Jun 2014, Antalya, Turkey. pp.35
Conference papers hal-01204319v1
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Mapping reads on a genomic sequence: a practical comparative analysis

Sophie S. Schbath , Veronique V. Martin , Matthias Zytnicki , Julien Fayolle , Valentin Loux
Kick-of meeting of PF7 RADIANT project, Jan 2013, Manchester, United Kingdom. 19 diapos
Conference papers hal-02804577v1
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Assessing the enrichment significance of a possition weight matrix (PWM) along a DNA sequence

Julien J. Dumazert , Jean-Yves J.-Y. Stephan , Marie Agnes M. A. Petit , Sophie S. Schbath
JOMBIM 2013 - quatorzième édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.25-34
Conference papers hal-01000956v1
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Mapping reads on a genomic sequence: a practical comparative analysis

Sophie S. Schbath , Veronique V. Martin , Matthias Zytnicki , Julien Fayolle , Valentin Loux
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France. pp.496
Conference papers hal-02748738v1
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Metabolic network comparison based on coloured motif occurrences

Sophie S. Schbath
6th International Workshop on Applied Probability (IWAP), Jun 2012, Jerusalem, Israel. pp.92
Conference papers hal-02745587v1

Statistics of network motifs

Sophie S. Schbath
30 Years of Computational Biology at USC 2012, Mar 2012, Los Angeles, United States
Conference papers hal-02803546v1

Separating significant matches from spurious matches in DNA sequences

Sophie S. Schbath
Conférence en l'honneur des 65 ans d'Alain Guénoche, Oct 2012, Marseille, France
Conference papers hal-02805498v1
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Statistical models and analyses for biological networks

Sophie S. Schbath
Networks research cluster, Jun 2011, Oxford, United Kingdom. pp.1
Conference papers hal-02804594v1
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Comparaison d’outils de mapping pour les données NGS

Sophie S. Schbath
Séminaire bioinformatique de l'Irisa, May 2011, Rennes, France. pp.10
Conference papers hal-02802845v1
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Analyse des reads orphelins

Sophie S. Schbath
Ecole-chercheur Métaprogramme Métaomique des Ecosystèmes Microbiens, Feb 2011, Paris, France. pp.20
Conference papers hal-02802862v1
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Motif-based comparison of biological networks

Sophie S. Schbath
Workshop on Discrete Mathematics and Probability in Networks and Population Biology, May 2011, Singapour, Singapore
Conference papers hal-02803694v1
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Fine-tuning motif detection among ChIP on Chip DNA fragments

Fabrice Touzain , Théo Mozzanino , Sophie Schbath , Marie Agnes Petit
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM)", Jun 2011, Paris, France. pp.1
Conference papers hal-01019510v1
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NeMo: Fast Count of Network Motifs

Michel M. Koskas , Gilles G. Grasseau , Etienne E. Birmelé , Sophie S. Schbath , Stephane S. Robin
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jun 2011, Paris, France. pp.53-60
Conference papers hal-01000038v1

How significant is a threading score?

Afshin Fayyaz Movaghar , Guillaume Launay , Sophie S. Schbath , Jean-François Gibrat , Francois F. Rodolphe
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Institut Pasteur [Paris]. Paris, FRA., Jun 2011, Paris, France. pp.440
Conference papers hal-02747669v1
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Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Séminaire de probabilité et Statistique d'Orsay, Jun 2011, Orsay, France
Conference papers hal-02803516v1

NeMo: Fast Count and Statistical Significance of Network Motifs

Michel M. Koskas , Gilles G. Grasseau , Etienne E. Birmelé , Sophie S. Schbath , Stephane S. Robin
MARAMI 2011 : 2. Conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique, Oct 2011, Grenoble, France. n.p
Conference papers hal-00999907v1
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Statistique de mots en génomique : ce qui a été fait, ce qu'il reste à faire

Sophie S. Schbath
Journées de Statistiques du Sud, Jun 2010, Mèze, France. 61 diapos
Conference papers hal-02812898v1

Assessing the robustness of complete bacterial genome

Hugo Devillers , Hélène Chiapello , Sophie S. Schbath , Meriem El-Karoui
RECOMB-CG 2010, Oct 2010, Ottawa, Canada. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Conference papers hal-02814833v1
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Prediction of KOPS motifs involved in segregating of bacterial chromosomes in Lactocoques / Streptocoques

Fabrice Touzain , Sophie Nolivos , Sophie Schbath , Meriem El Karoui , François Cornet
18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. pp.1
Conference papers hal-01204256v1

Statistics of biological network motifs

Sophie S. Schbath
Seminar of the PHD program; Complex systems for post-genomic biology, 2010, Turin, Italy
Conference papers hal-02816777v1

Evaluating the length of significant word matches in biological sequences

Hugo Devillers , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Aug 2010, Lisbonne, Portugal. pp.1
Conference papers hal-01204322v1
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Discriminating between spurious and significant matches

Hugo Devillers , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. pp.1
Conference papers hal-01204321v1
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Les mots de l'ADN

Sophie S. Schbath
Journées des nouveaux arrivants du centre INRA de Jouy-en-Josas, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UR Mathématique, Informatique et Génome (1077)., Dec 2009, Jouy-en-Josas, France. 15 diapos
Conference papers hal-02813617v1
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How to measure the robustness of bacterial genome comparisons?

Hugo Devillers , Helene Chiapello , Meriem El Karoui , Sophie Schbath
10èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.257
Conference papers hal-01204257v1
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Statistics of biological network motifs : A compound Poisson approximation for their count in random graphs?

Sophie S. Schbath
Progress in Stein's method, Jan 2009, Singapour, Singapore. 1p
Conference papers hal-02816548v1
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R'MES: Finding exceptional motifs in sequences

Sophie S. Schbath , Mark M. Hoebeke
BOSC, Jun 2009, Stockholm, Sweden. 1p
Conference papers hal-02818582v1

Statistical analysis of biological networks; Assessing the exceptionality of network motifs

Sophie S. Schbath
Approches quantitatives de la complexité biologique, 2008, Orsay, France
Conference papers hal-02814732v1

The statistical world of motif occurrences along DNA sequences

Sophie S. Schbath
Workshop Hitting, returning and matching in dynamical systems, information theory and mathematical biology, Nov 2008, Eindhoven, Netherlands. 1p
Conference papers hal-02814645v1

Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Master Bibs, Jan 2008, Orsay, France
Conference papers hal-02814142v1
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Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Colloquium interactions Mathématique-Informatique, Jun 2008, Montpellier, France. 46 diapos
Conference papers hal-02814691v1

Occurrences of structured motifs along DNA sequences

Sophie S. Schbath
International Workshop on Applied Probability, Feb 2008, Compiègne, France. 1p
Conference papers hal-02815574v1

Analyse statistique de réseaux biologiques

Sophie S. Schbath
Groupe de travail Mathématiques et biologie, 2008, Toulouse, France
Conference papers hal-02814373v1

Statistical tests to compare motif count exceptionalities

Stephane Robin , Sophie Schbath , Marine Vandewalle
JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Conference papers hal-01197521v1

Assessing the exceptionality of network motifs

Franck Picard , Jean-Jacques Daudin , Michel Koskas , Sophie Schbath , Stephane Robin
JOBIM Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Conference papers hal-01197515v1
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SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative

Fabrice Touzain , Sophie Schbath , Isabelle Debled-Rennesson , Bertrand Aigle , Pierre Leblond
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425
Conference papers inria-00000191v1
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Siduri : an integrative information system for next generation fermented foods

Mariène Wan , Aaron Millan-oropeza , Thomas Lacroix , Jonathan Mineau-Cesari , Sophie Schbath
JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France.
Conference poster hal-04633572v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Hélène Chiapello , Christelle Hennequet-Antier , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Conference poster hal-04843798v1
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Transition 1point5 : le réseau des laboratoires en transition

Sophie Schbath , Muriel Andrieu , Françoise Immel , Emilie Jardé , Marie-Alice Foujols
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Conference poster hal-04843721v1
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Ferments du Futur : une plateforme unique en Europe pour accélérer la recherche et l’innovation sur les ferments, les aliments fermentés et la biopréservation dans les 10 prochaines années

Sophie Schbath , Maÿlis Urtebise , Valentin Loux , Madeleine Spatz , Damien Paineau
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2023, Tours (France), France.
Conference poster hal-04176537v1

Exploration of dairy cow holobiont revealed an important sharing of microbes between anatomic sites within individual hosts throughout lactation but sharing was limited in the herd

Mahendra Mariadassou , Laurent-Xavier Nouvel , Fabienne Constant , Diego Morgavi , Lucie Rault
https://www.adsa.org/Meetings/2023-Annual-Meeting. ADSA annual meeting 2023, Jun 2023, Ottawa, Canada. , 2023
Conference poster hal-04164713v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Hélène Chiapello , Christelle Hennequet-Antier , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022
Conference poster hal-04176761v1
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Expé-1point5 : une expérimentation nationale unique pour faciliter et étudier la transition des labos de recherche vers une réduction de leurs émissions de gaz à effet de serre

Sophie Schbath
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France.
Conference poster hal-04072995v1
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Implementing a Text Mining Service Offer on the Migale Bioinformatics Platform

Mouhamadou Ba , Véronique Martin , Olivier Rué , Sophie Schbath , Valérie Vidal
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022
Conference poster hal-04176740v1

Combining marker genes in amplicon sequencing: a novel approach enhancing taxonomic profiling of microbial ecosystems

Benoît Goutorbe , Anne-Laure Abraham , Mahendra Mariadassou , Marion Bonnet , Anne Plauzolles
3rd International Conference on Holobionts, Jul 2022, Lyon, France. 2022
Conference poster hal-04176902v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Hélène Chiapello , Christelle Hennequet-Antier , Valentin Loux , Mahendra Mariadassou
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France. 2021
Conference poster hal-04176768v1

New insights into cow holobiont in relation to health

Mahendra Mariadassou , Laurent-Xavier Nouvel , Diego Morgavi , Lucie Rault , Sophie Schbath
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. , 2020
Conference poster hal-02962468v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba , Damien Berry , David Christiany , Hélène Chiapello , Olivier Inizan
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020
Conference poster hal-04176782v1
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Plateforme bioinformatique MIGALE

Hélène Chiapello , Sandra Dérozier , Olivier Inizan , Mahendra Mariadassou , Véronique Martin
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France. 2019
Conference poster hal-04176805v1
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Detection of unknown genetically modified organisms (GMO) by statistical analysis of high throughput sequencing data

Julie Hurel , Mathieu Roland , Sophie Schbath , Stéphanie Bougeard , Mauro Petrillo
JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. , 2019
Conference poster hal-02734732v1

New insights into cow holobiont in relation to health

Laurent-Xavier Nouvel , Diego Morgavi , Lucie Rault , Mahendra Mariadassou , Sophie Schbath
Pathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Jan 2018, Ajaccio, France
Conference poster hal-03299131v1

Simka: large scale de novo comparative metagenomics

Gaëtan Benoit , Pierre Peterlongo , Mahendra Mariadassou , Erwan Drezen , Sophie Schbath
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
Conference poster hal-01595071v1
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Comparison of statistical methods of inference of cooccurrence networks within micro- bial ecosystems from metagenomics data

Sophie Schbath , Mahendra Mariadassou , Julie Lao
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017
Conference poster hal-01563604v1
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New -omics data analysis activity on Migale platform for MEM community

Olivier Rué , Valentin Loux , Sophie Schbath
Journées d'Animation MEM 2017, Jan 2017, Paris la Vilklette, France. 2017
Conference poster hal-01730003v1

Latent Block Model for metagenomic data

Julie Aubert , Sophie Schbath , Stephane Robin
15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
Conference poster hal-01661258v1

Accurate taxonomy assignments in cheeses ecosystems via a metagenomic approach

Charlie Pauvert , Anne-Laure Abraham , Mathieu Almeida , Nicolas Pons , Mahendra Mariadassou
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.1, 2015
Conference poster hal-01204484v1

How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?

Lucas Auer , Laurent Cauquil , Stephane Chaillou , Céline Delbès , Eric Dugat-Bony
JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
Conference poster hal-01195512v1
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A shotgun metagenomic method to characterise low abundant species and assign precisely taxonomy in complex microbial ecosystems

Anne-Laure Abraham , Mathieu Almeida , Nicolas Pons , Charlie Pauvert , Sophie Schbath
ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
Conference poster hal-01204320v1
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Mapdecode : inventory and benchmark of read mapping tools

Jérome Compain , Jullien Renaud , Sivagangari Nandy , Olivier Collin , Jean-François Gibrat
ECCB'14 : European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , pp.1, 2014
Conference poster hal-02792306v1
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Comparison of mapping softwares for next generation sequencing data

Julien Fayolle , Jean-François Gibrat , Valentin Loux , Sophie S. Schbath
JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. MABLI : Methods Algorithmes Bio-Informatique LIRMM, pp.176, 2010, proceeding of JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - Montpellier
Conference poster hal-02751434v1
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Using graph modularity analysis to identify transcription factor binding sites

A.P. Francisco , Sophie S. Schbath , A.T. Freitas , Arlindo Oliveira
IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine, 2010, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. , pp.1, 2010
Conference poster hal-02821047v1
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Toward a unified framework for motif discovery methods

Lonnie Welch , Sophie S. Schbath , Finn Drablos , Frank Drews , Mark M. Hoebeke
18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. , pp.1, 2010
Conference poster hal-02821988v1