
Vanina BENOIT
Présentation
A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de génotypage conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de marqueurs moléculaires sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.
En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, Corinne Buret, nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.
Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type microsatellites. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.
Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.
Je suis également la personne référente qualité de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.
Publications
Publications
|
Peuplier noir et diversité au sein de la Réserve naturelle de l’Ile de la Platière : étude génétique des semis des nouvelles générations installées suite aux travaux de renaturation sur ce tronçon du vieux RhôneSéminaire Scientifique OHM Vallée du Rhône, GRAIE, Dec 2023, LYON, France
Communication dans un congrès
hal-04526363
v1
|
Epigenetics in forest trees : role in plasticity, adaptation and potential implications for breeding in a context of climate change (EPITREE).IUFRO Tree Biotechnology, Jun 2019, Raleigh NC, United States
Communication dans un congrès
hal-03523238
v1
|
|
|
Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a reviewSéminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès
hal-02787407
v1
|
|
Diversité et structure génétique de semis de Populus nigra L. suite à des événements de régénération entre 2008 et 2017 sur les îles de Mareau-aux-Prés3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Zône Atelier Bassin du Rhône (ZABR). FRA. Groupe de Recherche Rhône Alpes sur les Infrastructures et l'Eau (GRAIE), FRA., Jun 2018, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-02734547
v1
|
|
Survey of genetic diversity in European Populus breeding programsINUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain
Communication dans un congrès
hal-02789044
v1
|
|
Napoleonian legacy in Populus nigra populationsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02742776
v1
|
Consequences of fluvial maintenance operations on the sediment morphodynamic and the associated BIOdiversity in the mosaic of MAREAU-aux-prés islands.International Long-Term Ecological Research Network ILTER 1ST Open Science Meeting, Oct 2016, Skukuza Kruger National Park, South Africa. pp.41
Communication dans un congrès
hal-01595189
v1
|
|
|
A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studiesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France
Communication dans un congrès
hal-02743801
v1
|
Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).3e Colloque des Zones Ateliers « Les sciences à la rencontre de l’aménagement des territoires », Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Oct 2015, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-01583805
v1
|
|
|
Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. 168 p
Communication dans un congrès
hal-02740183
v1
|
Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret)I.S. Rivers, 2e conférence internationale « recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières, Jun 2015, Lyon, France
Communication dans un congrès
hal-01423445
v1
|
|
|
Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier NoirColloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p
Communication dans un congrès
hal-02801095
v1
|
|
Cartographie d’enceintes climatiques- Bilan des résultats obtenus sur le Centre d'Orléans12. Journées de la mesure et de la métrologie, Oct 2012, Le Croisic, France. 1 p
Communication dans un congrès
hal-01267955
v1
|
|
Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p
Communication dans un congrès
hal-02748005
v1
|
|
Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p
Communication dans un congrès
hal-02750107
v1
|
|
Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
hal-02758137
v1
|
|
Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
hal-02753480
v1
|
Tolerance to high temperature and genetic diversity of black poplar families from two environmental contrasting sites5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy
Communication dans un congrès
hal-02754088
v1
|
|
Genetic and physical mapping of RUS, a major QTL controlling rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès
hal-02758455
v1
|
|
Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France
Communication dans un congrès
hal-02756173
v1
|
|
An integrated genetic and physical map of chromosome XIX in poplar2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Jun 2009, Whistler, BC, Canada
Communication dans un congrès
hal-02757493
v1
|
|
Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France
Communication dans un congrès
hal-02751192
v1
|
|
|
Stratégies raisonnées d'échantillonnage pour capturer la diversité génétique et sa structuration dans les populations naturelles - Application aux mesures de gestion conservatoire.6. colloque national du BRG, Oct 2006, La Rochelle, France
Communication dans un congrès
hal-02757653
v1
|
|
Association mapping of resistance to rust disease in poplarPopulation genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain
Communication dans un congrès
hal-02758391
v1
|
|
Linkage mapping and QTL analysis for growth of young Pseudotsuga menziesii plantsSustainable Forestry, Wood products and Biotechnology, BIOFOR 02, Nov 2002, Vitoria-Gasteiz, Spain
Communication dans un congrès
hal-02762427
v1
|
|
Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesGenTree, Jan 2020, Avignon, France.
Poster de conférence
hal-02928391
v1
|
Valorisation des ressources forestières régionales pour la production de moules de cuisson en bois déroulé8e journées du GDR 3544 Sciences du bois, Nov 2019, Epinal, France
Poster de conférence
hal-03557306
v1
|
|
Five years study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (Loire river, France)I.S. Rivers, 3rd international conference « Integrative sciences and sustainable development of rivers », Jun 2018, Lyon, France. pp.1, 2018
Poster de conférence
hal-02608524
v1
|
|
Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. pp.1, 2018
Poster de conférence
hal-02608517
v1
|
|
|
Five-year study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Jun 2018, Lyon, France. , 2018, Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers. Programme et résumés. Programme and abstacts
Poster de conférence
hal-02736217
v1
|
|
BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018
Poster de conférence
hal-02736419
v1
|
|
Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)Second Garden Route Interface Meeting, Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. 2018
Poster de conférence
hal-02736174
v1
|
|
BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations
Poster de conférence
hal-02737648
v1
|
|
A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract
Poster de conférence
hal-01456004
v1
|
|
Etude de la composition génétique et de la microstructuration spatiale de semis de Populus nigra, installés sur une nouvelle barre sédimentaire de Loire (France)I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. Groupe de Recherche Rhône-Alpes sur les Infrastructures et l’Eau (GRAIE), 168 p., 2015, 2e Conference International I.S. Rivers Integrative Sciences Recherches et Actions "Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers". Programme et résumés. Programme and abstracts
Poster de conférence
hal-02742719
v1
|
|
Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
hal-01269242
v1
|
|
Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts
Poster de conférence
hal-01269239
v1
|
|
Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populinaInternational Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence
hal-01268616
v1
|
|
Small-scale spatial genetic structure of Populus nigra 2013 seedlings on a new sandy-gravelly bar appeared after fluvial maintenance operations in the Loire River (France)International Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI
Poster de conférence
hal-01268619
v1
|
Widening the landscape: the role of ornamental and wild trees in the spread and adaptation of Melampsora larici-populina leaf rustIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence
hal-01268623
v1
|
|
Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplarsIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014
Poster de conférence
hal-01268622
v1
|
|
|
Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩
Poster de conférence
hal-02807304
v1
|
|
A case study in marker‐assisted breeding for disease resistanceFinal Conference Noveltree project "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence
hal-01268642
v1
|
|
Development and validation of a 12K SNP chip genotyping array for association genetics in Populus nigra using genome‐wide resequencing dataFinal Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century"
Poster de conférence
hal-01268730
v1
|
|
Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux
Poster de conférence
hal-02749127
v1
|
|
Les gènes supports de l’hérédité et mémoire de l’évolutionFête de la Science, Nov 2009, Orléans, France. 2009
Poster de conférence
hal-02818609
v1
|
|
INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book
Poster de conférence
hal-02755567
v1
|
|
Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002
Poster de conférence
hal-02762337
v1
|
|
Molecular markers used for genetic studies in Japanese Larch (Larix kaempferi (Lamb.) Carr.)Charalambos Neophytou and Monika Konnert. Technical guidelines for molecular genetic analysis in non-native forest tree species of Europe, 160, 2018, Silva Slovenica, 978-961-6993-43-2
Chapitre d'ouvrage
hal-03586705
v1
|
|
Vegetative propagation of larch species: somatic embryogenesis improvement towards its integration in breeding programsVegetative Propagation of Forest Trees, National Institute of Forest Science Institute (NIFoS), 2016
Chapitre d'ouvrage
hal-02800946
v1
|
|
Marqueurs moléculaires : intérêt et utilisation pour l'amélioration et la conservation de arbres forestiersAgrosciences, Environnement, Territoires, Paysage, Forêt - Parcours Biologie Intégrative et Changement Globaux (BICG), 2019
Cours
hal-02789231
v1
|