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Gene flow can reveal ghost lineages
Théo Tricou
,
Enzo Marsot
,
Bastien Boussau
,
Éric Tannier
,
Damien M de Vienne
Article dans une revue
hal-05280954v1
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multistrap: boosting phylogenetic analyses with structural information
Athanasios Baltzis
,
Luisa Santus
,
Björn Langer
,
Cedrik Magis
,
Damien de Vienne
et al.
Article dans une revue
hal-05035199v1
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HGTs are not SPRs: In the presence of ghost lineages, series of Horizontal Gene Transfers do not result in series of Subtree Pruning and Regrafting
Eric Tannier
,
Théo Tricou
,
Syrine Benali
,
Damien de Vienne
Article dans une revue
hal-05105493v1
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Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien de Vienne
Article dans une revue
hal-04515190v1
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PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Aurore Comte
,
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Julien Joseph
,
Aurélie Siberchicot
et al.
Article dans une revue
hal-03995366v3
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Endoparasitoid lifestyle promotes endogenization and domestication of dsDNA viruses
Benjamin Guinet
,
D. Lepetit
,
S. Charlat
,
Peter N Buhl
,
David G Notton
et al.
Article dans une revue
hal-03861307v2
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Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien M. de Vienne
Article dans une revue
hal-03781025v2
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tidy tree : A New Layout for Phylogenetic Trees
Simon Penel
,
Damien de Vienne
Article dans une revue
hal-03844239v1
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Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests
Théo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien M. de Vienne
Article dans une revue
hal-03455377v2
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Tanglegrams Are Misleading for Visual Evaluation of Tree Congruence
Damien M. de Vienne
Article dans une revue
hal-02301092v1
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Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot
Daphné Reiss
,
Gladys Mialdea
,
Vincent Miele
,
Damien M. de Vienne
,
Jean Peccoud
et al.
Article dans une revue
hal-02140494v1
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Zombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages
Adrian A Davin
,
Theo Tricou
,
Eric Tannier
,
Damien M. de Vienne
,
Gergely J Szöllosi
Article dans une revue
hal-02302010v1
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Multiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes
Sara E Branco
,
Fantin E Carpentier
,
Ricardo Rodriguez de La Vega
,
Hélène Badouin
,
Alodie Snirc
et al.
Article dans une revue
hal-01796609v1
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Coexistence de deux espèces cryptiques de chauves-souris en Guyane française : apprentissages à partir de la génétique de l’acoustique et de l’écologie
Ondine Filippi-Codaccioni
,
Marie-Pauline Beugin
,
Damien M. de Vienne
,
Elodie Portanier
,
David Fouchet
et al.
Plume de Naturalistes, 2018, 2, pp.169-190
Article dans une revue
hal-02326861v1
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Co-occurrence among three divergent plant-castrating fungi in the same Silene host species
Jessica Lee Abbate
,
Pierre Gladieux
,
Michael E Hood
,
Damien de Vienne
,
Janis Antonovics
et al.
Article dans une revue
hal-01921830v1
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Coexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data
Ondine Filippi-Codaccioni
,
Marie-Pauline Beugin
,
Damien de Vienne
,
Elodie Portanier
,
David Fouchet
et al.
Article dans une revue
hal-01936895v1
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Pitfalls in supermatrix phylogenomics
Herve Philippe
,
Damien M. de Vienne
,
Vincent Ranwez
,
Béatrice Roure
,
Denis Baurain
et al.
Article dans une revue
hal-01606389v1
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RiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Frédéric Jauffrit
,
Simon Penel
,
Stéphane Delmotte
,
Carine Rey
,
Damien M de Vienne
et al.
Article dans une revue
hal-01800061v1
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Lifemap: Exploring the Entire Tree of Life
Damien M. de Vienne
Article dans une revue
hal-01799964v1
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Degeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi
Eric Fontanillas
,
Michael E Hood
,
Hélène Badouin
,
Elsa Petit
,
Valérie Barbe
et al.
Article dans une revue
hal-01302682v1
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Fungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes
Pierre P. Gladieux
,
Jeanne Ropars
,
Helene Badouin
,
Antoine Branca
,
Gabriela G. Aguileta
et al.
Article dans une revue
hal-01302695v1
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High Variability of Mitochondrial Gene Order among Fungi
Gabriela Aguileta
,
Damien M. de Vienne
,
Oliver N. Ross
,
Michael E Hood
,
Tatiana Giraud
et al.
Article dans une revue
hal-01302669v1
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Massive gene swamping among cheese-making Penicillium fungi
Jeanne Ropars
,
Gabriela Aguileta
,
Damien M. de Vienne
,
Tatiana Giraud
Article dans une revue
hal-01302705v1
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Lineage selection and the maintenance of sex
Damien M. de Vienne
,
Tatiana Giraud
,
Pierre-Henri Gouyon
Article dans une revue
hal-01800063v1
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Linkage to the mating-type locus across the genus microbotryum: insights into nonrecombining chromosomes
Elsa Petit
,
Tatiana Giraud
,
Damien M. de Vienne
,
Marco A Coelho
,
Gabriela Aguileta
et al.
Article dans une revue
hal-01190628v1
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Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution
Damien M. de Vienne
,
Jérôme Azé
Article dans une revue
hal-00756120v1
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Phylo-MCOA: a fast and efficient method to detect outlier genes and species in phylogenomics using multiple co-inertia analysis
Damien M. de Vienne
,
Sébastien Ollier
,
Gabriela Aguileta
Article dans une revue
hal-01800064v1
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Euclidean nature of phylogenetic distance matrices
Damien M. de Vienne
,
Gabriela Aguileta
,
Sébastien Ollier
Article dans une revue
hal-01800065v1
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Hybrid sterility and inviability in the parasitic fungal species complex Microbotryum
Damien de Vienne
,
G Refrégier
,
Me Hood
,
A Guigue
,
B Devier
et al.
Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22 (4), pp.683--698
Article dans une revue
hal-01800066v1
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Phylogenetic determinants of potential host shifts in fungal pathogens
Damien de Vienne
,
Me Hood
,
T Giraud
Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22 (12), pp.2532--2541
Article dans une revue
hal-01800067v1
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In response to comment on ‘A congruence index for testing topological similarity between trees’
Damien de Vienne
,
Tatiana Giraud
,
Olivier C Martin
Article dans une revue
hal-01800068v1
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Speciation in fungi
Tatiana Giraud
,
Guislaine Refrégier
,
Mickaël Le Gac
,
Damien M. de Vienne
,
Michael E Hood
Article dans une revue
istex
hal-01800069v1
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When can host shifts produce congruent host and parasite phylogenies? A simulation approach
Damien M de Vienne
,
Tatiana Giraud
,
J A Shykoff
Journal of Evolutionary Biology, 2007, 20 (4), pp.1428--1438
Article dans une revue
hal-01800071v1
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A congruence index for testing topological similarity between trees
Damien M de Vienne
,
Tatiana Giraud
,
Olivier C Martin
Article dans une revue
hal-01800070v1
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