Vanina BENOIT
Présentation
A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de génotypage conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de marqueurs moléculaires sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA. En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, Corinne Buret, nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique. Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type microsatellites. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence. Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans. Je suis également la personne référente qualité de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.
Publications
Publications
Transdisciplinary contributions to biodiversity conservation in alluvial forests on the built-up margins of the Rhône RiverInternational Symposium Biodiversity and Society, Inter-Disciplinary Research Facility on Human-Environment Interactions, Jun 2024, Monptellier, France |
|
|
|
Peuplier noir et diversité au sein de la Réserve naturelle de l’Ile de la Platière : étude génétique des semis des nouvelles générations installées suite aux travaux de renaturation sur ce tronçon du vieux RhôneSéminaire Scientifique OHM Vallée du Rhône, GRAIE, Dec 2023, LYON, France |
Peuplier noir et diversité au sein de la Réserve Naturelle de l’île de la PlatièreSéminaire scientifique annuel de l'OHM Vallée du Rhône, Graie, OHM Vallée du Rhône, Dec 2023, Villeurbanne, France |
|
Epigenetics in forest trees : role in plasticity, adaptation and potential implications for breeding in a context of climate change (EPITREE).IUFRO Tree Biotechnology, Jun 2019, Raleigh NC, United States |
|
|
|
Genetic mapping of resistance factors to Melamspora sp in Populus sp: a reviewSéminaire interne de l'Université d'Helsinki, Apr 2018, Helsinki, Finland |
|
|
Diversité et structure génétique de semis de Populus nigra L. suite à des événements de régénération entre 2008 et 2017 sur les îles de Mareau-aux-Prés3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Zône Atelier Bassin du Rhône (ZABR). FRA. Groupe de Recherche Rhône Alpes sur les Infrastructures et l'Eau (GRAIE), FRA., Jun 2018, Lyon, France |
|
|
Survey of genetic diversity in European Populus breeding programsINUPRAG Meeting 2018, Jun 2018, Barcelone, Spain |
|
|
Napoleonian legacy in Populus nigra populationsIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France |
|
|
A new Genomic resource for Populus nigra and its deployment for genetic studiesIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France |
Consequences of fluvial maintenance operations on the sediment morphodynamic and the associated BIOdiversity in the mosaic of MAREAU-aux-prés islands.International Long-Term Ecological Research Network ILTER 1ST Open Science Meeting, Oct 2016, Skukuza Kruger National Park, South Africa. pp.41 |
|
|
|
Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. 168 p |
Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret).3e Colloque des Zones Ateliers « Les sciences à la rencontre de l’aménagement des territoires », Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Oct 2015, Paris, France |
|
Conséquences des travaux d'entretien du lit de la Loire sur plusieurs composantes de la biodiversité au sein de la mosaïque des îles de Mareau-aux-Prés (Loiret)I.S. Rivers, 2e conférence internationale « recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières, Jun 2015, Lyon, France |
|
|
|
Intérêts d’approches génomiques complémentaires pour l’analyse de la diversité génétique fonctionnelle de populations naturelles de Peuplier NoirColloque EPGV 2014 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Jun 2014, Evry, France. 17 p |
|
|
Cartographie d’enceintes climatiques- Bilan des résultats obtenus sur le Centre d'Orléans12. Journées de la mesure et de la métrologie, Oct 2012, Le Croisic, France. 1 p |
|
|
Breeding poplars with durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust : a multidisciplinary approach to understand and delay pathogen adaptation4. International Workshop on the Genetics of Host-Parasite Interactions in Forestry : "Disease and Insect Resistance in Forest Trees", United States Department of Agriculture - USDA (USA) (USDA). Forest service, Ville service, USA., Jul 2011, Eugene, Oregon, United States. 112 p |
|
|
Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p |
|
|
Flowering phenology as an essential parameter for pollen flow modelling in Populus nigra L.5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy |
|
|
Towards broad-spectrum resistance to Melampsora larici-populina rust in poplar: new genetic constructions and potential adaptation of the pathogen5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy |
Tolerance to high temperature and genetic diversity of black poplar families from two environmental contrasting sites5. International Poplar Symposium;IPS V, Sep 2010, Orvieto, Italy |
|
Joint transcriptomic and proteomic approaches to precise the molecular basis of a major QTL (RUS) controlling quantitative rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France |
|
Genetic and physical mapping of RUS, a major QTL controlling rust resistance in poplarPlant genomics and beyond, Jul 2009, Evry, France |
|
An integrated genetic and physical map of chromosome XIX in poplar2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Jun 2009, Whistler, BC, Canada |
|
|
|
Stratégies raisonnées d'échantillonnage pour capturer la diversité génétique et sa structuration dans les populations naturelles - Application aux mesures de gestion conservatoire.6. colloque national du BRG, Oct 2006, La Rochelle, France |
Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France |
|
|
|
Association mapping of resistance to rust disease in poplarPopulation genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain |
|
|
Linkage mapping and QTL analysis for growth of young Pseudotsuga menziesii plantsSustainable Forestry, Wood products and Biotechnology, BIOFOR 02, Nov 2002, Vitoria-Gasteiz, Spain |
Characterization of hybrids between Larix Decidua and L. Kaempferi by molecular markersInternational Symposium : Improvement of larch (larix sp.) for better growth, stem form and wood quality, Sep 2002, Gap, France |
Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra)Plant Epigenetics (EPIPLANT/SEB 2024), Jul 2024, Clermont-Ferrand, France. , Abstract book of EPIPLANT/SEB 2024, Session VI Chromatin in transcription, replication and repair (Poster #69), pp.131-132 |
|
|
|
Development of a new tool (4TREE) for adapted genome selection in European tree speciesGenTree, Jan 2020, Avignon, France. |
Valorisation des ressources forestières régionales pour la production de moules de cuisson en bois déroulé8e journées du GDR 3544 Sciences du bois, Nov 2019, Epinal, France |
|
|
|
Five-year study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)3. conférence internationale I.S Rivers. Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers, Jun 2018, Lyon, France. , 2018, Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers. Programme et résumés. Programme and abstacts |
Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. pp.1, 2018 |
|
Five years study of consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity in the Mareau-aux-Prés islands (Loire river, France)I.S. Rivers, 3rd international conference « Integrative sciences and sustainable development of rivers », Jun 2018, Lyon, France. pp.1, 2018 |
|
|
|
BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance.7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations |
|
|
Consequences of fluvial maintenance operations on the biodiversity and landscape in the Mareau-aux-Prés islands (National Reserve of Saint-Mesmin, Loire River, France)Second Garden Route Interface Meeting, Science and management co-learning to navigate social-ecological issues, Oct 2018, Sedgefield, South Africa. 2018 |
|
|
BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genomePAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018 |
|
|
A systems biology approach for identifying candidate genes involved in the natural variability of biomass yield and chemical properties in black poplarIUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France. , 2016, IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics. Book of Abstract |
|
|
Etude de la composition génétique et de la microstructuration spatiale de semis de Populus nigra, installés sur une nouvelle barre sédimentaire de Loire (France)I.S. Rivers, 2e conférence internationale "recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières", Jun 2015, Lyon, France. Groupe de Recherche Rhône-Alpes sur les Infrastructures et l’Eau (GRAIE), 168 p., 2015, 2e Conference International I.S. Rivers Integrative Sciences Recherches et Actions "Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative sciences and sustainable development of rivers". Programme et résumés. Programme and abstracts |
|
|
Are patterns of Populus nigra geographical differentiation for resistance to Melampsora larici-populina dependent of genetic variation of the pathogen populations?5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts |
|
|
Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra5. International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Aug 2015, Orléans, France. , 2015, 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions. Book of abstracts |
|
|
Small-scale spatial genetic structure of Populus nigra 2013 seedlings on a new sandy-gravelly bar appeared after fluvial maintenance operations in the Loire River (France)International Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI |
|
|
Exploration of Populus nigra L. genetic variation for partial resistance against the co-adapted pathogen Melampsora larici-populinaInternational Poplar Symposium (IPS-VI), Jul 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. , 2014, IPS VI |
Widening the landscape: the role of ornamental and wild trees in the spread and adaptation of Melampsora larici-populina leaf rustIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014 |
|
Genetic architecture of quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in poplarsIUFRO Joint conference: Genetics of Five-Needle Pines, Rusts of Forest Trees, & Strobusphere, Jun 2014, Fort Collins, Colorado, United States. 2014 |
|
|
|
Identification, cibles et diversité de régulateurs expressionnels majeurs impliqués dans la production de biomasse chez le peuplierSéminaire AIP Bio-ressources, Feb 2013, Paris, France. 2013, ⟨10.13140/RG.2.1.3449.0403⟩ |
|
|
A case study in marker‐assisted breeding for disease resistanceFinal Conference Noveltree project "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century" |
|
|
Development and validation of a 12K SNP chip genotyping array for association genetics in Populus nigra using genome‐wide resequencing dataFinal Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology", Oct 2012, Helsinki, Finland. , 2012, Final Conference Noveltree "Tree Breeding, Genomics and Evolutionary Biology : new synergies to tackle the impact of climate change in the 21st century" |
|
|
Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliersColloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux |
|
|
Les gènes supports de l’hérédité et mémoire de l’évolutionFête de la Science, Nov 2009, Orléans, France. 2009 |
|
|
INTERPOPGER: Interactions between natural and artificial poplar stands and selection pressures associated with their management in French landscape. Poster.Population genetics and genomics of forest trees : from gene function to evolutionary dynamics and conservation; A joint conference of IUFRO working groups 2.04.01 (population, ecological and conservation genetics) and 2.04.10 (genomics), and COST Action E-28 (genosilva : european forest genomics network), Oct 2006, Madrid, Spain. 1 p., 2006, Population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Programme and conference abstract book |
|
|
Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002 |
|
|
Molecular markers used for genetic studies in Japanese Larch (Larix kaempferi (Lamb.) Carr.)Charalambos Neophytou and Monika Konnert. Technical guidelines for molecular genetic analysis in non-native forest tree species of Europe, 160, 2018, Silva Slovenica, 978-961-6993-43-2 |
|
|
Vegetative propagation of larch species: somatic embryogenesis improvement towards its integration in breeding programsVegetative Propagation of Forest Trees, National Institute of Forest Science Institute (NIFoS), 2016 |
|
|
Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra)2023 |
|
|
Marqueurs moléculaires : intérêt et utilisation pour l'amélioration et la conservation de arbres forestiersAgrosciences, Environnement, Territoires, Paysage, Forêt - Parcours Biologie Intégrative et Changement Globaux (BICG), 2019 |