Anthony Boureux

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  • Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
  • Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB)
  • Institut de recherche en biothérapie (IRB)

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Publications

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Why and how to set up a Bioinformatics Learning Lab (BILL)

Anna-Sophie Fiston-Lavier , Emira Cherif , Marie-Ka Tilak , Arnaud Soulier , Catherine Breton et al.

PLoS Computational Biology, 2025, 21 (8), pp.e1013236. ⟨10.1371/journal.pcbi.1013236⟩

Article dans une revue hal-05279437v1
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Kmerator Suite: design of specific k -mer signatures and automatic metadata discovery in large RNA-seq datasets

Sébastien Riquier , Chloé Bessiere , Benoit Guibert , Anne-Laure Bouge , Anthony Boureux et al.

NAR Genomics and Bioinformatics, 2021, 3 (3), pp.lqab058. ⟨10.1093/nargab/lqab058⟩

Article dans une revue hal-04147535v1
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Long non-coding RNA exploration for mesenchymal stem cell characterisation

Sébastien Riquier , Marc Mathieu , Chloé Bessiere , Anthony Boureux , Florence Rufflé et al.

BMC Genomics, 2021, 22 (1), pp.412. ⟨10.1186/s12864-020-07289-0⟩

Article dans une revue inserm-03251471v1
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Recurrent Genetic Abnormalities in Human Pluripotent Stem Cells: Definition and Routine Detection in Culture Supernatant by Targeted Droplet Digital PCR

Said Assou , Nicolas Girault , Mathilde Plinet , Julien Bouckenheimer , Caroline Sansac et al.

Stem Cell Reports, 2020, 14 (1), pp.1-8. ⟨10.1016/j.stemcr.2019.12.004⟩

Article dans une revue hal-03396129v1
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New chimeric RNAs in acute myeloid leukemia

Florence Ruffle , Jérôme Audoux , Anthony Boureux , Sacha Beaumeunier , Jean-Baptiste Gaillard et al.

F1000Research, 2017, 6, ⟨10.12688/f1000research.11352.2⟩

Article dans une revue hal-01840091v1

Long non-coding RNAs in human early embryonic development and their potential in ART

Julien Bouckenheimer , Said Assou , Sébastien Riquier , Cyrielle Hou , Nicolas Philippe et al.

Human Reproduction Update, 2016, 23 (1), pp.19 - 40. ⟨10.1093/humupd/dmw035⟩

Article dans une revue hal-01819458v1
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On the evaluation of the fidelity of supervised classifiers in the prediction of chimeric RNAs

Sacha Beaumeunier , Jérôme Audoux , Anthony Boureux , Florence Ruffle , Thérèse Commes et al.

BioData Mining, 2016, 9 (1), pp.34. ⟨10.1186/s13040-016-0112-6⟩

Article dans une revue inserm-01390470v1
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Combining DGE and RNA-sequencing data to identify new polyA+ non-coding transcripts in the human genome

Nicolas Philippe , Elias Bou Samra , Anthony Boureux , Alban Mancheron , Florence Rufflé et al.

Nucleic Acids Research, 2014, 42 (5), pp.2820-2832. ⟨10.1093/nar/gkt1300⟩

Article dans une revue lirmm-01233107v1
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New prognostic markers, determined using gene expression analyses, reveal two distinct subtypes of chronic myelomonocytic leukaemia patients.

Elias Bou Samra , Jérôme Moreaux , Fabienne Vacheret , Ken Mills , Florence Rufflé et al.

British Journal of Haematology, 2012, 157 (3), pp.347-56. ⟨10.1111/j.1365-2141.2012.09069.x⟩

Article dans une revue inserm-00681007v1
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Digital gene expression data, cross-species conservation and noncoding RNA

Nicolas Philippe , Florence Ruffle , Elias Bou Samra , Anthony Boureux , Thérèse Commes et al.

EMBnet.journal, 2011, 17 (Supplement B), pp.1. ⟨10.14806/ej.17.B.288⟩

Article dans une revue lirmm-00757989v1

Maternal mRNA deadenylation and decay by thepiRNA pathway in the early Drosophila embryo

R. Rouget , C. Papin , A. Boureux , Ac Meunier , B. Franco et al.

Nature, 2010, 467 (7319), pp.1128-1132. ⟨10.1038/nature09465⟩

Article dans une revue hal-00533320v1

Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers

Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes et al.

Cellular Oncology, 2009, 31 (2), pp.145-146

Article dans une revue lirmm-00416012v1
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Using reads to annotate the genome: influence of length, background distribution, and sequence errors on prediction capacity

Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes et al.

Nucleic Acids Research, 2009, 37 (15 e104), pp.11. ⟨10.1093/nar/gkp492⟩

Article dans une revue lirmm-00415899v1
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The Src-like adaptor protein regulates PDGF-induced actin dorsal ruffles in a c-Cbl-dependent manner.

Audrey Sirvent , C. Leroy , A. Boureux , V. Simon , Serge Roche

Oncogene, 2008, 27 (24), pp.3494-500. ⟨10.1038/sj.onc.1211011⟩

Article dans une revue hal-00211547v1
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The tyrosine kinase Abl is required for Src-transforming activity in mouse fibroblasts and human breast cancer cells.

Audrey Sirvent , A. Boureux , V. Simon , C. Leroy , Serge Roche

Oncogene, 2007, 26 (52), pp.7313-7323. ⟨10.1038/sj.onc.1210543⟩

Article dans une revue hal-00189107v1
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Evolution of the Rho Family of Ras-Like GTPases in Eukaryotes

Anthony Boureux , Emmanuel Vignal , Sandrine Faure , Philippe Fort

Molecular Biology and Evolution, 2007, 24 (1), pp.203-216. ⟨10.1093/molbev/msl145⟩

Article dans une revue hal-02267395v2

Variability and Expression of Ankyrin Domain Genes in Wolbachia Variants Infecting the Mosquito Culex pipiens

Olivier Duron , Anthony Boureux , Pierre Echaubard , Arnaud Berthomieu , Claire Berticat et al.

Journal of Bacteriology, 2007, 189 (12), pp.4442-4448. ⟨10.1128/JB.00142-07⟩

Article dans une revue halsde-00424353v1
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Transcriptome Annotation using Tandem SAGE Tags

Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez et al.

Nucleic Acids Research, 2007, 35 (17), pp.e108. ⟨10.1093/nar/gkm495⟩

Article dans une revue lirmm-00193291v1
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Transforming properties of chimeric TEL-JAK proteins in Ba/F3 cells.

V Lacronique , A. Boureux , R Monni , S Dumon , M Mauchauffé et al.

Blood, 2000, 95 (6), pp.2076-2083. ⟨10.1182/blood.V95.6.2076⟩

Article dans une revue hal-02427379v1

A domain of TEL conserved in a subset of ETS proteins defines a specific oligomerization interface essential to the mitogenic properties of the TEL-PDGFR-beta oncoprotein

Christina Jousset , C. Carron , A. Boureux , C. Tran Quang , Celine Oury et al.

EMBO Journal, 1997, 16 (1), pp.69-82. ⟨10.1093/emboj/16.1.69⟩

Article dans une revue hal-02698586v1
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TranSipedia.org : Une plateforme web pour l'analyse à grande échelle de données de séquençage haut débit du Transcriptome Humain

Therese Commes-Maerten , Chloé Bessiere , Benoit Guibert , Florence Rufflé , Camelia Sennaoui et al.

CNRIUT 2025 Bayonne - Pays Basque, IUT de Bayonne Pays Basque, Mar 2025, Bayonne, France

Communication dans un congrès hal-05093390v1

Identification of LINE-1 specific transcripts using k-mers

Nicolas Gilbert , Anthony Boureux , Thérèse Commes

24ème Congrès National sur le Elements Transposables - CNET 2023, GDR 3546, Jul 2023, Perpignan, France

Communication dans un congrès hal-04941348v1

Estimation of Sequence Errors and Prediction Capacity in Transcriptomic and DNA-Protein Interaction Assays

Nicolas Philippe , Anthony Boureux , Laurent Brehelin , Jorma Tarhio , Thérèse Commes et al.

SMPGD'09: Statistical Methods for Post-genomic Data Workshop, Jan 2009, Paris, France. pp.3

Communication dans un congrès lirmm-00375005v1
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Combining SAGE Tags to Predict Genomic Transcribed Regions

Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez et al.

JOBIM 2008 - 9es Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2008, Lille, France. pp.141-146

Communication dans un congrès lirmm-00343895v1
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Transcriptome annotation using tandem SAGE tags

Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez et al.

Réunion satellite "Transcriptome et bioinformatique", Jul 2007, Marseille, France. pp.8

Communication dans un congrès lirmm-00203923v1

Human Transcriptome Annotation using Tandem SAGE Tags

Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez et al.

Integrative Post-Genomics, Nov 2006, Lyon, France. pp.39

Communication dans un congrès lirmm-00120164v1

Analyse comparative de l'expression des éléments transposables L1HS par le biais des kmers

Camelia Sennaoui , Anthony Boureux , Nicolas Gilbert

24ème Congrès National sur le Elements Transposables - CNET 2023, Jul 2023, Perpignan, France

Poster de conférence hal-04941380v1

Annotation of Human Transcriptome Using Tandem SAGE Tags

Eric Rivals , Anthony Boureux , Mireille Lejeune , Florence Ottones , Oscar Pecharromàn Pérez et al.

Canceropôle Rhones-Alpes Côte d'Azur. 14th CHO Meeting "Stem Cells & Cancer", Oct 2007, Presqu'île de Giens, France. , 2007

Poster de conférence lirmm-00203895v1