Corinne Vacher

Directrice de Recherche INRAE; Directrice Adjointe de l'UMR Santé et Agroécologie du Vignoble (SAVE); Coordinatrice du projet PARSADA GetUp
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Présentation

THEMATIQUES DE RECHERCHE: Rôle du microbiote dans la santé des plantes; Bioindicateurs microbiens de la santé des plantes; Biocontrôle microbien des maladies; Réseaux d’interactions entre microorganismes; Phyllosphère; Mildiou de la vigne

DIPLOMES: 2012 : HDR en écologie à l’Université de Bordeaux « La science des réseaux au service de l’écologie »; 2004 : Doctorat en écologie évolutive à l’Université de Montpellier; 2001 : Master 2 en écologie évolutive à l’Université de Montpellier

Domaines de recherche

Biodiversité et Ecologie Santé Sciences agricoles

Compétences

Microbial ecology Network ecology Disease ecology

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Publications

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Development of whole-soil microbial inoculants based on solid-phase fermentation for the regeneration of the functioning of vineyard soils

Juan Aguiar , Isabel Liberal , María Muñoz , Emma Cantos-Villar , Belén Puertas et al.

Rhizosphere, 2025, 34, pp.101039. ⟨10.1016/j.rhisph.2025.101039⟩

Article dans une revue hal-05034885v1
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A new scenario of pathogen-microbiota interactions involving the oomycete Plasmopara viticola

Paola Fournier , Lucile Pellan , Julie Aubert , Patrice This , Corinne Vacher

FEMS Microbiology Ecology, 2025, 101 (12), pp.fiaf111. ⟨10.1093/femsec/fiaf111⟩

Article dans une revue hal-05369425v1
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Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.

Environmental Microbiome, 2025, 20, pp.37. ⟨10.1186/s40793-025-00691-9⟩

Article dans une revue hal-05025610v1
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Microbial biomarkers of tree water status for next‐generation biomonitoring of forest ecosystems

Marine C Cambon , Marine Trillat , Isabelle Lesur‐kupin , Régis Burlett , Emilie Chancerel et al.

Molecular Ecology, 2023, 32 (22), pp.5944-5958. ⟨10.1111/mec.17149⟩

Article dans une revue hal-04272156v1
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Leaf microbiome data for European cultivated grapevine (Vitis vinifera L.) during downy mildew (Plasmopara viticola) epidemics in three wine-producing regions in France

Didac Barroso-Bergadà , François Delmotte , Julie Faivre d'Arcier , Marie Massot , Emilie Chancerel et al.

PhytoFrontiers™, 2023, 3, pp.477-483. ⟨10.1094/PHYTOFR-11-22-0138-A⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04059014v1
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Determinants of the vertical distribution of the phyllosphere differ between microbial groups and the epi- and endosphere

Heidy Schimann , Corinne Vacher , Sabrina Coste , Elianne Louisanna , Tania Fort et al.

Phytobiomes Journal, 2023, 7 (3), pp.312-323. ⟨10.1094/PBIOMES-02-23-0013-R⟩

Article dans une revue hal-04071067v1
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Drought tolerance traits in Neotropical trees correlate with the composition of phyllosphere fungal communities

Marine Cambon , Dinïa Cartry , Emilie Chancerel , Camille Ziegler , Sebastien Levionnois et al.

Phytobiomes Journal, 2023, 7 (2), pp.244-253. ⟨10.1094/PBIOMES-04-22-0023-R⟩

Article dans une revue hal-03689880v1
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Metagenomic next⁃generation sequencing (mNGS) data reveals the phyllosphere microbiome of wheat plants infected by the fungal pathogen Zymoseptoria tritici

Didac Barroso-Bergadà , Marie Massot , Noémie Vignolles , Julie Faivre d'Arcier , Emilie Chancerel et al.

Phytobiomes Journal, 2023, 7 (2), pp.281-287. ⟨10.1094/PBIOMES-02-22-0008-FI⟩

Article dans une revue hal-03689876v1
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Leaf microbiome data for European beech (Fagus sylvatica) at the leaf and canopy scales collected in a gallery forest in South-West France

Tania Fort , Charlie Pauvert , Emilie Chancerel , Regis Burlett , Lisa Wingate et al.

Annals of Forest Science, 2023, 80 (1), pp.14. ⟨10.1186/s13595-023-01181-z⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04058993v1
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The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime

Paola Fournier , Lucile Pellan , Didac Barroso-Bergadà , David Bohan , Thierry Candresse et al.

Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03858395v1
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Fungal Metabarcoding Data for Two Grapevine Varieties (Regent and <i>Vitis vinifera</i> ‘Cabernet-Sauvignon’) Inoculated with Powdery Mildew (<i>Erysiphe necator</i>) Under Drought Conditions

Corinne Vacher , Claire Francioni , Marion Michel , Tania Fort , Julie Faivre d'Arcier et al.

Phytobiomes Journal, 2022, 6 (4), pp.358 - 367. ⟨10.1094/pbiomes-06-22-0037-a⟩

Article dans une revue (data paper) hal-04059021v1
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Climate warming dominates over plant genotype in shaping the seasonal trajectory of foliar fungal communities on oak

Maria Faticov , Ahmed Abdelfattah , Tomas Roslin , C. Vacher , Peter Hambäck et al.

New Phytologist, 2021, pp.1-14. ⟨10.1111/nph.17434⟩

Article dans une revue hal-03272934v1
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Maternal effects shape the seed mycobiome in Quercus petraea

Tania Fort , Charlie Pauvert , Amy Zanne , Otso Ovaskainen , Thomas Caignard et al.

New Phytologist, inPress, pp.1-15. ⟨10.1111/nph.17153⟩

Article dans une revue hal-03140262v1

The plant endosphere world – bacterial life within plants

Stéphane Compant , Marine Cambon , C. Vacher , Birgit Mitter , Abdul Samad et al.

Environmental Microbiology, 2021, ⟨10.1111/1462-2920.15240⟩

Article dans une revue hal-03158296v1
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Microbial networks inferred from environmental DNA data for biomonitoring ecosystem change: strengths and pitfalls

Didac Barroso‐bergada , Charlie Pauvert , Jessica Vallance , Laurent Deliere , David Bohan et al.

Molecular Ecology Resources, 2021, 21, pp.762-780. ⟨10.1111/1755-0998.13302⟩

Article dans une revue hal-03049733v1
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Leaf‐associated fungal and viral communities of wild plant populations differ between cultivated and natural ecosystems

Yuxin Ma , Tania Fort , Armelle Marais , Marie Lefebvre , Sébastien Theil et al.

Plant-Environment Interactions, 2021, 2, pp.87-99. ⟨10.1002/pei3.10043⟩

Article dans une revue hal-03182663v1
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Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project

Maxime Dubart , Pascal Alonso , Didac Barroso-Bergadà , N. Becker , Kévin Béthune et al.

Advances in Ecological Research, 2021, Advances in Ecological Research, 65, pp.367-430. ⟨10.1016/bs.aecr.2021.10.007⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03634351v1
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Trees and Insects Have Microbiomes: Consequences for Forest Health and Management

Corinne Vacher , Bastien Castagneyrol , Emmanuelle Jousselin , Heidy Schimann

Current Forestry Reports, 2021, 7 (2), pp.81-96. ⟨10.1007/s40725-021-00136-9⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-03256378v1
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Key questions for next-generation biomonitoring

Andreas Makiola , Zacchaeus G. Compson , Donald J Baird , Matthew A. Barnes , Sam Philip Boerlijst et al.

Frontiers in Environmental Science, 2020, 7, pp.197. ⟨10.3389/fenvs.2019.00197⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02402296v1
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Bioinformatics matters: The accuracy of plant and soil fungal community data is highly dependent on the metabarcoding pipeline

Charlie Pauvert , Marc Buée , Valerie Laval , Véronique Edel-Hermann , Laure Fauchery et al.

Fungal Ecology, 2019, 41, pp.23 - 33. ⟨10.1016/j.funeco.2019.03.005⟩

Article dans une revue hal-02627344v1
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Maternal effects and environmental filtering shape seed fungal communities in oak trees

Tania Fort , Charlie Pauvert , Amy E. Zanne , Otso Ovaskainen , Thomas Caignard et al.

BioRxiv, 2019, ⟨10.1101/691121⟩

Article dans une revue hal-02624819v1
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Comparison and validation of Oomycetes metabarcoding primers for Phytophthora high throughput sequencing

Jean Legeay , Claude Husson , Tristan Cordier , Corinne Vacher , Benoit Marçais et al.

Journal of Plant Pathology, 2019, 101 (3), pp.743-748. ⟨10.1007/s42161-019-00276-9⟩

Article dans une revue hal-02618173v1
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Mise en réseau d’expérimentations de longue durée de systèmes de grande culture en agriculture biologique : apports méthodologiques et enseignements pour des systèmes très économes en phytosanitaires

Laurence Fontaine , Florian Celette , A.L de Cordoue , Pascale Metais , Stéphane Cordeau et al.

Innovations Agronomiques, 2018, 70, pp.317-330. ⟨10.15454/33nfkk⟩

Article dans une revue hal-02124766v1

Biomonitoring for the 21st Century: Integrating Next-Generation Sequencing Into Ecological Network Analysis

Stéphane Derocles , David Bohan , Alex J Dumbrell , James J. N. Kitson , Francois Massol et al.

Advances in Ecological Research, 2018, 58, pp.1-62. ⟨10.1016/bs.aecr.2017.12.001⟩

Article dans une revue hal-01713119v1

Next-generation global biomonitoring: large-scale, automated reconstruction of ecological networks

David Bohan , Corinne Vacher , Alireza Tamaddoni-Nezhad , Alan Raybould , Alex J Dumbrell et al.

Trends in Ecology & Evolution, 2017, 32 (7), pp.477-487. ⟨10.1016/j.tree.2017.03.001⟩

Article dans une revue hal-01606909v1
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Forest tree genomics: 10 achievements from the past 10 years and future prospects

Christophe Plomion , Catherine Bastien , Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot , Laurent Bouffier , Annabelle Déjardin et al.

Annals of Forest Science, 2016, 73 (1), pp.77-103. ⟨10.1007/s13595-015-0488-3⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01330031v1
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Networking our way to better ecosystem service provision

David Bohan , Dries Landuyt , Athen Ma , Sarina Macfadyen , Vincent V. Martinet et al.

Trends in Ecology & Evolution, 2016, 31 (2), pp.105-115. ⟨10.1016/j.tree.2015.12.003⟩

Article dans une revue hal-01298064v1

Phyllosphere fungal communities differentiate more thoroughly than bacterial communities along an elevation gradient

Corinne C. Vacher , Tristan Cordier , Jessica J. Vallance

Microbial ecology, 2016, 72 (1), pp.1-3. ⟨10.1007/s00248-016-0742-8⟩

Article dans une revue hal-02635469v1
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Combining selective pressures to enhance the durability of disease resistance genes

Denis Bourguet , François Delmotte , Pierre Franck , Thomas Guillemaud , Xavier Reboud et al.

Frontiers in Plant Science, 2016, 7, pp.1-8. ⟨10.3389/fpls.2016.01916⟩

Article dans une revue hal-01533924v1

Deciphering the pathobiome: intra- and interkingdom interactions involving the pathogen erysiphe alphitoides

Boris Jakuschkin , Virgil Fievet , Loïc Schwaller , Thomas Fort , Cécile Robin et al.

Microbial ecology, 2016, 72 (4), pp.870-880. ⟨10.1007/s00248-016-0777-x⟩

Article dans une revue hal-01533883v1
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An evolutionary ecology perspective to address forest pathology challenges of today and tomorrow

Marie-Laure Desprez-Loustau , Jaime Aguayo , Cyril Dutech , Katherine J. Hayden , Claude Husson et al.

Annals of Forest Science, 2016, 73 (1), pp.45-67. ⟨10.1007/s13595-015-0487-4⟩

Article dans une revue hal-01318717v1
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Foliar fungal communities strongly differ between habitat patches in a landscape mosaic

Thomas Fort , Cécile Robin , Xavier Capdevielle , Laurent Deliere , Corinne Vacher

PeerJ, 2016, 4, 20 p. ⟨10.7717/peerj.2656⟩

Article dans une revue hal-02640391v1

The phyllosphere: microbial jungle at the plant–climate interface

Corinne C. Vacher , Arndt Hampe , Annabel J. Porté , Ursula Sauer , Stéphane Compant et al.

Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 2016, Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 47, pp.1-24. ⟨10.1146/annurev-ecolsys-121415-032238⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02801457v1

Clustering methods differ in their ability to detect patterns in ecological networks

Jean-Benoist Leger , Jean-Jacques Daudin , Corinne Vacher

Methods in Ecology and Evolution, 2015, online first (4), ⟨10.1111/2041-210X.12334⟩

Article dans une revue hal-01197632v1

10 years later: revisiting priorities for science and society a decade after the millennium ecosystem assessment

Christian Mulder , Elena M. Bennett , David Bohan , Michael Bonkowski , Stephen R. Carpenter et al.

Advances in Ecological Research, 2015, 53, ⟨10.1016/bs.aecr.2015.10.005⟩

Article dans une revue hal-02801412v1
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Leaf and root-associated fungal assemblages do not follow similar elevational diversity patterns

A. Coince , T. Cordier , J. Lengellé , E. Defossez , C. Vacher et al.

PLoS ONE, 2014, 9 (6), 10 p. ⟨10.1371/journal.pone.0100668⟩

Article dans une revue hal-01143027v1

Effects of plant phylogenetic diversity on herbivory depend on herbivore specialization

Bastien Castagneyrol , Herve Jactel , Corinne C. Vacher , Eckehard G. Brockerhoff , Julia Koricheva

Journal of Applied Ecology, 2014, 51 (1), pp.134-141. ⟨10.1111/1365-2664.12175⟩

Article dans une revue hal-02634322v1

Detection of structurally homogeneous subsets in graphs

Jean-Benoist Leger , Corinne Vacher , Jean-Jacques Daudin

Statistics and Computing, 2014, online first (5), 18 p. ⟨10.1007/s11222-013-9395-3⟩

Article dans une revue hal-01019247v1

Gestion des résistances. L’importance des modalités de déploiement des substances

. Rex Consortium (resistance To Xenobiotics) , Denis D. Bourguet , François F. Delmotte , Pierre Franck , Thomas Guillemaud et al.

Phytoma , 2013, 669, pp.10-14

Article dans une revue hal-02643623v1
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Putting the biological species concept to the test: using mating networks to delimit species

Lelia L. Lagache , Jean-Benoist Leger , Jean-Jacques J.-J. Daudin , Remy Petit Petit R.J. , Corinne C. Vacher

PLoS ONE, 2013, 8 (6), 11 p. ⟨10.1371/journal.pone.0068267⟩

Article dans une revue hal-01001112v1
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Heterogeneity of selection and the evolution of resistance

Denis D. Bourguet , François F. Delmotte , Pierre P. Franck , Thomas Guillemaud , Xavier Reboud et al.

Trends in Ecology & Evolution, 2013, 28 (2), pp.110-118. ⟨10.1016/j.tree.2012.09.001⟩

Article dans une revue hal-01000430v1

Spatial variability of phyllosphere fungal assemblages: genetic distance predominates over geographic distance in a European beech stand (Fagus syluatica)

Tristan Cordier , Cécile C. Robin , Xavier Capdevielle , Marie Laure M. L. Desprez Loustau , Corinne C. Vacher

Fungal Ecology, 2012, 5 (5), pp.509-520. ⟨10.1016/j.funeco.2011.12.004⟩

Article dans une revue hal-02648013v1

The composition of phyllosphere fungal assemblages of European beech (Fagus sylvatica) varies significantly along an elevation gradient

Tristan Cordier , Cécile C. Robin , Xavier Capdevielle , Olivier Fabreguettes , Marie Laure M. L. Desprez Loustau et al.

New Phytologist, 2012, 196 (2), pp.510-519. ⟨10.1111/j.1469-8137.2012.04284.x⟩

Article dans une revue hal-02647750v1

Predicting invasion success of forest pathogenic fungi from species traits

Aurore A. Philibert , Marie Laure M. L. Desprez Loustau , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Fabien Halkett et al.

Journal of Applied Ecology, 2011, 48 (6), pp.1381 - 1390. ⟨10.1111/j.1365-2664.2011.02039.x⟩

Article dans une revue hal-01000012v1
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Impact of interspecific hybridization between crops and weedy relatives on the evolution of flowering time in weedy phenotypes

Corinne C. Vacher , Tanya M. Kossler , Michael E. Hochberg , Arthur E. Weis

PLoS ONE, 2011, 6 (2), 7p. ⟨10.1371/journal.pone.0014649⟩

Article dans une revue hal-02646038v1

Model for heterogeneous random networks using continuous latent variables and an application to a tree–fungus network

Jean-Jacques Daudin , Laurent Pierre , Corinne Vacher

Biometrics, 2010, 66 (4), pp.1043-1051. ⟨10.1111/j.1541-0420.2009.01378.x⟩

Article dans une revue istex hal-01197517v1
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The skill and style to model the evolution of resistance to pesticides and drugs

Denis Bourguet , François Delmotte , Pierre Franck , Thomas Guillemaud , Xavier Reboud et al.

Evolutionary Applications, 2010, 3 (4), pp.375-390. ⟨10.1111/j.1752-4571.2010.00124.x⟩

Article dans une revue hal-01219017v1

Ecological integration of alien species into a tree-parasitic fungus network

Corinne Vacher , Jean-Jacques Daudin , Dominique Piou , Marie Laure Desprez Loustau

Biological Invasions, 2010, 12 (9), pp.3249-3259. ⟨10.1007/s10530-010-9719-6⟩

Article dans une revue istex hal-01197512v1
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Uncovering latent structure in valued graphs: a variational approach

Mahendra Mariadassou , Stephane Robin , Corinne Vacher

Annals of Applied Statistics, 2010, 4 (2), pp.715-742. ⟨10.1214/10-AOAS361⟩

Article dans une revue hal-01197514v1

Distribution of parasitic fungal species richness: influence of climate versus host species diversity

Corinne C. Vacher , Denis Vile , Emmanuelle Helion , Dominique Piou , Marie Laure M. L. Desprez Loustau

Diversity and Distributions, 2008, 14 (5), pp.786-798. ⟨10.1111/j.1472-4642.2008.00479.x⟩

Article dans une revue hal-02661194v1
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Architecture of an antagonistic tree/fungus network : the asymmetric influence of past evolutionary history

Corinne C. Vacher , Dominique Piou , Marie Laure M. L. Desprez Loustau

PLoS ONE, 2008, 3 (3), pp.e1740. ⟨10.1371/journal.pone.0001740⟩

Article dans une revue hal-02669044v1
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Structure of the scientific community modelling the evolution of resistance

Denis D. Bourguet , François F. Delmotte , Pierre Franck , Thomas Guillemaud , Xavier Reboud et al.

PLoS ONE, 2007, 2 (12), pp.e1275. ⟨10.1371/journal.pone.0001275⟩

Article dans une revue hal-02656910v1

Fees or refuges: which is better for the sustainable management of insect resistance to transgenic Bt corn?

Corinne Vacher , Denis Bourguet , Marion Desquilbet , Stéphane Lemarié , Stefan Ambec et al.

Biology Letters, 2006, 2 (2), pp.198-202. ⟨10.1098/rsbl.2005.0418⟩

Article dans une revue halsde-00300559v1
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Avoid, attack or do both? Behavioral and physiological adaptations in natural enemies faced with novel hosts

Corinne C. Vacher , Sam P. Brown , Michael E. Hochberg

BMC Evolutionary Biology, 2005, 5, pp.Article 60. ⟨10.1186/1471-2148-5-60⟩

Article dans une revue hal-02679031v1

High dose refuge strategies and genetically modified crops – reply to Tabashnik et al.

C. Vacher , Denis Bourguet , Francois Rousset , C. Chevillon , Michael E. Hochberg

Journal of Evolutionary Biology, 2004, 17 (4), pp.913 - 918. ⟨10.1111/j.1420-9101.2004.00730.x⟩

Article dans une revue halsde-00326940v1
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Modelling the spatial configuration of refuges for a sustainable control of pests: a case study of Bt cotton

Corinne Vacher , Denis D. Bourguet , François Rousset , Christine Chevillon , Michael Hochberg

Journal of Evolutionary Biology, 2003, 16 (3), pp.378-387. ⟨10.1046/j.1420-9101.2003.00553.x⟩

Article dans une revue hal-02674164v1
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Monitor and steer the microbiota to protect grapevines against downy mildew

Corinne Vacher , Simon Labarthe

2025 Annual Meeting of the VITAE project, PPR 'Growing and Protecting Differently', Mar 2025, Angers, France

Communication dans un congrès hal-05300025v1

Developing a microfluidic qPCR chip to quantify microbial taxa with a potential biocontrol activity against grapevine downy mildew

Manon Chargy , Marie-Cecile Dufour , Aarti Jaswa , Valerie Martin , Jessica Vallance et al.

GiESCO 2025 - 23rd international GiESCO conference, Jul 2025, Geisenheim, Germany

Communication dans un congrès hal-05193281v1
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Révéler les consortiums microbiens qui interfèrent avec le mildiou de la vigne grâce à l'épidémiologie du microbiome.

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.

17e rencontres Plantes-Bactéries 2025, Jan 2025, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-05290878v1
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Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield

Corinne Vacher , Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin et al.

20. Congrès national de la SFM : Microbes dans un monde de transition (MICROBES 2025), Société Française de Microbiologie (SFM), Sep 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05300289v1

Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Lucile Pellan , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux , François Delmotte et al.

colloque INRAE Genomics 2025, Nov 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05303366v1

Mining microbiota data to identify antagonists of grapevine downy mildew.

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine C. Cambon , Alexandre Chataigner et al.

E3GP3 2025 - Webinaire “Microbiome & Santé des Plantes”, Jun 2025, Online, France

Communication dans un congrès hal-05290797v1
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Development of a microfluidic quantitative PCR chip to monitor the dynamics of a synthetic microbial community on grapevine with potential biocontrol effects against downy mildew

Manon Chargy , Marie-Cecile Dufour , Aarti Jaswa , Valerie Martin , Sarah Audureau et al.

Apéro VITAE - webinaire interne, VITAE (Léa Cabrol-Froget), Feb 2025, Villenave-d'Ornon, France

Communication dans un congrès hal-05108055v1
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Apport des recherches sur le microbiote aux futures stratégies de biocontrôle - Résultats du projet VITAE

Corinne Vacher , Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin et al.

Séminaire Chaire ASVV & INNO’VIN – « Vins & Environnement » #8 | Le biocontrôle est-il opérant ?, Apr 2025, Villenave d'Ornon, France

Communication dans un congrès hal-05069786v1

Un nouveau scénario d'interactions pathogène-microbiote pour l'oomycète Plasmopara viticola

Paola Fournier , Lucile Pellan , Julie Aubert , Patrice This , Corinne Vacher

15ème Journée des Doctorants de l'Ecole Doctorale Sciences et Environnements, Feb 2025, Talence, France

Communication dans un congrès hal-05290845v1
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Exploration des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigne

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine Cambon , Alexandre Chataigner et al.

Journée Scientifique Vigne & Vin 2025 – Les communautés microbiennes en œnologie, May 2025, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-05290835v1

Projet GetUp - Gérer le microbiote pour protéger la vigne contre le mildiou

Corinne Vacher

Séminaires de l'IRHS, Mar 2025, Angers, France

Communication dans un congrès hal-05297931v1

Towards pesticide-free viticulture: analysing the microbiota of grapevines and vineyard soils to develop microbial biocontrol of downy mildew

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Marine Cambon , Alexandre Chataigner et al.

IW 2025 - International scientific workshop French Priority Research Programme 'Growing and Protecting crops Differently', Sep 2025, Online, France

Communication dans un congrès hal-05290767v1

Mining belowground and aboveground microbiome data to identify microbial biomarkers of grapevine health and yield

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Valérie Martin , Marine C Cambon et al.

23. GiESCO 2025 - 23. Group of International Experts of vitivinicultural Systems for CoOperation, Jul 2025, Geisenheim, Germany

Communication dans un congrès hal-05303323v1

Gérer le microbiote de la vigne pour réduire l’utilisation des pesticides - Synthèse des résultats du WP1 du projet VITAE et perspectives

Corinne Vacher , Simon Labarthe , Thierry Candresse , Manon Chargy , Marie-Cécile Dufour et al.

Assemblée générale du projet VITAE, PPR "Cultiver et Protéger Autrement", Mar 2024, Cognac, France

Communication dans un congrès hal-05298248v1
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Arbuscular mycorrhizal fungi as biomarkers of vineyard yield in Champagne

Lucile Pellan , Paola Fournier , Marc Brevot , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux et al.

Centenary of the OIV - 45th world congress of vine and wine, OIV, Oct 2024, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-05297879v1

A new scenario of pathogen-microbiota interactions for the oomycete Plasmopara viticola

Paola Fournier , Lucile Pellan , Julie Aubert , Patrice This , Corinne Vacher

E3GP3 2024 - Réunion plénière du réseau "Ecologie, Evolution, Epidémiologie et Génétique des Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes", Nov 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-05304084v1
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Pesticide-Free viticulture: towards agroecological wine-producing socioecosystems

François Delmotte , Hervé Hannin , Corinne Vacher , Simon Labarthe , Pere Mestre et al.

45. World Congress of Vine and Wine, Oct 2024, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-04732866v1

Exploitation des données du microbiote pour identifier les antagonistes du mildiou de la vigne (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

Rencontre à destination des équipes techniques des crus du Médoc et de Sauterne, Inno'vin; Conseil des Grands Crus Classés en 1855, Mar 2024, Saint-Julien-Beychevelle, France

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Microbial bioindicators of vineyard resilience in Champagne

Lucile Pellan , Paola Fournier , Laurence Mercier , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux et al.

Journées Jean Chevaugeon, Jan 2024, Aussois, France

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Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

Journées Jean-Chevaugeon (JJC) - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Jan 2024, Aussois, France

Communication dans un congrès hal-05296438v1

Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Lucile Pellan , Aarti Jaswa , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

Open GPB 2024 - Open Conference on Grapevine Physiology and Biotechnology, Jul 2024, Logrono La Riora, Spain

Communication dans un congrès hal-05296422v1
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Deciphering ecological interactions between grapevine leaf microbiome and pathogens

Corinne Vacher , Paola Fournier , Didac Barroso-Bergadà , Charlie Pauvert , Lucile Pellan

"Phytobiomes Research for Plant Health” workshop – ICPP 2023, Aug 2023, Lyon, France

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En quoi l’étude du microbiote peut apporter des protections à la plante?

Corinne Vacher

17ème édition des Rencontres du Clos-Vougeot, "La biodiversité dans la vigne et en cave : ressource et outil de l'agroécologie", Chaire internationale "Culture et Traditions du Vin" de l'Université de Bourgogne", Oct 2023, Vougeot, France

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Analyser, modéliser et piloter le microbiote pour renforcer la santé de la vigne

Corinne Vacher

Journée d'échange et de partage chercheurs-professionnels, Moët-Hennessy, May 2023, Paris, France

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En quoi l'étude du microbiote peut apporter des protections à la plante?

Corinne Vacher

2ème séminaire du Plan Mildiou, Conseil Interprofessionnel du Vin de Bordeaux (CIVB), Dec 2023, Bordeaux, France

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Microbial bioindicators of agronomic variables of interest in grapevine

Lucile Pellan , François Delmotte , Corinne Vacher , Laurence Mercier

MH Knowledge Days, Moët Hennessy, Apr 2023, Epernay, France

Communication dans un congrès hal-05298234v1

Protocoles de préparation des échantillons avant séquençage du microbiote

Corinne Vacher , Lucile Pellan

Réunion d'échange chercheurs-professionnels, Château Cheval Blanc, Apr 2023, Saint Emilion, France

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Towards microbiota-based disease management of downy mildew

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Guilherme M Martins , Patrice This , Corinne Vacher

Mid-term general meeting of the VITAE project, PPR ‘Growing and Protecting crops Differently’, Apr 2023, Dijon, France

Communication dans un congrès hal-05298256v1
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

22nd GiESCO (Group of international Experts for Cooperation on Vitivinicultural Systems) 2023, Jul 2023, Ithaca, New York, United States

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Recherche de bioindicateurs microbiens de la santé et de la résilience de l'écosystème viticole

Lucile Pellan , Paola Fournier , Laurence Mercier , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux et al.

Le microbiote : Du sol et des plantes vers les intestins – Regards croisés entreprise/recherche, Vegepolys Valley, Carnot Plant2Pro®, Qualiment® et France Futur Elevage, Nov 2023, Paris, France

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Mining microbiome data to identify antagonists of grapevine downy mildew (Plasmopara viticola)

Paola Fournier , Lucile Pellan , Emilie Chancerel , Erwan Guichoux , François Delmotte et al.

INRAE Genomics, Nov 2023, Bordeaux, France

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Network-informed design of resilient microbial consortia with a biocontrol activity

Corinne Vacher

Journées annuelles du Consortium Biocontrôle, Nov 2023, Angers, France

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Recherche de bioindicateurs microbiens de la résilience de la vigne en Champagne

Lucile Pellan , Laurence Mercier , François Delmotte , Corinne Vacher , Paola Fournier et al.

La microbiologie du sol au service d’une agriculture durable : diagnostics et solutions innovantes, AdeBiotech, Think Tank One Health, Jun 2023, Romainville, France

Communication dans un congrès hal-05297877v1
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Analyser le microbiote pour identifier de nouveaux agents de biocontrôle des maladies de la vigne

Corinne Vacher , David Bohan

Rencontre Chercheurs - Professionnels : Sortir des pesticides en viticulture, PPR Cultiver et Protéger Autrement, Mar 2022, Bordeaux, Beaune et Montpellier, France

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Microbial interactions between grapevine pathogens and the leaf microbiome

Corinne Vacher

Montpellier Vine & Wine Sciences International Seminar, Oct 2022, Montpellier, France

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Analyser le microbiote pour identifier de nouveaux agents de bio-contrôle des maladies de la vigne

Corinne C. Vacher , David Bohan

Rencontres chercheurs professionnels Sortir des pesticides en viticulture. INRAE, Cultiver Protéger Autrement, Mar 2022, Beaune, Bordeaux, Montpellier, France

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Machine learning of microbial interactions using abductive ILP and hypothesis frequency/compression estimation

Didac Barroso-Bergada , Alizera Tamaddoni-Nezhad , Stephen H. Muggleton , Corinne Vacher , Nika Galic et al.

30th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP) held as part of the 1st International Joint Conference on Learning and Reasoning (IJCLR), Oct 2021, Virtuel, France

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Maternal effects shape seed mycobiota in a foundation tree species (Quercus petraea)

Tania Fort , Corinne Vacher , Charlie Pauvert , Amy Zanne , Otso Ovaskainen et al.

SFR QuaSav, 2019, NA, France

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Influence of landscape structure and cropping system on microbial diversity and microbial interactions in vineyards

Corinne Vacher , Charlie Pauvert , Thomas Fort , Marc Buée , Valerie Laval et al.

Séminaire Pôle de Protection des Plantes (CIRAD 3P), Nov 2018, St-Pierre de la Réunion, France

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MEM Days - The phyllosphere is a microbial jungle at the plant–climate interface

Corinne Vacher

Journées du Métaprogramme MEM, Jan 2017, Paris, France

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Microbial associations and interactions at the plant-climate interface

Corinne Vacher , Charlie Pauvert

Workshop "Réseaux, Invasions et Emergences", CBGP, May 2017, Montpellier, France

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The phyllosphere: microbial jungle at the plant–climate interface

Corinne Vacher

Eawag Spring Series, May 2017, Kastanienbaum, Switzerland

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Microbial metacommunity: a METABAR coding approach

Marc Buée , Matthieu Barret , Maria Bernard , Didier Debroas , Isabelle Domaizon et al.

2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France

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Phytophthora community structure in soils and litters from three neo-tropical forest sites through three different methodological approaches.

Jean Legeay , Claude Husson , Christopher Baraloto , Schimann Heidy , Eliane Louisanna et al.

The 8th Meeting of IUFRO Working Party, Phytophthora in Forests and Natural Ecosystems, Mar 2017, Sapa, Vietnam

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Table Ronde "Phytobiome

Corinne Vacher , Matthieu Barret

2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Feb 2017, Paris, France

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Apprendre les réseaux microbiens à partir de données NGS: potentiel d'utilisation en lutte biologique

Corinne Vacher

Réunion du Consortium Biocontrôle, Feb 2017, Paris, France

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Le phytobiome: concept et potentiel d'utilisation en amélioration des plantes

Corinne Vacher , Christophe Mougel , Marc Buée , Matthieu Barret

Conseil scientifique du Département BAP, Feb 2017, Paris, France

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Deciphering microbial interactions in the phyllosphere

Corinne Vacher

Groupe de travail "Modélisation" du métaprogramme MEM, 2016, NA, France

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Deciphering microbial interactions in the phyllosphere

Corinne Vacher

Séminaires de l'UMR Biogeco, Mar 2016, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-01604053v1

Atténuation des effets du changement climatique sur la biodiversité et les services écosystémiques des forêts d'Aquitaine

Corinne Vacher

Réunion du Pôle de Compétitivité XyloFutur, Feb 2016, Bordeaux, France

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Learning microbial interaction networks from NGS data

Corinne Vacher

Ecole-chercheur Métaprogramme Métaomique des Ecosystèmes Microbiens, Jun 2016, Pont-à-Mousson, France

Communication dans un congrès hal-01604055v1

Modéliser les couplages forêt-atmosphère-rivière pour prédire la durabilité des forêts-galeries

Corinne Vacher , Lisa Wingate

Rencontre avec les Gestionnaires de la Vallée du Ciron, Apr 2016, Bernos-Beaulac, France

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Deciphering the pathobiome: intra- and interkingdom interactions involving the pathogen Erysiphe alphitoides

Corinne Vacher , Virgil Fievet , Boris Jakuschkin , Sarah Ouadah , Cécile Robin et al.

10. International symposium on phyllosphere microbiology, Jul 2015, Ascona, Switzerland

Communication dans un congrès hal-01607740v1

Monitoring microbial networks: current challenges

Corinne Vacher , Jessica Vallance

Atelier Réseaux Trophiques 2 (ART2) - Reconciling social, economic and ecological complexity in agro-ecosystems, Feb 2015, Paris, France

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Foliar microbial communities: from patterns to functions

Corinne Vacher

Séminaires de l'UMR ISPA, Jun 2015, Bordeaux, France

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Host species dominates over landscape structure in shaping foliar fungal communities

Thomas Fort , Cécile Robin , Corinne Vacher

10. International symposium on phyllosphere microbiology, Jul 2015, Ascona, Switzerland

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Clustering methods differ in their ability to detect patterns in ecological networks

Corinne Vacher , Jean-Benoist Leger , Jean-Jacques Daudin

Joint 2014 Annual Meeting British Ecological Society and Société Française d’Ecologie (BES & SFE ), Dec 2014, Lille, France

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Network science in ecology

Corinne Vacher

Séminaires de l'UMR Mathématiques et Informatique Appliquées, AgroParisTech, Sep 2014, Paris, France

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Investigating microbial networks in the phyllosphere using high-throughput sequencing

Corinne Vacher

Formation "Traitement des données issues des nouvelles techniques de séquençage", Jun 2014, Montpellier, France

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QIIME Overview

Corinne Vacher , Jessica Vallance

Formation "Traitement des données issues des nouvelles techniques de séquençage", Jun 2014, Montpellier, France

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La phyllosphère des arbres forestiers: un habitat peu exploré mais très peuplé!

Corinne Vacher

Séminaires de l'UMR Biogeco, Apr 2013, Bordeaux, France

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La phyllosphère des arbres forestiers: un habitat peu exploré mais très peuplé!

Corinne Vacher

Think Tank MétaProgramme MEM INRA, Mar 2013, Paris, France

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La phyllosphère des arbres forestiers: un habitat peu exploré mais très peuplé!

Corinne Vacher , Tristan Cordier , Xavier Capdevielle , Olivier Fabreguettes , Marie Laure Desprez Loustau et al.

Séminaire AIP Bioressources, Feb 2013, Paris, France

Communication dans un congrès hal-01603733v1

La phyllosphère des arbres forestiers: un habitat peu exploré mais très peuplé!

Corinne Vacher

Séminaires de l'UMR EDB, Apr 2013, Toulouse, France

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Mating networks to delimit species according to the biological species concept

Lelia Lagache , Jean-Benoist Leger , Jean-Jacques Daudin , Remy Petit R.J. , Corinne Vacher

IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p

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Compartmentalization in antagonistic networks: how to assess the relative contribution of the underlying mechanisms?

Corinne Vacher , Jean-Benoist Leger , Dominique Piou , Jean-Jacques Daudin

Conférence européenne d’écologie (EEF), Sep 2011, Avila, Spain

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Uncovering latent structure in valued graphs: a variational approach

Mahendra Mariadassou , Stephane S. Robin , Corinne C. Vacher

Probability and Discrete Mathematics in Mathematical Biology, May 2011, Singapore, Singapore. 47 diapos

Communication dans un congrès hal-02802815v1

Predicting invasion success in forest pathogenic fungi from species traits?

Marie Laure Desprez Loustau , Pascal Frey , Fabien Halkett , Claude Husson , Brigitte Lung et al.

Conference Jacques Monod on ‘New and Emerging Fungal Diseases of Animals and Plants”, Jun 2011, Roscoff, France

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Developing a culturomic approach to build a collection of grapevine foliar microorganisms with potential biocontrol activity against downy mildew

Aarti Jaswa , Paola Fournier , Valérie Martin , Isabelle Masneuf-Pomarède , Guilherme Martins et al.

14. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Jan 2024, Aussois, France.

Poster de conférence hal-04842411v1
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Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection

Paola Fournier , Aarti Jaswa , Lucile Pellan , Jessica Vallance , Emilie Chancerel et al.

22. GiESCO International Meeting, Jul 2023, Ithaca, United States. , 2023, IVES Conference Series Vine & Wine

Poster de conférence hal-04180613v1
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Plan d'expérience pour identifier des antagonistes microbiens de Plasmopara viticola, un agent pathogène foliaire majeur de la vigne cultivée (Vitis vinifera L.)

Paola Fournier , Marc Raynal , Christian Debord , François Delmotte , Laurent Deliere et al.

13. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France

Poster de conférence hal-03931589v1
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Seed mycobiota is influenced by maternal and environmental effects in sessile oak

Tania Fort , Charlie Pauvert , Thomas Caignard , Matthieu Barret , Stéphane Compant et al.

International Phytobiomes Conference 2018, Dec 2018, Montpellier, France. 2018

Poster de conférence hal-02734943v1
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Its all fun guys: a comparison of bioinformatic pipelines for metabarcoding plant and soil fungal communities

Charlie Pauvert , Marc Buée , Valerie Laval , Véronique Edel-Hermann , Laure Fauchery et al.

International Phytobiomes Conference 2018, Dec 2018, Montpellier, France. 2018

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Unravelling the web of dark interactions: Explainable inference of the diversity of microbial interactions

Didac Barroso-Bergada , Alireza Tamaddoni-Nezhad , Dany Varghese , Corinne Vacher , Nika Galic et al.

Advances in Ecological Research: Roadmaps: Part A, 68, Elsevier, pp.155-183, 2023, Advances in Ecological Research, ⟨10.1016/bs.aecr.2023.09.005⟩

Chapitre d'ouvrage hal-04483234v1

Plant Microbiota: Diversity, Transmission and Function

Matthieu Barret , Marc Buée , Christophe Mougel , Corinne Vacher

Extended Biocontrol, Springer Netherlands, pp.111-117, 2022, ⟨10.1007/978-94-024-2150-7_9⟩

Chapitre d'ouvrage hal-04059155v1

Machine learning of microbial interactions using abductive ILP and hypothesis frequency/compression estimation

Didac Barroso-Bergada , Alireza Tamaddoni-Nezhad , Stephen Muggleton , Corinne Vacher , Nika Galic et al.

Katzouris, N.; Artikis, A. Inductive Logic Programming. ILP 2021. Lecture Notes in Computer Science, 13191, Springer International Publishing, pp.26-40, 2022, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-97454-1_3⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03647109v1

Le microbiote des plantes : diversité, transmission et fonction

Matthieu Barret , Marc Buée , Christophe Mougel , Corinne Vacher

Biocontrôle. Éléments pour une protection agroécologique des cultures., Editions Quae, 2020, Savoir Faire, 978-2-7592-3076-1

Chapitre d'ouvrage hal-03319624v1

Key questions for next-generation of biomonitoring

Andreas Makiola , Zacchaeus G. Compson , Donald J Baird , Matthew A. Barnes , Sam P Boerlijst et al.

A next-generation of biomonitoring to detect global ecosystem change. Frontiers Research Topics, Frontiers in Ecology and Evolution, pp.91-104, 2020, 978-2-88966-027-8. ⟨10.3389/978-2-88966-027-8⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03534007v1

Sources, niches and routes of colonization by beneficial bacterial endophytes.

S. Compant , C. Vacher

Endophyte biotechnology: potential for agriculture and pharmacology, CABI, pp.32-41, 2019, 9781786399427. ⟨10.1079/9781786399427.0032⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03158327v1

Biomonitoring for the 21st century: integrating next-generation sequencing into ecological network analysis

Stéphane A.P. Derocles , David Bohan , Alex J. Dumbrell , James J.N. Kitson , François Massol et al.

Next Generation Biomonitoring: Part 1, 58, 293 p., 2018, Advances In Ecological Research, 978-0-12-813949-3. ⟨10.1016/bs.aecr.2017.12.001⟩

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Plant communication with associated microbiota in the spermosphere, rhizosphere and phyllosphere

Philippe P. Lemanceau , Matthieu Barret , Sylvie Mazurier , Samuel Mondy , Barbara Pivato et al.

How plants communicate with their biotic environment, 82, Academic Press - Elsevier, 2017, Advances in Botanical Research, 978-0-12-801431-8. ⟨10.1016/bs.abr.2016.10.007⟩

Chapitre d'ouvrage hal-01608302v1

Learning ecological networks from next-generation sequencing data

Corinne Vacher , Alireza Tamaddoni-Nezhad , Stefaniya Kamenova , Nathalie Dubois Peyrard , Yann Moalic et al.

Ecosystem Services: From Biodiversity to Society, Part 2, 54, 2016, Advances In Ecological Research, ⟨10.1016/bs.aecr.2015.10.004⟩

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La science des réseaux au service de l’écologie

Corinne C. Vacher

Sciences du Vivant [q-bio]. Université des Sciences et Technologies (Bordeaux 1), 2014

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