TD

Thomas Denecker

Chef de projet en Ingénierie logicielle
96 %
Libre accès
23
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Affiliation actuelle
  • Institut Français de Bioinformatique (IFB-core)
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Présentation

À l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), je coordonne les activités visant à favoriser l’adoption et la mise en pratique des principes de la Science Ouverte au sein des communautés de recherche en sciences de la vie et de la santé. Je pilote les activités de développement logiciel de l’équipe IFB-core dans le cadre de l’action « Outils logiciels » et propose des solutions techniques permettant l’intégration des principes FAIR dans l’offre de services de l’IFB. J’assure également des actions de sensibilisation, de formation et d’accompagnement de projets pour développer une véritable culture de la Science Ouverte. Mon activité s’inscrit dans les enjeux liés à la gestion et à l’intégration de données hétérogènes, à leur interopérabilité, à leur soumission dans les banques publiques internationales et à la protection des données personnelles et de santé. J’apporte une expertise technique et un rôle de conseil dans les projets stratégiques de l’IFB, tout en maintenant une veille technologique active.

En parallèle, j’encadre et anime une équipe de développement logiciel, en assurant la coordination des activités, le suivi des compétences et la mise en place de conditions de travail favorables. J’anime la thématique de la science ouverte dans les projets de développement et contribue au développement professionnel des agents, en lien avec les objectifs stratégiques de l’IFB.

Enfin, je participe aux réseaux nationaux et internationaux de la science ouverte, notamment en tant que co-animateur du groupe de travail Science Ouverte du réseau métier national MERIT (CNRS) et en contribuant au dialogue avec les dépôts de données nationaux (Recherche Data Gouv) et internationaux (ENA). Je représente également l’IFB au sein d’ELIXIR, l’infrastructure européenne de bioinformatique, en tant que membre du nœud français.


Compétences

Méthodologie de conduite de projet et de développement logiciel Langages de programmation les plus utilisés en bioinformatique (Python, R, bash) Frameworks pour le développement d'applications web Protocoles de communication et d'échanges de données, y compris API Analyse et visualisation de données. Méthodes, concepts et outils de la Science Ouverte, principes FAIR Bonnes pratiques de développement

Publications

Publications

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FAIR_Bioinfo: a turnkey training course and protocol for reproducible computational biology

Thomas Denecker , Claire Toffano-Nioche

JOSE - Journal of Open Source Education, 2021, ⟨10.21105/jose.00068⟩

Article dans une revue hal-02880655v2
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Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata

Thomas Denecker , Youfang Zhou li , Cécile Fairhead , Karine Budin , Jean-Michel Camadro et al.

NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), pp.lqaa027. ⟨10.1093/nargab/lqaa027⟩

Article dans une revue hal-03100086v1
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Efficient, quick and easy-to-use DNA replication timing analysis with START-R suite

Djihad Hadjadj , Thomas Denecker , Eva Guérin , Su-Jung Kim , Fabien Fauchereau et al.

NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa045⟩

Article dans une revue hal-02929259v1
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Pixel: a content management platform for quantitative omics data

Thomas Denecker , William Durand , Julien Maupetit , Charles Hébert , Jean-Michel Camadro et al.

PeerJ, 2019, 7, pp.e6623. ⟨10.7717/peerj.6623⟩

Article dans une revue hal-03100146v1
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Label-free quantitative proteomics in Candida yeast species: technical and biological replicates to assess data reproducibility

Gaëlle Lelandais , Thomas Denecker , Camille Garcia , Nicolas Danila , Thibaut Léger et al.

BMC Research Notes, 2019, 12 (1), pp.470. ⟨10.1186/s13104-019-4505-8⟩

Article dans une revue hal-02389332v1

Empowering the detection of ChIP-seq "basic peaks" (bPeaks) in small eukaryotic genomes with a web user-interactive interface

Thomas Denecker , Gaëlle Lelandais

BMC Research Notes, 2018, 11 (1), pp.698. ⟨10.1186/s13104-018-3802-y⟩

Article dans une revue hal-02177599v1

A hypothesis-driven approach identifies CDK4 and CDK6 inhibitors as candidate drugs for treatments of adrenocortical carcinomas

Djihad Hadjadj , Su-Jung Kim , Thomas Denecker , Laura Ben Driss , Jean-Charles Cadoret et al.

Aging, 2017, 9 (12), pp.2695-2716. ⟨10.18632/aging.101356⟩

Article dans une revue hal-02363044v1

Characterization of the replication timing program of 6 human model cell lines

Djihad Hadjadj , Thomas Denecker , Chrystelle Maric , Fabien Fauchereau , Giuseppe Baldacci et al.

Genomics Data, 2016, 9, pp.113 - 117. ⟨10.1016/j.gdata.2016.07.003⟩

Article dans une revue hal-01406426v1
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Madbot

Thomas Denecker , Julien Seiler

17ème Atelier de Données bioinformatiques de diversité, Dimitry Khvorostyanov, Mar 2024, Roscoff, France

Communication dans un congrès hal-04502839v1
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Madbot

Thomas Denecker , Julien Seiler

Journée "Cycle De Vie / Gestion Des Données De La Biologie", F. Bekkouche; X. Borda; F. Brau; W. Demet, Apr 2024, Sophia Antipolis, France

Communication dans un congrès hal-04531785v1

Science ouverte et principes FAIR dans un projet de bioinformatique

Thomas Denecker

Journée Science ouverte, Station Biologique de Roscoff, Mar 2023, Roscoff, France. ⟨10.5281/zenodo.7729199⟩

Communication dans un congrès hal-04027046v1

EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research program

Thomas Denecker , Imane Messak , Anliat Mohamed , Chiara Antoinat , Arthur Le Bars et al.

JOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/ZENODO.6778707⟩

Communication dans un congrès hal-04495542v1
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A Unix competency framework for learning bioinformatics

Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Lucie Khamvongsa Charbonnier , Pierre Poulain , Denis Puthier et al.

JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France.

Poster de conférence hal-04619317v1
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Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository

Baptiste Rousseau , Véronique Jamilloux , Thomas Denecker , Hélène Chiapello , Ariane Bize

JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France.

Poster de conférence hal-04139284v1
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The IFB e-Learning Working Group

Hélène Chiapello , Thomas Denecker , Gildas Le Corguillé , Pierre Poulain , Denis Puthier et al.

JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques) 2021, Jul 2021, Paris, France.

Poster de conférence hal-03296617v1
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FAIR_bioinfo : a software perspective of reproducibility of bioinformatics analyses

Thomas Denecker , Céline Hernandez , Claire Toffano-Nioche

Journées Ouvertes de Biologie Informatique et Mathématiques - JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France

Poster de conférence hal-03071717v1

Iron homeostasisis in C. glabrata at the transcriptomic level

Youfang Zhou-Li , Thomas Denecker , Karine Budin , Cécile Fairhead , Monique Bolotin Fukuhara et al.

20. Congress of the International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM 2018), Jun 2018, Amsterdam, Netherlands. Oxford University Press, Medical Mycology, 56 (Suppl. 2), 230 p., 2018, Abstracts ISHAM 2018 - Supplement

Poster de conférence hal-02734714v1