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Mating systems and recombination landscape strongly shape genetic diversity and selection in wheat relatives
Concetta Burgarella
,
Marie-Fleur Brémaud
,
Gesa Von Hirschheydt
,
Véronique Viader
,
Morgane Ardisson
et al.
Article dans une revue
hal-04672643
v2
|
|
GeCKO: user-friendly workflows for genotyping complex genomes using target enrichment capture. A use case on the large tetraploid durum wheat genome
Morgane Ardisson
,
Johanna Girodolle
,
Stéphane de Mita
,
Pierre Roumet
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-04669032
v1
|
|
OrthoMaM v12: a database of curated single-copy ortholog alignments and trees to study mammalian evolutionary genomics
Rémi Allio
,
Frédéric Delsuc
,
Khalid Belkhir
,
Emmanuel J P Douzery
,
Vincent Ranwez
et al.
Article dans une revue
hal-04266876
v2
|
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Insights into the evolution, virulence and speciation of Babesia MO1 and Babesia divergens through multiomics analyses
Pallavi Singh
,
Pratap Vydyam
,
Tiffany Fang
,
Karel Estrada
,
Luis Miguel Gonzalez
et al.
Article dans une revue
hal-04693581
v1
|
|
Post-hoc recommendation explanations through an efficient exploitation of the DBpedia category hierarchy
Yu Du
,
Sylvie Ranwez
,
Nicolas Sutton-Charani
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-03623354
v1
|
|
Evolution of flowering time in a selfing annual plant: Roles of adaptation and genetic drift
Laurène Gay
,
Julien Dhinaut
,
Margaux Jullien
,
Renaud Vitalis
,
Miguel Navascués
et al.
Article dans une revue
hal-02922123
v1
|
|
A new comprehensive annotation of leucine‐rich repeat‐containing receptors in rice
Céline Gottin
,
Anne Dievart
,
Marilyne Summo
,
Gaëtan Droc
,
Christophe Périn
et al.
Article dans une revue
hal-03346283
v1
|
|
Is diversity optimization always suitable? Toward a better understanding of diversity within recommendation approaches
Yu Du
,
Sylvie Ranwez
,
Nicolas Sutton-Charani
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-03335198
v1
|
|
EBCR: Empirical Bayes concordance ratio method to improve similarity measurement in memory-based collaborative filtering
Yu Du
,
Nicolas Sutton-Charani
,
Sylvie Ranwez
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-03319825
v1
|
|
Origin and Diversity of Plant Receptor-Like Kinases
Anne Diévart
,
Céline Gottin
,
Christophe Perin
,
Vincent Ranwez
,
Nathalie Chantret
Article dans une revue
(article de synthèse)
hal-02766945
v1
|
|
OrthoMaM v10: Scaling-Up Orthologous Coding Sequence and Exon Alignments with More than One Hundred Mammalian Genomes
Celine Scornavacca
,
Khalid Belkhir
,
Jimmy Lopez
,
Rémy Dernat
,
Frédéric Delsuc
et al.
Article dans une revue
hal-02139915
v1
|
|
Pervasive hybridizations in the history of wheat relatives
Sylvain Glémin
,
Celine Scornavacca
,
Jacques Dainat
,
Concetta Burgarella
,
Veronique Viader
et al.
Article dans une revue
hal-02144799
v1
|
|
Enseignement et recherche - Au cœur de #DigitAg, l'Institut Convergences Agriculture Numérique, une Graduate School innovante
Vincent Ranwez
,
Nina Lachia
,
Tewfik Sari
Article dans une revue
hal-03999235
v1
|
|
MACSE v2: Toolkit for the Alignment of Coding Sequences Accounting for Frameshifts and Stop Codons
Vincent Ranwez
,
Emmanuel J.P. Douzery
,
Cédric Cambon
,
Nathalie N. Chantret
,
Frédéric Delsuc
Article dans une revue
hal-01925698
v1
|
|
Efficient algorithms for Longest Common Subsequence of two bucket orders to speed up pairwise genetic map comparison
Lisa de Mattéo
,
Yan Holtz
,
Vincent Ranwez
,
Sèverine Bérard
Article dans une revue
hal-02134202
v1
|
|
Domestication reduces alternative splicing expression variations in sorghum
Vincent Ranwez
,
Audrey Serra
,
David Pot
,
Nathalie Chantret
Article dans une revue
hal-01608379
v1
|
|
The genetic map comparator: a user-friendly application to display and compare genetic maps
Yan Holtz
,
Jacques David
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-01604150
v1
|
|
Inferring incomplete lineage sorting, duplications, transfers and losses with reconciliations
Yao-Ban Chan
,
Vincent Ranwez
,
Celine Scornavacca
Article dans une revue
hal-02154862
v1
|
|
Epistatic determinism of durum wheat resistance to the wheat spindle streak mosaic virus
Yan Holtz
,
Michel Bonnefoy
,
Veronique Viader
,
Morgane Ardisson
,
Nicolas O. Rode
et al.
Article dans une revue
hal-01605947
v1
|
|
Pitfalls in supermatrix phylogenomics
Herve Philippe
,
Damien M. de Vienne
,
Vincent Ranwez
,
Béatrice Roure
,
Denis Baurain
et al.
Article dans une revue
hal-01606389
v1
|
|
Two Simple and Efficient Algorithms to Compute the SP-Score Objective Function of a Multiple Sequence Alignment
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-01594194
v1
|
|
Genotyping by sequencing using specific allelic capture to build a high-density genetic map of durum wheat
Yan Holtz
,
Morgane Ardisson
,
Vincent Ranwez
,
Alban Besnard
,
Philippe Leroy
et al.
Article dans une revue
hal-02639025
v1
|
|
Fast and reliable inference of semantic clusters
Nicolas Fiorini
,
Sébastien Harispe
,
Sylvie Ranwez
,
Jacky Montmain
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-01506505
v1
|
|
Inferring gene duplications, transfers and losses can be done in a discrete framework
Vincent Ranwez
,
Celine Scornavacca
,
Jean-Philippe Doyon
,
Vincent Berry
Article dans une revue
hal-01370854
v1
|
|
USI: a fast and accurate approach for conceptual document annotation
Nicolas Fiorini,
,
Sylvie Ranwez
,
Jacky Montmain
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-01288389
v1
|
|
Exploring the space of gene/species reconciliations with transfers
Yao-Ban Chan
,
Vincent Ranwez
,
Celine Scornavacca
Article dans une revue
hal-01268903
v1
|
|
A fast method for calculating reliable event supports in tree reconciliations via Pareto optimality
Thu Hien To
,
Edwin Jacox
,
Vincent Ranwez
,
Celine Scornavacca
Article dans une revue
hal-01595105
v1
|
|
Evolutionary tinkering of the expression of PDF1s suggests their joint effect on zinc tolerance and the response to pathogen attack
Thi Ngoc Nga Nguyen
,
Vincent Ranwez
,
Denis Vile
,
Marie-Christine Soulie
,
Alia Dellagi
et al.
Article dans une revue
hal-01137561
v1
|
|
Genotyping by sequencing transcriptomes in an evolutionary pre-breeding durum wheat population
Jacques David
,
Yan Holtz
,
Vincent Ranwez
,
Sylvain Santoni
,
Gautier Sarah
et al.
Article dans une revue
hal-01123443
v1
|
|
OrthoMaM v8: A Database of Orthologous Exons and Coding Sequences for Comparative Genomics in Mammals
Emmanuel J.P. Douzery
,
Celine Scornavacca
,
Jonathan Romiguier
,
Khalid Belkhir
,
Nicolas Galtier
et al.
Article dans une revue
hal-01133634
v1
|
|
An information theoretic approach to improve semantic similarity assessments across multiple ontologies
Montserrat Batet
,
Sébastien Harispe
,
Sylvie Ranwez
,
David Sanchez
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-01268902
v1
|
|
Impact of recurrent gene duplication on adaptation of plant genomes
Iris Fischer
,
Jacques Dainat
,
Vincent Ranwez
,
Sylvain Glémin
,
Jean-François Dufayard
et al.
Article dans une revue
hal-01129945
v1
|
|
Plant Defensin type 1 (PDF1): Protein promiscuity and expression variation within the Arabidopsis genus shed light on zinc tolerance acquisition in Arabidopsis halleri
Z. Shahzad
,
Vincent Ranwez
,
C. Fizames
,
L. Marquès
,
B. Le Martret
et al.
Article dans une revue
hal-01110824
v1
|
|
Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit
Thi Nguyen
,
Vincent Ranwez
,
Stéphanie Pointet
,
Anne-Muriel Arigon Chifolleau
,
Jean-Philippe Doyon
et al.
Article dans une revue
lirmm-00812726
v1
|
|
Support measures to estimate the reliability of evolutionary events predicted by reconciliation methods
Thi-Hau Nguyen
,
Vincent Ranwez
,
Vincent Berry
,
Celine Scornavacca
Article dans une revue
hal-01189798
v1
|
|
Genomic evidence for large, long-lived ancestors to placental mammals.
Jonathan Romiguier
,
Vincent Ranwez
,
Emmanuel J.P. Douzery
,
Nicolas Galtier
Article dans une revue
hal-01268010
v1
|
|
Reconciliation-based detection of co-evolving gene families
Yao-Ban Chan
,
Vincent Ranwez
,
Celine Scornavacca
Article dans une revue
hal-01189789
v1
|
|
Sub-ontology extraction using hyponym and hypernym closure on is-a directed acyclic graphs
Vincent Ranwez
,
Sylvie Chabert-Ranwez
,
Stefan Janaqi
Article dans une revue
hal-02645875
v1
|
|
Representing a set of reconciliations in a compact way
Celine Scornavacca
,
Wojciech Paprotny
,
Vincent Berry
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
lirmm-00818801
v1
|
|
Plant Defensin type 1 (PDF1): protein promiscuity and expression variation within the Arabidopsis genus shed light on zinc tolerance acquisition in Arabidopsis halleri.
Zaigham Shahzad
,
Vincent Ranwez
,
Cécile Fizames
,
Laurence Marquès
,
Bénédicte Le Martret
et al.
Article dans une revue
hal-00921194
v1
|
|
Less is more in mammalian phylogenomics: AT-rich genes minimize tree conflicts and unravel the root of placentalmammals
Jonathan Romiguier
,
Vincent Ranwez
,
Frédéric Delsuc
,
Nicolas Galtier
,
Emmanuel J.P. Douzery
Article dans une revue
hal-01268462
v1
|
|
A new versatile primer set targeting a short fragment of the mitochondrial COI region for metabarcoding metazoan diversity: application for characterizing coral reef fish gut contents
Matthieu Leray
,
Joy Y. Yang
,
Christopher P. Meyer
,
Suzanne C. Mills
,
Natalia Agudelo
et al.
Frontiers in Zoology, 2013, 10, 14 p
Article dans une revue
hal-01268031
v1
|
|
Reference-free transcriptome assembly in non-model animals from next generation sequencing data
V. Cahais
,
P. Gayral
,
G. Tsagkogeorga
,
M. Ballenghien
,
L. Weinert
et al.
Article dans une revue
istex
hal-01267810
v1
|
|
Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti
Emmanuel Cornillot
,
Kamel Hadj-Kaddour
,
Amina Dassouli
,
Benjamin Noel
,
Vincent Ranwez
et al.
Article dans une revue
lirmm-00818833
v1
|
|
An O(n.m) algorithm for calculating the closure of lca-type operators
Vincent Ranwez
,
Stefan Janaqi
,
Sylvie Ranwez
Ars Combinatoria, 2012, 104, pp.107-128
Article dans une revue
hal-00797153
v1
|
|
User centered and ontology based information retrieval system for life sciences.
Mohameth-François Sy
,
Sylvie Ranwez
,
Jacky Montmain
,
Armelle Regnault
,
Michel Crampes
et al.
Article dans une revue
inserm-00662993
v1
|
|
Fast and robust characterization of time-heterogeneous sequence evolutionary processes using substitution mapping.
Jonathan Romiguier
,
Emeric Figuet
,
Nicolas Galtier
,
Emmanuel J.P. Douzery
,
Bastien Boussau
et al.
Article dans une revue
hal-00965722
v1
|
|
Extraction de sous-ontologies autonomes par fermeture des opérateurs hyponymie et hyperonymie
Vincent Ranwez
,
Sylvie Ranwez
,
Stefan Janaqi
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2012, 31 (1), pp.11-38. ⟨10.3166/tsi.31.11.38⟩
Article dans une revue
hal-00797170
v1
|
|
Efficient selection of branch-specific models of sequence evolution.
Julien y Dutheil
,
Nicolas Galtier
,
Jonathan Romiguier
,
Emmanuel J.P. Douzery
,
Vincent Ranwez
et al.
Article dans une revue
hal-00965698
v1
|
|
Building species trees from larger parts of phylogenomic databases
Celine Scornavacca
,
Vincent Berry
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
lirmm-00825050
v1
|
|
Multigenic phylogeny and analysis of tree incongruences in Triticeae (Poaceae)
Juan-Sebastian Escobar
,
Celine Scornavacca
,
Alberto Cenci
,
Claire Guilhaumon
,
Sylvain Santoni
et al.
Article dans une revue
hal-01499047
v1
|
|
Models, algorithms, and programs for phylogeny reconciliation
Jean-Philippe Doyon
,
Vincent Ranwez
,
Vincent Daubin
,
Vincent Berry
Article dans une revue
lirmm-00825041
v1
|
|
MACSE: Multiple Alignment of Coding SEquences Accounting for Frameshifts and Stop Codons
Vincent Ranwez
,
Sébastien Harispe
,
Frédéric Delsuc
,
Emmanuel J.P. Douzery
Article dans une revue
hal-01773250
v1
|
|
Contrasting GC-content dynamics across 33 mammalian genomes: Relationship with life-history traits and chromosome sizes
Jonathan Romiguier
,
Vincent Ranwez
,
Emmanuel J P Douzery
,
Nicolas Galtier
Article dans une revue
hal-03327982
v1
|
|
Super Triplets : a triplet-based supertree approach to phylogenomics
Vincent Ranwez
,
Alexis Criscuolo
,
Emmanuel J.P. Douzery
Article dans une revue
hal-04001017
v1
|
|
PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees
Vincent Ranwez
,
Nicolas Clairon
,
Frédéric Delsuc
,
Saeed Pourali
,
Nicolas Auberval
et al.
Article dans une revue
lirmm-00396040
v1
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GC-biased gene conversion promotes the fixation of deleterious amino acid changes in primates
N. Galtier
,
L. Duret
,
S. Glémin
,
Vincent Ranwez
Trends in Genetics, 2009, 25(1), pp.1-5
Article dans une revue
hal-00428324
v1
|
|
PhySIC IST : cleaning source trees to infer more informative supertrees
Celine Scornavacca
,
Vincent Berry
,
Vincent Lefort
,
Emmanuel J.P. Douzery
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
lirmm-00324069
v1
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OrthoMaM: a database of orthologous genomic markers for placental mammal phylogenetics.
Vincent Ranwez
,
Frédéric Delsuc
,
Sylvie Ranwez
,
Khalid Belkhir
,
Marie-Ka Tilak
et al.
Article dans une revue
halsde-00315511
v1
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PhySIC: A Veto Supertree Method with Desirable Properties
Vincent Ranwez
,
Vincent Berry
,
Alexis Criscuolo
,
Pierre-Henri Fabre
,
Sylvain Guillemot
et al.
Article dans une revue
lirmm-00194235
v1
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Multiple molecular evidences for a living mammalian fossil
Dorothée Huchon
,
Pascale Chevret
,
Ursula Jordan
,
William C. Kilpatrick
,
Vincent Ranwez
et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007, 104 (18), pp.7495-7499. ⟨10.1073/pnas.0701289104⟩
Article dans une revue
halsde-00453695
v1
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Bio++: a set of C++ libraries for sequence analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics
Julien Dutheil
,
Sylvain Gaillard
,
Eric Bazin
,
Sylvain Glémin
,
Vincent Ranwez
et al.
Article dans une revue
halsde-00323971
v1
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Improvement of Distance-Based Phylogenetic Methods by a Local Maximul Likelihood Approach Using Triplets
Vincent Ranwez
,
Olivier Gascuel
Article dans une revue
lirmm-00268613
v1
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Quartet-Based Phylogenetic Inference: Improvements and Limits
Olivier Gascuel
,
Vincent Ranwez
Article dans une revue
hal-04000964
v1
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