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Claudine MEDIGUE

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A model industrial workhorse: $Bacillus\ subtilis$ strain 168 and its genome after a quarter of a century

Erhard Bremer , Alexandra Calteau , Antoine Danchin , Colin Harwood , John D Helmann
Microbial Biotechnology, 2023, 16 (6), pp.1203-1231. ⟨10.1111/1751-7915.14257⟩
Article dans une revue cea-04284953v1

EMERGEN-BioInfo The digital platform for the French SARS-CoV-2 genomic surveillance and research program

Thomas Denecker , Imane Messak , Anliat Mohamed , Chiara Antoinat , Arthur Le Bars
Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) , 2022, ⟨10.5281/ZENODO.6778707⟩
Article dans une revue hal-04495542v1
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ProMetIS, deep phenotyping of mouse models by combined proteomics and metabolomics analysis

Alyssa Imbert , Magali Rompais , Mohammed Selloum , Florence Castelli , Emmanuelle Mouton-Barbosa
Scientific Data , 2021, 8 (1), pp.311. ⟨10.1038/s41597-021-01095-3⟩
Article dans une revue pasteur-03453736v1
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TbD1 deletion as a driver of the evolutionary success of modern epidemic Mycobacterium tuberculosis lineages

Daria Bottai , Wafa Frigui , Fadel Sayes , Mariagrazia Di Luca , Dalila Spadoni
Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.684. ⟨10.1038/s41467-020-14508-5⟩
Article dans une revue pasteur-02473990v1
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PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph

Guillaume Gautreau , Adelme Bazin , Mathieu Gachet , Rémi Planel , Laura Burlot
PLoS Computational Biology, 2020, ⟨10.1371/journal.pcbi.1007732⟩
Article dans une revue hal-03089210v1
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Ancestral state reconstruction of metabolic pathways across pangenome ensembles

Fotis Psomopoulos , Jacques van Helden , Claudine Médigue , Anastasia Chasapi , Christos Ouzounis
Microbial Genomics, 2020, 6 (11), ⟨10.1099/mgen.0.000429⟩
Article dans une revue hal-03089213v1
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panRGP: a pangenome-based method to predict genomic islands and explore their diversity

Adelme Bazin , Guillaume Gautreau , Claudine Médigue , David Vallenet , Alexandra Calteau
Bioinformatics, 2020, 36 (Supplément 2), pp.i651 - i658. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa792⟩
Article dans une revue hal-03322363v1

The arginine deiminase operon is responsible for a fitness trade-off in extended-spectrum-beta-lactamase-producing strains of Escherichia coli

Typhaine Billard-Pomares , Olivier Clermont , Miguel Castellanos , Fatma Magdoud , Guilhem Royer
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2019, 63 (8), pp.e00635-19. ⟨10.1128/AAC.e00635-19⟩
Article dans une revue cea-04307623v1
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Specialization of small non-conjugative plasmids in Escherichia coli according to their family types

Catherine Branger , Alice Ledda , Typhaine Billard-Pomares , Benoît Doublet , Valérie Barbe
Microbial Genomics, 2019, 5 (9), 13p. ⟨10.1099/mgen.0.000281⟩
Article dans une revue hal-02403160v1
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MicroScope—an integrated resource for community expertise of gene functions and comparative analysis of microbial genomic and metabolic data

Claudine Médigue , Alexandra Calteau , Stéphane Cruveiller , Mathieu Gachet , Guillaume Gautreau
Briefings in Bioinformatics, 2019, 20 (4), pp.1071-1084. ⟨10.1093/bib/bbx113⟩
Article dans une revue hal-02626039v1
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MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis

David Vallenet , Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Paul Amours , Adelme Bazin
Nucleic Acids Research, 2019, 48 (D1), pp.D579-D589. ⟨10.1093/nar/gkz926⟩
Article dans une revue hal-02403170v1

The Arginine Deiminase Operon Is Responsible for a Fitness Trade-Off in Extended-Spectrum-␤-Lactamase-Producing Strains of Escherichia coli

Typhaine Billard-Pomares , Olivier P Clermont , Miguel Castellanos , Fatma Magdoud , Guilhem Royer
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2019, ⟨10.1128/AAC⟩
Article dans une revue hal-02413136v1

The Arginine Deiminase Operon Is Responsible for a Fitness Trade-Off in Extended-Spectrum-β-Lactamase-Producing Strains of Escherichia coli

Typhaine Billard-Pomares , Olivier Clermont , Miguel Castellanos , Fatma Magdoud , Guilhem Royer
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2019, 63 (8), pp.1521-1530. ⟨10.1128/AAC.00635-19⟩
Article dans une revue hal-04283183v1
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Bacillus subtilis, the model Gram-positive bacterium: 20years of annotation refinement

Rainer Borriss , Antoine Danchin , Colin R. Harwood , Claudine Médigue , Eduardo P. C. Rocha
Microbial Biotechnology, 2018, 11 (1), pp.3-17. ⟨10.1111/1751-7915.13043⟩
Article dans une revue cea-02291345v1
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Expansion of the SOS regulon of Vibrio cholerae through extensive transcriptome analysis and experimental validation

Evelyne Krin , Sebastian Aguilar Pierlé , Odile Sismeiro , Bernd Jagla , Marie-Agnès Dillies
BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.373. ⟨10.1186/s12864-018-4716-8⟩
Article dans une revue pasteur-02562431v1
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Vibrio tapetis Displays an Original Type IV Secretion System in Strains Pathogenic for Bivalve Molluscs

Graciela M. Dias , Adeline Bidault , Patrick Le Chevalier , Gwenaëlle Choquet , Clio Der Sarkissian
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.227. ⟨10.3389/fmicb.2018.00227⟩
Article dans une revue hal-02177600v1

The Odyssey of the Ancestral Escherich Strain through Culture Collections: an Example of Allopatric Diversification

M. Desroches , G. Royer , D. Roche , M. Mercier-Darty , D. Vallenet
MSphere, 2018, 3 (1), ⟨10.1128/mSphere.00553-17⟩
Article dans une revue hal-04283164v1
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GROOLS: reactive graph reasoning for genome annotation through biological processes

Jonathan Mercier , Adrien Josso , Claudine Medigue , David Vallenet
BMC Bioinformatics, 2018, 19, pp.132. ⟨10.1186/s12859-018-2126-1⟩
Article dans une revue cea-04313474v1

Parallel evolution of non-homologous isofunctional enzymes in methionine biosynthesis

Karine Bastard , Alain Perret , Aline Mariage , Thomas Bessonnet , Agnès Pinet-Turpault
Nature Chemical Biology, 2017, 13, pp.858-866. ⟨10.1038/nchembio.2397⟩
Article dans une revue cea-02132779v1

Genome Sequence of the Dichloromethane-Degrading Bacterium Hyphomicrobium sp. Strain GJ21

Françoise Bringel , Christiaan Postema , Sophie Mangenot , Sabrina Bibi-Triki , Pauline Chaignaud
Genome Announcements, 2017, 5 (30), ⟨10.1128/genomeA.00622-17⟩
Article dans une revue hal-02328278v1
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Carrageenan catabolism is encoded by a complex regulon in marine heterotrophic bacteria

Elizabeth Ficko-Blean , Aurelie Prechoux , François Thomas , Tatiana Rochat , Robert Larocque
Nature Communications, 2017, 8, pp.1685. ⟨10.1038/s41467-017-01832-6⟩
Article dans une revue hal-01899178v1
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MicroScope in 2017: an expanding and evolving integrated resource for community expertise of microbial genomes

David Vallenet , Alexandra Calteau , Stéphane Cruveiller , Mathieu Gachet , Aurélie Lajus
Nucleic Acids Research, 2017, 45 (D1), pp.D517-D528. ⟨10.1093/nar/gkw1101⟩
Article dans une revue cea-04320303v1

Genomic and physiological analysis reveals versatile metabolic capacity of deep-sea Photobacterium phosphoreum ANT-2200.

Sheng-Da Zhang , Claire-Lise Santini , Wei-Jia Zhang , Valérie Barbe , Sophie Mangenot
Extremophiles life under extreme conditions, 2016, 20 (3), pp.301-10. ⟨10.1007/s00792-016-0822-1⟩
Article dans une revue hal-01410136v1
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Draft Genome Sequence of Carnobacterium divergens V41, a Bacteriocin-Producing Strain

Benoit Remenant , Frederic Borges , Catherine Cailliez-Grimal , Anne-Marie Revol-Junelles , Laurent Marché
Genome Announcements, 2016, 4 (5), pp.e01109-16. ⟨10.1128/genomeA.01109-16⟩
Article dans une revue hal-02498294v1

Tempo and mode of genome evolution in a 50,000-generation experiment

Olivier Tenaillon , Jeffrey E. Barrick , Noah Ribeck , Daniel E. Deatherage , Jeffrey L. Blanchard
Nature, 2016, 536 (7615), pp.165 - 170. ⟨10.1038/nature18959⟩
Article dans une revue hal-01653393v1
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Comparative genomics between two Xenorhabdus bovienii strains highlights differential evolutionary scenarios within an entomopathogenic bacterial species

Gaelle Bisch , Jean-Claude Ogier , Claudine Médigue , Zoé Rouy , Stéphanie Vincent
Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (1), pp.148-160. ⟨10.1093/gbe/evv248⟩
Article dans une revue hal-01837293v1

The chimeric nature of the genomes of marine magnetotactic coccoid-ovoid bacteria defines a novel group of Proteobacteria.

Boyang Ji , Sheng-Da Zhang , Wei-Jia Zhang , Zoe Rouy , François Alberto
Environmental Microbiology, 2016, pp.doi: 10.1111/1462-2920.13637. ⟨10.1111/1462-2920.13637⟩
Article dans une revue hal-01410134v1

Complete Genome Sequence of Bacillus methylotrophicus Strain B25, a Potential Plant Growth-Promoting Rhizobacterium

Jonathan Gerbore , Aline Brutel , Arnaud Lemainque , Barbara Mairey , Claudine Medigue
Genome Announcements, 2016, 4 (2), ⟨10.1128/genomeA.00058-16⟩
Article dans une revue cea-04541792v1

RNase J depletion leads to massive changes in mRNA abundance in Helicobacter pylori

Yulia Redko , Eloïse Galtier , Hélène Arnion , Fabien Darfeuille , Odile Sismeiro
RNA Biology, 2016, 13 (2), pp.243-253. ⟨10.1080/15476286.2015.1132141⟩
Article dans une revue cea-04541794v1

Contrasting effects of historical contingency on phenotypic and genomic trajectories during a two-step evolution experiment with bacteria

Jessica Plucain , Antonia Suau , Stéphane Cruveiller , Claudine Médigue , Dominique Schneider
BMC Evolutionary Biology, 2016, 16 (1), ⟨10.1186/s12862-016-0662-8⟩
Article dans une revue hal-01653387v1

The revisited genome of Pseudomonas putida KT2440 enlightens its value as a robust metabolic chassis

Eugeni Belda , Ruben G. A. Van Heck , Maria José Lopez-Sanchez , Stéphane Cruveiller , Valérie Barbe
Environmental Microbiology, 2016, 18 (10), pp.3403-3424. ⟨10.1111/1462-2920.13230⟩
Article dans une revue cea-04541789v1
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Candidatus Frankia Datiscae Dg1, the Actinobacterial Microsymbiont of Datisca glomerata, Expresses the Canonical nod Genes nodABC in Symbiosis with Its Host Plant

T. Persson , K. Battenberg , I. V. Demina , T. Vigil-Stenman , B. Vanden Heuvel
PLoS ONE, 2015, 10 (5), pp.e0127630. ⟨10.1371/journal.pone.0127630⟩
Article dans une revue hal-02487299v1

16S rRNA and As-Related Functional Diversity: Contrasting Fingerprints in Arsenic-Rich Sediments from an Acid Mine Drainage

Anne Fahy , L. Giloteaux , Philippe N. Bertin , D. Le Paslier , C. Médigue
Microbial ecology, 2015, 70 (1), pp.154-167. ⟨10.1007/s00248-014-0558-3⟩
Article dans une revue hal-01631845v1

Epistasis and Allele Specificity in the Emergence of a Stable Polymorphism in Escherichia coli.

Jessica Plucain , Thomas Hindré , Mickaël Le Gac , Olivier Tenaillon , Stéphane Cruveiller
Science, 2014, epub ahead of print. ⟨10.1126/science.1248688⟩
Article dans une revue hal-00961496v1

Revealing the hidden functional diversity of an enzyme family

Karine Bastard , Adam Alexander Thil Smith , Carine Vergne-Vaxelaire , Alain Perret , Anne Zaparucha
Nature Chemical Biology, 2014, 10 (1), pp.42-49. ⟨10.1038/nchembio.1387⟩
Article dans une revue hal-02504067v1

Large Chromosomal Rearrangements during a Long-Term Evolution Experiment with Escherichia coli

C. Raeside , J. Gaffé , D. Deatherage , O. Tenaillon , A. Briska
mBio, 2014, 5 (5)
Article dans une revue hal-01980589v1
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Comparative analyses of Legionella species identifies genetic features of strains causing Legionnaires' disease

Laura Gomez-Valero , Christophe Rusniok , Monica Rolando , Mario Neou , Delphine Dervins-Ravault
Genome Biology, 2014, 15 (11), pp.505. ⟨10.1186/s13059-014-0505-0⟩
Article dans une revue hal-01329875v1
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Attenuated virulence and genomic reductive evolution in the entomopathogenic bacterial symbiont species, Xenorhabdus poinarii

Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Gaelle Bisch , Helene Chiapello , Claudine Médigue
Genome Biology and Evolution, 2014, 6, pp.1495-1513. ⟨10.1093/gbe/evu119⟩
Article dans une revue hal-01837258v1
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Profiling the orphan enzymes

Maria Sorokina , Mark Stam , Claudine Médigue , Olivier Lespinet , David Vallenet
Biology Direct, 2014, 9 (1), pp.10. ⟨10.1186/1745-6150-9-10⟩
Article dans une revue hal-04011158v1

Characterization of a P1-like bacteriophage encoding an SHV-2 extended-spectrum β-lactamase from an Escherichia coli strain.

T. Billard-Pomares, , S. Fouteau , M.E. Jacquet , D. Roche, , V. Barbe,
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2014, 58 (11), pp.6550-7
Article dans une revue hal-01117145v1

Comparative genomic analysis provides insights into the evolution and niche adaptation of marine Magnetospira sp. QH-2 strain

Boyang Ji , Sheng-Da Zhang , Pascal Arnoux , Zoe Rouy , François Alberto
Environmental Microbiology, 2014, 16 (2), pp.525-544. ⟨10.1111/1462-2920.12180⟩
Article dans une revue hal-02463127v1

Experimental evolution of nodule intracellular infection in legume symbionts

Suhua Guan , Carine Gris , Stéphane Cruveiller , Cecile Pouzet , Lena Tasse
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2013, 7 (7), pp.1367 - 1377. ⟨10.1038/ismej.2013.24⟩
Article dans une revue hal-02646600v1
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Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis

Philip Supply , Michael Marceau , Sophie Mangenot , David Roche , Carine Rouanet
Nature Genetics, 2013, 45 (2), pp.172-179. ⟨10.1038/ng.2517⟩
Article dans une revue pasteur-02615220v1

Evolutionary history and genetic parallelism affect correlated responses to evolution.

Mickael Le Gac , Tim F Cooper , Stéphane Cruveiller , Claudine Médigue , Dominique Schneider
Molecular Ecology, 2013, 22 (12), pp.3292-3303
Article dans une revue hal-00961479v1
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A Tribute to Disorder in the Genome of the Bloom- Forming Freshwater Cyanobacterium Microcystis aeruginosa

Jean-François Humbert , Valérie Barbe , Amel Latifi , Muriel Gugger , Alexandra Calteau
PLoS ONE, 2013, 8 (8), pp.e70747. ⟨10.1371/journal.pone.0070747⟩
Article dans une revue bioemco-00851371v1

Mutation rate dynamics in a bacterial population reflect tension between adaptation and genetic load.

Sébastien Wielgoss , Jeffrey E Barrick , Olivier Tenaillon , Michael J Wiser , W James Dittmar
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (1), pp.222-7. ⟨10.1073/pnas.1219574110⟩
Article dans une revue hal-00800700v1

Genome sequence of the obligate gammaproteobacterial methanotroph Methylomicrobium album strain BG8.

K Dimitri Kits , Marina G Kalyuzhnaya , Martin G Klotz , Mike S M Jetten , Huub J M Op den Camp
Genome Announc, 2013, 1 (2), pp.e0017013. ⟨10.1128/genomeA.00170-13⟩
Article dans une revue hal-00880898v1
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Comparative genomics of pathogenic lineages of Vibrio nigripulchritudo identifies virulence-associated traits

David Goudenège , Yannick Labreuche , Evelyne Krin , Dominique Ansquer , Sophie Mangenot
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2013, Integrated genomics and post-genomics approaches in microbial ecology, 7 (10), pp.1985-1996. ⟨10.1038/ismej.2013.90⟩
Article dans une revue pasteur-01699814v1
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Life in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.

Jérémy Andres , Florence Arsène-Ploetze , Valérie Barbe , Céline Brochier-Armanet , Jessica Cleiss-Arnold
Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (5), pp.934-53. ⟨10.1093/gbe/evt061⟩
Article dans une revue hal-00972245v1
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Genome Sequence of the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfotomaculum hydrothermale Lam5(T).

Oulfat Amin , Marie-Laure Fardeau , Odile Valette , Agnès Hirschler-Réa , Valérie Barbe
Genome Announcements , 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00114-12⟩
Article dans une revue hal-00807485v1

Complete genome sequences of six strains of the genus Methylobacterium.

Christopher J Marx , Françoise Bringel , Ludmila Chistoserdova , Lionel Moulin , Muhammad Farhan Ul Haque
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (17), pp.4746-8. ⟨10.1128/JB.01009-12⟩
Article dans une revue hal-00749347v1

Genome Sequence of Blastococcus saxobsidens DD2, a Stone-Inhabiting Bacterium

B. Chouaia , E. Crotti , L. Brusetti , D. Daffonchio , I. Essoussi
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (10), pp.2752-2753. ⟨10.1128/JB.00320-12⟩
Article dans une revue hal-02532799v1

Genome Sequence of Radiation-Resistant Modestobacter marinus Strain BC501, a Representative Actinobacterium That Thrives on Calcareous Stone Surfaces

Philippe Normand , Jérome Gury , Petar Pujic , B. Chouaia , E. Crotti
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (17), pp.4773-4774. ⟨10.1128/JB.01029-12⟩
Article dans une revue hal-02531835v1

The CanOE strategy: integrating genomic and metabolic contexts across multiple prokaryote genomes to find candidate genes for orphan enzymes.

Adam Alexander Thil Smith , Eugeni Belda , Alain Viari , Claudine Médigue , David Vallenet
PLoS Computational Biology, 2012, 8 (5), ⟨10.1371/journal.pcbi.1002540⟩
Article dans une revue hal-00763496v1
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Comparative Genomics of Aeschynomene Symbionts: Insights into the Ecological Lifestyle of Nod-Independent Photosynthetic Bradyrhizobia

Damien Mornico , Lucie Miche , Gilles Bena , Nico Nouwen , Andre Vermeglio
Genes, 2012, 3 (1), pp.35-61. ⟨10.3390/genes3010035⟩
Article dans une revue hal-01791870v1

Sequencing of K60, Type Strain of the Major Plant Pathogen Ralstonia solanacearum

Benoit Remenant , Lavanya Babujee , Aurélie Lajus , Claudine Medigue , Philippe Prior
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (10), pp.2742-2743. ⟨10.1128/JB.00249-12⟩
Article dans une revue hal-02645685v1

Genome sequence of the haloalkaliphilic methanotrophic bacterium Methylomicrobium alcaliphilum 20Z.

Stéphane Vuilleumier , Valentina N Khmelenina , Françoise Bringel , Alexandr S Reshetnikov , Aurélie Lajus
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (2), pp.551-2. ⟨10.1128/JB.06392-11⟩
Article dans une revue hal-00749350v1

Core and Panmetabolism in Escherichia coli

Gilles Vieira , Victor Sabarly , Pierre-Yves Bourguignon , Maxime Durot , Francois Le Fevre
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (6), pp.1461 - 1472. ⟨10.1128/JB.01192-10⟩
Article dans une revue hal-02646830v1
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Extensive recombination events and horizontal gene transfer shaped the Legionella pneumophila genomes

Laura Gomez-Valero , Christophe Rusniok , Sophie Jarraud , Benoit Vacherie , Zoé Rouy
BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp.536. ⟨10.1186/1471-2164-12-536⟩
Article dans une revue pasteur-00642457v1

Complete genome sequence of the chloromethane-degrading Hyphomicrobium sp. strain MC1.

Stéphane Vuilleumier , Thierry Nadalig , Muhammad Farhan Ul Haque , Ghislaine Magdelenat , Aurélie Lajus
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (18), pp.5035-6. ⟨10.1128/JB.05627-11⟩
Article dans une revue hal-00644071v1

Genome sequence of Methyloversatilis universalis FAM5T, a methylotrophic representative of the order Rhodocyclales.

Weerayuth Kittichotirat , Nathan M Good , Rob Hall , Françoise Bringel , Aurélie Lajus
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (17), pp.4541-2. ⟨10.1128/JB.05331-11⟩
Article dans une revue hal-00644081v1

Genome sequence of the methanotrophic alphaproteobacterium Methylocystis sp. strain Rockwell (ATCC 49242).

Lisa y Stein , Françoise Bringel , Alan A Dispirito , Sukkyun Han , Mike S M Jetten
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (10), pp.2668-9. ⟨10.1128/JB.00278-11⟩
Article dans une revue hal-00644085v1
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Metabolic diversity among main microorganisms inside an arsenic-rich ecosystem revealed by meta-and proteo-genomics

P.N. Bertin , A. Heinrich-Salmeron , E. Pelletier , F. Goulhen-Chollet , F. Arsène-Ploetze
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2011, 5 (11), pp.1735-1747. ⟨10.1038/ismej.2011.51⟩
Article dans une revue hal-01631857v1
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Reannotation of the genome sequence of Clostridium difficile strain 630.

Marc Monot , Caroline Boursaux-Eude , Marie Thibonnier , David Vallenet , Ivan Moszer
Journal of Medical Microbiology, 2011, 60 (8), pp.1193-9. ⟨10.1099/jmm.0.030452-0⟩
Article dans une revue pasteur-01370838v1

Mutation Rate Inferred From Synonymous Substitutions in a Long-Term Evolution Experiment With Escherichia coli.

Sébastien Wielgoss , Jeffrey E Barrick , Olivier Tenaillon , Stéphane Cruveiller , Béatrice Chane-Woon-Ming
G3, 2011, 1 (3), pp.183-186. ⟨10.1534/g3.111.000406⟩
Article dans une revue hal-00800695v1
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The entomopathogenic bacterial endosymbionts xenorhabdus and photorhabdus: convergent lifestyles from divergent genomes

John M. Chaston , Garret Suen , Sarah L. Tucker , Aaron W. Andersen , Archna Bhasin
PLoS ONE, 2011, 6 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0027909⟩
Article dans une revue hal-02647677v1

Genome sequence of the arctic methanotroph Methylobacter tundripaludum SV96.

Mette M Svenning , Anne Grethe Hestnes , Ingvild Wartiainen , Lisa y Stein , Martin G Klotz
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (22), pp.6418-9. ⟨10.1128/JB.05380-11⟩
Article dans une revue hal-00644077v1
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Small variable segments constitute a major type of diversity of bacterial genomes at the species level.

Fabrice Touzain , Erick Denamur , Claudine Médigue , Valérie Barbe , Meriem El Karoui
Genome Biology, 2010, 11 (4), pp.R45. ⟨10.1186/gb-2010-11-4-r45⟩
Article dans une revue inserm-00622573v1
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From array-based hybridization of Helicobacter pylori isolates to the complete genome sequence of an isolate associated with MALT lymphoma.

Jean-Michel Thiberge , Caroline Boursaux-Eude , Philippe Lehours , Marie-Agnès Dillies , Sophie Creno
BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.368. ⟨10.1186/1471-2164-11-368⟩
Article dans une revue pasteur-00668206v1
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Complete genome sequence of Crohn's disease-associated adherent-invasive E. coli strain LF82.

Sylvie Miquel , Eric Peyretaillade , Laurent Claret , Amélie de Vallée , Carole Dossat
PLoS ONE, 2010, 5 (9), epub ahead of print. ⟨10.1371/journal.pone.0012714⟩
Article dans une revue hal-00529639v1
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Experimental Evolution of a Plant Pathogen into a Legume Symbiont

Marta Marchetti , Delphine Capela , Michelle Glew , Stéphane Cruveiller , Béatrice Chane-Woon-Ming
PLoS Biology, 2010, 8 (1), pp.e1000280. ⟨10.1371/journal.pbio.1000280⟩
Article dans une revue hal-02665813v1
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Genomes of three tomato pathogens within the Ralstonia solanacearum species complex reveal significant evolutionary divergence

Benoît Remenant , Bénédicte Coupat-Goutaland , Alice Guidot , Gilles Cellier , Emmanuel Wicker
BMC Genomics, 2010, 11, ⟨10.1186/1471-2164-11-379⟩
Article dans une revue hal-02936853v1

The Frankia alni Symbiotic Transcriptome

Nicole Alloisio , Clothilde Queiroux , Pascale Fournier , Petar Pujic , Philippe Normand
Molecular Plant-Microbe Interactions, 2010, 23 (5), pp.593-607. ⟨10.1094/MPMI⟩
Article dans une revue hal-00599356v1

Genome Sequence of the Obligate Methanotroph Methylosinus trichosporium Strain OB3b.

Lisa y Stein , Sukhwan Yoon , Jeremy D Semrau , Alan A Dispirito , Andrew Crombie
Journal of Bacteriology, 2010, 192 (24), pp.6497-8. ⟨10.1128/JB.01144-10⟩
Article dans une revue hal-00542790v1
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Delineation and Analysis of Chromosomal Regions Specifying Yersinia pestis

Anne Derbise , Viviane Chenal-Francisque , Christèle Huon , Corinne Fayolle , Christian Demeure
Infection and Immunity, 2010, 78 (9), pp.3930-3941. ⟨10.1128/IAI.00281-10⟩
Article dans une revue pasteur-03260318v1
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Units of plasticity in bacterial genomes: new insight from the comparative genomics of two bacteria interacting with invertebrates, Photorhabdus and Xenorhabdus

Jean-Claude Ogier , Alexandra Calteau , Steve Forst , Heidi Goodrich-Blair , David Roche
BMC Genomics, 2010, 11, ⟨10.1186/1471-2164-11-568⟩
Article dans une revue hal-02660280v1
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Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.

Florence Arsène-Ploetze , Sandrine Koechler , Marie Marchal , Jean-Yves Coppée , Michael Chandler
PLoS Genetics, 2010, 6 (2), pp.e1000859. ⟨10.1371/journal.pgen.1000859⟩
Article dans une revue hal-00463879v1
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Methylobacterium Genome Sequences: A Reference Blueprint to Investigate Microbial Metabolism of C1 Compounds from Natural and Industrial Sources

Stéphane Vuilleumier , Ludmila Chistoserdova , Ming-Chun Lee , Françoise Bringel , Aurélie Lajus
PLoS ONE, 2009, 4 (5), pp.e5584. ⟨10.1371/journal.pone.0005584⟩
Article dans une revue hal-00390607v1

Enhanced structural and functional genome elucidation of the arsenite-oxidizing strain Herminiimonas arsenicoxydans by proteomics data.

Stéphanie Weiss , Christine Carapito , Jessica Cleiss , Sandrine Koechler , Evelyne Turlin
Biochimie, 2009, 91 (2), pp.192-203. ⟨10.1016/j.biochi.2008.07.013⟩
Article dans une revue hal-00370778v1

Complete genome of the cellulolytic thermophile Acidothermus cellulolyticus 11B provides insights into its ecophysiological and evolutionary adaptations

Ravi D. Barabote , Gary Xie , David H. Leu , Philippe Normand , Anamaria Necsulea
Genome Research, 2009, 19, pp.1033-1043. ⟨10.1101/gr.084848.108⟩
Article dans une revue halsde-00526039v1
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NeMeSys: a biological resource for narrowing the gap between sequence and function in the human pathogen Neisseria meningitidis

Christophe Rusniok , D. Vallenet , S. Floquet , H. Ewles , C. Mouzé-Soulama
Genome Biology, 2009, 10 (10), pp.R110. ⟨10.1186/gb-2009-10-10-r110⟩
Article dans une revue pasteur-00663857v1

A Module Located at a Chromosomal Integration Hot Spot Is Responsible for the Multidrug Resistance of a Reference Strain from Escherichia coli Clonal Group A

Mathilde Lescat , Alexandra Calteau , Claire Hoede , Valérie Barbe , Marie Touchon
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2009, 53 (6), pp.2283-2288. ⟨10.1128/AAC.00123-09⟩
Article dans une revue hal-03612468v1
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Organised genome dynamics in the Escherichia coli species results in highly diverse adaptive paths.

Marie Touchon , Claire Hoede , Olivier Tenaillon , Valérie Barbe , Simon Baeriswyl
PLoS Genetics, 2009, 5 (1), pp.e1000344. ⟨10.1371/journal.pgen.1000344⟩
Article dans une revue hal-00390293v1

Advances in environmental genomics: towards an integrated view of micro-organisms and ecosystems

Philippe N. Bertin , Claudine Médigue , Philippe Normand
Microbiology, 2008, 154, pp.347-359. ⟨10.1099/011791-0⟩
Article dans une revue halsde-00254466v1

A complete collection of single‐gene deletion mutants of Acinetobacter baylyi ADP1

Véronique de Berardinis , David Vallenet , Vanina Castelli , Marielle Besnard , Agnès Pinet
Molecular Systems Biology, 2008, 4 (1), pp.174. ⟨10.1038/msb.2008.10⟩
Article dans une revue hal-02503013v1

Genome sequence of the -rhizobium Cupriavidus taiwanensis and comparative genomics of rhizobia

Claire Amadou , Géraldine Pascal , Sophie Mangenot , Michelle Glew , Cyril Bontemps
Genome Research, 2008, 18 (9), pp.1472 - 1483. ⟨10.1101/gr.076448.108⟩
Article dans une revue hal-01655676v1

Advances in environmental genomics: towards an integrated view of micro-organisms and ecosystems.

Philippe N Bertin , Claudine Médigue , Philippe Normand
Microbiology, 2008, 154 (Pt 2), pp.347-59. ⟨10.1099/mic.0.2007/011791-0⟩
Article dans une revue hal-00370781v1
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Growth of Yersinia pseudotuberculosis in human plasma: impacts on virulence and metabolic gene expression

Marie-Laure Rosso , Sylvie Chauvaux , Rodrigue Dessein , Caroline Laurans , Lionel Frangeul
BMC Microbiology, 2008, 8, pp.211. ⟨10.1186/1471-2180-8-211⟩
Article dans une revue inserm-02064904v1
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Genome Sequence of the Saprophyte Leptospira biflexa Provides Insights into the Evolution of Leptospira and the Pathogenesis of Leptospirosis

Mathieu Picardeau , Dieter M. Bulach , Christiane Bouchier , Richard L. Zuerner , Nora Zidane
PLoS ONE, 2008, 3 (2), pp.e1607. ⟨10.1371/journal.pone.0001607⟩
Article dans une revue hal-03020737v1

Frankia alni proteome under nitrogen-fixing and nitrogen-replete conditions

Nicole Alloisio , Servane Felix , Joelle Marechal , Pierre Pujic , Zoé Rouy
Physiologia Plantarum, 2007, 130 (3), pp.440-453. ⟨10.1111/j.1399-3054.2007.00859.x⟩
Article dans une revue halsde-00156090v1

Exploring the genomes of Frankia

Philippe Normand , Clothilde Queiroux , Louis S. Tisa , David R. Benson , Zoé Rouy
Physiologia Plantarum, 2007, 130 (3), pp.331-343. ⟨10.1111/j.1399-3054.2007.00918.x⟩
Article dans une revue halsde-00156095v1

Identification of the Last Unknown Genes in the Fermentation Pathway of Lysine

Annett Kreimeyer , Alain Perret , Christophe Lechaplais , David Vallenet , Claudine Médigue
Journal of Biological Chemistry, 2007, 282 (10), pp.7191-7197. ⟨10.1074/jbc.M609829200⟩
Article dans une revue hal-02502995v1

Legumes Symbioses: Absence of Nod Genes in Photosynthetic Bradyrhizobia

Eric Giraud , Lionel Moulin , David Vallenet , Valérie Barbe , Eddie Cytryn
Science, 2007, 316, pp.1307 - 1312. ⟨10.1126/science.1139548⟩
Article dans une revue halsde-00151340v1
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A tale of two oxidation states: bacterial colonization of arsenic-rich environments.

Daniel Muller , Claudine Médigue , Sandrine Koechler , Valérie Barbe , ​mohamed Barakat
PLoS Genetics, 2007, 3 (4), pp.e53. ⟨10.1371/journal.pgen.0030053⟩
Article dans une revue hal-00340034v1

Transcriptome analysis of Yersinia pestis in human plasma: an approach for discovering bacterial genes involved in septicaemic plague

Sylvie Chauvaux , Marie-Laure Rosso , L. Frangeul , Céline Lacroix , Laurent Labarre
Microbiology, 2007, 153 (9), pp.3112-3124. ⟨10.1099/mic.0.2007/006213-0⟩
Article dans une revue pasteur-03252353v1

Genome characteristics of facultatively symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography

Philippe Normand , Pascal Lapierre , Louis S. Tisa , Johann Peter Gogarten , Nicole Alloisio
Genome Research, 2007, 17, pp.7-15. ⟨10.1101/gr.5798407⟩
Article dans une revue halsde-00140365v1

Complete genome sequence of the entomopathogenic and metabolically versatile soil bacterium Pseudomonas entomophila.

Nicolas Vodovar , David Vallenet , Stéphane Cruveiller , Zoé Rouy , Valérie Barbe
Nat Biotechnol, 2006, 24 (6), pp.673-9. ⟨10.1038/nbt1212⟩
Article dans une revue hal-00133119v1

Persistent biases in the amino acid composition of prokaryotic proteins

Géraldine Pascal , Claudine Médigue , Antoine Danchin
BioEssays, 2006, 28 (7), pp.726-738. ⟨10.1002/BIES.20431⟩
Article dans une revue hal-02985564v1

Universal biases in protein composition of model prokaryotes

Géraldine Pascal , Claudine Médigue , Antoine Danchin
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2005, 60 (1), pp.27-35. ⟨10.1002/PROT.20475⟩
Article dans une revue hal-02985536v1

Exploring the Penicillium marneffei genome

Kwok-Yung Yuen , Géraldine Pascal , Samson Wong , Philippe Glaser , Patrick Woo
Archives of Microbiology, 2003, 179 (5), pp.339-353. ⟨10.1007/S00203-003-0533-8⟩
Article dans une revue hal-02985518v1

Integration of data and methods for genome analysis.

Patrick Durand , Claudine Médigue , Anne Morgat , Yves Vandenbrouck , Alain Viari
Current Opinion in Drug Discovery and Development, 2003, 6 (3), pp.346-52
Article dans une revue hal-02072584v1
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The genome sequence of the entomopathogenic bacterium Photorhabdus luminescens

Éric Duchaud , Christophe Rusniok , Lionel Frangeul , Carmen Buchrieser , Alain Givaudan
Nature Biotechnology, 2003, 21 (11), pp.1307-1313. ⟨10.1038/nbt886⟩
Article dans une revue hal-02681540v1

ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Toisy
18ème congrès national de la SFM: MICROBES 2023, Société Français de Microbiologie, Oct 2023, Le couvant des Jacobins, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-04369101v1

ABRomics : une plateforme intégrée multiomique pour la recherche sur la résistance aux antibiotiques et la santé publique

Claudine Médigue
43ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie anti-infectieuse (RICAI 2023), Centres Hospitaliers nationaux, Dec 2023, Palais des Congrès, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04369206v1

Current challenges in the analysis of microbiome data – roles of national bioinformatics infrastructures

Claudine Médigue
MICROBIOTA IN HEALTH AND DISEASE - The meeting of microbiota experts, CNRS orléans, Nov 2023, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-04369022v1

The MicroScope platform: 20 years of expertise in microbial genomics

Claudine Médigue , Alexandra Calteau , David Vallenet
The 20th MicroScope anniversary, Alexandra Calteau; David Vallenet, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France
Communication dans un congrès hal-04370626v1

ABRomics: a numerical platform to store, integrate, analyse and share multiomics data about antimicrobial resistance

Claudine Médigue
Scientific Symposium “RESEARCH AND INNOVATION TO REDUCE THE BURDEN OF ANTIBIOTIC RESISTANCE: STRENGHTEN THE EUROPEAN ACTION”, Inserm, Jun 2022, PariSanté Campus, Paris 75015, France
Communication dans un congrès hal-04369018v1

ABRomics, une plate-forme numérique multi-omique pour la recherche et la surveillance en antibiorésistance

Claudine Médigue
Webinar microbiotes et antibiorésistance, Pôle de compétitivité Atlanpole Biothérapies & Inserm, Oct 2021, Webinar, France
Communication dans un congrès hal-04369004v1

ABRomics-PF: a numerical platform on antimicrobial resistance to store, integrate, analyse and share multi-omics data.

Claudine Médigue
Colloque scientifique Antibiorésistance Recherche et Innovation, Inserm, Nov 2021, Espace Condorcet, Aubervilliers, France
Communication dans un congrès hal-04369011v1

ABRomics: une plate-forme antibiorésistance multiomique pour la recherche et la surveillance

Claudine Médigue , Philippe Glaser
Antibiorésistance : mécanismes et innovation thérapeutique, Aviesan, alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé, Jul 2021, Webconférence, France
Communication dans un congrès hal-04368999v1

panRGP: a pangenome-based method to predict genomic islands and explore their diversity

Adelme Bazin , Guillaume Gautreau , Claudine Médigue , David Vallenet , Alexandra Calteau
JOBIM 2021 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris (virtual), France
Communication dans un congrès hal-04360257v1

panRGP: a pangenome-based method to predict genomic islands and explore their diversity

Adelme Bazin , Guillaume Gautreau , Claudine Médigue , David Vallenet , Alexandra Calteau
the 19th European Conference on Computational Biology, ECCB 2020, Aug 2020, Barcelona (Virtual), Spain
Communication dans un congrès hal-04360043v1

Cartographie des infrastructures en bioinformatique au niveau national et international

Claudine Médigue
L’ÉCOSYSTÈME FRANÇAIS DES PLATEFORMES DE BIOINFORMATIQUE FACE AUX DÉFIS DE L’ANALYSE DES DONNÉES DE BIOLOGIE ET DE SANTÉ, Inserm & IFB, Jan 2019, Paris Aviesan & 12 villes (visioconférence), France
Communication dans un congrès hal-04367648v1

Comparative microbial pangenomics to explore mobilome dynamics

Adelme Bazin , Guillaume Gautreau , Claudine Médigue , Alexandra Calteau , David Vallenet
The 8th Congress of European Microbiologists, FEMS 2019, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04359455v1

MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis

David Vallenet , Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Mylène Beuvin , Laura Burlot
The 8th Congress of European Microbiologists, FEMS 2019, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04358401v1

PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph

Guillaume Gautreau , Christophe Ambroise , Catherine Matias , Amandine Perrin , Rémi Planel
JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-04355945v1

Action Thématique Incitative Genopole : Annotation in silico de génome de Micro-organismes

Claudine Médigue
Conférence DYNAMISER LA RECHERCHE Les dispositifs d’aide à la recherche : de l’Europe à Genopole, Genopole d'Evry, May 2018, Paris Hémicycle Simone Veil, France
Communication dans un congrès hal-04367453v1

PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph

Guillaume Gautreau , Christophe Ambroise , Catherine Matias , Amandine Perrin , Rémi Planel
Genome Informatics 2018, Sep 2018, Hinxton, Cambridge, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-04356757v1

"MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions using genomic and metabolic comparative analysis"

Claudine Médigue
Conference "Marine Flavobacteria ", INRAE (E. Duchaud) au Centre CNRS de Cargèse, Jun 2018, Cargèse (Corse), France
Communication dans un congrès hal-04367514v1

Genomic comparison within Xenorhabdus bovienii species: the avirulent strain X. bovienii CS03 is characterized by its pseudogene content

Gaelle Bisch , Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Roba El Hajj , Claudine Médigue
5. Congress of European Microbiologists (FEMS 2013), Jul 2013, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-01837265v1

Genomic comparison within Xenorhabdus genus: X. poinarii species characterized by a small genome and attenuated virulence toward insects

Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Gaelle Bisch , Sebastien Carrere , Helene Chiapello
5. Congress of European Microbiologists (FEMS 2013), Jul 2013, Leipzig, Allemagne
Communication dans un congrès hal-01837266v1

Unités de plasticité dans le génome de Photorhabdus : des réarrangements chromosomiques à l’échelle du temps du laboratoire à l’évolution des espèces.

Jean-Claude Ogier , Alexandra Calteau , Anne Lanois , Sylvie Pages , David Roche
8. Congrès National de la Société Française de Microbiologie (SFM), Jun 2010, Palais des Congrès, Parc Chanot, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02823581v1
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ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Thoisy
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM ) 2023, Jun 2023, Plouzané, France
Poster de conférence hal-04369161v1
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ABRomics - an open access online platform on antimicrobial resistance to store, integrate, analyze and share multi-omics data

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Toisy
FEMS 2023 European Congress of Microbiology, Jul 2023, Congress Center Hamburg Hamburg, Germany, Germany
Poster de conférence hal-04369134v1
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ABRomics: An integrated multi-omics platform for antibiotic resistance research and public health

Julie Lao , Pierre Marin , Romain Dallet , Fabien Mareuil , Alix De Toisy
9ème symposium sur la résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans l'environnement (ARAE 2023), Jul 2023, Vinci International Convention Centre, Tours, France
Poster de conférence hal-04369175v1

MicroScope: a web platform for microbial genome annotation through pangenomic and metabolic analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Jérôme Arnoux , Lucie Coffion , Stéphanie Fouteau
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, Jul 2022, Rennes, France
Poster de conférence hal-04360324v1
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ABRomics - a digital platform on antimicrobial resistance to store, integrate, analyze and share multi-omics data

Pierre Marin , Julie Lao , Kenzo-Hugo Hillion , Aurélien Birer , Nadia Goué
JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES ( JOBIM ) 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes JOBIM 2022
Poster de conférence hal-04369049v1

MicroScope: a web platform for microbial genome annotation through pangenomic and metabolic analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Jérôme Arnoux , Adelme Bazin , Mylène Beuvin
The 2nd FEMS Conference on Microbiology, Jun 2022, Belgrade, Serbia
Poster de conférence hal-04371191v1

MicroScope: an integrated platform for the annotation and axploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Jérôme Arnoux , Adelme Bazin , Mylène Beuvin
JOBIM 2021 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris (virtual), France
Poster de conférence hal-04360241v1

MicroScope: an Integrated Platform for the Annotation and Exploration of Microbial Gene Functions through Genomic, Pangenomic and Metabolic Comparative Analysis

Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Adelme Bazin , Mylène Beuvin , Stéphanie Fouteau
World Microbe Forum 2021, Jun 2021, Virtual, United States
Poster de conférence hal-04360076v1

MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis

David Vallenet , Alexandra Calteau , Paul Amours , Jérôme Arnoux , Adelme Bazin
JOBIM 2020 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier (virtual), France
Poster de conférence hal-04359963v1

PanGBank: depicting microbial species diversity via PPanGGOLiN

Guillaume Gautreau , Adelme Bazin , Rémi Planel , Mathieu Gachet , Mathieu Dubois
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-04358380v1
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MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis

David Vallenet , Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Mylène Beuvin , Laura Burlot
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-04358357v1
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Comparative microbial pangenomics to explore mobilome dynamics

Adelme Bazin , Guillaume Gautreau , Claudine Médigue , Alexandra Calteau , David Vallenet
JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Poster de conférence hal-04358338v1
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MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis

Claudine Médigue , Alexandra Calteau , Stéphane Cruveiller , Mathieu Gachet , Guillaume Gautreau
JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
Poster de conférence hal-04356218v1

MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis

David Vallenet , Alexandra Calteau , Mathieu Dubois , Aurélie Lajus , David Roche
International symposium on environmental and agronomical genomics, Nov 2018, Paris, France
Poster de conférence hal-04357657v1

Génomique comparative dans le genre Xenorhabdus : l'espèce X. Poinarii caractérisée par un pouvoir pathogène atténué et un génome de petite taille

Jean-Claude Ogier , Sylvie Pages , Patrick Tailliez , Gaëlle Bisch , Corinne Teyssier
Journées des Microbiologistes de l’INRA 2012, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. , 2012
Poster de conférence hal-02810864v1

Units of plasticity in bacterial genomes: new insight from the comparative genomics of two bacteria interacting with invertebrates, Photorhabdus and Xenorhabdus

Jean-Claude Ogier , Alexandra Calteau , Steve Forst , Heidi Goodrich-Blair , David Roche
4. Congress of the FEMS, Jun 2011, Geneva, Suisse. , 2011
Poster de conférence hal-02808493v1