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Clémence Sebe

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  • Sciences et Technologies des Langues - LISN (STL)
  • Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN)

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Publications

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Reuse and reproduce bioinformatic pipelines using scientific workflow systems

Sarah Cohen-Boulakia , Frédéric Lemoine , George Marchment , Marine Djaffardjy , Alban Gaignard et al.

Berlin Universities Publishing. Workflow systems for large-scale scientific data analysis, Berlin Universities Publishing, 2026, 978-3-98781-067-1. ⟨10.14279/depositonce-25828⟩

Chapitre d'ouvrage pasteur-05640482v1
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ShareFAIR-KG, a centralised knowledge base of scientific workflows

Marie Schmit , Melvin Selim Atay , Khalid Belhajjame , Ulysse Le Clanche , Emmanuel Coquery et al.

JOBIM 2026 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2026, Strasbourg, France

Communication dans un congrès hal-05666980v1
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Extracting Information in a Low-resource Setting: Case Study on Bioinformatics Workflows

Clémence Sebe , Sarah Cohen-Boulakia , Olivier Ferret , Aurélie Névéol

IDA 2025 - Symposium on Intelligent Data Analysis, May 2025, Konstanz, Germany. pp.274-287, ⟨10.1007/978-3-031-91398-3_21⟩

Communication dans un congrès hal-05244222v1
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Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais

Clémence Sebe , Sarah Cohen-Boulakia , Olivier Ferret , Aurélie Névéol

31ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2024), Jul 2024, Toulouse, France. pp.422-434

Communication dans un congrès hal-04623033v1
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Extraction d'informations sur les workflows scientifiques à partir de la littérature

Clémence Sebe , Aurélie Névéol , Sarah Cohen-Boulakia , Alban Gaignard

23ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2023, Lyon, France. pp.313-320

Communication dans un congrès hal-03991363v1
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Representing bioinformatics Nextflow workflows in RO-Crate : challenges and opportunities

George Marchment , Marie Schmit , Clémence Sebe , Frédéric Lemoine , Hervé Ménager et al.

Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences, Feb 2024, Leiden, Netherlands. Zenodo, 2024, ⟨10.5281/zenodo.10822156⟩

Poster de conférence hal-04540040v1

Towards improving workflows reproducibility : Extracting information on workflows from text and code repositories

Clémence Sebe , Frédéric Lemoine , Alban Gaignard , Olivier Ferret , Sarah Cohen-Boulakia et al.

31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and 22nd Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2023), Jul 2023, Lyon, France.

Poster de conférence hal-04363577v1
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Developing and reusing bioinformatics data analysis pipelines using scientific workflow systems

Marine Djaffardjy , George Marchment , Clémence Sebe , Raphaël Blanchet , Khalid Belhajjame et al.

Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023, 21, pp.2075-2085. ⟨10.1016/j.csbj.2023.03.003⟩

Article dans une revue hal-04037221v2