Thomas Denecker
- Institut Français de Bioinformatique (IFB-core)
Présentation
À l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), je coordonne les activités visant à favoriser l’adoption et la mise en pratique des principes de la Science Ouverte au sein des communautés de recherche en sciences de la vie et de la santé. Je pilote les activités de développement logiciel de l’équipe IFB-core dans le cadre de l’action « Outils logiciels » et propose des solutions techniques permettant l’intégration des principes FAIR dans l’offre de services de l’IFB. J’assure également des actions de sensibilisation, de formation et d’accompagnement de projets pour développer une véritable culture de la Science Ouverte. Mon activité s’inscrit dans les enjeux liés à la gestion et à l’intégration de données hétérogènes, à leur interopérabilité, à leur soumission dans les banques publiques internationales et à la protection des données personnelles et de santé. J’apporte une expertise technique et un rôle de conseil dans les projets stratégiques de l’IFB, tout en maintenant une veille technologique active. En parallèle, j’encadre et anime une équipe de développement logiciel, en assurant la coordination des activités, le suivi des compétences et la mise en place de conditions de travail favorables. J’anime la thématique de la science ouverte dans les projets de développement et contribue au développement professionnel des agents, en lien avec les objectifs stratégiques de l’IFB. Enfin, je participe aux réseaux nationaux et internationaux de la science ouverte, notamment en tant que co-animateur du groupe de travail Science Ouverte du réseau métier national MERIT (CNRS) et en contribuant au dialogue avec les dépôts de données nationaux (Recherche Data Gouv) et internationaux (ENA). Je représente également l’IFB au sein d’ELIXIR, l’infrastructure européenne de bioinformatique, en tant que membre du nœud français.
Compétences
Publications
Publications
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Madbot17ème Atelier de Données bioinformatiques de diversité, Dimitry Khvorostyanov, Mar 2024, Roscoff, France |
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MadbotJournée "Cycle De Vie / Gestion Des Données De La Biologie", F. Bekkouche; X. Borda; F. Brau; W. Demet, Apr 2024, Sophia Antipolis, France |
Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatiqueJournée Science ouverte, Station Biologique de Roscoff, Mar 2023, Roscoff, France. ⟨10.5281/zenodo.7729199⟩ |
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EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research programJOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/ZENODO.6778707⟩ |
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A Unix competency framework for learning bioinformaticsJOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France. |
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Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repositoryJOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France. |
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The IFB e-Learning Working GroupJOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France. |
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FAIR_bioinfo : a software perspective of reproducibility of bioinformatics analysesJournées Ouvertes de Biologie Informatique et Mathématiques - JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France |
Iron homeostasisis in C. glabrata at the transcriptomic level20. Congress of the International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM 2018), Jun 2018, Amsterdam, Netherlands. Oxford University Press, Medical Mycology, 56 (Suppl. 2), 230 p., 2018, Abstracts ISHAM 2018 - Supplement |
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Omics analyses, how to navigate through a constant data deluge2021 |
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Bioinformatique et analyse de données multiomiques : principes et applications chez les levures pathogènes Candida glabrata et Candida albicansBio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASL010⟩ |
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Sandbox.bio tutorials – Linux basics training modules (IFB ELIXIR-FR)École thématique. France. 2026 |
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Bioinformatics in a tense geopolitical contextÉcole thématique. ANF Workflow et reproductibilité en Bioinformatique, Campanile Paris-Sud - Porte d'Orléans - Arcueil, 73 av. Aristide Briand, 94110 - ARCUEIL, France. 2025 |
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Formation EBAII Niveau 2 - Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatiqueMaster. Roscoff, France. 2023 |