Adeline Gagnon

Doctorante en Bioinformatique

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Affiliations actuelles

Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE)
Université Marie et Louis Pasteur (UMLP)

Identifiants chercheurs

Présentation

Je suis doctorante en bioinformatique au laboratoire Chrono-environnement UMR6249, Université Marie et Louis Pasteur, à Besançon. Je travaille sur la génomique comparative et phylogénomique des clones à haut risque épidémique de Pseudomonas aeruginosa afin de caractériser les éléments génétiques de leur succès.

Domaines de recherche

Bio-informatique [q-bio.QM] Bactériologie

Compétences

Analyse de données/Data analysis Programmation (Python, R)

Publications

Foreign body infection following Staphylococcus aureus bloodstream infection: Host risk factors and bacterial genetic characteristics

Lea Devoos , Houssein Gbaguidi-Haore , Adeline Gagnon , Benoit Valot , Catherine Chirouze et al.

Journal of Microbiology, Immunology and Infection, 2026, ⟨10.1016/j.jmii.2026.06.006⟩

Article dans une revue hal-05678286v1

Genomic determinants of penicillin G susceptibility and cefazolin inoculum effect in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus bloodstream isolates

Samantha Poloni , Adeline Gagnon , Benoit Valot , Alexandre Meunier , Didier Hocquet et al.

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2026, 81 (11), ⟨10.1093/jac/dkag328⟩

Article dans une revue hal-05788481v1

bactRline : Pipeline for bacterial genomes assembly and characterization

Benoit Valot , Adeline Gagnon , Ting Xie , Ana Temtem

2025, ⟨swh:1:rev:4b87967eb80f6c064c574bb6e39af35693c5c4a1;origin=https://github.com/bvalot/bactrline;visit=swh:1:snp:0d682516b3cc1b9426dcc6fc6fcf0856931e5847⟩

Logiciel hal-05780444v1

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