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Claire Nédellec

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Publications

Publications

SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Biological and Chemical Named Entity Recognition

Xingyu Zhu , Claire Nédellec , Balázs Nagy , László Vidács , Robert Bossy

The 19th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2026, Rabat, Morocco

Communication dans un congrès hal-05528959v1
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SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Complex Biological and Chemical Named Entity Recognition

Xingyu Zhu , Claire Nédellec , Balazs Nagy , Laszlo Vidacs , Robert Bossy

European Chapter of the Association for Computational Linguistics (EACL), Mar 2026, Rabat (MOROCCO), Morocco

Communication dans un congrès hal-05537059v1
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Transfert de modèles de langue pour la classification rhétorique des citations à travers les disciplines

Anne-Sophie Foussat , Vincent Guigue , Nicolas Sauvion , Robert Bossy , Claire Nédellec

20e Conférence en Recherche d’Information et Applications (CORIA), 2025, Marseille, France. pp.233-248

Communication dans un congrès hal-05330643v1
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The Wheat and Rice Genomics Scientific Literature Knowledge Graphs

Nadia Yacoubi Ayadi , Franck Michel , Robert Bossy , Marine Courtin , Bill Gates Happi Happi et al.

Semantic Web Technologies for Health Care and Life Science (SWAT4HCLS), Andra Waagmeester; M. Scott Marshall; Andrea Splendiani, Feb 2025, Barcelone, Spain

Communication dans un congrès ird-04932752v1
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Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition

Mariya Borovikova , Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mathieu Roche , Claire Nédellec

ISMIS 2024 - 27. International symposium on methodologies for intelligent systems, Jun 2024, Poitiers, France. pp.55-64, ⟨10.1007/978-3-031-62700-2_6⟩

Communication dans un congrès hal-04998788v1
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Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicales

Anfu Tang , Robert Bossy , Louise Deléger , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum

CORIA-TALN 2023 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), Jun 2023, Paris, France. pp.298-310

Communication dans un congrès hal-04130138v1

What is the added value of one health for plant health?

Cindy E. Morris , Ghislain Geniaux , Claire Nédellec , Nicolas Sauvion , Samuel Soubeyrand

12. International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023), SFP; ISPP, Aug 2023, Lyon, France. pp.1

Communication dans un congrès hal-05202314v1
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Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model?

Mariya Borovikova , Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mathieu Roche , Claire Nédellec

28. International Conference on Natural Language & Information Systems. NLDB23, Métais, E., Meziane, F., Sugumaran, V., Manning, W., Reiff-Marganiec, S., Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.271-284, ⟨10.1007/978-3-031-35320-8_19⟩

Communication dans un congrès hal-04173002v1
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Taec : Un corpus annoté pour l'extraction de traits et phénotypes dans la littérature sur la sélection du blé

Claire Nédellec , Clara Sauvion , Robert Bossy , Louise Deleger

Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, (IN-OVIVE), associé à la Plateforme Intelligence Artificielle (PFIA 2023),, Jul 2023, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-04302140v1
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Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction?

Anfu Tang , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec

BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain

Communication dans un congrès hal-03447774v1
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Global alignment for relation extraction in Microbiology

Anfu Tang , Claire Nédellec , Pierre Zweigenbaum , Louise Deléger , Robert Bossy

Junior Conference on Data Science and Engineering, Feb 2021, Orsay, France

Communication dans un congrès hal-03447763v1
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Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information

Arnaud Ferré , Robert Bossy , Mouhamadou Ba , Louise Deleger , Thomas Lavergne et al.

12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966

Communication dans un congrès hal-02866789v1
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Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019

Robert Bossy , Louise Deleger , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Claire Nédellec

5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩

Communication dans un congrès hal-02437609v1
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Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée

Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Thomas Lavergne , Louise Deléger et al.

Atelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-03530148v1
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Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François et al.

IC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249

Communication dans un congrès hal-01839626v2

Ouverture des données, ouverture des logiciels, ouverture des services

Claire Nédellec

JNSO - Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01956099v1
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L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne

Claire Nédellec , Estelle Chaix , Robert Bossy , Louise Deleger , Sandra Derozier et al.

EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02737399v1

Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana

Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec

BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p

Communication dans un congrès hal-02786388v1

Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

Jérémy Yon , Nathalie Bareille , Bertrand Bed'Hom , Xavier Berthelot , Sylvie Combes et al.

Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-01768063v1
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Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français

Fabienne Kettani , Stéphane Schneider , Sophie Aubin , Robert Bossy , Claire François et al.

IC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France

Communication dans un congrès hal-04420482v1

Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology

Arnaud Ferré , Louise Deléger , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec

International Conference on Language Resources and Evaluation, May 2018, Miyazaki, Japan

Communication dans un congrès hal-01899826v1

Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network

Adrienne Ressayre , Natalia Conde E Silva , Catherine Damerval , Fabien Chardon , Yves Deveaux et al.

International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04420441v1

A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms

Estelle Chaix , Robert R. Bossy , Louise Deleger , Claire Nédellec

Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece

Communication dans un congrès hal-04420417v1

Fouille de texte, un écosystème en évolution

Claire Nédellec

JNSO - Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01954718v1

Data Exchange Solution between PubAnnotation and AlvisAE

Mouhamadou Ba , Claire Nédellec , Robert Bossy

BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. pp.1

Communication dans un congrès hal-02785063v1

Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task

Arnaud Ferré , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec

BioNLP 2017 Workshop, Association for Computational Linguistics, Aug 2017, Vancouver, Canada. ⟨10.18653/v1/W17-2312⟩

Communication dans un congrès hal-01582292v1

Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.

2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01607327v1
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Customized automatic corpus annotations using AlvisNLP/ML

Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Claire Nédellec

BLAH3, Jan 2017, Tokyo, Japan. 11 diapos

Communication dans un congrès hal-02790613v1
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Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity

Claire Nédellec , Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger

4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy

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Text-mining needs of the food microbiology research community

Estelle Chaix , Sophie Aubin , Louise Deleger , Claire Nédellec

2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-01580677v1

Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities

Jean-Baptiste Bohuon , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix , Robert Bossy , Claire Nédellec

Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩

Communication dans un congrès hal-01556276v1
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Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec

Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95

Communication dans un congrès hal-01602552v1
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OntoBiotope, text­ mining and ontologies for a standard description of microorganism habitats

Claire Nédellec

18th GSC meeting, Genome Standards Consortium, Jun 2016, Heraklion, Greece. pp.24 slides

Communication dans un congrès hal-01607638v1

Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task

Louise Deleger , Robert Bossy , Estelle Chaix , Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré et al.

BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101

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Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger et al.

Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1

Communication dans un congrès hal-01455855v1
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OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.

Robert Bossy , Estelle Chaix , Louise Deleger , Arnaud Ferré , Mouhamadou Ba et al.

Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1

Communication dans un congrès hal-01455856v1
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Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy et al.

BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113

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Le TDM par l'exemple : des microbes dans mon fromage !

Claire Nédellec

La loi numérique, et après ? Colloque de Meudon, Nov 2016, Meudon, France

Communication dans un congrès hal-01608257v1
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L'informatique à l'INRA

Claire Nédellec

SPECIF Campus, Journée Enseignement et recherche en informatique "hors les murs", Nov 2016, Paris, France. pp.32 slides

Communication dans un congrès hal-01605827v1

TriPhase : co-construction IST - recherche MIA

Claire Nédellec , Agnès Girard

Evolutions de la recherche et impacts pour l'IST, May 2015, Magny-Le-Hongre, France

Communication dans un congrès hal-02795048v1
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Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy et al.

BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain

Communication dans un congrès hal-01512197v1

Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development

Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Estelle Chaix , Robert Bossy et al.

26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France

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Validation de marqueurs liés à des gènes d’intérêt en vue de l’établissement d’une base de données pour la sélection assistée chez le blé tendre

Marion Ranoux , Claire Nédellec , Emmanuelle Cariou-Pham , Robert Bossy , Claude de Vallavieille-Pope et al.

Synthèse des Programmes de Recherche FSOV. Actes de la 4ème Rencontre Scientifique, FSOV., Jan 2015, Paris, France. 5 p

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Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA)

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Robert Bossy et al.

Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩

Communication dans un congrès hal-01603453v1

Content Mining in Life Sciences

Claire Nédellec

Science Europe TDM workshop, Oct 2015, Bruxelles, Belgium

Communication dans un congrès hal-01519341v1
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From Text to Knowledge and back - issues and challenges in Life Sciences

Claire Nédellec

Biomedical Linked Annotation Hackathon, Nov 2015, Mishima, Japan. 36 diapos

Communication dans un congrès hal-02792486v1
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Information extraction from bibliography for Marker Assisted Selection in wheat

Claire Nédellec , Robert Bossy , Dialekti Valsamou , Marion Ranoux , Wiktoria Golik et al.

MTSR 2014 : 8th Metadata and Semantics, Nov 2014, Karlsruhe, Germany. pp.301-313, ⟨10.1007/978-3-319-13674-5_28⟩

Communication dans un congrès hal-01132767v1
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Extraction d'information pour la sélection du blé par marqueur génétique

Dialekti Valsamou , Robert Bossy , Marion Ranoux , Wiktoria Golik , Pierre Sourdille et al.

Atelier IN-OVIVE 2ème édition des 25èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, May 2014, Clermont-Ferrand, France

Communication dans un congrès hal-04678559v1
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ATOL and EOL ontologies, steps towards embryonic phenotypes shared worldwide?

Isabelle Hue , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud et al.

4. Mammalian Embryo Genomics Meeting, Université Laval. CAN., Oct 2013, Hilton Quebec City, Canada. 102 p., ⟨10.1016/j.anireprosci.2014.06.013⟩

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Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine

Marie-Christine Meunier-Salaün , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Isabelle Hue et al.

46. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2014, Paris, France. pp.281-285

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AlvisAE, un éditeur d'annotation sémantique structurée guidée par une ontologie évolutive

Bossy Robert , Papazian Frédéric , Claire Nédellec

workshop IC 2013 In_Ovive, Intégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Plateforme AFIA, J Dibie-Barthélémy, Jul 2013, Lille, France

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Etat d'avancement d'ATOL et notion de robustesse

Pierre-Yves Le Bail , Léa Joret , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud et al.

Transversalité du groupe "Domestication" INRA-IFREMER, Jun 2013, Paris, France

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Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain

Wiktoria Golik , Robert R. Bossy , Zorana Ratkovic , Claire Nédellec

14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics, Mar 2013, Samos, Greece

Communication dans un congrès hal-02748466v1
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Des technologies sémantiques pour l'information scientifique et technique

Claire Nédellec , Agnès Girard

Frédoc 2013, Oct 2013, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-02805803v1
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AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisition

Frederic Papazian , Robert R. Bossy , Claire Nédellec

LAW VI '12 - Sixth Linguistic Annotation Workshop, Jul 2012, Jeju, South Korea. pp.184

Communication dans un congrès hal-02748212v1
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ATOL: The Multi-species Livestock Trait Ontology

Wiktoria Golik , Olivier Dameron , Jérôme Bugeon , Alice Fatet , Isabelle Hue et al.

6. Research Conference, MTSR, Nov 2012, Cadiz, Spain. pp.289-300, ⟨10.1007/978-3-642-35233-1_28⟩

Communication dans un congrès hal-01191279v1

Atol: Animal Trait Ontology for Livestock. Atol: Où en sommes-nous ?

Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Catherine Hurtaud et al.

4. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2012), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Jan 2012, Rennes, France. 30 diapositives

Communication dans un congrès hal-01210637v1
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BioNLP 2011 Task Bacteria Biotope - The Alvis system

Zorana Ratkovic , Wiktoria Golik , Pierre Warnier , Philippe Veber , Claire Nédellec

The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.206

Communication dans un congrès hal-02748254v1
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BioNLP shared tasks 2011 - Bacteria Biotope

Robert R. Bossy , Julien Jourde , Philippe Bessières , Maarten van de Guchte , Claire Nédellec

The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.56-64

Communication dans un congrès hal-01000519v1

Text Analysis

Claire Nédellec

Animal Journal Management Board, May 2011, Edimbourg, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-02804990v1
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Sentence filtering for BioNLP: Searching for renaming acts

Pierre Warnier , Claire Nédellec

The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics: Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States

Communication dans un congrès hal-02745812v1
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Corpus-based extension of termino-ontology by linguistic analysis: a use case in biomedical event extraction

Wiktoria Golik , Pierre Warnier , Claire Nédellec

9. International conference onterminology andartificial intelligence, Nov 2011, Paris, France

Communication dans un congrès hal-02750254v1

Ontologies et recherche d’informations dans le domaine scientifique

Claire Nédellec

Comunication technique de plein champ : recherche et innovation, Mar 2011, Université Paris Diderot, Paris, France

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Named and specific entity detection in varied data: the Quaero named entity baseline evaluation

Olivier Galibert , Ludovic Quintard , Sophie Rosset , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec et al.

7. Conference on international language resources and evaluation, May 2010, Valletta, Malta

Communication dans un congrès hal-02754184v1

Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents

Claire Nédellec , Wiktoria Golik , Sophie Aubin , Robert R. Bossy

EKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩

Communication dans un congrès hal-02816129v1
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TyDI : un outil d’assistance à la construction de terminologie structurée

Sophie Aubin , Wiktoria Golik , Frederic Papazian , Claire Nédellec

8. International conference on terminology and artificial intelligence: TIA 2009, Nov 2009, Toulouse, France

Communication dans un congrès hal-02756848v1
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BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria

Sophie Aubin , Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Laurent Gillard , Julien Jourde et al.

BioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain

Communication dans un congrès hal-02753174v1
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Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriology

Robert R. Bossy , Alain Kotoujansky , Sophie Aubin , Claire Nédellec

Semantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-02753153v1
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Semantic annotation in the Alvis project

Adeline Nazarenko , Claire Nédellec , Erick Alphonse , Sophie Aubin , Thierry Hamon et al.

International Workshop on Intelligent Information Access, Jul 2006, Helsinki, Finland

Communication dans un congrès hal-02756390v1
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Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text mining

Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Alain-Pierre Manine , Erick Alphonse , Claire Nédellec

Data and Text Mining in Integrative Biology Workshop, associ ECML/PKDD, Sep 2006, Berlin, Germany

Communication dans un congrès hal-02750687v1
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Annotation guidelines for machine learning-based named entity recognition in microbiology

Claire Nédellec , Philippe Bessières , Robert R. Bossy , Alain Kotoujansky , Alain-Pierre Manine

Proceeding of Data and Text Mining for Integrative Biology Workshop 17. European Conference on Machine Learning 10. European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2006, Berlin, Germany

Communication dans un congrès hal-02750827v1

Adapting a general parser to a sublanguage

Sophie Aubin , Adeline Nazarenko , Claire Nédellec

International Conference: RANLP - 2005 (Recent Advances in Natural Language Processing), Sep 2005, Borovets, Bulgaria

Communication dans un congrès hal-02761436v1
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Learning language in logic - genic interaction extraction challenge

Claire Nédellec

4. Learning language in logic workshop (LLL05), Aug 2005, Born, Germany

Communication dans un congrès hal-02762818v1
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Adapting a general parser to a sublanguage

Sophie Aubin , Adeline Nazarenko , Claire Nédellec

2005, pp.89-93

Communication dans un congrès hal-00082542v1
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Machine learning for information extraction in genomics: state of the art and perspectives

Claire Nédellec

1. International workshop on text mining and its application, Apr 2003, Patras, Greece

Communication dans un congrès hal-02764351v1
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Extraction d'information appliquée au domaine biomédical : apprentissage et traitement automatique de la langue

Erick Alphonse , Sophie Aubin , Philippe Bessières , Gilles Bisson , Thierry Hamon et al.

Conférence internationale de fouille de texte, CIFT-04, Jun 2004, La Rochelle, France

Communication dans un congrès hal-02762525v1
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Event-based Information Extraction for the biomedical domain: the Caderige project

Erick Alphonse , Sophie Aubin , Philippe Bessières , Gilles Bisson , Thierry Hamon et al.

Proceedings of the International Joint Workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and Its Applications (COLING'04), 2004, Geneva, Switzerland. pp.43-49

Communication dans un congrès hal-00098040v1
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Machine learning applied to information extraction in specific domains: an example: gene interaction extraction from bibliography in genomics

Claire Nédellec

2nd Workshop on Semantic Web Mining joint with ECML/PKDD'2002 13th European Conference on Machine Learning (ECML'02)., Berendt B. et al., Aug 2002, Helsinki, Finland

Communication dans un congrès hal-02759021v1
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Sentence filtering for information extraction in genomics, a classification problem

Claire Nédellec , Mohamed Ould Abdel Vetah , Philippe Bessières

Principles of Data Mining and Knowledge Discovery. PKDD 2001, Sep 2001, Freiburg, Germany. ⟨10.1007/3-540-44794-6_27⟩

Communication dans un congrès hal-02764043v1

Consistency–accuracy correlation in hard-prompted LLMs for entity and relation extraction: empirical findings from plant-health data

Xinzhi Yao , Claire Nédellec , Jingbo Xia , Robert Bossy

Genomics & Informatics, 2026, 24 (1), pp.3. ⟨10.1186/s44342-025-00063-2⟩

Article dans une revue hal-05528945v1
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MilkOligoCorpus: A semantically annotated resource for knowledge extraction on mammalian milk oligosaccharides

Mathilde Rumeau , Marine Courtin , Robert Bossy , Clara Sauvion , Valentin Loux et al.

PLoS ONE, 2025, 20 (8), pp.e0319729. ⟨10.1371/journal.pone.0319729⟩

Article dans une revue hal-05220365v1
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Mapping bread wheat trait ontologies for semantic interoperability

Claire Nédellec , Sophie Aubin , Clara Sauvion , Liliana Ibanescu , Sonia Bravo et al.

F1000Research, 2024, pp.1102. ⟨10.12688/f1000research.154860.1⟩

Article dans une revue hal-04717147v1
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TaeC: A manually annotated text dataset for trait and phenotype extraction and entity linking in wheat breeding literature

Claire Nédellec , Clara Sauvion , Robert Bossy , Mariya Borovikova , Louise Deléger

PLoS ONE, 2024, 19 (6), pp.e0305475. ⟨10.1371/journal.pone.0305475⟩

Article dans une revue hal-04614789v1
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Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence

S. Soubeyrand , Arnaud Estoup , Astrid Cruaud , Sylvie Malembic-Maher , Christine Meynard et al.

CABI Agriculture and Bioscience, 2024, 5, pp.72. ⟨10.1186/s43170-024-00273-8⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-04672656v1
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More than food: Why restoring the cycle of organic matter in sustainable plant production is essential for the One Health nexus

Cindy E. Morris , Andrea Radici , Christine N. Meynard , Nicolas Sauvion , Claire Nédellec et al.

CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2024, 19, pp.1. ⟨10.1079/cabireviews.2024.0008⟩

Article dans une revue hal-04524528v1
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MilkOligoThesaurus, a dataset of mammalian milk oligosaccharide synonyms

Mathilde Rumeau , François Fenaille , Agnès Girard , Valentin Loux , Mouhamadou Ba et al.

Data in Brief, 2024, 54, pp.110404. ⟨10.1016/j.dib.2024.110404⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04552648v1
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Do syntactic trees enhance Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models for chemical–drug relation extraction?

Anfu Tang , Louise Deleger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec

Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2022, 2022, pp.baac070. ⟨10.1093/database/baac070⟩

Article dans une revue hal-03799268v1
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One Health concepts and challenges for surveillance, forecasting and mitigation of plant disease beyond the traditional scope of crop production

Cindy E. Morris , Ghislain Geniaux , Claire Nédellec , Nicolas Sauvion , Samuel Soubeyrand

Plant Pathology, 2022, 71, pp.86-97. ⟨10.1111/ppa.13446⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03154445v1
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BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes

Robert Bossy , Arnaud Ferré , Équipe Bibliome , Claire Nédellec , Louise Deleger

Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9

Article dans une revue hal-03025321v1
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WTO, an ontology for wheat traits and phenotypes in scientific publications

Claire Nédellec , Liliana Ibanescu , Robert Bossy , Pierre Sourdille

Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e14⟩

Article dans une revue hal-02886745v1
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C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization

Arnaud Ferré , Louise Deléger , Robert Bossy , Pierre Zweigenbaum , Claire Nédellec

BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S23), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-020-03886-8⟩

Article dans une revue hal-03100410v1
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Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food

Estelle Chaix , Louise Deleger , Robert Bossy , Claire Nédellec

Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩

Article dans une revue hal-02628265v1
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Un outil au service de la standardisation des bases de données: les ontologies ATOL/EOL

Marie-Christine Meunier-Salaün , Jérôme Bugeon , Alice Fatet , Isabelle Hue , Catherine Hurtaud et al.

Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, 93, 7 p

Article dans une revue hal-02626650v1
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Analyser la production scientifique d'un département de recherche : construction d'une ressource termino-ontologique par des documentalistes

Pascale Avril , Emilie Bernard , Maryse Corvaisier , Agnès Girard , Wiktoria Golik et al.

Cahier des Techniques de l'INRA, 2016, 89, 12 p

Article dans une revue hal-01607558v1
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Triphase : co-construction d'une ressource termino-ontologique

Agnès Girard , Claire Nédellec

Arabesques, 2016, 83, pp.18-19

Article dans une revue hal-02630830v1

Formaliser la connaissance va permettre de mieux exploiter les très nombreuses données expérimentales

Claire Nédellec

Lettre de veille de Cap Digital, 2015, Intelligence Artificielle (30)

Article dans une revue hal-01511988v1
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Overview of the gene regulation network and the bacteria biotope tasks in BioNLP'13 shared task.

Robert Bossy , Wiktoria Golik , Zorana Ratkovic , Dialekti Valsamou , Philippe Bessieres et al.

BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 10), ⟨10.1186/1471-2105-16-S10-S1⟩

Article dans une revue hal-01222411v1
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Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL

Pierre-Yves Le Bail , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Wiktoria Golik et al.

INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01129862v1

Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain

Wiktoria Golik , Robert R. Bossy , Zorana Ratkovic , Claire Nédellec

Research in Computing Science, 2013, 70, pp.129-143

Article dans une revue hal-02643516v1
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BioNLP Shared Task - The Bacteria Track

Robert Bossy , Julien Jourde , Alain-Pierre Manine , Philippe Veber , Erick Alphonse et al.

BMC Bioinformatics, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2105-13-S11-S3⟩

Article dans une revue hal-01190775v1

Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents

Claire Nédellec , Wiktoria Golik , Sophie Aubin , Robert R. Bossy

Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6317, pp.514-523. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩

Article dans une revue hal-02661057v1

Activité de MIG en IA et bioinformatique

Claire Nédellec

Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2007, 63, pp.25-26

Article dans une revue hal-02653792v1

Automatic metadata production

Claire Nédellec

Newsletter Technic, 2006, 2, pp.2 P

Article dans une revue hal-02657660v1

Bibliographical information extraction in genomics

Claire Nédellec

IEEE Intelligent Systems, 2002, 17 (3), pp.76-80

Article dans une revue hal-02669274v1

Integration of Machine Learning and Knowledge Acquisition

Claire Nédellec

Knowledge Engineering Review, 1995, 10 (1), pp.77-81. ⟨10.1017/S026988890000730X⟩

Article dans une revue istex hal-04597814v1

Machine learning goes to the bank

Claire Nédellec , Joaquim Correia , Jose Luis Ferreira , Ernesto Costa

Applied Artificial Intelligence, 1994, 8 (4), pp.593-615. ⟨10.1080/08839519408945461⟩

Article dans une revue hal-04597833v1
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Consignes d'annotation du corpus EPOP (Epidemiomonitoring Of Plant)

Claire Nédellec , Catalina Garcia , Elisa Lubrini , Marie Grosdidier , Louise Deléger et al.

2024

Autre publication scientifique hal-04744335v1
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Guidelines for the annotation of the corpus Epidemiomonitoring Of Plant (EPOP)

Claire Nédellec , Garcia Catalina , Lubrini Elisa , Marie Grosdidier , Louise Deléger et al.

2024

Autre publication scientifique hal-04744299v2
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Ontology mapping for wheat trait information management

Claire Nédellec , Sophie Aubin , Liliana Ibanescu , Clara Sauvion , Sonia Bravo et al.

Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, 2023

Autre publication scientifique hal-04420465v1
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Bacteria biotope annotation guidelines

Robert Bossy , Claire Nédellec , Julien Jourde , Mouhamadou Ba , Estelle Chaix et al.

2019, 30 p

Autre publication scientifique hal-02787110v1

Overview of the Regulatory Network of Plant Seed Development (SeeDev) Task at the BioNLP Shared Task 2016.

Estelle Chaix , Bertrand Dubreucq , Abdelhak Fatihi , Dialekti Valsamou , Robert Bossy et al. Autre publication scientifique hal-04382866v1
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Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task

Estelle Chaix , Bertrand B. Dubreucq , Dialekti Valsamou , Abdelhak Fatihi , Louise Deleger et al.

2016, pp.47

Autre publication scientifique hal-02795594v1
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Guidelines for the annotation of information for marker assisted selection in wheat FSOV Sam Blé project

Claire Nédellec , Robert Bossy , Marion Ranoux , Pierre Sourdille , Dialekti Valsamou

2013

Autre publication scientifique hal-03620421v1

Final report on NLP analysis and normalization

Adeline Nazarenko , Sophie Aubin , Robert Bossy , Tomaz Erjavec , Thierry Hamon et al.

2007, pp.118

Autre publication scientifique hal-00711871v1
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Ontologies and Information Extraction

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko

2005

Autre publication scientifique hal-00098068v1

Deliverable D6.2: Requirements for integration of WP6 results into WP5 normalization and representation tasks and into WP9

Erick Alphonse , Philippe Bessières , Gaël Deral , Gaëtan Lehman , Alain-Pierre Manine et al.

2004

Autre publication scientifique hal-00101613v1

Deliverable D6.1: Requirement and training data for biological domain

Sophie Aubin , Philippe Bessières , Thierry Hamon , Gaëtan Lehman , Alain-Pierre Manine et al.

2004

Autre publication scientifique hal-00101592v1
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HoloOLIGO corpus, a manually annotated text dataset supporting schema-based relational information extraction for mammalian milk oligosaccharide diversity pattern comprehension

Mathilde Rumeau , Robert Bossy , Clara Sauvion , Valentin Loux , Mouhamadou Ba et al.

Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France

Poster de conférence hal-04666797v1
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Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens

Hélène Falentin , Olivier Harlé , Sandra Derozier , Louise Deléger , Estelle Chaix et al.

23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022

Poster de conférence hal-03694214v1
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Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses

Sandra Derozier , Louise Deleger , Estelle Chaix , Reda Mekdad , Mouhamadou Ba et al.

JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France

Poster de conférence hal-02904156v1
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Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 2019

Mohamadou Ba , Robert Bossy , Pauline Brunet , Louise Deleger , Hicham El Boukkouri et al.

2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019

Poster de conférence cea-04363093v1

Bioinformatics tools as a way to select microbial strains for fermented food products

Hélène Falentin , Stéphanie-Marie Deutsch , Valérie Gagnaire , Anne Thierry , Sandra Derozier et al.

15.Symposium on Bacterial Genetics and Ecology "Ecosystem drivers in a changing planet", May 2019, Lisbonne, Portugal. , 2019

Poster de conférence hal-02154623v1
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity

Sophie Aubin , Anne-Francoise Adam-Blondon , Michael Alaux , Mouhamadou Ba , Stéphan Bernard et al.

14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩

Poster de conférence lirmm-02351000v1

To better benefit from shared tasks in biomedical text mining

Mouhamadou Ba , Arnaud Ferré , Richard Eckart de Castilho , Robert Bossy , Louise Deleger et al.

Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019

Poster de conférence hal-02437622v1
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FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies

Estelle Chaix , Sandra Derozier , Louise Deleger , Hélène Falentin , Jean-Baptiste Bohuon et al.

JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018

Poster de conférence hal-01827946v1
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Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

Hélène Falentin , Estelle Chaix , Bedis Dridi , Philippe Bessieres , S Buchin et al.

4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017

Poster de conférence hal-01651302v1
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La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans OpenMinTeD

Mouhamadou Ba , Robert Bossy , Claire Nédellec

JDEV 2017, Jul 2017, Marsaille, France. , pp.1, 2017

Poster de conférence hal-02785705v1

OntoBiotope, technologies sémantiques pour l’étude des habitats microbiens

Claire Nédellec , Robert Bossy , Zorana Ratkovic , Dialekti Valsamou , Louise Deleger et al.

Méta-omiques des Ecosystèmes Microbiens, Sep 2015, Paris, France

Poster de conférence hal-02889012v1

ATOL: an ontology for livestock

Marie-Christine Meunier-Salaün , Jérôme Bugeon , Olivier Dameron , Alice Fatet , Isabelle Hue et al.

63. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2012, Bratislava, Slovakia. Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 18, 476 p., 2012, Annual Meeting of the European Association for Animal Production

Poster de conférence hal-01210638v1

Proceedings of The 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks

Jin-Dong Kim , Claire Nédellec , Robert Bossy , Louise Deléger

5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJNCLP 2019, Nov 2019, Hong-Kong, China. , 2019

Proceedings/Recueil des communications hal-03326517v1
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Workshop on data and text mining for integrative biology

Mélanie Hilario , Claire Nédellec

17. European conference on machine learning (ECML), Sep 2006, Berlin, Germany. , 98 p., 2006

Proceedings/Recueil des communications hal-02821479v1
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Proceedings of the learning language in logic ICML joint workshop and the challenge task, extracting relations from biomedical texts

James Cussens , Claire Nédellec

4. Learning language in logic workshop (LLL05), Jun 2005, York, United Kingdom. 75 p., 2005

Proceedings/Recueil des communications hal-02832103v1

Introduction au chapitre V, Web, réseaux sociaux et recherche d’information

Claire Nédellec

Les Big Data à découvert, CNRS Editions Alpha, pp.368, 2017, 978-2-271-11464-8

Chapitre d'ouvrage hal-01511389v1

Bioinformatique

François Coste , Claire Nédellec , Thomas Schiex , Jean-Philippe Vert

Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 374 p., 2014, 9782364930438

Chapitre d'ouvrage hal-00857379v1

Information extraction

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko , Robert R. Bossy

Handbook on ontologies, Springer Science - Business Media Deutschland GmbH, 2009, International Handbooks on Information Systems, 978-3-540-70999-2

Chapitre d'ouvrage hal-02813009v1

Information Extraction

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko , Robert Bossy

S. Staab, R. Studer. Handbook on Ontologies, Springer Verlag, pp.663-686, 2009, Springer Series on Handbooks in Information Systems

Chapitre d'ouvrage hal-00619265v1

Apprentissage automatique

Claire Nédellec

Encyclopédie de l'informatique et des systèmes d'information, Vuibert, 2006, 978-2-7117-4846-4

Chapitre d'ouvrage hal-02818968v1

Ontologies and information extraction: a necessary symbiosis

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko

Ontology learning from text: method, evaluation and applications, 123, IOS Press, 2005, Frontiers in Artificial Intelligence and Applications, 1-58603-523-1

Chapitre d'ouvrage hal-02832105v1

Ontology and Information Extraction: a necessary symbiosis

Claire Nédellec , Adeline Nazarenko

Paul Buitelaar, Philipp Cimiano, Bernardo Magnini. Ontology Design and Population, IOS Press, pp.155-170, 2005

Chapitre d'ouvrage hal-00097093v1

Fouille de données et analyse du transcriptome

Céline Robardet , Claire Nédellec , Jean-François Boulicaut

Jean-François Boulicaut, Olivier Gandrillon. Informatique pour l'analyse du transcriptome, Lavoisier, pp.101-141, 2004, Traité IC2, série Informatique et Systèmes d'Information, 978-2-212-12471-2

Chapitre d'ouvrage hal-01590031v1

Fouille de données pour l'analyse du transcriptome

Céline Robardet , Claire Nédellec , Jean-François Boulicaut

Informatique pour l'analyse du transcriptome, Lavoisier Editions, 2004, 978-2-212-12471-2

Chapitre d'ouvrage hal-02833752v1