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Véronique Jorge

Chargée de Recherche Hors Classe, Directrice Adjointe
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  • 1007171
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**Research topics** =================== My research activities fall under two thematic axes aiming at: (1) Determine the genetic architecture of complex poplar traits in order to use these genes (markers) in the selection programs developed in the unit on this model tree; (2) To study the diversity and genetic structure of black poplar populations. Within the framework of European and national collaborative projects (EVOLTREE, Noveltree, GenTree), I have contributed significantly to the acquisition of whole genome sequence data, polymorphisms and genotyping to develop these two themes. Theme 1: I use association genetics and genetic mapping approaches based on the study of more or less complex pedigrees. One of the long-term objectives is to generate QTL effects information that can be used in breeding programs and serve to establish new models for genomic selection. Theme 2: I have been involved since 2004 in the description of the diversity and its structuring of black poplar populations at the French and European scale using molecular markers. This activity has grown with the development of high throughput sequencing and allows me to study more precisely the factors structuring the diversity of black poplar at the European scale. Education and academic degrees 1996-2000 Ph. D. of Phytopathology : "Mapping of cassava (Manihot esculenta Crantz) resistance to bacterial blight caused by Xanthomonas axonopodis pv. manihotis" – University of Paris XI-Orsay (France). Working Laboratory : Biotechnology and Cassava Pathology Unit at C.I.A.T. (Centro Internacional de Agricultura Tropical), A.A. 6713, Cali, Colombia 1995-96 One year degree required before doctoral studies, equivalent to a M. Sc. "Biology, Diversity and Adaptation of Crop Plants, Option Phytopathology"- University of Paris XI 1994-95 Equivalent to a M. Sc. in Plant Biology, University of Paris XI 1990-94 Equivalent to a B. Sc. in Plant Biology, University of Paris XI
**AXES de RECHERCHE** ====================== Mes activités de recherches s’inscrivent dans deux axes thématiques visant à : (1) **Déterminer l’architecture génétique de caractères complexes les peupliers en vue d’utiliser ces gènes (marqueurs) dans les programmes de sélection développés dans l’unité sur cet arbre modèle** ; (2) **Etudier la diversité et la structure génétique des populations de peuplier noir.** Dans le cadre de projets collaboratifs européens et nationaux, (EVOLTREE, Noveltree, [GenTree](https://www6.val-de-loire.inrae.fr/biofora/Projets/GENTREE)), j’ai ainsi contribué significativement à l’acquisition de données de séquence de génomes entiers, de polymorphismes et de génotypage permettant de développer ces deux thématiques. Thématique 1 : j’utilise des approches de **génétique d’association et de cartographie génétique** basées sur l’obtention et l’étude de pédigrés plus ou moins complexes. L’un des objectifs à terme est de générer des informations d’effets aux QTL qui peuvent être utilisés dans les programmes de sélection et servir à l’établissement de nouveaux modèles de **sélection génomique**. Thématique 2 : je suis impliquée depuis 2004 dans la description de la diversité et de sa structuration des populations de peuplier noir à l’échelle française et européenne à l’aide de **marqueurs moléculaires**. Cette activité a pris de l’ampleur avec les développements du séquençage haut débit et me permet aujourd’hui d’étudier plus finement les **facteurs structurant la diversité du peuplier noir à l’échelle européenne.** **CURSUS** ========== 2000-2001: Stage postdoctoral, Laboratoire “Génomes et développement des Plantes", Université de Perpignan, France. 1996-2000: Thèse en Phytopathologie : "Cartographie de la résistance du manioc (Manihot esculenta Crantz) à la bactériose vasculaire causée par Xanthomonas axonopodis pv. manihotis" - Université Paris XI. Lieu d'exécution des travaux de thèse : Laboratoires de Biotechnologie et de Pathologie du Manioc, C.I.A.T., A.A. 6713, Cali, Colombie. 1995-1996: D. E. A. "Biologie, Diversité et Adaptation des Plantes Cultivées, Option Phytopathologie"- Université Paris XI, France. 1994-1995 : Maîtrise de Biologie Végétale, Université Paris XI, France. 1990-1994 : Licence de Biologie Végétale, Université Paris XI, France.

Publications

"catherine-bastien"
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RNAseq based variant dataset in a black poplar association panel

Odile Rogier , Aurélien Chateigner , Marie-Claude Lesage-Descauses , Claire Mandin , Véronique Brunaud
BMC Research Notes, 2023, 16, pp.248. ⟨10.1186/s13104-023-06521-w⟩
Article dans une revue hal-04225417v1
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Diversity and enrichment of breeding material for resilience in European forests

Sanna Olsson , Benjamin Dauphin , Véronique Jorge , Delphine Grivet , Anna Maria Farsakoglou
Forest Ecology and Management, 2023, 530, pp.120748. ⟨10.1016/j.foreco.2022.120748⟩
Article dans une revue hal-04118477v1
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The GenTree Platform: growth traits and tree-level environmental data in 12 European forest tree species

Lars Opgenoorth , B. Dauphin , Raquel Benavides , Katrin Heer , Paraskevi Alizoti
GigaScience, 2021, 10 (3), pp.giab010. ⟨10.1093/gigascience/giab010⟩
Article dans une revue hal-03282821v1
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The GenTree Leaf Collection: Inter‐ and intraspecific leaf variation in seven forest tree species in Europe

Raquel Benavides , Bárbara Carvalho , Cristina Bastias , David López‐quiroga , Antonio Mas
Global Ecology and Biogeography, 2021, 30 (3), pp.590-597. ⟨10.1111/geb.13239⟩
Article dans une revue hal-03282266v1
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Favorable Conditions for Genomic Evaluation to Outperform Classical Pedigree Evaluation Highlighted by a Proof-of-Concept Study in Poplar

Marie Pégard , Vincent Segura , Facundo Muñoz , Catherine Bastien , Véronique Jorge
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.581954⟩
Article dans une revue hal-03025048v1
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Sequence imputation from low density single nucleotide polymorphism panel in a black poplar breeding population

Marie Pegard , Odile Rogier , Aurélie Berard , Patricia Faivre-Rampant , Marie-Christine Le Paslier
BMC Genomics, 2019, 20, ⟨10.1186/s12864-019-5660-y⟩
Article dans une revue hal-02621320v1
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Characterization of the poplar pan-genome by genome-wide identification of structural variation.

Sara Pinosio , Stefania Giacomello , Patricia P. Faivre-Rampant , Gail Taylor , Véronique V. Jorge
Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (10), pp.2706-2719. ⟨10.1093/molbev/msw161⟩
Article dans une revue hal-02636741v1

New resources for genetic studies in Populus nigra: genome-wide SNP discovery and development of a 12k Infinium array

Patricia P. Faivre-Rampant , Giusi Zaina , Véronique V. Jorge , Stefania Giacomello , Vincent Segura
Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (4), pp.1023-1036. ⟨10.1111/1755-0998.12513⟩
Article dans une revue hal-02636258v1

Potential for Marker-Assisted Selection for forest tree breeding: lessons from 20 years of MAS in crops

Helene Muranty , Véronique V. Jorge , Catherine Bastien , Camille Lepoittevin , Laurent Bouffier
Tree Genetics and Genomes, 2014, 10 (6), pp.1491-1510. ⟨10.1007/s11295-014-0790-5⟩
Article dans une revue hal-02635335v1
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Integrating genome annotation and QTL position to identify candidate genes for productivity, architecture and water-use efficiency in Populus spp

Romain Monclus , Jean-Charles Leplé , Catherine Bastien , Pierre-François P.-F. Bert , Marc M. Villar
BMC Plant Biology, 2012, 12, ⟨10.1186/1471-2229-12-173⟩
Article dans une revue hal-02647348v1

Identification of quantitative trait loci affecting ectomycorrhizal symbiosis in an interspecific F1 poplar cross and differential expression of genes in ectomycorrhizas of the two parents: Populus deltoides and Populus trichocarpa

Jessy Labbé , Véronique V. Jorge , Annegret Kohler , Patrice Vion , Benoit Marçais
Tree Genetics and Genomes, 2011, 7 (3), pp.617-627. ⟨10.1007/s11295-010-0361-3⟩
Article dans une revue hal-02652297v1

Bud set in poplar – genetic dissection of a complex trait in natural and hybrid populations

Antje Rohde , Véronique Storme , Véronique V. Jorge , Muriel Gaudet , Nicola Vitacolonna
New Phytologist, 2011, 189 (1), pp.106-121. ⟨10.1111/j.1469-8137.2010.03469.x⟩
Article dans une revue hal-02652178v1

Qualitative and quantitative resistances to leaf rust finely mapped within two nucleotide-binding site leucine-rich repeat (NBS-LRR)-rich genomic regions of chromosome 19 in poplar

Alois Bresson , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Vanina Guérin , Isabelle Bourgait
New Phytologist, 2011, 192 (1), pp.151-163. ⟨10.1111/j.1469-8137.2011.03786.x⟩
Article dans une revue hal-02652374v1

Genetic architecture of qualitative and quantitative Melampsora larici-populina leaf rust resistance in hybrid poplar: genetic mapping and QTL detection

Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Patricia P. Faivre-Rampant , Catherine Bastien
New Phytologist, 2005, 167 (1), pp.113-127. ⟨10.1111/j.1469-8137.2005.01424.x⟩
Article dans une revue hal-02678676v1

Amélioration génétique des peupliers

Catherine Bastien , Véronique V. Jorge , Arnaud A. Dowkiw , Marc M. Villar , Patricia P. Faivre-Rampant
Biofutur, 2004, 23 (247), pp.33-37
Article dans une revue hal-02672140v1