|  | Transcriptomic data reveal divergent paths of chitinase evolution underlying dietary convergence in anteaters and pangolinsRémi Allio
                                                                ,
                                                                                                                                Sophie Teullet
                                                                ,
                                                                                                                                Dave Lutgen
                                                                ,
                                                                                                                                Amandine Magdeleine
                                                                ,
                                                                                                                                Rachid Koual
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04890530
                                            v2
 | 
                                                                                
    |  | Variation in the fitness impact of translationally optimal codons among animalsFlorian Bénitière
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Laurent DuretArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04737716
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Transcriptomic basis of within- and trans-generational predator-induced plasticity in the freshwater snail Physa acutaLéo Dejeux
                                                                ,
                                                                                                                                Nathanaëlle Saclier
                                                                ,
                                                                                                                                Juliette Tariel-Adam
                                                                ,
                                                                                                                                Maxime Hoareau
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-05149970
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Environmental DNA Particle Size Distribution and Quantity Differ Across Taxa and OrganellesHéloïse Verdier
                                                                ,
                                                                                                                                T. Datry
                                                                ,
                                                                                                                                Maxime Logez
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                Maïlys Gauthier
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04739432
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Both nuclear and cytoplasmic polymorphisms are involved in genetic conflicts over male fertility in the gynodioecious snail, <i>Physa acuta</i>Fanny Laugier
                                                                ,
                                                                                                                                Nathanaëlle Saclier
                                                                ,
                                                                                                                                Kévin Béthune
                                                                ,
                                                                                                                                Axelle Braun
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04707802
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | A collaborative backbone resource for comparative studies of subterranean evolution: The World Asellidae databaseNathanaelle Saclier
                                                                ,
                                                                                                                                Louis Duchemin
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                Philippe Grison
                                                                ,
                                                                                                                                David Eme
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-04313500
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Subterranean species inventory in the molecular eraFlorian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Héloïse Verdier
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                David Eme
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe J Douady
                                                                                            et al.
 Karstologia, 2022Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03810304
                                            v1 | 
                                                                                
    |  | Passive sampling of environmental DNA in aquatic environments using 3D‐printed hydroxyapatite samplersHéloïse Verdier
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny‐dupre
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Marquette
                                                                ,
                                                                                                                                Helen Reveron
                                                                ,
                                                                                                                                Solène Tadier
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03601922
                                            v1
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    |  | Extreme mitochondrial DNA divergence underlies genetic conflict over sex determinationPatrice David
                                                                ,
                                                                                                                                Cyril Degletagne
                                                                ,
                                                                                                                                Nathanaelle Saclier
                                                                ,
                                                                                                                                Aurel Jennan
                                                                ,
                                                                                                                                Philippe Jarne
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03765839
                                            v1
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    |  | Transcriptome-wide deregulation of gene expression by artificial light at night in tadpoles of common toadsMorgane Touzot
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefebure
                                                                ,
                                                                                                                                Thierry Lengagne
                                                                ,
                                                                                                                                Jean Secondi
                                                                ,
                                                                                                                                Adeline Dumet
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03440101
                                            v1
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    |  | Unlocking our understanding of intermittent rivers and ephemeral streams with genomic toolsRosetta C Blackman
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Altermatt
                                                                ,
                                                                                                                                Arnaud Foulquier
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Maïlys Gauthier
                                                                                            et al.Article dans une revue
                             (article de synthèse)
                    
        
        
            
                
                    hal-03369170
                                            v1
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    |  | Bedrock radioactivity influences the rate and spectrum of mutationNathanaëlle Saclier
                                                                ,
                                                                                                                                Patrick Chardon
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                David Eme
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03051267
                                            v1
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    | 
                        
                     | GOTIT: A laboratory application software for optimizing multi‐criteria species‐based researchFlorian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Philippe Grison
                                                                ,
                                                                                                                                Louis Duchemin
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-02329439
                                            v1
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    |  | Trophic selectivity in aquatic isopods increases with the availability of resourcesClémentine François
                                                                ,
                                                                                                                                Laurent Simon
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Jean Douady
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-02492518
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Enhancing DNA metabarcoding performance and applicability with bait capture enrichment and DNA from conservative ethanolMaïlys Gauthier
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                Agnès Nguyen
                                                                ,
                                                                                                                                Vasco Elbrecht
                                                                ,
                                                                                                                                T. Datry
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-02328256
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Life History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in IsopodsNathanaëlle Saclier
                                                                ,
                                                                                                                                Clémentine François
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                Nicolas Lartillot
                                                                ,
                                                                                                                                Laurent Guéguen
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01951580
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Less effective selection leads to larger genomesTristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Claire Morvan
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Clémentine François
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01544879
                                            v2
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Genome Content and Phylogenomics Reveal both Ancestral and Lateral Evolutionary Pathways in Plant-Pathogenic Streptomyces SpeciesJosé Huguet-Tapia
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Jonathan H Badger
                                                                ,
                                                                                                                                Dongli Guan
                                                                ,
                                                                                                                                Gregg S. Pettis
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01329447
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | No Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and ProteomesClémentine François
                                                                ,
                                                                                                                                L. Duret
                                                                ,
                                                                                                                                Laurent Simon
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Mermillod-Blondin
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01370129
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Genome based phylogeny and comparative genomic analysis of intra-mammary pathogenic Escherichia coli.Vincent P. Richards
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Belgin Dogan
                                                                ,
                                                                                                                                Kenneth Simpson
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01292456
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Current developments in groundwater ecology -- from biodiversity to ecosystem function and servicesChristian Griebler
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan LefébureArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00958792
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Inflammation-associated adherent-invasive Escherichia coli are enriched in pathways for use of Propanediol and Iron and M-cell translocationBelgin Dogan
                                                                ,
                                                                                                                                Haruo Suzuki
                                                                ,
                                                                                                                                Deepali Herlekar
                                                                ,
                                                                                                                                Balfour Sartor
                                                                ,
                                                                                                                                Barry J Campbell
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-01332099
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Complete Genome Sequence of the Porcine Strain Brachyspira pilosicoli P43/6/78T.Changyou Lin
                                                                ,
                                                                                                                                C. den Bakker Henk
                                                                ,
                                                                                                                                Haruo Suzuki
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Lalit Ponnala
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00804898
                                            v1
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    | 
                        
                     | Outcome of infection of C57BL/6 IL-10 mice with Campylobacter jejuni strains is correlated with genome content of open reading frames up- and down-regulated invivoA. Bell, J.
                                                                ,
                                                                                                                                J.P. Jerome
                                                                ,
                                                                                                                                A.E. Plovanich-Jones
                                                                ,
                                                                                                                                E.J. Smith
                                                                ,
                                                                                                                                J.R. Gettings
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00786264
                                            v1
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    | 
                        
                     | Comparative characterization of the virulence gene clusters (lipooligosaccharide [LOS] and capsular polysaccharide [CPS]) for Campylobacter coli, Campylobacter jejuni subsp. jejuni and related Campylobacter species. InfectionP. Richards Vincent
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Michael J StanhopeArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00787604
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Timetree of aselloidea reveals species diversification dynamics in groundwaterClaire Morvan
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Emmanuel Paradis
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00837844
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Microsatellite Development and First Population Size Estimates for the Groundwater Isopod Proasellus walteriCécile Capderrey
                                                                ,
                                                                                                                                Bernard Kaufmann
                                                                ,
                                                                                                                                Pauline Jean
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00876955
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Bayesian phylogeographic inferences reveal contrasting colonization dynamics among European groundwater isopodsDavid Eme
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Lara Konecny-Dupré
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Jean DouadyArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00921300
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Evolutionary and Population Genomics of the Cavity Causing Bacteria Streptococcus mutansE. Cornejo Omar
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                ,
                                                                                                                                Vincent P. Richards
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00814175
                                            v1
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    | 
                        
                     | Phenotypic Heterogeneity of Genomically-Diverse Isolates of Streptococcus mutansR. Palmer Sara
                                                                ,
                                                                                                                                H. Miller James
                                                                ,
                                                                                                                                Jacqueline Abranches
                                                                ,
                                                                                                                                Lin Zeng
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00837811
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Gene repertoire evolution of Streptococcus pyogenes inferred from phylogenomic analysis with Streptococcus canis and Streptococcus dysgalactiaeTristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                P. Richards Vince
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                J. Stanhope MichaelArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00705729
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Progress dissecting the oral microbiome in caries and healthR.A. Burne
                                                                ,
                                                                                                                                L. Zeng,
                                                                ,
                                                                                                                                S.J. Ahn
                                                                ,
                                                                                                                                S.R. Palmer
                                                                ,
                                                                                                                                Yehan Liu
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00734401
                                            v1
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    | 
                        
                     | Comparative genomic analysis of the genus Staphylococcus including Staphylococcus aureus and its newly described sister species Staphylococcus simiaeHaruo Suzuki
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                J. Stanhope MichaelArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00685689
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Genome characterization and population genetic structure of the zoonotic pathogen, Streptococcus canisVincent P Richards
                                                                ,
                                                                                                                                Ruth N. Zadoks
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina D Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00786423
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Comparative genomic analysis of the streptococcus dysgalactiae species group : Gene content, molecular adaptation, and promoter evolutionHaruo Suzuki
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Melissa Jane Hubisz
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00579903
                                            v1
 | 
                                                                                
    | 
                        
                     | Comparative genomics and the role of lateral gene transfer in the evolution of bovine adapted Streptococcus agalactiaeP. Richards Vincent
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                ,
                                                                                                                                D. Bitar Paulina
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Ynte H. Schukken
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00623049
                                            v1
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    | 
                        
                     | Expanded Multilocus Sequence Typing and Comparative Genomic Hybridization of Campylobacter coli Isolates from Multiple HostsPing Lang
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Wei Wang
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Richard J. Meinersmann
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00958684
                                            v1
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    | 
                        
                     | Evolutionary Dynamics of Complete Campylobacter Pan-Genomes and the Bacterial Species ConceptTristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Pavinski Bitar
                                                                ,
                                                                                                                                Haruo Suzuki
                                                                ,
                                                                                                                                Michael J StanhopeArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00958687
                                            v1
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    | 
                        
                     | Pervasive, genome-wide positive selection leading to functional divergence in the bacterial genus CampylobacterT. Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                M. StanhopeArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03034739
                                            v1
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    |  | Relationships between environmental variables and groundwater biodiversity at the regional scale. In: Freshwater Biology Special Issue, Assessing and Conserving Groundwater Biodiversity (Eds. J. Gibert & D.C. Culver)Marie-José Dole-Olivier
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Dominique P. Martin
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Janine GibertArticle dans une revue
                    
                    istex
        
        
            
                
                    halsde-00370421
                                            v1
 | 
                                                                                
    |  | Gene content differences across strains of Streptococcus uberis identified using oligonucleotide microarray comparative genomic hybridizationPing Lang
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                W. Wang
                                                                ,
                                                                                                                                Ruth N. Zadoks
                                                                ,
                                                                                                                                Ynte Schukken
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03034836
                                            v1
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    |  | A molecular test for cryptic diversity in ground water : how large are the ranges of macro-stygobionts ? In: Freshwater Biology Special Issue, Assessing and Conserving Groundwater Biodiversity (Eds. J. Gibert & D.C. Culver)Peter Trontelj
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Jean Douady
                                                                ,
                                                                                                                                Cene Fiser
                                                                ,
                                                                                                                                Janine Gibert
                                                                ,
                                                                                                                                Spela Goricki
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
                    istex
        
        
            
                
                    halsde-00378197
                                            v1
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    |  | Positive selection in penicillin-binding proteins 1a, 2b, and 2x from Streptococcus pneumoniae and its correlation with amoxicillin resistance developmentMichael Stanhope
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Stacey Walsh
                                                                ,
                                                                                                                                Julie Becker
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
                    istex
        
        
            
                
                    hal-03034737
                                            v1
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    | 
                        
                     | The imprint of quaternary glaciers on the present-day distribution of the obligate groundwater amphipod Niphargus virei (Niphargidae)Arnaud Foulquier
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Jean Douady
                                                                ,
                                                                                                                                Janine GibertArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00264658
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    |  | The relative frequency of intraspecific lateral gene transfer of penicillin binding proteins 1a, 2b, and 2x, in amoxicillin resistant Streptococcus pneumoniaeMichael Stanhope
                                                                ,
                                                                                                                                Stacey Walsh
                                                                ,
                                                                                                                                Tristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Ping Lang
                                                                ,
                                                                                                                                Paulina Bitar
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
                    istex
        
        
            
                
                    hal-03034686
                                            v1
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    |  | Testing dispersal and cryptic diversity in a widely distributed groundwater amphipod (Niphargus rhenorhodanensis).T. Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Christophe Jean Douady
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                Janine GibertArticle dans une revue
                    
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                    halsde-00157625
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    |  | Evolution of the core and pan-genome of Streptococcus: positive selection, recombination, and genome compositionTristan Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Michael J StanhopeArticle dans une revue
                    
        
        
            
                
                    hal-03034694
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    |  | Phylogeography of a subterranean amphipod reveals cryptic diversity and dynamic evolution in extreme environmentsT. Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                C.J. Douady
                                                                ,
                                                                                                                                Manolo Gouy
                                                                ,
                                                                                                                                P. Trontel
                                                                ,
                                                                                                                                J. Briolay
                                                                                            et al.Article dans une revue
                    
                    istex
        
        
            
                
                    hal-00427985
                                            v1
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    |  | Relationship between morphological taxonomy and molecular divergence within Crustacea : Proposal of a molecular threshold to help species delimitationT. Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                C.J. Douady
                                                                ,
                                                                                                                                Manolo Gouy
                                                                ,
                                                                                                                                J. GibertArticle dans une revue
                    
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                    hal-00427988
                                            v1
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    |  | De l'influence des glaciations du Quaternaire sur les crustacés aquatiques souterains.Christophe Jean Douady
                                                                ,
                                                                                                                                Florian Malard
                                                                ,
                                                                                                                                T. Lefébure
                                                                ,
                                                                                                                                Julien Issartel
                                                                ,
                                                                                                                                J. Azzarotto
                                                                                            et al.
 Nature et Patrimoine en Pays de Savoie, 2006, 18 (3), pp.26-29Article dans une revue
                    
        
        
            
                
                    halsde-00157681
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