Sophie SCHBATH
Director of Research at INRAE, MaIAGE lab.
Scientific Head of the Migale bioinformatics facility
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sophie-schbath
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0000-0003-3574-8222
- IdRef : 07553424X
Publications
DNA, words and models: statistics of exceptional wordsCambridge University Press, 138 p., 2005, 0-521-84729-X. ⟨10.2277/052184729X⟩
Books
hal-02829582v1
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ADN, mots et modèlesEditions Belin, 144 p., 2003, 2-7011-3696-2
Books
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R'MES: a tool to find motifs with a significantly unexpected frequency in biological sequencesAdvances in genomic sequence analysis and pattern discovery, World Scientific Publishing Co., 2011, 981-4327-72-7 978-981-4327-72-5
Book sections
hal-02811290v1
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How can pattern statistics be useful for DNA motif discovery ?Scan Statistics. Methods and Applications, 28, Birkhäuser Publishing, 2009, Statistics for Industry and Technology, 978-0-8176-4748-3
Book sections
hal-01197508v1
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Statistics on words with applications to biological sequencesApplied combinatorics on words, 105, Cambridge University Press, 2005, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 0-521-84802-4
Book sections
hal-02832116v1
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Omnicrobe : Une base de données scientifique en libre accès sur les habitats et phénotypes microbiensJournée d'étude de l'assemblée des partenaires de Hal, Le Centre pour la Communication Scientifique Directe, Nov 2024, Lyon, France
Conference papers
hal-04843599v1
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Pour accompagner et étudier la transition écologique des laboratoires : un réseau et une plateforme Transition 1point5Journée inter-laboratoires "Recherche et écologie", Université Gustave Eiffel, May 2024, Marne-la -Vallée, France
Conference papers
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone : un retour d'"expérienceWorkshop CO2ERASE, Université Dauphine, Jun 2023, Paris, France
Conference papers
hal-04177039v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carbone : une analyse de la démarche de transition à destination des DUsFormation des directeurs et directrices d'unité, GDR Labos-1point5, Feb 2023, En ligne, France. pp.1-12
Conference papers
hal-04176635v1
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Le réseau des labos en transition 1point5 : focus sur l'unité MaIAGERéunion "DimENSion Développement Durable", ENS Paris, Sep 2023, Paris, France
Conference papers
hal-04217895v1
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Plan d’actions de l’unité MaIAGE pour réduire son bilan de gaz à effet de serreJournées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France
Conference papers
hal-04217869v1
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Petit tour d’horizon de la RSE à INRAE et d’autres initiatives dans le monde de la recherche en FranceJournées du PEPI IBIS, INRAE, Sep 2023, Paris, France
Conference papers
hal-04217863v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carboneJournées scientifiques de l'IDEEV, Dec 2022, Gif-sur-Yvette, France. pp.1-29
Conference papers
hal-04176628v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carboneAssemblée Générale de l'Unité de recherche HYCAR, Sep 2022, Antony, France. 28 diapos
Conference papers
hal-04176618v1
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Quelle dynamique suite à la mise en place de dispositifs de réduction de l’empreinte carbone dans le laboratoire ? (table ronde)2e Journée Labos 1point5 « S’engager ensemble pour réduire l’empreinte de nos activités de recherche », Jun 2022, Paris, France
Conference papers
hal-04177042v1
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Faire son BGES avec GES-1point5 et après ? Retex de l'unité MaIAGEConseil du centre INRAE IdF-Versailles, INRAE Versailles, Sep 2022, Versailles, France. 12 diapositives
Conference papers
hal-04176613v1
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MaIAGE engagée dans la réduction de son empreinte carboneAtelier participatif "Développement Durable et Responsabilité Sociétale" de l'unité de recherche GéoSciences, Nov 2022, Rennes (Fance), France. pp.1-29
Conference papers
hal-04176624v1
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Sobriété numérique : MathNum au coeur des enjeux RSE d’INRAEAssemblée Générale du département MathNum d'INRAE, Département MathNum, INRAE, May 2022, Clermont-Ferrand (France), France
Conference papers
hal-04176574v1
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Faire son BGES avec GES-1point5 et après ? Retex de l'unité MaIAGERéunion des directeurs et directrices d'unité du centre INRAE IdF-Versailles, INRAE Versailles, Sep 2022, Versailles, France. 9 diapositives
Conference papers
hal-04176605v1
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GreenMaIAGE : initiatives pour des pratiques plus écoresponsablesSéminaire de l'unité GABI d'INRAE, May 2021, Jouy-en-Josas, France
Conference papers
hal-03500487v1
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GreenMaIAGE : bilan GES et initiatives pour des pratiques plus écoresponsablesSéminaire du réseau des relais Développement Durable du centre INRAE de Versailles, Oct 2021, Versailles, France
Conference papers
hal-03500453v1
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GreenMaIAGE : bilan GES et initiatives pour des pratiques plus écoresponsablesSéminaire du département AgroEcoSystem, INRAE, Nov 2021, Jouy-en-Josas, France
Conference papers
hal-03500467v1
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Quels microbes pour fabriquer un nouveau jus de lupin fermenté ? Le text mining à la rescousse !VisaTM Days, Nov 2019, Paris, France. pp.14 slides
Conference papers
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The French “Microbial Ecosystems & Meta-omics” (MEM) metaprogram from INRAHbioinfo 2018, Nov 2018, Thessalonique, Greece. 25 diapos
Conference papers
hal-01954709v1
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Des microbes dans mon fromage ?Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France
Conference papers
hal-01954713v1
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Statistical modeling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery using expression dataJOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
Conference papers
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Statistical modelling of bacterial promoter sequences for regulatory motif discovery with the help of transcription profilesSFdS- 50. Journées de Statistique de la SFdS (JdS'2018), May 2018, Palaiseau, France. pp.6
Conference papers
hal-02786858v1
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À la recherche de mots exceptionnels dans les génomesK'fêt des sciences du collège de La Gyonnerie, Mar 2018, Bures-sur-Yvette, France. 22 diapos
Conference papers
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Une histoire de mots inattendus et de génomesALEA 2017, Mar 2017, Luminy, France. pp.63
Conference papers
hal-01570855v1
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Latent Block Model for metagenomic data17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
Conference papers
hal-01661249v1
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Accessing virus genomes out of metagenomic data: improving statistical and bioinformatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystemsPhages On Marseille, Nov 2016, Marseille, France. pp.1
Conference papers
hal-01531724v1
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Statistics of motifs: How to deal with Position-Weigth MatricesJournées du projet FP7 RADIANT, Jul 2015, Naples, Italy. 46 diapos
Conference papers
hal-02797204v1
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A la recherche de motifs statistiquement sur-représentés dans les génomes : des mots aux matrices poids-positionSéminaire du CMAP, Mar 2015, Palaiseau, France. 30p
Conference papers
hal-02792468v1
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Latent Block Model for ecological abundance data30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
Conference papers
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Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
Conference papers
hal-01197629v1
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Assessing the enrichment significance of a Position Weight Matrix along a DNA sequenceInternational Workshop on Applied Probability, Jun 2014, Antalya, Turkey. pp.35
Conference papers
hal-01204319v1
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Mapping reads on a genomic sequence: a practical comparative analysisKick-of meeting of PF7 RADIANT project, Jan 2013, Manchester, United Kingdom. 19 diapos
Conference papers
hal-02804577v1
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Assessing the enrichment significance of a possition weight matrix (PWM) along a DNA sequenceJOMBIM 2013 - quatorzième édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.25-34
Conference papers
hal-01000956v1
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Mapping reads on a genomic sequence: a practical comparative analysisJournées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France. pp.496
Conference papers
hal-02748738v1
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Metabolic network comparison based on coloured motif occurrences6th International Workshop on Applied Probability (IWAP), Jun 2012, Jerusalem, Israel. pp.92
Conference papers
hal-02745587v1
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Statistics of network motifs30 Years of Computational Biology at USC 2012, Mar 2012, Los Angeles, United States
Conference papers
hal-02803546v1
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Separating significant matches from spurious matches in DNA sequencesConférence en l'honneur des 65 ans d'Alain Guénoche, Oct 2012, Marseille, France
Conference papers
hal-02805498v1
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Statistical models and analyses for biological networksNetworks research cluster, Jun 2011, Oxford, United Kingdom. pp.1
Conference papers
hal-02804594v1
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Comparaison d’outils de mapping pour les données NGSSéminaire bioinformatique de l'Irisa, May 2011, Rennes, France. pp.10
Conference papers
hal-02802845v1
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Analyse des reads orphelinsEcole-chercheur Métaprogramme Métaomique des Ecosystèmes Microbiens, Feb 2011, Paris, France. pp.20
Conference papers
hal-02802862v1
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Motif-based comparison of biological networksWorkshop on Discrete Mathematics and Probability in Networks and Population Biology, May 2011, Singapour, Singapore
Conference papers
hal-02803694v1
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Fine-tuning motif detection among ChIP on Chip DNA fragmentsJournées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM)", Jun 2011, Paris, France. pp.1
Conference papers
hal-01019510v1
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NeMo: Fast Count of Network MotifsJournées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique, Jun 2011, Paris, France. pp.53-60
Conference papers
hal-01000038v1
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How significant is a threading score?Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Institut Pasteur [Paris]. Paris, FRA., Jun 2011, Paris, France. pp.440
Conference papers
hal-02747669v1
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Analyse statistique de réseaux biologiquesSéminaire de probabilité et Statistique d'Orsay, Jun 2011, Orsay, France
Conference papers
hal-02803516v1
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NeMo: Fast Count and Statistical Significance of Network MotifsMARAMI 2011 : 2. Conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique, Oct 2011, Grenoble, France. n.p
Conference papers
hal-00999907v1
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Statistique de mots en génomique : ce qui a été fait, ce qu'il reste à faireJournées de Statistiques du Sud, Jun 2010, Mèze, France. 61 diapos
Conference papers
hal-02812898v1
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Assessing the robustness of complete bacterial genomeRECOMB-CG 2010, Oct 2010, Ottawa, Canada. ⟨10.1007/978-3-642-16181-0_15⟩
Conference papers
hal-02814833v1
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Prediction of KOPS motifs involved in segregating of bacterial chromosomes in Lactocoques / Streptocoques18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. pp.1
Conference papers
hal-01204256v1
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Statistics of biological network motifsSeminar of the PHD program; Complex systems for post-genomic biology, 2010, Turin, Italy
Conference papers
hal-02816777v1
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Evaluating the length of significant word matches in biological sequencesAnnual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Aug 2010, Lisbonne, Portugal. pp.1
Conference papers
hal-01204322v1
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Discriminating between spurious and significant matchesJOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. pp.1
Conference papers
hal-01204321v1
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Les mots de l'ADNJournées des nouveaux arrivants du centre INRA de Jouy-en-Josas, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UR Mathématique, Informatique et Génome (1077)., Dec 2009, Jouy-en-Josas, France. 15 diapos
Conference papers
hal-02813617v1
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How to measure the robustness of bacterial genome comparisons?10èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.257
Conference papers
hal-01204257v1
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Statistics of biological network motifs : A compound Poisson approximation for their count in random graphs?Progress in Stein's method, Jan 2009, Singapour, Singapore. 1p
Conference papers
hal-02816548v1
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R'MES: Finding exceptional motifs in sequencesBOSC, Jun 2009, Stockholm, Sweden. 1p
Conference papers
hal-02818582v1
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Statistical analysis of biological networks; Assessing the exceptionality of network motifsApproches quantitatives de la complexité biologique, 2008, Orsay, France
Conference papers
hal-02814732v1
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The statistical world of motif occurrences along DNA sequencesWorkshop Hitting, returning and matching in dynamical systems, information theory and mathematical biology, Nov 2008, Eindhoven, Netherlands. 1p
Conference papers
hal-02814645v1
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Analyse statistique de réseaux biologiquesMaster Bibs, Jan 2008, Orsay, France
Conference papers
hal-02814142v1
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Analyse statistique de réseaux biologiquesColloquium interactions Mathématique-Informatique, Jun 2008, Montpellier, France. 46 diapos
Conference papers
hal-02814691v1
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Occurrences of structured motifs along DNA sequencesInternational Workshop on Applied Probability, Feb 2008, Compiègne, France. 1p
Conference papers
hal-02815574v1
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Analyse statistique de réseaux biologiquesGroupe de travail Mathématiques et biologie, 2008, Toulouse, France
Conference papers
hal-02814373v1
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Statistical tests to compare motif count exceptionalitiesJOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Conference papers
hal-01197521v1
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Assessing the exceptionality of network motifsJOBIM Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
Conference papers
hal-01197515v1
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SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparativeJournées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425
Conference papers
inria-00000191v1
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Siduri : an integrative information system for next generation fermented foodsJOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France.
Conference poster
hal-04633572v1
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Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Conference poster
hal-04843798v1
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Transition 1point5 : le réseau des laboratoires en transitionJournées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France
Conference poster
hal-04843721v1
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Ferments du Futur : une plateforme unique en Europe pour accélérer la recherche et l’innovation sur les ferments, les aliments fermentés et la biopréservation dans les 10 prochaines annéesJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2023, Tours (France), France.
Conference poster
hal-04176537v1
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Exploration of dairy cow holobiont revealed an important sharing of microbes between anatomic sites within individual hosts throughout lactation but sharing was limited in the herdhttps://www.adsa.org/Meetings/2023-Annual-Meeting. ADSA annual meeting 2023, Jun 2023, Ottawa, Canada. , 2023
Conference poster
hal-04164713v1
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Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022
Conference poster
hal-04176761v1
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Expé-1point5 : une expérimentation nationale unique pour faciliter et étudier la transition des labos de recherche vers une réduction de leurs émissions de gaz à effet de serreConference poster hal-04072995v1 |
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Implementing a Text Mining Service Offer on the Migale Bioinformatics PlatformJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. 2022
Conference poster
hal-04176740v1
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Combining marker genes in amplicon sequencing: a novel approach enhancing taxonomic profiling of microbial ecosystems3rd International Conference on Holobionts, Jul 2022, Lyon, France. 2022
Conference poster
hal-04176902v1
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Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France. 2021
Conference poster
hal-04176768v1
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New insights into cow holobiont in relation to healthJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. , 2020
Conference poster
hal-02962468v1
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Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020
Conference poster
hal-04176782v1
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Plateforme bioinformatique MIGALEJournées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France. 2019
Conference poster
hal-04176805v1
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Detection of unknown genetically modified organisms (GMO) by statistical analysis of high throughput sequencing dataConference poster hal-02734732v1 |
New insights into cow holobiont in relation to healthPathobiome 2018 "Pathogens in Microbiotas in Hosts", Jan 2018, Ajaccio, France
Conference poster
hal-03299131v1
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Simka: large scale de novo comparative metagenomicsJOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
Conference poster
hal-01595071v1
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Comparison of statistical methods of inference of cooccurrence networks within micro- bial ecosystems from metagenomics dataJOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017
Conference poster
hal-01563604v1
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New -omics data analysis activity on Migale platform for MEM communityJournées d'Animation MEM 2017, Jan 2017, Paris la Vilklette, France. 2017
Conference poster
hal-01730003v1
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Latent Block Model for metagenomic data15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
Conference poster
hal-01661258v1
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Accurate taxonomy assignments in cheeses ecosystems via a metagenomic approachJOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.1, 2015
Conference poster
hal-01204484v1
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How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
Conference poster
hal-01195512v1
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A shotgun metagenomic method to characterise low abundant species and assign precisely taxonomy in complex microbial ecosystemsConference poster hal-01204320v1 |
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Mapdecode : inventory and benchmark of read mapping toolsConference poster hal-02792306v1 |
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Comparison of mapping softwares for next generation sequencing dataJOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. MABLI : Methods Algorithmes Bio-Informatique LIRMM, pp.176, 2010, proceeding of JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - Montpellier
Conference poster
hal-02751434v1
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Using graph modularity analysis to identify transcription factor binding sitesIEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine, 2010, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. , pp.1, 2010
Conference poster
hal-02821047v1
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Toward a unified framework for motif discovery methods18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. , pp.1, 2010
Conference poster
hal-02821988v1
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EcoLabware: Assessing the carbon footprint of single-use plastic ware versus reusable glassware2025
Preprints, Working Papers, ...
hal-04889693v1
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Characterizing the limits of shallow shotgun metagenomics for taxonomic profiling of human gut microbiota in clinical studies2022
Preprints, Working Papers, ...
hal-04316615v1
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Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting2016
Preprints, Working Papers, ...
hal-01300485v1
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Statistique des fréquences de mots dans des séquences d'ADN2013
Preprints, Working Papers, ...
hal-02845936v1
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Etude asymptotique du nombre d'occurrences d'un mot dans une chaîne de Markov et application à la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les séquences d'ADNMathematics [math]. Université Paris Descartes - Paris 5, 1995. English. ⟨NNT : ⟩
Theses
tel-02850575v1
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Interface web pour le logiciel R'MES2019
Software
hal-02786573v1
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