Thibault Bourdin

Chercheur postdoctoral - Ingénieur de recherche hospitalier
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Identifiants chercheurs

Présentation

Chercheur postdoctoral au sein du laboratoire du professeur Didier Hocquet (Chrono-environnement / CHU de Besançon, France), j’étudie les effets de l’antibiorésistance bactérienne sur le microbiote intestinal, en lien avec la consommation de cultures irriguées par des eaux usées traitées. Ce travail s'inscrit dans le projet MEHTA (Managing Environmental Hotspots and Transmission of AMR), porté par le professeur Edward Topp et financé par l’ANR dans le cadre du Programme Prioritaire de Recherche (PPR) sur la résistance aux antibiotiques.

Mon parcours universitaire, débuté en France et poursuivi au Canada, m’a permis d’acquérir une formation pluridisciplinaire en sciences de l’eau, combinant des compétences en microbiologie, écologie microbienne, métagénomique et épidémiologie. En 2024, j’ai obtenu mon doctorat en biologie à l’Institut National de la Recherche Scientifique du Québec (INRS – Armand-Frappier Santé Biotechnologie Research Centre), sous la co-direction des professeurs Philippe Constant et Eric Déziel. En collaboration avec des chercheurs de l’École Polytechnique et de deux CHU à Montréal (QC, Canada), nous avons caractérisé la dynamique spatio-temporelle de trois bactéries pathogènes opportunistes ─ Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, et Stenotrophomonas maltophilia ─ dans les éviers des unités de soins intensifs néonataux. Grâce au développement d’un outil de typage moléculaire hautement spécifique (HiSST), nos travaux ont révélé l’importance des communautés bactériennes et des bactéries antagonistes des pathogènes dans la modulation de leur distribution spatiale.

Domaines de recherche

Sciences de l'environnement Biologie moléculaire Santé Bactériologie Santé publique et épidémiologie Ecotoxicologie

Compétences

Antibioresistance Genotyping Metagenomic Metataxonomic Sequencing Microbiology Epidemiology Plumbing Pathogens

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Publications

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Disinfection of sink drains to reduce a source of three opportunistic pathogens, during Serratia marcescens clusters in a neonatal intensive care unit

Thibault Bourdin , Marie-Ève Benoit , Michèle Prévost , Dominique Charron , Caroline Quach et al.
PLoS ONE, 2024, 19 (6), pp.e0304378. ⟨10.1371/journal.pone.0304378⟩
Article dans une revue hal-05009086 v1
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Serratia marcescens Colonization in a Neonatal Intensive Care Unit Has Multiple Sources, with Sink Drains as a Major Reservoir

Thibault Bourdin , Marie-Ève Benoit , Alizée Monnier , Emilie Bédard , Michèle Prévost et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2023, 89 (5), ⟨10.1128/aem.00105-23⟩
Article dans une revue hal-05009055 v1
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High-Throughput Short Sequence Typing Schemes for Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia Pure Culture and Environmental DNA

Thibault Bourdin , Marie-Ève Benoit , Emilie Bédard , Michèle Prévost , Caroline Quach et al.
Microorganisms, 2023, 12 (1), pp.48. ⟨10.3390/microorganisms12010048⟩
Article dans une revue hal-05009059 v1
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Comparative toxicity of conventional and unconventional oils during rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) embryonic development: From molecular to health consequences

Roxanne Bérubé , Molly Lefebvre-Raine , Charles Gauthier , Thibault Bourdin , Pauline Bellot et al.
Chemosphere, 2022, 288, pp.132521. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.132521⟩
Article dans une revue hal-05008927 v1
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Lethal and sublethal effects of diluted bitumen and conventional oil on fathead minnow (Pimephales promelas) larvae exposed during their early development

Roxanne Bérubé , Charles Gauthier , Thibault Bourdin , Marilou Bouffard , Gaëlle Triffault-Bouchet et al.
Aquatic Toxicology, 2021, 237, pp.105884. ⟨10.1016/j.aquatox.2021.105884⟩
Article dans une revue hal-05008913 v1
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A High-Throughput Short Sequence Typing Scheme for Serratia marcescens Pure Culture and Environmental DNA

Thibault Bourdin , Alizée Monnier , Marie-Ève Benoit , Emilie Bédard , Michèle Prévost et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2021, 87 (24), ⟨10.1128/AEM.01399-21⟩
Article dans une revue hal-05009041 v1