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Sophie SCHBATH

Directrice de Recherche INRAE, Unité MaIAGE. Responsable scientifique de la plateforme bioinformatique Migale
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Affiliations actuelles
  • Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE)
  • IR BioInfOmics
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Parcours Après des études en mathématiques appliquées à la faculté d'Orsay, j'ai fait ma thèse en statistique dans le laboratoire de Biométrie de l'INRA de Jouy-en-Josas (soutenue en 1995) où j'ai ensuite obtenu un poste de Chargée de Recherche (1996). Entre temps, je suis partie faire un stage post-doctoral à Los Angeles (USC) avec Michael Waterman et Simon Tavaré. En 2000, j'ai rejoind la toute nouvelle unité pluridisplinaire Mathématique, Informatique et Génome (MIG) de l'INRA, qui fusionnera avec une autre unité du centre INRAE de Jouy-en-Josas pour former l'unité actuelle MaIAGE dont j'ai assuré la direction de 2012 à 2022. J'ai soutenu mon HDR en 2003 et suis devenue directrice de recherche en 2006. Je suis actuellement responsable scientifique de la plateforme de bioinformatique Migale et anime l'Infrastructure de Recherche INRAE en bioinformatique BioinfOmics.

Thématiques de recherche Je m'intéresse au développement de méthodes statistiques pour l'analyse de génomes ou métagénomes. Mes objets favoris sont les motifs sous toutes leurs formes : Mots, k-mers, mots dégénérés, motifs structurés, matrices poids-positions, Maximum Exact Matchs, etc. Je suis à l'origine du logiciel R'MES qui détermine la significativité statistique de la fréquence d'un motif dans une séquence. Les principaux modèles probabilistes que je manipule sont les modèles markoviens, les processus de Poisson et de Hawkes. Ces dernières années, je me suis plus particulièrement intéressée à l'étude des écosystèmes microbiens.

Animation En lien avec mes thématiques de recherche, j'ai co-créé en 2006 et co-dirigé le GdR "Bioinformatique Moléculaire" de 2006 à 2013 ; en parallèle j'ai présidé la Société Française de BioInformatique de 2010 à 2016. Aurapavant, j'ai animé le groupe "Statistiques des Séquences Biologiques" (SSB) de l'INRA de 1997 à 2012. À l'INRA, j'ai aussi fait partie de la cellule nationale de bioinformatique et de la cellule de coordination du métaprogramme "Méta-omiques des Écosystèmes Microbiens". Je fais actuellement partie du comité exécutif du Grand Défi Ferments du Futur et du comité de pilotage du Cluster DataIA.

Développement Durable Mon investissement dans des activités en lien avec le développement durable (DD) et la responsabilité environnementale de nos activités de recherche s'est intensifié depuis 2019. Référente DD de l'unité MaIAGE, je participe à différents réseaux locaux et m'implique dans le collectif et GDR éponyme Labos 1point5. Je suis également membre du Comité d'Orientation et de Suivi de la direction RSE d'INRAE et anime la mission "frugalité numérique en recherche" du département MathNum d'INRAE.

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